Hubungan Kekerabatan Hemidactylus Frenatus (Squamata; Gekkonidae) Di Jawa, Sumatera, Dan Kalimantan
HUBUNGAN KEKERABATAN Hemidactylus frenatus
(SQUAMATA; GEKKONIDAE) DI JAWA,
SUMATERA, DAN KALIMANTAN
ZENI FAJRIYAH
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Hubungan Kekerabatan
Hemidactylus frenatus (Squamata; Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan
Kalimantan adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan
belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, September 2016
Zeni Fajriyah
NIM G352120181
RINGKASAN
ZENI FAJRIYAH. Hubungan Kekerabatan Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan. Dibimbing oleh ACHMAD
FARAJALLAH dan DYAH PERWITASARI.
Hemidactylus merupakan salah satu genus dari famili Gekkonidae. Salah
satu anggota spesiesnya adalah Hemidactylus frenatus. Hemidactylus frenatus
merupakan cicak yang banyak dijumpai berada di sekitar manusia terutama di
rumah, gedung, dan bangunan lain. Penyebaran H. frenatus di Indonesia sangat
luas, dan dapat ditemukan di seluruh pulau yang berpenghuni di Indonesia, seperti
di Jawa, Sumatera dan Kalimantan. Keberadaan H. frenatus yang luas tersebut
perlu dilakukannya penelitian mengenai hubungan kekerabatan H. frenatus
khususnya di Jawa, Sumatera dan Kalimantan, karena hingga saat ini Informasi
pola penyebaran H. frenatus di Indonesia masih belum tersedia.
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kekerabatan Hemidactylus
frenatus di Jawa, Sumatera dan Kalimantan menggunakan gen 12S rRNA genom
mitokondria. Penelitian dilakukan di Laboratorium Molekuler Hewan bagian
Fungsi dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi FMIPA IPB pada bulan JanuariMei 2016. Sampel dari famili Gekkonidae dikoleksi dari 7 lokasi di Indonesia,
yaitu Tasikmalaya, Bogor, Tulungagung, Aceh, Padang, Palembang, dan
Pontianak. Jaringan otot cicak diambil dari kaki belakang bagian ventral.
Spesimen voucher cicak diawetkan pada alkohol 70%. Ekstraksi dan isolasi DNA
total menggunakan metode fenol kloroform.
Rekonstruksi pohon filogenetik Hemidactylus frenatus berdasarkan gen 12S
rRNA diperoleh nilai jarak genetik 0,000 yang dimiliki oleh Hemidactylus
frenatus Bogor, Cina, Tulungagung, Pontianak, dan Palembang yang didukung
dengan nilai bootstrap 100% yang berarti bahwa sekuens dari kelima individu adalah
sama persis identik. Nilai jarak genetik Hemidactylus frenatus Padang dengan
Tasikmalaya sebesar 0,005 dengan hubungan kekerabatan dekat, dan nilai jarak
genetik pada H. frenatus Tasikmalaya dengan Bogor sebesar 0,047 artinya memiliki
kekerabatan cukup dekat. Hubungan kekerabatan yang dekat pada H. frenatus
dalam penelitian ini diduga disebabkan oleh kegiatan manusia, salah satunya
aktivitas perdagangan antar pulau.
Kata kunci: Hemidactylus frenatus, Bootstrap, jarak genetik.
SUMMARY
ZENI FAJRIYAH. Relations the Family Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) in Java, Sumatra, and Borneo. Supervised by ACHMAD
FARAJALLAH and DYAH PERWITASARI.
Hemidactylus is one genus of the family Gekkonidae. One member of the
species is Hemidactylus frenatus. Hemidactylus frenatus is often found to be
around humans, especially in homes, buildings, and other buildings. The spread of
H. frenatus in Indonesia is very broad, and can be found all over the inhabited
islands, such as in Java, Sumatra, and Kalimantan. Up to now information
regarding distribution pattern of H. frenatus is unsufficient. therefore study
focusing on relationship between H.frenatus distributed in Java, Sumatra, and
Kalimantan was needed to be performed.
This study aimed to analyze at the relations hips of Hemidactylus frenatus
from Java, Sumatra, and Kalimantan using 12S rRNA gene of DNA
mitochondrial. The study was conducted at the Molecular laboratory, Division of
Animal Function and Behavior, Department of Biology, Bogor Agricultural
University during January-May 2016. Samples of the family Gekkonidae were
collected from 7 locations in Indonesia, namely Tasikmalaya, Bogor,
Tulungagung, Aceh, Padang, Palembang, and Pontianak. Hemidactylus frenatus
muscle tissue is taken from the ventral part of the hind legs. Hemidactylus
frenatus voucher specimens were preserved in alcohol 70%. Extraction and
isolation of total DNA using phenol-chloroform method.
Reconstruction of phylogenetic tree based of 12S rRNA mt DNA gene
revealed that genetic distances of H. frenatus were 0,000, from Bogor, China,
Tulungagung, Pontianak and Palembang was supported by the bootstrap value
(100 %) and meant that all sequences was identical. Genetic distances of
Hemidactylus frenatus originated from Padang and Tasikmalaya, Tasikmalaya
and Bogor were 0,005 and 0,047. It Indicated that they had closely relationship.
This situation might be resulted from human activities such as inter-island trading.
Keywords: Hemidactylus frenatus, Bootstrap, genetic distance.
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2016
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
HUBUNGAN KEKERABATAN Hemidactylus frenatus
(SQUAMATA; GEKKONIDAE) DI JAWA,
SUMATERA, DAN KALIMANTAN
ZENI FAJRIYAH
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Biosains Hewan
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr Berry Juliandi, M.Si
Judul Tesis : Hubungan Kekerabatan Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.
Nama
: Zeni Fajriyah
NIM
: G352120181
Disetujui oleh
Komisi Pembimbing
Dr Ir Achmad Farajallah, MSi
Ketua
Dr Ir RR Dyah Perwitasari, MSc
Anggota
Diketahui oleh
Ketua Program Studi Biosains Hewan
Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr Ir RR Dyah Perwitasari, MSc
Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr
Tanggal Ujian :
20 September 2016
Tanggal Lulus :
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Alloh Subhanahu Wa Ta’ala atas
segala karunia-Nya. Shalawat dan salam kita ucapkan kepada Nabi Muhammad
Shallallahu Alaihi Wasallam sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema
yang diangkat dalam karya ilmiah ini adalah Hubungan Kekerabatan Hemidactylus
frenatus (Squamata; Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.
Dalam penulisan karya ilmiah ini tidak lepas dari bantuan, bimbingan, dan
dukungan berbagai pihak, sehingga sepenuh hati penulis ingin menyampaikan ucapan
terima kasih kepada:
1. Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si. dan Dr. Ir. RR. Dyah Perwitasari, M.Sc.
Komisi pembimbing yang telah memberikan arahan dan masukan
dalam penyusunan karya ini
2. Kepada Dr. Ir. RR. Dyah Perwitasari, M.Sc. Ketua program studi
Biosains Hewan.
3. Bapak Adi Surahman dan Ibu Tini Wahyuni yang banyak membantu dalam
penyediaan alat dan bahan laboratorium.
4. Rekan-rekan BSH 2012-2015, yang telah memberikan bantuan, dukungan
dan motivasi selama perkuliahan dan penelitian berlangsung
5. Kepada para kolektor: Teteng; M.Yusuf; Yanti A M.Si; Cepi N S.Sos;
Maulana S.Si; Roshi M.Si; Maslim M.Si; Phika M.Si; Vita DS yang telah
banyak membantu.
6. Kedua orang tua ayahanda Drs Slamet M.Pd dan ibunda Ati Persinawati
S.Pd, suami Cepi Nasrulloh S.Sos, putri Malika Zeina N, serta seluruh
keluarga besarku, dan teman-teman yang telah memberi dukungan dan doa
kepada penulis.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, September 2016
Zeni Fajriyah
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vi
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vi
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian
1
1
2
2
BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Koleksi dan Identifikasi Sampel
Ekstraksi dan Isolasi DNA
Amplifikasi (Perbanyakan) Ruas DNA
Visualisasi Perbanyakan Ruas DNA
Perunutan (Squencing) DNA Produk PCR
3
3
3
3
3
4
5
HASIL DAN PEMBAHASAN
6
Identifikasi morfologi cicak H. frenatus di 7 lokasi di Indonesia
8
Karateristik dan Komposisi Sekuens H. frenatus Berdasarkan
Gen 12S rRNA
9
Analisis Filogenetik Berdasarkan Gen 12S rRNA
9
Keberadaan Hemidactylus frenatus di Jawa, Sumatera dan Kalimantan 11
Kemampuan adaptif Hemidactylus frenatus dengan lingkungan manusia 12
Peran manusia terhadap keberadaan Hemidactylus frenatus
13
SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran
14
14
14
DAFTAR PUSTAKA
15
LAMPIRAN
17
RIWAYAT HIDUP
20
DAFTAR TABEL
1 Lokasi Pengambilan Sampel
2 Pengukuran bobot badan (BB) dan bagian-bagian ukuran tubuh dari
hemidactylus frenatus dari 7 lokasi di Indonesia
3 Jumlah Perbedaan Nukleotida (bawah diagonal) dan jarak genetik (atas
diagonal)
4 Ditemukannya Hemidactylus frenatus di beberapa lokasi di indonesia
5 Hemidactylus frenatus dan data Genbank yang digunakan dalam
penelitian
6 Data spesimen yang digunakan dalam penelitian
3
8
11
12
18
19
DAFTAR GAMBAR
1 Hemidactylus frenatus dari pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan
2 Visualisasi hasil PCR berdasarkan gen 12S rRNA
3 Pohon Filogenetik menggunakan analisis Neighbour-joinning
6
9
10
DAFTAR LAMPIRAN
1 Hemidactylus frenatus dan data GenBank yang digunakan dalam
penelitian
2 Data Spesimen yang digunakan dalam penelitian
18
19
1
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Hemidactylus merupakan salah satu genus dari famili Gekkonidae yang
memiliki anggota spesies yang banyak dan memiliki penyebaran yang luas
dibandingkan anggota genus Gekkonidae lainnya (Bansal dan Karanth 2010).
Pada saat ini dalam database reptil telah diketahui terdapat 137 spesies
Hemidactylus di dunia (Uetz dan Hosek 2016). Hemidactylus yang ditemukan di
Indonesia antara lain; H. frenatus, H. platyurus, H. brookii, H. garnotii (Matsuo
dan Oku 2002; Kurniati 2003; O’shea et al. 2012; Zug dan Kaiser 2014).
Hemidactylus frenatus ditemukan di beberapa bagian benua Asia (Bauer et al.
2010), seperti di India selatan, Bangladesh, Indo-China, Thailand, Malaysia,
Indonesia, dan Filipina (Csurhes dan Markula 2009), sedangkan di Indonesia H.
frenatus bisa ditemukan di Sumatera, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi (Prawasti
et al. 2013).
Ciri utama H. frenatus yaitu tubuh bagian dorsal berwarna putih abu-abu
sampai coklat, memiliki panjang tubuh 7,5-15 cm, ekor bulat memanjang dengan
enam sisik tuberkal. H. frenatus jantan umumnya memiliki panjang dan berat
tubuh lebih besar dari H. frenatus betina (Csurhes dan Markula 2009).
Meshaka (2000) menyatakan bahwa cicak merupakan hewan yang memiliki
kecepatan dalam perkembangan populasi (kolonisasi). H. frenatus ini berdasarkan
sifatnya sebagai omnivora dan kemampuan betinanya yang dapat menyimpan
sperma hingga selama satu tahun dan ini merupakan salah satu faktor dalam
membantu keberhasilan invasi suatu spesies di suatu tempat (Yamamoto dan Ota
2006). Keberadaan H. frenatus di lingkungan manusia didukung oleh keadaan
alam yang telah diubah manusia (antropogenik), yang menyebabkan populasi H.
frenatus banyak ditemukan di sekitar tempat manusia (Mack et al. 2000; Brown et
al 2002; Cole et al. 2005; Shochat et al. 2010). Hemidactylus merupakan
golongan reptil yang sangat akrab dengan kehidupan manusia dan banyak
ditemukan hidup di lingkungan atau habitat yang dipengaruhi oleh kegiatan
manusia, dan dikenal sebagai spesies komensal (Carranza dan Arnold 2006).
Hemidactylus frenatus ditemukan di rumah dan bangunan lainnya seperti di
dinding, tembok, langit-langit, terutama dekat lampu. H. frenatus ini dapat
memangsa berbagai jenis serangga kecil dan laba-laba yang berada mendekati
cahaya lampu, juga dapat memangsa cicak kecil dan telurnya sendiri. Selain itu H.
frenatus dapat mengkonsumsi makanan berbahan dasar madu dan gula yang dapat
diperolehnya di lingkungan tempat tinggal manusia (Cole et al. 2005; Dame dan
Petren 2006; Hughes et al. 2015). Sampai saat ini keberadaan H. frenatus di
indonesia belum ada yang mengkaji hubungan kekerabatannya, khususnya di
Jawa, Sumatera, dan Kalimaantan. Oleh karena itu dalam penelitian ini ditujukan
untuk melihat kekerabatan H. frenatus di beberapa wilayah di Indonesia yang
meliputi pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.
2
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kekerabatan
Hemidactylus frenatus di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan, dengan menggunakan
gen 12S rRNA genom mitokondria.
Manfaat Penelitian
Penelitian ini diharapkan dapat menjadi informasi data jarak genetik untuk
penelitian selanjutnya, khususnya bagi penelitian genus lain dari famili
Gekkonidae di Indones
3
2 BAHAN DAN METODE
Waktu danTempat Penelitian
Penelitian dilaksanakan pada bulan Januari-Mei 2016 di Laboratorium
Molekuler Hewan bagian Fungsi dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi
FMIPA Institut Pertanian Bogor.
Koleksi dan Identifikasi Sampel
Sampel dari Famili Gekkonidae di koleksi dari 7 lokasi di Indonesia, antara
lain;
Tabel 1 Lokasi Pengambilan Sampel
No
Lokasi/Kota
Provinsi
1
Tasikmalaya
Jawa Barat
2
Bogor
Jawa Barat
3
Tulungagung
Jawa Timur
4
Palembang
Sumatera Selatan
5
Padang
Sumatera Barat
6
Aceh Singkil
Sumatera Utara
7
Pontianak
Kalimantan barat
Sampel yang didapatkan berasal dari hasil tangkapan para kolektor di 7
lokasi di Indonesia. Koleksi cicak diambil pada bulan Januari-Maret 2016. Sampel
jaringan otot cicak Hemidactylus frenatus diambil dari bagian kaki belakang pada
bagian ventral, sampel jaringan dan spesimen cicak diawetkan pada alkohol 70%.
Identifikasi sampel Hemidactylus frenatus dilakukan dengan cara melihat
beberapa ciri morfologi (Das 2010).
Ekstraksi dan Isolasi DNA
Ekstraksi dan isolasi DNA menggunakan metode Fenol Cloroform Isolasi
DNA total dilakukan mengikuti metode Sambrook (1989). Jaringan cicak (± 30
4
mg) dalam tube eppendorf berukuran 1,5 ml dicuci dengan 300-500 µl buffer DW
atau buffer TE sebanyak dua kali (sentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm ± 20
menit). Sampel jaringan yang telah dicuci kemudian dipotong kecil-kecil
menggunakan gunting dalam buffer satu kali STE 300 µl. Sel-sel otot dilisis
dengan menambahkan SDS sampai 10% sebanyak 50 µl dan enzim Proteinase-K
sebanyak 10-20 µl. Campuran tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 55o C
selama 1-2 jam sambil dikocok perlahan.
Material DNA dipisahkan dari material organik lainnya dengan metode
fenol, yaitu dengan menambahkan larutan fenol sebanyak 400 µl, 5M NaCl
sebanyak 400 µl, dan kloroform-isoamil alkohol (CIAA) sebanyak 400 µl.
Campuran tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang sambil dikocok pelan
selama 1 jam. Bahan organik yang masuk ke fase fenol dipisahkan dari fase air
dengan sentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm selama 5 menit. Fase air kemudian
dipindahkan ke tabung baru (eppendorf baru). Molekul DNA diendapkan dengan
sentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm selama 5 menit. Endapan DNA yang
diperoleh kemudian dicuci dengan ETOH 70% 2x volume (Sentrifugasi dengan
kecepatan 5000 rpm selama 5 menit). Molekul DNA diendapkan kembali
kemudian disuspensikan dalam buffer TE 80% dan disimpan dalam freezer untuk
digunakan lebih lanjut.
Amplifikasi (Perbanyakan) Ruas DNA
Ruas DNA diamplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
menggunakan mesin ESQO 2. Primer yang digunakan adalah AF05
(5’ACTGGGATTAGATACCCCACTAT) dan menggunakan primer AF07
(5’ATGTTTTTGGTAAACAGGCG). Reaksi PCR dilakukan dalam volume 25μl
dengan komposisi 0,001 mg/ml DNA Template, Nuclease Water 0,095 mg/ml,
Primer Forward dan Revers masing-masing 0,001 mg/ml, Gotaq Green Master
Mix 0,0125 mg/ml.
Amplifikasi DNA dilakukan dalam kondisi suhu pre-denaturasi dengan suhu
940C selama 2 menit, dilanjutkan dengan 30 siklus yang terdiri dari denaturasi
dengan suhu 940C selama 45 detik, penempelan dengan suhu 550C selama 1
menit, pemanjangan dengan suhu 720C selama 1 menit, pemanjangan akhir
dengan suhu 720C selama 5 menit, dan pendinginan dengan suhu 150C selama 20
detik.
Visualisasi Perbanyakan Ruas DNA
Amplikon diuji menggunakan metode elektroforesis gel poliakrilamid
(PAGE) 6% yang dijalankan pada tegangan 200 V selama 35 menit atau sampai
pewarna bromethymol blue mencapai bagian bawah gel. Setelah pemisahan
elektroforesis, pita-pita DNA divisualisasi dengan pewarnaan perak (silver
staining) (Byun et al. 2009).
5
Perunutan (Sequencing) DNA Produk PCR
Perunutan merupakan tahap akhir untuk memperoleh data runutan
nukleotida dari ruas DNA amplikon. Perunutan DNA dilakukan menggunakan
jasa pelayanan sekuensing dari PT. Genetic Science Indonesia. Perunutan tersebut
dilakukan menggunakan pasangan primer yang digunakan pada saat PCR. Hasil
perunutan nukleotida diedit secara manual berdasarkan kromatogram dan
dibandingkan dengan gen yang homolog yang ada di database genbank, yaitu
GQ245970 H. frenatus (Cina), dan DQ120466 H. platyurus (Barcelona).
Pensejajaran urutan nukleotida menggunakan Clustal W (Higgins et al. 1994)
yang terdapat dalam program MEGA versi 5.00 (Tamura et al. 2011). Analisis
jumlah perbedaan nukleotida, jarak genetik dilakukan dengan model Kimura 2
Parameter (K2P) berdasarkan metode Neighbor Joining. Analisis bootstrap 1000
kali dilakukan untuk menguji tingkat kepercayaan dari sebuah titik cabang dalam
topologi pohon filogeni.
6
3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Hemidacylus frenatus dari pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan:
a) Hemidactylus frenatus (Pontianak)
b) Hemidactylus frenatus (Tulungagung)
c) Hemidactylus frenatus (Palembang)
7
d) Hemidactylus frenatus (Aceh)
e) Hemidactylus frenatus (Padang)
f) Hemidactylus frenatus (Tasikmalaya)
8
g) Hemidactylus frenatus (Bogor)
Gambar 1 Hemidactylus frenatus di 7 lokasi di Indonesia; a). Pontianak, b).
Tulungagung, c). Palembang, d). Aceh, e). Padang, f). Tasikmalaya,
g). Bogor.
Identifikasi morfologi cicak Hemidactylus frenatus di 7 lokasi di Indonesia
Cicak yang dikoleksi dari para kolektor berjumlah 95 ekor. Identifikasi
beberapa ciri morfologi dilalukan untuk memastikan dan mensortir spesies
Hemidactylus frenatus sebelum menggunakannya dalam analisis molekuler.
Hemidactylus frenatus yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 7 ekor cicak
dari 7 lokasi di Indonesia, yaitu diperoleh dari Tasikmalaya, Bogor, Tulungagung,
Palembang, Padang, Aceh, dan Pontianak.
Tabel 2 Pengukuran bobot badan (BB) dan bagian-bagian ukuran tubuh dari
hemidactylus frenatus dari 7 lokasi di Indonesia.
Karakter
Tasikmalaya
Bogor
Tulungagung
Palembang
Padang
Aceh
Pontianak
BB (g)
2,52
2,63
2,54
2,72
2,55
2,61
2,60
DM (mm)
3,25
3,05
3,32
3,41
3,37
3,29
3,10
PB-K (mm)
45,15
46,35
46,10
47,05
45,50
48,25
47,18
PE (mm)
45,05
43,46
42,20
42,25
44,30
46,27
45,45
LK (mm)
9,65
9,55
9,70
9,75
9,71
9,60
9,50
LB (mm)
9,82
9,75
9,72
9,85
9,65
9,75
9,62
TB (mm)
6,56
7,10
7,25
6,85
6,95
7,05
6,91
Keterangan : Bobot badan (BB), Diameter mata (DM), Panjang badan-kepala (PB-K), Panjang
ekor (PE), Lebar kepala (LK), Lebar badan (LB), Tinggi badan (TB).
9
Hasil PCR
Gambar 2 Visualisasi hasil PCR berdasarkan
diamplifikasi sebesar ± 650 bp
Tasikmalaya, (1.2A) Bogor, (4.1B)
Pontianak, (9.1B) Palembang, (5.3A)
-AF06 100 bp.
gen 12S rRNA yang berhasil
: M (Marker) =1µl, (1.1L)
Padang, (6.1H) Aceh, (8.1B)
Tulungagung. M: marker AF05
Karateristik dan Komposisi Sekuens H. frenatus Berdasarkan Gen 12S rRNA
Analisis gen 12S rRNA yang dianalisis terdiri dari 7 sekuens dengan
pensejajaran sebesar 392 bp, yaitu 314 bp conserve site,18 bp variable site, dan 13
parsimony informative.
Analisis Filogenetik Berdasarkan Gen 12S rRNA
Konstruksi filogenetik Hemidactylus frenatus berdasarkan gen 12S rRNA
terdapat kelompok yang paling menonjol yaitu kelompok dengan nilai bootstrap
100% diantaranya; H. frenatus (Tulungagung), (Pontianank), GQ245970 (Cina),
(Bogor), dan (Palembang) (Gambar 3).
10
Gambar 3 Pohon Filogenetik menggunakan analisis Neighbour–joinning.
Bootstrap 100% berada di kelompok Hemidactylus frenatus berasal
dari daerah Tulungagung, Pontianank, GQ245970 Cina, Bogor, dan
Palembang.
Nilai jarak genetik yang paling rendah pada penelitian ini dengan nilai 0,000
dimiliki oleh H. frenatus Bogor dengan GQ245970 Cina, Bogor dengan
Tulungagung, GQ245970 Cina dengan Tulungagung, Bogor dengan Pontianak,
GQ245970 Cina dengan Pontianak, Tulungagung dengan Pontianak, Bogor
dengan Palembang, GQ245970 Cina dengan Palembang, Tulungagung dengan
Palembang, Pontianak dengan Palembang. Nilai jarak genetik Padang dengan
Tasikmalaya sebesar 0,005. Nilai jarak genetik Tasikmalaya dengan Bogor,
Tasikmalaya dengan GQ245970 Cina, Tasikmalaya dengan Tulungagung,
Tasikmalaya dengan Pontianak, Tasikmalaya dengan Palembang memiliki nilai
jarak genetik 0,047.
11
Tabel 3 Jumlah Perbedaan nukleotida (bawah diagonal) dan jarak genetik (atas
diagonal)
5
1
1. Hemidactylus frenatus(Tasikmalaya)
7
2
3
4
5
6
7
8
0.012
0.012
0.005
0.012
0.008
0.012
0.012
0.000
0.012
0.000
0.011
0.000
0.000
0.012
0.000
0.011
0.000
0.000
0.012
0.007
0.012
0.012
0.011
0.000
0.000
0.011
0.011
2. Hemidactylus frenatus(Bogor)
0.047
5. GQ245970_Hemidactylus frenatus (Cina)
0.047
0.000
7. Hemidactylus frenatus(Padang)
0.009
0.044
0.044
9. Hemidactylus frenatus(Tulungagung)
0.047
0.000
0.000
0.044
10 Hemidactylus. frenatus(Aceh)
0.021
0.041
0.004
0.018
0.041
11. Hemidactylus frenatus(Pontianak)
0.047
0.000
0.000
0.044
0.000
0.041
12. Hemidactylus frenatus(Palembang)
0.047
0.000
0.000
0.044
0.000
0.041
0.000
0.000
Pembahasan
Keberadaan Hemidactylus frenatus di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan
Hemidactylus frenatus pada penelitian ini berhasil dikumpulkan dari 7
lokasi penangkapan di Indonesia yaitu didapatkan dari Tulungagung, Bogor,
Tasikmalaya, Padang, Palembang, Pontianak, dan Aceh. Hal tersebut sesuai
dengan pernyataan (Prawasti et al. 2013) bahwa cicak H. frenatus ditemukan di
Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Keberadaan populasi Hemidactylus frenatus
dalam (Tabel 3), membuktikan bahwa keberadaan populasi H. frenatus di Jawa,
Sumatera, dan Kalimantan dari tahun 1997 hingga 2016 saat ini populasinya tetap
ada (Bauer et al. 2010; Bansal dan Karanth 2010) menduga bahwa H. frenatus
berasal dari India dan menyebar luas di Asia Tenggara hingga Pasifik Tropika.
12
Tabel 4 Ditemukannya Hemidactylus frenatus di beberapa lokasi di Indonesia.
Tahun
Desember 1997
Juli 2000
Spesies
Cosymbotus
platyurus, Gehyra
mutilata,
Hemidactylus frenatus
Cosymbotus
platyurus, Gehyra
mutilata,
Hemidactylus frenatus
Total
Individu/Spesies
Lokasi
34 (3 spesies)
Lampung (Matsuo
dan Oku 2002)
26 (3 spesies)
2003
Cyrtodactylus
marmoratus, Gehyra
mutilata, H. frenatus
(3 spesies)
2007-2010
Hemidactylus
frenatus, H. garnotii,
Cosymbotus platyurus
448 (3 spesies)
Lampung (Matsuo
dan Oku 2002)
Taman Nasional
Gunung Halimun
(TNGH) Sukabumi
(Kurniati 2003).
Sumatera, Jawa,
Kalimantan,
Sulawesi, Maluku,
Papua, Nusa
Tenggara (Prawasti
et al. 2013).
Kemampuan Adaptif H. frenatus dengan Lingkungan Manusia
Hemidactylus frenatus memiliki cakar jari tangan dan jari kaki disertai
bantalan setae yang dapat memungkinkan H. frenatus untuk dapat melekat
diberbagai permukaan (Greer 1989; Zani 2000), dan merupakan penjelajah yang
cepat serta aktif dalam mengejar mangsanya (Case et al. 1994; Petren dan Case
1996). Kemampuan unggul H. frenatus dalam mencari makan menjadikan dirinya
mampu bersaing dengan cicak jenis lainnya seperti Lepidodactylus lugubris, baik
di alam maupun di lingkungan buatan manusia (Petren dan Case 1996; Cole et al.
2005; Hoskin 2011).
Cicak H. frenatus merupakan hewan yang memiliki kecepatan dalam
perkembangan populasi (kolonisasi), berdasarkan sifatnya sebagai omnivora dan
kemampuan betinanya yang dapat menyimpan sperma hingga selama satu tahun,
H. frenatus dapat menjaga keberadaan populasinya tetap mudah ditemui di sekitar
lingkungan manusia (Meshaka 2000; Yamamoto dan Ota 2006).
Hemidactylus frenatus banyak ditemukan di tempat tinggal manusia
terutama di rumah, gedung, dan bangunan lain (dinding luar rumah, halaman)
yang banyak menggunakan lampu atau tersoroti lampu terang penerang (cahaya),
seperti terdapat di daerah perkotaan dan pinggiran kota (nonsynanthropic)
(Shochat et al. 2010). Sumber makanan yang banyak ditemukan di sekitar lampu
menjadikan alasan untuk keberadaan H. frenatus, dan mangsa yang biasa
diburunya seperti Diptera, Coleoptera, Araneaea, Hymenoptera, Homoptera, dan
Lepidoptera (Newbery dan Jones 2007). Selain keahliannya dalam memangsa
13
serangga, H. frenatus juga dapat memakan makanan berbahan dasar madu dan
gula, dan makanan sejenis itupun bisa didapatkannya di lingkungan tempat tinggal
manusia, seperti di dapur-dapur rumah dan tempat lainnya, H. frenatus dapat
memakan remah-remah roti, dan gula-gula yang terdapat dalam kue (Cole et al.
2005; Dame dan Petren 2006; Hughes et al. 2015).
Peran Manusia terhadap Keberadaan H. frenatus
Jesus et al. 2001 menduga bahwa kelompok-kelompok cicak berpindah
antar pulau melalui kegiatan manusia, hal ini bisa dilihat dalam penelitian ini
secara letak geografis antara pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan, tidak
memungkinkan H. frenatus menyeberangi lautan tanpa campur tangan manusia,
dengan begitu artinya H. frenatus tidak mengalami pola persebaran zoogeografi.
Hubungan genetik yang dekat diantara sampel pada (Tabel 2) salah satu bukti ada
keterlibatan manusia dalam perpindahannya, hal tersebut sesuai dengan
pernyataan Kurniati 2003, bahwa kelompok binatang amfibi dan reptilia
merupakan kelompok yang penyebaran alaminya sangat dipengaruhi oleh
penghalang berupa laut atau pegunungan tinggi. Secara pasif, kelompok binatang
ini dapat menyebar dan menembus penghalang karena aktivitas manusia. H.
frenatus terus menerus berkembang menjalani distribusi yang didorong oleh
gerakan manusia dan perubahan habitat alami (Antropogenik) (Brown et al. 2002;
Cole et al. 2005)
Menke (2003) menyatakan bahwa kegiatan manusia menimbulkan
perubahan vegetasi dan memicu perpindahan berbagai spesies. Beberapa spesies
seperti cicak Hemidactylus yang memiliki ukuran telur dan tubuh yang relatif
kecil, dapat ikut berpindah dengan perekat di tubuhnya menempelkan tubuhnya di
kayu bangunan yang dikirim melalui jasa pengiriman barang (Case et al. 1994;
Platenberg 2007; Newbery dan Jones 2007), hal itupun dapat terjadi pada
penelitian ini, dengan keberadaan H. frenatus yang memiliki kekerabatan yang
dekat dimungkinkan dijembatani pula oleh aktifitas perdagangan antar pulau yang
sudah dilakukan oleh manusia sejak tahun 1929. Aktivitas perdagangan antar
pulau tersebut meliputi pulau Sumatera, Surabaya, Aceh dan seluruh indonesia,
adapun barang yang diperdagangkan antar pulau tersebut dapat seperti bahan
pangan beras, gula, kopi, tembakau, atau bahan bangunan seperti kayu (Dick
1995).
14
4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Hemidactylus frenatus pada pohon filogenetik berdasarkan gen 12S rRNA
pada Hemidactylus frenatus Bogor, Cina, Tulungagung, Pontianak, dan Palembang
memiliki nilai jarak genetik sebesar 0,000 didukung dengan nilai bootstrap 100%
yang berarti bahwa sekuens dari kelima individu adalah identik. Jarak genetik H.
frenatus asal Bogor, Cina, Tulungagung, Pontianak, dan Palembang tidak bisa
dibedakan atau ˜ 0. Ini membuktikan bahwa H. frenatus antara lokasi tersebut
sudah terjadi migrasi. Jarak genetik H. frenatus Padang dengan Tasikmalaya
sebesar 0,005, dan nilai Jarak genetik pada H. frenatus Tasikmalaya dengan Bogor
sebesar 0,047 memiliki hubungan kekerabatan dekat.
Saran
Penelitian selanjutnya perlu dilakukan penambahan lokasi sampel dan
penambahan jenis hemidactylus lainnya dalam famili gekkonidae di Indonesia,
untuk melihat dan mengetahui hubungan kekerabatannya.
15
DAFTAR PUSTAKA
Brown S, Lebrun R, Yamasaki J, Ishii TD. 2002. Indirect competition between a
resident unisexual and an invading bisexual gecko. Behaviour. 139: 11611173.
Bauer Am, Jackman TR, Greenbaum E, Giri VB, Silva AD. 2010. South Asia
supports a major endemic radiation of Hemidactylus geckos. Mol.
Phylogenet. Evol. 57: 343-352.
Bansal R, Karanth KP. 2010. Molecular phylogeny of Hemidactylus geckos
(Squamata: Gekkonidae) of the Indian subcontinent reveals a unique Indian
radiation and an Indian origin of Asian house geckos. Mol. Phylogenet.
Evol. 57: 459-465.
Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH. 2009. An effective method for silverstaining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem. 385:
174-175.
Case TJ, Bolger DT, Petren K. 1994. Invasions and competitive displacement
among house geckos in the tropical Pacific. Ecology. 75: 464-477.
Carranza S, Arnold EN. 2006. Systematics, biogeography, and evolution of
Hemidactylus geckos (Reptilia: Gekkonidae) elucidated mitochondrial DNA
sequences. Mol. Phylogenet. Evol. 38: 531-545.
Cole NC, Jones CG, Harris S. 2005. The need for enemy-free space: The impact
of an invasive gecko on island endemics. Biological Conservation. 125:
467-474.
Csurhes S, Markula A. 2009. Pest animal risk assessment: Asian house gecko
Hemidactylus frenatus. Biosecurity Queensland. 09: 3-8.
Dick H.1995. The Transformation of Comparative Advantage: East Java 19201990s. Economic Studies. 31(1):41-71.
Dame EA, Petren K. 2006. Behavioural
mechanisms of invasion and
displacement in Pacific island geckos (Hemidactylus). Animal Behaviour.
71: 1165-1173.
Das I. 2010. A Field Guide to The Reptiles Of South-East Asia. New Holland
Publishers, London.
Greer AE. 1989. The Biology and Evolution of Australian Lizards. Surrey Beatty,
Sydney. 43-45.
Higgins D, Thompson J, Gibson T, Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. 1994.
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence
alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and
weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22:4673-4680.
Hoskin CJ. 2011. The Invasion and Potential Impact of the Asian House Gecko
(Hemidactylus frenatus ) in Australia. Austral Ecology. 36: 240–251.
Hughes DF, Meshaka WEJR, Buurt GV. 2015. The Superior Colonizing Gecko
Hemidactylus mabouia on Curac ao: Conservation Implications for the
Native Gecko Phyllodactylus martini. J Herpetol. 49(1):60-63.
Jesus J, Brehm A, Pinheiro M, Harris DJ. 2001. Relationships of Hemidactylus
(Reptilia: Gekkonidae) from the Cape Verde Islands: What mitochondrial
DNA data indicate. J Herpetol. 35:672-675.
16
Kurniati H. 2003. Amphibians and Reptiles of Supiori Nature Reserve, BiakNumfor:Korido and Its Surrounding Area. Balai Zoologi-Puslit BiologiLIPI. 6 (5).
Mack RN, Simberloff D, Lonsdale WM, Evans H, Cllout M, Bazzaz FA. 2000.
Biotic Invasions: Causes, Epidemiology, Global Consequences, and
Control. Ecological Applications. 10 (3): 689-710.
Meshaka WEJR. 2000. Colonization dynamics of two exotic geckos
(Hemidactylus garnotii and H. mabouia) in Everglades National Park. J
Herpetol. 34:163-168.
Matsuo K, Oku Y. 2002. Endoparasites of three species of house geckoes in
Lampung, Indonesia. J Helminthology. 76:53–57.
Menke SB. 2003. Lizard community structure across a grassland-creosote bush
ecotone in the Chihuahuan Desert. Can J Zool. 81:1829-1838.
Newbery B, Jones DN. 2007. Presence of Asian House Gecko Hemidactylus
frenatus across an urban gradient in Brisbane: influence of habitat and
potential for impact on native gecko species. Royal Zoological Society of
New South Wales, Mosman Australia. 59-65.
O’Shea M, Sanchez C, Heacox S, Kathriner A, Carvalho VL, Ribeiro AV, Soares
ZA, Araujo LLD, Kaiser H. 2012. First Update to Herpetofaunal Records
from Timor-Leste. Asian Herpetol Research. 3(2): 114-126.
Petren K, Case TJ. 1996. An experimental demonstration of exploitation
competition in an ongoing invasion. Ecology. 77: 118-132
Platenberg RJ. 2007. Impacts Of Introduced Species On An Island Ecosystem:
Non-Nnative Reptiles and Amphibians In The Us Virgin Islands.USA
University of Nebraska–Lincoln.
Prawasti TS, Farajallah A, Raffiudin R. 2013. Three Species of Ectoparasite Mites
(Acari: Pterygosomatidae) Infested Geckos in Indonesia. J Hayati. 20(2):
80-88.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T.1989.Molecular Cloning:A laboratory
manual.New York : Cold Spring Harbour Laboratory Press.
Shochat E, Lerman SB, Anderies JM, Warren PS, Faeth SH, Nilon CH. 2010.
Invasion, competition, and biodiversity loss in urban ecosystems.
Bioscience. 60:199–208. doi:10.1525/bio.2010.60.3.6
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary
genetics analysis (MEGA) software version 5.0. Mol. Biol. Evol. 24: 15961599.
Uetz P, Hošek J. 2016 (eds.), The Reptile Database, http://www.reptiledatabase.org, diakses 17 Apr 2016.
Yamamoto Y, Ota H. 2006. Long-term Functional Sperm Storage by a Female
Common House Gecko, Hemidactylus frenatus, from the Ryukyu
Archipelago, Japan. Current Herpetol. 25(1): 39-40.
Zani PA. 2000. The comparative evolution of lizard claw and toe morphology and
clinging performance. J Evol. Biol. 13:316–25.
Zug GR, Kaiser H. 2014. A new species of four-toed skink (Squamata: Scincidae:
Carlia peronii species group) from Pulau Sukur, Indonesia, and
biogeographic notes on the herpetofauna of Flores and Komodo.
Proceedings of the Biological Society of Washington 126(4): 379-392, doi:
10.2988/0006-324X-126.4.379.
17
LAMPIRAN
18
Lampiran 1 Tabel 5 Hemidactylus frenatus dan data Genbank yang digunakan
dalam penelitian ini
No
Spesies
Kode
Spesimen
Tempat
Koleksi
No Aksesi
GenBank
1
Hemidactylus frenatus
-
Cina
GQ245970
2
Hemidactylus frenatus
8.1B
Pontianak
3
Hemidactylus frenatus
9.1B
Palembang
4
Hemidactylus frenatus
1.2A
Bogor
5
Hemidactylus frenatus
5.3A
Tulungagung
6
Hemidactylus frenatus
4.1B
Padang
7
Hemidactylus frenatus
1.1L
Tasikmalaya
8
Hemidactylus frenatus
6.1H
Aceh
19
Lampiran 2 Tabel 6 Data spesimen yang digunakan dalam penelitian
No
Kode
Spesimen
Tanggal
Koleksi
Tahun
Kabupaten
Provinsi
Tempat
Pengambilan
Alamat
Lokasi
Kolektor
1
1.1L
10-Jan
2016
Tasikmalaya
Jawa Barat
Rumah
Jl.Rahayu 1
Tamansari,Gobras,
Teteng
2
8.1B
02-Mar
2016
Pontianak
Kalimantan
Barat
Rumah
Desa Sungai
Malaya,kec. Sungai
ambawang
M. Yusuf
3
9.1B
28-Jan
2016
Palembang
Sumatera
Selatan
Rumah
JL.Lintas
Sumatera/kel.sungai
Tuha jaya
Yanti A
4
1.2A
11-Jan
2016
Bogor
Jawa Barat
Pemukiman
Dramaga
Cepi N
5
5.3A
25-Jan
2016
Tulungagung
Jawa
Timur
Rumah
Kel.kauman
Maulana S
6
4.1B
15-Jan
2016
Padang
Sumatera
Barat
Rumah
Payakumbuh
Roshi
7
6.1H
30-Jan
2016
Aceh singkil
Sumatera
Utara
Rumah
Gunung meriah
Maslim
20
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Kota Bandung, Jawa Barat pada tanggal 18 Juni 1989
sebagai putri pertama dari pasangan Slamet dan Ati Persinawati. Pendidikan sarjana
ditempuh di Jurusan Penididkan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati Bandung, dan lulus pada tahun
2011. Pada tahun 2012 penulis melanjutkan pendidikan magister sains di Program
Studi Biosains Hewan, Departemen Biologi pada Program Pascasarjan.
Selama menempuh Program Pascasarjana S-2, penulis juga Pra Submite Artikel
dengan judul Hubungan Kekerabatan Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan, di Jurnal Sumber Daya Hayati
16-2-1-2016.
(SQUAMATA; GEKKONIDAE) DI JAWA,
SUMATERA, DAN KALIMANTAN
ZENI FAJRIYAH
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Hubungan Kekerabatan
Hemidactylus frenatus (Squamata; Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan
Kalimantan adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan
belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, September 2016
Zeni Fajriyah
NIM G352120181
RINGKASAN
ZENI FAJRIYAH. Hubungan Kekerabatan Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan. Dibimbing oleh ACHMAD
FARAJALLAH dan DYAH PERWITASARI.
Hemidactylus merupakan salah satu genus dari famili Gekkonidae. Salah
satu anggota spesiesnya adalah Hemidactylus frenatus. Hemidactylus frenatus
merupakan cicak yang banyak dijumpai berada di sekitar manusia terutama di
rumah, gedung, dan bangunan lain. Penyebaran H. frenatus di Indonesia sangat
luas, dan dapat ditemukan di seluruh pulau yang berpenghuni di Indonesia, seperti
di Jawa, Sumatera dan Kalimantan. Keberadaan H. frenatus yang luas tersebut
perlu dilakukannya penelitian mengenai hubungan kekerabatan H. frenatus
khususnya di Jawa, Sumatera dan Kalimantan, karena hingga saat ini Informasi
pola penyebaran H. frenatus di Indonesia masih belum tersedia.
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kekerabatan Hemidactylus
frenatus di Jawa, Sumatera dan Kalimantan menggunakan gen 12S rRNA genom
mitokondria. Penelitian dilakukan di Laboratorium Molekuler Hewan bagian
Fungsi dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi FMIPA IPB pada bulan JanuariMei 2016. Sampel dari famili Gekkonidae dikoleksi dari 7 lokasi di Indonesia,
yaitu Tasikmalaya, Bogor, Tulungagung, Aceh, Padang, Palembang, dan
Pontianak. Jaringan otot cicak diambil dari kaki belakang bagian ventral.
Spesimen voucher cicak diawetkan pada alkohol 70%. Ekstraksi dan isolasi DNA
total menggunakan metode fenol kloroform.
Rekonstruksi pohon filogenetik Hemidactylus frenatus berdasarkan gen 12S
rRNA diperoleh nilai jarak genetik 0,000 yang dimiliki oleh Hemidactylus
frenatus Bogor, Cina, Tulungagung, Pontianak, dan Palembang yang didukung
dengan nilai bootstrap 100% yang berarti bahwa sekuens dari kelima individu adalah
sama persis identik. Nilai jarak genetik Hemidactylus frenatus Padang dengan
Tasikmalaya sebesar 0,005 dengan hubungan kekerabatan dekat, dan nilai jarak
genetik pada H. frenatus Tasikmalaya dengan Bogor sebesar 0,047 artinya memiliki
kekerabatan cukup dekat. Hubungan kekerabatan yang dekat pada H. frenatus
dalam penelitian ini diduga disebabkan oleh kegiatan manusia, salah satunya
aktivitas perdagangan antar pulau.
Kata kunci: Hemidactylus frenatus, Bootstrap, jarak genetik.
SUMMARY
ZENI FAJRIYAH. Relations the Family Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) in Java, Sumatra, and Borneo. Supervised by ACHMAD
FARAJALLAH and DYAH PERWITASARI.
Hemidactylus is one genus of the family Gekkonidae. One member of the
species is Hemidactylus frenatus. Hemidactylus frenatus is often found to be
around humans, especially in homes, buildings, and other buildings. The spread of
H. frenatus in Indonesia is very broad, and can be found all over the inhabited
islands, such as in Java, Sumatra, and Kalimantan. Up to now information
regarding distribution pattern of H. frenatus is unsufficient. therefore study
focusing on relationship between H.frenatus distributed in Java, Sumatra, and
Kalimantan was needed to be performed.
This study aimed to analyze at the relations hips of Hemidactylus frenatus
from Java, Sumatra, and Kalimantan using 12S rRNA gene of DNA
mitochondrial. The study was conducted at the Molecular laboratory, Division of
Animal Function and Behavior, Department of Biology, Bogor Agricultural
University during January-May 2016. Samples of the family Gekkonidae were
collected from 7 locations in Indonesia, namely Tasikmalaya, Bogor,
Tulungagung, Aceh, Padang, Palembang, and Pontianak. Hemidactylus frenatus
muscle tissue is taken from the ventral part of the hind legs. Hemidactylus
frenatus voucher specimens were preserved in alcohol 70%. Extraction and
isolation of total DNA using phenol-chloroform method.
Reconstruction of phylogenetic tree based of 12S rRNA mt DNA gene
revealed that genetic distances of H. frenatus were 0,000, from Bogor, China,
Tulungagung, Pontianak and Palembang was supported by the bootstrap value
(100 %) and meant that all sequences was identical. Genetic distances of
Hemidactylus frenatus originated from Padang and Tasikmalaya, Tasikmalaya
and Bogor were 0,005 and 0,047. It Indicated that they had closely relationship.
This situation might be resulted from human activities such as inter-island trading.
Keywords: Hemidactylus frenatus, Bootstrap, genetic distance.
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2016
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
HUBUNGAN KEKERABATAN Hemidactylus frenatus
(SQUAMATA; GEKKONIDAE) DI JAWA,
SUMATERA, DAN KALIMANTAN
ZENI FAJRIYAH
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Biosains Hewan
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr Berry Juliandi, M.Si
Judul Tesis : Hubungan Kekerabatan Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.
Nama
: Zeni Fajriyah
NIM
: G352120181
Disetujui oleh
Komisi Pembimbing
Dr Ir Achmad Farajallah, MSi
Ketua
Dr Ir RR Dyah Perwitasari, MSc
Anggota
Diketahui oleh
Ketua Program Studi Biosains Hewan
Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr Ir RR Dyah Perwitasari, MSc
Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr
Tanggal Ujian :
20 September 2016
Tanggal Lulus :
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Alloh Subhanahu Wa Ta’ala atas
segala karunia-Nya. Shalawat dan salam kita ucapkan kepada Nabi Muhammad
Shallallahu Alaihi Wasallam sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema
yang diangkat dalam karya ilmiah ini adalah Hubungan Kekerabatan Hemidactylus
frenatus (Squamata; Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.
Dalam penulisan karya ilmiah ini tidak lepas dari bantuan, bimbingan, dan
dukungan berbagai pihak, sehingga sepenuh hati penulis ingin menyampaikan ucapan
terima kasih kepada:
1. Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si. dan Dr. Ir. RR. Dyah Perwitasari, M.Sc.
Komisi pembimbing yang telah memberikan arahan dan masukan
dalam penyusunan karya ini
2. Kepada Dr. Ir. RR. Dyah Perwitasari, M.Sc. Ketua program studi
Biosains Hewan.
3. Bapak Adi Surahman dan Ibu Tini Wahyuni yang banyak membantu dalam
penyediaan alat dan bahan laboratorium.
4. Rekan-rekan BSH 2012-2015, yang telah memberikan bantuan, dukungan
dan motivasi selama perkuliahan dan penelitian berlangsung
5. Kepada para kolektor: Teteng; M.Yusuf; Yanti A M.Si; Cepi N S.Sos;
Maulana S.Si; Roshi M.Si; Maslim M.Si; Phika M.Si; Vita DS yang telah
banyak membantu.
6. Kedua orang tua ayahanda Drs Slamet M.Pd dan ibunda Ati Persinawati
S.Pd, suami Cepi Nasrulloh S.Sos, putri Malika Zeina N, serta seluruh
keluarga besarku, dan teman-teman yang telah memberi dukungan dan doa
kepada penulis.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, September 2016
Zeni Fajriyah
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vi
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vi
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian
1
1
2
2
BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Koleksi dan Identifikasi Sampel
Ekstraksi dan Isolasi DNA
Amplifikasi (Perbanyakan) Ruas DNA
Visualisasi Perbanyakan Ruas DNA
Perunutan (Squencing) DNA Produk PCR
3
3
3
3
3
4
5
HASIL DAN PEMBAHASAN
6
Identifikasi morfologi cicak H. frenatus di 7 lokasi di Indonesia
8
Karateristik dan Komposisi Sekuens H. frenatus Berdasarkan
Gen 12S rRNA
9
Analisis Filogenetik Berdasarkan Gen 12S rRNA
9
Keberadaan Hemidactylus frenatus di Jawa, Sumatera dan Kalimantan 11
Kemampuan adaptif Hemidactylus frenatus dengan lingkungan manusia 12
Peran manusia terhadap keberadaan Hemidactylus frenatus
13
SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran
14
14
14
DAFTAR PUSTAKA
15
LAMPIRAN
17
RIWAYAT HIDUP
20
DAFTAR TABEL
1 Lokasi Pengambilan Sampel
2 Pengukuran bobot badan (BB) dan bagian-bagian ukuran tubuh dari
hemidactylus frenatus dari 7 lokasi di Indonesia
3 Jumlah Perbedaan Nukleotida (bawah diagonal) dan jarak genetik (atas
diagonal)
4 Ditemukannya Hemidactylus frenatus di beberapa lokasi di indonesia
5 Hemidactylus frenatus dan data Genbank yang digunakan dalam
penelitian
6 Data spesimen yang digunakan dalam penelitian
3
8
11
12
18
19
DAFTAR GAMBAR
1 Hemidactylus frenatus dari pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan
2 Visualisasi hasil PCR berdasarkan gen 12S rRNA
3 Pohon Filogenetik menggunakan analisis Neighbour-joinning
6
9
10
DAFTAR LAMPIRAN
1 Hemidactylus frenatus dan data GenBank yang digunakan dalam
penelitian
2 Data Spesimen yang digunakan dalam penelitian
18
19
1
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Hemidactylus merupakan salah satu genus dari famili Gekkonidae yang
memiliki anggota spesies yang banyak dan memiliki penyebaran yang luas
dibandingkan anggota genus Gekkonidae lainnya (Bansal dan Karanth 2010).
Pada saat ini dalam database reptil telah diketahui terdapat 137 spesies
Hemidactylus di dunia (Uetz dan Hosek 2016). Hemidactylus yang ditemukan di
Indonesia antara lain; H. frenatus, H. platyurus, H. brookii, H. garnotii (Matsuo
dan Oku 2002; Kurniati 2003; O’shea et al. 2012; Zug dan Kaiser 2014).
Hemidactylus frenatus ditemukan di beberapa bagian benua Asia (Bauer et al.
2010), seperti di India selatan, Bangladesh, Indo-China, Thailand, Malaysia,
Indonesia, dan Filipina (Csurhes dan Markula 2009), sedangkan di Indonesia H.
frenatus bisa ditemukan di Sumatera, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi (Prawasti
et al. 2013).
Ciri utama H. frenatus yaitu tubuh bagian dorsal berwarna putih abu-abu
sampai coklat, memiliki panjang tubuh 7,5-15 cm, ekor bulat memanjang dengan
enam sisik tuberkal. H. frenatus jantan umumnya memiliki panjang dan berat
tubuh lebih besar dari H. frenatus betina (Csurhes dan Markula 2009).
Meshaka (2000) menyatakan bahwa cicak merupakan hewan yang memiliki
kecepatan dalam perkembangan populasi (kolonisasi). H. frenatus ini berdasarkan
sifatnya sebagai omnivora dan kemampuan betinanya yang dapat menyimpan
sperma hingga selama satu tahun dan ini merupakan salah satu faktor dalam
membantu keberhasilan invasi suatu spesies di suatu tempat (Yamamoto dan Ota
2006). Keberadaan H. frenatus di lingkungan manusia didukung oleh keadaan
alam yang telah diubah manusia (antropogenik), yang menyebabkan populasi H.
frenatus banyak ditemukan di sekitar tempat manusia (Mack et al. 2000; Brown et
al 2002; Cole et al. 2005; Shochat et al. 2010). Hemidactylus merupakan
golongan reptil yang sangat akrab dengan kehidupan manusia dan banyak
ditemukan hidup di lingkungan atau habitat yang dipengaruhi oleh kegiatan
manusia, dan dikenal sebagai spesies komensal (Carranza dan Arnold 2006).
Hemidactylus frenatus ditemukan di rumah dan bangunan lainnya seperti di
dinding, tembok, langit-langit, terutama dekat lampu. H. frenatus ini dapat
memangsa berbagai jenis serangga kecil dan laba-laba yang berada mendekati
cahaya lampu, juga dapat memangsa cicak kecil dan telurnya sendiri. Selain itu H.
frenatus dapat mengkonsumsi makanan berbahan dasar madu dan gula yang dapat
diperolehnya di lingkungan tempat tinggal manusia (Cole et al. 2005; Dame dan
Petren 2006; Hughes et al. 2015). Sampai saat ini keberadaan H. frenatus di
indonesia belum ada yang mengkaji hubungan kekerabatannya, khususnya di
Jawa, Sumatera, dan Kalimaantan. Oleh karena itu dalam penelitian ini ditujukan
untuk melihat kekerabatan H. frenatus di beberapa wilayah di Indonesia yang
meliputi pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.
2
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kekerabatan
Hemidactylus frenatus di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan, dengan menggunakan
gen 12S rRNA genom mitokondria.
Manfaat Penelitian
Penelitian ini diharapkan dapat menjadi informasi data jarak genetik untuk
penelitian selanjutnya, khususnya bagi penelitian genus lain dari famili
Gekkonidae di Indones
3
2 BAHAN DAN METODE
Waktu danTempat Penelitian
Penelitian dilaksanakan pada bulan Januari-Mei 2016 di Laboratorium
Molekuler Hewan bagian Fungsi dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi
FMIPA Institut Pertanian Bogor.
Koleksi dan Identifikasi Sampel
Sampel dari Famili Gekkonidae di koleksi dari 7 lokasi di Indonesia, antara
lain;
Tabel 1 Lokasi Pengambilan Sampel
No
Lokasi/Kota
Provinsi
1
Tasikmalaya
Jawa Barat
2
Bogor
Jawa Barat
3
Tulungagung
Jawa Timur
4
Palembang
Sumatera Selatan
5
Padang
Sumatera Barat
6
Aceh Singkil
Sumatera Utara
7
Pontianak
Kalimantan barat
Sampel yang didapatkan berasal dari hasil tangkapan para kolektor di 7
lokasi di Indonesia. Koleksi cicak diambil pada bulan Januari-Maret 2016. Sampel
jaringan otot cicak Hemidactylus frenatus diambil dari bagian kaki belakang pada
bagian ventral, sampel jaringan dan spesimen cicak diawetkan pada alkohol 70%.
Identifikasi sampel Hemidactylus frenatus dilakukan dengan cara melihat
beberapa ciri morfologi (Das 2010).
Ekstraksi dan Isolasi DNA
Ekstraksi dan isolasi DNA menggunakan metode Fenol Cloroform Isolasi
DNA total dilakukan mengikuti metode Sambrook (1989). Jaringan cicak (± 30
4
mg) dalam tube eppendorf berukuran 1,5 ml dicuci dengan 300-500 µl buffer DW
atau buffer TE sebanyak dua kali (sentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm ± 20
menit). Sampel jaringan yang telah dicuci kemudian dipotong kecil-kecil
menggunakan gunting dalam buffer satu kali STE 300 µl. Sel-sel otot dilisis
dengan menambahkan SDS sampai 10% sebanyak 50 µl dan enzim Proteinase-K
sebanyak 10-20 µl. Campuran tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 55o C
selama 1-2 jam sambil dikocok perlahan.
Material DNA dipisahkan dari material organik lainnya dengan metode
fenol, yaitu dengan menambahkan larutan fenol sebanyak 400 µl, 5M NaCl
sebanyak 400 µl, dan kloroform-isoamil alkohol (CIAA) sebanyak 400 µl.
Campuran tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang sambil dikocok pelan
selama 1 jam. Bahan organik yang masuk ke fase fenol dipisahkan dari fase air
dengan sentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm selama 5 menit. Fase air kemudian
dipindahkan ke tabung baru (eppendorf baru). Molekul DNA diendapkan dengan
sentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm selama 5 menit. Endapan DNA yang
diperoleh kemudian dicuci dengan ETOH 70% 2x volume (Sentrifugasi dengan
kecepatan 5000 rpm selama 5 menit). Molekul DNA diendapkan kembali
kemudian disuspensikan dalam buffer TE 80% dan disimpan dalam freezer untuk
digunakan lebih lanjut.
Amplifikasi (Perbanyakan) Ruas DNA
Ruas DNA diamplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
menggunakan mesin ESQO 2. Primer yang digunakan adalah AF05
(5’ACTGGGATTAGATACCCCACTAT) dan menggunakan primer AF07
(5’ATGTTTTTGGTAAACAGGCG). Reaksi PCR dilakukan dalam volume 25μl
dengan komposisi 0,001 mg/ml DNA Template, Nuclease Water 0,095 mg/ml,
Primer Forward dan Revers masing-masing 0,001 mg/ml, Gotaq Green Master
Mix 0,0125 mg/ml.
Amplifikasi DNA dilakukan dalam kondisi suhu pre-denaturasi dengan suhu
940C selama 2 menit, dilanjutkan dengan 30 siklus yang terdiri dari denaturasi
dengan suhu 940C selama 45 detik, penempelan dengan suhu 550C selama 1
menit, pemanjangan dengan suhu 720C selama 1 menit, pemanjangan akhir
dengan suhu 720C selama 5 menit, dan pendinginan dengan suhu 150C selama 20
detik.
Visualisasi Perbanyakan Ruas DNA
Amplikon diuji menggunakan metode elektroforesis gel poliakrilamid
(PAGE) 6% yang dijalankan pada tegangan 200 V selama 35 menit atau sampai
pewarna bromethymol blue mencapai bagian bawah gel. Setelah pemisahan
elektroforesis, pita-pita DNA divisualisasi dengan pewarnaan perak (silver
staining) (Byun et al. 2009).
5
Perunutan (Sequencing) DNA Produk PCR
Perunutan merupakan tahap akhir untuk memperoleh data runutan
nukleotida dari ruas DNA amplikon. Perunutan DNA dilakukan menggunakan
jasa pelayanan sekuensing dari PT. Genetic Science Indonesia. Perunutan tersebut
dilakukan menggunakan pasangan primer yang digunakan pada saat PCR. Hasil
perunutan nukleotida diedit secara manual berdasarkan kromatogram dan
dibandingkan dengan gen yang homolog yang ada di database genbank, yaitu
GQ245970 H. frenatus (Cina), dan DQ120466 H. platyurus (Barcelona).
Pensejajaran urutan nukleotida menggunakan Clustal W (Higgins et al. 1994)
yang terdapat dalam program MEGA versi 5.00 (Tamura et al. 2011). Analisis
jumlah perbedaan nukleotida, jarak genetik dilakukan dengan model Kimura 2
Parameter (K2P) berdasarkan metode Neighbor Joining. Analisis bootstrap 1000
kali dilakukan untuk menguji tingkat kepercayaan dari sebuah titik cabang dalam
topologi pohon filogeni.
6
3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Hemidacylus frenatus dari pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan:
a) Hemidactylus frenatus (Pontianak)
b) Hemidactylus frenatus (Tulungagung)
c) Hemidactylus frenatus (Palembang)
7
d) Hemidactylus frenatus (Aceh)
e) Hemidactylus frenatus (Padang)
f) Hemidactylus frenatus (Tasikmalaya)
8
g) Hemidactylus frenatus (Bogor)
Gambar 1 Hemidactylus frenatus di 7 lokasi di Indonesia; a). Pontianak, b).
Tulungagung, c). Palembang, d). Aceh, e). Padang, f). Tasikmalaya,
g). Bogor.
Identifikasi morfologi cicak Hemidactylus frenatus di 7 lokasi di Indonesia
Cicak yang dikoleksi dari para kolektor berjumlah 95 ekor. Identifikasi
beberapa ciri morfologi dilalukan untuk memastikan dan mensortir spesies
Hemidactylus frenatus sebelum menggunakannya dalam analisis molekuler.
Hemidactylus frenatus yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 7 ekor cicak
dari 7 lokasi di Indonesia, yaitu diperoleh dari Tasikmalaya, Bogor, Tulungagung,
Palembang, Padang, Aceh, dan Pontianak.
Tabel 2 Pengukuran bobot badan (BB) dan bagian-bagian ukuran tubuh dari
hemidactylus frenatus dari 7 lokasi di Indonesia.
Karakter
Tasikmalaya
Bogor
Tulungagung
Palembang
Padang
Aceh
Pontianak
BB (g)
2,52
2,63
2,54
2,72
2,55
2,61
2,60
DM (mm)
3,25
3,05
3,32
3,41
3,37
3,29
3,10
PB-K (mm)
45,15
46,35
46,10
47,05
45,50
48,25
47,18
PE (mm)
45,05
43,46
42,20
42,25
44,30
46,27
45,45
LK (mm)
9,65
9,55
9,70
9,75
9,71
9,60
9,50
LB (mm)
9,82
9,75
9,72
9,85
9,65
9,75
9,62
TB (mm)
6,56
7,10
7,25
6,85
6,95
7,05
6,91
Keterangan : Bobot badan (BB), Diameter mata (DM), Panjang badan-kepala (PB-K), Panjang
ekor (PE), Lebar kepala (LK), Lebar badan (LB), Tinggi badan (TB).
9
Hasil PCR
Gambar 2 Visualisasi hasil PCR berdasarkan
diamplifikasi sebesar ± 650 bp
Tasikmalaya, (1.2A) Bogor, (4.1B)
Pontianak, (9.1B) Palembang, (5.3A)
-AF06 100 bp.
gen 12S rRNA yang berhasil
: M (Marker) =1µl, (1.1L)
Padang, (6.1H) Aceh, (8.1B)
Tulungagung. M: marker AF05
Karateristik dan Komposisi Sekuens H. frenatus Berdasarkan Gen 12S rRNA
Analisis gen 12S rRNA yang dianalisis terdiri dari 7 sekuens dengan
pensejajaran sebesar 392 bp, yaitu 314 bp conserve site,18 bp variable site, dan 13
parsimony informative.
Analisis Filogenetik Berdasarkan Gen 12S rRNA
Konstruksi filogenetik Hemidactylus frenatus berdasarkan gen 12S rRNA
terdapat kelompok yang paling menonjol yaitu kelompok dengan nilai bootstrap
100% diantaranya; H. frenatus (Tulungagung), (Pontianank), GQ245970 (Cina),
(Bogor), dan (Palembang) (Gambar 3).
10
Gambar 3 Pohon Filogenetik menggunakan analisis Neighbour–joinning.
Bootstrap 100% berada di kelompok Hemidactylus frenatus berasal
dari daerah Tulungagung, Pontianank, GQ245970 Cina, Bogor, dan
Palembang.
Nilai jarak genetik yang paling rendah pada penelitian ini dengan nilai 0,000
dimiliki oleh H. frenatus Bogor dengan GQ245970 Cina, Bogor dengan
Tulungagung, GQ245970 Cina dengan Tulungagung, Bogor dengan Pontianak,
GQ245970 Cina dengan Pontianak, Tulungagung dengan Pontianak, Bogor
dengan Palembang, GQ245970 Cina dengan Palembang, Tulungagung dengan
Palembang, Pontianak dengan Palembang. Nilai jarak genetik Padang dengan
Tasikmalaya sebesar 0,005. Nilai jarak genetik Tasikmalaya dengan Bogor,
Tasikmalaya dengan GQ245970 Cina, Tasikmalaya dengan Tulungagung,
Tasikmalaya dengan Pontianak, Tasikmalaya dengan Palembang memiliki nilai
jarak genetik 0,047.
11
Tabel 3 Jumlah Perbedaan nukleotida (bawah diagonal) dan jarak genetik (atas
diagonal)
5
1
1. Hemidactylus frenatus(Tasikmalaya)
7
2
3
4
5
6
7
8
0.012
0.012
0.005
0.012
0.008
0.012
0.012
0.000
0.012
0.000
0.011
0.000
0.000
0.012
0.000
0.011
0.000
0.000
0.012
0.007
0.012
0.012
0.011
0.000
0.000
0.011
0.011
2. Hemidactylus frenatus(Bogor)
0.047
5. GQ245970_Hemidactylus frenatus (Cina)
0.047
0.000
7. Hemidactylus frenatus(Padang)
0.009
0.044
0.044
9. Hemidactylus frenatus(Tulungagung)
0.047
0.000
0.000
0.044
10 Hemidactylus. frenatus(Aceh)
0.021
0.041
0.004
0.018
0.041
11. Hemidactylus frenatus(Pontianak)
0.047
0.000
0.000
0.044
0.000
0.041
12. Hemidactylus frenatus(Palembang)
0.047
0.000
0.000
0.044
0.000
0.041
0.000
0.000
Pembahasan
Keberadaan Hemidactylus frenatus di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan
Hemidactylus frenatus pada penelitian ini berhasil dikumpulkan dari 7
lokasi penangkapan di Indonesia yaitu didapatkan dari Tulungagung, Bogor,
Tasikmalaya, Padang, Palembang, Pontianak, dan Aceh. Hal tersebut sesuai
dengan pernyataan (Prawasti et al. 2013) bahwa cicak H. frenatus ditemukan di
Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Keberadaan populasi Hemidactylus frenatus
dalam (Tabel 3), membuktikan bahwa keberadaan populasi H. frenatus di Jawa,
Sumatera, dan Kalimantan dari tahun 1997 hingga 2016 saat ini populasinya tetap
ada (Bauer et al. 2010; Bansal dan Karanth 2010) menduga bahwa H. frenatus
berasal dari India dan menyebar luas di Asia Tenggara hingga Pasifik Tropika.
12
Tabel 4 Ditemukannya Hemidactylus frenatus di beberapa lokasi di Indonesia.
Tahun
Desember 1997
Juli 2000
Spesies
Cosymbotus
platyurus, Gehyra
mutilata,
Hemidactylus frenatus
Cosymbotus
platyurus, Gehyra
mutilata,
Hemidactylus frenatus
Total
Individu/Spesies
Lokasi
34 (3 spesies)
Lampung (Matsuo
dan Oku 2002)
26 (3 spesies)
2003
Cyrtodactylus
marmoratus, Gehyra
mutilata, H. frenatus
(3 spesies)
2007-2010
Hemidactylus
frenatus, H. garnotii,
Cosymbotus platyurus
448 (3 spesies)
Lampung (Matsuo
dan Oku 2002)
Taman Nasional
Gunung Halimun
(TNGH) Sukabumi
(Kurniati 2003).
Sumatera, Jawa,
Kalimantan,
Sulawesi, Maluku,
Papua, Nusa
Tenggara (Prawasti
et al. 2013).
Kemampuan Adaptif H. frenatus dengan Lingkungan Manusia
Hemidactylus frenatus memiliki cakar jari tangan dan jari kaki disertai
bantalan setae yang dapat memungkinkan H. frenatus untuk dapat melekat
diberbagai permukaan (Greer 1989; Zani 2000), dan merupakan penjelajah yang
cepat serta aktif dalam mengejar mangsanya (Case et al. 1994; Petren dan Case
1996). Kemampuan unggul H. frenatus dalam mencari makan menjadikan dirinya
mampu bersaing dengan cicak jenis lainnya seperti Lepidodactylus lugubris, baik
di alam maupun di lingkungan buatan manusia (Petren dan Case 1996; Cole et al.
2005; Hoskin 2011).
Cicak H. frenatus merupakan hewan yang memiliki kecepatan dalam
perkembangan populasi (kolonisasi), berdasarkan sifatnya sebagai omnivora dan
kemampuan betinanya yang dapat menyimpan sperma hingga selama satu tahun,
H. frenatus dapat menjaga keberadaan populasinya tetap mudah ditemui di sekitar
lingkungan manusia (Meshaka 2000; Yamamoto dan Ota 2006).
Hemidactylus frenatus banyak ditemukan di tempat tinggal manusia
terutama di rumah, gedung, dan bangunan lain (dinding luar rumah, halaman)
yang banyak menggunakan lampu atau tersoroti lampu terang penerang (cahaya),
seperti terdapat di daerah perkotaan dan pinggiran kota (nonsynanthropic)
(Shochat et al. 2010). Sumber makanan yang banyak ditemukan di sekitar lampu
menjadikan alasan untuk keberadaan H. frenatus, dan mangsa yang biasa
diburunya seperti Diptera, Coleoptera, Araneaea, Hymenoptera, Homoptera, dan
Lepidoptera (Newbery dan Jones 2007). Selain keahliannya dalam memangsa
13
serangga, H. frenatus juga dapat memakan makanan berbahan dasar madu dan
gula, dan makanan sejenis itupun bisa didapatkannya di lingkungan tempat tinggal
manusia, seperti di dapur-dapur rumah dan tempat lainnya, H. frenatus dapat
memakan remah-remah roti, dan gula-gula yang terdapat dalam kue (Cole et al.
2005; Dame dan Petren 2006; Hughes et al. 2015).
Peran Manusia terhadap Keberadaan H. frenatus
Jesus et al. 2001 menduga bahwa kelompok-kelompok cicak berpindah
antar pulau melalui kegiatan manusia, hal ini bisa dilihat dalam penelitian ini
secara letak geografis antara pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan, tidak
memungkinkan H. frenatus menyeberangi lautan tanpa campur tangan manusia,
dengan begitu artinya H. frenatus tidak mengalami pola persebaran zoogeografi.
Hubungan genetik yang dekat diantara sampel pada (Tabel 2) salah satu bukti ada
keterlibatan manusia dalam perpindahannya, hal tersebut sesuai dengan
pernyataan Kurniati 2003, bahwa kelompok binatang amfibi dan reptilia
merupakan kelompok yang penyebaran alaminya sangat dipengaruhi oleh
penghalang berupa laut atau pegunungan tinggi. Secara pasif, kelompok binatang
ini dapat menyebar dan menembus penghalang karena aktivitas manusia. H.
frenatus terus menerus berkembang menjalani distribusi yang didorong oleh
gerakan manusia dan perubahan habitat alami (Antropogenik) (Brown et al. 2002;
Cole et al. 2005)
Menke (2003) menyatakan bahwa kegiatan manusia menimbulkan
perubahan vegetasi dan memicu perpindahan berbagai spesies. Beberapa spesies
seperti cicak Hemidactylus yang memiliki ukuran telur dan tubuh yang relatif
kecil, dapat ikut berpindah dengan perekat di tubuhnya menempelkan tubuhnya di
kayu bangunan yang dikirim melalui jasa pengiriman barang (Case et al. 1994;
Platenberg 2007; Newbery dan Jones 2007), hal itupun dapat terjadi pada
penelitian ini, dengan keberadaan H. frenatus yang memiliki kekerabatan yang
dekat dimungkinkan dijembatani pula oleh aktifitas perdagangan antar pulau yang
sudah dilakukan oleh manusia sejak tahun 1929. Aktivitas perdagangan antar
pulau tersebut meliputi pulau Sumatera, Surabaya, Aceh dan seluruh indonesia,
adapun barang yang diperdagangkan antar pulau tersebut dapat seperti bahan
pangan beras, gula, kopi, tembakau, atau bahan bangunan seperti kayu (Dick
1995).
14
4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Hemidactylus frenatus pada pohon filogenetik berdasarkan gen 12S rRNA
pada Hemidactylus frenatus Bogor, Cina, Tulungagung, Pontianak, dan Palembang
memiliki nilai jarak genetik sebesar 0,000 didukung dengan nilai bootstrap 100%
yang berarti bahwa sekuens dari kelima individu adalah identik. Jarak genetik H.
frenatus asal Bogor, Cina, Tulungagung, Pontianak, dan Palembang tidak bisa
dibedakan atau ˜ 0. Ini membuktikan bahwa H. frenatus antara lokasi tersebut
sudah terjadi migrasi. Jarak genetik H. frenatus Padang dengan Tasikmalaya
sebesar 0,005, dan nilai Jarak genetik pada H. frenatus Tasikmalaya dengan Bogor
sebesar 0,047 memiliki hubungan kekerabatan dekat.
Saran
Penelitian selanjutnya perlu dilakukan penambahan lokasi sampel dan
penambahan jenis hemidactylus lainnya dalam famili gekkonidae di Indonesia,
untuk melihat dan mengetahui hubungan kekerabatannya.
15
DAFTAR PUSTAKA
Brown S, Lebrun R, Yamasaki J, Ishii TD. 2002. Indirect competition between a
resident unisexual and an invading bisexual gecko. Behaviour. 139: 11611173.
Bauer Am, Jackman TR, Greenbaum E, Giri VB, Silva AD. 2010. South Asia
supports a major endemic radiation of Hemidactylus geckos. Mol.
Phylogenet. Evol. 57: 343-352.
Bansal R, Karanth KP. 2010. Molecular phylogeny of Hemidactylus geckos
(Squamata: Gekkonidae) of the Indian subcontinent reveals a unique Indian
radiation and an Indian origin of Asian house geckos. Mol. Phylogenet.
Evol. 57: 459-465.
Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH. 2009. An effective method for silverstaining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem. 385:
174-175.
Case TJ, Bolger DT, Petren K. 1994. Invasions and competitive displacement
among house geckos in the tropical Pacific. Ecology. 75: 464-477.
Carranza S, Arnold EN. 2006. Systematics, biogeography, and evolution of
Hemidactylus geckos (Reptilia: Gekkonidae) elucidated mitochondrial DNA
sequences. Mol. Phylogenet. Evol. 38: 531-545.
Cole NC, Jones CG, Harris S. 2005. The need for enemy-free space: The impact
of an invasive gecko on island endemics. Biological Conservation. 125:
467-474.
Csurhes S, Markula A. 2009. Pest animal risk assessment: Asian house gecko
Hemidactylus frenatus. Biosecurity Queensland. 09: 3-8.
Dick H.1995. The Transformation of Comparative Advantage: East Java 19201990s. Economic Studies. 31(1):41-71.
Dame EA, Petren K. 2006. Behavioural
mechanisms of invasion and
displacement in Pacific island geckos (Hemidactylus). Animal Behaviour.
71: 1165-1173.
Das I. 2010. A Field Guide to The Reptiles Of South-East Asia. New Holland
Publishers, London.
Greer AE. 1989. The Biology and Evolution of Australian Lizards. Surrey Beatty,
Sydney. 43-45.
Higgins D, Thompson J, Gibson T, Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. 1994.
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence
alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and
weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22:4673-4680.
Hoskin CJ. 2011. The Invasion and Potential Impact of the Asian House Gecko
(Hemidactylus frenatus ) in Australia. Austral Ecology. 36: 240–251.
Hughes DF, Meshaka WEJR, Buurt GV. 2015. The Superior Colonizing Gecko
Hemidactylus mabouia on Curac ao: Conservation Implications for the
Native Gecko Phyllodactylus martini. J Herpetol. 49(1):60-63.
Jesus J, Brehm A, Pinheiro M, Harris DJ. 2001. Relationships of Hemidactylus
(Reptilia: Gekkonidae) from the Cape Verde Islands: What mitochondrial
DNA data indicate. J Herpetol. 35:672-675.
16
Kurniati H. 2003. Amphibians and Reptiles of Supiori Nature Reserve, BiakNumfor:Korido and Its Surrounding Area. Balai Zoologi-Puslit BiologiLIPI. 6 (5).
Mack RN, Simberloff D, Lonsdale WM, Evans H, Cllout M, Bazzaz FA. 2000.
Biotic Invasions: Causes, Epidemiology, Global Consequences, and
Control. Ecological Applications. 10 (3): 689-710.
Meshaka WEJR. 2000. Colonization dynamics of two exotic geckos
(Hemidactylus garnotii and H. mabouia) in Everglades National Park. J
Herpetol. 34:163-168.
Matsuo K, Oku Y. 2002. Endoparasites of three species of house geckoes in
Lampung, Indonesia. J Helminthology. 76:53–57.
Menke SB. 2003. Lizard community structure across a grassland-creosote bush
ecotone in the Chihuahuan Desert. Can J Zool. 81:1829-1838.
Newbery B, Jones DN. 2007. Presence of Asian House Gecko Hemidactylus
frenatus across an urban gradient in Brisbane: influence of habitat and
potential for impact on native gecko species. Royal Zoological Society of
New South Wales, Mosman Australia. 59-65.
O’Shea M, Sanchez C, Heacox S, Kathriner A, Carvalho VL, Ribeiro AV, Soares
ZA, Araujo LLD, Kaiser H. 2012. First Update to Herpetofaunal Records
from Timor-Leste. Asian Herpetol Research. 3(2): 114-126.
Petren K, Case TJ. 1996. An experimental demonstration of exploitation
competition in an ongoing invasion. Ecology. 77: 118-132
Platenberg RJ. 2007. Impacts Of Introduced Species On An Island Ecosystem:
Non-Nnative Reptiles and Amphibians In The Us Virgin Islands.USA
University of Nebraska–Lincoln.
Prawasti TS, Farajallah A, Raffiudin R. 2013. Three Species of Ectoparasite Mites
(Acari: Pterygosomatidae) Infested Geckos in Indonesia. J Hayati. 20(2):
80-88.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T.1989.Molecular Cloning:A laboratory
manual.New York : Cold Spring Harbour Laboratory Press.
Shochat E, Lerman SB, Anderies JM, Warren PS, Faeth SH, Nilon CH. 2010.
Invasion, competition, and biodiversity loss in urban ecosystems.
Bioscience. 60:199–208. doi:10.1525/bio.2010.60.3.6
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary
genetics analysis (MEGA) software version 5.0. Mol. Biol. Evol. 24: 15961599.
Uetz P, Hošek J. 2016 (eds.), The Reptile Database, http://www.reptiledatabase.org, diakses 17 Apr 2016.
Yamamoto Y, Ota H. 2006. Long-term Functional Sperm Storage by a Female
Common House Gecko, Hemidactylus frenatus, from the Ryukyu
Archipelago, Japan. Current Herpetol. 25(1): 39-40.
Zani PA. 2000. The comparative evolution of lizard claw and toe morphology and
clinging performance. J Evol. Biol. 13:316–25.
Zug GR, Kaiser H. 2014. A new species of four-toed skink (Squamata: Scincidae:
Carlia peronii species group) from Pulau Sukur, Indonesia, and
biogeographic notes on the herpetofauna of Flores and Komodo.
Proceedings of the Biological Society of Washington 126(4): 379-392, doi:
10.2988/0006-324X-126.4.379.
17
LAMPIRAN
18
Lampiran 1 Tabel 5 Hemidactylus frenatus dan data Genbank yang digunakan
dalam penelitian ini
No
Spesies
Kode
Spesimen
Tempat
Koleksi
No Aksesi
GenBank
1
Hemidactylus frenatus
-
Cina
GQ245970
2
Hemidactylus frenatus
8.1B
Pontianak
3
Hemidactylus frenatus
9.1B
Palembang
4
Hemidactylus frenatus
1.2A
Bogor
5
Hemidactylus frenatus
5.3A
Tulungagung
6
Hemidactylus frenatus
4.1B
Padang
7
Hemidactylus frenatus
1.1L
Tasikmalaya
8
Hemidactylus frenatus
6.1H
Aceh
19
Lampiran 2 Tabel 6 Data spesimen yang digunakan dalam penelitian
No
Kode
Spesimen
Tanggal
Koleksi
Tahun
Kabupaten
Provinsi
Tempat
Pengambilan
Alamat
Lokasi
Kolektor
1
1.1L
10-Jan
2016
Tasikmalaya
Jawa Barat
Rumah
Jl.Rahayu 1
Tamansari,Gobras,
Teteng
2
8.1B
02-Mar
2016
Pontianak
Kalimantan
Barat
Rumah
Desa Sungai
Malaya,kec. Sungai
ambawang
M. Yusuf
3
9.1B
28-Jan
2016
Palembang
Sumatera
Selatan
Rumah
JL.Lintas
Sumatera/kel.sungai
Tuha jaya
Yanti A
4
1.2A
11-Jan
2016
Bogor
Jawa Barat
Pemukiman
Dramaga
Cepi N
5
5.3A
25-Jan
2016
Tulungagung
Jawa
Timur
Rumah
Kel.kauman
Maulana S
6
4.1B
15-Jan
2016
Padang
Sumatera
Barat
Rumah
Payakumbuh
Roshi
7
6.1H
30-Jan
2016
Aceh singkil
Sumatera
Utara
Rumah
Gunung meriah
Maslim
20
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Kota Bandung, Jawa Barat pada tanggal 18 Juni 1989
sebagai putri pertama dari pasangan Slamet dan Ati Persinawati. Pendidikan sarjana
ditempuh di Jurusan Penididkan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati Bandung, dan lulus pada tahun
2011. Pada tahun 2012 penulis melanjutkan pendidikan magister sains di Program
Studi Biosains Hewan, Departemen Biologi pada Program Pascasarjan.
Selama menempuh Program Pascasarjana S-2, penulis juga Pra Submite Artikel
dengan judul Hubungan Kekerabatan Hemidactylus frenatus (Squamata;
Gekkonidae) di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan, di Jurnal Sumber Daya Hayati
16-2-1-2016.