Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla Spp.) Dari Beberapa Sungai Yang Bermuara Ke Teluk Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat.
PENENTUAN KAWASAN PERIKANAN REFUGIA
IKAN SIDAT (Anguilla spp.) DARI BEBERAPA SUNGAI
YANG BERMUARA KE TELUK PALABUHANRATU,
SUKABUMI, JAWA BARAT
AGUS ALIM HAKIM
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Penentuan Kawasan
Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla spp.) dari Beberapa Sungai yang
Bermuara ke Teluk Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat adalah benar karya saya
dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun
kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip
dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah
disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir
tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, November 2015
Agus Alim Hakim
NIM C252140416
RINGKASAN
AGUS ALIM HAKIM. Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat
(Anguilla spp.) dari Beberapa Sungai yang Bermuara ke Teluk Palabuhanratu,
Sukabumi, Jawa Barat. Dibimbing oleh MOHAMMAD MUKHLIS KAMAL,
NURLISA ALIAS BUTET, dan RIDWAN AFFANDI.
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan ikan katadromus yaitu ikan yang
bermigrasi dari perairan tawar ke perairan laut dalam untuk memijah dan larva
akan kembali ke perairan tawar untuk tumbuh. Aktifitas penangkapan yang terus
meningkat dan penurunan kualitas ekologi dapat mengancam keberadaan sumber
daya perikanan sidat dan menyebabkan penurunan hasil tangkapan. Penelitian ini
bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman morfologis dan keragaman
nukleotida Anguilla spp. yang berasal dari beberapa sungai yang bermuara ke
Teluk Palabuhanratu, menentukan daerah perlindungan dan membuat
rekomendasi strategi pengelolaan dengan konsep perikanan refugia.
Penelitian dilaksanakan dibeberapa sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat. Penelitian dilakukan mulai bulan Agustus
2014 hingga April 2015. Penelitian yang dilakukan meliputi: pengambilan contoh,
analisis morfologis, analisis molekuler, dan tracking sungai (wawancara dan
pengambilan sampel air). Satu sungai dipilih sebagai kawasan perikanan refugia
dan ditentukan stream orders, distribusi ikan berdasarkan stadia, aktivitas
penangkapan, dan stakehorders.
Ikan sidat muda dan dewasa memiliki dua spesies secara morfologis dan
telah dipastikan kebenarannya melalui identifikasi secara molekuler. Spesies
tersebut yaitu Anguilla bicolor bicolor sebesar 98-99% (GenBank: AP007236.1)
dan Anguilla marmorata sebesar 99% (GenBank: AP007242.1). Hasil RFLP
(Restriction Fragment Lenght Polymorphisms) menunjukkan bahwa Anguilla spp.
memiliki alel umum dan alel spesifik yang merupakan alel pembeda pada 2
spesies tersebut. Penentuan kawasan perikanan refugia berdasarkan analisis
morfologis, analisis molekuler, dan analisis kondisi perairan, maka Sungai
Cimandiri ditetapkan sebagai kawasan perikanan refugia. Sungai Cimandiri
memiliki orde sungai dari 1 hingga 7. Distribusi berdasarkan stadia menunjukkan
bahwa ikan sidat memiliki komposisi stadia campuran tetapi glass eels terdistibusi
hanya pada 5 km dari arah laut. Rekomendasi strategi pengelolaan dan
pemanfaatan perikanan sidat di Sungai Cimandiri meliputi: pelarangan
penangkapan stadia dewasa pada ukuran diatas 49 cm; penyediaan daerah sungai
sebagai daerah nursery refugia di Kecamatan Sukaraja; penegasan pelarangan alat
tangkap (electric fishing) dan metode penangkapan (menggunakan racun);
pelarangan penangkapan glass eels pada bulan Januari, Februari, Maret, dan
Desember; serta regulasi kebijakan antar kota/kabupaten.
Kata kunci: Anguilla bicolor bicolor, A. marmorata, molekuler, morfologis,
Sungai Cimandiri
SUMMARY
AGUS ALIM HAKIM. Determination of Fisheries Refugia Area of Freshwater
Eels (Anguilla spp.) from Some Rivers that Flows to Palabuhanratu Bay,
Sukabumi, Jawa Barat. Supervised by MOHAMMAD MUKHLIS KAMAL,
NURLISA ALIAS BUTET, and RIDWAN AFFANDI.
Freshwater eels (Anguilla spp.) are catadromus fish, adult migrate from
freshwater to the deep sea to spawn and the larvae will return to freshwater to
grow. Fishing activity tended to increase and decreased in ecological quality can
threaten the existence of the freshwater eel fishery resources and lead to a
decrease in catches. This study was aimed at identifying morphological diversity
and nucleotide diversity of Anguilla spp. from several rivers flowing into
Palabuhanratu Bay, as the basis for recomendations for protected areas
management strategy of fisheries refugia concept. Environmental condition, i.e.
water quality, of eight rivers flowing into Palabuhanratu Bay were also required as
a supplement data to support those recomendations.
The research was conducted in several rivers ended into Palabuhanratu Bay,
Sukabumi, West Java. The study was conducted from August 2014 until April
2015. Research carried out includes sampling of freshwater eels, morphological
analysis, molecular analysis, and river tracking (interview and sampling of water).
One river was chosen as fisheries refugia area and specified of orders stream, fish
distribution based on stadia, fishing activities, and stakehorders.
The result showed that there were two species with distinct morphological
performances, i.e. young and adult. Those morphological performances were also
confirmed using molecular analysis. Molecularly, those two species were
confirmed using BLAST eel had two species morphologically and has been
comfirmed using molecular basis. The speci as Anguilla bicolor bicolor by 9899% (GenBank: AP007236.1) and Anguilla marmorata 99% (GenBank:
AP007242.1), respectively. PCR-RFLP (Restriction Fragment Length
polymorphisms) has successfully distinguished both Anguillas by common and
specific alleles. Given the morphological, molecular, and environmental analysis
as a basis for fishery refugia determination, hence, Cimandiri River was selected
as Regional Fisheries Refugia. Cimandiri River was facilitated with 1 to 7 of
stream order. Cimandiri River composed with complete developmental stages,
from glass eels to silver eels (ready to spawn); however, glass eels were only
reached the distance of 5 from the sea. Management recommendations based on
fisheries refugia includs: fishing prohibition at the sizes of above 49 cm, provide
the river area as an nursery refugia in Sukaraja Subdistrict, affirmation of
prohibition on fishing gear (electric fishing) and fishing methods (poison), fishing
prohibition glass eels in January, February, March, and Desember; policy
regulatory between municipality and regency.
Keywords: Anguilla bicolor bicolor, A. marmorata, Cimandiri River, molecular,
morphological
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2015
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
PENENTUAN KAWASAN PERIKANAN REFUGIA
IKAN SIDAT (Anguilla spp.) DARI BEBERAPA SUNGAI
YANG BERMUARA KE TELUK PALABUHANRATU,
SUKABUMI, JAWA BARAT
AGUS ALIM HAKIM
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Pengelolaan Sumber Daya Pesisir dan Lautan
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr. Ir. Zairion, MSc
Judul Tesis
Nama
NIM
: Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla
spp.) dari Beberapa Sungai yang Bermuara ke Teluk
Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat
: Agus Alim Hakim
: C252140416
Disetujui oleh
Komisi Pembimbing
Dr Ir Mohammad Mukhlis Kamal, MSc
Ketua
Dr Ir Nurlisa Alias Butet, MSc
Anggota I
Prof Dr Ir Ridwan Affandi, DEA
Anggota II
Diketahui oleh
Ketua Program Studi
Pengelolaan Sumber Daya
Pesisir dan Lautan
Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr Ir Achmad Fahrudin, MSi
Dr Ir Dahrul Syah, MScAg
Tanggal Ujian: 31 Agustus 2015
Tanggal Lulus:
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmat dan
hidayah-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis yang berjudul
“Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla spp.) dari
Beberapa Sungai yang Bermuara ke Teluk Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa
Barat”. Penelitian ini diajukan sebagai syarat untuk memperoleh gelar Magister
Sains pada Program Studi Pengelolaan Sumber Daya Pesisir dan Lautan, Sekolah
Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak
yang telah membantu dalam penulisan dan penyusunan tesis ini, terutama kepada:
1. Dr Ir Mohammad Mukhlis Kamal, MSc selaku pembimbing I, Dr Ir Nurlisa A
Butet, MSc selaku pembimbing II, dan Prof Dr Ir Ridwan Affandi, DEA selaku
pembimbing III yang telah banyak memberikan bimbingan, masukan, dan
arahan selama pelaksanaan penelitian dan penyusunan tesis.
2. Dr Ir Zairion, MSc selaku dosen penguji tamu yang telah banyak memberikan
saran dalam penyusunan tesis ini.
3. Keluarga tercinta: Ibu, Bapak, Mbak Nisa, Mas Anto, In‟am, Hamzah, Rizal,
dan Feri.
4. Nelayan: kang Agus dan keluarga yang telah membantu dalam penelitian ini.
5. Teman Lab terbaik: Yuyun, Dewi, Febi, Lusita, Mbak Lela, Mbak Fajrin,
Mbak Lita, Mbak Yustin, Bang Wahyu, Bang Panji, dan bang Findra.
6. Teman seperjuangan: Siska, Mega, Wida, Akrom, Nina, Ayu, Anissa, Lufi, dan
seluruh teman MSP 47, SPL 2013, dan 2014 atas segala doa, kasih sayang, dan
bantuanya.
Semoga tesis ini dapat bermanfaat dalam mendukung pengambilan
kebijakan, khususnya pada daerah Teluk Palabuhanratu dan dapat memberikan
kontribusi bagi masyarakat.
Bogor, November 2015
Agus Alim Hakim
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vii
DAFTAR GAMBAR
viii
DAFTAR LAMPIRAN
ix
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Kerangka Penelitian
Tujuan Penelitian
2 TINJAUAN PUSTAKA
Perikanan Refugia
Pengelolaan dan Perlindungan Perikanan di Indonesia
3 METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Presedur Penelitian
Analisis Data
4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Penentuan Kawasan Perikanan Refugia
Sungai Cimandiri Sebagai Kawasan Perikanan Refugia
Pengelolaan Perikanan Sidat di Sungai Cimandiri
5 KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran
DAFTAR PUSTAKA
1
1
2
3
5
6
6
7
9
9
10
14
17
17
37
56
62
62
62
63
LAMPIRAN
67
RIWAYAT HIDUP
78
vii
DAFTAR TABEL
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
Perbandingan antara tujuan, manfaat, pemilihan lokasi, penggunaan,
dan penerimaan dari Marine Protection Area dan perikanan refugia
Keterangan lokasi sampling (PSDA 2010)
Tahapan, jenis kgiatan, dan jenis data penelitian
Metode pengukuran parameter (APHA 2012)
Ukuran kuantitatif terhadap pengaruh dan kepentingan stakeholder
Karakteristik morfometrik glass eels dari Sungai Cimandiri
Uji beda spesies glass eels dari Sungai Cimandiri
Karakteristik sampel ikan sidat muda dan dewasa dari beberapa sungai
yaitu: Sungai Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai Citiis, Sungai
Cimaja, Sungai Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai Cipalabuhan,
dan Sungai Cimandiri yang bermuara ke Teluk Palabuhanratu
Karakteristik dua spesies sidat (A. bicolor bicolor dan A. marmorata)
dari koleksi sampel dari Sungai Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai
Citiis, Sungai Cimaja, Sungai Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai
Cipalabuhan, dan Sungai Cimandiri yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Hasil BLAST-n pada situs NCBI
Matriks jarak genetik fragmen gen COI pada dengan A. bicolor
bicolor, A. marmorata, A. australis, A. reinhardtii, dan A. japonica,
berdasarkan metode pairwise distance
Hasil keseluruhan kondisi perairan
Hasil pengukuran parameter-parameter penentuan kawasan
perikanan refugia
Kualitas air di Sungai Cimandiri
Matriks analisis pengaruh dan kepentingan para pihak (stakeholders)
terhadap kegiatan pemanfaatan Sungai Cimandiri
Identifikasi dan arahan pengembangan pemanfaatan dan
perlindungan sumber daya ikan Sidat
7
9
10
12
15
19
20
21
23
29
32
35
36
51
53
55
viii
DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
Kerangka umum pendekatan studi
Lokasi penelitian di delapan sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Pengukuran morfometrik ikan sidat
Lokasi pengambilan sampel kualitas air di Sungai Cimandiri
Perbedaan spesies berdasarkan nilai AD/TL
Matriks pengaruh dan kepentingan
Pigmentasi dari ekor glass eels (a) A. bicolor bicolor
(b) A. marmorata
Distribusi frekuensi ano-dorsal terhadap total length (AD/TL)% 3
spesies sidat (a) A. bicolor bicolor (b) A. nebulosa nebulosa dan
(c) A. marmorata dari Sungai Cimandiri
Hasil discriminant analysis populasi glass eels dari Sungai Cimandiri
Distribusi frekuensi ano-dorsal terhadap total length (AD/TL)% dua
spesies sidat (a) A. bicolor bicolor dan (b) A.marmorata dari Teluk
Palabuhanratu
Cluster analysis berdasarkan data morfometrik antara A. bicolor
bicolor dengan A. marmorata
Elektroforesis DNA total pada gel agarosa 1,2%
Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%,
RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphisms) gen COI dari
A. bicolor bicolor dan A. marmrata
Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen COI pada A. bicolor
bicolor, A. marmorata, A. australis, A. reinhardtii, dan A. japonica
Sungai Cimandiri yang melewati beberapa kecamatan di Kabupaten
Sukabumi
Sungai permanen dan sungai periodik pada Sungai Cimandiri
Pembagian sungai dalam penentuan orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian A orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian B orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian C orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian D orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian E orde Sungai Cimandiri
Sungai permanen pada Sungai Cimandiri yang melewati beberapa
kecamatan di Kabupaten Sukabumi
Orde sungai dari sungai permanen pada Sungai Cimandiri yang
melewati Kabupaten Sukabumi, Kabupaten Cianjur, dan Kota
Sukabumi
Distribusi ikan sidat berdasarkan stadia di Sungai Cimandiri
Matriks pengaruh dan kepentingan stakeholder
Daerah pemanfaatan dan perlindungan sumber daya perikanan sidat
di Sungai Cimandiri
Pembatasan penangkapan glass eels di Sungai Cimandiri
4
9
11
13
14
16
17
19
20
22
24
26
28
31
34
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
50
48
51
60
xi
DAFTAR LAMPIRAN
1 Variabel penilaian pengaruh stakeholder
2 Variabel penilaian kepentingan stakeholder
3 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Anguilla bicolor
bicolor berdasarkan sekuen 304 pb yang dibndingkan dengan
outgroup
4 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Anguilla marmorata
berdasarkan sekuen 304 pb yang dibndingkan dengan outgroup
5 situs nukleotida spesifik gen COI pada alel spesifik antara A. bicolor
bicolor dengan A. marmorata
6 Analisis penentuan status kehidupan ikan sidat (Vamellia 2014)
7 Hasil penghitungan indeks kualitas perairan (Vamellia 2014)
8 Indeks kualitas perairan dan kelayakan perikanan (Vamellia 2014)
9 Nilai pengaruh dan kepentingan dalam analisis stakeholder
10 Perhitungan pembatasan penangkapan glass eels
67
68
69
71
72
73
74
75
76
77
1
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan ikan dari ordo Anguilliformes yang
tergolong dalam ikan katadromus. Ikan katadromus yaitu ikan yang bermigrasi
dari perairan tawar ke perairan laut. Ikan sidat memijah di laut, menghasilkan
larva (leptocephalus), dan terbawa oleh turbulensi arus ke arah tepi laut.
Leptocephalus berkembang menjadi glass eels dan mulai memasuki daerah sungai
atau estuari. Kemudian berkembang menjadi elvers yang mulai memiliki
perubahan pigmen tubuh. Elvers berkembang menjadi yellow eels. Selama
pematangan, ikan sidat berkembang menjadi silver eels dan kembali ke laut untuk
memijah dan mati (Tesch et al. 2003). Ikan sidat tersebar di daerah tropis maupun
sub tropis. Terdapat 22 spesies/subspesies ikan sidat yang ditemukan di dunia dan
sembilan spesies/subspesies diantaranya terdapat di Indonesia, yaitu Anguilla
bicolor bicolor, A. nebulosa nebulosa, A. bicolor pacifica, A. interioris,
A..borneensis, A..celebesensis, A. marmorata, A. obseura, dan A. megastoma
(Sugeha and Suharti 2008). Daerah penyebaran ikan sidat di Indonesia meliputi
Sumatera, Jawa, Kalimantan, Sulawesi (Delsman 1929 in Tesch et al. 2003), Bali,
Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua (Fahmi 2015).
Ikan sidat pada stadia glass eels sulit dibedakan karena memiliki kemiripan
pada struktur morfologisnya (Jamandre et al. 2007). Menurut Bickford et al.
(2006), biota perairan umumnya terjadi fenomena cryptic species yang sering kali
menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologis.
Cryptic species
merupakan dua atau lebih spesies yang berbeda diklasifikasikan dalam satu nama
spesies akibat karakteristik morfologis yang samar. Dekade terakhir ini mulai
berkembang suatu metode identifikasi yang lebih akurat yaitu identifikasi secara
molekuler. Identifikasi suatu organisme mulai spesies hingga subspesies secara
akurat terhadap berbagai spesies yang sulit dibedakan secara morfologis dapat
menggunakan teknik DNA barcoding (Tudge 2000).
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan salah satu komoditi hasil perikanan
yang memiliki nilai ekonomis penting dengan peluang pasar yang terbuka
(terutama tujuan ekspor), sehingga Indonesia memiliki potensi perikanan sidat
tropis yang tinggi. Menurut Affandi (2005), sumber daya ikan sidat di Indonesia
belum banyak dimanfaatkan. Hal ini terlihat dari tingkat pemanfaatan ikan sidat
secara lokal masih sangat rendah, padahal jumlah ikan ini baik dalam ukuran
benih maupun ukuran konsumsi cukup melimpah. Namun, dekade terakhir ini
menunjukkan adanya pemanfataan cenderung semakin meningkat pesat, sehingga
populasi sidat menurun (Widyasari 2013). Salah satu daerah yang memiliki
potensi dan aktivitas penangkapan ikan sidat yang tinggi adalah Teluk
Palabuhanratu (Pantai Selatan Pulau Jawa) (Sriati 1998). Teluk Palabuhanratu
merupakan tempat bermuaranya beberapa sungai, 8 diantaranya yaitu: Sungai
Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai Citiis, Sungai Cimaja, Sungai
Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai Cipalabuhan, dan Sungai Cimandiri
(PSDA 2010).
Kondisi Teluk Palabuhanratu banyak dipengaruhi oleh kondisi oseanografi
Samudera Hindia seperti adanya pengaruh angin yang besar. Potensi perikanan
2
sidat di Teluk Palabuhanratu mendukung kegiatan perikanan secara signifikan
bagi pendapatan masyarakat Kabupaten Sukabumi khususnya nelayan. Tingginya
permintaan ikan sidat mengakibatkan terjadinya usaha pembesaran pada budidaya
ikan sidat. Budidaya ikan sidat sangat ditentukan oleh ketersediaan benih yang
selama ini hanya mengandalkan dari alam (Widyasari 2013). Seiring dengan upaya
peningkatan hasil produksi perikanan sidat, habitat ikan sidat di Indonesia perlu
dilindungi mengingat bahwa aktifitas penangkapan yang terus meningkat terutama
di Teluk Palabuhanratu. Penurunan kualitas ekologis salah satunya yaitu
kerusakan habitat menyebabkan penurunan hasil tangkapan ikan sidat (Fahmi and
Hirnawati 2010). Oleh karena itu diperlukan suatu perlindungan terhadap habitat
dan sumber daya perikanan sidat.
Perikanan refugia didefinisikan sebagai daerah laut atau pesisir di mana
langkah-langkah pengelolaan yang spesifik diterapkan untuk mempertahankan
spesies (sumber daya perikanan) penting selama tahap kritis siklus hidup ikan
tersebut, untuk pemanfaatan secara berkelanjutan (UNEP 2005). Konsep
perikanan refugia dibuat berdasarkan identifikasi dan design dengan area prioritas
kepada perikanan terintegrasi dan manajemen habitat (Paterson et al. 2013;
Armada 2014). Daerah perlindungan perikanan sidat yang dibentuk berdasarkan
konsep perikanan refugia, menitik beratkan pada kondisi habitat alami dan siklus
hidup yang kritis dari ikan sidat di Teluk Palabuhanratu. Informasi morfologis,
molekuler, dan kondisi perairan digunakan dalam acuan penentuan daerah
perlindungan berbasis spesies dengan konsep perikanan refugia.
Perumusan Masalah
Biota akuatik bersifat cryptic species yang sering kali dapat mengakibatkan
kesalahan dalam identifikasi berdasarkan karakter morfologis. Kepastian
taksonomi (taxonomy certainty) terhadap suatu spesies sangat diperlukan dalam
menentukan pengelolaan suatu sumber daya. Berkembangnya metode identifikasi
dengan pendekatan molekuler menjadi salah satu cara untuk mengatasi masalah
tersebut. DNA barcoding merupakan salah satu metode untuk mengidentifikasi
spesies secara cepat dan akurat. Kepastian taksonomi dari spesies sidat di Teluk
Pelabuhanratu akan memudahkan dalam menentukan langkah pengelolaan secara
tepat terhadap spesies tersebut. Selain itu, keragaman sekuen nukleotida dapat
memberi informasi yang dapat digunakan dalam acuan penentuan daerah
perlindungan sumber daya ikan berbasis spesies.
Identifikasi secara molekuler telah dilakukan pada ikan sidat yang
ditemukan di Sungai Cimandiri (Fahmi 2013), namun identifikasi secara
molekuler belum pernah dilakukan di sungai lain yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu. Selain itu, penanda molekuler yang digunakan berupa gen COI
yang berbeda dengan penanda yang digunakan oleh penelitian sebelumnya yaitu
gen Cyt-b. Gen COI sedikit mengalami delesi dan insersi dalam sekuennya, serta
variasi yang sedikit sehingga dapat digunakan sebagai marka pada DNA
barcoding (Hebert et al. 2003). RFLP dapat digunakan untuk mengetahui
populasi melalui perbedaan alel dari masing-masing sungai. Analisis genetik
dapat digunakan untuk menunjukkan adanya keragaman individu dalam populasi
maupun antar populasi, sehingga dapat ditentukan populasi ikan sidat dan
3
konektivitas ikan sidat antar masing-masing sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu.
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan salah satu komoditi hasil perikanan
yang memiliki nilai ekonomis penting di dunia. Penurunan populasi Anguilla
anguilla, di Amerika dan Eropa, serta A. japonica di Jepang, mengakibatkan sidat
tropis menjadi target konsumsi sidat dunia (Arai 2014). Aktifitas penangkapan
dan budidaya dari tahun ke tahun cenderung mengalami kenaikan. Kegiatan
perikanan tangkap dan budidaya sidat berkembang di daerah sekitar Teluk
Palabuhanratu. Kegiatan pemanfaatan maupun aktivitas di sekitar Teluk
Palabuhanratu dapat mempengaruhi faktor internal dari biologis ikan sidat.
Kegiatan budidaya ikan sidat sangat ditentukan oleh ketersediaan glass eels di
sungai sehingga berpengaruh terhadap kondisi stok di alam.
Ancaman
penangkapan berlebih dan degradasi habitat yang terjadi di Teluk Palabuhanratu
menyebabkan perlu adanya pengelolaan yang tepat untuk mempertahankan
sumber daya tersebut.
Salah satu bentuk pengelolaan yang dilakukan yaitu perlindungan daerah
yang menjadi habitat penting dalam siklus hidup ikan sidat untuk
mempertahankan ketersediaan stok di perairan. Daerah perlindungan tersebut
ditentukan berdasarkan informasi biologis dan ekologis. Selain itu, penentuan
daerah perlindungan harus disesuaikan dengan kondisi sosial pada masyarakat
sekitar Teluk Palabuhanratu. Oleh karena itu, diperlukan konsep perlindungan
yang sesuai dengan aspek-aspek tersebut. Salah satu bentuk daerah perlindungan
yaitu perikanan refugia. Konsep perikanan refugia lebih ditekankan pada
perlindungan lokasi-lokasi tertentu yang mejadi habitat pada siklus hidup kritis
ikan sidat, bukan melarang ada penangkapan secara total pada satu wilayah
berdasarkan zonasi (Paterson et al. 2013). Namun, perikanan refugia menyediakan
daerah dalam perlindungan (spawning dan nursery ground) untuk ditutup bagi
siklus hidup kritis spesies (UNEP 2006). Ikan sidat di habitat asli akan terjaga
pada waktu yang penting untuk siklus hidup, sehingga mengurangi growth
overfishing dan recruitment overfishing. Perikanan refugia difokuskan pada
daerah yang sangat penting bagi siklus hidup suatu ikan.
Daerah perlindungan tersebut perlu diinformasikan kepada stakeholder pada
sumber daya perikanan sidat tentang bahaya melakukan eksploitasi berlebih
terutama pada daerah-daerah tertentu atau di lokasi-lokasi tertentu yang
merupakan jalur ruaya reproduksi, agar proses rekrutmen ikan tersebut tidak
terganggu. Terjaminnya alur ruaya pemijahan ikan sidat dari upaya penangkapan
yang menyalahi aturan akan menjamin keberadaan stok ikan di alam tetap stabil
secara berkesinambungan (Affandi 2005).
Kerangka Penelitian
Pemanfaatan sumber daya perikanan sidat di beberapa sungai yang
bermuara ke Teluk Palabuhanratu belum memiliki dasar pengelolaan yang tepat.
Stadia hidup dan migrasi ikan sidat menyebabkan perikanan sidat memiliki siklus
hidup yang kritis. Penangkapan berlebih dan degradasi habitat yang terjadi di
Teluk Palabuhanratu menjadi ancaman penting terhadap kelestarian sumber daya
perikanan sidat. Pengelolaan berupa perlindungan daerah perikanan dibutuhkan
4
untuk menjamin keberlangsungan rekruitmen sehingga dapat terjadinya
pemanfaatan secara berkelanjutan terhadap sumber daya tersebut.
Perikanan refugia merupakan salah satu konsep daerah perlindungan
terhadap sumber daya perikanan. Menurut Paterson et al. (2013), perikanan
refugia memiliki tujuan untuk peningkatan pengelolaan stok ikan dan hubungan
habitat dengan meningkatnya ketahanan stok. Manfaat perikanan refugia yaitu
menjaga ikan di habitat asli pada waktu yang penting untuk siklus hidup, akan
mengurangi growth overfishing dan recruitment overfishing. Kriteria pemilihan
lokasi berdasarkan pentingnya siklus hidup spesies ekonomis penting dan
kemungkinan untuk meningkatkan stok. Status kegunaan didasarkan pada
pemanfaatan berkelanjutan daripada larangan penangkapan ikan. Akseptabilitas
ke masyarakat dengan tujuan dan dasar ilmiah yang dapat diterima dengan baik
oleh nelayan, masyarakat, dan pejabat setempat.
8 sungai yang
bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Biologi
Spesies ikan
sidat
Ekologi
Habitat
dan
perairan
Data Analisis
Kualitas Air
Data Analisis
Morfologi
PENETAPAN KAWASAN
PERIKANAN REFUGIA
Data Kondisi
Perairan
Data Analisis
Molekuler
SATU SUNGAI DIPILIH
SEBAGAI PERIKANAN
REFUGIA
Kualitas Air
Distribusi Ikan
Berdasarkan Stadia
Stream Orders
PENGELOLAAN DAN PERLINDUNGAN SUMBER
DAYA PERIKANAN SIDAT BERDASARKAN
KONSEP PERIKANAN REFUGIA
Stakehoders
5
Gambar 1 Kerangka umum pendekatan studi
Konsep perikanan refugia dirasa tepat digunakan dalam pengelolaan sumber
daya perikanan sidat di Teluk Palabuhanratu. Hal tersebut sesuai dengan kondisi
masyarakat setempat.
Pelarangan penangkapan secara menyeluruh dapat
menyebabkan konflik, sehingga pengelolaan lebih ditekankan pada pemanfaatan
berkelanjutan daripada larangan penangkapan ikan.
Penentuan kawasan
perikanan refugia pada penelitian ini didasarkan pada basis informasi kondisi
perairan, informasi morfologis, dan informasi molekuler (Gambar 1).
Pertimbangan dari semua basis informasi tersebut akan didapatkan rencana
pengelolaan dan pemanfaatan yang tepat.
Rencana pengelolaan akan
dinformasikan dan didiskusikan dengan stakeholder pemanfaat sumber daya
perikanan sidat. Hasil analisiss stakeholder dapat digunakan sebagai evaluasi dan
perbaikan dalam perencanaan pengelolaan yang akan digunakan. Selain itu,
rencana pengelolaan akan ditetapkan dan divisualisasikan dalam sebuah peta
pengeloaan melalui analisis spasial. Output pada penelitian ini berupa rencana
pengelolaan perikanan berbasis pada perikanan refugia.
Tujuan Penelitian
1.
2.
Penelitian ini bertujuan untuk:
Mengidentifikasi keragaman morfologis dan keragaman nukleotida Anguilla
spp. yang berasal dari beberapa sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu.
Menentukan daerah perlindungan dan membuat rekomendasi strategi
pengelolaan dengan konsep perikanan refugia di Teluk Palabuhanratu.
6
2 TINJAUAN PUSTAKA
Perikanan Refugia
Perikanan refugia didefinisikan sebagai daerah laut atau pesisir di mana
langkah-langkah pengelolaan yang spesifik diterapkan untuk mempertahankan
spesies (sumber daya perikanan) penting selama tahap kritis siklus hidup ikan
tersebut, untuk pemanfaatan secara berkelanjutan (UNEP 2005).
Menurut Paterson et al. (2006) dan UNEP (2006), perikanan refugia dapat
diterapkan secara sukses di daerah pengelolaan perikanan dengan:
1. tidak secara sederhana menentukan no take zones;
2. memiliki tujuan penggunaan yang berkelanjutan untuk kepentingan
sekarang dan masa depan;
3. menyediakan beberapa daerah perlindungan yang akan ditutup karena
penting untuk siklus hidup suatu spesies atau kelompok spesies;
4. fokus pada bidang yang sangat penting dalam siklus hidup spesies ikan,
termasuk pemijahan dan pembesaran, atau area habitat yang diperlukan
untuk perbaikan induk;
5. memiliki karakteristik yang berbeda sesuai dengan tujuan dan spesies atau
kelompok spesies yang dibentuk, kemudian akan diberlakukan langkahlangkah pengelolaan yang berbeda; dan
6. memiliki rencana pengelolaan.
Tindakan manajemen yang dapat diterapkan dalam perikanan refugia dapat
mengacu pada tindakan pengelolaan perikanan klasik (Paterson et al. 2006; UNEP
2006), seperti:
1. pengecualian metode tangkap (misalnya light luring, purse seine);
2. pembatasan alat tangkap (misalnya mesh size);
3. pelarangan alat tangkap (misalnya jaring dorong, trawl demersal);
4. ukuran kapasitas/mesin kapal;
5. penutupan musiman selama periode siklus hidup kritis ikan;
6. pembatasan musiman (misalnya penggunaan alat tangkap tertentu yang
mungkin sebagai perangkap larva); dan
7. pembatasan akses dan penggunaan terbatas berbasis hak dalam perikanan
skala kecil.
Perikanan refugia merupakan salah satu konsep pengelolaan sumber daya
perikanan. Terdapat konsep perngelolaan perikanan lain yang sering digunakan
dalam pengelolaan sumber daya perikanan yaitu Marine Protection Area (MPA).
Perbedaan antara Marine Protection Area dan perikanan refugia disajikan pada
Tabel 1 (Paterson et al. 2013).
Kriteria pemilihan lokasi perikanan refugia berdasarkan pentingnya siklus
hidup dari spesies ekonomis penting dan kemungkinan untuk meningkatkan stok.
Konsep perikanan refugia mempertimbangkan penggunaan berkelanjutan dari stok
ikan dan habitatnya. Hal tersebut berfokus pada siklus hidup ikan dan hubungan
habitat yang kritis dalam kriteria pemilihan lokasi (Armada 2014). Inventarisasi
dan pengkajian daerah pemijahan dan daerah pembesaran dibangun dengan
konsultasi dan survei lapangan dengan melibatkan masyarakan lokal, pengelola,
dan peneliti untuk kemungkinan menggunakan pengetahuan lokal (Long and Tuan
7
2014). Validasi lapangan adanya daerah pemijahan atau daerah pembesaran dan
identifikasi setiap area dibangun dengan melibatkan pengalaman nelayan dan
peneliti. Pemilihan titik untuk pembentukan dan pengelolaan perikanan refugia
didasarkan pada data ilmiah dan konsultasi dengan komunitas lokal dan
menggunakan keterwakilan habitat, keragaman dan kelimpahan spesies target,
serta potensi pengelolaan pada kriteria pemilihan. Perikanan refugia dikenal
dengan istilah „nursery refugia‟ dan „spawning refugia‟. Menurut Siriraksophon
(2014), pengelolaan „nursery refugia‟ untuk tempat berlindung ikan sejak fase
juvenil dan prerekruitmen dari siklus hidup dan penggunaan habitat sebagai
pembesaran dapat membantu pencegahan growth overfishing. Sama halnya
dengan „spawning refugia‟, pengelolaan dapat membantu pencegahan recruitment
overfishing (UNEP 2006).
Tabel 1 Perbandingan antara tujuan, manfaat, pemilihan lokasi, penggunaan, dan
penerimaan dari Marine Protection Area dan perikanan refugia
Parameter
Marine Protection Area
Perikanan Refugia
Perlindungan keanekaragaman Memperbaiki pengelolaan stok
Tujuan
hayati untuk meningkatkan
ikan dan hubungan habitat untuk
strategis
produksi ikan
meningkatan ketahanan stok
Menjaga ikan di tempat dan
Peningkatan stok di dalam
pada waktu yang penting untuk
Manfaat
MPA untuk penangkapan yang siklus hidup akan mengurangi
perikanan
lebih besar di luar MPA
growth overfishing dan
recruitment overfishing
Pentingnya siklus hidup dari
Kriteria
Keanekaragaman jenis/
spesies ekonomis penting dan
pemilihan
kekayaan jenis, keunikan situs,
kemungkinan untuk
lokasi
dan keterwakilan situs
meningkatkan stok
Perlindungan yang ketat pada
Berdasarkan pemanfaatan
beberapa penggunaan
Status guna
berkelanjutan daripada larangan
(biasanya zona pelarangan
penangkapan ikan
penangkapan)
Tujuan dan dasar ilmiah
Akseptabilitas Kekhawatiran bahwa biaya
diterima dengan baik oleh
ke
lebih besar daripada manfaat
nelayan, masyarakat, dan
masyarakat
dan penegakan yang mahal
pejabat setempat
Pengelolaan dan Perlindungan Perikanan di Indonesia
Perlindungan sumber daya perikanan telah diatur dalam perudangundangan. Terdapat beberapa aturan diantaranya: Undang-Undang No.5 Tahun
1990 tentang Konservasi Sumber Daya Alam Hayati dan Ekosistemnya, Peraturan
Pemerintah No.60 Tahun 2007 tentang Konservasi Sumber Daya Ikan, dan
Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No.17 Tahun 2008 tentang Kawasan
Konservasi Wilayah Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil.
Undang-Undang No.5 Tahun 1990 Pasal 5 menjelaskan bahwa konservasi
sumber daya alam hayati dan ekosistemnya dilakukan melalui kegiatan
8
perlindungan sistem penyangga kehidupan; pengawetan keanekaragaman jenis
tumbuhan dan satwa beserta ekosistemnya; serta pemanfaatan secara lestari
sumber daya alami hayati dan ekosistemnya. Bentuk konservasi perairan menurut
Peraturan Pemerintah No.60 Tahun 2007 Pasal 8 yaitu terdiri atas taman nasional
perairan, taman wisata perairan, suaka alam perairan, dan suaka perikanan.
Kawasan perlindungan sumber daya perikanan lebih ditekankan pada zonasi
kawasan konservasi perairan (Pasal 17 Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun
2007), yaitu:
a. zona inti;
b. zona perikanan berkelanjutan;
c. zona pemanfaatan; dan
d. Zona lainnya.
Sistem zonasi menurut KKP3K dan KKM (Pasal 31 Peraturan Menteri Nomor 17
Tahun 2008) yaitu:
a. zona inti;
b. zona pemanfaatan terbatas; dan/atau
c. zona lainnya sesuai dengan peruntukan kawasan.
Peraturan Menteri Perdagangan Nomor 44 tahun 2012 tentang larangan
mengekspor benih sidat dan mengharuskan masyarakat mengembangkan teknik
budidaya hingga ikan sidat berukuran layak ekspor. Benih sidat masih
mengandalkan ketersediannya di alam sehingga populasi sidat terancam.
Sumber daya perikanan sidat perlu dilindungi guna mempertahankan ketersediaan
di alam.
9
3 METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Penelitian dilaksanakan dibeberapa sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat. Lokasi penelitian meliputi delapan sungai
yaitu Sungai Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai Citiis, Sungai Cimaja, Sungai
Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai Cipalabuhan, dan Sungai Cimandiri
(Gambar 2) dengan panjang masing-masing sungai disajikan pada Tabel 2. Ikan
sidat dari setiap sungai ditangkap menggunakan alat tangkap anco dan sodok
(Widyasari 2013).
Pengambilan contoh ikan sidat dilakukan pada bulan Agustus 2014, Oktober
2014, dan Desember 2014. Analisis molekuler dilaksanakan mulai bulan
September 2014 hingga Maret 2015 di Laboratorium Biomolekuler Akuatik
Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan dan Laboratorium Terpadu
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Gambar 2 Lokasi penelitian di delapan sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Tabel 2 Keterangan lokasi sampling (PSDA 2010)
No
Nama Sungai
Panjang Sungai (Km)
1
Cibareno
27,00
2
Cibangban
14,00
3
Citiis
8,00
4
Cimaja
19,00
5
Cisukawayana
10,00
6
Citepus
16,00
7
Cipalabuhan
5,50
8
Cimandiri
69,50
10
Kegiatan tracking sungai (wawancara dan pengambilan sampel air)
dilakukan pada bulan April 2015. Analisis kualitas air dilaksanakan pada bulan
April 2015 di Laboratorium Produktivitas Lingkungan Perairan, Departemen
Manajemen Sumber Daya Perairan, Institut Pertanian Bogor.
Presedur Penelitian
Penelitian ini dilakukan dengen beberapa tahap. Tahap-tahap penelitian
meliputi: identifikasi spesies dan konektivitas antar spesies secara morfologis dan
molekuler, pemilihan salah satu sungai sebagai kawasan perikanan refugia sidat
(berdasarkan informasi morfologis, molekuler, dan kondisi perairan), dan
peninjauan kembali kawasan perikanan refugia sidat (tracking sungai). Jenis
kegiatan yang dilakukan dan data yang dikumpulkan disajikan pada Tabel 3.
Tabel 3 Tahapan, jenis kegiatan, dan jenis data penelitian
No
Tahap penelitian
Kegiatan
Analisis Morfologis
Identifikasi spesies dan
Analisis Molekuler
1. konektivitas antar
Isolasi dan ekstraksi DNA, PCR,
spesies
dan sequensing
RFLP
Pemilihan kawasan perikanan
refugia berdasarkan pertimbangan:
Pemilihan salah satu
2. sungai sebagai kawasan Informasi morfologis
perikanan refugia sidat
Informasi molekuler
Informasi kondisi perairan
Tracking sungai
Peninjauan kembali
Pengambilan sampel kualitas air
3. kawasan perikanan
dan pengamatan kondisi habitat
refugia sidat
Wawancara nelayan
Jenis Data
Primer
Primer
Primer
sekunder
Primer
Penentuan Kawasan Perikanan Refugia
Analisis Morfologis
Sampel ikan muda dan dewasa dikumpulkan dari setiap sungai oleh nelayan.
Jumlah sampel yang diambil dari setiap masing-masing sungai sebanyak 5 sampai
10 individu. Sampel glass eels diambil dari Sungai Cimandiri sebanyak 106
individu. Sampel sidat kemudian dimasukkan ke dalam tabung koleksi berukuran
100 ml yang berisi alkohol 96% dan dibawa ke Laboratorium Biomolekuler
Akuatik Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan.
Ukuran glass eels sidat tropis tidak melebihi 60 mm dan biasanya kurang
dari 50 mm (Aoyama et al. 2003; Robinet et al. 2003). Sidat muda telah memiliki
perkembangan pigmentasi tubuh dan berukuran kurang dari 200 mm, sedangkan
sidat dewasa memiliki ukuran diatas 200 mm (Silfvergrip 2009). Sidat butuh
beberapa tahun untuk pematangan menjadi silver eels dan kembali ke laut untuk
memijah.
11
Karakteristik morfologis ikan sidat diamati dan disamakan dengan
karakteristik yang terdapat pada buku identifikasi sidat (Anguillidae) (Tesch 2003;
Silfvergrip 2009; Elie 1982 in Fahmi and Hirnawati 2010). Selain itu, dilakukan
pengukuran morfometrik berupa total length (TL), head length (HL), pre-dorsal
head length (PDHL), pre-anal length (PAL), pre-dorsal length (PDL), dan anodorsal length (AD) (Gambar 3). Keterangan kode sampel yang akan digunakan
yaitu ABB = Anguilla bicolor bicolor; AM = Anguilla marmorata; bar = Sungai
Cibareno; ban = Sungai Cibangban; tii = Sungai Citiis; maj = Sungai Cimaja; suk
= Sungai Cisukawayana; tep = Sungai Citepus; pal = Sungai Cipalabuhan; dan
man = Sungai Cimandiri.
Gambar 3 Pengukuran morfometrik ikan sidat
Analisis Molekuler
Isolasi dan ekstraksi DNA
Lima sampel dari masing-masing sungai yang telah diawetkan dalam
alkohol 96%, diambil ototnya dengan bobot 50-60 mg dan dicuci untuk
menghilangkan kandungan alkohol. Otot tersebut kemudian dikeringkan dan
dimasukkan kedalam microtube. Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan
menggunakan kit komersil (Gene Aid) berdasarkan prosedur manual pabrik
dengan beberapa modifikasi. DNA total akan dihasilkan dalam tahapan ini.
Uji kualitas DNA total
Kualitas DNA total diuji dengan elektroforesis pada gel agarosa 1,2%
menggunakan larutan buffer TAE1x dan DNA diwarnai dengan menggunakan
ethidium bromide sebanyak 5 μl. DNA total yang dipakai sebanyak 2,5 μl.
Visualisasi DNA total dilakukan dengan menggunakan mesin ultraviolet.
Kualitas DNA akan terlihat dari pita DNA yang muncul pada proses visualisasi.
Amplifikasi dan visualisasi fragmen DNA gen COI
DNA total yang memiliki kualitas baik layak dijadikan sebagai cetakan
untuk amplifikasi fragmen DNA gen COI. Amplifikasi dilakukan dengan teknik
PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan kit komersial Kapa
Extra Hot Start. Primer yang digunakan adalah primer universal untuk beberapa
biota akuatik yang didisain oleh Butet (2013, unpublish data). Tahapan
amplifikasi dilakukan meliputi predenaturasi 94 0C selama 5 menit, denaturasi 94
0
C selama 45 detik, annealing 54 0C selama 1 menit, elongasi 72 0C selama 1
menit, pascaelongasi 72 0C selama 5 menit, dan penyimpanan 15 0C selama 10
menit. Produk PCR kemudian diuji kualitasnya dengan elektroforesis pada gel
agarosa 1,2% dan divisualisasi menggunakan mesin ultraviolet.
Pengurutan produk PCR (Sekuensing) DNA Anguilla spp. gen COI
Produk PCR yang memiliki kualitas baik layak dilanjutkan ke tahap
sekuensing untuk ditentukan sekuen basa nukleotidanya. Sekuensing dilakukan
12
menggunakan metode Sanger (1977) dengan mengirimkan produk PCR tersebut
ke perusahaan jasa pelayanan sekuensing.
RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphisms)
Analisis keragaman genetik atau untuk melihat polimorfisme pada situs
pemotongan dari masing-masing individu menggunakan 1 enzim retriksi. Enzim
yang digunakan tersebut adalah Alu I. Pemotongan dilakukan dengan memakai
enzim dan campuran reaksi.
Pemilihan sungai sebagai kawasan perikanan refugia
Beberapa sungai yang bermuara ke Teluk Palabuhanratu akan dipilih salah
satu atau lebih yang akan dijadikan sebagai kawasan perikanan refugia.
Pemilihan sungai yang akan ditetapkan sebagai kawasan perikanan refugia
didasarkan pada informasi morfologis, informasi molekuler, dan kondisi perairan
sungai. Informasi morfologis dan molekuler didapatkan dari hasil penelitian ini,
sedangkan kondisi perairan sungai didapatkan dari studi literatur. Analisis
morfologis dan molekuler memberikan informasi mengenai jenis spesies yang ada
di Teluk Palabuhanratu dan konektivitas terhadap sungai-sungai tersebut. Sungai
dengan kondisi perairan baik akan dipilih sebagai kawasan perikanan refugia.
Peninjauan Kembali Kawasan Perikanan Refugia
Tracking sungai
Sungai yang telah ditetapkan sebagai kawasan perikanan refugia ditinjau
kembali melalui tracking sungai. Tracking sungai dilakukan untuk mengetahui
kualitas air dan kondisi habitat secara lebih detail. Kualitas air diukur pada titik
yang dianggap penting dalam siklus hidup ikan sidat. Informasi mengenai titik
tersebut didapatkan dari hasil wawancara dan pengamaan langsung. Selain itu,
dilakukan wawancara terhadap nelayan sekitar sungai untuk mengetahui stadia,
lokasi, dan aktivitas penangkapan sidat.
Pengambilan sampel kualitas air
Kualitas air yang diukur meliputi pengukuran parameter fisika dan kimia
perairan yaitu in situ (suhu dan pH) dan eks situ (Total-P, Nitrat, kesadahan, dan
klorofil). Analisis laboratorium dilakukan untuk mengetahui kandungan kimia
perairan. Analisis parameter kimia pada sampel air meliputi total fosfat, nitrat,
kesadahan, dan klorofil. Metode pengukuran pada parameter menggunakan
standar APHA (2012) pada Tabel 4. Parameter ini dipilih karena secara langsung
maupun tidak langsung dapat mempengaruhi keberlangsungan hidup ikan sidat.
Tabel 4 Metode pengukuran parameter (APHA 2012)
Satuan
Parameter
Metode
Total-P
Nitrat
Kesadahan
Klorofil
mg/L
mg/L
mgCaCO3/L
μg/L
Manual Digestion and Flow Injection
Colorimetric Method
Titrimetri Method
Spectrophotometric Method
Lokasi penelitian dapat terlihat pada Gambar 4. Kualitas air di sungai
Cimandiri diamati kembali dengan mengambil 4 titik sampling. Stasiun 1
menunjukkan anak sungai dari hulu, stasiun 2 menunjukkan sungai bagian hulu,
13
stasiun 3 menunjukkan sungai bagian tengah. Stasiun 4 menunjukkan sungai
bagian hilir.
Gambar 4 Lokasi pengambilan sampel kualitas air di Sungai Cimandiri
Wawancara
Responden ditentukan dengan menggunakan metode purposive sampling,
dengan pertimbangan bahwa responden berperan dalam pemanfaatan sumber daya
ikan sidat maupun habitatnya, berperan dalam pengelolaan maupun pengambilan
keputusan terhadap sumber daya ikan sidat. Responden diharapkan dapat
memahami substansi data atau informasi yang akan didiskusikan. Oleh karena itu,
responden wawancara dalam penelitian ini meliputi nelayan, masyarakat sebagai
pemanfaat habitat ikan sidat, dan instansi pemerintah daerah. Substansi yang
digali dalam wawancara ini lebih difokuskan pada identifikasi faktor internal
(kekuatan dan kelemahan), dan faktor eksternal (peluang dan ancaman) yang
dihadapi masyarakat, penentuan tingkat kepentingan faktor internal dan eksternal
yang teridentifikasi, serta harapan yang dikehendaki oleh masyarakat dengan
adanya daerah perlindungan ikan sidat.
Wawancara terhadap nelayan dilakukan untuk mengidentifikasi keberadaan
ikan sidat, batas distribusi berdasarkan stadia, lokasi penangkapan, aktivitas
penangkapan, dan jenis kegiatan di sekitar sungai. Wawancara dilakukan dengan
beberapa pertanyaan melalui kuesioner. Hasil wawancara akan digunakan sebagai
salah satu dasar pembuatan peta kawasan perikanan refugia di sungai yang telah
dipilih.
14
Analisis Data
Analisis Morfologis
Elie (1982) in Reveillac (2009) menyatakan bahwa persamaan yang
digunakan dalam pembeda antar spesies yaitu ano-dorsal length (AD) dibagi
dengan total length (TL), seperti persamaan berikut:
Penentuan jenis spesies berdasarkan nilai (AD/TL) memiliki kisaran setiap
jenis spesiesnya. Gambar 5 menunjukkan nilai kisaran (AD/TL) pada spesies
A..bicolor bicolor, A. nebulosa labiata, dan A. marmorata (Elie 1982 in Reveillac
2009).
Gambar 5 Perbedaan spesies berdasarkan nilai AD/TL
Karakter populasi ikan sidat tropis menggunakan data morfometrik.
Pengelompokan populasi glass eels dianalisis menggunakan discriminant analysis
pada softwaare SPSS dan pemisahan karakter populasi ikan sidat muda dan
dewasa dianalisis menggunakan cluster analysis dengan membuat dendogram
pada software XLSTAT. Cluster analysis dan discriminant analysis didapatkan
berdasarkan masing-masing nilai parameter pada pengukuran morfometrik.
Analisis Molekuler
Penentuan sekuen nukleotida gen COI Anguilla spp.
Sekuen nukleotida hasil sekuensing disejajarkan dengan menggunakan
metoda Clustal W yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).
Sekuen nukleotida gen COI Anguilla spp. dengan primer forward dan reverse
diedit dan dianalisis untuk mendapatkan sekuen DNA dari gen COI tersebut.
Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI genus Anguilla
Sekuen gen COI Anguilla spp. dari penelitian ini disejajarkan antara semua
sampel dan sekuens gen COI untuk spesies lain dalam genus Anguilla yang
ditemukan di GenBank. Spesies yang digunakan yaitu genus Anguilla yang
meliputi A. australis (EF609282.1), A. reinhardtii (HM006952.1), dan A. japonica
15
(HQ339972.1). Sekuen gen COI spesies-spesies dari genus Anguilla tersebut
diunduh dari data GenBank.
Jarak genetik
Jarak genetik sekuen gen COI antara Anguilla spp. dan spesies lain dari
genus Anguilla dihitung menggunakan metode pairwise distance yang terdapat
pada program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Hasil perhitungan jarak genetik
disajikan dalam bentuk matriks data yang dapat digunakan untuk analisis
hubungan kekerabatan antar spesies berdasarkan pohon filogeni.
Analisis filogeni
Analisis filogeni Anguilla spp. dikonstruksi antara gen COI Anguilla spp.
dari penelitian ini dengan A. australis, A. reinhardtii, dan A. japonica. Konstruksi
pohon filogeni menggunakan metode bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ)
dengan 1000 kali pengulangan yang terdapat pada program MEGA 5.0 (Tamura et
al. 2011).
Analisis Spasial
Keseluruhan informasi biologis maupun sosial dianalisis secara spasial
dalam bentuk peta daerah pemanfaatan dan perlindungan sumber daya perikanan
sidat. Peta dibuat dengan memasukkan daerah tertentu yang tidak boleh
dimanfaatkan atau spot perlindungan dan daerah tertentu yang boleh dilakukan
pemanfaatan atau spot penangkapan. Selain itu, didalam peta dimasukan
beberapa aspek lain seperti: distribusi ikan berdasarkan stadia dan orde sungai.
Analisis spasial dilakukan dengan menggunakan software ArcGIS 9.3.
Tabel 5 Ukuran kuantitatif terhadap pengaruh dan kepentingan stakeholder
Kepentingan stakeholder
Skor
Kriteria
Keterangan
5
Sangat tinggi Sangat bergantung pada keberadaan sumber daya
4
Tinggi
Ketergantungan tinggi terhadap sumber daya
3
Cukup tinggi Cukup bergantung terhadap sumber daya
2
Kurang tinggi Ketergantungan terhadap sumber daya rendah
1
Rendah
Tidak bergantung terhadap sumber daya
Pengaruh stakeholder
Skor
Kriteria
Keterangan
5
Sangat tinggi Sangat mempengaruhi pengelolaan sumber daya
4
Tinggi
Mempengaruhi pengelolaan sumber daya
3
Cukup tinggi Cukup mempengaruhi pengelolaan sumber daya
2
Kurang tinggi Kurang mempengaruhi pengelolaan sumber daya
1
Rendah
Tidak mempengaruhi pengelolaan sumber daya
Analisis Stakeholder
Pomeroy and Douvere (2008) mendefinisikan analisis stakeholder atau
kelembagaan sebagai pendekatan dan prosedur untuk memperoleh pemahaman
tentang sistem dengan cara mengidentifikasi pelaku utama dan pemegang
kepentingan dalam sistem dengan menilai kepentingan masing-masing. Analisis
stakeholder dapat digunakan untuk mengetahui tingkat kepentingan dan pengaruh
dari pemangku kepentingan dalam pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya
16
perikanan sidat. Variabel dan indikator dari penilaian tingkat kepentingan dan
pengaruh stakeholder disajikan pada Lampiran 1 dan Lampiran 2.
Tingkat kepentingan dan pengaruh stakeholder diukur dengan penetapan
skor menggunakan pertanyaan (Tabel 5). Nilai skor dari seluruh pertanyaan
dirata-ratakan dan dipetakan ke dalam bentuk matriks (Gambar 6).
Selain itu, data dan informasi yang diperoleh melalui wawancara dipetakan
secara kualitatif untuk menentukan faktor internal (kekuatan dan kelemahan) dan
eksternal (peluang dan ancaman). Analisis SWOT didasarkan pada asumsi bahwa
strategi yang efektif adalah dengan memaksimalkan kekuatan dan peluang, serta
meminimalkan kelemahan dan ancaman. Analisis ini didahului oleh proses
identifikasi faktor internal dan eksternal (Rosalina 2011).
Kepentingan
E
Tinggi
Subject
(Kuadran I)
Players
(Kuadran II)
Bystanders
(Kuadran III)
Actors
(Kuadran IV)
Rendah
Pengaruh
Tinggi
Gambar 6 Matriks pengaruh dan kepentingan
17
4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Penentuan Kawasan Perikanan Refugia
Kawasan perikanan refugia ditentukan berdasarkan karakteristik sumber
daya perikanan sidat yang akan dipilih dari masing-masing sungai yang bermuara
ke Teluk Palabuhanratu. Aspek ekologis merupakan suatu parameter penting
dalam memenuhi kriteria penentuan perikanan refugia tersebut. Kepastian
taksonomi sangat dibutuhkan dalam penentuan r
IKAN SIDAT (Anguilla spp.) DARI BEBERAPA SUNGAI
YANG BERMUARA KE TELUK PALABUHANRATU,
SUKABUMI, JAWA BARAT
AGUS ALIM HAKIM
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Penentuan Kawasan
Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla spp.) dari Beberapa Sungai yang
Bermuara ke Teluk Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat adalah benar karya saya
dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun
kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip
dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah
disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir
tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, November 2015
Agus Alim Hakim
NIM C252140416
RINGKASAN
AGUS ALIM HAKIM. Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat
(Anguilla spp.) dari Beberapa Sungai yang Bermuara ke Teluk Palabuhanratu,
Sukabumi, Jawa Barat. Dibimbing oleh MOHAMMAD MUKHLIS KAMAL,
NURLISA ALIAS BUTET, dan RIDWAN AFFANDI.
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan ikan katadromus yaitu ikan yang
bermigrasi dari perairan tawar ke perairan laut dalam untuk memijah dan larva
akan kembali ke perairan tawar untuk tumbuh. Aktifitas penangkapan yang terus
meningkat dan penurunan kualitas ekologi dapat mengancam keberadaan sumber
daya perikanan sidat dan menyebabkan penurunan hasil tangkapan. Penelitian ini
bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman morfologis dan keragaman
nukleotida Anguilla spp. yang berasal dari beberapa sungai yang bermuara ke
Teluk Palabuhanratu, menentukan daerah perlindungan dan membuat
rekomendasi strategi pengelolaan dengan konsep perikanan refugia.
Penelitian dilaksanakan dibeberapa sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat. Penelitian dilakukan mulai bulan Agustus
2014 hingga April 2015. Penelitian yang dilakukan meliputi: pengambilan contoh,
analisis morfologis, analisis molekuler, dan tracking sungai (wawancara dan
pengambilan sampel air). Satu sungai dipilih sebagai kawasan perikanan refugia
dan ditentukan stream orders, distribusi ikan berdasarkan stadia, aktivitas
penangkapan, dan stakehorders.
Ikan sidat muda dan dewasa memiliki dua spesies secara morfologis dan
telah dipastikan kebenarannya melalui identifikasi secara molekuler. Spesies
tersebut yaitu Anguilla bicolor bicolor sebesar 98-99% (GenBank: AP007236.1)
dan Anguilla marmorata sebesar 99% (GenBank: AP007242.1). Hasil RFLP
(Restriction Fragment Lenght Polymorphisms) menunjukkan bahwa Anguilla spp.
memiliki alel umum dan alel spesifik yang merupakan alel pembeda pada 2
spesies tersebut. Penentuan kawasan perikanan refugia berdasarkan analisis
morfologis, analisis molekuler, dan analisis kondisi perairan, maka Sungai
Cimandiri ditetapkan sebagai kawasan perikanan refugia. Sungai Cimandiri
memiliki orde sungai dari 1 hingga 7. Distribusi berdasarkan stadia menunjukkan
bahwa ikan sidat memiliki komposisi stadia campuran tetapi glass eels terdistibusi
hanya pada 5 km dari arah laut. Rekomendasi strategi pengelolaan dan
pemanfaatan perikanan sidat di Sungai Cimandiri meliputi: pelarangan
penangkapan stadia dewasa pada ukuran diatas 49 cm; penyediaan daerah sungai
sebagai daerah nursery refugia di Kecamatan Sukaraja; penegasan pelarangan alat
tangkap (electric fishing) dan metode penangkapan (menggunakan racun);
pelarangan penangkapan glass eels pada bulan Januari, Februari, Maret, dan
Desember; serta regulasi kebijakan antar kota/kabupaten.
Kata kunci: Anguilla bicolor bicolor, A. marmorata, molekuler, morfologis,
Sungai Cimandiri
SUMMARY
AGUS ALIM HAKIM. Determination of Fisheries Refugia Area of Freshwater
Eels (Anguilla spp.) from Some Rivers that Flows to Palabuhanratu Bay,
Sukabumi, Jawa Barat. Supervised by MOHAMMAD MUKHLIS KAMAL,
NURLISA ALIAS BUTET, and RIDWAN AFFANDI.
Freshwater eels (Anguilla spp.) are catadromus fish, adult migrate from
freshwater to the deep sea to spawn and the larvae will return to freshwater to
grow. Fishing activity tended to increase and decreased in ecological quality can
threaten the existence of the freshwater eel fishery resources and lead to a
decrease in catches. This study was aimed at identifying morphological diversity
and nucleotide diversity of Anguilla spp. from several rivers flowing into
Palabuhanratu Bay, as the basis for recomendations for protected areas
management strategy of fisheries refugia concept. Environmental condition, i.e.
water quality, of eight rivers flowing into Palabuhanratu Bay were also required as
a supplement data to support those recomendations.
The research was conducted in several rivers ended into Palabuhanratu Bay,
Sukabumi, West Java. The study was conducted from August 2014 until April
2015. Research carried out includes sampling of freshwater eels, morphological
analysis, molecular analysis, and river tracking (interview and sampling of water).
One river was chosen as fisheries refugia area and specified of orders stream, fish
distribution based on stadia, fishing activities, and stakehorders.
The result showed that there were two species with distinct morphological
performances, i.e. young and adult. Those morphological performances were also
confirmed using molecular analysis. Molecularly, those two species were
confirmed using BLAST eel had two species morphologically and has been
comfirmed using molecular basis. The speci as Anguilla bicolor bicolor by 9899% (GenBank: AP007236.1) and Anguilla marmorata 99% (GenBank:
AP007242.1), respectively. PCR-RFLP (Restriction Fragment Length
polymorphisms) has successfully distinguished both Anguillas by common and
specific alleles. Given the morphological, molecular, and environmental analysis
as a basis for fishery refugia determination, hence, Cimandiri River was selected
as Regional Fisheries Refugia. Cimandiri River was facilitated with 1 to 7 of
stream order. Cimandiri River composed with complete developmental stages,
from glass eels to silver eels (ready to spawn); however, glass eels were only
reached the distance of 5 from the sea. Management recommendations based on
fisheries refugia includs: fishing prohibition at the sizes of above 49 cm, provide
the river area as an nursery refugia in Sukaraja Subdistrict, affirmation of
prohibition on fishing gear (electric fishing) and fishing methods (poison), fishing
prohibition glass eels in January, February, March, and Desember; policy
regulatory between municipality and regency.
Keywords: Anguilla bicolor bicolor, A. marmorata, Cimandiri River, molecular,
morphological
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2015
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
PENENTUAN KAWASAN PERIKANAN REFUGIA
IKAN SIDAT (Anguilla spp.) DARI BEBERAPA SUNGAI
YANG BERMUARA KE TELUK PALABUHANRATU,
SUKABUMI, JAWA BARAT
AGUS ALIM HAKIM
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Pengelolaan Sumber Daya Pesisir dan Lautan
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr. Ir. Zairion, MSc
Judul Tesis
Nama
NIM
: Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla
spp.) dari Beberapa Sungai yang Bermuara ke Teluk
Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat
: Agus Alim Hakim
: C252140416
Disetujui oleh
Komisi Pembimbing
Dr Ir Mohammad Mukhlis Kamal, MSc
Ketua
Dr Ir Nurlisa Alias Butet, MSc
Anggota I
Prof Dr Ir Ridwan Affandi, DEA
Anggota II
Diketahui oleh
Ketua Program Studi
Pengelolaan Sumber Daya
Pesisir dan Lautan
Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr Ir Achmad Fahrudin, MSi
Dr Ir Dahrul Syah, MScAg
Tanggal Ujian: 31 Agustus 2015
Tanggal Lulus:
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmat dan
hidayah-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis yang berjudul
“Penentuan Kawasan Perikanan Refugia Ikan Sidat (Anguilla spp.) dari
Beberapa Sungai yang Bermuara ke Teluk Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa
Barat”. Penelitian ini diajukan sebagai syarat untuk memperoleh gelar Magister
Sains pada Program Studi Pengelolaan Sumber Daya Pesisir dan Lautan, Sekolah
Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak
yang telah membantu dalam penulisan dan penyusunan tesis ini, terutama kepada:
1. Dr Ir Mohammad Mukhlis Kamal, MSc selaku pembimbing I, Dr Ir Nurlisa A
Butet, MSc selaku pembimbing II, dan Prof Dr Ir Ridwan Affandi, DEA selaku
pembimbing III yang telah banyak memberikan bimbingan, masukan, dan
arahan selama pelaksanaan penelitian dan penyusunan tesis.
2. Dr Ir Zairion, MSc selaku dosen penguji tamu yang telah banyak memberikan
saran dalam penyusunan tesis ini.
3. Keluarga tercinta: Ibu, Bapak, Mbak Nisa, Mas Anto, In‟am, Hamzah, Rizal,
dan Feri.
4. Nelayan: kang Agus dan keluarga yang telah membantu dalam penelitian ini.
5. Teman Lab terbaik: Yuyun, Dewi, Febi, Lusita, Mbak Lela, Mbak Fajrin,
Mbak Lita, Mbak Yustin, Bang Wahyu, Bang Panji, dan bang Findra.
6. Teman seperjuangan: Siska, Mega, Wida, Akrom, Nina, Ayu, Anissa, Lufi, dan
seluruh teman MSP 47, SPL 2013, dan 2014 atas segala doa, kasih sayang, dan
bantuanya.
Semoga tesis ini dapat bermanfaat dalam mendukung pengambilan
kebijakan, khususnya pada daerah Teluk Palabuhanratu dan dapat memberikan
kontribusi bagi masyarakat.
Bogor, November 2015
Agus Alim Hakim
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vii
DAFTAR GAMBAR
viii
DAFTAR LAMPIRAN
ix
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Kerangka Penelitian
Tujuan Penelitian
2 TINJAUAN PUSTAKA
Perikanan Refugia
Pengelolaan dan Perlindungan Perikanan di Indonesia
3 METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Presedur Penelitian
Analisis Data
4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Penentuan Kawasan Perikanan Refugia
Sungai Cimandiri Sebagai Kawasan Perikanan Refugia
Pengelolaan Perikanan Sidat di Sungai Cimandiri
5 KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran
DAFTAR PUSTAKA
1
1
2
3
5
6
6
7
9
9
10
14
17
17
37
56
62
62
62
63
LAMPIRAN
67
RIWAYAT HIDUP
78
vii
DAFTAR TABEL
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
Perbandingan antara tujuan, manfaat, pemilihan lokasi, penggunaan,
dan penerimaan dari Marine Protection Area dan perikanan refugia
Keterangan lokasi sampling (PSDA 2010)
Tahapan, jenis kgiatan, dan jenis data penelitian
Metode pengukuran parameter (APHA 2012)
Ukuran kuantitatif terhadap pengaruh dan kepentingan stakeholder
Karakteristik morfometrik glass eels dari Sungai Cimandiri
Uji beda spesies glass eels dari Sungai Cimandiri
Karakteristik sampel ikan sidat muda dan dewasa dari beberapa sungai
yaitu: Sungai Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai Citiis, Sungai
Cimaja, Sungai Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai Cipalabuhan,
dan Sungai Cimandiri yang bermuara ke Teluk Palabuhanratu
Karakteristik dua spesies sidat (A. bicolor bicolor dan A. marmorata)
dari koleksi sampel dari Sungai Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai
Citiis, Sungai Cimaja, Sungai Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai
Cipalabuhan, dan Sungai Cimandiri yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Hasil BLAST-n pada situs NCBI
Matriks jarak genetik fragmen gen COI pada dengan A. bicolor
bicolor, A. marmorata, A. australis, A. reinhardtii, dan A. japonica,
berdasarkan metode pairwise distance
Hasil keseluruhan kondisi perairan
Hasil pengukuran parameter-parameter penentuan kawasan
perikanan refugia
Kualitas air di Sungai Cimandiri
Matriks analisis pengaruh dan kepentingan para pihak (stakeholders)
terhadap kegiatan pemanfaatan Sungai Cimandiri
Identifikasi dan arahan pengembangan pemanfaatan dan
perlindungan sumber daya ikan Sidat
7
9
10
12
15
19
20
21
23
29
32
35
36
51
53
55
viii
DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
Kerangka umum pendekatan studi
Lokasi penelitian di delapan sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Pengukuran morfometrik ikan sidat
Lokasi pengambilan sampel kualitas air di Sungai Cimandiri
Perbedaan spesies berdasarkan nilai AD/TL
Matriks pengaruh dan kepentingan
Pigmentasi dari ekor glass eels (a) A. bicolor bicolor
(b) A. marmorata
Distribusi frekuensi ano-dorsal terhadap total length (AD/TL)% 3
spesies sidat (a) A. bicolor bicolor (b) A. nebulosa nebulosa dan
(c) A. marmorata dari Sungai Cimandiri
Hasil discriminant analysis populasi glass eels dari Sungai Cimandiri
Distribusi frekuensi ano-dorsal terhadap total length (AD/TL)% dua
spesies sidat (a) A. bicolor bicolor dan (b) A.marmorata dari Teluk
Palabuhanratu
Cluster analysis berdasarkan data morfometrik antara A. bicolor
bicolor dengan A. marmorata
Elektroforesis DNA total pada gel agarosa 1,2%
Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%,
RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphisms) gen COI dari
A. bicolor bicolor dan A. marmrata
Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen COI pada A. bicolor
bicolor, A. marmorata, A. australis, A. reinhardtii, dan A. japonica
Sungai Cimandiri yang melewati beberapa kecamatan di Kabupaten
Sukabumi
Sungai permanen dan sungai periodik pada Sungai Cimandiri
Pembagian sungai dalam penentuan orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian A orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian B orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian C orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian D orde Sungai Cimandiri
Sungai bagian E orde Sungai Cimandiri
Sungai permanen pada Sungai Cimandiri yang melewati beberapa
kecamatan di Kabupaten Sukabumi
Orde sungai dari sungai permanen pada Sungai Cimandiri yang
melewati Kabupaten Sukabumi, Kabupaten Cianjur, dan Kota
Sukabumi
Distribusi ikan sidat berdasarkan stadia di Sungai Cimandiri
Matriks pengaruh dan kepentingan stakeholder
Daerah pemanfaatan dan perlindungan sumber daya perikanan sidat
di Sungai Cimandiri
Pembatasan penangkapan glass eels di Sungai Cimandiri
4
9
11
13
14
16
17
19
20
22
24
26
28
31
34
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
50
48
51
60
xi
DAFTAR LAMPIRAN
1 Variabel penilaian pengaruh stakeholder
2 Variabel penilaian kepentingan stakeholder
3 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Anguilla bicolor
bicolor berdasarkan sekuen 304 pb yang dibndingkan dengan
outgroup
4 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Anguilla marmorata
berdasarkan sekuen 304 pb yang dibndingkan dengan outgroup
5 situs nukleotida spesifik gen COI pada alel spesifik antara A. bicolor
bicolor dengan A. marmorata
6 Analisis penentuan status kehidupan ikan sidat (Vamellia 2014)
7 Hasil penghitungan indeks kualitas perairan (Vamellia 2014)
8 Indeks kualitas perairan dan kelayakan perikanan (Vamellia 2014)
9 Nilai pengaruh dan kepentingan dalam analisis stakeholder
10 Perhitungan pembatasan penangkapan glass eels
67
68
69
71
72
73
74
75
76
77
1
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan ikan dari ordo Anguilliformes yang
tergolong dalam ikan katadromus. Ikan katadromus yaitu ikan yang bermigrasi
dari perairan tawar ke perairan laut. Ikan sidat memijah di laut, menghasilkan
larva (leptocephalus), dan terbawa oleh turbulensi arus ke arah tepi laut.
Leptocephalus berkembang menjadi glass eels dan mulai memasuki daerah sungai
atau estuari. Kemudian berkembang menjadi elvers yang mulai memiliki
perubahan pigmen tubuh. Elvers berkembang menjadi yellow eels. Selama
pematangan, ikan sidat berkembang menjadi silver eels dan kembali ke laut untuk
memijah dan mati (Tesch et al. 2003). Ikan sidat tersebar di daerah tropis maupun
sub tropis. Terdapat 22 spesies/subspesies ikan sidat yang ditemukan di dunia dan
sembilan spesies/subspesies diantaranya terdapat di Indonesia, yaitu Anguilla
bicolor bicolor, A. nebulosa nebulosa, A. bicolor pacifica, A. interioris,
A..borneensis, A..celebesensis, A. marmorata, A. obseura, dan A. megastoma
(Sugeha and Suharti 2008). Daerah penyebaran ikan sidat di Indonesia meliputi
Sumatera, Jawa, Kalimantan, Sulawesi (Delsman 1929 in Tesch et al. 2003), Bali,
Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua (Fahmi 2015).
Ikan sidat pada stadia glass eels sulit dibedakan karena memiliki kemiripan
pada struktur morfologisnya (Jamandre et al. 2007). Menurut Bickford et al.
(2006), biota perairan umumnya terjadi fenomena cryptic species yang sering kali
menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologis.
Cryptic species
merupakan dua atau lebih spesies yang berbeda diklasifikasikan dalam satu nama
spesies akibat karakteristik morfologis yang samar. Dekade terakhir ini mulai
berkembang suatu metode identifikasi yang lebih akurat yaitu identifikasi secara
molekuler. Identifikasi suatu organisme mulai spesies hingga subspesies secara
akurat terhadap berbagai spesies yang sulit dibedakan secara morfologis dapat
menggunakan teknik DNA barcoding (Tudge 2000).
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan salah satu komoditi hasil perikanan
yang memiliki nilai ekonomis penting dengan peluang pasar yang terbuka
(terutama tujuan ekspor), sehingga Indonesia memiliki potensi perikanan sidat
tropis yang tinggi. Menurut Affandi (2005), sumber daya ikan sidat di Indonesia
belum banyak dimanfaatkan. Hal ini terlihat dari tingkat pemanfaatan ikan sidat
secara lokal masih sangat rendah, padahal jumlah ikan ini baik dalam ukuran
benih maupun ukuran konsumsi cukup melimpah. Namun, dekade terakhir ini
menunjukkan adanya pemanfataan cenderung semakin meningkat pesat, sehingga
populasi sidat menurun (Widyasari 2013). Salah satu daerah yang memiliki
potensi dan aktivitas penangkapan ikan sidat yang tinggi adalah Teluk
Palabuhanratu (Pantai Selatan Pulau Jawa) (Sriati 1998). Teluk Palabuhanratu
merupakan tempat bermuaranya beberapa sungai, 8 diantaranya yaitu: Sungai
Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai Citiis, Sungai Cimaja, Sungai
Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai Cipalabuhan, dan Sungai Cimandiri
(PSDA 2010).
Kondisi Teluk Palabuhanratu banyak dipengaruhi oleh kondisi oseanografi
Samudera Hindia seperti adanya pengaruh angin yang besar. Potensi perikanan
2
sidat di Teluk Palabuhanratu mendukung kegiatan perikanan secara signifikan
bagi pendapatan masyarakat Kabupaten Sukabumi khususnya nelayan. Tingginya
permintaan ikan sidat mengakibatkan terjadinya usaha pembesaran pada budidaya
ikan sidat. Budidaya ikan sidat sangat ditentukan oleh ketersediaan benih yang
selama ini hanya mengandalkan dari alam (Widyasari 2013). Seiring dengan upaya
peningkatan hasil produksi perikanan sidat, habitat ikan sidat di Indonesia perlu
dilindungi mengingat bahwa aktifitas penangkapan yang terus meningkat terutama
di Teluk Palabuhanratu. Penurunan kualitas ekologis salah satunya yaitu
kerusakan habitat menyebabkan penurunan hasil tangkapan ikan sidat (Fahmi and
Hirnawati 2010). Oleh karena itu diperlukan suatu perlindungan terhadap habitat
dan sumber daya perikanan sidat.
Perikanan refugia didefinisikan sebagai daerah laut atau pesisir di mana
langkah-langkah pengelolaan yang spesifik diterapkan untuk mempertahankan
spesies (sumber daya perikanan) penting selama tahap kritis siklus hidup ikan
tersebut, untuk pemanfaatan secara berkelanjutan (UNEP 2005). Konsep
perikanan refugia dibuat berdasarkan identifikasi dan design dengan area prioritas
kepada perikanan terintegrasi dan manajemen habitat (Paterson et al. 2013;
Armada 2014). Daerah perlindungan perikanan sidat yang dibentuk berdasarkan
konsep perikanan refugia, menitik beratkan pada kondisi habitat alami dan siklus
hidup yang kritis dari ikan sidat di Teluk Palabuhanratu. Informasi morfologis,
molekuler, dan kondisi perairan digunakan dalam acuan penentuan daerah
perlindungan berbasis spesies dengan konsep perikanan refugia.
Perumusan Masalah
Biota akuatik bersifat cryptic species yang sering kali dapat mengakibatkan
kesalahan dalam identifikasi berdasarkan karakter morfologis. Kepastian
taksonomi (taxonomy certainty) terhadap suatu spesies sangat diperlukan dalam
menentukan pengelolaan suatu sumber daya. Berkembangnya metode identifikasi
dengan pendekatan molekuler menjadi salah satu cara untuk mengatasi masalah
tersebut. DNA barcoding merupakan salah satu metode untuk mengidentifikasi
spesies secara cepat dan akurat. Kepastian taksonomi dari spesies sidat di Teluk
Pelabuhanratu akan memudahkan dalam menentukan langkah pengelolaan secara
tepat terhadap spesies tersebut. Selain itu, keragaman sekuen nukleotida dapat
memberi informasi yang dapat digunakan dalam acuan penentuan daerah
perlindungan sumber daya ikan berbasis spesies.
Identifikasi secara molekuler telah dilakukan pada ikan sidat yang
ditemukan di Sungai Cimandiri (Fahmi 2013), namun identifikasi secara
molekuler belum pernah dilakukan di sungai lain yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu. Selain itu, penanda molekuler yang digunakan berupa gen COI
yang berbeda dengan penanda yang digunakan oleh penelitian sebelumnya yaitu
gen Cyt-b. Gen COI sedikit mengalami delesi dan insersi dalam sekuennya, serta
variasi yang sedikit sehingga dapat digunakan sebagai marka pada DNA
barcoding (Hebert et al. 2003). RFLP dapat digunakan untuk mengetahui
populasi melalui perbedaan alel dari masing-masing sungai. Analisis genetik
dapat digunakan untuk menunjukkan adanya keragaman individu dalam populasi
maupun antar populasi, sehingga dapat ditentukan populasi ikan sidat dan
3
konektivitas ikan sidat antar masing-masing sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu.
Ikan sidat (Anguilla spp.) merupakan salah satu komoditi hasil perikanan
yang memiliki nilai ekonomis penting di dunia. Penurunan populasi Anguilla
anguilla, di Amerika dan Eropa, serta A. japonica di Jepang, mengakibatkan sidat
tropis menjadi target konsumsi sidat dunia (Arai 2014). Aktifitas penangkapan
dan budidaya dari tahun ke tahun cenderung mengalami kenaikan. Kegiatan
perikanan tangkap dan budidaya sidat berkembang di daerah sekitar Teluk
Palabuhanratu. Kegiatan pemanfaatan maupun aktivitas di sekitar Teluk
Palabuhanratu dapat mempengaruhi faktor internal dari biologis ikan sidat.
Kegiatan budidaya ikan sidat sangat ditentukan oleh ketersediaan glass eels di
sungai sehingga berpengaruh terhadap kondisi stok di alam.
Ancaman
penangkapan berlebih dan degradasi habitat yang terjadi di Teluk Palabuhanratu
menyebabkan perlu adanya pengelolaan yang tepat untuk mempertahankan
sumber daya tersebut.
Salah satu bentuk pengelolaan yang dilakukan yaitu perlindungan daerah
yang menjadi habitat penting dalam siklus hidup ikan sidat untuk
mempertahankan ketersediaan stok di perairan. Daerah perlindungan tersebut
ditentukan berdasarkan informasi biologis dan ekologis. Selain itu, penentuan
daerah perlindungan harus disesuaikan dengan kondisi sosial pada masyarakat
sekitar Teluk Palabuhanratu. Oleh karena itu, diperlukan konsep perlindungan
yang sesuai dengan aspek-aspek tersebut. Salah satu bentuk daerah perlindungan
yaitu perikanan refugia. Konsep perikanan refugia lebih ditekankan pada
perlindungan lokasi-lokasi tertentu yang mejadi habitat pada siklus hidup kritis
ikan sidat, bukan melarang ada penangkapan secara total pada satu wilayah
berdasarkan zonasi (Paterson et al. 2013). Namun, perikanan refugia menyediakan
daerah dalam perlindungan (spawning dan nursery ground) untuk ditutup bagi
siklus hidup kritis spesies (UNEP 2006). Ikan sidat di habitat asli akan terjaga
pada waktu yang penting untuk siklus hidup, sehingga mengurangi growth
overfishing dan recruitment overfishing. Perikanan refugia difokuskan pada
daerah yang sangat penting bagi siklus hidup suatu ikan.
Daerah perlindungan tersebut perlu diinformasikan kepada stakeholder pada
sumber daya perikanan sidat tentang bahaya melakukan eksploitasi berlebih
terutama pada daerah-daerah tertentu atau di lokasi-lokasi tertentu yang
merupakan jalur ruaya reproduksi, agar proses rekrutmen ikan tersebut tidak
terganggu. Terjaminnya alur ruaya pemijahan ikan sidat dari upaya penangkapan
yang menyalahi aturan akan menjamin keberadaan stok ikan di alam tetap stabil
secara berkesinambungan (Affandi 2005).
Kerangka Penelitian
Pemanfaatan sumber daya perikanan sidat di beberapa sungai yang
bermuara ke Teluk Palabuhanratu belum memiliki dasar pengelolaan yang tepat.
Stadia hidup dan migrasi ikan sidat menyebabkan perikanan sidat memiliki siklus
hidup yang kritis. Penangkapan berlebih dan degradasi habitat yang terjadi di
Teluk Palabuhanratu menjadi ancaman penting terhadap kelestarian sumber daya
perikanan sidat. Pengelolaan berupa perlindungan daerah perikanan dibutuhkan
4
untuk menjamin keberlangsungan rekruitmen sehingga dapat terjadinya
pemanfaatan secara berkelanjutan terhadap sumber daya tersebut.
Perikanan refugia merupakan salah satu konsep daerah perlindungan
terhadap sumber daya perikanan. Menurut Paterson et al. (2013), perikanan
refugia memiliki tujuan untuk peningkatan pengelolaan stok ikan dan hubungan
habitat dengan meningkatnya ketahanan stok. Manfaat perikanan refugia yaitu
menjaga ikan di habitat asli pada waktu yang penting untuk siklus hidup, akan
mengurangi growth overfishing dan recruitment overfishing. Kriteria pemilihan
lokasi berdasarkan pentingnya siklus hidup spesies ekonomis penting dan
kemungkinan untuk meningkatkan stok. Status kegunaan didasarkan pada
pemanfaatan berkelanjutan daripada larangan penangkapan ikan. Akseptabilitas
ke masyarakat dengan tujuan dan dasar ilmiah yang dapat diterima dengan baik
oleh nelayan, masyarakat, dan pejabat setempat.
8 sungai yang
bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Biologi
Spesies ikan
sidat
Ekologi
Habitat
dan
perairan
Data Analisis
Kualitas Air
Data Analisis
Morfologi
PENETAPAN KAWASAN
PERIKANAN REFUGIA
Data Kondisi
Perairan
Data Analisis
Molekuler
SATU SUNGAI DIPILIH
SEBAGAI PERIKANAN
REFUGIA
Kualitas Air
Distribusi Ikan
Berdasarkan Stadia
Stream Orders
PENGELOLAAN DAN PERLINDUNGAN SUMBER
DAYA PERIKANAN SIDAT BERDASARKAN
KONSEP PERIKANAN REFUGIA
Stakehoders
5
Gambar 1 Kerangka umum pendekatan studi
Konsep perikanan refugia dirasa tepat digunakan dalam pengelolaan sumber
daya perikanan sidat di Teluk Palabuhanratu. Hal tersebut sesuai dengan kondisi
masyarakat setempat.
Pelarangan penangkapan secara menyeluruh dapat
menyebabkan konflik, sehingga pengelolaan lebih ditekankan pada pemanfaatan
berkelanjutan daripada larangan penangkapan ikan.
Penentuan kawasan
perikanan refugia pada penelitian ini didasarkan pada basis informasi kondisi
perairan, informasi morfologis, dan informasi molekuler (Gambar 1).
Pertimbangan dari semua basis informasi tersebut akan didapatkan rencana
pengelolaan dan pemanfaatan yang tepat.
Rencana pengelolaan akan
dinformasikan dan didiskusikan dengan stakeholder pemanfaat sumber daya
perikanan sidat. Hasil analisiss stakeholder dapat digunakan sebagai evaluasi dan
perbaikan dalam perencanaan pengelolaan yang akan digunakan. Selain itu,
rencana pengelolaan akan ditetapkan dan divisualisasikan dalam sebuah peta
pengeloaan melalui analisis spasial. Output pada penelitian ini berupa rencana
pengelolaan perikanan berbasis pada perikanan refugia.
Tujuan Penelitian
1.
2.
Penelitian ini bertujuan untuk:
Mengidentifikasi keragaman morfologis dan keragaman nukleotida Anguilla
spp. yang berasal dari beberapa sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu.
Menentukan daerah perlindungan dan membuat rekomendasi strategi
pengelolaan dengan konsep perikanan refugia di Teluk Palabuhanratu.
6
2 TINJAUAN PUSTAKA
Perikanan Refugia
Perikanan refugia didefinisikan sebagai daerah laut atau pesisir di mana
langkah-langkah pengelolaan yang spesifik diterapkan untuk mempertahankan
spesies (sumber daya perikanan) penting selama tahap kritis siklus hidup ikan
tersebut, untuk pemanfaatan secara berkelanjutan (UNEP 2005).
Menurut Paterson et al. (2006) dan UNEP (2006), perikanan refugia dapat
diterapkan secara sukses di daerah pengelolaan perikanan dengan:
1. tidak secara sederhana menentukan no take zones;
2. memiliki tujuan penggunaan yang berkelanjutan untuk kepentingan
sekarang dan masa depan;
3. menyediakan beberapa daerah perlindungan yang akan ditutup karena
penting untuk siklus hidup suatu spesies atau kelompok spesies;
4. fokus pada bidang yang sangat penting dalam siklus hidup spesies ikan,
termasuk pemijahan dan pembesaran, atau area habitat yang diperlukan
untuk perbaikan induk;
5. memiliki karakteristik yang berbeda sesuai dengan tujuan dan spesies atau
kelompok spesies yang dibentuk, kemudian akan diberlakukan langkahlangkah pengelolaan yang berbeda; dan
6. memiliki rencana pengelolaan.
Tindakan manajemen yang dapat diterapkan dalam perikanan refugia dapat
mengacu pada tindakan pengelolaan perikanan klasik (Paterson et al. 2006; UNEP
2006), seperti:
1. pengecualian metode tangkap (misalnya light luring, purse seine);
2. pembatasan alat tangkap (misalnya mesh size);
3. pelarangan alat tangkap (misalnya jaring dorong, trawl demersal);
4. ukuran kapasitas/mesin kapal;
5. penutupan musiman selama periode siklus hidup kritis ikan;
6. pembatasan musiman (misalnya penggunaan alat tangkap tertentu yang
mungkin sebagai perangkap larva); dan
7. pembatasan akses dan penggunaan terbatas berbasis hak dalam perikanan
skala kecil.
Perikanan refugia merupakan salah satu konsep pengelolaan sumber daya
perikanan. Terdapat konsep perngelolaan perikanan lain yang sering digunakan
dalam pengelolaan sumber daya perikanan yaitu Marine Protection Area (MPA).
Perbedaan antara Marine Protection Area dan perikanan refugia disajikan pada
Tabel 1 (Paterson et al. 2013).
Kriteria pemilihan lokasi perikanan refugia berdasarkan pentingnya siklus
hidup dari spesies ekonomis penting dan kemungkinan untuk meningkatkan stok.
Konsep perikanan refugia mempertimbangkan penggunaan berkelanjutan dari stok
ikan dan habitatnya. Hal tersebut berfokus pada siklus hidup ikan dan hubungan
habitat yang kritis dalam kriteria pemilihan lokasi (Armada 2014). Inventarisasi
dan pengkajian daerah pemijahan dan daerah pembesaran dibangun dengan
konsultasi dan survei lapangan dengan melibatkan masyarakan lokal, pengelola,
dan peneliti untuk kemungkinan menggunakan pengetahuan lokal (Long and Tuan
7
2014). Validasi lapangan adanya daerah pemijahan atau daerah pembesaran dan
identifikasi setiap area dibangun dengan melibatkan pengalaman nelayan dan
peneliti. Pemilihan titik untuk pembentukan dan pengelolaan perikanan refugia
didasarkan pada data ilmiah dan konsultasi dengan komunitas lokal dan
menggunakan keterwakilan habitat, keragaman dan kelimpahan spesies target,
serta potensi pengelolaan pada kriteria pemilihan. Perikanan refugia dikenal
dengan istilah „nursery refugia‟ dan „spawning refugia‟. Menurut Siriraksophon
(2014), pengelolaan „nursery refugia‟ untuk tempat berlindung ikan sejak fase
juvenil dan prerekruitmen dari siklus hidup dan penggunaan habitat sebagai
pembesaran dapat membantu pencegahan growth overfishing. Sama halnya
dengan „spawning refugia‟, pengelolaan dapat membantu pencegahan recruitment
overfishing (UNEP 2006).
Tabel 1 Perbandingan antara tujuan, manfaat, pemilihan lokasi, penggunaan, dan
penerimaan dari Marine Protection Area dan perikanan refugia
Parameter
Marine Protection Area
Perikanan Refugia
Perlindungan keanekaragaman Memperbaiki pengelolaan stok
Tujuan
hayati untuk meningkatkan
ikan dan hubungan habitat untuk
strategis
produksi ikan
meningkatan ketahanan stok
Menjaga ikan di tempat dan
Peningkatan stok di dalam
pada waktu yang penting untuk
Manfaat
MPA untuk penangkapan yang siklus hidup akan mengurangi
perikanan
lebih besar di luar MPA
growth overfishing dan
recruitment overfishing
Pentingnya siklus hidup dari
Kriteria
Keanekaragaman jenis/
spesies ekonomis penting dan
pemilihan
kekayaan jenis, keunikan situs,
kemungkinan untuk
lokasi
dan keterwakilan situs
meningkatkan stok
Perlindungan yang ketat pada
Berdasarkan pemanfaatan
beberapa penggunaan
Status guna
berkelanjutan daripada larangan
(biasanya zona pelarangan
penangkapan ikan
penangkapan)
Tujuan dan dasar ilmiah
Akseptabilitas Kekhawatiran bahwa biaya
diterima dengan baik oleh
ke
lebih besar daripada manfaat
nelayan, masyarakat, dan
masyarakat
dan penegakan yang mahal
pejabat setempat
Pengelolaan dan Perlindungan Perikanan di Indonesia
Perlindungan sumber daya perikanan telah diatur dalam perudangundangan. Terdapat beberapa aturan diantaranya: Undang-Undang No.5 Tahun
1990 tentang Konservasi Sumber Daya Alam Hayati dan Ekosistemnya, Peraturan
Pemerintah No.60 Tahun 2007 tentang Konservasi Sumber Daya Ikan, dan
Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No.17 Tahun 2008 tentang Kawasan
Konservasi Wilayah Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil.
Undang-Undang No.5 Tahun 1990 Pasal 5 menjelaskan bahwa konservasi
sumber daya alam hayati dan ekosistemnya dilakukan melalui kegiatan
8
perlindungan sistem penyangga kehidupan; pengawetan keanekaragaman jenis
tumbuhan dan satwa beserta ekosistemnya; serta pemanfaatan secara lestari
sumber daya alami hayati dan ekosistemnya. Bentuk konservasi perairan menurut
Peraturan Pemerintah No.60 Tahun 2007 Pasal 8 yaitu terdiri atas taman nasional
perairan, taman wisata perairan, suaka alam perairan, dan suaka perikanan.
Kawasan perlindungan sumber daya perikanan lebih ditekankan pada zonasi
kawasan konservasi perairan (Pasal 17 Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun
2007), yaitu:
a. zona inti;
b. zona perikanan berkelanjutan;
c. zona pemanfaatan; dan
d. Zona lainnya.
Sistem zonasi menurut KKP3K dan KKM (Pasal 31 Peraturan Menteri Nomor 17
Tahun 2008) yaitu:
a. zona inti;
b. zona pemanfaatan terbatas; dan/atau
c. zona lainnya sesuai dengan peruntukan kawasan.
Peraturan Menteri Perdagangan Nomor 44 tahun 2012 tentang larangan
mengekspor benih sidat dan mengharuskan masyarakat mengembangkan teknik
budidaya hingga ikan sidat berukuran layak ekspor. Benih sidat masih
mengandalkan ketersediannya di alam sehingga populasi sidat terancam.
Sumber daya perikanan sidat perlu dilindungi guna mempertahankan ketersediaan
di alam.
9
3 METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Penelitian dilaksanakan dibeberapa sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa Barat. Lokasi penelitian meliputi delapan sungai
yaitu Sungai Cibareno, Sungai Cibangban, Sungai Citiis, Sungai Cimaja, Sungai
Cisukawayana, Sungai Citepus, Sungai Cipalabuhan, dan Sungai Cimandiri
(Gambar 2) dengan panjang masing-masing sungai disajikan pada Tabel 2. Ikan
sidat dari setiap sungai ditangkap menggunakan alat tangkap anco dan sodok
(Widyasari 2013).
Pengambilan contoh ikan sidat dilakukan pada bulan Agustus 2014, Oktober
2014, dan Desember 2014. Analisis molekuler dilaksanakan mulai bulan
September 2014 hingga Maret 2015 di Laboratorium Biomolekuler Akuatik
Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan dan Laboratorium Terpadu
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Gambar 2 Lokasi penelitian di delapan sungai yang bermuara ke Teluk
Palabuhanratu
Tabel 2 Keterangan lokasi sampling (PSDA 2010)
No
Nama Sungai
Panjang Sungai (Km)
1
Cibareno
27,00
2
Cibangban
14,00
3
Citiis
8,00
4
Cimaja
19,00
5
Cisukawayana
10,00
6
Citepus
16,00
7
Cipalabuhan
5,50
8
Cimandiri
69,50
10
Kegiatan tracking sungai (wawancara dan pengambilan sampel air)
dilakukan pada bulan April 2015. Analisis kualitas air dilaksanakan pada bulan
April 2015 di Laboratorium Produktivitas Lingkungan Perairan, Departemen
Manajemen Sumber Daya Perairan, Institut Pertanian Bogor.
Presedur Penelitian
Penelitian ini dilakukan dengen beberapa tahap. Tahap-tahap penelitian
meliputi: identifikasi spesies dan konektivitas antar spesies secara morfologis dan
molekuler, pemilihan salah satu sungai sebagai kawasan perikanan refugia sidat
(berdasarkan informasi morfologis, molekuler, dan kondisi perairan), dan
peninjauan kembali kawasan perikanan refugia sidat (tracking sungai). Jenis
kegiatan yang dilakukan dan data yang dikumpulkan disajikan pada Tabel 3.
Tabel 3 Tahapan, jenis kegiatan, dan jenis data penelitian
No
Tahap penelitian
Kegiatan
Analisis Morfologis
Identifikasi spesies dan
Analisis Molekuler
1. konektivitas antar
Isolasi dan ekstraksi DNA, PCR,
spesies
dan sequensing
RFLP
Pemilihan kawasan perikanan
refugia berdasarkan pertimbangan:
Pemilihan salah satu
2. sungai sebagai kawasan Informasi morfologis
perikanan refugia sidat
Informasi molekuler
Informasi kondisi perairan
Tracking sungai
Peninjauan kembali
Pengambilan sampel kualitas air
3. kawasan perikanan
dan pengamatan kondisi habitat
refugia sidat
Wawancara nelayan
Jenis Data
Primer
Primer
Primer
sekunder
Primer
Penentuan Kawasan Perikanan Refugia
Analisis Morfologis
Sampel ikan muda dan dewasa dikumpulkan dari setiap sungai oleh nelayan.
Jumlah sampel yang diambil dari setiap masing-masing sungai sebanyak 5 sampai
10 individu. Sampel glass eels diambil dari Sungai Cimandiri sebanyak 106
individu. Sampel sidat kemudian dimasukkan ke dalam tabung koleksi berukuran
100 ml yang berisi alkohol 96% dan dibawa ke Laboratorium Biomolekuler
Akuatik Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan.
Ukuran glass eels sidat tropis tidak melebihi 60 mm dan biasanya kurang
dari 50 mm (Aoyama et al. 2003; Robinet et al. 2003). Sidat muda telah memiliki
perkembangan pigmentasi tubuh dan berukuran kurang dari 200 mm, sedangkan
sidat dewasa memiliki ukuran diatas 200 mm (Silfvergrip 2009). Sidat butuh
beberapa tahun untuk pematangan menjadi silver eels dan kembali ke laut untuk
memijah.
11
Karakteristik morfologis ikan sidat diamati dan disamakan dengan
karakteristik yang terdapat pada buku identifikasi sidat (Anguillidae) (Tesch 2003;
Silfvergrip 2009; Elie 1982 in Fahmi and Hirnawati 2010). Selain itu, dilakukan
pengukuran morfometrik berupa total length (TL), head length (HL), pre-dorsal
head length (PDHL), pre-anal length (PAL), pre-dorsal length (PDL), dan anodorsal length (AD) (Gambar 3). Keterangan kode sampel yang akan digunakan
yaitu ABB = Anguilla bicolor bicolor; AM = Anguilla marmorata; bar = Sungai
Cibareno; ban = Sungai Cibangban; tii = Sungai Citiis; maj = Sungai Cimaja; suk
= Sungai Cisukawayana; tep = Sungai Citepus; pal = Sungai Cipalabuhan; dan
man = Sungai Cimandiri.
Gambar 3 Pengukuran morfometrik ikan sidat
Analisis Molekuler
Isolasi dan ekstraksi DNA
Lima sampel dari masing-masing sungai yang telah diawetkan dalam
alkohol 96%, diambil ototnya dengan bobot 50-60 mg dan dicuci untuk
menghilangkan kandungan alkohol. Otot tersebut kemudian dikeringkan dan
dimasukkan kedalam microtube. Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan
menggunakan kit komersil (Gene Aid) berdasarkan prosedur manual pabrik
dengan beberapa modifikasi. DNA total akan dihasilkan dalam tahapan ini.
Uji kualitas DNA total
Kualitas DNA total diuji dengan elektroforesis pada gel agarosa 1,2%
menggunakan larutan buffer TAE1x dan DNA diwarnai dengan menggunakan
ethidium bromide sebanyak 5 μl. DNA total yang dipakai sebanyak 2,5 μl.
Visualisasi DNA total dilakukan dengan menggunakan mesin ultraviolet.
Kualitas DNA akan terlihat dari pita DNA yang muncul pada proses visualisasi.
Amplifikasi dan visualisasi fragmen DNA gen COI
DNA total yang memiliki kualitas baik layak dijadikan sebagai cetakan
untuk amplifikasi fragmen DNA gen COI. Amplifikasi dilakukan dengan teknik
PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan kit komersial Kapa
Extra Hot Start. Primer yang digunakan adalah primer universal untuk beberapa
biota akuatik yang didisain oleh Butet (2013, unpublish data). Tahapan
amplifikasi dilakukan meliputi predenaturasi 94 0C selama 5 menit, denaturasi 94
0
C selama 45 detik, annealing 54 0C selama 1 menit, elongasi 72 0C selama 1
menit, pascaelongasi 72 0C selama 5 menit, dan penyimpanan 15 0C selama 10
menit. Produk PCR kemudian diuji kualitasnya dengan elektroforesis pada gel
agarosa 1,2% dan divisualisasi menggunakan mesin ultraviolet.
Pengurutan produk PCR (Sekuensing) DNA Anguilla spp. gen COI
Produk PCR yang memiliki kualitas baik layak dilanjutkan ke tahap
sekuensing untuk ditentukan sekuen basa nukleotidanya. Sekuensing dilakukan
12
menggunakan metode Sanger (1977) dengan mengirimkan produk PCR tersebut
ke perusahaan jasa pelayanan sekuensing.
RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphisms)
Analisis keragaman genetik atau untuk melihat polimorfisme pada situs
pemotongan dari masing-masing individu menggunakan 1 enzim retriksi. Enzim
yang digunakan tersebut adalah Alu I. Pemotongan dilakukan dengan memakai
enzim dan campuran reaksi.
Pemilihan sungai sebagai kawasan perikanan refugia
Beberapa sungai yang bermuara ke Teluk Palabuhanratu akan dipilih salah
satu atau lebih yang akan dijadikan sebagai kawasan perikanan refugia.
Pemilihan sungai yang akan ditetapkan sebagai kawasan perikanan refugia
didasarkan pada informasi morfologis, informasi molekuler, dan kondisi perairan
sungai. Informasi morfologis dan molekuler didapatkan dari hasil penelitian ini,
sedangkan kondisi perairan sungai didapatkan dari studi literatur. Analisis
morfologis dan molekuler memberikan informasi mengenai jenis spesies yang ada
di Teluk Palabuhanratu dan konektivitas terhadap sungai-sungai tersebut. Sungai
dengan kondisi perairan baik akan dipilih sebagai kawasan perikanan refugia.
Peninjauan Kembali Kawasan Perikanan Refugia
Tracking sungai
Sungai yang telah ditetapkan sebagai kawasan perikanan refugia ditinjau
kembali melalui tracking sungai. Tracking sungai dilakukan untuk mengetahui
kualitas air dan kondisi habitat secara lebih detail. Kualitas air diukur pada titik
yang dianggap penting dalam siklus hidup ikan sidat. Informasi mengenai titik
tersebut didapatkan dari hasil wawancara dan pengamaan langsung. Selain itu,
dilakukan wawancara terhadap nelayan sekitar sungai untuk mengetahui stadia,
lokasi, dan aktivitas penangkapan sidat.
Pengambilan sampel kualitas air
Kualitas air yang diukur meliputi pengukuran parameter fisika dan kimia
perairan yaitu in situ (suhu dan pH) dan eks situ (Total-P, Nitrat, kesadahan, dan
klorofil). Analisis laboratorium dilakukan untuk mengetahui kandungan kimia
perairan. Analisis parameter kimia pada sampel air meliputi total fosfat, nitrat,
kesadahan, dan klorofil. Metode pengukuran pada parameter menggunakan
standar APHA (2012) pada Tabel 4. Parameter ini dipilih karena secara langsung
maupun tidak langsung dapat mempengaruhi keberlangsungan hidup ikan sidat.
Tabel 4 Metode pengukuran parameter (APHA 2012)
Satuan
Parameter
Metode
Total-P
Nitrat
Kesadahan
Klorofil
mg/L
mg/L
mgCaCO3/L
μg/L
Manual Digestion and Flow Injection
Colorimetric Method
Titrimetri Method
Spectrophotometric Method
Lokasi penelitian dapat terlihat pada Gambar 4. Kualitas air di sungai
Cimandiri diamati kembali dengan mengambil 4 titik sampling. Stasiun 1
menunjukkan anak sungai dari hulu, stasiun 2 menunjukkan sungai bagian hulu,
13
stasiun 3 menunjukkan sungai bagian tengah. Stasiun 4 menunjukkan sungai
bagian hilir.
Gambar 4 Lokasi pengambilan sampel kualitas air di Sungai Cimandiri
Wawancara
Responden ditentukan dengan menggunakan metode purposive sampling,
dengan pertimbangan bahwa responden berperan dalam pemanfaatan sumber daya
ikan sidat maupun habitatnya, berperan dalam pengelolaan maupun pengambilan
keputusan terhadap sumber daya ikan sidat. Responden diharapkan dapat
memahami substansi data atau informasi yang akan didiskusikan. Oleh karena itu,
responden wawancara dalam penelitian ini meliputi nelayan, masyarakat sebagai
pemanfaat habitat ikan sidat, dan instansi pemerintah daerah. Substansi yang
digali dalam wawancara ini lebih difokuskan pada identifikasi faktor internal
(kekuatan dan kelemahan), dan faktor eksternal (peluang dan ancaman) yang
dihadapi masyarakat, penentuan tingkat kepentingan faktor internal dan eksternal
yang teridentifikasi, serta harapan yang dikehendaki oleh masyarakat dengan
adanya daerah perlindungan ikan sidat.
Wawancara terhadap nelayan dilakukan untuk mengidentifikasi keberadaan
ikan sidat, batas distribusi berdasarkan stadia, lokasi penangkapan, aktivitas
penangkapan, dan jenis kegiatan di sekitar sungai. Wawancara dilakukan dengan
beberapa pertanyaan melalui kuesioner. Hasil wawancara akan digunakan sebagai
salah satu dasar pembuatan peta kawasan perikanan refugia di sungai yang telah
dipilih.
14
Analisis Data
Analisis Morfologis
Elie (1982) in Reveillac (2009) menyatakan bahwa persamaan yang
digunakan dalam pembeda antar spesies yaitu ano-dorsal length (AD) dibagi
dengan total length (TL), seperti persamaan berikut:
Penentuan jenis spesies berdasarkan nilai (AD/TL) memiliki kisaran setiap
jenis spesiesnya. Gambar 5 menunjukkan nilai kisaran (AD/TL) pada spesies
A..bicolor bicolor, A. nebulosa labiata, dan A. marmorata (Elie 1982 in Reveillac
2009).
Gambar 5 Perbedaan spesies berdasarkan nilai AD/TL
Karakter populasi ikan sidat tropis menggunakan data morfometrik.
Pengelompokan populasi glass eels dianalisis menggunakan discriminant analysis
pada softwaare SPSS dan pemisahan karakter populasi ikan sidat muda dan
dewasa dianalisis menggunakan cluster analysis dengan membuat dendogram
pada software XLSTAT. Cluster analysis dan discriminant analysis didapatkan
berdasarkan masing-masing nilai parameter pada pengukuran morfometrik.
Analisis Molekuler
Penentuan sekuen nukleotida gen COI Anguilla spp.
Sekuen nukleotida hasil sekuensing disejajarkan dengan menggunakan
metoda Clustal W yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).
Sekuen nukleotida gen COI Anguilla spp. dengan primer forward dan reverse
diedit dan dianalisis untuk mendapatkan sekuen DNA dari gen COI tersebut.
Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI genus Anguilla
Sekuen gen COI Anguilla spp. dari penelitian ini disejajarkan antara semua
sampel dan sekuens gen COI untuk spesies lain dalam genus Anguilla yang
ditemukan di GenBank. Spesies yang digunakan yaitu genus Anguilla yang
meliputi A. australis (EF609282.1), A. reinhardtii (HM006952.1), dan A. japonica
15
(HQ339972.1). Sekuen gen COI spesies-spesies dari genus Anguilla tersebut
diunduh dari data GenBank.
Jarak genetik
Jarak genetik sekuen gen COI antara Anguilla spp. dan spesies lain dari
genus Anguilla dihitung menggunakan metode pairwise distance yang terdapat
pada program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Hasil perhitungan jarak genetik
disajikan dalam bentuk matriks data yang dapat digunakan untuk analisis
hubungan kekerabatan antar spesies berdasarkan pohon filogeni.
Analisis filogeni
Analisis filogeni Anguilla spp. dikonstruksi antara gen COI Anguilla spp.
dari penelitian ini dengan A. australis, A. reinhardtii, dan A. japonica. Konstruksi
pohon filogeni menggunakan metode bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ)
dengan 1000 kali pengulangan yang terdapat pada program MEGA 5.0 (Tamura et
al. 2011).
Analisis Spasial
Keseluruhan informasi biologis maupun sosial dianalisis secara spasial
dalam bentuk peta daerah pemanfaatan dan perlindungan sumber daya perikanan
sidat. Peta dibuat dengan memasukkan daerah tertentu yang tidak boleh
dimanfaatkan atau spot perlindungan dan daerah tertentu yang boleh dilakukan
pemanfaatan atau spot penangkapan. Selain itu, didalam peta dimasukan
beberapa aspek lain seperti: distribusi ikan berdasarkan stadia dan orde sungai.
Analisis spasial dilakukan dengan menggunakan software ArcGIS 9.3.
Tabel 5 Ukuran kuantitatif terhadap pengaruh dan kepentingan stakeholder
Kepentingan stakeholder
Skor
Kriteria
Keterangan
5
Sangat tinggi Sangat bergantung pada keberadaan sumber daya
4
Tinggi
Ketergantungan tinggi terhadap sumber daya
3
Cukup tinggi Cukup bergantung terhadap sumber daya
2
Kurang tinggi Ketergantungan terhadap sumber daya rendah
1
Rendah
Tidak bergantung terhadap sumber daya
Pengaruh stakeholder
Skor
Kriteria
Keterangan
5
Sangat tinggi Sangat mempengaruhi pengelolaan sumber daya
4
Tinggi
Mempengaruhi pengelolaan sumber daya
3
Cukup tinggi Cukup mempengaruhi pengelolaan sumber daya
2
Kurang tinggi Kurang mempengaruhi pengelolaan sumber daya
1
Rendah
Tidak mempengaruhi pengelolaan sumber daya
Analisis Stakeholder
Pomeroy and Douvere (2008) mendefinisikan analisis stakeholder atau
kelembagaan sebagai pendekatan dan prosedur untuk memperoleh pemahaman
tentang sistem dengan cara mengidentifikasi pelaku utama dan pemegang
kepentingan dalam sistem dengan menilai kepentingan masing-masing. Analisis
stakeholder dapat digunakan untuk mengetahui tingkat kepentingan dan pengaruh
dari pemangku kepentingan dalam pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya
16
perikanan sidat. Variabel dan indikator dari penilaian tingkat kepentingan dan
pengaruh stakeholder disajikan pada Lampiran 1 dan Lampiran 2.
Tingkat kepentingan dan pengaruh stakeholder diukur dengan penetapan
skor menggunakan pertanyaan (Tabel 5). Nilai skor dari seluruh pertanyaan
dirata-ratakan dan dipetakan ke dalam bentuk matriks (Gambar 6).
Selain itu, data dan informasi yang diperoleh melalui wawancara dipetakan
secara kualitatif untuk menentukan faktor internal (kekuatan dan kelemahan) dan
eksternal (peluang dan ancaman). Analisis SWOT didasarkan pada asumsi bahwa
strategi yang efektif adalah dengan memaksimalkan kekuatan dan peluang, serta
meminimalkan kelemahan dan ancaman. Analisis ini didahului oleh proses
identifikasi faktor internal dan eksternal (Rosalina 2011).
Kepentingan
E
Tinggi
Subject
(Kuadran I)
Players
(Kuadran II)
Bystanders
(Kuadran III)
Actors
(Kuadran IV)
Rendah
Pengaruh
Tinggi
Gambar 6 Matriks pengaruh dan kepentingan
17
4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Penentuan Kawasan Perikanan Refugia
Kawasan perikanan refugia ditentukan berdasarkan karakteristik sumber
daya perikanan sidat yang akan dipilih dari masing-masing sungai yang bermuara
ke Teluk Palabuhanratu. Aspek ekologis merupakan suatu parameter penting
dalam memenuhi kriteria penentuan perikanan refugia tersebut. Kepastian
taksonomi sangat dibutuhkan dalam penentuan r