BAHAN DISKUSI BIOKIMIA II Struktur asam
BAHAN DISKUSI BIOKIMIA II
Struktur asam nukleat
1. Jelaskan bagian-bagian dari struktur DNA, bagian mana yang menyimpan informasi genetic?
2. DNA berperan sebagai pembawa sifat (blue print) bagi makhluk hidup melalui proses ……..
3. Informasi genetik diturunkan dari generasi ke generasi atau dari sel ke sel lain melalui mekanisme
……..
4. Urutan nukleotida pada untai DNA ……… (pilih:sense/antisense) sama dengan mRNA dimana T
tidak ada (diganti U). Jelaskan konsepnya.
5. Sesuai dengan fungsinya sebagai penyimpan informasi genetik, DNA sangat stabil. Jelaskan
berbagai faktor penunjang kestabilan tersebut.
6. Jelaskan struktur untai ganda DNA menurut Watson-Crick.
7. Jelaskan 4 contoh teknologi berbasis DNA.
8. Jelaskan nomenklatur DNA.
Molekul DNA Sirkular
1. Jelaskan tentang DNA kromosom dan DNA ekstrakromosom
2. DNA plasmid adalah…..
3. DNA mitokondria adalah….
4. Jelaskan tentang struktur superkoil dan rileks pada DNA sirkular
5. Jelaskan mengapa plasmid yang tidak dipotong memberikan lebih dari satu pita jika dianaisis
dengan elektroforesis
Perakitan DNA dalam Kromosom
1. Kromosom human terbesar: ~3 x 108 bp sedangkan ukuran sel 10 m. Jelaskan pengemasan DNA
kromosom di dalam sel
2. Jelaskan struktur gen pada kromosom prokaryot dan eukaryot
3. Jelaskan tentang komponen nukleosom pada ambar berikut.
Replikasi
1. Mengapa DNA plolimerase memerlukan primer.
2. DNA plolimerase memerlukan apa saja agar dapat melangsungkan reaksi polimerisasi?
3. Jelaskan peran DNA ligase, primer, helikase, SSB, fragmen Okazaki dan DNA polimerase dalam
replikasi DNA.
4. Komponen apa pada soal nomor 2 yang digunakan pada proses PCR?
5. Diskusikan perbedaan dan persamaan antara penggandaan DNA in vivo (replikasi) dan
penggandaan DNA in vitro (PCR).
6. Bagaimana strategi replikasi kromosom sehingga proses replikasi kromosom yang sangat panjang
hanya berlangsung dalam waktu pendek (bilangan detik).
7. What are the differences between DNA dependent DNA polymerase and DNA dependent RNA
polymerase? Mana yang mensintesis primer pada polimerisasi DNA secara in vivo?
8. What enzymes work in the
- leading strand synthesis?
- lagging strand synthesis?
Transkripsi
1. Susunan kimia RNA mirip dengan DNA, akan tetapi struktur 3D nya lebih menyerupai protein
sehingga dapat berfungsi sebagai enzim, jelaskan.
2. Urutan RNA:
a. sama dengan …………… (dimana T diganti U)
b. dan komplemen dengan…………
3. Pada proses transkripsi, disintesis molekul RNA sesuai cetakan yang terdapat pada ……..
4. RNA polimerase sebagai enzim spektakular, jelaskan.
5. Sebutkan subunit penyusun RNA plol imerase dan jelaskan peran katalitik dan rekognisinya.
6. Mana yang lebih heterogen di antara molekul mRNA prokariot dan eukariot. Kaitkan dengan
metode kloning pada eukariot yang menggunakan pustaka cDNA .
7. Jelaskan bagian2 dari operon prokaryot dan eukaryot, serta perannya.
8. Apa beda polisistron dan monosistron pada molekul mRNA?
9. Jelaskan faktor transkripsi pada prokaryot dan eukaryot.
Hubungan kodon dan antikodon
1. Jelaskan aturan pasangan basa DNA (Watson-Crick)
2. Apakah aturan pasangan basa tersebut berlaku pada pasangan antara kodon-antikodon?
Mengapa demikian dan jelaskan akibatnya?
3. Apakah yang dimaksud: “sandi genetik terdegenerasi”? jelaskan makna biologisnya.
4. Diskusikan tentang hipotesis wobble.
5. Apakah yang dimaksud dengan ORF?
6. Sebutkan dan jelaskan jenis mutasi yang tidak maupun yang berakibat pada perubahan fenotip
Translasi
1. Misalkan tertulis urutan DNA penyandi protein di literatur sbb:
5’ ATGCCGTTAGACCGTTAGCGGACCTGAT 3’
a. Urutan tsb merupakan coding strand atau non-coding strand?
b. Tulis urutan yang berperan sebagai template pada transkripsi.
c. Tulis arah proses transkripsi & translasi, dan arah produknya.
2. Molekul tRNA:
a. Struktur umum?
b. Tunjukkan bagian pengikat asam amino dan bagian pengikat mRNA?
c. Maksud tRNA sebagai molekul adaptor pada translasi?
3. Start codon pada ORF adalah ATG:
a. Mengapa demikian?
b. ATG (penyandi Met) di awal ORF ditranslate sebagai fMet, jelaskan makna kimianya.
Struktur asam nukleat
1. Jelaskan bagian-bagian dari struktur DNA, bagian mana yang menyimpan informasi genetic?
2. DNA berperan sebagai pembawa sifat (blue print) bagi makhluk hidup melalui proses ……..
3. Informasi genetik diturunkan dari generasi ke generasi atau dari sel ke sel lain melalui mekanisme
……..
4. Urutan nukleotida pada untai DNA ……… (pilih:sense/antisense) sama dengan mRNA dimana T
tidak ada (diganti U). Jelaskan konsepnya.
5. Sesuai dengan fungsinya sebagai penyimpan informasi genetik, DNA sangat stabil. Jelaskan
berbagai faktor penunjang kestabilan tersebut.
6. Jelaskan struktur untai ganda DNA menurut Watson-Crick.
7. Jelaskan 4 contoh teknologi berbasis DNA.
8. Jelaskan nomenklatur DNA.
Molekul DNA Sirkular
1. Jelaskan tentang DNA kromosom dan DNA ekstrakromosom
2. DNA plasmid adalah…..
3. DNA mitokondria adalah….
4. Jelaskan tentang struktur superkoil dan rileks pada DNA sirkular
5. Jelaskan mengapa plasmid yang tidak dipotong memberikan lebih dari satu pita jika dianaisis
dengan elektroforesis
Perakitan DNA dalam Kromosom
1. Kromosom human terbesar: ~3 x 108 bp sedangkan ukuran sel 10 m. Jelaskan pengemasan DNA
kromosom di dalam sel
2. Jelaskan struktur gen pada kromosom prokaryot dan eukaryot
3. Jelaskan tentang komponen nukleosom pada ambar berikut.
Replikasi
1. Mengapa DNA plolimerase memerlukan primer.
2. DNA plolimerase memerlukan apa saja agar dapat melangsungkan reaksi polimerisasi?
3. Jelaskan peran DNA ligase, primer, helikase, SSB, fragmen Okazaki dan DNA polimerase dalam
replikasi DNA.
4. Komponen apa pada soal nomor 2 yang digunakan pada proses PCR?
5. Diskusikan perbedaan dan persamaan antara penggandaan DNA in vivo (replikasi) dan
penggandaan DNA in vitro (PCR).
6. Bagaimana strategi replikasi kromosom sehingga proses replikasi kromosom yang sangat panjang
hanya berlangsung dalam waktu pendek (bilangan detik).
7. What are the differences between DNA dependent DNA polymerase and DNA dependent RNA
polymerase? Mana yang mensintesis primer pada polimerisasi DNA secara in vivo?
8. What enzymes work in the
- leading strand synthesis?
- lagging strand synthesis?
Transkripsi
1. Susunan kimia RNA mirip dengan DNA, akan tetapi struktur 3D nya lebih menyerupai protein
sehingga dapat berfungsi sebagai enzim, jelaskan.
2. Urutan RNA:
a. sama dengan …………… (dimana T diganti U)
b. dan komplemen dengan…………
3. Pada proses transkripsi, disintesis molekul RNA sesuai cetakan yang terdapat pada ……..
4. RNA polimerase sebagai enzim spektakular, jelaskan.
5. Sebutkan subunit penyusun RNA plol imerase dan jelaskan peran katalitik dan rekognisinya.
6. Mana yang lebih heterogen di antara molekul mRNA prokariot dan eukariot. Kaitkan dengan
metode kloning pada eukariot yang menggunakan pustaka cDNA .
7. Jelaskan bagian2 dari operon prokaryot dan eukaryot, serta perannya.
8. Apa beda polisistron dan monosistron pada molekul mRNA?
9. Jelaskan faktor transkripsi pada prokaryot dan eukaryot.
Hubungan kodon dan antikodon
1. Jelaskan aturan pasangan basa DNA (Watson-Crick)
2. Apakah aturan pasangan basa tersebut berlaku pada pasangan antara kodon-antikodon?
Mengapa demikian dan jelaskan akibatnya?
3. Apakah yang dimaksud: “sandi genetik terdegenerasi”? jelaskan makna biologisnya.
4. Diskusikan tentang hipotesis wobble.
5. Apakah yang dimaksud dengan ORF?
6. Sebutkan dan jelaskan jenis mutasi yang tidak maupun yang berakibat pada perubahan fenotip
Translasi
1. Misalkan tertulis urutan DNA penyandi protein di literatur sbb:
5’ ATGCCGTTAGACCGTTAGCGGACCTGAT 3’
a. Urutan tsb merupakan coding strand atau non-coding strand?
b. Tulis urutan yang berperan sebagai template pada transkripsi.
c. Tulis arah proses transkripsi & translasi, dan arah produknya.
2. Molekul tRNA:
a. Struktur umum?
b. Tunjukkan bagian pengikat asam amino dan bagian pengikat mRNA?
c. Maksud tRNA sebagai molekul adaptor pada translasi?
3. Start codon pada ORF adalah ATG:
a. Mengapa demikian?
b. ATG (penyandi Met) di awal ORF ditranslate sebagai fMet, jelaskan makna kimianya.