Analisis Penanda RAPD (Random Amplifield Polymorphic DNA ) Untuk Analisis Keragaman Genetik Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) Sumatera Utara

4

ABSTRAK
INDRIANI MAYA SARI SEMBIRNG : Aplikasi Penanda 5 Primer RAPD
(Random Amplifield Polymorphic DNA) Untuk Analisis Andaliman (Zanthoxylum
acanthopodium DC.) Sumatera Utara, dibimbing oleh Lolie Agustina P.Putri dan
Hot Setiado.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola pita DNA pada andaliman
Sumatera Utara berdasarkan marka Random Amplified Polymorphic DNA
dengan primer OPD-13, OPI-20, OPH-09, OPN-10, OPM-01. Penelitian ini telah
dilakukan di Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran USU pada April –
September 2015. Populasi yang diamati meliputi 30 aksesi tanaman andaliman
yang berasal dari Sumatera Utara terdiri dari 3 lokasi yaitu Kabupaten Dairi,
Kabupaten Karo, Kabupaten Simalungun. Perhitungan dan analisis deskripstif
dari penelititan ini menggunakan software DARwin 5.05. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa dari 5 primer yang digunakan dalam penelitian ini telah
diperoleh total 25 pola pita DNA. Ukuran pita DNA yang dihasilkan bervariasi
berkisar antara 320 bp sampai 2540 bp. Persentasi pita yang polimorfik
bervariasi berkisar antara 75 % sampai 100 %. Dari 30 aksesi yang dianalis, 26
aksesi yang bias diproses oleh software, karena ada beberapa aksesi yang tidak
teramplifikasi sehingga tidak memenuhi persentasi yang distandarkan. Analisis

kluster dari 26 aksesi andaliman asal Sumatera Utara menunjukkan tingkat
keragaman genetik yang tinggi dan memiliki hubungan kekerabatan yang dekat
dengan membentuk 3 kluster utama dan 6 subkluster. Sebagian mengelompok
berdasarkan populasinya dan sebagian lainnya mengelompok secara acak. Aksesi
yang berasal dari Dairi menyebar pada 3 kluster, aksesi yang berasal dari Tanah
Karo mengelompok sendiri sedangkan aksesi yang berasal dari Simalungun
menyebar pada 2 kluster.
Kata Kunci : Keragaman genetik, andaliman, RAPD.

5

ABSTRACT
INDRIANI MAYA SARI SEMBIRING: 5 Primary Applications RAPD Markers
(Random Amplifield Polymorphic DNA) For Andaliman Analysis (Zanthoxylum
acanthopodium DC.) North Sumatra, supervised by Lolie Agustina P.Putri and
Hot Setiado.
The purpose of the research was to find out genetic diversity of Andaliman
from North Sumatera based on Random Amplified Polymorphic DNA markers
with primer OPD-13, OPI-20, OPH-09, OPN-10, OPM-01. This research was
conducted at Integrated Laboratory of Faculty of Medicine , University of

Suamtera Utara April-September 2015. The population observed 30 andaliman
plant accessions were from North Sumatra consists of three locations: Dairi,
Karo, Simalungun. DARWIN 5:05 software was used to calculate and describe
the results. The results showed that the amplification of 25 accessions of
andaliman using 5 random primer obtanined a total of 25 DNA band numbers.
The size of DNA bands were varied ranging from 320 bp to 2540 bp. The
percentage of polymorphic bands were also varied between, from 75% to 100%.
From 30 of 26 accessions were processed by software due to miss-umplified as
well as standard of percentage was excluded. Cluster analysis from 26 accession
of andaliman from North Sumatera showed high genetic diversity and had near
genetic relationship among them to form three main clusters and 6 subkluster.
Some of them were grouped based on their population and some others were
randomly. Accession from Dairi spread into 3 clusters, accession from Tanah
Karo cluster itself while the accessions originating from Simalungun extended in
2 clusters.
Keyword : Genetic divessity, andaliman, RAPD