127.00 Seleksi BC2F2 Padi Adan x Nipponbare Berbasis Marka Mikrosatelit dan Pengamatan Karakter Agronomi
dengan pengenceran menjadi 50 µgmL. Hal tersebut dilakukan untuk menjamin bahwa jumlah DNA yang akan diamplifikasi dengan PCR mempunyai konsentrasi
yang sama dengan harapan jumlah perbanyakan molekul DNA pada proses amplifikasi juga seragam Ilhami 2010.
Amplifikasi DNA Padi Galur BC
2
F
2
Adan x Nipponbare
Marka yang digunakan pada penelitian ini mengacu pada penelitian Fujino dan Sekiguchi 2008. Marka RM1362 dan RM7601 untuk posisi QTL Hd2 pada
Nipponbare sebelumnya telah diujikan pada penelitian sebelumnya antara tetua Ciherang dan Nipponbare. Sebenarnya terdapat 12 daerah QTL yang mengatur
pembungaan pada Nipponbare yang telah dipetakan Hd1 s.d Hd14 dan semua primer telah dipakai untuk mengamplifikasi tetua Ciherang dan Nipponbare, namun
QTL gen Hd 2, 3, 7, dan 14 yang memberikan hasil polimorfik. Daerah QTL gen Hd2 dipilih dalam penelitian ini dikarenakan jarak antar marka pengapit yang pendek
0.5 cM diantara daerah QTL terpilih, dengan Limit of Detection LOD 7.5 Yano et al.1996. Semua primer yang digunakan merupakan marka molekuler dengan tipe
SSR Simple Sequence Repeat. Marka molekuler ini bersifat kodominan yang berarti dapat digunakan untuk membedakan alel heterozigot dengan alel homozigot
sehingga dapat dimanfaatkan untuk mendeteksi induk suatu individu serta menguji hasil persilangan individu Prihatin et al. 2006.
Quantitative Trait Locus QTL Hd2 pada individu BC
2
F
2
diturunkan dari tetua donor yang terdapat pada kromosom 7. Hd2 merupakan QTL yang mengatur
mekanisme pembungaan pada tanaman padi dan keberadaannya mampu mempercepat umur pembungaan tanaman padi Prasetiyono et al. 2012. Sifat umur
berbunga merupakan sifat penting yang diperlukan untuk beradaptasi terhadap kondisi lingkungan sekitarnya, sehingga sifat ini dipengaruhi oleh temperatur dan
panjang hari. Gen Heading date Hd, tidak terfokus pada satu kromosom saja, melainkan tersebar di beberapa kromosom padi yang biasa disebut dengan istilah
polygenic character Naeem et al. 2013.
Individu yang dipilih pada penelitian ini adalah individu yang memiliki alel homozigot terhadap Nipponbare pada primer RM1362 dan RM7601. Artinya,
individu BC
2
F
2
telah terintrogresi gen Hd2 sehingga diharapkan individu tersebut memiliki sifat Nipponbare yakni memiliki umur berbunga yang lebih cepat dari tetua
Adan .
Gramene marker view menyebutkan bahwa Primer RM1362 dan RM7601 mengamplifikasi DNA dengan ukuran 225 pb dan 170 pb. Hasil amplifikasi pada
penelitian ini dengan primer tersebut sesuai dengan bank data primer Gramene. Berdasarkan hasil visualisasi amplikon pada gel poliakrilamid 8 tampak
berbeda pada setiap primer. Perbedaan yang terjadi pada jumlah dan intensitas pita DNA yang terbentuk setelah proses amplifikasi, sangat tergantung pada cara primer
mengenal urutan DNA komplementernya Bardakci 2001. Banyak faktor yang menyebabkan perbedaan jumlah dan intensitas pita DNA yang terbentuk pada setiap
primer. Selain itu sebaran situs penempelan primer pada DNA cetakan dan adanya kompetisi tempat penempelan primer pada DNA cetakan menyebabkan satu fragmen
diamplifikasi dalam jumlah banyak, sementara fragmen lainnya hanya sedikit. Amplifikasi memungkinkan diinisiasi pada beberapa tempat, tetapi hanya beberapa
set yang dapat dideteksi sebagai pita sesudah amplifikasi Weeden et al. 1992.