Keragaman Gen Capn1, Capn3 Dan Cast Serta Asosiasinya Terhadap Bagian Bagian Karkas Dan Kualitas Daging Pada Ayam Kampung

KERAGAMAN GEN CAPN1, CAPN3 DAN CAST SERTA
ASOSIASINYA TERHADAP BAGIAN-BAGIAN KARKAS
DAN KUALITAS DAGING PADA AYAM KAMPUNG

AHMAD SALEH HARAHAP

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2017

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Keragaman Gen CAPN1,
CAPN3 dan CAST serta Asosiasinya terhadap Bagian-bagian Karkas dan Kualitas
Daging pada Ayam Kampung adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.
Bogor, Februari 2017
Ahmad Saleh Harahap
NIM D151140241

RINGKASAN
AHMAD SALEH HARAHAP. Keragaman Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
serta Asosiasinya terhadap Bagian-bagian Karkas dan Kualitas Daging pada
Ayam Kampung. Dibimbing oleh CECE SUMANTRI, NIKEN ULUPI dan TIKE
SARTIKA.
Ayam lokal merupakan salah satu ternak lokal yang berpotensi untuk
dikembangkan sebagai sumber penghasil daging di Indonesia. Ayam lokal
memiliki keunggulan mampu beradaptasi pada lingkungan tropis serta memiliki
sistem imun yang kuat namun kelemahannya yaitu laju pertumbuhan yang lambat.
Perkembangan teknologi molekuler dapat dimanfaatkan sebagai salah satu metode
seleksi berbasis Marker Assissted Selection (MAS) yang diperoleh melalui
identifikasi gen-gen utama yang mengontrol sifat kualitas daging pada ayam
seperti gen kalpain1 (CAPN1), kalpain3 (CAPN3) dan kalpastatin (CAST).
Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
pada beberapa jenis ayam dan memahami hubungan keragaman gen-gen tersebut

dengan bobot bagian-bagian karkas dan kualitas pada ayam kampung.
Penelitian dilakukan 2 tahap yaitu identifikasi SNP gen CAPN1, CAPN3
dan CAST pada beberapa jenis ayam serta asosiasi SNP terhadap bagian karkas,
otot dan kualitas daging pada ayam kampung. Ayam yang digunakan sebagai
sumber DNA untuk analisis keragaman yaitu ayam kampung, pelung, sentul,
nunukan, merawang, ras pedaging, persilangan kampung dengan ras pedaging.
Ayam kampung yang digunakan untuk analisis asosiasi sebanyak 59 ekor umur 3
bulan dan 46 ekor umur 6 bulan. Penentuan SNP dilakukan dengan menggunakan
program BioEdit. Genotyping dilakukan menggunakan metode pensejajaran dan
peurunutan yang dilakukan pada program Mega6. Analisis data yang dilakukan
yaitu frekeunsi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangan HardyWeinberg dan asosiasi data genotipe dengan fenotipe ayam kampung
menggunakan GLM (General Linear Model).
Gen CAPN1 yang diamati ditemukan 15 SNP yaitu g.10394C>T,
g.10408G>C, g.10527G>T, g.10541C>T, g.10549G>A,
g.10551A>T,
g.10568C>G,
g.10574C>T,
g.10579G>T,
g.10580G>T,
g.10608A>C,

g.10609C>T, g.10610G>A, g.10612T>G dan g.10632C>T. Pada gen CAPN3
ditemukan 2 SNP yaitu g.12831C>A dan g.12888T>C. Pada gen CAST
ditemukan 1 SNP yaitu g.42988G>T. SNP yang ditemukan pada gen CAPN1,
CAPN3 dan CAST bersifat polimorfik.
Keragaman SNP g.10541C>T gen CAPN1 ditemukan berasosiasi dengan
persentase dada dan persentase paha atas pada ayam kampung betina umur 3
bulan. Pada gen CAPN3 tidak ditemukan SNP yang berasosiasi dengan bobot
bagian-bagian karkas, bobot otot, persentase bagian-bagian karkas, persentase otot
kualitas daging. SNP yang berasosiasi signifikan berpotensi untuk digunakan
sebagai Marked Assisted Selection (MAS) pada ayam kampung.
Kata kunci: Ayam kampung, Kualitas daging, SNP CAPN1, SNP CAPN3, SNP
CAST

SUMMARY
AHMAD SALEH HARAHAP. Polymorphism of CAPN1, CAPN3 and CAST
gene and association with partial of carcass and meat quality in kampung chicken.
Supervised by CECE SUMANTRI, NIKEN ULUPI and TIKE SARTIKA.
Local chicken is one of local livestock potentially for developed as a source
of meat production in Indonesia. Local chicken has an advantage able to adapt on
tropical environment as well as having high immune system, but local chicken has

slow growth rate. Technology developments in molecular can be used selection
method based on marker assissted selection (MAS) that found from identification
of mayor genes that control meat quality in chicken like genes calpain1 (CAPN1),
calpain3 (CAPN3) and calpastatin (CAST). This study aimed to analyze the
polymorphism of CAPN1, CAPN3 and CAST genes in some chicken and
association these genes with part of carcass weight and meat quality in kampung
chicken.
The study was conducted two step. The first step is identification
polymorphism SNP CAPN1, CAPN3 and CAST gene in some chicken. And the
second step is association polymorphism of SNP with the carcass part, Muscles
and meat quality in kampung chicken. The chickens used as a source of DNA for
analysis polymorphism are kampung, pelung, sentul, nunukan, merawang, meat
type (strain cobb), crossbreed between kampung with meat type (strain cobb)
chicken. The chicken used as association analisys as much as 59 kampung chicken
3 months of age and 46 kampung chicken 6 months of age. Determination of SNP
performed using with Bioedit Program. Genotyping of SNP done an alignment
method on Mega6 program. Data analysis done with frequency genotype, allele
frequencies, heterozygosity, Hardy-Weinberg Equilibrium and association of
genotype with phenotype using GLM (General Linear Model).
The CAPN1 gene found 15 SNPs (g.10394C>T, g.10408G>C, g.10527G>T,

g.10541C>T,
g.10549G>A,
g.10551A>T,
g.10568C>G,
g.10574C>T,
g.10579G>T, g.10580G>T, g.10608A>C, g.10609C>T, g.10610G>A,
g.10612T>G and g.10632C>T). The CAPN3 gene found two SNPs That
g.12831C>A and g.12888T>C. The CAST gene found 1 SNP (g.42988G>T). The
SNP in CAPN1, CAPN3 and CAST gene are polymorphic.
The results of statistic analisys indicate that significantly associated of SNP
g.10541C>T in CAPN1 gene with persentage of breast and persentage of thigh in
hen kampung chicken 3 months of age. Statistical results showed no siginificant
association betwen SNP of CAPN3 gene with parts of the carcass, muscle and
physical of meat qualty in kampung chicken with 3 months and 6 months of age.
Keywords: Kampung chicken, meat quality, SNP of CAPN1, SNP of CAPN3,
SNP of CAST

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2017
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan

atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

KERAGAMAN GEN CAPN1, CAPN3 DAN CAST SERTA
ASOSIASINYA TERHADAP BAGIAN-BAGIAN KARKAS
DAN KUALITAS DAGING PADA AYAM KAMPUNG

AHMAD SALEH HARAHAP

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2017

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr Ir Rukmiasih, MS

Judul Tesis : Keragaman Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST serta Asosiasinya
terhadap bagian-bagian Karkas dan Kualitas Daging pada Ayam
Kampung
Nama
: Ahmad Saleh Harahap
NIM
: D151140241

Disetujui oleh
Komisi Pembimbing

Prof Dr Ir Cece Sumantri, MSc
Ketua

Dr Ir Tike Sartika, MSi
Anggota

Dr Ir Niken Ulupi, MS
Anggota

Diketahui oleh

Ketua Program Studi
Ilmu Produksi dan
Teknologi Peternakan

Dekan Sekolah Pascasarjana

Dr Ir Salundik, MSi

Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr

Tanggal Ujian: 19 Januari 2017

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas
segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang
dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Agustus 2015 sampai
bulan januari 2016 adalah ayam kampung, dengan judul Keragaman Gen CAPN1,
CAPN3 dan CAST serta asosiasinya terhadap bagian-bagian karkas dan kualitas
daging pada ayam kampung .
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Prof Dr Ir Cece Sumantri MSc,
Ibu Dr Ir Niken Ulupi MS dan Ibu Dr Ir Tike Sartika MSi selaku dosen
pembimbing, atas segala waktu, bimbingan, semangat dan motivasi yang selalu
diberikan kepada penulis hingga menyelesaikan program magister. Terima kasih
juga penulis ucapkan kepada penguji luar komisi Dr Ir Rukmiasih MS pada ujian
sidang tesis atas masukan dan saran untuk perbaikan tesis ini.
Terima kasih kepada Insentif Riset Sistem Nasional (INSINAS) No.
12/SEK/INSINAS/PPK/IV/2015 dari Kementerian Riset Teknologi dan
Pendidikan Tinggi. yang telah memberikan biaya dalam rangkaian penelitian
penulis dan kepada DIKTI yang telah memberikan beasiswa Afirmasi 2014
selama penulis menempuh pendidikan magister.

Penulis juga menyampaikan terima kasih kepada rekan-rekan di
Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Ternak, Shelvi, Isyana, Furqon, Pramujo
Rindang, Nurul, Himma. Terima kasih juga teman-teman pascasarjana ITP 2014
atas dukungan, doa dan persahabatannya selama ini. Dan tidak lupa juga terima
kasih teman-teman seperjuangan dari program 3T IPB.
Ungkapan terima kasih penulis sampaikan sebesar-besarnya kepada Ayah
Drs Abdul Hakim Harahap, Ibu Akhrini dan seluruh keluarga atas segala doa,
kasing sayang dan semangat yang selalu diberikan kepada penulis sejak hingga
saat ini. Kepada semua pihak yang telah membantu yang tidak dapat penulis
sebutkan satu persatu, terima kasih atas segalanya. Semoga Allah SWT
memberikan kelimpahan berkah, pahala dan balasan terbaik atas semuanya.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Februari 2017
Ahmad Saleh Harahap

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR ISI

vii

DAFTAR GAMBAR

viii

DAFTAR LAMPIRAN

viii

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian

1
1
2
3
3

2 METODE
Tempat dan Waktu Penelitian
Bahan dan Peralatan
Ekstraksi DNA
Polymerase Chain Reaction (PCR)
DNA Sekuensing
Peubah yang diamati
Rancangan percobaan dan Analisis Data

3
3
3
4
4
5
5
6

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Aplifikasi PCR
SNP Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
Frekuensi genotipe gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
Frekuensi alel gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
Heterozigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg
Asosiasi gen CAPN1 dan CAPN3
Asosiasi gen CAPN1 terhadap bagian-bagian karkas dan otot
Asosiasi gen CAPN3 terhadap bagian-bagian karkas dan otot
Asosiasi gen CAPN1 terhadap persentase bagian-bagian karkas
dan persentase otot
Asosiasi gen CAPN3 terhadap persentase bagian-bagian karkas
dan persentase otot
Asosiasi gen CAPN1 terhadap kualitas daging

8
8
10
15
21
25
29
29
34

4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran

49
49
49

DAFTAR PUSTAKA

49

RIWAYAT HIDUP

55

39
46
47

DAFTAR TABEL
1 Primer gen CAPN1, CAPN3 dan CAST yang digunakan saat PCR
2 Frekuensi genotipe CAPN1 pada SNP g.10394C>T, g.10408G>C dan
g.10527G>T
3 Frekuensi genotipe CAPN1 pada SNP g.10541C>T, g.10549G>A dan
g.10551A>T
4 Frekuensi genotipe CAPN1 pada SNP g.10568C>G, g.10574C>T dan
g.10579G>T
5 Frekuensi genotipe CAPN1 pada SNP g.10580G>T, g.10608A>C dan
g.10551C>T
6 Frekuensi genotipe CAPN1 pada SNP g.10610G>A, g.10612T>G dan
g.10632C>T
7 Frekuensi genotipe CAPN3 pada SNP g.12831C>A, dan g.12888T>C
8 Frekuensi genotipe CAPN3 pada SNP g.42988G>T
9 Frekuensi alel gen CAPN1
10 Frekuensi alel gen CAPN3
11 Frekuensi alel gen CAST
12 Heterozigositas pengamatan dan heterozigositas harapan gen CAPN1
13 Keseimbangan Hardy-Weinberg gen CAPN1
14 Heterozigositas pengamatan dan heterozigositas harapan dan
keseimbangan Hardy-Weinberg gen CAPN3
15 Rata-rata bobot bagian-bagian karkas ayam kampung umur betina 3
bulan pada SNP gen CAPN1
16 Rata-rata bobot otot ayam kampung betina umur 3 bulan pada SNP gen
CAPN1
17 Rata-rata bobot bagian-bagian karkas ayam kampung jantan umur 3
bulan pada SNP gen CAPN1
18 Rata-rata bobot otot ayam kampung jantan umur 3 bulan pada SNP gen
CAPN1
19 Rata-rata bobot bagian-bagian karkas ayam kampung jantan umur 6
bulan pada SNP gen CAPN1
20 Rata-rata bobot otot ayam kampung jantan umur 6 bulan pada SNP gen
CAPN1
21 Rata-rata bobot bagian-bagian karkas dan otot ayam kampung umur
betina 3 bulan pada SNP gen CAPN3
22 Rata-rata bobot bagian-bagian karkas dan otot ayam kampung umur
jantan 3 bulan pada SNP gen CAPN3
23 Rata-rata bobot bagian-bagian karkas dan otot ayam kampung umur
jantan 6 bulan pada SNP gen CAPN3
24 Rata-rata persentase bagian-bagian karkas ayam kampung umur betina
3 bulan pada SNP gen CAPN1
25 Rata-rata persentase otot ayam kampung betina umur 3 bulan pada
SNP gen CAPN1
26 Rata-rata persentase bagian-bagian karkas ayam kampung jantan umur
3 bulan pada SNP gen CAPN1

4
15
15
17
18
19
20
20
22
24
25
26
27
28
30
31
32
33
35
36
37
37
38
40
41
42

27 Rata-rata persentase otot ayam kampung jantan umur 3 bulan pada
SNP gen CAPN1
28 Rata-rata persentase bagian-bagian karkas ayam kampung jantan umur
6 bulan pada SNP gen CAPN1
29 Rata-rata persentase otot ayam kampung jantan umur 6 bulan pada
SNP gen CAPN1
30 Rata-rata persentase bagian-bagian karkas pada ayam kampung pada
SNP gen CAPN3
31 Rata-rata persentase otot pada ayam kampung pada SNP gen CAPN3
32 Rata-rata kualitas daging ayam kampung jantan umur 6 bulan pada SNP
CAPN1 dan CAPN3

43
44
45
46
47
48

DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6

Kerangka penelitian
Visualisasi hasil amplifikasi gen pada gel agarose 1,5%.
Visualisasi penentuan SNP gen CAPN1 posisi g.10568C>G
Visualisasi penentuan SNP gen CAPN3 posisi g.12888T>C
Visualisasi penentuan SNP gen CAST posisi g.42988G>T
Perunutan sekuen gen CAPN1 pada ayam dengan akses sekuen
ENSGALG00000010186
7 Perunutan sekuen gen CAPN3 pada ayam dengan akses sekuen
ENSGALG00000009050
8 Perunutan sekuen gen CAST pada ayam dengan akses sekuen
ENSGALG00000014682

2
9
9
10
10
12
13
14

DAFTAR LAMPIRAN
1 Sekuen gen CAPN1
2 Sekuen gen CAPN3
3 Sekuen gen CAST

49
49
50

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia yang memiliki peranan
penting dalam memenuhi kebutuhan daging dan telur bagi masyarakat. Ayam
kampung memiliki warna bulu, bobot badan, pertumbuhan dan produksi telur
yang masih beragam serta tersebar di seluruh Indonesia (Sartika dan Iskandar
2007). Ayam kampung memiliki keunggulan yaitu kuat terhadap serangan bakteri
Salmonella enteridis (Ulupi et al. 2013, Ulupi et al. 2014). Berdasarkan BPS
(2015), ayam kampung dan ayam lokal di Indonesia menyumbang ketersediaan
daging sebesar 10% dengan konsumsi dagingnya sebesar 0.521 kg/tahun.
Daging ayam kampung sangat disukai oleh sebagian masyarakat Indonesia
karena memiliki cita rasa dan tekstur yang khas. Hal ini dapat dilihat dari semakin
berkembangnya rumah makan yang menyajikan menu dengan bahan dasar daging
ayam kampung. Sehubungan dengan hal tersebut diperlukan upaya untuk
meyediakan daging ayam kampung yang berkesinambungan baik jumlah maupun
kualitasnya. Salah satu upaya yang dapat dilakukan yaitu dengan peningkatan
mutu genetik ayam kampung, terutama mengenai kualitas dagingnya. Beberapa
faktor yang mempengaruhi kualitas daging, tidak hanya faktor fisik dan kimianya
tetapi ada juga faktor umur, perototan dan metode pemasakan (Lawrie 2003,
Soeparno 2009).
Peningkatan kualitas karkas dan daging dapat dilakukan melalui seleksi
pada sifat-sifat karkas dan sifat kualitas daging. Sartika et al. (2004) menyatakan
MAS (Marker Assisted Selection) merupakan teknologi bidang molekuler yang
dapat dimanfaatkan sebagai salah satu metode seleksi. MAS dapat diperoleh
melalui identifikasi gen yang mengontrol sifat kualitas daging pada ayam yaitu
salah satunya gen kalpain (CAPN) dan CAST (Calpastatin).
Kalpain merupakan sebuah enzim proteolitik terkait dengan ion kalsium
(Ca2+), calpain terbagi dalam dua bentuk, yaitu µ-calpain dan m-calpain. µcalpain merupakan calpain yang memerlukan ion Ca2+ dalam konsentrasi rendah,
sedangkan m-calpain merupakan calpain yang memerlukan ion Ca2+ dalam
konsentrasi tinggi. Gen kalpain merupakan salah satu yang berperan penting pada
kualitas karkas dan kualitas daging. Gen CAPN1 mengkodekan protein sistein
protease yang mendegradasi protein myofibrillar post mortem. Gen CAPN1
dianggap sebagai enzim utama yang terlibat dalam proses keempukan daging
postmortem (Koohmaraie 1996). Berdasarkan National Center for Biotechnology
Information database (NCBI, 2012) terdapat 118 SNP gen CAPN1 pada ayam.
Gen CAPN3 terutama berhubungan dengan distrophy otot dan memainkan
peranan penting dalam myofibrillar integrity (Poussard et al., 1996). Gen ini
khusus terkait pada otot ikat pada daerah dimana proteolisis berasosiasi dengan
keempukan daging post mortem (Taylor et al., 1995). Sebanyak 1052 SNPs telah
dideskripsikan pada ayam (NCBI, 2012). Gen kalpain-1 (CAPN1 pada ayam
berada di kromosom 3 dengan 21 exon dan 20 intron (Zhang et al 2007).
Sementara gen kalpain-3 (CAPN3) terdiri dari 24 exon yang terletak pada
kromosom 5 (Zhang et al 2009).

2
Kalpastatin (CAST) merupakan gen yang berperan sebagai inhibitor
(penghambat) spesifik terhadap fungsi µ-calpain dan m-calpain. Aktivitas
calpastatin meningkat ketika aktivitas degradasi protein pada jaringan otot hewan
hidup menurun. Calpastatin berfungsi untuk menghambat proses degradasi
protein sel otot. Selain itu, diduga kuat terkait dengan sifat pertumbuhan otot dan
keempukan daging pada mamalia (Morgan et al., 1993). Gen CAST terletak pada
kromosom Z yang terdiri dari 29 intron dan 30 exon dengan panjang basa 60809
(Ensembl).
Hasil penelitian Hu et al. (2011) dan Liu et al. (2008) menemukan adanya
SNP (37868G>A) gen CAST pada ayam di China dan gen CAST memiliki
asosiasi pada beberapa sifat karkas yang menggunakan beberapa primer forward
dan primer reverse yang berbeda. Zhang et al. (2007) menyatakan bahwa adanya
SNP (9950G>A) gen CAPN1 pada ayam lokal di China. Zhang et al. (2009) juga
menyatakan bahwa menemukan adanya SNP pada gen CAPN3 dengan posisi
12814T>G pada ayam lokal di China. Pada ayam kampung dan ayam lokal di
Indonesia, kajian mengenai SNP pada gen CAST, CAPN1 dan CAPN3 belum
dilakukan. Berdasarkan hal tersebut perlu dilakukan pengkajian tentang
identifikasi SNP gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada ayam kampung dan ayam
lokal Indonesia. Selain itu, perlu kajian asosiasi gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
dengan bagian-bagian karkas dan kualitas daging pada ayam kampung yang
dipelihara secara tradisional (diumbar) dan yang dipelihara secara intensif.
Perumusan Masalah
Sebagai salah satu sumber genetik ternak Indonesia, seleksi ayam kampung
selama ini hanya berdasarkan fenotipik, sehingga seleksi tersebut belum akurat
dikarenakan adanya pengaruh lingkungan yang tidak terkendali. Salah satu
alternatif untuk mendapatkan hasil seleksi yang akurat yaitu dengan pendekatan
seleksi penciri.
Ayam Kampung
Kajian genetik

Kajian Fenotipik
Bagian-bagian
Karkas

Gen CAPN1,CAPN3 dan
CAST
DNA Sekuensing

Sifat Fisik
Daging

Analisis Keragaman gen
CAPN1, CAPN3 dan CAST

Sifat Kimia
Daging

Data Fenotipik

Data genotipe
Asosiasi
Maker Assisted Sellection

Gambar 1 Kerangka penelitian

3
Tujuan Penelitian
Penelititan ini bertujuan untuk mengidentifkasi SNP (Single Nucleotide
Polymorphis) atau keragaman gen kalpain-1 (CAPN1), kalpain-3 (CAPN3) dan
kalpastatin (CAST) pada ayam kampung. Selain itu, tujuan penelitian ini adalah
mengasosiasikan gen CAPN1, CAPN3 dan CAST dengan data sifat kualitas
karkas dan daging pada ayam kampung yang dipelihara secara tradisional.
Manfaat Penelitian
Manfaat dari penelitian ini adalah sebagai informasi genetik mengenai
keragaman gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada ayam kampung. Hasil penelitian
diharapkan dapat dijadikan dasar penentuan seleksi untuk mendapatkan ayam
kampung dengan kualitas daging yang baik dalam program pemuliaan.

2 METODE
Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Moluker Ternak dan
Laboratorium Lapang bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak Departemen Ilmu
Produksi Dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian
Bogor. Untuk pengujian analisis kualitas fisik daging dilakukan di Laboratorium
Ruminansia Besar Fakultas Peternakan dan analisis kimia dilalukan di Pusat Antar
Universitas (PAU) Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini dilaksanakan dari bulan
Agustus 2015 sampai Januari 2016.
Bahan dan Peralatan
Sampel Darah
Sampel darah yang digunakan sebagai sumber DNA adalah darah ayam
kampung ciawi berumur 3 bulan yang berasal dari koleksi Laboratorium Lapang
Fakultas Peternakan IPB sebanyak 61 ekor (29 jantan dan 32 betina) dan ayam
kampung jantan dari desa Panumbangan kecamatan Jampang Tengah kabupaten
Sukabumi umur 6 bulan sebanyak 46 ekor. Untuk sampel darah ayam broiler
strain cobb (6 ekor), F1 kampung-strain cobb (6 ekor), merawang (5 ekor), sentul
(5 ekor), nunukan (5 ekor) dan pelung (6 ekor) digunakan sebagai perbandingan
keragaman ayam kampung. Sampel darah disimpan pada suhu 40C untuk
kemudian dianalisis. Sampel darah yang berhasil teramplifikasi, dan digunakan
dalam analisis selanjutnya.
Karkas dan daging
Karkas yang digunakan pada penelitian ini adalah karkas ayam kampung
umur 3 bulan dan ayam kampung 6 bulan yang dibedakan berdasarkan jenis
kelamin dan umur. Untuk kualitas fisik dan kimia, daging yang digunakan adalah
daging dada ayam kampung umur 6 bulan yang sudah mengalami penyimpanan 2
bulan pada freezer.

4
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA dilakukan berdasarkan acuan sambrook et al. (1989) yang
dimodifikasi. Sebanyak 200 µL ditambahkan dengan 1 000 µL NaCl (natrium
klorida) 0.2%, kemudian divortex hingga homogen dan didiamkan selama 5 menit.
Sampel disentrifugasi pada kecepatan 8 000 rpm selama lima menit hingga
terbentuk endapan, kemudian bagian supernatan dibuang. Endapan yang
didapatkan ditambahkan dengan 10 µL Proteinase-K (5mg/mL), 350 µL 1 x STE
(sodium tris EDTA) dan 40 µl SDS (sodium deodesil sulfat) 10%, kemudian
dilakukan inkubasi dan titling pada suhu 550C selama dua jam. Setelah itu, larutan
yang telah diinkubasi ditambahkan 40 µL NaCL 5 M, 400 µL phenol dan 400 µL
CIAA (klorofom iso amil alcohol) kemudian dilkukan titling pada suhu ruang
selama satu jam. Tahapan selanjutnya adalah larutan disentrifuse dengan
kecepatan 12000 rpm selama lima menit. Fase DNA yang terbentuk diambil
sebanyak 400 µL dan dipindahkan ke tabung 1.5 mL dan ditambahkan dengan 40
µL NaCL 5 M dan 800 µ L EtOH (etanol alkohol) 96 % kemudian overnight pada
suhu -200 C. Sample DNA kemudian disentrifugasi pada kecepatan 12 000 rpm
selama lima menit sampai terbentuk endapan putih dan supernatan yang terbentuk
dibuang, kemudian endapan ditiriskan sampai kering dan ditambahkan 100 µL
buffer TE (tris elusion) 80%, kemudian disimpan pada suhu -200C untuk
digunakan pada tahap amplikasi DNA.
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Sampel DNA hasil ekstraksi diambil sebanyak 0.5 – 1 µL ditambah 0.35-0.4
µL primer, 0.3 µL dNTPs, 1 µL MgCl2, 1.5 µL 10 x buffer, 0.15 Taq Polymerase
dan 36-46 µL destilation water. Campuran dari semua tersebut diinkubasi
menggunakan mesin PCR thermocycler. Proses amflikasi diawali dengan tahap
denaturasi pada suhu 940C selama lima menit. Tahap kedua terdiri dari 35 siklus,
masing-masing siklus terdiri dari proses denaturasi 940C selama 10 detik,
annealing primer (Tabel 1) selama 20 detik dan ekstensi DNA pada suhu 720C
selama 30 detik. Tahapan selanjutnya adalah pemanjangan primer pada suhu 720C
selama sepuluh menit. Hasil amflikasi DNA tersebut divisualisasi dengan
elektroforesis gel agarose 1.5%.
Primer dan suhu annealing yang digunakan pada gen CAPN1, CAPN3 dan
CAST dapat dilihat pada tabel 2.
Tabel 1 Primer gen CAPN1, CAPN3 dan CAST yang digunakan saat PCR
Gen

Sekuens Primer (5’-3’)

Suhu
Annealing

Panjang
sekuen

Acuan

CAPN1

F: CTG GTG TTC AAT ACC TCC TGC
R: GAG AAA TGC CTC CCA GCC ATC

67 oC

285 pb

Zhang et
al. (2007)

CAPN3

F: TCT GGT AAG GCT GAG AAA CCC
R: AAG AAA CTG CCC TGC TTC ACT C

60 oC

328 pb

Zhang et
al. (2009)

CAST

F: GTC CTG TGG TCT AGC CAA TGC
R: CCC ACA GGT CTC TCC CAC TT

57 oC

482 pb

Hu et al.
(2011)

5
Sekuensing DNA
Sekuensing DNA ayam kampung dilakukan dengan menggunakan mesin
sekuenser (ABI Prims 3100-Avant Genetic Analyzer) pada fragmen primer
forward dan reverse melalui jasa perusahaan sekuensing 1st Base di Selangor,
Malaysia. Hasil sekunsing dirunutkan dan disejajarkan dengan runutan baku yang
diperoleh dari GenBank dengan menggunakan MEGA6 (Tamura et al. 2103)
Peubah yang diamati
Peubah yang diamati pada penelitian ini meliputi bobot bagian-bagian
karkas, bobot otot, persentase bagian-bagian karkas, persentase otot, kualitas fisik
daging dan kualitas kimia daging.
Karkas dan persentase karkas
Karkas ayam yang digunakan untuk diasosiakan adalah karkas ayam
kampung jantan umur 3 bulan, ayam kampung betina umur 3 bulan dan ayam
kampung jantan umur 6 bulan. Bagian-bagian karkas ayam kampung yang diukur
bobot dan persentasenya adalah bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot
paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap, bobot punggung, bobot otot dada,
bobot otot paha bawah dan bobot otot.
Kualitas Fisik dan Kimia Daging
Kualitas fisik daging yang diamati terdiri dari pH, daya mengikat air,
keempukan dan susut masak. Untuk kualitas kimia daging yang diamati adalah
kadar lemak daging. Sampel daging yang digunakan untuk kualitas fisik dan
kimia daging adalah daging dada ayam kampung umur 6 bulan yang mengalami
penyimpanan di freezer selama 2 bulan.
Nilai pH Daging (AOAC 2005). Nilai pH daging diukur dengan
menggunakan pH meter dengan cara langsung menusukkannya kedalam daging
lalu ditunggu hingga nilai pH pada pH meter tidak berubah lagi. Daging diukur
dengan pH meter setelah sebelumnya pH meter dikalibrasi dengan pH standard
yaitu larutan buffer pH 4 dan 7.
Daya Mengikat Air (DMA) (Hamm 1972). Pengukuran daya mengikat
air dilakukan dengan meletakkan daging ayam bagian dada seberat 0.3 gram di
atas kertas saring, kemudian diletakkan diantara dua plat baja tahan karat.
Selanjutnya sampel diberi beban dengan tekanan seberat 35 kg/cm2 selama 5
menit. Pada kertas saring akan terlihat area yang tertutup sampel daging yang
telah pipih dan area basah disekelilingnya, kemudian kedua tanda tersebut
ditandai. Area basah diperoleh dengan mengurangkan luas kedua area tertutup
daging dari area total yang meliputi area basah pada kertas saring. Kandungan air
yang keluar dari daging setelah penekanan dapat dihitung dengan rumus :
mgH2O

Luas Daerah Basah (��2 )
x 8,
=
0,0948

6
Persentase air yang yang keluar dari sampel daging dapat digunakan sebagai
pendekatan kemampuan daging dalam mengikat air (DMA). Semakin tinggi nilai
mgH2O yang keluar dari daging, maka daya mengikat airnya semakin rendah.
Persentase air yang terlepas dapat dihitung dengan rumus :
Persentase air yang keluar

=

Berat air yang terlepas
�
300 mg

%

Susut Masak (g). Susut masak adalah perbedaan antara berat daging
sebelum dan sesudah dimasak, dinyatakan dalam persentase (%). Sampel
daging seberat 100 gram yang telah ditancapkan termometer bimetal direbus
dalam air mendidih hingga mencapai suhu internal 80°C. Sampel daging diangkat
dan didinginkan (Priyanto et al., 1995). Susut masak dihitung dengan rumus
sebagai berikut:
Susut Masak

=

Berat awal - Berat akhir
�
Berat awal

%

Keempukan (kg cm-2). Sampel daging bagian dada ayam dipotong,
kemudian termometer bimetal ditancapkan hingga menembus bagian dalam
sampel daging, kemudian direbus dalam air hingga mencapai suhu internal
80° C. Sampel daging diangkat dan didinginkan, kemudian sampel dicetak
dengan alat pencetak daging (correr) yang berbentuk silindris mengikuti arah
serat daging. Potongan-potongan daging tersebut diukur dengan alat Warner
Bratzler Shear untuk menentukan nilai daya putusnya dalam kg/cm² (Hopkins
2011)
Kandungan lemak daging(AOAC 2005). Sebanyak 2 gram sampel disebar
diatas kapas yang beralas kertas saring dan digulung membentuk thimble, lalu
dimasukkan ke dalam labu soxhlet. Kemudian ekstraksi selama 6 jam, dengan
pelarut lemak berupa heksan sebanyak 150 mL. Lemak yang terekstrak, kemudian
dikeringkan dalam oven pada suhu 100 0C selama 1 jam. Perhitungan kadar lemak
(AOAC 2005) sebagai berikut :
Kadar Lemak =

Bobot lemak terekstrak
�
Bobot sampel

%

Rancangan Percobaan dan Analisis Data
Penelitian Tahap I : Identifikasi Keragaman CAPN1, CAPN3 dan CAST
Frekuensi Genotipe dan Frekuensi Alel
Frekuensi genotipe (xii) adalah perbandingan jumlah genotipe tertentu
dengan jumlah individu dalam populasi (Allendorf 2007) dengan rumus sebagai
berikut :
nii
Xii =
N

7
Frekuensi alel (xi) adalah rasio relatif suatu suatu alel terhadap
keseluruhan alel pada suatu lokus dalam populasi (Allendorf dan Luikart 2007)
dengan rumus sebagai berikut :
Xi =
Keterangan :
xii
xi
nii
nij
N

2nii +Σnij
2N

= frekuensi genotipe ii
= frekuensi alel i
= jumlah individu yang mempunyai genotipe ii
= jumlah individu yang mempunyai genotipe ij
= jumlah sampel

Heterozigositas
Keragaman genetik diketahui melalui perkiraan heterozigositas
pengamatan yang diperoleh dengan rumus sebagai berikut (Nei dan Kumar
2000) :
H0 = ∑
i≠j

nij
N

Keterangan :
Ho
= heterozigositas pengamatan
Nij
= jumlah individu heterozigot
N
= Jumlah individu yang diamati
Heterozigositas harapan (He) berdasarkan frekuensi alel dihitung menggunakan
rumus sebagai berikut (Allendorf dan Luikart 2007) :
q

He =1- ∑ x2i

Keterangan :
He
= heterozigositas harapan
Xi2
= frekuensi alel i
q
= Jumlah alel

i=1

Keseimbangan Hardy-Weinberg
Keseimbangan Hardy-Weinberg dapat diketahui
perhitungan nilai chhi-kuadrat (Allendorf dan Luikart 2007) :
χ2 = ∑

�−� ²
�

Keterangan :
χ2
= chi-kuadrat
O
= jumlah genotipe pengamatan
E
= jumlah genotipe harapan

menggunakan

8
Penelitian Tahap II : Asosiasi Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST terhadap
kualitas karkas dan daging ayam kampung
Bagian-bagian Karkas
Uji analisa kualitas karkas dan potongannya dilakukan dengan rancangan
acak lengkap dengan bobot hidup sebagai faktor kovariat. Model matematika yang
digunakan sebagai berikut (Steel dan Torrie 1995) :
Yij = µ + αi + βXj + Ԑij
Keterangan :
Yij = Nilai Pengamatan
µ
= Rata-rata umum
αi
= Pengaruh genotipe ke-i terhadap kualitas karkas ayam kampung
βXij = Pengaruh kovarian terhadap kualitas karkas ayam kampung
Ԑij = Pengaruh galat percobaan dari perlakuan ke-i pada ulangan ke-j
Kualitas Daging
Uji analisa kualitas karkas dan potongannya dilakukan dengan rancangan
acak lengkap. Model matematika yang digunakan sebagai berikut (Steel dan
Torrie 1995) :
Yij = µ + αi + Ԑij
Keterangan :
Yij = Nilai pengamatan
µ
= Rata-rata umum
αi
= Pengaruh genotipe ke-i terhadap kualitas daging ayam kampung
Ԑij = Pengaruh galat percobaan dari perlakuan ke-i pada ulangan ke-j

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Amplifikasi PCR Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
Amplifikasi PCR pada gen CAPN1 telah berhasil dilakukan dengan panjang
produk 285 pasang basa (pb) dengan suhu annealing 67oC pada daerah exon 21.
Amplifikasi PCR pada gen CAPN3 telah berhasil dilakukan dengan panjang
produk 328 pb dengan suhu annealing 60oC. SNP gen CAPN3 yang diidentifikasi
pada daerah exon 8 dan intron 8. Amplifikasi PCR pada gen CAST telah berhasil
dilakukan dengan panjang produk 482 pb dengan suhu annealing 57oC. Fragmen
CAST yang diidentifikasi pada daerah inron 10 sampai exon 12. Visualisasi
amplifikasi PCR gen CAPN1, CAPN3 dan CAST disajikan pada Gambar 1.

9

500 pb
400 pb
300 pb
200 bp
100 bp

285 pb

500 pb
400 pb
300 pb
200 bp
100 bp

328 pb

b

a

500 pb
400 pb
300 pb

482 pb

200 pb
100 pb

c

Gambar 2 Visualisasi hasil amplifikasi gen pada gel agarose 1,5%. M: Marker
100 bp dan 1-7: sampel. a : gen CAPN1, b: gen CAPN3, c : gen CAST
DNA Sekuensing
Hasil analisis DNA sequencing diperoleh SNP pada fragmen target gen
CAPN1, CAPN3 dan CAST yang dapat dilihat pada Gambar 2, Gambar 3 dan
Gambar 4.
SNP C>G

SNP C>G

SNP C>G

Gambar 3 Visualisasi penentuan SNP gen CAPN1 posisi g.10568C>G

10
SNP T>C

SNP T>C

SNP T>C

Gambar 4 Visualisasi penentuan SNP gen CAPN3 posisi g.12888T>C

SNP G>T

SNP G>T

Gambar 5 Visualisasi penentuan SNP gen CAST posisi g.42988G>T
SNP Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
Hasil analisis DNA sequencing menunjukkan bahwa gen CAPN1, CAPN3
dan CAST pada ayam yang diamati ditemukan SNP pada daerah fragmen target
pada masing-masing gen. SNP yang ditemukan pada gen CAPN1, CAPN3 dan
CAST dapat dilihat pada Gambar 5, Gambar 6 dan Gambar 7.
SNP Gen CAPN1
Berdasarkan hasil perunutan dan pensejajaran gen CAPN1 pada fragmen
target dari basa 10373 sampai basa ke 10657 ditemukan 15 SNP yang berada di

11
daerah 3’UTR. 15 SNP tersebut yaitu g.10394C>T, g.10408G>C, g.10527G>T,
g.10541C>T,
g.10549G>A,
g.10551A>T,
g.10568C>G,
g.10574C>T,
g.10579G>T, g.10580G>T, g.10608A>C, g.10609C>T, g.10610G>A,
g.10612T>G dan g.10632C>T. Genotipe yang ditemukan pada seluruh SNP
fragmen target berjumlah 38 genotipe. SNP gen CAPN1 juga ditemukan pada
penelitian Zhang et al. (2007) yang melaporkan bahwa adanya titik mutasi pada
posisi 9.950G>A pada ayam komersial di China.
Jenis mutasi yang ditemukan pada SNP gen CAPN1 terdapat 7 mutasi
transisi dan 8 mutasi tranversi. 7 SNP yang terjadi mutasi transisi yaitu
g.10394C>T,
g.10541C>T,
g.10549G>A,
g.10574C>T,
g.10609C>T,
g.10610G>A, dan g.10632C>T. 8 SNP yang terjadi mutasi tranversi yaitu
g.10408G>C, g.10527G>T, g.10551A>T, g.10568.C>G, g.10579G>T,
g.10580G>T, g.10608A>C, dan g.10612T>G.
SNP Gen CAPN3
Sekuen gen CAPN3 yang telah dirunutkan dan disejajarkan pada fragmen
target dari basa 12749 sampai basa ke 13076 ditemukan 2 SNP yaitu g.12831C>A
dan g.12888T>C yang berada di daerah intron 8. Genotipe yang ditemukan
sebanyak 5 genotipe pada gen CAPN3 yaitu 2 genotipe pada posisi g.12831C>A
dan 3 genotipe pada posisi g.12888T>C. Jenis mutasi yang ditemukan pada SNP
gen CAPN3 yaitu 1 mutasi transisi pada posisi g.12888T>C dan 1 mutasi
transversi pada posisi g.12831C>A.
Zhang et al.(2009) menemukan adanya 2 SNP gen CAPN3 pada ayam lokal
China. SNP gen CAPN3 ayam lokal di China tersebut yaitu g.11818T>A (intron
8) dan c.12814T>G yang berada di daerah exon 10 Jumlah genotipe yang
ditemukan sebanyak 5 genotipe.
SNP Gen CAST
Hasil perunutan dan pensejajaran sekuen gen CAST pada fragmen target
ditemukan 1 SNP dari basa ke 42574 sampai basa 43055 yaitu posisi g.42988G>T
di daerah intron 12. SNP tersebut hanya ditemukan pada ayam merawang,
sedangkan pada ayam ayam kampung, ayam strain cobb, F1 ayam kampung
dengan strain cobb, ayam sentul, ayam nunukan dan ayam pelung tidak
ditemukan. Genotipe yang ditemukan berjumlah dua yaitu genotipe GG dan GT.
Jenis mutasi yang ditemukan pada gen CAST merupakan jenis mutasi transversi
yaitu adanya perubahan basa G menjadi basa T pada posisi g.42988G>T.
Hu et al. (2011) menemukan adanya SNP gen CAST yang bervariasi pada
exon 8 posisi g.36127T>C, exon 11 posisi g.37752A>T dan intron 11
g.37868G>A dari tiga primer yang digunakan. Jumlah genotipe yang ditemukan
pada Hu et al. (2011) sebanyak 9 genotipe. Pada penelitian Liu et al. (2008)
mengemukakan bahwa dari lima primer yang digunakan hanya satu SNP gen
CAST yang ditemukan pada ayam yaitu c.35193G>T dengan 3 genotipe.

12

chromosome:Galgal4:3:29679838:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam kampung 6 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam Sentul
Ayam merawang
Ayam nunukan
Ayam pelung

10
20
30
40
50
60
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
CTGGTGTTCAATACCTCCTGCCGCAACCTCTTTCTGCGTGGCCTTCAAGCTCTCCCTCAC
.....................Y.............S........................
.....................Y.............S........................
.....................Y......................................
.....................Y......................................
...................................S........................
.....................Y.............S........................
.....................Y.............S........................
.....................Y.............S........................

chromosome:Galgal4:3:29679838:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam kampung 6 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam Sentul
Ayam merawang
Ayam nunukan
Ayam pelung

70
80
90
100
110
120
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ACCCCTTACTCTCTGCCCCCCTCTGTCCCACCATAGGGCCAAAGCCTATCATTTAAGCAC
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................

chromosome:Galgal4:3:29679838:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam kampung 6 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam Sentul
Ayam merawang
Ayam nunukan
Ayam pelung

130
140
150
160
170
180
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TCCCCTGCCACGTGCCACTATAACACAGCCCATCGTGCTCCTCTCATCCTATGCACGCAC
................................................Y.......R.W.
..................................K.....................R.W.
........................................................R.W.
........................................................R.W.
........................................................R.W.
........................................................R.W.
........................................................R.W.
........................................................R.W.

chromosome:Galgal4:3:29679838:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam kampung 6 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam Sentul
Ayam merawang
Ayam nunukan
Ayam pelung

190
200
210
220
230
240
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
AGCAGTACCACTACACCCTTTCCCCAGGGCTGTCCTGGCCTCCCCTCCTGCTGCCACGGT
...............S.....Y....K..............................R.K
...............S..........K.............................YA..
...............S..........K.................................
...............S..........K.................................
...............S..........K.................................
...............S..........K.................................
...............S..........KK...........................C...G
...............S..........K................................G

chromosome:Galgal4:3:29679838:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam kampung 6 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam Sentul
Ayam merawang
Ayam nunukan
Ayam pelung

250
260
270
280
....|....|....|....|....|....|....|....|....|.
GGAGTTGGGCCAAGGAGGACTGGTGATGGCTGGGAGGCATTTCTC................................................................Y.............................................................................................................................................................................................................................................................................Y.........................-

Gambar 6 SNP
gen
CAPN1
pada
ENSGALG00000010186

ayam

dengan

sekuen

dari

13

chromosome:Galgal4:5:24936425:
Ayam_kampung_3 bulan
Ayam_kampung_6 bulan
Ayam_strain cobb
Ayam_F1_kampung-strain cobb
Ayam_sentul
Ayam_merawang
Ayam_nunukan
Ayam_pelung

10
20
30
40
50
60
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TCTGGTAAGGCTGAGAAACCCGTGGGGACAGGTGGAATGGAATGGACCTTGGAGTGATAA
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................

chromosome:Galgal4:5:24936425:
Ayam_kampung_3 bulan
Ayam_kampung_6 bulan
Ayam_strain cobb
Ayam_F1_kampung-strain cobb
Ayam_sentul
Ayam_merawang
Ayam_nunukan
Ayam_pelung

70
80
90
100
110
120
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
GTGAGTAGAAAGTGTCTAGGAGCTTCATTTGATTTAGGAAAAAAAATAAATTGCAGCTTT
......................M.....................................
......................M.....................................
............................................................
......................M.....................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................

chromosome:Galgal4:5:24936425:
Ayam_kampung_3 bulan
Ayam_kampung_6 bulan
Ayam_strain cobb
Ayam_F1_kampung-strain cobb
Ayam_sentul
Ayam_merawang
Ayam_nunukan
Ayam_pelung

130
140
150
160
170
180
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ATTTGCCTTTTGCAGCTGGTGTATGGCCCTCACATTTAACAACGAGGTATCAGGTTTTAC
...................Y........................................
...................Y........................................
...................Y........................................
...................A........................................
...................Y........................................
...................Y........................................
...................Y........................................
...................Y........................................

chromosome:Galgal4:5:24936425:
Ayam_kampung_3 bulan
Ayam_kampung_6 bulan
Ayam_straincobb
Ayam_F1_kampung-straincobb
Ayam_sentul
Ayam_merawang
Ayam_nunukan
Ayam_pelung

190
200
210
220
230
240
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TGAGAGAGAGTTCAGTAGCTACTCCATCAGTGAGTTTGCAAGCACTTCTGTCTTCAAGCT
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................

chromosome:Galgal4:5:24936425:
Ayam_kampung_3 bulan
Ayam_kampung_6 bulan
Ayam_straincobb
Ayam_F1_kampung-straincobb
Ayam_sentul
Ayam_merawang
Ayam_nunukan
Ayam_pelung

250
260
270
280
290
300
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
AAGCAACATAAACATGTTTATTTTTTATTTCTGAGAGCTTCTAATAGGAAGTCTGAAGGG
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................
............................................................

chromosome:Galgal4:5:24936425:
Ayam_kampung_3 bulan
Ayam_kampung_6 bulan
Ayam_strain cobb
Ayam_F1_kampung-strain cobb
Ayam_sentul
Ayam_merawang
Ayam_nunukan
Ayam_pelung

310
320
....|....|....|....|....|....
AAGGCAGAGTGAAGCAGGGCAGTTTCTT................................................................................................................................................................................................................................-

Gambar 7 SNP
gen
CAPN3
pada
ENSGALG00000009050

ayam

dengan

sekuen

dari

14
10
20
30
40
50
60
70
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
chromosome:Galgal4:Z:56843664: GTCCTGTGGTCTAGCCAATGCTTTTATTTTCTTTCCAGAAATGTCACTGTAGATAGATGAGAAAATTTAG
Ayam kampung 3 bulan
......................................................................
Ayam strain cobb
......................................................................
Ayam F1 kampung-strain cobb
......................................................................
Ayam nunukan
......................................................................
Ayam Sentul
......................................................................
Ayam Merawang
......................................................................
Ayam Pelung
......................................................................
80
90
100
110
120
130
140
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
chromosome:Galgal4:Z:56843664: AAATTAGAAATTTATTTCAGTAAACAGTAGTATAAAGACATTGATGTGTACATTCTTTTCAAAGGAAAAT
......................................................................
Ayam kampung 3 bulan
Ayam strain cobb
......................................................................
Ayam F1 kampung-strain cobb
......................................................................
......................................................................
Ayam nunukan
Ayam Sentul
......................................................................
Ayam Merawang
......................................................................
Ayam Pelung
......................................................................

chromosome:Galgal4:Z:56843664:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam nunukan
Ayam Sentul
Ayam Merawang
Ayam Pelung

150
160
170
180
190
200
210
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ATTTCTTCAGAATACTTGGAAGAGCTGGGTAAACGAGAAGGTAGCCTCCCTCCAGAGTACCTTGCATTAT
......................................................................
......................................................................
......................................................................
......................................................................
......................................................................
......................................................................
......................................................................

220
230
240
250
260
270
280
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
chromosome:Galgal4:Z:56843664: TGAAGGTTTGTGAGTTAACAGAACACACAATTCTTTGTTTTGTTTCTTTGTGAATGTTTTTGTTTCCCAT
......................................................................
Ayam kampung 3 bulan
Ayam strain cobb
......................................................................
Ayam F1 kampung-strain cobb
......................................................................
......................................................................
Ayam nunukan
Ayam Sentul
......................................................................
Ayam Merawang
......................................................................
Ayam Pelung
......................................................................
290
300
310
320
330
340
350
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
chromosome:Galgal4:Z:56843664: TTACTACAAAATCAGTTTTCTTTTTAGAGCAAAGTGGATGGCAAAGATGGAGGCCTACCAAAAGTAGATG
Ayam kampung 3 bulan
......................................................................
Ayam strain cobb
......................................................................
......................................................................
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam nunukan
......................................................................
Ayam Sentul
......................................................................
......................................................................
Ayam Merawang
Ayam Pelung
......................................................................
360
370
380
390
400
410
420
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
chromosome:Galgal4:Z:56843664: AACATTCTGAAGTAAGACTTTCTTTATGTGTGTATTGCAAGGTGAAAATAACCCAGTTATCATAGGATTC
Ayam kampung 3 bulan
......................................................................
......................................................................
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
......................................................................
Ayam nunukan
......................................................................
Ayam Sentul
......................................................................
................................................................K.....
Ayam Merawang
Ayam Pelung
......................................................................

chromosome:Galgal4:Z:56843664:
Ayam kampung 3 bulan
Ayam strain cobb
Ayam F1 kampung-strain cobb
Ayam nunukan
Ayam Sentul
Ayam Merawang
Ayam Pelung

430
440
450
460
470
480
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|..
CTTGGAAAATTAAAATCTTATATGTCTTCCAAAGATACCAGGAAGTGGGAGAGACCTGTGGG
..............................................................
..............................................................
..............................................................
..............................................................
..............................................................
..............................................................
..............................................................

Gambar 8 SNP
gen
CAST
pada
ENSGALG00000014682

ayam

dengan

sekuen

dari

15
Frekuensi Genotipe Gen CAPN1, CAPN3 dan CAST
Frekuensi Genotipe Gen CAPN1
SNP g.10394C>T, g.10408G>C dan g.10527G>T
Keragaman gen CAPN1 berdasarkan frekuensi genotipe pada SNP posisi
g.10394C>T, g.10408G>C dan g.10527G>T gen CAPN1 disajikan pada Tabel 2.
SNP posisi g.10394C>T memperlihatkan genotipe CC, CT dan TT. Pada SNP
posisi g.10394C>T, genotipe CC memiliki nilai frekuensi tertinggi ditemukan
pada ayam sentul dengan nilai 1.00. Genotipe TT posisi g.10394C>T yang
memiliki frekuensi tertinggi ditemukan pada ayam nunukan dengan nilai 0.40.
Untuk frekuensi tertinggi genotipe TT posisi g.10394C>T ditemukan pada ayam
broiler strain cobb dengan nilai 0.60.
Tabel 2 Fre