Penambatan Molekul Senyawa Katekin Serta Turunannya Pada Teh Hijau Terhadap Protein Fat Mass And Obesity (Fto)
PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA KATEKIN SERTA
TURUNANNYA PADA TEH HIJAU TERHADAP PROTEIN
FAT MASS AND OBESITY (FTO)
RENTI EFRAIM M SIMAMORA
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Penambatan Molekul
Senyawa Katekin serta Turunannya pada Teh Hijau terhadap Protein Fat Mass
and Obesity (FTO) adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Agustus 2015
Renti Efraim M Simamora
NIM G84110027
ABSTRAK
RENTI EFRAIM M SIMAMORA. Penambatan Molekul Senyawa Katekin serta
Turunannya pada Teh Hijau terhadap Protein Fat Mass and Obesity (FTO).
Dibimbing oleh LAKSMI AMBARSARI dan TONY IBNU SUMARYADA.
Teh hijau adalah tanaman herbal yang biasa dikonsumsi masyarakat
sebagai minuman terapi untuk obesitas. Kandungan metabolit sekunder teh hijau
yang mempunyai aktivitas tersebut adalah katekin. Salah satu protein dalam tubuh
manusia yang memiliki peran regulasi terhadap proses terjadinya obesitas adalah
protein FTO. Interaksi katekin dan turunannya terhadap protein FTO dapat
dipelajari dengan teknik penambatan molekul secara in silico. Penelitian ini
bertujuan mempelajari interaksi molekuler senyawa katekin dan turunannya
terhadap protein FTO menggunakan parameter nilai energi bebas Gibbs (ΔG) dan
ikatan kimia yang terbentuk. Proses penambatan molekul menggunakan perangkat
lunak utama yaitu AutoDock Vina 1.5.6. Ligan yang digunakan adalah katekin,
gallokatekin, epikatekin, epigallokatekin dan orlistat. Hasil yang diperoleh adalah
gallokatekin memiliki kestabilan interaksi yang paling baik dengan protein FTO.
Nilai energi bebas Gibbs dari interaksi tersebut adalah -7.7 kkal/mol. Gugus
fungsi yang berperan dalam interaksi ligan dengan protein adalah gugus fungsi
OH2, OH4 dan OH7 pada struktur aromatik. Berdasarkan penambatan molekul,
dapat diketahui bahwa senyawa katekin dan turunannya pada teh hijau dapat
digunakan sebagai terapi herbal untuk obesitas.
Kata kunci : Penambatan molekul, Katekin, Obesitas, Protein FTO, Energi bebas
Gibbs
ABSTRACT
RENTI EFRAIM M SIMAMORA. Molecular Docking of Catechin with
Derivatives Compound in Green Tea against Fat Mass and Obesity Associated
Protein (FTO). Supervised by LAKSMI AMBARSARI and TONY IBNU
SUMARYADA.
Green tea is one of the herbs that are commonly consumed by people as
therapy for obesity. The content of secondary metabolites green tea that has
weight loss activity is catechin. One of the proteins in the human body which has
a regulatory role for the occurrence of obesity is FTO protein. Interaction catechin
and its derivatives with FTO protein can be studied with a molecul docking
technique in silico. This research aims to study the molecular interactions of
catechin and derivatives against FTO protein using parameter values of Gibbs free
energy (ΔG) and the chemical bond are formed. Molecular docking process used
the main software that is AutoDock Vina 1.5.6. Ligands used are catechin,
gallocatechin, epicatechin, epigallocatechin and orlistat. The results shows that
gallocatechin has the best interaction stability with FTO protein. Gibbs free
energy value of the interaction is -7.7 kcal/mol. Functional groups that play role in
ligan with protein interactions are OH2, OH4 and OH7 in aromatic structures.
Based on analysis of molecular docking, catechin and its dervatives can be used as
a herbal therapy for obesity.
Keywords: Molecular docking, Catechin, Obesity, FTO protein, Gibbs free energy
PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA KATEKIN SERTA
TURUNANNYA PADA TEH HIJAU TERHADAP PROTEIN
FAT MASS AND OBESITY (FTO)
RENTI EFRAIM M SIMAMORA
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biokimia
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
Judul Skripsi : Penambatan Molekul Senyawa Katekin serta Turunannya pada Teh
Hijau terhadap Protein Fat Mass and Obesity (FTO)
Nama
: Renti Efraim M Simamora
NIM
: G84110027
Disetujui oleh
Dr Laksmi Ambarsari, MS
Pembimbing I
Dr Tony Ibnu Sumaryada, MSi
Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir I Made Artika, MAppSc
Ketua Departemen
Tanggal Lulus:
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus yang telah
mengaruniakan berkat dan anugerahNya sehingga karya ilmiah ini dapat diselesaikan
dengan baik. Karya ilmiah yang berjudul Penambatan Molekul Senyawa Katekin dan
Turunannya serta Teh Hijau terhadap Protein Fat Mass and Obesity (FTO) ini
dilaksanakan sejak bulan Maret 2015 hingga April 2015 di Laboratorium Biokimia
Institut Pertanian Bogor dan Departemen Fisika Institut Pertanian Bogor.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Ibu Dr Laksmi Ambarsari MS dan Bapak
Dr Tony Ibnu Sumaryada MSi selaku pembimbing yang telah memberikan arahan dan
saran untuk penulisan karya ilimiah ini.Ungkapan terima kasih juga disampaikan
kepada ayah, ibu, serta seluruh keluarga, atas segala doa dan kasih sayangnya. Di
samping itu, ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada kak Ridho, kak Ori,
Nia, Nina, Hijriana, keluarga besar UKM PMK IPB yang telah membantu penyelesaian
karya ilmiah ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Agustus 2015
Renti Efraim M Simamora
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vi
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vi
PENDAHULUAN
1
METODE
3
Alat dan Bahan
3
Metode Penelitian
3
HASIL
3
PEMBAHASAN
8
SIMPULAN DAN SARAN
13
Simpulan
14
Saran
14
DAFTAR PUSTAKA
14
LAMPIRAN
17
RIWAYAT HIDUP
24
DAFTAR TABEL
1 Sifat ligan berdasarkan Aturan Lipinski
2 Interaksi di sekitar ligan dengan radius
TURUNANNYA PADA TEH HIJAU TERHADAP PROTEIN
FAT MASS AND OBESITY (FTO)
RENTI EFRAIM M SIMAMORA
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Penambatan Molekul
Senyawa Katekin serta Turunannya pada Teh Hijau terhadap Protein Fat Mass
and Obesity (FTO) adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Agustus 2015
Renti Efraim M Simamora
NIM G84110027
ABSTRAK
RENTI EFRAIM M SIMAMORA. Penambatan Molekul Senyawa Katekin serta
Turunannya pada Teh Hijau terhadap Protein Fat Mass and Obesity (FTO).
Dibimbing oleh LAKSMI AMBARSARI dan TONY IBNU SUMARYADA.
Teh hijau adalah tanaman herbal yang biasa dikonsumsi masyarakat
sebagai minuman terapi untuk obesitas. Kandungan metabolit sekunder teh hijau
yang mempunyai aktivitas tersebut adalah katekin. Salah satu protein dalam tubuh
manusia yang memiliki peran regulasi terhadap proses terjadinya obesitas adalah
protein FTO. Interaksi katekin dan turunannya terhadap protein FTO dapat
dipelajari dengan teknik penambatan molekul secara in silico. Penelitian ini
bertujuan mempelajari interaksi molekuler senyawa katekin dan turunannya
terhadap protein FTO menggunakan parameter nilai energi bebas Gibbs (ΔG) dan
ikatan kimia yang terbentuk. Proses penambatan molekul menggunakan perangkat
lunak utama yaitu AutoDock Vina 1.5.6. Ligan yang digunakan adalah katekin,
gallokatekin, epikatekin, epigallokatekin dan orlistat. Hasil yang diperoleh adalah
gallokatekin memiliki kestabilan interaksi yang paling baik dengan protein FTO.
Nilai energi bebas Gibbs dari interaksi tersebut adalah -7.7 kkal/mol. Gugus
fungsi yang berperan dalam interaksi ligan dengan protein adalah gugus fungsi
OH2, OH4 dan OH7 pada struktur aromatik. Berdasarkan penambatan molekul,
dapat diketahui bahwa senyawa katekin dan turunannya pada teh hijau dapat
digunakan sebagai terapi herbal untuk obesitas.
Kata kunci : Penambatan molekul, Katekin, Obesitas, Protein FTO, Energi bebas
Gibbs
ABSTRACT
RENTI EFRAIM M SIMAMORA. Molecular Docking of Catechin with
Derivatives Compound in Green Tea against Fat Mass and Obesity Associated
Protein (FTO). Supervised by LAKSMI AMBARSARI and TONY IBNU
SUMARYADA.
Green tea is one of the herbs that are commonly consumed by people as
therapy for obesity. The content of secondary metabolites green tea that has
weight loss activity is catechin. One of the proteins in the human body which has
a regulatory role for the occurrence of obesity is FTO protein. Interaction catechin
and its derivatives with FTO protein can be studied with a molecul docking
technique in silico. This research aims to study the molecular interactions of
catechin and derivatives against FTO protein using parameter values of Gibbs free
energy (ΔG) and the chemical bond are formed. Molecular docking process used
the main software that is AutoDock Vina 1.5.6. Ligands used are catechin,
gallocatechin, epicatechin, epigallocatechin and orlistat. The results shows that
gallocatechin has the best interaction stability with FTO protein. Gibbs free
energy value of the interaction is -7.7 kcal/mol. Functional groups that play role in
ligan with protein interactions are OH2, OH4 and OH7 in aromatic structures.
Based on analysis of molecular docking, catechin and its dervatives can be used as
a herbal therapy for obesity.
Keywords: Molecular docking, Catechin, Obesity, FTO protein, Gibbs free energy
PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA KATEKIN SERTA
TURUNANNYA PADA TEH HIJAU TERHADAP PROTEIN
FAT MASS AND OBESITY (FTO)
RENTI EFRAIM M SIMAMORA
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biokimia
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
Judul Skripsi : Penambatan Molekul Senyawa Katekin serta Turunannya pada Teh
Hijau terhadap Protein Fat Mass and Obesity (FTO)
Nama
: Renti Efraim M Simamora
NIM
: G84110027
Disetujui oleh
Dr Laksmi Ambarsari, MS
Pembimbing I
Dr Tony Ibnu Sumaryada, MSi
Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir I Made Artika, MAppSc
Ketua Departemen
Tanggal Lulus:
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus yang telah
mengaruniakan berkat dan anugerahNya sehingga karya ilmiah ini dapat diselesaikan
dengan baik. Karya ilmiah yang berjudul Penambatan Molekul Senyawa Katekin dan
Turunannya serta Teh Hijau terhadap Protein Fat Mass and Obesity (FTO) ini
dilaksanakan sejak bulan Maret 2015 hingga April 2015 di Laboratorium Biokimia
Institut Pertanian Bogor dan Departemen Fisika Institut Pertanian Bogor.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Ibu Dr Laksmi Ambarsari MS dan Bapak
Dr Tony Ibnu Sumaryada MSi selaku pembimbing yang telah memberikan arahan dan
saran untuk penulisan karya ilimiah ini.Ungkapan terima kasih juga disampaikan
kepada ayah, ibu, serta seluruh keluarga, atas segala doa dan kasih sayangnya. Di
samping itu, ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada kak Ridho, kak Ori,
Nia, Nina, Hijriana, keluarga besar UKM PMK IPB yang telah membantu penyelesaian
karya ilmiah ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Agustus 2015
Renti Efraim M Simamora
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vi
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vi
PENDAHULUAN
1
METODE
3
Alat dan Bahan
3
Metode Penelitian
3
HASIL
3
PEMBAHASAN
8
SIMPULAN DAN SARAN
13
Simpulan
14
Saran
14
DAFTAR PUSTAKA
14
LAMPIRAN
17
RIWAYAT HIDUP
24
DAFTAR TABEL
1 Sifat ligan berdasarkan Aturan Lipinski
2 Interaksi di sekitar ligan dengan radius