METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilaksanakan pada Februari sampai dengan April 2015 di unit pembenihan, kolam penelitian dan laboratorium Balai Penelitian Pemuliaan Ikan
Sukamandi Subang, Jawa Barat.
Alat dan Bahan a. Ekstraksi DNA
Alat-alat yang digunakan dalam Isolasi DNA adalah micropipette Thermo scientific
, Centrifuge HM-150IV HM, centrifuge sorvall Thermo, vortex ma ximix II
Thermoline, inkubator, microtips, microtube, collection tube, GeneJET Genomic DNA Purifica tion Column, chiller on ice
IsoFreeze, chiller templa te
IsoFreeze, tubes rack eppendorf, penggerus, timer, alat bedah, gloves, masker, pinset, spidol, kalkulator.
Bahan-bahan yang digunakan dalam ekstraksi DNA adalah sampel sirip ekor benih lele transgenik F3, kit ekstraksi DNA GeneJet Genomic DNA
Purifica tion kit, Thermo Scientific , nuclease free water NFW, sodium
hipochlorit 1 dan tisu.
b. Amplifikasi PCR Polymerase Chain Reaction
Alat-alat yang digunakan dalam amplifikasi PCR adalah mesin Thermal Cycler
ESCO, Thermal Cycler BIO-RAD, micropipette Thermo Scientific, chiller on ice
IsoFreeze, Chiller template IsoFreeze, microtube, microtips, tubes ra ck
eppendorf, pinset, spidol, gloves, masker.
Universitas Sumatera Utara
Bahan-bahan yang digunakan dalam amplifikasi PCR adalah DNA templa te,
FastStart PCR Master Mix Roche, primer forward ACTPhGH-F 5’-
GTG TGT GAC GCT GGA CCA ATC - 3’, primer reverse ACTPhGH2-R 5’-
CGA TAA GCA CGC CGA TGC CCA TTT - 3’ Marnis dkk., 2013, nuclease
free wa ter Thermo Scientific, sodium hipochlorit 1, tisu.
c. Elektroforesis
Alat-alat yang digunakan dalam elektroforesis adalah Mini Horizontal Elektroforesis
Cleaver scientific ltd, timbangan analitik AND, Gel Doc UVP, cetakan agar 30 mL, cetakan agar 60 mL, beaker glass Pyrex, gelas ukur Iwaki
Pyrex , aluminium foil, hot plate Wise stir, stirrer, micropipette Thermo
Scientific , tubes rack eppendorf, microtips, chiller on ice IsoFreeze, chiller
templa te IsoFreeze, Laboratory film Parafilm, gloves, gunting, masker,
komputer, kamera digital dan alat tulis. Bahan-bahan yang digunakan dalam elektroforesis adalah GelRed Nucleic
Acid Stra in 10.000x in water Vivantis, 10X Tris-Acetate-EDTA TAE BUFFER
Ultra Pure Grade Vivantis, akuades, agarose vivantis, gel agarose 2, Amplikon, Marker 100-3000 bp Vivantis, loading dye Vivantis, tisu.
d. Performa Pertumbuhan
Alat-alat yang digunakan dalam pegamatan performa pertumbuhan adalah akuarium ukuran 60x40x40 cm, aerator, alat takar, sendok, hand counter, wadah
plastiktoples, ember, alat grading, sifon, waring, kolam terpal, penggaris, timbangan digital, mikroskop, camera digital dan alat tulis.
Bahan-bahan yang digunakan dalam performa pertumbuhan adalah pakan ikan, garam, larva ikan lele transgenik F3 hasil perkawinan induk betina positif
Universitas Sumatera Utara
pembawa transgen yang memiliki kode tagging 4749 dengan jantan positif kode tagging 1221, larva lele non-transgenik didaptkan dari perkawinan indukan non-
transgenik.
Prosedur Penelitian Transmisi Transgen PhGH
Deteksi Transgen a. Hewan Uji
Deteksi transgen dilakukan pada benih lele transgenik F3 berumur 1 bulan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction PCR. Ikan lele transgenik
yang diuji merupakan ikan yang membawa konstruksi gen pCcBA-PhGH Dewi dkk., 2013. Ikan merupakan koleksi dari Balai Penelitian Pemuliaan Sukamandi.
Kontruksi gen pCcBA-PhGH dapat dilihat pada Gambar 1.
Gambar 1. Konstruksi gen pCcBA-PhGH Dewi dkk., 2013 Ikan sampel merupakan benih dari indukan betina positif pembawa
transgen PhGH sebanyak 30 ekor yang dipijahkan dengan jantan non-transgenik dan 26 induk jantan pembawa transgen disilangkan dengan betina non-transgenik.
Sampel yang digunakan merupakan sirip ekor pada benih ikan lele transgenik F3 berumur 1 bulan. Transgen dicek pada 20 ekor benih dari setiap indukan yang
dipijahkan.
Universitas Sumatera Utara
b. Ekstraksi DNA
