UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTBRIF DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK MEDAN TESIS

  UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTB/RIF DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK MEDAN TESIS Oleh ELVA SUSANTY NIM 117027008 MAGISTER ILMU KEDOKTERAN TROPIS FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2015

UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTB/RIF DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK MEDAN TESIS

  Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh Gelar Magister dalam Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara

  Oleh ELVA SUSANTY NIM 117027008 MAGISTER ILMU KEDOKTERAN TROPIS FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2015

  HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk penulis nyatakan dengan benar.

  Nama NIM Tanda Tangan

  : : :

  ELVA SUSANTY 117027008

HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA

  Sebagai sivitas akademik Universitas Sumatera Utara, saya yang bertanda tangan di bawah ini: Nama : ELVA SUSANTY NIM : 117027008 Program Studi : Magister Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran Jenis Karya : Tesis demi pengembangan ilmu pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada

  Universitas Sumatera Utara Hak Bebas Royalti Non-eksklusif (Non-exclusive

  Royalty Free Right) atas tesis saya yang berjudul: UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTB/RIF

DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK MEDAN

  beserta perangkat yang ada (jika diperlukan). Dengan Hak Bebas Royalti Non- eksklusif ini, Universitas Sumatera Utara berhak menyimpan, mengalihmedia/formatkan, mengelola dalam bentuk database, merawat, dan mempublikasikan tesis saya tanpa meminta izin dari saya selama tetap mencantumkan nama saya sebagai penulis dan sebagai pemilik hak cipta.

  Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya. Dibuat di : Medan Pada tanggal : Yang menyatakan (Elva Susanty)

DAFTAR RIWAYAT HIDUP

  Nama : Elva Susanty Tempat/Tanggal Lahir : Lima puluh, 7 Oktober 1978 Pekerjaan : Dokter PNS Depkes Kabupaten Bungo, Muara Bungo-Jambi Agama : Islam Alamat : Jl. Linggar Jati/Nanggar Jati No. 16, Medan Perjuangan Nomor Telepon : 085262991961 Anak ke : ke-2 dari 2 bersaudara Orang Tua : Miran K

  Salbiah Status : Menikah Suami : dr.Harizon Hendrik, Sp.OG Anak :

  1. Kinanti Kayla Mayvahraz

  2. Zhahira Brianna Devahraz Riwayat Pendidikan : 1984 – 1990: SDN I 010185 Lima Puluh, Batu Bara 1990 – 1993: SMPN I Lima Puluh, Batu Bara 1993 – 1996: SMAN 2 Tebing Tinggi 1996 – 2003: Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sumatera Utara, Medan 2011 – sampai sekarang: Magister Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran

  Universitas Sumatera Utara Kegiatan Organisasi:

  Anggota IDI Cabang Muara Bungo, tahun 2004 – sekarang

  

Abstrak

  Kasus multidrug resistant tuberculosis (MDR TB/TB MDR) semakin meningkat jumlahnya di dunia dan memerlukan deteksi dini untuk mencegah penyebaran yang lebih lanjut. GeneXpert MTB/RIF adalah alat yang dapat digunakan untuk mendeteksi resistensi rifampisin, sebagai tanda pengganti untuk TB MDR. Penelitian ini merupakan uji diagnostik yang bertujuan untuk menilai sensitivitas dan spesifisitas GeneXpert MTB/RIF dalam mendiagnosa TB MDR. Penelitian dilakukan di poli TB MDR Rumah Sakit Umum Pusat Haji Adam Malik Medan. Subjek penelitian adalah semua suspek penderita TB MDR yang mempunyai hasil

  

GeneXpert MTB/RIF positif baik resisten rifampisin maupun sensitif rifampisin

  dan mempunyai hasil uji kepekaan obat metode proporsi dengan media Lowenstein Jensen. Data diambil dari rekam medik periode Januari sampai dengan Desember 2013, didapatkan 64 sampel yang mempunyai hasil GeneXpert MTB/RIF positif dan mempunyai hasil uji kepekaan obat, 87,5% sampel yang resisten rifampisin juga resisten terhadap isoniazid. Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF menunjukkan sensitivitas 92,86% dan spesifisitas 59,09%. Kesimpulan:

  GeneXpert MTB/RIF mempunyai sensitivitas tinggi untuk mendiagnosa TB MDR

  terhadap baku emas uji kepekaan obat metode proporsi pada media Lowenstein Jensen. Penelitian ini menganjurkan GeneXpert MTB/RIF digunakan sebagai alat skrining TB MDR.

  Kata kunci: GeneXpert MTB/RIF, multidrug resistant tuberculosis, uji kepekaan

  obat, media Lowenstein Jensen

  Abstract Cases of multidrug resistant tuberculosis (MDR TB) is increasing in number in the world and requires early detection to prevent further transmission. GeneXpert

  MTB/RIF is a tool that can be used for detection of rifampicin resistance, as a

  surrogate marker for multidrug-resistant tuberculosis. This study aims to assess

the sensitivity and specificity of the GeneXpert MTB/RIF in the diagnosis of MDR

TB. The study was conducted at a poly MDR TB General Hospital Haji Adam

Malik Medan. The subjects were all suspected MDR TB who had results positive

GeneXpert MTB/RIF with sensitive rifampin or resistant rifampin and had a

drug sensitivity test results with the proportion method Lowenstein Jensen

medium. Data retrieved from the medical records of the period of January to December 2013, founded 64 samples that had results of GeneXpert MTB/RIF test positive and had the results of drug sensitivity, 87.5% of rifampin-resistant

samples were also resistant to isoniazid. The GeneXpert MTB/RIF examination

showed sensitivity of 92.86% and specificity of 59.09%. The Conclusion:

GeneXpert MTB/RIF has a high sensitivity for diagnosing MDR TB against the

gold standard drug sensitivity testing proportion method on Lowenstein Jensen

medium. This study recommends the GeneXpert MTB/RIF be used for MDR TB

screening tool.

  

Keywords: GeneXpert MTB/RIF, multidrug resistant tuberculosis, drug

susceptibility test, Lowenstein Jensen medium

KATA PENGANTAR

  Bismillahirrahmanirrahim Alhamdulillah, segala puji bagi Allah SWT yang telah memberikan ilmu dan kesehatan yang tidak terhingga sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan dan penyusunan tesis ini sebagai salah satu syarat dalam menyelesaikan jenjang pendidikan strata-2 pada Program Magister Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara. Salawat dan salam kepada Rasulullah Muhammad SAW yang telah menyampaikan kebenaran dan sebagai rahmatan lil’alamin.

  Penulis mengucapkan terima kasih kepada Pemerintahan Daerah dan Dinas Kesehatan Kabupaten Bungo yang telah memberikan kesempatan tugas belajar sehingga penulis dapat melaksanakan Program Magister Ilmu Kedokteran Tropis di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

  Dengan selesainya penulisan tesis ini, perkenankanlah penulis menyampaikan ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada: Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. Dr. dr. Syahril Pasaribu,

  DTM&H, M.Sc (CTM), Sp.A(K) atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan kepada kami untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan Magister Ilmu Kedokteran Tropis

  Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof. dr. Gontar

  A. Siregar, SpPD-KGEH, atas kesempatan menjadi mahasiswa Magister Ilmu Kedokteran Tropis pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

  Sekretaris Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis, dr. Tetty Aman Nasution, M.Med.Sc atas kesempatan menjadi mahasiswa Magister Ilmu Kedokteran Tropis pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

  Terima kasih yang tak terhingga dan penghargaan yang setinggi-tingginya penulis sampaikan kepada Bapak dr. Zainuddin Amir, M.Ked (Paru). SpP(K) dan dr. Parluhutan Siagian, M.Ked (Paru). SpP(K) selaku dosen pembimbing yang dengan penuh perhatian telah memberikan dorongan, bimbingan, dan saran kepada penulis dalam penyelesaian tesis ini.

  Seluruh komisi penguji, dr. Rina Yunita Sp.MK dan dr. Putri Chairani Eyanoer , MD, Ms. Epi, PhD, yang telah meluangkan waktu dan dengan penuh kesabaran memberikan pengarahan, bimbingan, dan pengajaran.

  Jajaran Direksi dan staf Rumah Sakit Umum Pusat Haji Adam Malik Medan yang telah memberikan izin penelitian dan memberikan dukungan data serta membantu penulis dalam penulisan tesis ini

  Staf administrasi dan seluruh rekan mahasiswa Program Magister Ilmu Kedokteran Tropis angkatan 2011 yang telah memberikan masukan dan dukungan kepada penulis.

  Kepada kedua anakku Kinanti Kayla Mayvahraz dan Zhahira Brianna Devahraz, suami tersayang, kedua orang tua serta keluarga yang telah banyak memberikan dukungan do’a dan keikhlasan kepada penulis untuk menyelesaikan penelitian ini.

  Penulis menyampaikan terima kasih kepada semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah mendukung dan membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian ini.

  Semoga tesis ini dapat bermanfaat bagi sesama untuk kebaikan. Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari kesempurnaan oleh karena itu penulis sangat mengharapkan kritik dan saran guna perbaikan tesis ini. Segala kebenaran datangnya dari Allah dan segala kesalahan yang ada merupakan kesalahan penulis yang dikarenakan keterbatasan kemempuan dan pengetahuan penulis.

  Medan, Februari 2015 Penulis

  Elva Susanty

  DAFTAR ISI

  9

  3

  3

  4

  5

  5

  6

  7

  9

  1

  10

  17

  27

  32

  32

  33

  33

  1

  3.4 Tempat dan Waktu …………………………………. i ii iii v vii viii ix xii

  Halaman Abstrak …………………………………………………………….

  BAB II TINJAUAN PUSTAKA ………………………………..

  Abstract …………………………………………………………… Kata Pengantar …………………………………………………….

  Daftar Isi …………………………………………………………... Daftar Tabel ……………………………………………………….. Daftar Gambar …………………………………………………….. Daftar Singkatan …………………………………………………... Daftar Lampiran …………………………………………………...

  BAB I PENDAHULUAN ………………………………………

  1.1 Latar Belakang ………………………………………

  1.2 Perumusan Masalah ………………………………….

  1.3 Tujuan Penelitian …………………………………….

  1.4 Manfaat Penelitian …………………………………...

  2.1 Definisi ……………………………………………… 2.2 Epidemiologi ………………………………………...

  3.3 Rancangan Penelitian ……………………………….

  2.3 Faktor yang Mempengaruhi Terjadinya TB MDR …..

  2.4 Klasifikasi Resistensi OAT ………………………….

  2.5 Suspek TB Resisten Obat ……………………………

  2.6Mekanisme Resistensi M. tuberculosis Terhadap OAT 2.7 Diagnosis dan Pemeriksaan Laboratorium …………..

  2.8 Pengobatan dan Pencegahan ………………………...

  BAB III METODOLOGI PENELITIAN ………………………

  3.1 Kerangka Teori ……………………………………...

  3.2 Kerangka Konsep …………………………………...

  34

  3.5 Populasi dan Sampel Penelitian ……………………..

  3.6 Variabel Penelitian ………………………………….

  59

  57

  57

  57

  56

  48

  46

  41

  40

  40

  39

  38

  38

  37

  35

  35

  3.7 Definisi Operasional ………………………………..

  3.8 Cara Pengumpulan Data …………………………….

  3.9 Alur Penelitian ………………………………………

  3.10 Rencana Analisa Data ………………………………

  3.11 Etika Penelitian ……………………………………..

BAB IV Hasil dan Pembahasan …………………………………

  4.1 Analisa Sampel ……………………………………...

  4.2 Karakteristik Subjek Penelitian ……………………..

  4.3 Nilai Diagnostik …………………………………….

  4.4 Pembahasan Penelitian ……………………………...

  4.5 Keterbatasan Penelitian ……………………………..

  5.2 Saran ………………………………………………...

  Daftar Pustaka ……………………………………………………

  34

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN …………………………

5.1 Kesimpulan ………………………………………….

  DAFTAR TABEL

  Nomor Judul Halaman 2.1 Pengelompokan OAT …………………………………….

  28 2.2 Perhitungan Dosis OAT MDR …………………………...

  30 3.1 Defini Operasional …………………………………….....

  35

  3.2 Tabel 2x2 …………………………………………………

  39

  4.1 Distribusi Frekuensi Usia Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan ………………………………………

  41

  4.2 Distribusi Frekuensi Jenis Kelamin Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan ………………………….

  42

  4.3 Distribusi Frekuensi Status Pernikahan Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan …………………..

  42

  4.4 Distribusi Frekuensi Pekerjaan Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan …………………………………

  43

  4.5 Distribusi Frekuensi Tempat Berobat TB Sebelumnya Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan ……

  43

  4.6 Distribusi Frekuensi Penyakit Komorbid Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan …………………...

  44

  4.7 Distribusi Frekuensi Kriteria Suspek Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan …………………………

  44 4.8 Uji Kepekaan Rifampisin dan Isoniazid ………………….

  45

  4.9 Perbandingan Hasil GeneXpert MTB/RIF dengan Hasil Uji Kepekaan Obat Metode Proporsi Media LJ ………….

  46

  4.10 Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF Mendeteksi Resistensi Rifampisin Dibandingkan dengan Baku Emas Kultur …...

  47

  4.11 Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF Mendiagnosa TB MDR Dibandingkan dengan Baku Emas Kultur ………………..

  47

  DAFTAR GAMBAR

  Nomor Judul Halaman

  2.1

  2.2

  3.1

  3.2

  3.3

  4.1 Konsep Perkembangan Resistensi OAT ……....

  Prosedur Pemakaian GeneXpert/MTB RIF …... Kerangka Teori ……………………………….. Kerangka Konsep …………………………….. Alur Penelitian ………………………………... Bagan Hasil Penelitian ………………………...

  11

  26

  32

  33

  38

  40

DAFTAR SINGKATAN

  Singkatan Nama Pemakaian pertama kali pada halaman Am : Amikasin

  28 Amx/Clv : Amoksilin/ Asam Klavulanat

  28

  bp : Base Phare

  15 BMI : Body Mass Index

  30 BPLK : Balai Pengembangan

  34 Laboratorium Kesehatan BTA : Basil Tahan Asam

  10 CE IVD : Conformite Europeene In Vitro

  22 Diagnostic Cfz : Clofazimin

  28 Clr : Klaritromisin

  28 Cm : Kapreomisin

  28 Cs : Sikloserin

  28 Ditjen PP dan PL : Direktorat Jenderal

  9 Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan

  DNA : deoxyribonucleic acid

  2 DOTS : Directly Observed Treatment,

  8 Short-Course E : Etambutol

  9 Eto : Etionamid

  28 FIND : Foundation for Inovative New

  22 Diagnostic H/INH : Isoniazid

  1 HIV : Human Immunodeficiency

  1 Virus Singkatan Ipm Km Lfx LJ LPA Lzd MDR TB/TB MDR Mfx MGIT M. tuberculosis NADH NAAT NIH OAT Ofx PCR PAS PMO Pto R/Rif RNA

  RRDR RSUP S

  1

  2

  15

  15

  1

  28

  29

  28

  1

  28

  1

  22

  21

  14

  18

  : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : :

  28

  1

  28

  20

  3

  28

  28

  28

  Pemakaian pertama kali pada halaman

  

Rifampicin Resistance-

Determining Region Rumah Sakit Umum Pusat Streptomisin

  Nicotinamide Adenine Dinucleotide Hydrogen Nucleic Acid Amplification Test National Institutes of Health Obat Anti Tuberkulosis Ofloksasin Polymerase Chain Reaction Para Amino Salisilat Pengawas Minum Obat Protionamid Rifampisin Ribonucleid acid

  Mycobacterium tuberculosis

  Nama Imipenem Kanamisin Levofloxacin Lowenstein Jensen Line Probe Assay Linezolid Multidrug Resistant Tuberculosis Moksifloksasin Mycobacterial Growth Indicator Tube

  9 Singkatan TB TB RR Trd WHO

  WRD

  XDR Z

  : : : : : : :

  Nama Tuberkulosis TB Resistan Rifampisin Terizidon World Health Organization WHO Approved Rapid Diagnostic Methods Extensively Drug Resistance Pirazinamid

  Pemakaian pertama kali pada halaman

  1

  9

  28

  1

  20

  9

  16