Laporan Praktikum Biologi Khamir Yeast
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
1
Isolasi dan Identifikasi Khamir Berdasarkan
Karakteristik Morfologi dan Fisiologis
Dwi Wahyu Intani (1511100063)
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan alam, Institut Teknologi Sepuluh
Nopember (ITS)
Jl. Arief Rahman Hakim, Surabaya 60111 Indonesia
e-mail: [email protected]
Abstrak—Khamir (yeast) merupakan kelompok jamur
basidiomycetes dan ascomycetes yang mempunyai karakteristik
yang unik dan bersifat uniseluler. Praktikum ini bertujuan untuk
mengetahui teknik isolasi dan identifikasi khamir. Praktikum
dilaksanakan pada bulan Oktober-Desember 2014 di
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi, Jurusan Biologi
ITS. Isolasi khamir dilakukan dengan sampling menggunakan
metode komposit dari daerah Rawa Hutan Kampus ITS.
Identifikasi khamir dilakukan dengan mengamati karakteristik
makroskopis dan mikroskopis, uji fermentasi gula dan uji urease.
Hasil praktikum menunjukkan bahwa isolat uji diduga
merupakan genus Debaryomyces spp. yang mempunyai ciri-ciri
multilateral budding, berbentuk bulat hingga ovoid, terbentuk
askospora dan dapat memfermentasi gula
Kata Kunci—Debaryomyces
morfologi, fisiologi.
spp.,
identifikasi,
isolasi,
I. PENDAHULUAN
K
hamir atau yeast merupakan kelompok polifiletik jamur
basidiomycota dan ascomycota yang mempunyai
karakteristik yang unik dan bersifat uniseluler. Ada sekitar 100
genera dan 800 spesies yeast yang sudah diketahui dan
diperkirakan angka ini hanya mewakili sekitar 1% dari spesies
yang terdapat di alam, sisanya tidak dapat dikultur (nonculturable). Yeast tersebar dalam jumlah yang banyak di
lingkungan akuatik seperti laut, estuaria, danau dan sungai [1].
Kepadatan relatif yeast yang relatif tinggi (> 2000 viable
cells/g) telah dilaporkan ditemukan pada sedimen laut. Selain
di perairan, khamir juga ditemukan didaerah terestrial,
beberapa studi melaporkan bahwa keberadaan yeast lebih
melimpah pada tanah berlumpur daripada sedimen berpasir
[2].
Penelitian mengenai keragaman khamir tanah telah banyak
dilakukan oleh beberapa peneliti sebelumnya yang telah
mengisolasi khamir dari berbagai variasi tipe ekosistem tanah
seperti pada daerah antartika, gurun dan hutan sub tropika.
Akan tetapi belum banyak peneliti yang melaporkan
keragaman khamir yang hidup pada tanah di daerah tropis [3].
Indonesia merupakan negara yang terletak di daerah tropis
dengan kelimpahan keanekaragaman hayati berupa
keanekaragaman flora, fauna dan mikroorganisme [4].
Keberadaan mikroorganisme khamir di tanah tidak
begitu tinggi jika dibandingkan dengan bakteri dan jamur
benang [5].
Akhir – akhir ini, karakteristik utama yang digunakan
untuk klasifikasi khamir adalah karakter morfologi, fisiologi
dan biokimia [6]. Identifikasi untuk mengetahui nama genus
atau spesies khamir dapat dilakukan dengan pengamatan
morfologi (morfologi koloni dan sel), uji fisiologis dan
biokimia [7]. Pengamatan morfologi merupakan dasar utama
yang digunakan untuk melakukan identifikasi dan klasifikasi
khamir yaitu dengan pengamatan morfologi sel (pembentukan
askospora, morfologi sel vegetatif, reproduksi aseksual, ada
tidaknya produksi miselium sejati, pseudomiselium, ciri
koloni, dan ciri pertumbuhan pada media cair) [8].
Berdasarkan hal tersebut maka perlu dilakukan penelitian
tentang isolasi dan identifikasi khamir berdasarkan
karakteristik morfologi dan fisiologisnya. Praktikum ini
bertujuan
untuk mengetahui teknik isolasi dan cara
identifikasi khamir.
II. METODOLOGI
A. Waktu dan Lokasi
Praktikum ini dilaksanakan pada bulan Oktober –
Desember 2014 di Laboratorium Mikrobiologi dan
Bioteknologi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Institut Teknologi Sepuluh Nopember,
Surabaya.
B. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah neraca
analitik, spatula, cawan Petri, tabung reaksi, rotary shaker,
autoclave, erlenmeyer, pipet tetes, gelas objek, gelas penutup,
bak tinta, Laminar Air Flow, batang U, water bath, bunsen,
aluminium foil, sumbat, kertas saring, gelas ukur, gelas beker,
jarum ose dan mikroskop.
Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah tanah
dari Rawa Hutan Kampus ITS, isolat yeast koleksi
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi, Biologi ITS,
alkohol, spiritus, aluminium foil, akuades, larutan NaCl,
kloramfenikol, safranin, malachitte green, lactophenol cutton
blue, medium Yeast Malt Extract Agar, medium uji fermentasi
glukosa, medium urea broth, dan medium corn meal agar.
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
2
C. Cara Kerja
Pengambilan Sampel Tanah
Pengambilan sampel tanah dilakukan di daerah Rawa
Hutan Kampus ITS. Sampel diambil secara komposit yaitu
pada keterwakilan ekosistem di rizhosfer tanah rawa Hutan
Kampus dengan pengambilan pada 8 titik secara acak.
Kemudian sampel tanah dimasukkan ke dalam satu plastik
ziplock dan dicampur hingga homogen. Sampel tanah diambil
pada kedalaman sekitar 0-10 cm dari lapisan top soil dengan
cetok. Sampel kemudian dibawa ke Laboratorium untuk
dilakukan preparasi sampel.
Gambar 2.1 Metode komposit pengambilan sampel tanah.
sampling.
: titik
Pembuatan Medium
1) Media Yeast Malt Broth (YMB)
Yeast Malt Broth (YMB) merupakan media general yang
digunakan untuk mengkultur yeast dalam media cair.
Penggunaan media ini pada awal preparasi sampel bertujuan
untuk memperkaya mikroorganisme terutama dari kelompok
yeast. Medium Yeast Malt Broth (YMB) dibuat dengan cara
melarutkan 3g ekstrak yeast, 3 g ekstrak malt, 5 g pepton, dan
10 g glukosa dalam 1 liter air
dan disterilisasi dengan
autoklaf 121oC, 1.5 atm selama 15 menit [9].
2) Media Yeast Malt Extract Agar (YMEA)
Yeast Malt Extract Agar (YMEA) digunakan sebagai
media kultivasi untuk pemeliharaan koloni yeast pada media
padat serta untuk mengkarakterisasi yeast berdasarkan
morfologi yang tampak pada medium padat, seperti; bentuk
koloni, tekstur koloni, warna, permukaan, tepi, dan elevasi.
Media ini dibuat dengan menambahkan 2% agar pada medium
Yeast Malt Broth (YMB) dan disterilisasi dengan autoklaf
121oC, 1.5 atm selama 15 menit [9].
3) Media Corn Meal Agar
Media Corn Meal Agar digunakan untuk pengamatan
karakteristik vegetatif sel pada medium padat seperti; bentuk
miselium, pseudomiselium, dan pembentukan askospora [10].
Media ini digunakan berdasarkan teknik Dalmau plate pada
pembuatan
slide culture. Medium dibuat dengan cara
melarutkan 12,5 g tepung jagung kuning dalam 300 ml
akuades dan dipanaskan dalam water bath pada suhu 60oC
selama 1 jam, lalu disaring menggunakan kertas saring . Hasil
saringan ditambahkan air hingga volumenya menjadi 300 ml,
kemudian ditambahkan 3,8 g agar , kloramfenikol 200 mg/l
dan diaduk. Selanjutnya, media disterilisasi menggunakan
autoklaf pada suhu 121oC dan tekanan 1,5 atm selama 15
menit [10].
4) Media Urea Broth
Media ini digunakan untuk uji urease dan dibuat dengan
cara melarutkan 0, 1 g/l yeast extract, 9,1 g/l KH2PO4,
9,5 g/l K2HPO4, 20 g/l urea,0,01 g/l phenol red dalam 1
liter akuades, dan kloramfenikol 200 mg/l. Kemudian diatur
pH nya menjadi 6,8 - 7. Setelah selesai, 4 - 5 ml media
dimasukkan ke dalam tabung reaksi steril (16 mm). Semua
tabung disterilisasi menggunakan autoklaf dengan suhu 121oC
dan tekanan 1,5 atm selama 15 menit [10].
5) Media Uji Fermentasi Glukosa
Media ini dibuat dengan cara melarutkan glukosa 1% w/v,
pepton water 100 ml, Bromthymol blue 0,1%, dan
kloramfenikol 200 mg/l dalam 1 liter akuades. Larutan
disterilisasi dengan autoklaf 121oC dan tekanan 1,5 atm selama
15 menit setelah itu didinginkan dan media siap digunakan.
Isolasi dan Purifikasi Khamir
Sampel tanah yang telah diambil dari lokasi sampling,
ditimbang sebanyak 10 gram dan dimasukkan ke dalam
erlenmeyer yang berisi 90 ml air fisiologis steril (NaCl).
Selanjutnya erlenmeyer digoyang-goyang supaya larutan
tercampur homogen dan diendapkan selama ± 5 menit.
Diambil sebanyak 0.1 ml suspensi lalu diinokulasikan pada
medium YMEA melalui metode sebar. Kemudian diinkubasi
selama 2 – 3 hari pada suhu ruang. Setelah 2-3 hari
pertumbuhan
khamir,
dilakukan
purifikasi
dengan
menginokulasikan ke dalam cawan Petri baru yang berisi
medium YMEA menggunakan metode streak. Diinkubasi
selama 2-3 hari hingga sel khamir tumbuh. Setelah itu
dilakukan purifikasi lebih lanjut yaitu menginokulasikan sel
tunggal khamir pada tabung reaksi yang berisi medium YMEA
dengan metode streak, kemudian diamati pertumbuhannya
selama beberapa hari.
Pengamatan Makroskopis dan Mikroskopis
Pengamatan karakter makroskopis dilihat berdasarkan
kenampakan koloni yang tumbuh pada medium YMEA yang
meliputi; warna koloni, bentuk tepi koloni, elevasi, permukaan
koloni dan tekstur koloni.
Pengamatan karakter mikroskopis dilakukan dengan
menggunakan mikroskop dan pewarnaan laktofenol.
Pewarnaan laktofenol digunakan untuk melihat karakteristik
reproduksi generatif seperti pembentukan askospora,
teliospora, dan basidiospora. Selain itu juga untuk melihat
reproduksi vegetatif sel khamir yang meliput pembentukan
budding dengan tipe multipolar, bipolar, unipolar dan fusi,
pembentukan spora aseksual meliputi arthospora, blastospora,
dan clamydiospora. Pengamatan mikroskopis lainnya yaitu
meliputi bentuk filamen, bentuk sel, ukuran sel, ada tidaknya
pembentukan pseudohifa. Pengamatan secara mikroskopis
dilakukan dengan cara membuat preparat biakan di atas kaca
objek yang telah diwarnai dengan laktofenol, kemudian
ditutup dengan cover glass
dan ditetesi minyak imersi.
Setelah itu dilihat karakter selnya pada mikroskop dengan
perbesaran 400x dan 1000x. Untuk pengamatan dengan
perbesaran 400x tidak perlu ditambahkan minyak imersi [9].
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
Uji Fermentasi Gula
Uji fermentasi gula dilakukan dengan menginokulasi
sebanyak 1 ose isolat sel khamir yang telah berumur 48 78 jam ke dalam medium steril mengandung glukosa dan
ditambahkan bromthymol blue (sebagai indikator) [10]. Hasil
positif tampak jika terjadi perubahan warna pada medium dari
hijau menjadi kuning.
Uji Urease
Uji urease menggunakan media Urea Broth. Satu ose
isolat yeast diinokulasi pada media mengandung urea secara
aseptis dan diinkubasi pada suhu 28-30oC. Pertumbuhan
yeast diamati setiap hari selama 7 hari. Jika yeast positif
menghasilkan urease, media akan berubah warna dari merah
kuning menjadi merah keunguan.
Uji Askospora
Uji ini dilakukan dengan mengoleskan suspensi yeast
(dibuat smear) di atas gelas obyek dan diberi cairan zat warna
malachite green 0,5%. Kemudian dipanaskan dengan uap air
(di atas air mendidih) selama 5 menit dan sesekali ditetesi
malachite green. Setelah gelas obyek cukup dingin, gelas
obyek dimiringkan dan dibilas dengan air selama 30 detik
dengan hati-hati. Selanjutnya, smear yeast ditetesi safranin
0,5% selama 30 detik. Preparat diamati di bawah mikroskop
perbesaran 400x dan 1000x dengan bantuan minyak imersi.
Askospora dewasa akan berwarna hijau, sedangkan sel
vegetatif akan tampak merah.
3
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi, Biologi ITS
dalam praktikum ini. Kultur khamir yang digunakan berasal
dari Pantai Wonorejo, Surabaya.
Hasil isolat khamir dari Pantai Wonorejo, Surabaya
diidentifikasi berdasarkan pengamatan morfologi baik secara
makroskopis dan mikroskopis. Karakter hasil pengamatan
secara makroskopis (Gambar 3.1) dan mikroskopis (Gambar
3.2) yaitu sebagai berikut:
Tabel 3.1 Karakteristik makroskopik dan mikroskopik
Morfologi
Bentuk
Elevasi
Permukaan
Margin
Warna
Ukuran
Budding
Pseudohifa
Makroskopik
Sirkuler
Konvex
Kasar
Entire
Putih susu
0.01-0.5 µm
-
Mikroskopik
Bulat, ovoid panjang
Kasar
Biru
Multilateral
Tidak ada
a
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Karakterisasi Isolat Khamir
Pada praktikum ini dilakukan isolasi khamir dari Rawa
Hutan Kampus ITS. Khamir diisolasi pada medium YMEA
dan diinkubasi pada suhu ruang selama 2-3 hari. Setelah 2-3
hari, ternyata khamir tidak tumbuh pada medium pertumbuhan
YMEA dan mengalami kontaminasi yang diduga dari
kelompok kapang (mould). Sehingga percobaan ini diulang
sebanyak 2x untuk mengetahui penyebab kontaminasi pada
medium. Pada pengulangan kedua, ternyata medium
mengalami kontaminasi yang sama dan tidak ditumbuhi oleh
sel khamir dan didominasi oleh fungi berfilamen. Diduga, pada
lingkungan rawa tersebut memiliki kelimpahan khamir yang
sangat rendah daripada keberadaan bakteri atau fungi lainnya
dan merupakan kelompok khamir yang tidak dapat dikultur
(non-culturable). Pada penelitiaan [5] menyatakan bahwa
keberadaan mikroorganisme khamir di tanah tidak begitu
tinggi jika dibandingkan dengan bakteri dan jamur benang.
Selain itu juga diperkirakan karena faktor isolasi dan kultivasi
yang menggunakan metode yang tradisional. [11] menjelaskan
bahwa metode tradisional pada isolasi khamir mempunyai
keterbatasan khusus. Media kultur dan kondisi lingkungan
pertumbuhan (terutama suhu) adalah bersifat selektif, strain
yang mempunyai pertumbuhan cepat akan mendominasi dari
spesies
yang
pertumbuhannya
lambat
sehingga
konsekwensinya adalah spesies yang jumlahnya sedikit tidak
bisa teramati. Sehingga digunakan kultur khamir koleksi
b1
b
Gambar 3.1 Karakteristik Makroskopis. a: morfologi makroskopis, b:
morfologi makroskopis insert, b1 : sel tunggal (dokumentasi pribadi)
a
b1
b2
b
Gambar 3.2 Karakteristik Mikroskopis. a: morfologi mikroskopis khamir,
b: insert morfologi (b1: budding, b2:bentuk sel) (dokumentasi pribadi).
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
4
B. Karakteristik fisiologis
Pada praktikum ini, dilakukan uji fisiologis dengan uji
fermentasi gula, uji urease, dan uji askospora. Pada uji
fermentasi gula, gula mempunyai reaksi positif pada gula
dekstrosa, galaktosa, sukrosa, maltosa, raffinosa, trehalosa,
dan negatif pada gula laktosa [12]. Hasil uji fermentasi gula
(Gambar 3.3) menunjukkan hasil positif yang ditandai dengan
perubahan warna dari hijau menjadi kuning. Hal ini
menunjukkan
bahwa
isolat
uji
tersebut
mampu
memfermentasikan gula dalam medium [13]. Uji fermentasi
gula digunakan untuk mendeteksi kemampuan mikroorganisme
untuk memfermentasi gula tertentu. Selama proses fermentasi,
substrat organik berperan sebagai aseptor elektron akhir
[14],[15]. Produk akhir fermentasi gula adalah asam atau asam
dengan gas [16],[17]. Reaksi fermentasi dapat dilihat dari
adanya perubahan warna ketika produk asam terbentuk.
Hasil pengamatan praktikum menunjukkan bahwa tampak
sel berwarna biru yang menunjukkan terbentuknya askospora
dewasa (mature ascospores). [26] menjelaskan bahwa
askospora dewasa akan terwarnai menjadi biru-hijau dan sel
vegetatif berwarna merah
As
A
Gambar 3.4 Hasil Pewarnaan askospora dengan malachitte green
(dokumentasi pribadi). (A) askus, (As) askospora.
Berdasarkan hasil pengamatan terhadap karakter
makroskopis dan mikroskopis serta uji karakteristik fisiologis,
diperoleh ringkasan karakteristik isolat uji yaitu sebagai
berikut:
Tabel 3.2 Hasil Karakteristik morfologi dan fisiologis
a
b
Gambar 3.3 Hasil uji karakteristik fisiologis. a: Hail uji fermentasi gula,
b: Hasil uji urease.
Pada uji urease (Gambar 3.3), warna medium yang awalnya
merah kekuningan menjadi merah keungunan atau merah muda
yang menunjukkan hasil uji positif yang berarti isolat uji
mampu menghasilkan enzim urease. Pada prinsipnya, urease
akan mengubah substrat urea menjadi amoniak dan
karbondioksida dan akan menciptakan lingkungan yang alkalin
pada medium dimana hal ini dapat dilihat dari adanya
perubahan warna dari kuning menjadi merah muda pada
indikator phenol red [18].
Selain dilakukan uji fermentasi gula dan uji urease, juga
dilakukan uji pewarnaan askospora dengan menggunakan
pewarna malachitte green. Malachitte green adalah pewarna
antimikrobial sintetis yang merupakan kelompok dari
triphenylmethane yang mempunyai kemampuan sebagai agen
antibakteri, antifungi dan antiparasit [19],[20]. Pada sel
mycobacterium, akan mewarnai membran sel. Protein dalam
fraksi membran sel mycobacterium bertanggungjawab dalam
pewarnaan malachitte green [21].
Yeast mempunyai mekanisme yang berbeda untuk
mengeluarkan askospora pada panjang yang berbeda dari
kantung aski. Askospora berbentuk membulat hingga oval
berkembang dalam oxylipincoated [22]. Keberadaan gugus 3hydroxy (3-OH) oxylipin pada yeast dan peranannya dalam
proses infeksi sudah berkembang baik [23[,[24]. Hal ini telah
dilaporkan bahwa intermediet tersebut dan produk β-oksidasi
dibutuhkan dalam pelepasan askospora dan pelepasan dari
aski [25] dengan berperan sebagai lubrikan (pelumas) [22].
Karakteristik
Bentuk
Elevasi
Permukaan
Margin
Warna
Ukuran
Budding
Pseudohifa
Askospora
Uji fermentasi gula
Uji urease
Keterangan
Bulat, ovoid panjang, sirkuler
Konvex
Kasar
Entire
Putih susu
0.01-0.5 µm
Multilateral
Tidak ada
Ada
(+)
(+)
Berdasarkan tabel diatas, diduga isolat uji yang digunakan
merupakan genus Debaryomyces spp. Hal ini dapat diketahui
berdasarkan karakteristik reproduksi vegetatifnya yaitu
multilateral budding, pseudohifa mungkin terbentuk tetapi hifa
sejati tidak ada, reproduksi seksual dengan konjugasi,
konjugasi antar sel dan tunas biasanya terbentuk sebelum
terbentuk askus, aski menghasilkan 1-4 askospora yang
berbentuk bulat, elips dan halus atau kasar, bulat dan kasar
dengan bentukan cincin, atau halus dan lentikuler. 1-2
askospora biasanya terbentuk dalam satu askus, tetapi pada
beberapa spesies mempunyai lebih dari 4 askospora dalam satu
askus. Keberadaan aski jarang. Karakteristik fisiologi sel yaitu
dapat memfermentasi gula pada beberapa spesies, sedangkan
produksi urea tidak diketahui [9]. [27] juga menambahkan
bahwa genus Debaryomyces memiliki ciri sel berbentuk bulat,
reproduksi vegetatif dengan pertunasan multilateral,
pseudohifa dapat dihasilkan atau tidak dihasilkan,
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
menghasilkan askospora berbentuk bulat atau oval dengan
dinding spora bergerigi dan biasanya berjumlah 1 - 3 per askus
dan tidak mudah dilepaskan dan beberapa spesies dapat
menghasilkan 4 spora per askus, kadang menghasilkan
blastospora.
IV. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, diketahui cara
bagaimana mengisolasi khamir dari alam dan diketahui metode
identifikasi khamir. Isolasi khamir dilakukan dengan sampling
dengan metode komposit pada daerah yang mempunyai
kandungan bahan organik tinggi dan lembab. Identifikasi
khamir dilakukan dengan melakukan pengamatan secara
morfologi dan fisiologi. Hasil yang diperoleh yaitu diduga
bahwa isolat khamir yang diamati merupakan genus
Debaryomyces spp. yang mempunyai ciri-ciri multilateral
budding, berbentuk bulat hingga ovoid, terbentuk askospora
dan dapat memfermentasi gula.
DAFTAR PUSTAKA
[1]
[2]
[3]
[4]
[5]
[6]
[7]
[8]
[9]
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
[15]
[16]
[17]
[18]
J.W. Fell, “Collection and identification of marine yeasts In Methods in
Microbiology,” Paul J (ed.). Academic Press: New York (2001) 347–
356.
J.W.Fell, S.P. Ahearn, S.P. Meyers, and F.J. Jr. Roth, “Isolation of
yeasts from Biscayne Bay, Florida, and adjacent benthic areas.” Limnol
Oceanogr 5 (1960) 366–371.
A. Kanti, “Identifikasi jenis khamir yang diisolasi dari tanah gambut
Taman Nasional Bukit Duabelas, Jambi,” BioSmart. 6(1) (2003) 10-14.
A. Kanti, “Marga Candida, khamir tanah pelarut posfat yang diisolasi
dari tanah Kebun Biologi Wamena Papua,” Biodiversitas. 7(2) (2006)
105-108.
A. Kanti, “Penapisan khamir selulolitik Cryptocoous sp. yang diisolasi
dari tanah Kebun Biologi Wamena Jaya Wijaya Propinsi Papua,”
Laporan Penelitian Bidang Mikrobiologi. Bogor: Pusat Penelitian
Biologi-LIPI (2007).
J.A. Barnett, R.W. Payne, D, Yarrow, “Yeasts: Characteristics and
Identification, 2nd edn,” Cambridge University Press: New York (1990)
1002.
J.A. Barnett and R.J. Pankhurst, “A new key to the yeast,” New York:
American Elsevier Publishing Company Inc. (2000).
Jumiyati, S.H. Bintari, I. Mubarok, “Isolasi dan Identifikasi Khamir
secara Morfologi di Tanah Kebun Wisata Pendidikan Universitas Negeri
Semarang,” Biosaintifika 4 (1) (2012)
C.P. Kurtzman and J.W. Fell, “The Yeast A Taxonomy Study,” New
York: Elvesier (1998).
N. J. W. Kregen-Van Rij, “The Yeast A Taxonomy Study,” Amsterdam:
Elvesier Science Publisher (1987).
S.N. Kutty and R. Philip, “Marine yeast - a review,” yeast (2008); 25:
465-483.
J. Lodder, “ The Yeast : A Taxonomic Study Second Revised and
Enlarged Edition,” The Netherland, Northolland Publishing
Co.,Amsterdam,(1970).
K. Reiner,”Carbohydrate Fermentation Protocol,” Microbe Library,
American Society for Microbiology,(2012).
J.F. MacFaddin , “ Biochemical tests for identification of medical
bacteria, 3rd ed.,” Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA,
(2000).
R.y. Stanier, M. Doudoroff , and E.A. Adelberg,” The microbial world,
2nd ed.,” Prentice-Hall, Englewood Cliffs, NJ, (1963).
B. Forbes , D.F. Sahm, A.S. Weissfeld.” Bailey and Scott’s diagnostic
microbiology, 12th ed,” Mosby Company, St. Louis, MO (2007).
C.R. Mahon,D.C. Lehman, and G. Manuselis,” Textbook of diagnostic
microbiology, 4th ed”. W. B. Saunders Co., Philadelphia, PA, (2011).
M.D. Delost,”introduction to Diagnostic Microbiology for the
Laboratory Sciences,” Jones & Bartlett Learning, (2015).
5
[19] N. Banaei, E.Z. Kincaid, S-Y.G. Lin, E. Desmond, W.R. Jacobs Jr., and
J.D. Ernst,”Lipoprotein Processing Is Essential for Resistance of
Mycobacterium tuberculosis to Malachitte Green,” Antimicrobial
Agents and Chemotherapy, September (2009), p. 3799-3802.
[20] D.J. Alderman,” Malachite green: a review,” J. Fish Dis. (1985) 8:289–
298
[21] J.J. Jones, and J. O. Falkinham III.,” Decolorization of malachite green
and crystal violet by waterborne pathogenic mycobacteria. Antimicrob.
Agents Chemother. (2003) 47:2323–2326.
[22] A.Van-Heerden, P.W.J. Van-Wyk, P.J. Botes, C.H. Pohl, C.J. Strauss, S.
Nigam, and J.L.F. Kock, “The Release of elongated, aheathed
ascospores from bottle-shaped asci in Dipodasdus geniculatus,”FEMS
Yeast Res, (2007) 173-179.
[23] Deva R, Ciccoli R, Schewe T, Kock JLF & Nigam S (2000)
Arachidonic acid stimulates cell growth and forms a novel oxygenated
metabolite in Candida albicans. Biochim Biophys Acta 1486: 299–311.
[24] R. Ciccoli, S. Sahi, S.Singh, H. Prakash, M-P. Zafiriou, G. Ishdorj ,
J.L.F.Kock, and S.Nigam,” Oxygenation by cyclooxygenase-2 (COX-2)
of 3-hydroxyeicosa-tetraenoic acid (3-HETE), a fungal mimetic of
arachidonic acid, produces a cascade of novel bioactive 3-hydroxyeicosanoids,”. Biochem Journal (2005) 390: 737–747.
[25] J.L.F. Kock, C.J. Strauss, E.E. Pretoriu, C.H. Pohl, A.S. Bareetseng,
P.J. Botes, P.W.J. VanWyk, S.W.Schoombie, and S. Nigam,
“Revealing yeast spore movement in confined space”, S Afr J Sci
(2004) 100:237–240.
[26] M. Madam and K.S. Thind,”Physiology of Fungi”, S.B. Nangia and
A.P.H. publishing Corporation: New Delhi, (1998).
[27] T. Nurhariyati, Ni’matuzahroh, dan T. Surtiningsih, “Keanekaragaman
khamir pendegradasi minyak hasil isolasi dari Pelabuhan Tanjung Perak
Surabaya,” Berk. Penelitian Hayati 9 (2004), 87-91.
1
Isolasi dan Identifikasi Khamir Berdasarkan
Karakteristik Morfologi dan Fisiologis
Dwi Wahyu Intani (1511100063)
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan alam, Institut Teknologi Sepuluh
Nopember (ITS)
Jl. Arief Rahman Hakim, Surabaya 60111 Indonesia
e-mail: [email protected]
Abstrak—Khamir (yeast) merupakan kelompok jamur
basidiomycetes dan ascomycetes yang mempunyai karakteristik
yang unik dan bersifat uniseluler. Praktikum ini bertujuan untuk
mengetahui teknik isolasi dan identifikasi khamir. Praktikum
dilaksanakan pada bulan Oktober-Desember 2014 di
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi, Jurusan Biologi
ITS. Isolasi khamir dilakukan dengan sampling menggunakan
metode komposit dari daerah Rawa Hutan Kampus ITS.
Identifikasi khamir dilakukan dengan mengamati karakteristik
makroskopis dan mikroskopis, uji fermentasi gula dan uji urease.
Hasil praktikum menunjukkan bahwa isolat uji diduga
merupakan genus Debaryomyces spp. yang mempunyai ciri-ciri
multilateral budding, berbentuk bulat hingga ovoid, terbentuk
askospora dan dapat memfermentasi gula
Kata Kunci—Debaryomyces
morfologi, fisiologi.
spp.,
identifikasi,
isolasi,
I. PENDAHULUAN
K
hamir atau yeast merupakan kelompok polifiletik jamur
basidiomycota dan ascomycota yang mempunyai
karakteristik yang unik dan bersifat uniseluler. Ada sekitar 100
genera dan 800 spesies yeast yang sudah diketahui dan
diperkirakan angka ini hanya mewakili sekitar 1% dari spesies
yang terdapat di alam, sisanya tidak dapat dikultur (nonculturable). Yeast tersebar dalam jumlah yang banyak di
lingkungan akuatik seperti laut, estuaria, danau dan sungai [1].
Kepadatan relatif yeast yang relatif tinggi (> 2000 viable
cells/g) telah dilaporkan ditemukan pada sedimen laut. Selain
di perairan, khamir juga ditemukan didaerah terestrial,
beberapa studi melaporkan bahwa keberadaan yeast lebih
melimpah pada tanah berlumpur daripada sedimen berpasir
[2].
Penelitian mengenai keragaman khamir tanah telah banyak
dilakukan oleh beberapa peneliti sebelumnya yang telah
mengisolasi khamir dari berbagai variasi tipe ekosistem tanah
seperti pada daerah antartika, gurun dan hutan sub tropika.
Akan tetapi belum banyak peneliti yang melaporkan
keragaman khamir yang hidup pada tanah di daerah tropis [3].
Indonesia merupakan negara yang terletak di daerah tropis
dengan kelimpahan keanekaragaman hayati berupa
keanekaragaman flora, fauna dan mikroorganisme [4].
Keberadaan mikroorganisme khamir di tanah tidak
begitu tinggi jika dibandingkan dengan bakteri dan jamur
benang [5].
Akhir – akhir ini, karakteristik utama yang digunakan
untuk klasifikasi khamir adalah karakter morfologi, fisiologi
dan biokimia [6]. Identifikasi untuk mengetahui nama genus
atau spesies khamir dapat dilakukan dengan pengamatan
morfologi (morfologi koloni dan sel), uji fisiologis dan
biokimia [7]. Pengamatan morfologi merupakan dasar utama
yang digunakan untuk melakukan identifikasi dan klasifikasi
khamir yaitu dengan pengamatan morfologi sel (pembentukan
askospora, morfologi sel vegetatif, reproduksi aseksual, ada
tidaknya produksi miselium sejati, pseudomiselium, ciri
koloni, dan ciri pertumbuhan pada media cair) [8].
Berdasarkan hal tersebut maka perlu dilakukan penelitian
tentang isolasi dan identifikasi khamir berdasarkan
karakteristik morfologi dan fisiologisnya. Praktikum ini
bertujuan
untuk mengetahui teknik isolasi dan cara
identifikasi khamir.
II. METODOLOGI
A. Waktu dan Lokasi
Praktikum ini dilaksanakan pada bulan Oktober –
Desember 2014 di Laboratorium Mikrobiologi dan
Bioteknologi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Institut Teknologi Sepuluh Nopember,
Surabaya.
B. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah neraca
analitik, spatula, cawan Petri, tabung reaksi, rotary shaker,
autoclave, erlenmeyer, pipet tetes, gelas objek, gelas penutup,
bak tinta, Laminar Air Flow, batang U, water bath, bunsen,
aluminium foil, sumbat, kertas saring, gelas ukur, gelas beker,
jarum ose dan mikroskop.
Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah tanah
dari Rawa Hutan Kampus ITS, isolat yeast koleksi
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi, Biologi ITS,
alkohol, spiritus, aluminium foil, akuades, larutan NaCl,
kloramfenikol, safranin, malachitte green, lactophenol cutton
blue, medium Yeast Malt Extract Agar, medium uji fermentasi
glukosa, medium urea broth, dan medium corn meal agar.
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
2
C. Cara Kerja
Pengambilan Sampel Tanah
Pengambilan sampel tanah dilakukan di daerah Rawa
Hutan Kampus ITS. Sampel diambil secara komposit yaitu
pada keterwakilan ekosistem di rizhosfer tanah rawa Hutan
Kampus dengan pengambilan pada 8 titik secara acak.
Kemudian sampel tanah dimasukkan ke dalam satu plastik
ziplock dan dicampur hingga homogen. Sampel tanah diambil
pada kedalaman sekitar 0-10 cm dari lapisan top soil dengan
cetok. Sampel kemudian dibawa ke Laboratorium untuk
dilakukan preparasi sampel.
Gambar 2.1 Metode komposit pengambilan sampel tanah.
sampling.
: titik
Pembuatan Medium
1) Media Yeast Malt Broth (YMB)
Yeast Malt Broth (YMB) merupakan media general yang
digunakan untuk mengkultur yeast dalam media cair.
Penggunaan media ini pada awal preparasi sampel bertujuan
untuk memperkaya mikroorganisme terutama dari kelompok
yeast. Medium Yeast Malt Broth (YMB) dibuat dengan cara
melarutkan 3g ekstrak yeast, 3 g ekstrak malt, 5 g pepton, dan
10 g glukosa dalam 1 liter air
dan disterilisasi dengan
autoklaf 121oC, 1.5 atm selama 15 menit [9].
2) Media Yeast Malt Extract Agar (YMEA)
Yeast Malt Extract Agar (YMEA) digunakan sebagai
media kultivasi untuk pemeliharaan koloni yeast pada media
padat serta untuk mengkarakterisasi yeast berdasarkan
morfologi yang tampak pada medium padat, seperti; bentuk
koloni, tekstur koloni, warna, permukaan, tepi, dan elevasi.
Media ini dibuat dengan menambahkan 2% agar pada medium
Yeast Malt Broth (YMB) dan disterilisasi dengan autoklaf
121oC, 1.5 atm selama 15 menit [9].
3) Media Corn Meal Agar
Media Corn Meal Agar digunakan untuk pengamatan
karakteristik vegetatif sel pada medium padat seperti; bentuk
miselium, pseudomiselium, dan pembentukan askospora [10].
Media ini digunakan berdasarkan teknik Dalmau plate pada
pembuatan
slide culture. Medium dibuat dengan cara
melarutkan 12,5 g tepung jagung kuning dalam 300 ml
akuades dan dipanaskan dalam water bath pada suhu 60oC
selama 1 jam, lalu disaring menggunakan kertas saring . Hasil
saringan ditambahkan air hingga volumenya menjadi 300 ml,
kemudian ditambahkan 3,8 g agar , kloramfenikol 200 mg/l
dan diaduk. Selanjutnya, media disterilisasi menggunakan
autoklaf pada suhu 121oC dan tekanan 1,5 atm selama 15
menit [10].
4) Media Urea Broth
Media ini digunakan untuk uji urease dan dibuat dengan
cara melarutkan 0, 1 g/l yeast extract, 9,1 g/l KH2PO4,
9,5 g/l K2HPO4, 20 g/l urea,0,01 g/l phenol red dalam 1
liter akuades, dan kloramfenikol 200 mg/l. Kemudian diatur
pH nya menjadi 6,8 - 7. Setelah selesai, 4 - 5 ml media
dimasukkan ke dalam tabung reaksi steril (16 mm). Semua
tabung disterilisasi menggunakan autoklaf dengan suhu 121oC
dan tekanan 1,5 atm selama 15 menit [10].
5) Media Uji Fermentasi Glukosa
Media ini dibuat dengan cara melarutkan glukosa 1% w/v,
pepton water 100 ml, Bromthymol blue 0,1%, dan
kloramfenikol 200 mg/l dalam 1 liter akuades. Larutan
disterilisasi dengan autoklaf 121oC dan tekanan 1,5 atm selama
15 menit setelah itu didinginkan dan media siap digunakan.
Isolasi dan Purifikasi Khamir
Sampel tanah yang telah diambil dari lokasi sampling,
ditimbang sebanyak 10 gram dan dimasukkan ke dalam
erlenmeyer yang berisi 90 ml air fisiologis steril (NaCl).
Selanjutnya erlenmeyer digoyang-goyang supaya larutan
tercampur homogen dan diendapkan selama ± 5 menit.
Diambil sebanyak 0.1 ml suspensi lalu diinokulasikan pada
medium YMEA melalui metode sebar. Kemudian diinkubasi
selama 2 – 3 hari pada suhu ruang. Setelah 2-3 hari
pertumbuhan
khamir,
dilakukan
purifikasi
dengan
menginokulasikan ke dalam cawan Petri baru yang berisi
medium YMEA menggunakan metode streak. Diinkubasi
selama 2-3 hari hingga sel khamir tumbuh. Setelah itu
dilakukan purifikasi lebih lanjut yaitu menginokulasikan sel
tunggal khamir pada tabung reaksi yang berisi medium YMEA
dengan metode streak, kemudian diamati pertumbuhannya
selama beberapa hari.
Pengamatan Makroskopis dan Mikroskopis
Pengamatan karakter makroskopis dilihat berdasarkan
kenampakan koloni yang tumbuh pada medium YMEA yang
meliputi; warna koloni, bentuk tepi koloni, elevasi, permukaan
koloni dan tekstur koloni.
Pengamatan karakter mikroskopis dilakukan dengan
menggunakan mikroskop dan pewarnaan laktofenol.
Pewarnaan laktofenol digunakan untuk melihat karakteristik
reproduksi generatif seperti pembentukan askospora,
teliospora, dan basidiospora. Selain itu juga untuk melihat
reproduksi vegetatif sel khamir yang meliput pembentukan
budding dengan tipe multipolar, bipolar, unipolar dan fusi,
pembentukan spora aseksual meliputi arthospora, blastospora,
dan clamydiospora. Pengamatan mikroskopis lainnya yaitu
meliputi bentuk filamen, bentuk sel, ukuran sel, ada tidaknya
pembentukan pseudohifa. Pengamatan secara mikroskopis
dilakukan dengan cara membuat preparat biakan di atas kaca
objek yang telah diwarnai dengan laktofenol, kemudian
ditutup dengan cover glass
dan ditetesi minyak imersi.
Setelah itu dilihat karakter selnya pada mikroskop dengan
perbesaran 400x dan 1000x. Untuk pengamatan dengan
perbesaran 400x tidak perlu ditambahkan minyak imersi [9].
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
Uji Fermentasi Gula
Uji fermentasi gula dilakukan dengan menginokulasi
sebanyak 1 ose isolat sel khamir yang telah berumur 48 78 jam ke dalam medium steril mengandung glukosa dan
ditambahkan bromthymol blue (sebagai indikator) [10]. Hasil
positif tampak jika terjadi perubahan warna pada medium dari
hijau menjadi kuning.
Uji Urease
Uji urease menggunakan media Urea Broth. Satu ose
isolat yeast diinokulasi pada media mengandung urea secara
aseptis dan diinkubasi pada suhu 28-30oC. Pertumbuhan
yeast diamati setiap hari selama 7 hari. Jika yeast positif
menghasilkan urease, media akan berubah warna dari merah
kuning menjadi merah keunguan.
Uji Askospora
Uji ini dilakukan dengan mengoleskan suspensi yeast
(dibuat smear) di atas gelas obyek dan diberi cairan zat warna
malachite green 0,5%. Kemudian dipanaskan dengan uap air
(di atas air mendidih) selama 5 menit dan sesekali ditetesi
malachite green. Setelah gelas obyek cukup dingin, gelas
obyek dimiringkan dan dibilas dengan air selama 30 detik
dengan hati-hati. Selanjutnya, smear yeast ditetesi safranin
0,5% selama 30 detik. Preparat diamati di bawah mikroskop
perbesaran 400x dan 1000x dengan bantuan minyak imersi.
Askospora dewasa akan berwarna hijau, sedangkan sel
vegetatif akan tampak merah.
3
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi, Biologi ITS
dalam praktikum ini. Kultur khamir yang digunakan berasal
dari Pantai Wonorejo, Surabaya.
Hasil isolat khamir dari Pantai Wonorejo, Surabaya
diidentifikasi berdasarkan pengamatan morfologi baik secara
makroskopis dan mikroskopis. Karakter hasil pengamatan
secara makroskopis (Gambar 3.1) dan mikroskopis (Gambar
3.2) yaitu sebagai berikut:
Tabel 3.1 Karakteristik makroskopik dan mikroskopik
Morfologi
Bentuk
Elevasi
Permukaan
Margin
Warna
Ukuran
Budding
Pseudohifa
Makroskopik
Sirkuler
Konvex
Kasar
Entire
Putih susu
0.01-0.5 µm
-
Mikroskopik
Bulat, ovoid panjang
Kasar
Biru
Multilateral
Tidak ada
a
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Karakterisasi Isolat Khamir
Pada praktikum ini dilakukan isolasi khamir dari Rawa
Hutan Kampus ITS. Khamir diisolasi pada medium YMEA
dan diinkubasi pada suhu ruang selama 2-3 hari. Setelah 2-3
hari, ternyata khamir tidak tumbuh pada medium pertumbuhan
YMEA dan mengalami kontaminasi yang diduga dari
kelompok kapang (mould). Sehingga percobaan ini diulang
sebanyak 2x untuk mengetahui penyebab kontaminasi pada
medium. Pada pengulangan kedua, ternyata medium
mengalami kontaminasi yang sama dan tidak ditumbuhi oleh
sel khamir dan didominasi oleh fungi berfilamen. Diduga, pada
lingkungan rawa tersebut memiliki kelimpahan khamir yang
sangat rendah daripada keberadaan bakteri atau fungi lainnya
dan merupakan kelompok khamir yang tidak dapat dikultur
(non-culturable). Pada penelitiaan [5] menyatakan bahwa
keberadaan mikroorganisme khamir di tanah tidak begitu
tinggi jika dibandingkan dengan bakteri dan jamur benang.
Selain itu juga diperkirakan karena faktor isolasi dan kultivasi
yang menggunakan metode yang tradisional. [11] menjelaskan
bahwa metode tradisional pada isolasi khamir mempunyai
keterbatasan khusus. Media kultur dan kondisi lingkungan
pertumbuhan (terutama suhu) adalah bersifat selektif, strain
yang mempunyai pertumbuhan cepat akan mendominasi dari
spesies
yang
pertumbuhannya
lambat
sehingga
konsekwensinya adalah spesies yang jumlahnya sedikit tidak
bisa teramati. Sehingga digunakan kultur khamir koleksi
b1
b
Gambar 3.1 Karakteristik Makroskopis. a: morfologi makroskopis, b:
morfologi makroskopis insert, b1 : sel tunggal (dokumentasi pribadi)
a
b1
b2
b
Gambar 3.2 Karakteristik Mikroskopis. a: morfologi mikroskopis khamir,
b: insert morfologi (b1: budding, b2:bentuk sel) (dokumentasi pribadi).
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
4
B. Karakteristik fisiologis
Pada praktikum ini, dilakukan uji fisiologis dengan uji
fermentasi gula, uji urease, dan uji askospora. Pada uji
fermentasi gula, gula mempunyai reaksi positif pada gula
dekstrosa, galaktosa, sukrosa, maltosa, raffinosa, trehalosa,
dan negatif pada gula laktosa [12]. Hasil uji fermentasi gula
(Gambar 3.3) menunjukkan hasil positif yang ditandai dengan
perubahan warna dari hijau menjadi kuning. Hal ini
menunjukkan
bahwa
isolat
uji
tersebut
mampu
memfermentasikan gula dalam medium [13]. Uji fermentasi
gula digunakan untuk mendeteksi kemampuan mikroorganisme
untuk memfermentasi gula tertentu. Selama proses fermentasi,
substrat organik berperan sebagai aseptor elektron akhir
[14],[15]. Produk akhir fermentasi gula adalah asam atau asam
dengan gas [16],[17]. Reaksi fermentasi dapat dilihat dari
adanya perubahan warna ketika produk asam terbentuk.
Hasil pengamatan praktikum menunjukkan bahwa tampak
sel berwarna biru yang menunjukkan terbentuknya askospora
dewasa (mature ascospores). [26] menjelaskan bahwa
askospora dewasa akan terwarnai menjadi biru-hijau dan sel
vegetatif berwarna merah
As
A
Gambar 3.4 Hasil Pewarnaan askospora dengan malachitte green
(dokumentasi pribadi). (A) askus, (As) askospora.
Berdasarkan hasil pengamatan terhadap karakter
makroskopis dan mikroskopis serta uji karakteristik fisiologis,
diperoleh ringkasan karakteristik isolat uji yaitu sebagai
berikut:
Tabel 3.2 Hasil Karakteristik morfologi dan fisiologis
a
b
Gambar 3.3 Hasil uji karakteristik fisiologis. a: Hail uji fermentasi gula,
b: Hasil uji urease.
Pada uji urease (Gambar 3.3), warna medium yang awalnya
merah kekuningan menjadi merah keungunan atau merah muda
yang menunjukkan hasil uji positif yang berarti isolat uji
mampu menghasilkan enzim urease. Pada prinsipnya, urease
akan mengubah substrat urea menjadi amoniak dan
karbondioksida dan akan menciptakan lingkungan yang alkalin
pada medium dimana hal ini dapat dilihat dari adanya
perubahan warna dari kuning menjadi merah muda pada
indikator phenol red [18].
Selain dilakukan uji fermentasi gula dan uji urease, juga
dilakukan uji pewarnaan askospora dengan menggunakan
pewarna malachitte green. Malachitte green adalah pewarna
antimikrobial sintetis yang merupakan kelompok dari
triphenylmethane yang mempunyai kemampuan sebagai agen
antibakteri, antifungi dan antiparasit [19],[20]. Pada sel
mycobacterium, akan mewarnai membran sel. Protein dalam
fraksi membran sel mycobacterium bertanggungjawab dalam
pewarnaan malachitte green [21].
Yeast mempunyai mekanisme yang berbeda untuk
mengeluarkan askospora pada panjang yang berbeda dari
kantung aski. Askospora berbentuk membulat hingga oval
berkembang dalam oxylipincoated [22]. Keberadaan gugus 3hydroxy (3-OH) oxylipin pada yeast dan peranannya dalam
proses infeksi sudah berkembang baik [23[,[24]. Hal ini telah
dilaporkan bahwa intermediet tersebut dan produk β-oksidasi
dibutuhkan dalam pelepasan askospora dan pelepasan dari
aski [25] dengan berperan sebagai lubrikan (pelumas) [22].
Karakteristik
Bentuk
Elevasi
Permukaan
Margin
Warna
Ukuran
Budding
Pseudohifa
Askospora
Uji fermentasi gula
Uji urease
Keterangan
Bulat, ovoid panjang, sirkuler
Konvex
Kasar
Entire
Putih susu
0.01-0.5 µm
Multilateral
Tidak ada
Ada
(+)
(+)
Berdasarkan tabel diatas, diduga isolat uji yang digunakan
merupakan genus Debaryomyces spp. Hal ini dapat diketahui
berdasarkan karakteristik reproduksi vegetatifnya yaitu
multilateral budding, pseudohifa mungkin terbentuk tetapi hifa
sejati tidak ada, reproduksi seksual dengan konjugasi,
konjugasi antar sel dan tunas biasanya terbentuk sebelum
terbentuk askus, aski menghasilkan 1-4 askospora yang
berbentuk bulat, elips dan halus atau kasar, bulat dan kasar
dengan bentukan cincin, atau halus dan lentikuler. 1-2
askospora biasanya terbentuk dalam satu askus, tetapi pada
beberapa spesies mempunyai lebih dari 4 askospora dalam satu
askus. Keberadaan aski jarang. Karakteristik fisiologi sel yaitu
dapat memfermentasi gula pada beberapa spesies, sedangkan
produksi urea tidak diketahui [9]. [27] juga menambahkan
bahwa genus Debaryomyces memiliki ciri sel berbentuk bulat,
reproduksi vegetatif dengan pertunasan multilateral,
pseudohifa dapat dihasilkan atau tidak dihasilkan,
LAPORAN BIOLOGI KHAMIR - 2014
menghasilkan askospora berbentuk bulat atau oval dengan
dinding spora bergerigi dan biasanya berjumlah 1 - 3 per askus
dan tidak mudah dilepaskan dan beberapa spesies dapat
menghasilkan 4 spora per askus, kadang menghasilkan
blastospora.
IV. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, diketahui cara
bagaimana mengisolasi khamir dari alam dan diketahui metode
identifikasi khamir. Isolasi khamir dilakukan dengan sampling
dengan metode komposit pada daerah yang mempunyai
kandungan bahan organik tinggi dan lembab. Identifikasi
khamir dilakukan dengan melakukan pengamatan secara
morfologi dan fisiologi. Hasil yang diperoleh yaitu diduga
bahwa isolat khamir yang diamati merupakan genus
Debaryomyces spp. yang mempunyai ciri-ciri multilateral
budding, berbentuk bulat hingga ovoid, terbentuk askospora
dan dapat memfermentasi gula.
DAFTAR PUSTAKA
[1]
[2]
[3]
[4]
[5]
[6]
[7]
[8]
[9]
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
[15]
[16]
[17]
[18]
J.W. Fell, “Collection and identification of marine yeasts In Methods in
Microbiology,” Paul J (ed.). Academic Press: New York (2001) 347–
356.
J.W.Fell, S.P. Ahearn, S.P. Meyers, and F.J. Jr. Roth, “Isolation of
yeasts from Biscayne Bay, Florida, and adjacent benthic areas.” Limnol
Oceanogr 5 (1960) 366–371.
A. Kanti, “Identifikasi jenis khamir yang diisolasi dari tanah gambut
Taman Nasional Bukit Duabelas, Jambi,” BioSmart. 6(1) (2003) 10-14.
A. Kanti, “Marga Candida, khamir tanah pelarut posfat yang diisolasi
dari tanah Kebun Biologi Wamena Papua,” Biodiversitas. 7(2) (2006)
105-108.
A. Kanti, “Penapisan khamir selulolitik Cryptocoous sp. yang diisolasi
dari tanah Kebun Biologi Wamena Jaya Wijaya Propinsi Papua,”
Laporan Penelitian Bidang Mikrobiologi. Bogor: Pusat Penelitian
Biologi-LIPI (2007).
J.A. Barnett, R.W. Payne, D, Yarrow, “Yeasts: Characteristics and
Identification, 2nd edn,” Cambridge University Press: New York (1990)
1002.
J.A. Barnett and R.J. Pankhurst, “A new key to the yeast,” New York:
American Elsevier Publishing Company Inc. (2000).
Jumiyati, S.H. Bintari, I. Mubarok, “Isolasi dan Identifikasi Khamir
secara Morfologi di Tanah Kebun Wisata Pendidikan Universitas Negeri
Semarang,” Biosaintifika 4 (1) (2012)
C.P. Kurtzman and J.W. Fell, “The Yeast A Taxonomy Study,” New
York: Elvesier (1998).
N. J. W. Kregen-Van Rij, “The Yeast A Taxonomy Study,” Amsterdam:
Elvesier Science Publisher (1987).
S.N. Kutty and R. Philip, “Marine yeast - a review,” yeast (2008); 25:
465-483.
J. Lodder, “ The Yeast : A Taxonomic Study Second Revised and
Enlarged Edition,” The Netherland, Northolland Publishing
Co.,Amsterdam,(1970).
K. Reiner,”Carbohydrate Fermentation Protocol,” Microbe Library,
American Society for Microbiology,(2012).
J.F. MacFaddin , “ Biochemical tests for identification of medical
bacteria, 3rd ed.,” Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA,
(2000).
R.y. Stanier, M. Doudoroff , and E.A. Adelberg,” The microbial world,
2nd ed.,” Prentice-Hall, Englewood Cliffs, NJ, (1963).
B. Forbes , D.F. Sahm, A.S. Weissfeld.” Bailey and Scott’s diagnostic
microbiology, 12th ed,” Mosby Company, St. Louis, MO (2007).
C.R. Mahon,D.C. Lehman, and G. Manuselis,” Textbook of diagnostic
microbiology, 4th ed”. W. B. Saunders Co., Philadelphia, PA, (2011).
M.D. Delost,”introduction to Diagnostic Microbiology for the
Laboratory Sciences,” Jones & Bartlett Learning, (2015).
5
[19] N. Banaei, E.Z. Kincaid, S-Y.G. Lin, E. Desmond, W.R. Jacobs Jr., and
J.D. Ernst,”Lipoprotein Processing Is Essential for Resistance of
Mycobacterium tuberculosis to Malachitte Green,” Antimicrobial
Agents and Chemotherapy, September (2009), p. 3799-3802.
[20] D.J. Alderman,” Malachite green: a review,” J. Fish Dis. (1985) 8:289–
298
[21] J.J. Jones, and J. O. Falkinham III.,” Decolorization of malachite green
and crystal violet by waterborne pathogenic mycobacteria. Antimicrob.
Agents Chemother. (2003) 47:2323–2326.
[22] A.Van-Heerden, P.W.J. Van-Wyk, P.J. Botes, C.H. Pohl, C.J. Strauss, S.
Nigam, and J.L.F. Kock, “The Release of elongated, aheathed
ascospores from bottle-shaped asci in Dipodasdus geniculatus,”FEMS
Yeast Res, (2007) 173-179.
[23] Deva R, Ciccoli R, Schewe T, Kock JLF & Nigam S (2000)
Arachidonic acid stimulates cell growth and forms a novel oxygenated
metabolite in Candida albicans. Biochim Biophys Acta 1486: 299–311.
[24] R. Ciccoli, S. Sahi, S.Singh, H. Prakash, M-P. Zafiriou, G. Ishdorj ,
J.L.F.Kock, and S.Nigam,” Oxygenation by cyclooxygenase-2 (COX-2)
of 3-hydroxyeicosa-tetraenoic acid (3-HETE), a fungal mimetic of
arachidonic acid, produces a cascade of novel bioactive 3-hydroxyeicosanoids,”. Biochem Journal (2005) 390: 737–747.
[25] J.L.F. Kock, C.J. Strauss, E.E. Pretoriu, C.H. Pohl, A.S. Bareetseng,
P.J. Botes, P.W.J. VanWyk, S.W.Schoombie, and S. Nigam,
“Revealing yeast spore movement in confined space”, S Afr J Sci
(2004) 100:237–240.
[26] M. Madam and K.S. Thind,”Physiology of Fungi”, S.B. Nangia and
A.P.H. publishing Corporation: New Delhi, (1998).
[27] T. Nurhariyati, Ni’matuzahroh, dan T. Surtiningsih, “Keanekaragaman
khamir pendegradasi minyak hasil isolasi dari Pelabuhan Tanjung Perak
Surabaya,” Berk. Penelitian Hayati 9 (2004), 87-91.