ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA.
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B
YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM
DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA
TESIS
Disusun untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat Magister
Program Studi Biosain
oleh
Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari
S901 308 004
PROGRAM PASCASARJANA BIOSAIN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2014
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
iii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS
Saya menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa:
1.
Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B
yang menginfeksi Pasien HIV Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta ini adalah karya penelitian saya sendiri dan tidak terdapat karya ilmiah
yang pernah diajukan orang lain untuk memperoleh gelar akademik serta tidak
terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan orang lain, kecuali
yang tertulis dengan acuan yang disebutkan sumbernya, baik dalam naskah karangan
dan daftar pustaka. Apabila ternyata di dalam naskah tesis ini dapat dibuktikan
terdapat unsur plagiasi, maka saya bersedia menerima sanksi, baik tesis beserta gelar
magister saya dibatalkan serta diproses sesuai peraturan perundang-undangan yang
berlaku ( UU No 20 Tahun 2003, pasal 25 ayat 2, dan pasal 70).
2. Tesis ini merupakan hak milik Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi
sebagian atau keseluruhan isi tesis pada jurnal atau forum ilmiah lain harus seijin
Ketua Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi sebagian atau
keseluruhan isi tesis di jurnal atau forum ilmiah harus menyertakan tim pembimbing
sebagai author dan Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS sebagai institusinya.
Apabila saya melakukan pelanggaran dari ketentuan publikasi ini, maka saya
bersedia mendapatkan sanksi akademik yang berlaku.
Surakarta, 14 Desember 2014
Mahasiswa,
Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari
S901308004
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
MOTTO
.
iv
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERSEMBAHAN
Karya ini kupersembahkan kepada:
Ibunda tercinta Christina Katarina Sutinah, M.Pd.,
Serta suami, dan anak-anakku tercinta Yesi, Rexy, dan Dio,
Terimakasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan.
Kakakku Sutarno, S.Si., Apt., M.M.,
Walau sangat jauh di sana, Mas adalah motivasi terbesarku,
Terima kasih atas segala dukungan, semangat, dan doanya selama ini.
v
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur Penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas
berkat limpahan nikmat, rahmat, serta kuasa-Nya, Penulis dapat menyelesaikan tesis
yang berjudul Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang
Menginfeksi Pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta . Dalam melakukan penelitian maupun penyusunan tesis ini, Penulis
mendapatkan banyak masukan, bantuan, dan bimbingan dari berbagai pihak yang
bermanfaat baik secara langsung maupun tidak langsung. Oleh karena itu, Penulis
mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, M. S. selaku Rektor Universitas Sebelas Maret.
2. Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S. selaku Direktur Program Pascasarjana
Universitas Sebelas Maret.
3. Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si. selaku Ketua Program Studi Biosain Program
Pascasarjana Universitas Sebelas Maret yang telah memberikan arahan dalam
proses pembelajaran di Program Studi Biosain.
4. Dr. Ari Susilowati, M. Si. selaku Sekretaris Program Studi Biosain Program
Pascasarjana Universitas Sebelas Maret.
5. Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah memberikan
saran dan arahan.
6. Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah
memberikan saran, kritikan, arahan, dan motivasinya.
7. Laboran, staf administrasi, dan asisten Laboratorium Biomedik Fakultas
Kedokteran Universitas Sebelas Maret.
8. Staf administrasi Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas
Sebelas Maret atas bantuan dan kerja samanya.
9. Orang tua, suami, dan anak-anak atas doa, dukungan, dan semangat yang selalu
dicurahkan.
10. Teman Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret
angkatan 2013 atas semangat dan dukungannya.
11. Semua pihak yang tidak dapat Penulis sebutkan satu persatu atas segala
bantuannya dalam penelitian dan penyusunan tesis ini.
vi
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu
Penulis mengharapkan kritik dan saran untuk perbaikan dan pembelajaran
selanjutnya. Akhir kata, Penulis mengharapkan agar tesis ini dapat memberikan
manfaat bagi semua pihak.
Surakarta, Desember 2014
Penulis
vii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Analisis Molekuler Sebagian Gen
HBsAg Virus Hepatitis B yang Menginfeksi pasien HIV di Rumah Sakit Umum
Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. TESIS. Pembimbing I: Prof. Drs. Sutarno,
M.Sc., Ph.D., II: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Program Studi Biosain, Program
Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
ABSTRAK
Pendahuluan: Koinfeksi HBV sering ditemukan pada penderita HIV dan meningkatkan
mortalitas dan morbiditas pasien, namun belum ada data terkait status koinfeksi HBV
pada komunitas pasien HIV di Rumah Sakit Umum Dr. Moewardi. Tujuan dari
penelitian ini adalah untuk mengetahui status koinfeksi HBV pada pasien HIV di
Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta.
Metodologi: Lima puluh satu sampel plasma yang diperoleh dari 51 pasien HIV di VCT
(Voluntary Counseling and Testing) Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta diperiksa secara molekuler untuk HBV dengan PCR nested. Sebagian gen
HBsAg diamplifikasi. Produk PCR disekuensing dan dianalisis secara molekuler.
Hasil: DNA HBV terdeteksi dalam 3.9% (2/51) sampel. Semua isolat HBV
diidentifikasi sebagai genotipe B3 dan subtipe adw2.
Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan pentingnya pemeriksaan rutin HBV pada
pasien HIV.
Kata kunci: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.
viii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Molecular analysis of part of HBsAg
gene of HBV (hepatitis B virus) infecting HIV patients in Dr. Moewardi General
Hospital in Surakarta. First supervisor: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. Second
supervisor: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Thesis. Biosain Postgraduate
Program. Sebelas Maret University, Surakarta.
ABSTRACT
Introduction: Co-infection with HBV (hepatitis B virus) is common among the HIV
infected individuals and increases the mortality and morbidity rate of the patients;
however, there are no data of the HBV co-infection status in the Dr. Moewardi General
Hospital HIV patient community. The aim of the present study was to investigate HBV
co-infection status in HIV patients in Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta.
Methodology: Fifty-one plasma samples obtained from 51 HIV patients in VCT
(voluntary counseling and testing) in Moewardi General Hospital in Surakarta were
subjected for molecular detection of HBV by nested PCR. A portion of the HBsAg gene
was amplified. The amplicons were sequenced and molecular analyzed.
Results: HBV DNA was detected in 3.9% (2/51) samples. All HBV isolates were
identified as genotype B3 subtype adw2.
Conclusion: This study highlights the need to perform routine detection of HBV
infection in HIV patients.
Keywords: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.
ix
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
i
HALAMAN PENGESAHAN
ii
HALAMAN PERSETUJUAN
iii
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS
iv
MOTTO
v
PERSEMBAHAN
vi
KATA PENGANTAR
vii
ABSTRAK
ix
ABSTRACT
x
DAFTAR ISI
xi
DAFTAR GAMBAR
xiii
DAFTAR TABEL
xiv
DAFTAR LAMPIRAN
xv
BAB I. PENDAHULUAN
1
A. Latar Belakang
1
B. Rumusan Masalah
2
C. Tujuan Penelitian
2
D. Manfaat Penelitian
3
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA
4
A. Kajian Teori
4
1. Virus Hepatitis B (HBV)
4
2. Hepatitis B Surface Antigen (HBsAg)
6
3. Koinfeksi HBV pada pasien HIV/ AIDS
6
B. Kerangka Pemikiran
8
BAB III METODE PENELITIAN
9
A. Waktu dan Tempat Penelitian
9
B. Alat dan Bahan
9
1. Alat
9
2. Bahan
9
x
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
C. Cara Kerja
10
1. Preparasi sampel
10
2. Ekstraksi DNA
10
3. Amplifikasi sebagian gen HBsAg
11
4. Elektroforesis
12
5. Sekuensing produk positif PCR nested
13
D. Analisis Data
13
E. Alur Penelitian
14
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15
A. DNA HBV dalam Sampel Pasien HIV
15
B. Sekuensing dan Analisis Molekuler Isolat HBV
16
BAB V SIMPULAN DAN SARAN
22
A. Simpulan
22
B. Saran
22
DAFTAR PUSTAKA
23
xi
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1 (A). Virion HBV (Liang, 2009).
5
Gambar 1 (B). Genom HBV (Yang et al., 2014).
5
Gambar 2.
Kerangka pemikiran.
8
Gambar 3.
Alur penelitian.
14
Gambar 4.
Visualisasi hasil elektroforesis produk PCR nested
15
sebagian regio HBsAg.
Gambar 5.
Pohon filogenetik berdasarkan sekuens nukleotida
sebagian gen HBsAg isolat uji yang dibandingkan
dengan isolat rujukan dari masing-masing genotipe
19
HBV A hingga H.
Gambar 6.
Penyejajaran asam amino posisi 122-177 Regio S
an
subtipe HBV.
20
xii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR TABEL
Tabel 1.
Komposisi reaksi PCR.
11
Tabel 2.
Kondisi PCR untuk siklus I dan II.
12
Tabel 3.
Homologi sekuen nukleotida isolat uji dengan seluruh
isolat di database GenBank berdasarkan analisis
BLASTN.
Tabel 4.
17
Daftar isolat rujukan HBV genotipe A-H yang
digunakan dalam analisis regio S (Liu et al., 2012).
xiii
commit to user
18
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1.
Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg D6-15 dengan
09IDSKAB-9.
Lampiran 2.
28
Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg HBV D6-37
dengan CJ43.
29
Lampiran 3.
GenBank isolat CJ43.
30
Lampiran 4.
GenBank isolat 09IDSKAB-9.
32
Lampiran 5.
Hasil BLAST dari isolat HBV 09IDSKAB-9 (Diakses 5
Oktober 2014).
Lampiran 6.
34
Hasil BLAST dari isolat HBV CJ43 (Diakses 5 Oktober
2014).
35
xiv
commit to user
digilib.uns.ac.id
ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B
YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM
DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA
TESIS
Disusun untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat Magister
Program Studi Biosain
oleh
Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari
S901 308 004
PROGRAM PASCASARJANA BIOSAIN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2014
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
iii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS
Saya menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa:
1.
Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B
yang menginfeksi Pasien HIV Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta ini adalah karya penelitian saya sendiri dan tidak terdapat karya ilmiah
yang pernah diajukan orang lain untuk memperoleh gelar akademik serta tidak
terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan orang lain, kecuali
yang tertulis dengan acuan yang disebutkan sumbernya, baik dalam naskah karangan
dan daftar pustaka. Apabila ternyata di dalam naskah tesis ini dapat dibuktikan
terdapat unsur plagiasi, maka saya bersedia menerima sanksi, baik tesis beserta gelar
magister saya dibatalkan serta diproses sesuai peraturan perundang-undangan yang
berlaku ( UU No 20 Tahun 2003, pasal 25 ayat 2, dan pasal 70).
2. Tesis ini merupakan hak milik Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi
sebagian atau keseluruhan isi tesis pada jurnal atau forum ilmiah lain harus seijin
Ketua Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi sebagian atau
keseluruhan isi tesis di jurnal atau forum ilmiah harus menyertakan tim pembimbing
sebagai author dan Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS sebagai institusinya.
Apabila saya melakukan pelanggaran dari ketentuan publikasi ini, maka saya
bersedia mendapatkan sanksi akademik yang berlaku.
Surakarta, 14 Desember 2014
Mahasiswa,
Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari
S901308004
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
MOTTO
.
iv
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERSEMBAHAN
Karya ini kupersembahkan kepada:
Ibunda tercinta Christina Katarina Sutinah, M.Pd.,
Serta suami, dan anak-anakku tercinta Yesi, Rexy, dan Dio,
Terimakasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan.
Kakakku Sutarno, S.Si., Apt., M.M.,
Walau sangat jauh di sana, Mas adalah motivasi terbesarku,
Terima kasih atas segala dukungan, semangat, dan doanya selama ini.
v
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur Penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas
berkat limpahan nikmat, rahmat, serta kuasa-Nya, Penulis dapat menyelesaikan tesis
yang berjudul Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang
Menginfeksi Pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta . Dalam melakukan penelitian maupun penyusunan tesis ini, Penulis
mendapatkan banyak masukan, bantuan, dan bimbingan dari berbagai pihak yang
bermanfaat baik secara langsung maupun tidak langsung. Oleh karena itu, Penulis
mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, M. S. selaku Rektor Universitas Sebelas Maret.
2. Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S. selaku Direktur Program Pascasarjana
Universitas Sebelas Maret.
3. Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si. selaku Ketua Program Studi Biosain Program
Pascasarjana Universitas Sebelas Maret yang telah memberikan arahan dalam
proses pembelajaran di Program Studi Biosain.
4. Dr. Ari Susilowati, M. Si. selaku Sekretaris Program Studi Biosain Program
Pascasarjana Universitas Sebelas Maret.
5. Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah memberikan
saran dan arahan.
6. Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah
memberikan saran, kritikan, arahan, dan motivasinya.
7. Laboran, staf administrasi, dan asisten Laboratorium Biomedik Fakultas
Kedokteran Universitas Sebelas Maret.
8. Staf administrasi Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas
Sebelas Maret atas bantuan dan kerja samanya.
9. Orang tua, suami, dan anak-anak atas doa, dukungan, dan semangat yang selalu
dicurahkan.
10. Teman Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret
angkatan 2013 atas semangat dan dukungannya.
11. Semua pihak yang tidak dapat Penulis sebutkan satu persatu atas segala
bantuannya dalam penelitian dan penyusunan tesis ini.
vi
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu
Penulis mengharapkan kritik dan saran untuk perbaikan dan pembelajaran
selanjutnya. Akhir kata, Penulis mengharapkan agar tesis ini dapat memberikan
manfaat bagi semua pihak.
Surakarta, Desember 2014
Penulis
vii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Analisis Molekuler Sebagian Gen
HBsAg Virus Hepatitis B yang Menginfeksi pasien HIV di Rumah Sakit Umum
Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. TESIS. Pembimbing I: Prof. Drs. Sutarno,
M.Sc., Ph.D., II: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Program Studi Biosain, Program
Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
ABSTRAK
Pendahuluan: Koinfeksi HBV sering ditemukan pada penderita HIV dan meningkatkan
mortalitas dan morbiditas pasien, namun belum ada data terkait status koinfeksi HBV
pada komunitas pasien HIV di Rumah Sakit Umum Dr. Moewardi. Tujuan dari
penelitian ini adalah untuk mengetahui status koinfeksi HBV pada pasien HIV di
Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta.
Metodologi: Lima puluh satu sampel plasma yang diperoleh dari 51 pasien HIV di VCT
(Voluntary Counseling and Testing) Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta diperiksa secara molekuler untuk HBV dengan PCR nested. Sebagian gen
HBsAg diamplifikasi. Produk PCR disekuensing dan dianalisis secara molekuler.
Hasil: DNA HBV terdeteksi dalam 3.9% (2/51) sampel. Semua isolat HBV
diidentifikasi sebagai genotipe B3 dan subtipe adw2.
Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan pentingnya pemeriksaan rutin HBV pada
pasien HIV.
Kata kunci: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.
viii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Molecular analysis of part of HBsAg
gene of HBV (hepatitis B virus) infecting HIV patients in Dr. Moewardi General
Hospital in Surakarta. First supervisor: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. Second
supervisor: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Thesis. Biosain Postgraduate
Program. Sebelas Maret University, Surakarta.
ABSTRACT
Introduction: Co-infection with HBV (hepatitis B virus) is common among the HIV
infected individuals and increases the mortality and morbidity rate of the patients;
however, there are no data of the HBV co-infection status in the Dr. Moewardi General
Hospital HIV patient community. The aim of the present study was to investigate HBV
co-infection status in HIV patients in Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta.
Methodology: Fifty-one plasma samples obtained from 51 HIV patients in VCT
(voluntary counseling and testing) in Moewardi General Hospital in Surakarta were
subjected for molecular detection of HBV by nested PCR. A portion of the HBsAg gene
was amplified. The amplicons were sequenced and molecular analyzed.
Results: HBV DNA was detected in 3.9% (2/51) samples. All HBV isolates were
identified as genotype B3 subtype adw2.
Conclusion: This study highlights the need to perform routine detection of HBV
infection in HIV patients.
Keywords: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.
ix
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
i
HALAMAN PENGESAHAN
ii
HALAMAN PERSETUJUAN
iii
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS
iv
MOTTO
v
PERSEMBAHAN
vi
KATA PENGANTAR
vii
ABSTRAK
ix
ABSTRACT
x
DAFTAR ISI
xi
DAFTAR GAMBAR
xiii
DAFTAR TABEL
xiv
DAFTAR LAMPIRAN
xv
BAB I. PENDAHULUAN
1
A. Latar Belakang
1
B. Rumusan Masalah
2
C. Tujuan Penelitian
2
D. Manfaat Penelitian
3
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA
4
A. Kajian Teori
4
1. Virus Hepatitis B (HBV)
4
2. Hepatitis B Surface Antigen (HBsAg)
6
3. Koinfeksi HBV pada pasien HIV/ AIDS
6
B. Kerangka Pemikiran
8
BAB III METODE PENELITIAN
9
A. Waktu dan Tempat Penelitian
9
B. Alat dan Bahan
9
1. Alat
9
2. Bahan
9
x
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
C. Cara Kerja
10
1. Preparasi sampel
10
2. Ekstraksi DNA
10
3. Amplifikasi sebagian gen HBsAg
11
4. Elektroforesis
12
5. Sekuensing produk positif PCR nested
13
D. Analisis Data
13
E. Alur Penelitian
14
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15
A. DNA HBV dalam Sampel Pasien HIV
15
B. Sekuensing dan Analisis Molekuler Isolat HBV
16
BAB V SIMPULAN DAN SARAN
22
A. Simpulan
22
B. Saran
22
DAFTAR PUSTAKA
23
xi
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1 (A). Virion HBV (Liang, 2009).
5
Gambar 1 (B). Genom HBV (Yang et al., 2014).
5
Gambar 2.
Kerangka pemikiran.
8
Gambar 3.
Alur penelitian.
14
Gambar 4.
Visualisasi hasil elektroforesis produk PCR nested
15
sebagian regio HBsAg.
Gambar 5.
Pohon filogenetik berdasarkan sekuens nukleotida
sebagian gen HBsAg isolat uji yang dibandingkan
dengan isolat rujukan dari masing-masing genotipe
19
HBV A hingga H.
Gambar 6.
Penyejajaran asam amino posisi 122-177 Regio S
an
subtipe HBV.
20
xii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR TABEL
Tabel 1.
Komposisi reaksi PCR.
11
Tabel 2.
Kondisi PCR untuk siklus I dan II.
12
Tabel 3.
Homologi sekuen nukleotida isolat uji dengan seluruh
isolat di database GenBank berdasarkan analisis
BLASTN.
Tabel 4.
17
Daftar isolat rujukan HBV genotipe A-H yang
digunakan dalam analisis regio S (Liu et al., 2012).
xiii
commit to user
18
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1.
Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg D6-15 dengan
09IDSKAB-9.
Lampiran 2.
28
Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg HBV D6-37
dengan CJ43.
29
Lampiran 3.
GenBank isolat CJ43.
30
Lampiran 4.
GenBank isolat 09IDSKAB-9.
32
Lampiran 5.
Hasil BLAST dari isolat HBV 09IDSKAB-9 (Diakses 5
Oktober 2014).
Lampiran 6.
34
Hasil BLAST dari isolat HBV CJ43 (Diakses 5 Oktober
2014).
35
xiv
commit to user