Pembuatan Perpustakaan Genom Kedelai (Glycine max (L.) Merrill) Kultivar Lumut di dalam Fag Lambda

Pembuatan Perpustakaan Genom Kedelai (Glycine max (L.) Merrill)
Kultivar Lumut di dalam Fag Lambda
Suharsono
Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi, IPB, Jl. Kamper, Gd PAU, Kampus IPB
Darmaga, Bogor 16610
Departemen Biologi, FMIPA, IPB, Kampus IPB Darmaga, Bogor 16610

Abstract

Genomic library of soybean cv. Lumut had been constructed in  phage vector. Partial
digestion of total DNA by 0.014 units Sau3AI per g DNA at 37oC for 30 minutes gave long
fragment DNA. Ligation between insert DNA and  vector with molarity ratio of insert DNA to 
vector = 2.9 : 1 followed by phage packaging, resulted in the titer of 2.8x104 to 3.6x105 pfu for 0.5
g insert plant DNA. Among them, 60 to 91% were recombinants depending on packaging extract
protein. By using 1 g insert plant DNA and packaging extract protein from Stratagene, we
obtained 6.6x105 pfu recombinant. Since the length of insert DNAs in  recombinant phages were
15 kb in average and the genome size of diploid soybean was 2.23x106 kb and 90% of the genom
was present in 2 copies, then the genomic library constructed had contained all genome of
soybean cv. Lumut.
Key words: genomic library, partial digestion, phage, soybean, Lumut cultivar

Pendahuluan
Kedelai merupakan komoditas yang sangat penting di Indonesia baik sebagai bahan
pangan maupun pakan. Meskipun berbagai usaha untuk meningkatkan produksi kedelai
nasional telah banyak dilakukan, baik melalui program intensifikasi maupun ekstensifikasi,
pada kenyataannya produksi nasional belum dapat mencukupi kebutuhan dalam negeri
sehingga sampai dengan saat ini Indonesia masih mengimpor kedelai.
Baik usaha intensifikasi maupun ekstensifikasi memerlukan tanaman yang secara
genetik berkualitas baik. Salah satu tahapan yang sangat penting bagi program
perbaikan genetik adalah isolasi dan karakterisasi suatu gen yang menyandi sifat unggul
tertentu.
Gen pada suatu organisme dapat diisolasi melalui penapisan terhadap
perpustakaan genom menggunakan pelacak heterolog dari organisme lain. Perpustakaan
genom adalah kumpulan semua gen yang dimiliki oleh suatu organisme, termasuk pula
daerah bukan penyandi, sehingga sangat penting untuk mengisolasi suatu gen.
Peranan suatu gen terhadap sifat tertentu dapat diketahui dengan membandingkan
struktur gen dan pengendali ekspresinya di antara dua individu yang berbeda. Untuk
mengetahui peranan suatu gen dalam menentukan toleransi terhadap aluminium,
diperlukan perbandingan antara gen dari kultivar yang toleran dan gen dari kultivar yang
peka terhadap aluminium. Perpustakaan genom kedelai kultivar Slamet yang toleran
terhadap aluminium telah dikonstruksi (Suharsono, 2002). Sementara itu, pembuatan

perpustakaan genom dari kedelai yang peka terhadap aluminium sangat penting
dilakukan karena dari perpustakaan genom ini dapat diisolasi dan dipelajari gen yang
berhubungan dengan toleransi terhadap aluminium. Pada penelitian ini, perpustakaan
genom dikonstruksi dari tanaman kedelai kultivar Lumut sebagai kultivar yang peka
terhadap aluminium.

84 Biosfera 24 (2) Mei 2007
Materi dan Metode
Kedelai kultivar Lumut yang peka terhadap cekaman aluminium (Jusuf et al. 1999)
digunakan sebagai bahan tanaman. Sebagai vektor pengklonan digunakan BlueSTAR-1
dari Novagen yang telah dipotong dengan XhoI dan disisipi dengan dCTP dan dTTP pada
ujung potongannya sehingga menghasilkan ujung menggantung TC (Gambar 1).
Escherichia coli galur ER1647, galur BM25.8, dan galur XL-1 Blue berturut-turut
digunakan sebagai inang untuk mengamplifikasi fag  rekombinan, untuk memproses
eksisi fag rekombinan menjadi plasmid rekombinan, dan untuk mengamplifikasi plasmid
rekombinan.

Pemotongan dengan XhoI
Penambahan dTTP dan dCTP
Kedua lengan dan stuffer tidak cocok

Gambar 1. Vektor pengklonan BlueSTAR yang telah dipotong dan mengalami
penyisipan nukleotida dTTP dan dCTP pada ujung potongannya
Figure 1.
BlueSTAR cloning vector cut and filled-in by dTTP and dCTP nucleotides at
the respective end
DNA total tanaman diisolasi dari daun tanaman kedelai berumur dua bulan. Isolasi
DNA tanaman dilakukan seperti Suharsono (2002). DNA hasil isolasi ini kemudian
dipotong parsial dengan enzim Sau3AI (Takara) pada konsentrasi 0,43; 0,28; 0,23; dan
0,014 unit tiap g DNA pada suhu 37oC selama 30 menit.
Agar dapat disisipkan ke dalam vektor BlueStar-1, setelah dipotong secara parsial,
ujung fragmen DNA tanaman disisipi dengan dua nukleotida dATP dan dGTP sesuai
dengan prosedur Novagen (1997). Sebanyak 20 g fragmen DNA dicampur dengan insert
fill in buffer yang mengandung 50 mM Tris-HCl pH 7,3; 10 mM MgCl2; 50 g/ml BSA
(bovine serum albumine); 1 mM dATP dan 1mM dGTP (Novagen); 4 l 100 mM DTT; dan
20 unit Klenow DNA polimerase (Takara) dalam volume total 400 l. Campuran diinkubasi
pada suhu 30oC selama 30 menit. Reaksi dihentikan dengan pemanasan pada suhu 70oC
selama 10 menit. Fragmen dengan ukuran 7 hingga 20 kb diisolasi menggunakan kolom
(Chroma Spin 1000, Clontech) sesuai dengan prosedur Clontech (1995).
Sebanyak 1 g fragmen DNA tanaman yang ujungnya telah disisipi nukleotida

dicampur dengan 1 g Bluestar-1 (Novagen); 9 unit T4 DNA ligase (Takara); dan bufer
ligasi (30 mM Tris-HCl pH 7,8; 10 mM MgCl2; 10 mM DTT; 1 mM ATP; 5% polyethylene
glycol 8000) dalam volume total 20 l. Campuran diinkubasi pada suhu 4oC selama 24
jam.
Setelah proses ligasi, DNA  rekombinan dikemas di dalam protein mantel
menggunakan dua macam ekstrak protein, yaitu dari Novagen dan dari Stratagene.
Sebanyak 10 l reaksi ligasi dicampur dengan 50 l protein ekstrak pengemas (Novagen
atau Stratagene) sesuai dengan prosedur Suharsono (2002). Campuran diinkubasi pada
suhu 22oC selama dua jam. Reaksi dihentikan dengan menambahkan 440 l bufer SM
(5,8 g/l NaCl; 2g/l MgSO4.7H2O; 50 mM Tris-HCl, pH 7,5; 0,01% gelatin).
Jumlah titer ditentukan dengan melakukan transfeksi  ke E. coli galur ER1647
dengan mencampur 100 l E. coli (OD600=1) dengan 100 l fag . Untuk memudahkan
penghitungan, fag  hasil pengemasan diencerkan 100 kali. Campuran diinkubasi di
dalam balok pemanas pada suhu 37oC selama 30 menit. Setelah ditambahkan 4 ml

Suharsono, Pembuatan Perpustakaan Genom Kedelai: 83- 89

85

agarosa cair permukaan (molten top agarose) (10 g/l bacto-tryptone, 5 g/l NaCl, 6 g/l

agarosa) yang bersuhu 47oC, campuran disebar pada cawan petri yang mengandung
media H (10 g/l bacto-tryptone, 8 g/l NaCl, 15 g/l bacto-agar) sesuai prosedur Novagen
(1997). Sebelum disebar pada media H, X-gal ditambahkan ke dalam agarosa cair
permukaan dengan konsentrasi akhir 500 g/ml untuk mengidentifikasi  rekombinan.
Setelah agarosa yang di permukaan menjadi beku, cawan diinkubasi pada suhu 37oC
selama semalam. Plak (plaque) yang berwarna biru adalah plak bukan rekombinan, dan
plak yang jernih tidak berwarna adalah plak rekombinan.
Eksisi plasmid rekombinan dilakukan dengan mencampur 100 l E. coli galur
BM25.8 (OD600=1) dengan 100 l fag . Campuran diinkubasi di dalam balok pemanas
pada suhu 37oC selama 30 menit dan disebar pada media LB (10 g/l bacto-tryptone, 5 g/l
ekstrak khamir, 10 g/l NaCl pH7,5) padat (1,5% bacto-agar) yang mengandung antibiotika
100 mg/l ampisilin.
Untuk isolasi plasmid rekombinan, satu koloni bakteri E. coli ditumbuhkan di dalam 2
ml media LB yang mengandung 100 mg/l ampisilin di dalam inkubator bergoyang (250
rpm) pada suhu 37oC selama semalam. Isolasi plasmid rekombinan dari bakteri E. coli
dilakukan dengan mengikuti prosedur Suharsono (2002).
Selanjutnya, satu koloni bakteri E. coli galur XL1-Blue dikultur dalam 2 ml media LB
cair semalam di dalam inkubator bergoyang (kecepatan 250 rpm) pada suhu 37oC,
kemudian disubkultur dalam 100 ml 2 x YT cair yang telah mengalami modifikasi (20 g/l
bacto-tryptone, 5 g/l bacto- yeast extract, 10 mM NaCl, 2,5 mM KCl, 10 mM MgSO4.7H2O,

10 mM MgCl2.6H2O) dengan kondisi yang sama hingga OD600=0,6. Pembuatan bakteri
kompeten dan transformasi genetik bakteri dengan plasmid dilakukan dengan mengikuti
prosedur Suharsono (2002).
Hasil dan Pembahasan
DNA kedelai kultivar Lumut berukuran besar, yakni 7 hingga 20 kb, diperoleh dari
pemotongan 1 g DNA menggunakan 0,014 unit Sau3AI (Takara) pada suhu 37oC
selama 30 menit. Suharsono (2002) melaporkan hasil pemotongan DNA dengan ukuran
fragmen yang sama pada kedelai kultivar Slamet menggunakan jumlah enzim Sau3AI dan
kondisi pemotongan yang sama dengan penelitian ini. Hal ini menunjukkan bahwa
pemotongan dengan enzim Sau3AI pada konsentrasi 0,014 unit tiap g DNA kedelai pada
kondisi 37oC selama 30 menit dapat dijadikan sebagai acuan untuk mendapatkan
fragmen DNA berukuran besar walaupun hasil pemotongan sangat ditentukan oleh
bebeberapa faktor seperti kemurnian DNA, spesies asal DNA, keadaan (kemurnian)
enzim restriksi (Sau3AI), lama dan suhu inkubasi. Pemberian enzim Sau3AI lebih dari
0,014 unit menyebabkan DNA total tanaman kedelai terpotong menjadi fragmen-fragmen
berukuran lebih kecil daripada 20 kb (Gambar 2). Ukuran fragmen DNA yang besar
sangat penting dalam konstruksi perpustakaan genom.
Pemotongan DNA tanaman kedelai dengan enzim Sau3AI menghasilkan ujung
menggantung GATC. Nukleotida dGTP dan dATP disisipkan ke dalam ujung potongan
yang menjorok ke dalam sehingga ujung potongan yang menggantung menjadi GA.

Adanya perubahan struktur ujung menggantung dari GATC menjadi GA menyebabkan
kedua ujung GA pada satu fragmen DNA yang sama atau dua fragmen DNA yang
berbeda tidak dapat saling menyambung. Dengan demikian, proses penyisipan nukleotida
dapat menghindari terbentuknya sambungan antarfragmen DNA tanaman sendiri.
Demikian juga, penyisipan nukleotida dCTP dan dTTP pada ujung fag  (TCGA)
menghasilkan ujung menggantung TC sehingga tidak akan terjadi penyambungan
antarvektor. Ujung menggantung GA pada fragmen DNA tanaman kedelai hanya cocok
dengan ujung menggantung TC pada vektor sehingga proses penyambungan akan terjadi
antara DNA tanaman kedelai kultivar Lumut dan vektor . Spesifikasi kecocokan antara
ujung DNA tanaman kedelai dan vektor  dimaksudkan untuk mendapatkan efisiensi
perakitan vektor rekombinan yang tinggi. Pada penelitian ini fag rekombinan yang
terbentuk berkisar antara 60% dan 91%. Suharsono (2002) melaporkan bahwa pada

86 Biosfera 24 (2) Mei 2007
konstruksi perpustakaan genom kultivar Slamet, diperoleh fag rekombinan sebanyak 85%
.

kb

1

2

3

4

5

6

19,2
6,2
3,5

7,7
4,2
2,7
1,9
1,5

0,9

Gambar 2. DNA total kedelai kultivar Lumut yang dipotong dengan berbagai konsentrasi
Sau3AI pada suhu 37oC selama 30 menit. Lajur 1 dan 6 = /EcoT14; lajur 2-5
= DNA total kedelai dipotong dengan Sau3AI masing-masing dengan
konsentrasi 0,014; 0,023; 0,028; dan 0,043 unit tiap g DNA
Figure 2.
Total DNA of soybean cv. Lumut cut by different concentration of Sau3AI at
37oC for 30 minutes. Lane 1 and 6 = /EcoT14; lane 2-5 = total DNA of
soybean cut respectively by Sau3AI at 0.014, 0.023, 0.028, and 0.043 unit
per g DNA
Setelah dilakukan penyisipan nukleotida pada kedua ujung fragmen DNA, fragmen
DNA yang berukuran besar dimurnikan menggunakan kolom Chroma Spin 1000
(Clontech). Hasilnya, dari sekitar 20 g DNA total kedelai didapatkan sekitar 4 g (20%)
fragmen DNA berukuran besar (Gambar 3). Suharsono (2002) juga melaporkan efisiensi
pemurnian fragmen DNA berukuran besar dari pemotongan parsial yang sama pada DNA
kedelai kultivar Slamet sehingga jumlah 20% dapat dijadikan sebagai acuan bagi efisiensi
proses pemurnian DNA setelah DNA mengalami proses pemotongan dan penyisipan
dengan nukleotida.
Pencampuran 0,5 g fragmen DNA kedelai dan 0,5 g DNA vektor ฀ atau

perbandingan molaritas DNA sisipan:vektor = 2,9:1 menghasilkan titer berkisar antara 2 x
104 dan 3,6 x 105 pfu (plaque forming unit = unit plak yang terbentuk) tiap 0,5 g DNA
sisipan (Tabel 1). Berdasarkan atas hasil seleksi biru-putih, dari jumlah titer ini, 60 hingga
91% merupakan pfu rekombinan (Gambar 4).
Jumlah titer dan jumlah fag rekombinan yang terbentuk sangat bergantung kepada
protein ekstrak yang digunakan untuk mengemas DNA fag. Ekstrak protein dari
Stratagene lebih efisien dalam mengemas DNA fag daripada ekstrak protein dari
Novagen. Pengemasan dengan ekstrak protein dari Novagen menghasilkan rendemen
paling tinggi 3,4 x 104 pfu dengan persentase rekombinan tertinggi sebesar 71%,
sedangkan pengemasan dengan ekstrak protein dari Stratagen mencapai 3,6 x 105 pfu
dan 91%nya adalah rekombinan untuk tiap 0,5 g DNA sisipan (Tabel 1). Suharsono
(2002) melaporkan bahwa pada konstruksi perpustakaan genom kultivar Slamet,
didapatkan rendemen 5 x 105 pfu dan 85% di antaranya adalah rekombinan.

Suharsono, Pembuatan Perpustakaan Genom Kedelai: 83- 89

kb
8

1

87

2

10

5 6
4
3
2
1,5
1

Gambar 3. Fragmen DNA tanaman kedelai kultivar Lumut berukuran besar hasil
pemotongan parsial dengan enzim Sau3AI dan telah mengalami penyisipan
nukleotida pada kedua ujungnya. Lajur 1= marka 1 kb; lajur 2= fragmen DNA
kedelai
Figure 3.
Large fragment of plant DNA resulting from partial digestion by Sau3AI and
nucleotide filled-in. Lane 1= 1 kb ladder; lane 2= soybean DNA fragment
Tabel 1. Jumlah plak yang terbentuk dari ligasi DNA tanaman kedelai kultivar Lumut
dengan vektor fag lambda
Table 1. The number of plaque forming unit from the ligation between DNA of soybean
cv. Lumut and lambda phage vector
No.
1
2
3
4

Ekstrak
protein
Novagen
Novagen
Novagen
Stratagene

Jumlah DNA (g)
Sisipan

0,5
0,5
0,5
0,5
0,5
0,5
0,5
0,5

Titer total
(pfu)
4 x 104
5,6 x 104
2,8 x 104
3,6 x 105

Titer rekombinan
pfu
Persentase
2,4 x 104
60%
3,4 x 104
61%
2 x 104
71%
5
3,3 x 10
91%

Untuk mengetahui ukuran sisipan DNA tanaman di dalam fag rekombinan, plak
yang jernih secara acak diambil menggunakan ujung pipet yang telah dipotong sehingga
berukuran sedikit lebih besar daripada ukuran plak. Gel yang mengandung plak kemudian
dielusi di dalam 500 l bufer SM selama semalam. Fag ini kemudian ditransfeksikan ke
dalam E. coli BM25.8. Dengan adanya loxP yang dimiliki oleh vektor ฀ dan enzim
rekombinase cre yang disintesis oleh E. coli BM25.8, maka bagian tertentu fag  dan
sisipannya dapat mengalami eksisi dan membentuk plasmid rekombinan. Hal ini karena
terjadi proses rekombinasi pada loxP. Hasil eksisi terbaik didapatkan dari suspensi fag
hasil elusi yang diencerkan 100 kali dan kemudian dilakukan transfeksi pada E. coli galur
BM25.8.
Plasmid yang berada di dalam E. coli galur BM25.8 tidak efisien dalam melakukan
replikasi sehingga setelah diisolasi, plasmid tersebut diintroduksikan ke dalam E. coli
galur XL1-Blue. Keberadaan plasmid di dalam XL1-Blue diseleksi menggunakan
ampisilin. Dengan menggunakan XL1-Blue pada media 2 x YT, rendemen yang diperoleh
rata-rata adalah 1 ฀g DNA plasmid tiap mililiter biakan bakteri semalam.

88 Biosfera 24 (2) Mei 2007

1
2

Gambar 4. Seleksi biru-putih terhadap plak. 1= plak rekombinan (jernih), 2 = plak bukan
rekombinan (biru)
Figure 4.
Blue-white selection on plaques. 1= recombinant plaques (clear), 2 = nonrecombinant plaques (blue)
Setelah mengalami eksisi, semua plak jernih yang diambil secara acak
menghasilkan plasmid yang berukuran lebih besar daripada vektornya yang berukuran
2,139 kb. Setelah dipotong dengan enzim BamHI, plasmid menghasilkan fragmen DNA
berukuran 2,139 kb yang merupakan vektornya dan beberapa fragmen sisipan yang
ukurannya 15 hingga 20 kb (Gambar 5).
kb
6,2

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

19,3
7,7
3,5
2,7
1,9
1,5
0,9

Gambar 5. Plasmid rekombinan turunan dari ฀Bluestar-1 yang dipotong dengan BamHI.
Lajur 1 dan 10 = /EcoT14; lajur 2-9 = plasmid rekombinan/ BamHI. Tanda
panah () menunjukkan ukuran vektor (2,139 kb)
Figure 5.
Recombinant plasmid derived from Bluestar-1 cut by BamHI. Lane 1 and 10
= /EcoT14; lane 2-9 = recombinant plasmid/BamHI. Arrow () indicates
vector size (2.139 kb)
Ukuran yang besar ini (15 hingga 20 kb) sangat menguntungkan dalam konstruksi
perpustakaan genom karena perpustakaan genom hanya membutuhkan titer yang relatif
sedikit. Makin besar ukuran fragmen DNA yang menyisip ke dalam vektor, makin sedikit
jumlah vektor rekombinan yang dibutuhkan untuk membawa genom organisme di dalam
perpustakaan genom. Keuntungan lainnya ialah perpustakaan genom dapat digunakan
untuk mengisolasi gen secara utuh dan untuk pemetaan gen secara fisik karena dapat
mengandung lebih dari satu gen.Genom kedelai haploid berukuran 1,115 x 106 kb
(Arumuganathan dan Earle 1991) sehingga genom kedelai kultivar Slamet diploid adalah
2,23 x 106 kb. Pada tanaman kedelai, lebih dari 90% ruas DNA yang tidak berulang
dijumpai lebih dari dua kopi (Shoemaker et al., 1996) sehingga ukuran genom kedelai
diploid yang membawa masing-masing ruas satu kopi (tidak berulang) adalah 1,23 x 106
kb. DNA sisipan rata-rata berukuran 15 kb sehingga untuk memuat seluruh gen kedelai di

Suharsono, Pembuatan Perpustakaan Genom Kedelai: 83- 89

89

dalam suatu perpustakaan genom diperlukan 0,4125 x 105 fag rekombinan bila potonganpotongan DNA tidak saling tumpang tindih (Suharsono, 2002).
Pengemasan dengan ekstrak protein dari Stratagene dilakukan menggunakan 2 x
0,5 g DNA sisipan sehingga jumlah titernya adalah 2 x (3,3 x 105 pfu rekombinan) = 6,6 x
105 pfu rekombinan. Dengan menggunakan rumus N = (ln(1-P))/(ln(1-f)), yang dalam hal
ini N = jumlah fag rekombinan, f = rasio besarnya DNA sisipan terhadap ukuran genom
(Sambrook et al., 1989), maka peluang (P) untuk mendapatkan satu kopi potongan DNA
sembarang di dalam perpustakaan genom kultivar Lumut adalah 99%. Bila genom kedelai
hanya memperhatikan genom yang tidak berulang (2,23 x 106 kb), maka peluang untuk
mendapatkan sembarang gen di dalam perpustakaan genom lebih besar daripada 99%
sehingga perpustakaan genom kultivar Lumut ini telah mengandung seluruh gen yang
dimiliki oleh kedelai.
Kesimpulan
DNA total kedelai kultivar Lumut yang dipotong dengan 0,014 unit Sau3AI tiap g
DNA pada suhu 37oC selama 30 menit menghasilkan potongan DNA berukuran besar.
Potongan DNA telah disisipkan ke dalam DNA fag lambda untuk membentuk
perpustakaan genom yang mengandung seluruh genom dari kedelai kultivar Lumut.
Ucapan Terima Kasih
Penelitian ini dibiayai oleh Proyek RUT 8 berjudul Isolasi dan Karakterisasi Gen-gen
pada Tanaman Kedelai yang Mendapat Cekaman Aluminium. Terima kasih ditujukan
kepada Ko Shimamoto, Laboratory of Plant Molecular Genetic, Nara Institut of Science
and Technology, Japan, yang telah menyediakan fasilitas laboratorium untuk penelitian
ini. Ucapan terima kasih juga disampaikan kepada Utut Widyastuti atas bantuan teknis
yang diberikan.
Daftar Pustaka
Arumuganathan, H. and E.D. Earle. 1991. Nuclear DNA
important plant species. Plant Mol. Biol. Rep. 9: 208-218.

content

of

some

Clontech. 1995. Chroma Spin Columns. Product Protocol. Clontech, California.
Jusuf, M, Suharsono, and D. Sopandie. 1999. Molecular Biology of Soybean Tolerance to
Aluminium Stress. Report of Graduate Team Research Grant, Urge Project, Batch
II. Directorate General of Higher Education, Jakarta.
Novagen. 1997. BlueStar Vector System. Novagen, Inc., Madison.
Sambrook, J., E.F. Fritsch, and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning, a Laboratory
Manual. Cold Spring Harbor Laboratory, CSH, New York.
Shoemaker, R.C., K. Polzin, J. Labate, J. Specht, E.C. Brummer, T. Olson, N. Young, V.
Concibido, J. Wilcox, J.P. Tamulonis, G. Kochert, and H.R. Boerma. 1996. Genome
duplication in soybean (Glycine subgenus soja). Genetics 144: 329-338.
Stratagene. 1999. Gigapack III Gold Packaging Extract, Gigapack III Plus Packaging
Extract, and Gigapack III XL Packaging Extract. Instruction Manual. Stratagene
Cloning System, California.
Suharsono. 2002. Konstruksi pustaka genom kedelai kultivar Slamet. Hayati 9(3): 67-70.