Keragaman Gen Toll-like Receptor 4 (TLR4) dan Myxovirus (Mx) pada Ayam Kampung serta Asosiasinya terhadap Sifat Pertumbuhan.

KERAGAMAN GEN TOLL-LIKE RECEPTOR 4 (TLR4) DAN
MYXOVIRUS (MX) PADA AYAM KAMPUNG SERTA
ASOSIASINYA TERHADAP SIFAT PERTUMBUHAN

PANDU PERMATASARI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Keragaman Gen Toll-like
Receptor 4 (TLR4) dan Myxovirus (Mx) pada Ayam Kampung serta Asosiasinya
terhadap Sifat Pertumbuhan adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.

Bogor, Juli 2015
Pandu Permatasari
NIM D151124041

RINGKASAN
PANDU PERMATASARI. Keragaman Gen Toll-like Receptor 4 (TLR4) dan
Myxovirus (Mx) pada Ayam Kampung serta Asosiasinya terhadap Sifat
Pertumbuhan. Dibimbing oleh CECE SUMANTRI, SRI DARWATI dan NIKEN
ULUPI.
Ayam kampung dipelihara untuk dua tujuan produksi, yaitu sebagai
penghasil telur dan penghasil daging. Telur ayam kampung biasa dimanfaatkan
sebagai jamu atau bahan campuran jamu. Telur ayam kampung yang
dimanfaatkan sebagai jamu biasanya dikonsumsi dalam kondisi mentah sehingga
perlu dijamin keamanannya dari bakteri Salmonella sp. Masalah yang terjadi pada
industri ayam kampung adalah kematian ayam kampung yang sebagian besar
disebabkan oleh infeksi virus Newcastle Disease (ND). Secara genetik, gen yang
mengontrol ketahanan tubuh ayam kampung terhadap bakteri Salmonella sp
adalah gen Toll-like Receptor 4 (TLR4), sedangkan gen yang mengontrol

ketahanan tubuh ayam kampung terhadap infeksi virus adalah gen Myxovirus
(Mx). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi gen TLR4 dan Mx pada ayam
kampung serta mengidentifikasi hubungan kedua gen tersebut terhadap sifat
pertumbuhan.
Penelitian dilakukan dua tahap. Tahap pertama dilakukan mengenai
keragaman gen TLR4 dan Mx, sedangkan penelitian tahap kedua dilakukan
mengenai asosiasi kedua gen tersebut terhadap sifat pertumbuhan. Ayam
kampung yang digunakan pada penelitian tahap 1 adalah 98 ekor, sedangkan yang
digunakan pada tahap 2 adalah 45 ekor. Identifikasi keragaman gen TLR4 dan Mx
menggunakan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction
Fragment Length Polymorphism). Analisis data yang dilakukan yaitu frekuensi
genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg, nilai
Polymorphics Informative Content dan asosiasi data genotipe terhadap sifat
pertumbuhan menggunakan GLM (General Linear Model).
Hasil penelitian menunjukkan adanya mutasi GA pada gen TLR4 dan
mutasi AG pada gen Mx. Gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung bersifat
polimorfik. Tidak ditemukan asosiasi gen TLR4 terhadap sifat pertumbuhan.
Terdapat hubungan antara genotipe gen Mx dengan sifat pertumbuhan. Ayam
kampung dengan ketahanan terhadap Sallmonella sp dan infeksi virus memiliki
bobot badan minggu ke-16, PBB total dan PBB mingguan yang rendah.

Kata kunci: ayam kampung, gen Mx, gen TLR4, sifat pertumbuhan

SUMMARY
PANDU PERMATASARI. Polymorphisms of Toll-like Receptor 4 (TLR4) and
Myxovirus (Mx) Genes in Kampung chicken and The Association with Growth
Traits. Supervised by CECE SUMANTRI, SRI DARWATI and NIKEN ULUPI.
Kampung chicken has two production purposes as meat and egg producer.
As layer chicken, the egg of kampung chicken was used as jamu. So, the food
security of kampung chicken egg needs to be guaranted especially from
Salmonella sp. The other problem which commonly happened in kampung
chicken industry was the highest of mortality rate which caused by Newcastle
Disease (ND) virus infection. Genetically, there were some gene that control self
endurance against Salmonella sp and virus infection such as TLR4 and Mx genes.
Research aimed to identify the polymorphisms of TLR4 and Mx genes in
kampung chicken and the association with growth traits.
Research consisted of two steps. The first step was analysis of TLR4 and
MX genes polymorphisms and the second step was the association of TLR4 and
Mx genes with growth traits. A total of 98 bird of kampung chickens were used in
the first procedure and 45 birds were used in the second procedure. Identification
of TLR4 and Mx genes polymorphisms was done using PCR-RFLP (Polymerase

Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) method. Data
analysis were genotype frquency, allele frequency, heterozygosity, HardyWeinberg equilibrium, Polymorphics Informative Content value and association
between genotype and growth used GLM (General Linear Model).
The result showed GA mutation on TLR4 gene and AG mutation on
Mx gene. TLR4 and Mx gene were polymorphics. There was no association
between TLR4 gene and growth traits in kampung chicken. Kampung chicken
which resist to Salmonella sp and ND virus had low 16 weeks body weight, total
average gain daily, and average weekly gain.
Key words: growth traits, kampung chicken, Mx gene, TLR4 gene

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2015
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

KERAGAMAN GEN TOLL-LIKE RECEPTOR 4 (TLR4) DAN
MYXOVIRUS (MX) PADA AYAM KAMPUNG SERTA
ASOSIASINYA TERHADAP SIFAT PERTUMBUHAN

PANDU PERMATASARI

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr Ir Rita Mutia, MAgr

PRAKATA

Alhamdulillahirrobbil’alamin, puji dan syukur Penulis panjatkan kehadirat
Allah SWT karena berkat rahmat dan hidayah-Nya Penulis berhasil
menyelesaikan tesis yang berjudul “Keragaman Gen Toll-like Receptor 4 (TLR4)
dan Myxovirus (Mx) pada Ayam Kampung serta Asosiasinya terhadap Sifat
Pertumbuhan”. Tesis ini Penulis buat sebagai salah satu syarat memperoleh gelar
Magister Sains pada program studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan,
Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Terima kasih Penulis ucapkan kepada Prof Dr Ir Cece Sumantri, MSc, Dr Ir
Sri Darwati, MSi dan Dr Ir Niken Ulupi, MS selaku komisi pembimbing atas
curahan waktu, bimbingan, dukungan dan semangat yang diberikan selama
penelitian hingga selesainya penulisan tesis ini. Terima kasih Penulis ucapkan
kepada Dr Ir Rita Mutia, MAgr atas kesediaan waktunya menjadi penguji luar
komisi pada ujian tesis serta atas saran dan masukannya pada penulisan tesis ini.
Terima kasih juga Penulis ucapkan kepada Dr Ir Salundik, MSi selaku Ketua
Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan (ITP), Ibu Ade dan Mbak
Okta selaku staf di sekretariat Pasca ITP atas pelayanan administrasi yang
diberikan selama Penulis studi di ITP.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada ayahanda Sutarno, ibunda Yuli
Sukarelawati, serta adinda Pandu Amalia atas doa, dukungan, semangat dan kasih
sayang yang tak pernah padam. Terima kasih juga Penulis ucapkan kepada

Achdyawan Wenda Keynesandy atas segala doa dan ketulusan hati yang diberikan
kepada Penulis. Terima kasih kepada Ria Putri Rahmadani, sahabat sekaligus adik
seperjuangan, atas segala bantuan dan letupan semangat yang diberikan kepada
Penulis. Terima kasih kepada keluarga besar Animal Breeding and Genetics
Student Community (ABGSCi), Kak Eryk, Kak Ferdy, Kak Irene, Kak Icha, Kak
Ridho, Shelvi, Isyana, Alit, Roaslein, Furqon, Muhsinin, Nawal, Hadi, Rindang,
Mujo, Riri, Ninin, dan Mumus atas segala bantuan yang diberikan selama
penelitian hingga penulisan tesis. Terima kasih kepada sahabat tersayang Erren,
Angga, Eka, Sri, Ndaru, Upi, Desi dan Ai serta teman-teman ITP 2012 dan 2013
atas hangatnya kebersamaan selama ini. Terima kasih kepada semua pihak yang
telah membantu Penulis yang tidak dapat Penulis sebutkan satu per satu. Semoga
semua kebaikan yang telah diberikan dibalas oleh Allah SWT. Semoga karya
ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juli 2015
Pandu Permatasari

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian
Ruang Lingkup Penelitian

1
1
2

3
3
3

2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Tahap 1: Identifikasi Keragaman Gen TLR4 dan Mx pada Ayam
Kampung
Tahap 2: Asosiasi Gen TLR4 dan Gen Mx terhadap Sifat Pertumbuhan

3
3

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Keragaman Gen TLR4 dan Mx dengan Metode PCR RFLP
Frekuensi Genotipe dan Frekuensi Alel Gen TLR4 dan Mx
Derajat Polimorfisme Gen TLR4 dan Mx
Pertumbuhan Ayam Kampung Periode Grower
Asosiasi Gen TLR4 terhadap Sifat Pertumbuhan pada Periode Grower
Asosiasi Gen Mx terhadap Sifat Pertumbuhan pada Periode Grower

Asosiasi Kombinasi Gen TLR4 dan Mx terhadap Sifat Pertumbuhan
pada Periode Grower

8
8
9
10
11
11
12

4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran

14
14
15

DAFTAR PUSTAKA

15

3
6

14

DAFTAR TABEL
1
2
3
4
5

Kandungan nutrisi pakan ayam kampung
Frekuensi genotipe dan alel gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
Genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
Frekeunsi genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
Keseimbangan HW, Ho, He, dan PIC genotipe gen TLR4 dan Mx pada
ayam kampung
6 Pengaruh keragaman gen TLR4 terhadap sifat pertumbuhan ayam
kampung pada periode grower
7 Pengaruh keragaman gen Mx terhadap sifat pertumbuhan ayam
kampung pada periode grower
8 Pengaruh genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx terhadap sifat
pertumbuhan ayam kampung pada periode grower

7
9
9
10
10
12
13
14

DAFTAR GAMBAR
1 Bagan kerangka pemikiran penelitian
2 Visualisasi hasil PCR-RFLP gen TLR4 (a) dan Mx (b). M (marker); 1-3
(DNA ayam kampung)
3 Bobot badan ayam kampung pada periode grower
4 Bobot badan ayam kampung pada periode grower berdasarkan genotipe
gen TLR4
5 Bobot badan ayam kampung pada periode grower berdasarkan genotipe
gen Mx

2
8
11
12
13

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tujuan produksi ayam kampung dapat dibedakan menjadi ayam kampung
petelur dan ayam kampung pedaging. Meskipun memiliki tujuan produksi yang
berbeda, belum ada ciri khusus yang membedakan kedua tipe ayam kampung
tersebut (Sulandari et al. 2007). Terkait dengan tujuan produksi ayam kampung
sebagai ayam petelur, keamanan konsumen dalam mengonsumsi telur ayam
kampung perlu diperhatikan dari kasus Salmonellosis. Telur ayam kampung
sering dimanfaatkan masyarakat Indonesia sebagai jamu atau campuran jamu.
Sebagai jamu, telur ayam ini biasanya dikonsumsi dalam kondisi mentah sehingga
perlu dijamin keamanannya dari bakteri Salmonella sp.
Secara genetik, ketahanan terhadap Salmonella sp dikontrol antara lain oleh
gen TLR4. Berdasarkan data dari GenBank dengan nomor akses AY064697.1, gen
TLR4 berada di kromosom 17. Gen tersebut bekerja mentranskripsi protein TLR4
yang berperan sebagai reseptor pada sel fagosit (Akira dan Takeda 2004). Ulupi et
al. (2013) melaporkan bahwa gen TLR4|MscI dibuktikan dapat digunakan sebagai
penciri genetik untuk sifat ketahanan tubuh ayam terhadap infeksi Salmonella sp.
Penelitian tersebut melaporkan bahwa ayam kampung dengan semua genotipe
(GG, GA dan AA) memiliki ketahanan terhadap Salmonella enteritidis. Meskipun
demikian, genotipe GG pada gen TLR4 menunjukkan respon fisiologis yang lebih
baik dari pada genotipe GA pada saat ditantang dengan S. enteritidis. Hal ini
menunjukkan bahwa alel G membawa sifat resisten.
Masalah lain yang terjadi pada industri ayam kampung adalah kematian
ayam kampung yang sebagian besar disebabkan oleh infeksi virus Newcastle
Disease (ND). Secara genetik, ketahanan terhadap virus, termasuk virus ND
dikontrol oleh gen Mx. Berdasarkan data dari GenBank dengan nomor akses
DQ788615, berada di kromosom 1. Gen Mx bekerja mentranskripsi protein Mx
yang berfungsi sebagai promotor ketahanan terhadap infeksi virus. Gen Mx
dilaporkan dapat digunakan sebagai penciri genetik untuk sifat ketahanan tubuh
ayam terhadap infeksi virus, seperti virus Avian Influenza (AI) dan Newcastle
Disease (ND). Pagala et al. (2013) melaporkan adanya asosiasi keragaman
genotipe gen Mx|Hpy8I terhadap sifat antiviral pada ayam Tolaki. Genotipe gen
Mx yang ditemukan pada ayam Tolaki adalah genotipe AA, AG, dan GG,
genotipe yang memiliki alel A menampilkan ketahanan terhadap penyakit viral
yang lebih baik dibandingkan dengan genotipe yang memiliki alel G. Maeda
(2005) melakukan penelitian terhadap gen Mx pada ayam lokal Indonesia dan
melaporkan bahwa sebesar 63% ayam lokal Indonesia tahan terhadap infeksi virus
AI sedangkan 37% yang berada pada kategori tidak tahan. Pagala et al. (2013)
melakukan penelitian pada ayam Tolaki dan melaporkan bahwa gen Mx|Hpy8I
dapat digunakan sebagai penciri genetik untuk sifat ketahanan tubuh ayam
terhadap infeksi virus Newcastle Disease (ND).
Keluaran dari penelitian ini diharapkan dapat ditemukan ayam kampung
yang memiliki sifat tahan terhadap Salmonella sekaligus virus ND. Penelitian ini
dilakukan untuk mengidentifikasi gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung serta
melihat asosiasi kedua gen tersebut terhadap sifat pertumbuhan untuk dijadikan

2
informasi tambahan dalam proses seleksi ayam kampung yang tahan terhadap
Salmonella sp atau pun virus Newcastle Disease (ND).

Perumusan Masalah
Kerangka penelitian dari penelitian ini disajikan pada Gambar 1. Ketahanan
ayam terhadap infeksi bakteri Salmonella sp antara lain dikontrol oleh gen TLR4,
sedangkan ketahanannya terhadap infeksi virus dikontrol oleh gen Mx. Hubungan
ketahanan ayam kampung terhadap infeksi bakteri dan virus dengan sifat
pertumbuhan ayam kampung adalah masalah utama yang ingin diteliti.

Gambar 1 Bagan kerangka pemikiran penelitian
Penelitian dilakukan untuk menjawab permasalahan tersebut. Penelitian ini
dilakukan melalui 2 tahapan pengujian, yaitu pengujian terhadap faktor genetik
dan pengujian terhadap fenotipik. Pengujian terhadap faktor genetik bertujuan
untuk mengidentifikasi keragaman genotipe gen TLR4 dan gen Mx pada ayam
kampung. Pengujian terhadap fenotipik dilakukan pada pertumbuhan ayam
kampung. Kedua hasil pengujian tersebut kemudian digunakan untuk

3
mengasosiasi genotipe gen TLR4 dan Mx terhadap sifat pertumbuhan pada ayam
kampung.

Tujuan Penelitian
Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi keragaman genotipe gen
TLR4 dan Mx serta asosiasinya terhadap sifat pertumbuhan pada ayam kampung.

Manfaat Penelitian
Manfaat dari penelitian ini adalah sebagai informasi tambahan untuk
menseleksi ketahanan ayam terhadap infeksi Salmonella sp dan virus ND
berdasarkan dari sifat pertumbuhannya.

Ruang Lingkup Penelitian
Penelitian ini terdiri dari 2 tahap. Penelitian tahap pertama bertujuan untuk
mengidentifikasi keragaman genotipe gen TLR4 dan gen Mx yang terdapat pada
ayam kampung. Penelitian tahap kedua bertujuan untuk menerangkan asosiasi
sifat pertumbuhan ayam kampung terhadap genotipe pada gen TLR4 dan gen Mx.

2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan pada bulan Juli sampai bulan Oktober 2014. Penelitian
dilakukan pada dua tahap. Penelitian tahap 1 mengenai keragaman gen TLR4 dan
Mx pada ayam kampung dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler
Ternak Fakultas Peternakan IPB, sedangkan penelitian tahap 2 mengenai asosasi
gen TLR4 dan Mx terhadap sifat pertumbuhan dilaksanakan di Laboratorium
Lapang Terpadu, Fakultas Peternakan IPB.

Tahap 1: Identifikasi Keragaman Gen TLR4 dan Mx pada Ayam Kampung
Penelitian tahap 1 dimulai dengan pengambilan sampel darah. Setelah
sampel darah diambil, dilakukan pengamatan di laboratorium mengenai genotipe
gen TLR4 dan Mx melalui prosedur ekstraksi DNA, amplifikasi PCR
(Polymerase Chain Reaction), PCR-RFLP (Polymerase Chain ReactionRestriction Fragment Length Polymorphism) dan elekroforesis. Setelah didapat
data genotipe gen TLR4 dan Mx, dilakukan analisis data.

4
Total Sampel
Sampel ayam kampung yang digunakan sebanyak 98 ekor. Sampel ayam
yang digunakan adalah ayam koleksi milik Laboratorium Pemuliaan dan Genetika
Ternak, Fakultas Peternakan, IPB.
Pengambilan Sampel Darah
Sebanyak 1 mL darah diambil dari bagian vena axilaris dengan
menggunakan syringe. Darah yang sudah diambil kemudian dimasukkan ke dalam
tabung ependorf yang telah diisi EDTA.
Ekstraksi DNA
Sebanyak 50 µL sampel darah dimasukkan ke dalam tabung ependorf (1.5
mL) dan ditambahkan dengan 1 000 µL NaCl 0.2%, kemudian didiamkan 5 menit.
Setelah didiamkan, disentrifugasi pada kecepatan 8 000 rpm selama 5 menit,
kemudian bagian supernatan dibuang. Setelah bagian supernatan dibuang, larutan
ditambahkan dengan 20 µL proteinase K 5 mg mL-1, 40µL sodium dodesil fosfat
(SDS) 10% dan 30 µL 1 x STE (sodium tris EDTA). Selanjutnya campuran
larutan tersebut dikocok pelan di dalam inkubator selama 2 jam pada suhu 55 oC.
Setelah dikocok, campuran larutan tersebut ditambahkan dengan 400 µL phenol,
400 µL CIAA dan 40 µL 5 M NaCl sambil digoyang pelan selama 1 jam pada
suhu ruang. Setelah itu, campuran tersebut disentrifugasi pada kecepatan 12 000
rpm selama 5 menit.
Sebanyak 400 µL bagian yang berwarna bening (DNA) dipindahkan
menggunakan pipet ke tabung baru (1.5 mL). Tabung yang sudah berisi DNA ini
kemudian ditambahkan dengan 800 µL etanol absolut dan 40 µL 5 M NaCl lalu
disimpan di dalam freezer selama semalam. Setelah itu, larutan disentrifugasi
selama 5 menit pada kecepatan 12 000 rpm selama 5 menit. Setelah disentrifugasi,
bagian supernatan dibuang dan didiamkan dalam keadaan terbuka pada suhu
ruang sampai etanol hilang. Selanjutnya ditambahkan 100 µL TE 80%. DNA yang
diperoleh kemudian disimpan di freezer sampai siap untuk digunakan.
Amplifikasi PCR
Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen TLR4 berdasarkan
Ulupi (2013) adalah primer forward (5’-GCT CAA ATT ATT TTT CAT CAG
Tgg CC-3’) dan primer reverse (5’-ATC TGG ACT GAA AGC TGC AC-3’).
Primer tersebut mampu mengamplifikasi gen TLR4 sepanjang 220 pb yaitu dari
basa ke 3 898-4 117 (exon 2). Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen
Mx berdasarkan Sironi et al. (2010) adalah primer forward (5’-GCA CTG TCA
CCT CTT AAT AGA-3’) dan primer reverse (5’GTA TTG GTA GGC TTT GTT
GA-3’). Primer tersebut mampu mengamplifikasi gen TLR4 sepanjang 299 pb
yaitu dari basa ke 20 670-20 968 (exon 13).
Amplifikasi DNA gen TLR4 dilakukan pada total volume 15 µL yang terdiri
dari 1 µL DNA, 9.45 µL air bebas ion steril, 1.5 µL 10 x buffer tanpa Mg+ , 2 µL
MgCl2, 0.5 µL 10 mM dNTP, 0.05 µL Taq polimerase, dan 0.5 µL primer.
Terdapat 3 tahap pada metode amplifikasi. Tahap pertama meliputi proses
denaturasi awal pada 94 oC selama 4 menit yang dilakukan satu siklus. Tahap
kedua meliputi proses denaturasi pada suhu 94 oC selama 10 detik, proses
annealing pada suhu 60 oC selama 1 menit, dan proses ekstensi 72 oC selama 2

5
menit. Tahap kedua dilakukan 30 siklus. Tahap ketiga meliputi proses ekstensi
akhir pada suhu 72 oC selama 7 menit. Selanjutnya dilakukan inkubasi pada suhu
4 oC hingga digunakan untuk analisis lebih lanjut.
Amplifikasi DNA gen Mx dilakukan pada total volume 15 µL yang terdiri
dari 1 µL DNA, 10.85 µL DW, 0.3 µL primer, 0.05 Taq polymerase, 1.5 µL
buffer, 0.3 µL dNTPs dan 1 µL MgCl2. Metode amplifikasi dilakukan melalui tiga
tahap. Tahap pertama meliputi proses denaturasi awal pada 95 oC selama 5 menit
yang dilakukan 1 siklus. Tahap kedua meliputi proses denaturasi pada suhu 95 oC
selama 10 detik, proses annealing suhu 60 oC selama 20 detik, dan proses ekstensi
suhu 72 oC selama 30 detik. Tahap kedua dilakukan 35 siklus. Tahap ketiga
meliputi proses ekstensi akhir pada suhu 72 oC selama 5 menit. Produk hasil PCR
kemudian diinkubasi pada suhu 4 oC untuk kemudian digunakan pada proses
RFLP.
Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP)
Penentuan genotipe gen TLR4 dan gen Mx menggunakan metode RFLP.
Sebanyak 4 µL produk PCR gen TLR4 dan 5 µL gen Mx dipotong menggunakan
2 µL restriction endonuclease mix yang terdiri dari 0.9 µL dH2O, 0.7 µL buffer,
dan 0.4 µL enzim pemotong, kemudian diinkubasi selama 16 jam pada suhu 37 oC.
Enzim pemotong yang digunakan untuk gen TLR4 adalah MscI yang mengenali
situs potong Tgg|CCA, sedangkan enzim pemotong yang digunakan untuk gen
Mx adalah Hpy8I yang mengenali situs potong GTN|NAC.
Produk PCR yang sudah dipotong oleh enzim restriksi kemudian
dielektroforesis menggunakan gel agarose 2% dengan buffer 0.5 TBE (Tris Borat
EDTA) yang dialiri arus listrik dengan tegangan 100 V selama 40 menit.
Visualisasi hasil elektroforesis dilakukan di bawah UV transiluminator.
Analisis Data
Setelah genotipe didapat melalui metode PCR-RFLP, nilai frekuensi alel,
frekuensi genotipe, nilai keseimbangan Hardy-Weinberg, heterozigositas
pengamatan, heterozigositas harapan, dan nilai Polymorphic Informative Content
(PIC) dihitung berdasarkan rumus berikut:
Frekuensi alel (Nei 1987) 

Keterangan:
xi = frekuensi alel ke-i
nii = jumlah individu bergenotipe ii
nij = jumlah individu bergenotipe ij
N = total sampel
Frekuensi genotipe (Nei 1987) 

6
Keterangan:
xii = frekuensi genotipe ii
ni = jumlah individu bergenotipe ii
N = total sampel
Keseimbangan Hardy-Weinberg (H-W) (Hartl dan Clark 1997) 

Keterangan:
x2 = chi-kuadrat
O = jumlah genotipe pengamatan
E = jumlah genotipe harapan
Heterozigositas (Nei 1987) 

Keterangan:
Ho = heterozigositas pengamatan
N1ij = jumlah individu heterozigot pada lokus ke-1
N = jumlah individu yang diamati
He = heterozigositas harapan
P1i = frekuensi alel ke-i pada lokus ke-1
Polymorphic Informative Content (PIC) (Bostein et al. 1980) 

Keterangan:
PIC = Polymorphic Informative Content
pi = frekuensi alel ke-i
pj = frekuensi alel ke-j
n = jumlah alel per penciri

Tahap 2: Asosiasi Gen TLR4 dan Gen Mx terhadap Sifat Pertumbuhan
Penelitian tahap 2 dilakukan untuk melihat hubungan antara genotipe gen
TLR4 dan Mx dengan sifat pertumbuhan pada periode grower. Penelitian tahap 2
dimulai dengan melakukan pemeliharaan hingga pengambilan data. Data sifat
pertumbuhan yang didapat kemudian diasosiasikan dengan genotipe gen TLR4
dan Mx yang didapat dari penelitian tahap 1.

7
Ternak
Ternak yang digunakan dalam tahap ini sebanyak 45 ayam kampung umur 9
minggu. Ayam kampung ini merupakan koleksi Laboratorium Pemuliaan dan
Genetika Ternak IPB. Bobot rataan sampel ayam kampung yang digunakan adalah
571.32±108.70 g, dengan koefisien keragaman 19.03%.
Pemeliharaan
Seluruh ayam diberi nomor pada bagian sayap. Ayam kampung
dikandangkan dalam kandang sistem terbuka yang diberi alas litter dan dilengkapi
dengan lampu pemanas 5 watt. Pakan yang diberikan adalah pakan komersial
untuk ayam ras pedaging fase starter dan dedak padi dengan rasio 60:40. Pakan
komersial yang digunakan adalah produk PT Sinta Prima Feedmill dengan kode
BR-21E dengan PK 20%-22%, sedangkan dedak padi yang digunakan didapat
dari penggilingan padi di wilayah Bogor. Kandungan nutrisi pakan yang diberikan
ditunjukkan pada Tabel 1. Pakan dan air minum diberikan ad libitum. Selama
pemeliharaan dilakukan penimbangan bobot badan setiap minggu dan dilakukan
perhitungan pertambahan bobot badannya.
Tabel 1 Kandungan nutrisi pakan ayam kampung
Kandungan Gizi
Komposisi Nutrisi*
Energi bruto (kkal kg-1)
4 001.00
Protein kasar (%)
17.42
Lemak kasar (%)
6.46
Serat kasar (%)
6.61
Kalsium (%)
1.13
Fosfor (%)
0.79
*Hasil analisis Laboratorium Ilmu dan Teknologi Pakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian
Bogor (2015)

Analisis Data
Hasil masing-masing genotipe dari setiap gen dan genotipe kombinasi dari
kedua gen dihitung bobot badan, pertambahan bobot badan total, dan pertambahan
bobot badan mingguan dari minggu ke 9 sampai minggu ke 16. Data dianalisis
menggunakan prosedur General Linier Model (GLM) pada program SAS (SAS
9.1) menggunakan ANOVA. Model yang digunakan adalah sebagai berikut (Kaps
dan Lamberson 2004):
Yijk = μ + Gi + Sj + εijk
Keterangan:
Yijk = bobot badan
μ
= rataan umum
Gi = pengaruh genotipe ke-i
Sj
= pengaruh jenis kelamin ke-j
εijk = pengaruh acak genotipe ke-i, jenis kelamin ke-j dan ulangan ke-k

8

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Keragaman Gen TLR4 dan Mx dengan Metode PCR RFLP
Produk PCR yang didapatkan pada penelitian ini untuk gen TLR4 dan Mx
masing-masing sepanjang 220 bp dan 299 bp. Gambar 2 menunjukkan hasil
visualisasi PCR-RFLP gen TLR4 yang dipotong menggunakan enzim MscI dan
gen Mx yang dipotong menggunakan enzim Hpy8I pada gel agarose 2%.
Visualisasi PCR-RFLP gen TLR4 exon 2 genotipe AG dan AA menunjukkan
adanya satu titik potong pada basa ke 196. Menurut Ulupi et al. (2013), hal
tersebut terjadi karena adanya mutasi pada basa ke 196, mutasi diketahui
merupakan perubahan basa dari guanin menjadi adenin (GA). Perubahasan basa
tersebut menyebabkan perubahan asam amino dari asam glutamat (GAA) menjadi
lisin (AAA).

Gambar 2 Visualisasi hasil PCR-RFLP gen TLR4 (a) dan Mx (b). M (marker); 1-3
(DNA ayam kampung)
Visualisasi PCR-RFLP gen Mx exon 13 menunjukkan adanya titik potong
pada basa ke 99. Hal ini mengindikasikan adanya mutasi pada titik tersebut.
Mutasi diketahui merupakan perubahan basa dari adenin menjadi guanin (AG)
(Elfidasari et al. 2013). Perubahan basa tersebut menyebabkan perubahan asam
amino asparagin (AAT) menjadi serin (AGT). Keberadaan asam amino asparagin
mengindikasikan ayam tersebut resisten terhadap infeksi virus (Ko et al. 2002).
Penamaan genotipe berdasarkan pada perubahan basa. Genotipe yang
ditemukan pada gen TLR4 dan Mx pada penelitian ini masing-masing adalah 3
macam genotipe. Genotipe yang ditemukan pada gen TLR4 adalah genotipe GG,
GA, dan AA, dengan 2 alel yaitu alel G dan A. Alel A jika terpotong pada basa ke
196, sedangkan alel G jika tidak terpotong, sehingga muncul pada basa ke 200.
Genotipe AA diidentifikasikan dengan munculnya dua basa yaitu pada basa ke
196 dan basa ke 24. Genotipe GG diidentifikasi jika tidak ada pemotongan oleh
enzim MscI sehingga muncul pita hasil produk PCR dengan panjang 220 bp.
Genotipe AG ditandai dengan munculnya pita pada basa ke 220, basa ke 196, dan
basa ke 24.

9
Genotipe yang ditemukan pada gen Mx adalah genotipe AA, AG dan GG,
dengan 2 alel yaitu alel A dan G. Alel A jika basa tidak terpotong sehingga
menampilkan panjang basa sebesar 299 bp, sedangkan alel G jika terpotong pada
basa ke 200, sehingga muncul 2 pita pada basa ke 200 dan ke 99. Genotipe AA
diidentifikasikan jika tidak ada pemotongan oleh enzim Hpy8I sehingga muncul
pita hasil produk PCR dengan panjang 299 bp. Genotipe GG diidentifikasi dengan
munculnya basa pada pita ke 200 bp dan ke 99 bp. Genotipe AG ditandai dengan
munculnya pita pada basa ke 299, basa ke 200, dan basa ke 99.

Frekuensi Genotipe dan Frekuensi Alel Gen TLR4 dan Mx
Nilai frekuensi genotipe dan alel gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
ditunjukkan pada Tabel 2. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen TLR4 dan
gen Mx pada ayam kampung bersifat polimorfik. Nei (1987) menjelaskan bahwa
jika sebuah gen memiliki frekuensi alel kurang dari atau sama dengan 0.99 maka
gen tersebut bersifat polimorfik. Hal ini menjelaskan bahwa gen TLR4 dan Mx
berpotensi masing-masing menjadi kandidat SNP untuk sifat ketahanan terhadap
bakteri S. enteritidis dan infeksi virus. Frekuensi genotipe tertinggi pada gen
TLR4 adalah genotipe GG sedangkan pada gen Mx adalah genotipe AG.
Frekuensi alel tertinggi pada gen TLR4 adalah alel G, sedangkan pada gen Mx
adalah alel A.
Tabel 2 Frekuensi genotipe dan alel gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
Gen
Genotipe
Frekuensi Genotipe
Alel
Frekuensi Alel
TLR4
GG
0.745 (n=73)
G
0.862
GA
0.235 (n=23)
A
0.138
AA
0.020 (n= 2)
Mx
AA
0.316 (n=31)
A
0.536
AG
0.439 (n=43)
G
0.464
GG
0.245 (n=24)
Keterangan: n = jumlah sampel

Tabel 3 menunjukkan genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx pada ayam
kampung. Dua huruf pertama adalah genotipe yang berasal dari gen TLR4 dan
dua huruf selanjutnya adalah genotipe yang berasal dari gen Mx.
Tabel 3 Genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
Gen Mx
Genotipe
AA
AG
GG
GG
GGAA
GGAG
GGGG
Gen
GA
GAAA
GAAG
GAGG
TLR4
AA
AAAA
AAAG
AAGG
Tabel 4 menunjukkan frekuensi genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx pada
ayam kampung. Frekuensi genotipe tertinggi pada kombinasi kedua gen tersebut
adalah genotipe GGAG. Hal ini berarti bahwa frekuensi ayam kampung yang
memiliki sifat resisten adalah tinggi. Frekuensi genotipe terendah pada kombinasi

10
kedua gen tersebut adalah genotipe AAAG dan AAGG. Hal ini berarti tidak ada
ayam kampung yang membawa sifat rentan terhadap infeksi S. enteritidis dan
virus ND sekaligus.
Tabel 4 Frekeunsi genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung
Gen Mx
Genotipe
AA
AG
GG
GG
0.184 (n=18)
0.357 (n=35)
0.204 (n=20)
Gen
GA
0.102 (n=10)
0.090 (n= 9)
0.040 (n= 4)
TLR4
AA
0.020 (n= 2)
0.000 (n= 0)
0.000 (n= 0)
Keterangan: n = jumlah sampel

Derajat Polimorfisme Gen TLR4 dan Mx
Nilai keseimbangan Hardy-Weinberg (HW), heterozigositas pengamatan
(Ho), heterozigositas harapan (He) dan Polymorphic Informative Content (PIC)
gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung ditunjukkan pada Tabel 5. Nilai
keseimbangan Hardy-Weinberg gen TLR4 dan Mx menunjukkan nilai chi-kuadrat
hitung lebih rendah daripada chi-kuadrat tabel. Hal ini berarti bahwa frekeunsi
gen TLR4 dan Mx berada dalam keadaan seimbang pada populasi ayam kampung.
Keseimbangan tersebut menunjukkkan bahwa tidak terjadinya seleksi terutama
seleksi yang dilakukan terhadap gen TLR4 dan Mx. Menurut Noor (2010),
populasi yang besar tidak akan berubah dari satu generasi ke generasi lainnya jika
tidak ada seleksi, migrasi, mutasi, dan genetic drift.
Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) gen TLR4 dan Mx ditemukan di
bawah 0.5 (50%). Javanmard et al. (2005) menjelaskan bahwa jika ditemukan
nilai heterozigositas pada sebuah populasi di bawah 0.5 (50%), maka dapat
diindikasikan bahwa nilai keragaman pada populasi tersebut rendah. Hal tersebut
juga tidak jauh berbeda dengan nilai yang ditemukan pada nilai heterozigositas
harapan (He) gen TLR4 dan Mx. Nilai heterozigositas harapan (He) gen TLR4
dan Mx pada kedua populasi tersebut juga di bawah 0.5.
Tabel 5 Keseimbangan HW, Ho, He, dan PIC genotipe gen TLR4 dan Mx pada
ayam kampung
Gen
x2hitung
x2tabel
Ho
He
PIC
5.99
TLR4
0.014
0.235
0.238
0.209
5.99
Mx
1.363
0.439
0.497
0.374
Menurut Hildebrand et al. (1992) nilai Polymorphic Informative Content
(PIC) berkisar antara 0 sampai 1. Nilai PIC sama dengan 0 apabila hanya
ditemukan satu alel dan PIC sama dengan 1 apabila terdapat jumlah alel yang tak
terhingga. Apabila ditemukan 2 alel, Hildebrand et al. (1992) menjelaskan bahwa
nilai PIC maksimum yang ditemukan adalah sebesar 0.375. Nilai PIC gen TLR4
dan Mx pada ayam kampung ditemukan masing-masing adalah sebesar 0.209 dan
0.374. Menurut Hildebrand (1992), nilai heterozigositas akan selalu lebih tinggi
dibandingkan dengan nilai PIC, karena nilai PIC merupakan nilai heterozigositas

11
yang dikoreksi. Hasil menunjukkan bahwa nilai PIC gen Mx lebih tinggi
dibandingkan dengan TLR4. Hal ini berarti bahwa nilai keragaman gen Mx lebih
tinggi dibandingkan dengan TLR4. Keragaman yang tinggi pada gen Mx
menyebabkan gen Mx lebih berpotensi untuk diseleksi dibandingkan dengan gen
TLR4.

Pertumbuhan Ayam Kampung Periode Grower
Pakan yang digunakan pada penelitian ini memiliki kandungan energi
metabolisme sebesar 2 801 kkal kg-1 dan protein kasar sebesar 17.42%.
Komposisi protein tersebut sesuai dengan yang disarankan oleh Leeson dan
Summers (2005) yaitu sebesar 16%-18.5%.
Grafik pola pertumbuhan ayam kampung minggu ke-9 sampai minggu ke16 ditunjukkan pada Gambar 3. Rataan bobot badan minggu ke-9 adalah
565.18±115.26 g dan rataan bobot badan minggu ke-16 adalah 1084.57±246.93 g
sehingga pertambahan bobot badan total dari minggu ke-9 sampai minggu ke-16
adalah 519.39±131.67 g. Rataan bobot badan minggu ke 12 ayam kampung pada
penelitian ini sebesar 720.38±158.50 g. Rataan bobot badan minggu ke 12
tersebut serupa dengan yang didapat oleh Sulandari et al. (2007) yang diberikan
pakan dengan protein 16%-17% yaitu sebesar 708 g.
1200

Bobot badan (g)

1000
800
600
400
200
0
9

10

11

12
13
Umur minggu ke-

14

15

16

Gambar 3 Bobot badan ayam kampung

Asosiasi Gen TLR4 terhadap Sifat Pertumbuhan pada Periode Grower
Pola pertumbuhan ayam kampung berdasarkan genotipe gen TLR4
ditunjukkan pada Gambar 4. Grafik tersebut menunjukkan pola yang sama antara
pertumbuhan bobot badan genotipe GG, GA dan AA dari minggu ke-9 sampai
minggu ke-16.

12
1200

Bobot badan (g)

1000
800
600
400
200
0
9

10

11

12
13
Umur minggu ke-

14

15

16

Gambar 4 Bobot badan ayam kampung berdasarkan genotipe gen TLR4.
GA,
AA.

GG,

Hasil yang sama juga didapat dari hasil analisis statistik yang dilakukan.
Analisis statistik dilakukan pada geotipe GG dan AG, sedangkan genotipe AA
tidak diikutkan pada analisis statistik karena tidak memiliki ulangan (n=1). Hasil
uji statistik menunjukkan bahwa seluruh parameter, yaitu parameter bobot badan
minggu ke-9 (BB 9), bobot badan minggu ke-12 (BB 12), bobot badan minggu
ke-16 (BB 16), pertambahan bobot badan (PBB) total dan PBB mingguan pada
genotipe GG dan AG gen TLR4 menunjukkan hasil yang tidak berbeda nyata
(P>0.005). Hal ini berarti genotipe GG dan AG gen TLR4 tidak berpengaruh
terhadap seluruh parameter sifat pertumbuhan yang diteliti. Menurut Ulupi et al.
(2013), ayam kampung dengan semua genotipe gen TLR4 memiliki sifat tahan
terhadap bakteri S. enteritidis. Hal tersebut yang menyebabkan sifat pertumbuhan
ayam kampung pada genotipe GG dan AG tidak berbeda. Hasil asosiasi
keragaman gen TLR4 terhadap sifat pertumbuhan ditampilkan pada Tabel 6.
Tabel 6 Pengaruh keragaman gen TLR4 terhadap sifat pertumbuhan ayam
kampung pada periode grower
Parameter
PBB total (g/ekor)
PBB mingguan (g minggu-1)
BB 9 (g/ekor)
BB 12 (g/ekor)
BB 16 (g/ekor)

GG (n=35)
525.98±25.23
74.14± 3.60
579.11±17.19
738.74±23.73
1105.08±35.05

Genotipe
GA (n=9)
551.38±49.67
78.77± 7.10
560.02±33.84
716.32±46.72
1111.41±69.01

AA (n=1)*
413.0
59.0
587.0
661.0
1000.0

* = tidak diikutkan dalam analisis statistik; n= jumlah sampel; PBB = pertambahan bobot badan,
BB = bobot badan

Asosiasi Gen Mx terhadap Sifat Pertumbuhan pada Periode Grower
Pola pertumbuhan ayam kampung berdasarkan genotipe gen Mx
ditunjukkan pada Gambar 5. Grafik tersebut memperlihatkan bahwa pertumbuhan

13
bobot badan memiliki pola yang hampir sama dari minggu ke-9 sampai minggu
ke-16. Genotipe AA terlihat dalam grafik memiliki bobot badan yang lebih rendah
dibandingkan dengan genotipe AG dan GG.
1400

Bobot badan (g)

1200
1000
800
600
400
200
0
9

10

11

12
13
Umur minggu ke-

14

15

Gambar 5 Bobot badan ayam kampung berdasarkan genotipe gen Mx.
AG,
GG.

16

AA,

Fenomena yang terlihat pada grafik juga sesuai dengan hasil uji statistik
yang dilakukan. Hasil asosiasi keragaman gen Mx terhadap sifat pertumbuhan
ditampilkan pada Tabel 7.
Tabel 7 Pengaruh keragaman gen Mx terhadap sifat pertumbuhan ayam kampung
pada periode grower
Parameter
PBB total (g/ekor)
PBB mingguan (g minggu-1)
BB 9 (g/ekor)
BB 12 (g/ekor)
BB 16 (g/ekor)

AA (n=11)
404.66±39.37a
57.81± 5.62a
540.50±30.39
655.07±40.07a
945.17±55.86a

Genotipe
AG (n=21)
577.19±28.36b
82.46± 4.05b
585.34±21.89
749.18±28.87ab
1162.53±40.25b

GG (n=13)
599.09±36.68b
79.87± 5.24b
591.78±28.31
776.53±37.33b
1150.87±52.05b

n = jumlah sampel; PBB = pertambahan bobot badan, BB = bobot badan,
Angka-angka pada baris yang sama diikuti oleh huruf yang sama tidak berbeda nyata pada taraf uji
5%

Bobot badan ayam kampung minggu ke-9 berdasarkan gen Mx ditemukan
tidak berbeda nyata. Parameter bobot badan minggu ke-12 dan bobot badan
minggu ke-16 menunjukkan hasil statistik yang berbeda nyata antara genotipe AA
dan GG. Bobot badan ayam kampung minggu ke-12 dan minggu ke-16 genotipe
AA lebih rendah dibandingkan dengan ayam kampung bergenotipe GG. PBB total
dan PBB mingguan ayam kampung bergenotipe AA pada gen Mx ditemukan
berbeda nyata dibandingkan dengan genotipe AG dan GG. Ayam kampung
bergenotipe AA memiliki PPB total dan PBB mingguan yang lebih rendah
dibandingkan dengan ayam kampung bergenotipe AG dan GG. Menurut Pagala
et al. (2013), ayam yang membawa alel A pada gen Mx memiliki sifat ketahanan
yang lebih baik terhadap penyakit viral dibandingkan dengan alel G. Ayam
dengan ketahanan yang baik terhadap penyakit viral memiliki bobot badan yang

14
rendah. Hal tersebut dapat disebabkan karena nutrisi yang diserap ayam
digunakan untuk ketahanan terhadap penyakit terlebih dahulu, setelah itu
digunakan untuk produksi dan reproduksi (Despal et al. 2007).

Asosiasi Kombinasi Gen TLR4 dan Mx terhadap Sifat Pertumbuhan pada
Periode Grower
Hasil analisis statistik menunjukkan adanya hubungan antara kombinasi
genotipe kedua gen TLR4 dan Mx terhadap PBB total, PBB mingguan, bobot
badan minggu ke-9, bobot badan minggu ke-12 dan bobot badan minggu ke-16.
Pengaruh kombinasi gen TLR4 dan Mx terhadap sifat pertumbuhan ditunjukkan
pada Tabel 8.
Tabel 8 Pengaruh genotipe kombinasi gen TLR4 dan Mx terhadap sifat
pertumbuhan ayam kampung pada periode grower
Parameter
PBB total
(g/ekor)
PBB
mingguan
(g minggu-1)
BB 9
(g/ekor)
BB 12
(g/ekor)
BB 16
(g/ekor)

AAAA
(n=1)*
413.0
59.0
587.0
661.0
1000.0

GAAA
(n=4)
484.88±
64.20ab

GAAG
(n=3)
659.41±
76.05a

GAGG
(n=2)
517.76±
91.98ab

GGAA
(n=6)
344.75±
51.73b

GGAG
(n=8)
563.68±
29.86a

GGGG
(n=11)
566.07 ±
38.62a

69.27±
9.17ab

94.20±
10.87a

73.96±
13.14ab

47.82±
7.39b

80.53±
4.27a

80.87±
5.52a

582.81±
50.57
698.14±
68.08
1067.69±
90.26ab

551.88± 527.62± 498.58± 590.21±
59.90
72.44
40.74
23.52
756.72± 691.53± 612.92± 747.83±
80.64
97.53
54.86
31.67
1211.29± 1045.38± 833.33± 1153.89±
106.92a 129.31ab 72.73b
41.99a

605.40±
30.42
792.21±
40.96
1171.47±
54.30a

* = tidak diikutkan dalam analisis statistik; n = jumlah sampel; PBB = pertambahan bobot badan,
BB = bobot badan; Angka-angka pada baris yang sama diikuti oleh huruf yang sama tidak berbeda
nyata pada taraf uji 5%

Hasil analisis menunjukkan ayam kampung bergenotipe GGAA, yaitu ayam
kampung yang tahan terhadap Salmonella sp dan tahan terhadap infeksi virus,
memiliki nilai parameter sifat pertumbuhan yang paling rendah (Tabel 8).
Hubungan antara kombinasi genotipe gen TLR4 dan Mx terhadap parameter sifat
pertumbuhan yang diamati dapat disebabkan oleh pengaruh dari salah satu atau
kedua gen tersebut.

4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Gen TLR4 dan Mx pada ayam kampung bersifat polimorfik. Frekuensi
genotipe tertinggi pada gen TLR4 dan Mx masing-masing adalah GG dan AG.
Frekuensi gen TLR4 dan Mx berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Nilai
PIC gen Mx mendekati nilai maksimal. Ayam kampung dengan ketahanan

15
terhadap Salmonella sp dan infeksi virus memiliki nilai parameter sifat
pertumbuhan yang rendah.

Saran
Penelitian asosiasi gen TLR4 dan Mx perlu dilakukan pada jumlah sampel
yang lebih banyak. Jenis kelamin juga dapat dibedakan agar dapat diketahui
perbedaan pengaruh genotipe gen TLR4 dan Mx terhadap sifat pertumbuhan pada
jenis kelamin yang berbeda. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut di lapangan
untuk mengetahui kondisi riil peternakan ayam kampung di lapangan.

DAFTAR PUSTAKA
Akira S, Takeda K. 2004. TLR signaling pathways. Nature Reviews Immunology.
4:449-511.
Bostein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. 1980. Construction of genetic
linkage map in human using restriction fragmen lenght polymorphisms.
Amer. J Hum Genet. 32:314-331.
Despal, Astuti DA, Suci DM, Evvyerni D, Permana IG, Sigit NE, Mutia R,
Sumiati, Toharmat T, Hermana W. 2007. Pengantar Ilmu Nutrisi. Bogor
(ID): Dept. Ilmu Nutrisi dan Teknologi Pakan IPB.
Elfidasari D, Solihin DD, Soejoedono, Murtini S. 2013. Identification of gene
resistance to avian influenza virus (Mx gene) among wild waterbirds.
Makara J Sci. 17(1):6-10.
Hartl DL, Clark AG. 1997. Principle of Population Genetic. Sinauer Associates.
Sunderland. MA.
Hildebrand CE, Torney DC, Wagner RP. 1992. Informativeness of polymorphic
DNA markers. Los Alamos Sci. 20:100-102.
Javanmard A, Asadzadeh N, Banabazi MH, Tavakolian J. 2005. The allele and
genotype frequencies of bovine pituitary-specific transcription factor and
leptin genes in Iranian cattle and buffalo populations using PCR-RFLP. Iran
J Biotechol. 3(2):104-108.
Kaps M, Lamberson WR. 2004. Biostatistics for Animal Science. London (GB):
CABI Publishing.
Ko JH, Jin HK, Asano A, Takada A, Ninomiya A, Kida H, Hokiyama, Ohara M,
Tsuzuki, Nishibori, Mizutani, Watanabe T et al. 2002. Polymorphisms and
the differential antiviral activity of the chicken Mx gene. Gen Res. 12
(4):595-601.
Leeson S, Summers JD. 2005. Commercial Poultry Nutrition. Ed ke-3.
Nottingham (GB): Nottingham University Pr.
Maeda. 2005. Polymorphism of Mx Gene in Asian Indigenous chicken
population. Seminar Nasional tentang Unggas Lokal III: 25 Agustus 2005.
Universitas Diponegoro. Semarang (ID).
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York (US): Columbia
University Pr.

16
Noor RR. 2010. Genetika Ternak. Jakarta (ID): Penebar Swadaya.
Pagala MA, Muladno, Sumantri C, Murtini S. 2013. Association of Mx gene
genotype with antiviral and production traits in Tolaki chicken. J Poult Sci.
12 (12):735-739.
Sironi L, Ramelli P, Williams JL, Mariani P. 2010. PCR-RFLP Genotyping
protocol for chicken Mx gene G/A polymorphism associated with the
S631N mutation. Gen and Mol Res. 9(2):1104-1108.
Sulandari S, Zein MSA, Paryanti S, Sartika T, Astuti M, Widjastuti T, Sujana E,
Syafril D, Setiawan I, Garnida D. 2007. Sumberdaya genetik ayam lokal
Indonesia. Keanekaragaman Sumber Daya Hayati Ayam Lokal Indonesia:
Manfaat dan Potensi. Pusat Penelitian Biologi. Lembaga Ilmu Pengetahuan
Indonesia. Bogor (ID). Hlm 45-104.
Ulupi N, Muladno, Sumantri C, Wibawan IWT. 2013. Association of TLR4 gene
genotype and resistance against S. enteritidis natural infection in kampung
chicken. J Poult Sci. 12 (8):445-450.

17

RIWAYAT HIDUP
Penulis lahir di Jakarta pada tanggal 10 Oktober 1990. Penulis merupakan
anak pertama dari 2 bersaudara pasangan bapak Sutarno dan ibu Yuli
Sukarelawati. Penulis menamatkan pendidikan di SMA Negeri 1 Pamulang (SMA
Negeri 3 Kota Tangerang Selatan) pada tahun 2008. Selanjutnya pada tahun yang
sama penulis diterima di Institut Pertanian Bogor melalui jalur USMI (Undangan
Seleksi Masuk IPB) dan terdaftar sebagai mahasiswa Fakultas Peternakan Institut
Pertanian Bogor.
Penulis menamatkan program pendidikan sarjana pada tahun 2012. Penulis
selanjutnya terdaftar sebagai mahasiswa Pascasarjana Program Studi Ilmu
Produksi dan Teknologi Peternakan tahun ajaran 2012/2013 genap. Selama
menjadi mahasiswa, Penulis aktif sebagai anggota organisasi Animal Breeding
and Genetics Student Community (ABGSCi). Karya ilmiah berjudul “Keragaman
Gen Myxovirus (Mx) pada Ayam Kampung Terseleksi” telah diterima (accepted)
dan dipublikasikan di Jurnal Ilmu Produksi dan Teknologi Hasil Peternakan pada
Volume 3 No 1 Januari 2015.