faktor yang lebih berperan dalam perubahan frekuensi gen dibandingkan faktor lainnya Liu 1998.
Tabel 7. Jumlah alel, individu heterozigot, individu homozigot, tingkat polimorfisme dan kesetimbangan Hardy-Weinberg
Lokus Alel
Individu Heterozigot Homozigot PIC
HW CNZ 05
4 87
42 45
0.459 CNZ 09
3 87
59 28
0.565 NS
CNZ 18 6
87 61
26 0.720
NS CNZ 21
3 87
42 45
0.647 NS
CNZ 51 3
87 47
40 0.622
NS CnCirA3
3 87
59 28
0.591 NS
CnCirA9 4
87 46
41 0.561
CnCirC3’ 4
87 49
38 0.638
NS CnCirC7
3 87
35 52
0.580 CnCir E2
4 87
42 45
0.570 CnCirE10
5 87
70 17
0.662 NS
CnCirE12 5
87 62
25 0.717
NS CnCir F2
5 87
71 16
0.718 NS
CnCirH4’ 4
87 57
30 0.678
NS CnCirH7
4 87
70 17
0.682 NS
Keterangan: TP = Tingkat polimorfisme
HW = Kesetimbangan Hardy-Weinberg = Tidak pada kesetimbangan Hardy-Weinberg
NS = Pada kesetimbangan Hardy-Weinberg
2. Pelacakan Tetua Kelapa Dalam Mapanget No.32 Melalui Aliran Gen
Gene Flow Berdasarkan Penanda Mikrosatelit SSR
Hasil analisis SSR DNA kelapa DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-32 S4 menggunakan 15 primer menunjukkan polimorfisme dengan ukuran alel
berbeda, setiap primer terdiri atas 3-6 alel sehingga seluruhnya berjumlah 60 alel. Setiap individu memiliki 1-2 pita yang merupakan tipikal bagi penanda SSR yang
bersifat kodominan bagi organisme diploid Gambar 4. Mikrosatelit SSR adalah suatu jenis penanda DNA yang dapat digunakan untuk mempelajari genotipe
individu Mullis Faloona 1987. Pita-pita DNA dibuat dalam simbol genotipe menggunakan angka, dari
generasi hasil penyerbukan tertutup kelapa DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT- 32 S4. Data genotipe tersebut digunakan dalam melacak pohon kelapa tetua dari
kelapa DMT-32 S3 dan DMT-32 S4. Semua genotipe dari generasi kedua, ketiga,
dan keempat populasi kelapa DMT-32 DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-32 S4 digunakan dalam melacak tetua kelapa DMT-32 S3 dan DMT-32 S4.
Pelacakan dilakukan berdasarkan pola pewarisan alel dari setiap lokus dari tetua kepada zuriatnya. Untuk memudahkan pelacakan tetua digunakan program Cervus
2.0.
Keterangan : 1 - 9 = nomor pohon 1-3 = posisi pita nomo r 1, 2, dan 3
M = penanda
Gambar 4. Contoh pita SSR CnCirA3 pada kelapa DMT-32 S2
Contoh Pembuatan Data Biner dan Data Genotipe individu berdasarkan pita-pita SSR pada Gambar 4 disajikan pada Tabel 8 dan Tabel 9 berikut :
Tabel 8. Contoh Data Biner Lokus CnCirA3 pada DMT-32 S2
Tabel 9. Contoh Data Genotipe Lokus CnCirA3 pada DMT-32 S2
Pada pelacakan tetua betina dan jantan tanaman kelapa DMT-32, mula- mula dilakukan pelacakan tetua betina dengan membandingkan genotipe zuriat
dengan genotipe generasi tetuanya. Pembandingan dilakukan terhadap setiap primer yang digunakan. Setelah genotipe tetua betina diketahui kemudian
No. Pohon 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Pita 1 2
3 1 1 1 0 1 1 1 0 1
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
No. Pohon 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Genotipe 1 1 1 2 1 1 1 2 1
2 2 2 2 2 2 2 3 3
dianalisis untuk mengetahui genotipe tetua jantan dari setiap individu generasi zuriat dengan generasi tetuanya. Pelacakan tetua jantan dilakukan dengan
membandingkan genotipe zuriat dengan genotipe tetua betina yang telah diketahui dengan individu tetua yang memiliki genotipe paling sesuai sebagai pasangan
tetua. Mikrosatelit sebagai penanda kodominan juga telah digunakan untuk
menganalisis tetua akasia Prihatini et al. 2006, Cervus elaphus Pemberton et al. 1992, dan ikan Lepomis macrochirus Neff et al. 2000. Menurut Marshall et al
1998 beberapa faktor yang menyebabkan pelacakan tetua tidak berhasil adalah jumlah kandidat tetua yang besar, hubungan kekerabatan relatedness kandidat
tetua yang tinggi, dan kesalahan dalam pelaksanaan penelitian. Untuk menganalisis kandidat tetua jantan digunakan likelihood ratio.
Individu dengan nilai likelihood ratio tertinggi the most likely male parent merupakan kandidat utama tetua jantan. Untuk memudahkan analisis digunakan
program Cervus 2.0 Meagher 1986; Marshall et al. 1998. Hasil pelacakan tetua DMT-32 S3 dan DMT-32 S4 menggunakan program
Cervus 2.0 disajikan pada Tabel 10 dan Tabel 11. Hasil pelacakan tetua menggunakan program Cervus 2.0 menunjukkan
bahwa sebanyak 21 zuriat DMT-32 S3 dapat dilacak tetuanya dengan tingkat kesesuaian 95 dan 19 zuriat lainnya pada tingkat kesesuaian 80 Tabel 10.
Sedangkan pada DMT-32 S4 sebanyak 23 zuriat dapat dilacak tetuanya pada tingkat kesesuaian 95 dan 15 zuriat lainnya pada tingkat kesesuaian 80 Tabel
11. Hasil pelacakan tetua DMT-32 S3 memperlihatkan bahwa ada tiga
individu yang benar-benar hasil penyerbukan tertutup dari satu pohon yaitu dua pohon kelapa DMT-32 S3 No.25 dan No.39 merupakan zuriat dari DMT-32 S2
No.8, dan satu pohon yaitu DMT-32 S3 No.26 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.3. Hasil pelacakan tetua dari DMT-32 S4 menunjukkan bahwa ada 5 individu
yang benar-benar merupakan hasil penyerbukan dan zigot dengan polen yang berasal dari pohon tertentu. Tiga pohon kelapa yang merupakan zuriat dari pohon
DMT-32 S3 No.28 adalah DMT-32 S4 No.8, No.10, dan No.22, satu pohon
adalah zuriat dari DMT-32 S3 No.32 yaitu DMT-32 S4 No.11, dan satu pohon adalah zuriat DMT-32 S3 No.35 yaitu DMT-32 S4 No.30 Tabel 11.
Tabel 10. Pelacakan Tetua betina dan jantan Kelapa DMT-32 generasi S3 berdasarkan 15 lokus mikrosatelit SSR
Generasi S3
Tetua Betina
Tetua jantan
Ket. Generasi
S3 Tetua
Betina Tetua
jantan Ket.
S3-1 S2-7
S2-9 S3-21
S2-9 S2-8
S3-2 S2-2
S2-6 S3-22
S2-1 S2-4
S3-3 S2-7
S2-5 S3-23
S2-1 S2-5
S3-4 S2-8
S2-3 S3-24
S2-2 S2-9
S3-5 S2-5
S2-3 S3-25
S2-8 S2-8
S3-6 S2-1
S2-4 S3-26
S2-3 S2-3
S3-7 S2-2
S2-6 S3-27
S2-8 S2-4
S3-8 S2-1
S2-9 S3-28
S2-8 S2-5
S3-9 S2-3
S2-5 S3-29
S2-8 S2-7
S3-10 S2-5
S2-8 S3-30
S2-7 S2-9
S3-11 S2-3
S2-1 S3-31
S2-2 S2-8
S3-12 S2-7
S2-1 S3-32
S2-4 S2-7
S3-13 S2-8
S2-5 S3-33
S2-5 S2-7
S3-14 S2-3
S2-9 S3-34
S2-3 S2-2
S3-15 S2-3
S2-7 S3-35
S2-2 S2-6
S3-16 S2-6
S2-3 S3-36
S2-2 S2-7
S3-17 S2-7
S2-1 S3-37
S2-7 S2-3
S3-18 S2-2
S2-9 S3-38
S2-5 S2-3
S3-19 S2-2
S2-8 S3-39
S2-8 S2-8
S3-20 S2-8
S2-5 S3-40
S2-1 S2-4
Keterangan : sesuai pada taraf 95 tanpa sesuai pada taraf 80
S2 dan S3 = hasil penyerbukan generasi kedua dan ketiga Angka dibelakang S2 dan S3= nomor pohon masing- masing
generasi Individu- individu pohon kelapa yang mempunyai yang mempunyai pohon
kelapa tetua betina dan jantan yang sama pada populasi DMT-32 S3 adalah No.6, No.22, dan No.40 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.1 x No.4: DMT-
32 S3 No.2, No.7, dan No.35 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.2 x No.6; DMT-32 S3 No.18 dan No.24 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2
No.2 x No.9; DMT-32 S3 No.19 dan No.31 zuriat dari persilangan pohon DMT- 32 S2 No.2 x No.8; DMT-32 S3 No.13, No.20, dan No.28 zuriat dari persilangan
pohon DMT-32 S2 No.8 x No.5; DMT-32 S3 No.1 dan No.30 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.7 x No.9; DMT-32 S3 No.12 dan No.17 zuriat
dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.7 x No.1; DMT-32 S3 No.5 dan No.38 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.5 x No.3 Tabel 10.
Tabel 11. Pelacakan Tetua betina dan jantan Kelapa DMT-32 generasi S4 berdasarkan 15 lokus mikrosatelit SSR
Generasi S4
Tetua Betina
Tetua Jantan
Ket Generasi
S4 Tetua
Betina Tetua
Jantan Ket
S4-1 S3-28
S3-12 S4-20
S3-34 S3-8
S4-2 S3-28
S3-26 S4-21
S3-33 S3-14
S4-3 S3-8
S3-32 S4-22
S3-28 S3-28
S4-4 S3-34
S3-33 S4-23
S3-12 S3-35
S4-5 S3-1
S3-18 S4-24
S3-1 S3-3
S4-6 S3-4
S3-28 S4-25
S3-8 S3-32
S4-7 S3-32
S3-10 S4-26
S3-28 S3-12
S4-8 S3-28
S3-28 S4-27
S3-5 S3-36
S4-9 S3-28
S3-12 S4-28
S3-11 S3-32
S4-10 S3-28
S3-28 S4-29
S3-10 S3-6
S4-11 S3-32
S3-32 S4-30
S3-35 S3-35
S4-12 S3-4
S3-8 S4-31
S3-28 S3-4
S4-13 S3-3
S3-14 S4-32
S3-33 S3-36
S4-14 S3-33
S3-1 S4-33
S3-34 S3-5
S4-15 S3-23
S3-35 S4-34
S3-35 S3-26
S4-16 S3-23
S3-6 S4-35
S3-4 S3-34
S4-17 S3-18
S3-1 S4-36
S3-1 S3-14
S4-18 S3-18
S3-5 S4-37
S3-3 S3-14
S4-19 S3-34
S3-1 S4-38
S3-3 S3-21
Keterangan : sesuai pada taraf 95 tanpa sesuai pada taraf 80
S3 dan S4 = DMT-32 generasi ketiga dan keempat Angka dibelakang S3 dan S4= nomor pohon masing- masing
generasi Dari Tabel 11 dapat dilihat individu-individu pohon kelapa pada DMT-32
S4 yang merupakan zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S3 No.28 x No.12 adalah No.1, No.9, dan No.26. Sedangkan zuriat dari persilangan pohon DMT-32
S3 No.8 x No.32 adalah DMT-32 S4 No.3 dan No.25. Hasil penelusuran menunjukkan pula bahwa semua individu pada generasi
DMT-32 S2 menjadi tetua dari DMT-32 S3, sedangkan pada populasi DMT-32 S3 beberapa nomor pohon tidak menjadi tetua dari zuriat DMT-32 S4. Hasil ini dapat
dipahami karena sebelum dilakukan penyerbukan pada setiap generasi, diseleksi
terlebih dahulu pohon-pohon yang berproduksi tinggi. Nomor- nomor pohon yang berproduksi rendah tidak digunakan sebagai tetua. Hasil penelusuran ini jika
dikaitkan dengan data produksi buah per pohon per tahun yang diamati selama penelitian, menunjukkan bahwa pada populasi DMT-32 S2 semua pohon masih
berpotensi produksi lebih dari 100 butir per pohon per tahun sehingga semuanya digunakan sebagai tetua untuk DMT-32 S3. Sedangkan pada DMT-32 S3
beberapa pohon di antaranya berproduksi rendah yaitu berpotensi produksi kurang dari 80 butir per pohon per tahun sehingga tidak digunakan sebagai tetua untuk
generasi DMT-32 S4 Tabel 12. Berdasarkan hasil pelacakan menggunakan program Cervus 2.0 pada Tabel
10 dan Tabel 11, maka dapat dibuat silsilah dari setiap nomor pohon pada populasi kelapa DMT-32 generasi selfing kedua seperti pada Gambar 5 sampai
dengan Gambar 13.
Dari Gambar 5 dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No.1 merupakan tetua betina dan jantan dari masing- masing empat individu DMT-32 S3. Lima dari
zuriatnya adalah tetua betina dan jantan dari 13 individu DMT-32 S4. Zuriat DMT-32 S2 No.1 merupakan tetua betina dari pohon kelapa DMT-32 S3 No.6
dan No.8 artinya benih dari pohon-pohon kelapa tersebut dipanen dari DMT-32 S2 No.1, sedangkan pohon kelapa DMT-32 S2 No.1 sebagai tetua jantan dari
DMT-32 S3 No.11, No.12 dan No.23. Tiga nomor pohon kelapa DMT-32 S3 yang lain yaitu No.17, No.22, dan No.40 tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4.
Sebanyak tujuh pohon kelapa DMT-32 S4 dipanen dari zuriat DMT-32 S2 No.1, sedangkan enam nomor pohon kelapa DMT-32 S4 lainnya menerima polen dari
DMT-32 S2 No.1. Dengan demikian 13 individu pohon kelapa generasi DMT-32 S4 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.1.
Dari Gambar 6 dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No. 2 adalah tetua betina dari delapan individu DMT-32 S3 dan tetua jantan dari satu individu DMT-32 S3,
artinya delapan zuriat tersebut dipanen dari pohon kelapa DMT-32 S2 No.2 dan satu pohon lainnya DMT-32 S2 No.2 menyumbang polen pada pohon kelapa yang
lain. Empat nomor DMT-32 S3 yaitu pohon No.18, No.34, No.35, dan No.36 adalah tetua dari DMT-32 S4 sedangkan 5 nomor pohon yang lain tidak menjadi
tetua dari DMT-32 S4. Dengan demikian 14 individu pohon kelapa generasi DMT-32 S4 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.2. Pada DMT-32 S4
ditemukan satu nomor pohon yaitu DMT-32 S4 No.30 merupakan hasil penyerbukan dan zigot dengan polen yang berasal dari pohon yang sama yaitu
DMT-32 S3 No.35.
Dari Gambar 7, menunjukkan bahwa DMT-32 S2 No.3 merupakan tetua betina dari dua individu DMT-32 S3, tetua jantan dari delapan individu DMT-32
S3, dan menjadi tetua betina dan sekaligus tetua jantan dari satu individu DMT-32 S3 yaitu DMT-32 S3 No.26. Enam nomor pohon kelapa zuriat dari DMT-32 S2
No.3 menjadi tetua betina dan jantan dari 18 individu DMT-32 S4, dan 5 nomor pohon tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Dari Gambar 7 juga dapat dilihat ada
delapan pohon dari populasi DMT-32 S4 yang dipanen dari zuriat DMT-32 S2 No.3. Pohon-pohon kelapa DMT-32 S4 pohon No.6, No.12, dan No.35 dipanen
dari DMT-32 S3 No.4; DMT-32 S4 pohon No.27 dipanen dari DMT-32 S3 No.5; DMT-32 S4 pohon No.28 dipanen dari DMT-32 S3 No.11; dan DMT-32 S4
pohon No.4, No.19, dan No.29 dipanen dari DMT-32 S3 No.34. Sedangkan 10 nomor pohon kelapa DMT-32 S4 lainnya dipanen dari pohon kelapa DMT-32 S3
yang lain, zuriat DMT-32 S2 No.3 berfungsi sebagai tetua jantan. Gambar 8, memperlihatkan bahwa DMT-32 S2 No.4 memiliki 5 zuriat
yaitu sebagai tetua betina dari satu individu dan tetua jantan dari empat individu DMT-32 S3, artinya hanya DMT-32 S3 No.32 yang benihnya dipanen dari pohon
DMT-32 S2 No.4. Dua dari lima zuriat DMT-32 S2 No.4 yaitu DMT-32 S3 No.6 dan No.32 menjadi tetua betina dan jantan dari enam individu DMT-32 S4.
DMT-32 S3 No.6 berperan sebagai tetua jantan, sedangkan DMT-32 S3 No.32 berperan sebagai tetua betina DMT-32 S4 dari No.7 dan No.11 artinya benih dari
kedua pohon tersebut dipanen dari pohon kelapa DMT-32 S3 No.32, dan sebagai tetua jantan dari DMT-32 S4 pohon No.3 dan No.25.
Dari Gambar 9 dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No.5 merupakan tetua betina dari 4 individu DMT-32 S3 dan tetua jantan dari 6 individu DMT-32 S3,
artinya empat nomor pohon kelapa DMT-32 S3 dipanen dari individu DMT-32 S2 No.5, sedangkan lainnya dipanen dari pohon lain yang diserbuki dengan polen
individu DMT-32 S2 No.5. Enam nomor pohon diantaranya menjadi tetua betina
dan jantan dari 24 individu individu DMT-32 S4, dan empat lainnya tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4 yaitu pohon No.9, No.13, No.20, No.38. DMT-32 S3 No.3
adalah tetua dari DMT-32 S4 yaitu pohon No.13, No.24, No.37, dan No.38. Pohon kelapa DMT-32 S4 No.8 dan No.22 merupakan hasil zigot dengan polen
yang berasal dari pohon yang sama yaitu DMT-32 S3 No.28.
Dari Gambar 10, dapat dilihat bahwa dari DMT-32 S2 No.6 memiliki 4 zuriat yaitu DMT-32 S3 pohon No.2, No.7, No.16 dan No.35. Hanya DMT-32 S3
No.35 yang menjadi tetua dari 4 individu DMT-32 S4 yaitu pohon No.15, No.23, No.30 dan No.34. Pohon kelapa DMT-32 S4 No.30 dan No.34 dipanen dari
individu DMT-32 S3 No.35, sedangkan individu DMT-32 S4 No.30 adalah hasil penyerbukan dan zigot dengan polen yang berasal dari pohon kelapa yang sama
yaitu DMT-32 S3 No.35. Dari Gambar 11, terlihat bahwa DMT-32 S2 No.7 merupakan tetua betina
dan jantan dari masing- masing lima individu DMT-32 S3. Lima individu pohon kelapa DMT-32 S3 merupakan tetua dari 20 individu pohon kelapa DMT-32 S4,
sedangkan lima individu pohon lainnya tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Pada populasi kelapa DMT-32 S3 ada lima nomor pohon yang benihnya dipanen dari
DMT-32 S3 No.7. Pada DMT-32 S4 masing- masing ada tiga nomor pohon yang benihnya dipanen dari DMT-32 S3 No.1 dan No.33, satu pohon dari DMT-32 S3
No.12, dan dua pohon dari DMT-32 S3 No.32 merupakan hasil zigot dengan
polen yang berasal dari pohon itu sendiri. Sedangkan 11 pohon DMT-32 S4 lainnya dipanen dari pohon-pohon kelapa DMT-32 S3 yang bukan zuriat DMT-
32 S2 No.7.
Gambar 12, dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No.8 memiliki 12 zuriat pada DMT-32 S3. Empat individu diantaranya adala h tetua dari 15 individu
DMT-32 S4, dan delapan individu lainnya tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Lima dari zuriat tersebut benihnya dipanen dari DMT-32 S2 No.8 artinya pohon
kelapa No.8 dari generasi kedua berperan sebagai tetua betina, sedangkan tujuh nomor pohon lainnya dipanen dari pohon lainnya yang diserbuki dengan polen
DMT-32 S2 No.8 tetua jantan. Dapat dilihat pula pada populasi kelapa DMT-32 generasi ketiga ada dua pohon yaitu DMT-32 S3 No.25 dan No.39 merupakan
zigot hasil penyerbukan denga n polen yang berasal dari pohon yang sama yaitu DMT-32 S2 No.8. Sedangkan pada populasi kelapa DMT-32 generasi keempat
ada tiga pohon yaitu DMT-32 S4 No.8, No.10, dan No.22 merupakan zigot hasil penyerbukan dengan polen yang berasal dari pohon itu sendiri yaitu pohon kelapa
DMT-32 S3 No.28.
Dari Gambar 13, dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 nomor 9 merupakan tetua tetua betina dari satu individu, dan tetua jantan dari 6 individu DMT-32 S3.
Hanya satu pohon yang benihnya dipanen dari pohon DMT-32 S2 No.9. Enam pohon yang lainnya merupakan hasil penyerbukan yang polennya berasal dari
DMT-32 S2 No.9. Empat dari zuriat DMT-32 S2 No.9 merupakan tetua betina dan jantan dari 17 individu DMT-32 S4, tiga lainnya tidak menjadi tetua dari
DMT-32 S4. Pada DMT-32 S4 ada tiga pohon yang benihnya dipanen dari DMT- 32 S3 No.1, dua pohon benihnya dipanen dari pohon DMT-32 S3 No.8, dan dua
pohon individu kelapa populasi DMT-32 S3 No.18, sedangkan DMT-32 S3 No. 14 berperan sebagai tetua jantan artinya tidak ada benih yang dipanen dari pohon
tersebut. Dengan diketahuinya silsilah masing- masing individu kelapa DMT-32
hasil penyerbukan sendiri generasi ketiga DMT-32 S3 dan keempat DMT-32 S4 secara jelas, maka peneliti kelapa yang akan mempelajari sifat-sifat tertentu
yang berkaitan dengan produksi, ketahanan terhadap hama dan penyakit, kekeringan, protein, asam lemak dan lain- lain dapat memanfaatkan informasi ini.
3. Identikasi Pita Spesifik Terpaut Dengan Karakter Produksi Buah Pada
