Pada umumnya wilayah pesisir dan khususnya perairan estuaria mempunyai tingkat kesuburan yang tinggi, kaya akan unsur hara dan menjadi sumber zat
organik yang penting dalam rantai makanan di laut. Namun demikian, perlu dipahami bahwa sebagai tempat peralihan antara darat dan laut, wilayah pesisir
ditandai oleh adanya gradien perubahan sifat ekologi yang tajam, dan karenanya merupakan wilayah yang peka terhadap gangguan akibat adanya perubahan
lingkungan dengan fluktuasi di luar normal. Dari segi fungsinya, wilayah pesisir merupakan zona penyangga buffer zone bagi hewan-hewan migrasi. Akibat
pengaruh aktivitas manusia yang meningkat seperti pencemaran minyak hasil kegiatan eksploitasi tambang minyak di lepas pantai serta transportasi minyak,
buangan limbah pemukiman dan industri, perairan pesisir akan mengalami tekanan stress, yang cenderung mengarah pada menurunnya kualitas lingkungan
wilayah pesisir karena terganggu keseimbangan alami. Apalagi ditambah dengan penangkapan ikan yang berlebihan over fishing dan pengrusakan ekosistem
koral secara fisik.
2. Klasifikasi Wilayah Pesisir
Bila diperhatikan batasan wilayah pesisir terbagi menjadi dua subsistem, yaitu daratan pesisir shoreland, dan perairan pesisir coastal water, keduanya
berbeda tetapi saling berinteraksi. Secara ekologis daratan pesisir sangat kompleks dan mempunyai nilai sumberdaya yang tinggi. Namun demikian yang
perlu diperhatikan adalah sistem perairan pesisir dan pengaruhnya terhadap daya dukung carrying capacity ekosistem wilayah pesisir. Pengaruh daratan pesisir
terhadap perairan pesisir terutama terjadi melalui aliran air runoff.
Perairan pesisir secara fungsional terdiri dari perairan estuaria estuaria regime, perairan pantai nearshore regime, dan perairan samudera oceanic regime.
Perairan estuaria adalah suatu perairan pesisir yang semi tertutup, yang berhubungan bebas dengan laut, sehingga dengan demikian estuaria dipengaruhi
oleh pasang surut, dan terjadi pula percampuran yang masih dapat diukur antara air laut dengan air tawar yang bersal dari drainase daratan Odum, 1971.
Perairan pantai meliputi laut mulai dari batas estuaria ke arah laut sampai batas paparan benua atau batas teritorial. Sedangkan perairan samudera, semua
perairan ke arah laut terbuka dari batas paparan benua atau batas teritorial. Klasifikasi wilayah pesisir menurut komunitas hayati yaitu 1 ekosistem litoral
yang terdiri dari pantai pasir dangkal, pantai batu, pantai karang, pantai lumpur, 2 hutan payau, 3 vegetasi tanaman rawa payau, 4 hutan rawa air tawar, dan
5 hutan rawa gambut Pagoray, 2003.
3. Zona Pesisir
Berdasarkan kedalamannya zona pesisir dapat dibedakan menjadi 4 wilayah zona yaitu :
• Zona lithoral, adalah wilayah pantai atau pesisir. Di wilayah ini pada
saat pasang, air tergenang dan pada saat air laut surut berubah menjadi daratan. Berdasarkan hal itu wilayah ini sering disebut juga wilayah
pasang surut.
• Zona meritic wilayah laut dangkal, yaitu dari batas wilayah pasang
surut hingga kedalaman 150 m. Pada zona ini masih dapat ditembus oleh sinar matahari sehingga wilayah ini paling banyak terdapat berbagai jenis
kehidupan baik hewan maupun tumbuhan - tumbuhan, contoh Laut Jawa, Laut Natuna, Selat Malaka dan laut-laut disekitar kepulauan Riau.
• Zona bathyal wilayah laut dalam, adalah wilayah laut yang memiliki
kedalaman antara 150 hingga 1800 meter. Wilayah ini tidak dapat ditembus sinar matahari, oleh karena itu kehidupan organismenya tidak
sebanyak yang terdapat di zona meritic. •
Zona abysal wilayah laut sangat dalam, yaitu wilayah laut yang memiliki kedalaman lebih dari 1800 m. Di wilayah ini suhunya sangat
dingin dan tidak ada tumbuh - tumbuhan, jenis hewan yang hidup di wilayah ini sangat terbatas Beer T., 1997.
4. Pengelolaan dan Pemanfaatan Sumberdaya Wilayah Pesisir.