Pina Rosica, 2015 EKSPLORASI GEN POLYKETID E SYNTHASE D AN ID ENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI END OFIT
AKAR Ageratum conyzoides L. Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
g. Analisis Data Bioinformatika
Analisis data bioinformatika dilakukan pada kedua sekuens gen pks dan gen 16S rRNA. Hasil sekuensing setiap sekuens gen pks dan gen 16S
rRNA disejajarkan dan dibandingkan dengan data sekuens gen pks yang terdapat pada GenBank National Center for Biotechnology Information
NCBI dan Ez Taxon http:www.ezbiocloud.neteztaxon. Selanjutnya, dilakukan proses alignment dari setiap sekuens dan gen pks menggunakan
program multiple-sequence alignment dari software Clustal X . Analisis filogenetik bakteri endofit tersebut melalui pohon filogenetik yang
dihasilkan menggunakan software MEGA5.
F. Alur Penelitian
Tahap Penelitian Tahap Persiapan
Isolasi subkultur cryo bakteri endofit akar A. Conyzoides pada medium LB 37
o
C, 24 jam dan LA 37
o
C, 16 jam Isolasi DNA Kromosom dengan metode CTAB
Amplifikasi PCR gen 16S rRNA dengan menggunakan pasangan primer 63F-1387R dan amplifikasi gen pks dengan menggunakan
pasangan primer degenerate DKF-DKR Elektroforesis DNA hasil pada tegangan 100 volt selama 40
menit 1 gel agarosa Sterilisasi alat dan
medium dengan Autoclave
Persiapan alat dan bahan penelitian
Analisis Bioinformatik hasil sekuensing
Pembuatan Simpulan dan Penyusunan Skripsi Sekuensing DNA di Macrogen Inc, Korea
Pina Rosica, 2015 EKSPLORASI GEN POLYKETID E SYNTHASE D AN ID ENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI END OFIT
AKAR Ageratum conyzoides L. Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
Gambar 3.1 Diagram alur penelitian
Pina Rosica, 2015 EKSPLORASI GEN POLYKETID E SYNTHASE D AN ID ENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI END OFIT AKAR
Ageratum conyzoides L. Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
Empat bakteri endofit akar A.conyzoides berdasarkan hasil analisis gen 16S rRNA diidentifikasi sebagai K. pneumonia Isolat I14, strain baru yang
memiliki kemiripan dengan Pantoea sp. Isolat I13, S. equorum Isolat B14 dan anggota genus Staphylococcus Isolat B15. Berdasarakan analisis filogenetik
semua isolat memiliki kekerabatan yang dekat dengan genus yang teridentifikasi. Hasil amplifikasi gen pks menunjukkan hanya Pantoea sp. Isolat I13 dan
K. pneumoniae Isolat I14 yang memiliki gen pks dari empat isolat yang dianalisis. Gen pks kedua isolat ini melalui hasil blast dan analisis filogenetik
menunjukkan kemiripan dan kekerabatan yang dekat dengan gen pks Bacillus subtilis yang diketahui sebelumnya memiliki aktifitas antimikroba. Pantoea sp.
dan K. pneumoniae dari bakteri endofit akar A.conyzoides berpotensi sebagai sumber produksi poliketida.
B. Saran
