METODOLOGI PENELITIAN

D. Prosedur Penelitian

1. Kompleks Protein-Ligan

a. Perbentukan Konfigurasi Hasil docking MOE (Molecular Operating Environment) kode PDB

commit to user

kompleks p53-MIRA-1 pada daerah mutan Y220C (unpublished result). Struktur tersimpan dalam MR1-220 arsip pdb (MR1-220.pdb). Perhitungan sistem dengan kompleks utuh memberikan masalah konvergensi. Hal tersebut kemudian dilakukan pemotongan ukuran kompleks dengan asam amino yang berada disekitar MIRA-1 (dalam lekukan mutasi) yaitu sekitar 20 jumlah asam amino. Itu pun dalam perhitungan memberikan masalah konvergensi. Kemudian dilakukan pembentukan konfigurasi – konfigurasi dengan penambahan asam amino – asam amino secara parsial yang atomnya mempunyai jarak yang relatif dekat dengan atom di MIRA-1. Jarak antar atomnya diperoleh dengan menggunakan CHIMERA. Pembentukan konfigurasi dimulai dari MIRA-1 saja tanpa lingkungan (asam amino) dari MR1-220 arsip pdb kemudian dilanjutkan asam amino pertama yaitu asam amino sistein yang diambil dari MR1-220 arsip pdb sebagai konfigurasi ke-1 dan seterusnya. Asam amino yang diambil dari MR1-220 arsip pdb (MR1- 220.pdb) melalui pemutusan ikatan peptida, pada ujungnya terdapat ujung gugus karbonil (C=O) atau ujung N-H. Ujung – ujung tersebut kemudian ditambahkan oleh atom atau gugus yang sesuai dengan struktur standar asam amino dengan gedit dan disimpan kembali sebagai arsip pdb. Tiap konfigurasi disimpan dalam arsip pdb dan dapat divisualisasi dengan CHIMERA.

b. Persiapan Perhitungan Arsip pdb masing – masing konfigurasi dikonversi menjadi arsip com dengan VMD (Visual Molecular Dynamic) untuk dilakukan eksekusi perhitungan. Arsip com tiap konfigurasi dibuka dengan gedit untuk mengubah atom type menjadi atom tunggal dan disimpan kembali sebagai arsip com. Kemudian arsip com tersebut yang digunakan dalam eksekusi perhitungan.

2. Perhitungan Analisis Populasi

a. Optimasi Geometri MIRA-1 yang diambil dari MR1-220 arsip pdb dan sudah diubah menjadi arsip com dihitung optimasi geometri dan analisis populasi dengan NBO.

commit to user

(Hatree Fock) dan fungsi basis 6-31G*. Hasil optimasi geometri tersimpan sebagai arsip log yang dapat divisualisasi melalui CHIMERA dengan mengubahnya ke dalam arsip pdb melalui molden dan data NBO-nya dapat ditunjukkan melalui gedit.

b. Single Point MIRA-1 yang diambil dari MR1-220 arsip pdb (MR1-220.pdb) juga dihitung single point NBO-nya dengan Gaussian 03. Single point dilakukan dengan level teori dan fungsi basis yang sama dengan yang dilakukan pada optimasi geometri. Hasilnya tersimpan dalam arsip log sebagai konfigurasi ke-

0. Kemudian dilanjutkan perhitungan single point NBO untuk konfigurasi selanjutnya yaitu konfigurasi selanjutnya tergantung jumlah asam amino yang diambil sebagai konfigurasi. Hasilnya juga tersimpan dalam arsip log yang selanjutnya untuk pengumpulan dan analisis data distribusi kerapatan elektronnya dari data NBO yang dapat ditunjukkan melalui gedit.

E. Teknik Pengumpulan dan Analisis Data

1. Pengumpulan Data

Data yang diambil adalah gambar MIRA-1 hasil optimasi geometri dan single point serta gambar konfigurasi yang merupakan tambahan asam amino secara parsial. Selain itu, data NBO yang diambil adalah nilai occupancy dan muatan parsial.

2. Analisis Data

Interaksi antara sistein dengan MIRA-1 untuk menunjukkan kebolehjadian pembentukan adduct tiol dengan melihat pengaruh lingkungan dalam lekukan mutasi disekitar MIRA-1 terhadap distribusi kerapatan elektronnya. Hal tersebut dapat ditentukan dengan membandingkan nilai delta occupancy target reaksi di MIRA-1 (ikatan rangkap C-C) dari satu konfigurasi ke konfigurasi yang lain. Itu dapat menunjukkan pengaruh asam amino (lingkungan lekukan mutasi) terhadap reaktivitas ikatan rangkap C-C. Pengaruh asam amino yang mempunyai gugus – gugus yang berbeda – beda dengan jarak tertentu dari gugus atau atom MIRA-1

commit to user

berpengaruh pada reaktivitas ikatan rangkap C-C. Kebolehjadian pembentukan adduct yang dipengaruhi lekukan mutasi dapat juga ditunjukkan melalui kemampuannya dalam mempengaruhi polarisasi ikatan rangkap C-C dengan mempunyai perbedaan nilai muatan parsial yang berbeda antara keduanya. Data tersebut dapat juga menunjukkan pengaruh geometri bagian alifatik terhadap reaktivitas ikatan rangkap C-C MIRA-1 tanpa adanya pengaruh lingkungan disekitarnya.

commit to user

27