Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF
ABSTRACT
WIZA NONI FADILAH: Phylogeny of Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Inferred
from trnL-trnF Chloroplast DNA Sequence. Supervised by ARIDA SUSILOWATI and
HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.
Kemenyan toba (Styrax sumatrana) was kemenyan species that cultivated
by local comunities in North Sumatra because of the high quality and quantity of
the resin compared to others. In North Sumatra, kemenyan toba can be found in
Humbang Hasundutan District, North Tapanuli, Pakpak Bharat, and Toba
Samosir. Until now, genetic characterization of kemenyan toba in North Sumatra
has not determinet yet, whereas it is important for future breeding and
conservation efforts. Therefore, this research was conducted to analyze the
phylogenetic relationship of kemenyan toba in North Sumatra and other
kemenyan species in the world.
For the research, 10 individuals a sample of kemenyan toba was collected
from each population in Humbang Hasundutan, North Tapanuli, and Pakpak
Bharat. The leaf sample than stored in plastic bag containing silica gel. In
laboratory, samples than extracted using CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium
Bromide) method. DNA amplification was perform using PCR with annealing
temperature 55 ° C. Sequence data analysis is done by using BioEdit software
andphylogenetic tree raftingis using Mega 5.05. The results showed that there
were genetic variation of kemenyan tobafrom 3 population dan divided the
sequences into four haplotypes. It can be seen from the nucleotide polymorphism
of the sequence. Phylogenetic tree analysis showed that Styrax sumatrana has the
same monophyletic with Styrax suberifolius and Styrax chinensis with 63%
bootstrap value.
Keywords: DNA, kemenyan toba, population genetics, trnL-trnF, phylogenetic.
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
WIZA NONI FADILAH: Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana)
Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF. Di bawah bimbingan ARIDA
SUSILOWATI dan HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.
Kemenyan toba (Styrax sumatrana) merupakan jenis kemenyan yang
banyak diusahakan oleh masyarakat di Sumatera Utara karena kualitas dan
kuantitas getahnya yang lebih baik jika dibandingkan dengan jenis lain. Di
Sumatera Utara kemenyan toba dapat dijumpai di Kabupaten Humbang
Hasundutan, Tapanuli Utara, Pakpak Bharat, dan Toba Samosir. Sampai saat ini,
karakterisasi genetika terhadap kemenyan toba di Sumatera Utara belum ada,
padahal hal tersebut penting untuk usaha pemuliaan dan konservasi jenis dimasa
mendatang. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis
hubungan filogenetik kemenyan toba di Sumatera Utara dan kemenyan lain
didunia.
Untuk pelaksanaan penelitian, sebanyak 10 individu sampel diambil dari masingmasing populasi yang ada di Kabupaten Humbang Hasundutan, Tapanuli Utara, dan
Pakpak Bharat. Sampel selanjutnya disimpan dalam kantong plastik kedap udara yang
telah berisi silika gel. Setelah sampai laboratorium sampel daun tersebut selanjutnya
diekstraksi dengan menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide).
Proses amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR dengan suhu annealing
55°C. Analisis data sekuens dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak BioEdit
dan perakitan pohon filogenetik dengan menggunakan Mega 5.0. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa terdapat variasi genetik kemenyan toba dari tiga populasi yang diuji
dan membagi sekuen ke dalam empat haplotipe. Hal tersebut dapat terlihat dari
polimorfisme basa pada sekuen. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa Styrax
sumatrana memiliki monofiletik yang sama dengan Styrax suberifolius dengan Styrax
chinensis yaitu dengan nilai bootstrap 63%.
Kata kunci: DNA, kemenyan toba, genetika populasi, trnL-trnF, filogenetika.
Universitas Sumatera Utara
WIZA NONI FADILAH: Phylogeny of Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Inferred
from trnL-trnF Chloroplast DNA Sequence. Supervised by ARIDA SUSILOWATI and
HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.
Kemenyan toba (Styrax sumatrana) was kemenyan species that cultivated
by local comunities in North Sumatra because of the high quality and quantity of
the resin compared to others. In North Sumatra, kemenyan toba can be found in
Humbang Hasundutan District, North Tapanuli, Pakpak Bharat, and Toba
Samosir. Until now, genetic characterization of kemenyan toba in North Sumatra
has not determinet yet, whereas it is important for future breeding and
conservation efforts. Therefore, this research was conducted to analyze the
phylogenetic relationship of kemenyan toba in North Sumatra and other
kemenyan species in the world.
For the research, 10 individuals a sample of kemenyan toba was collected
from each population in Humbang Hasundutan, North Tapanuli, and Pakpak
Bharat. The leaf sample than stored in plastic bag containing silica gel. In
laboratory, samples than extracted using CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium
Bromide) method. DNA amplification was perform using PCR with annealing
temperature 55 ° C. Sequence data analysis is done by using BioEdit software
andphylogenetic tree raftingis using Mega 5.05. The results showed that there
were genetic variation of kemenyan tobafrom 3 population dan divided the
sequences into four haplotypes. It can be seen from the nucleotide polymorphism
of the sequence. Phylogenetic tree analysis showed that Styrax sumatrana has the
same monophyletic with Styrax suberifolius and Styrax chinensis with 63%
bootstrap value.
Keywords: DNA, kemenyan toba, population genetics, trnL-trnF, phylogenetic.
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
WIZA NONI FADILAH: Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana)
Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF. Di bawah bimbingan ARIDA
SUSILOWATI dan HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.
Kemenyan toba (Styrax sumatrana) merupakan jenis kemenyan yang
banyak diusahakan oleh masyarakat di Sumatera Utara karena kualitas dan
kuantitas getahnya yang lebih baik jika dibandingkan dengan jenis lain. Di
Sumatera Utara kemenyan toba dapat dijumpai di Kabupaten Humbang
Hasundutan, Tapanuli Utara, Pakpak Bharat, dan Toba Samosir. Sampai saat ini,
karakterisasi genetika terhadap kemenyan toba di Sumatera Utara belum ada,
padahal hal tersebut penting untuk usaha pemuliaan dan konservasi jenis dimasa
mendatang. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis
hubungan filogenetik kemenyan toba di Sumatera Utara dan kemenyan lain
didunia.
Untuk pelaksanaan penelitian, sebanyak 10 individu sampel diambil dari masingmasing populasi yang ada di Kabupaten Humbang Hasundutan, Tapanuli Utara, dan
Pakpak Bharat. Sampel selanjutnya disimpan dalam kantong plastik kedap udara yang
telah berisi silika gel. Setelah sampai laboratorium sampel daun tersebut selanjutnya
diekstraksi dengan menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide).
Proses amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR dengan suhu annealing
55°C. Analisis data sekuens dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak BioEdit
dan perakitan pohon filogenetik dengan menggunakan Mega 5.0. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa terdapat variasi genetik kemenyan toba dari tiga populasi yang diuji
dan membagi sekuen ke dalam empat haplotipe. Hal tersebut dapat terlihat dari
polimorfisme basa pada sekuen. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa Styrax
sumatrana memiliki monofiletik yang sama dengan Styrax suberifolius dengan Styrax
chinensis yaitu dengan nilai bootstrap 63%.
Kata kunci: DNA, kemenyan toba, genetika populasi, trnL-trnF, filogenetika.
Universitas Sumatera Utara