STATUS DELESI GEN APOBEC3B PASIEN MULTIDRUG-RESISTANT TUBERCULOSIS RUMAH SAKIT UMUM DAERAH DR. MOEWARDI DI SURAKARTA.
STATUS DELESI GEN APOBEC3B PASIEN MULTIDRUG-RESISTANT
TUBERCULOSIS RUMAH SAKIT UMUM DAERAH
DR. MOEWARDI DI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
FITRI IKA SURYANI
G0011096
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta
2014
i
ii
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah
diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan Penulis tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, Desember 2014
Fitri Ika Suryani
NIM. G0011096
iii
iv
ABSTRAK
Fitri Ika Suryani, G.0011096, 2014. Status Delesi Gen APOBEC3B Pasien
Multidrug-Resistant Tuberculosis Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta. Skripsi. Fakultas Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Data status delesi gen APOBEC3B di Indonesia masih minim.
Selain itu, data delesi gen APOBEC3B pada pasien Multidrug-Resistant
Tuberculosis (MDR-TB) Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta
juga belum diketahui. Penelitian ini ditujukan untuk mengetahui status delesi gen
APOBEC3B pasien MDR-TB Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta.
Metode: Sampel darah dikumpulkan dari 43 pasien MDR-TB Rumah Sakit
Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. Sampel darah kemudian digunakan
untuk isolasi DNA. Selanjutnya, dilakukan single Polymerase Chain Reaction
(PCR) untuk mendeteksi adanya delesi genotip gen APOBEC3B.
Hasil: Delesi genotip gen APOBEC3B ditemukan pada 81,4% (35/43) sampel.
Simpulan: Frekuensi delesi genotip gen APOBEC3B lebih banyak ditemukan
pada pasien MDR-TB Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta.
Kata kunci: Delesi, APOBEC3B, MDR-TB
iv
ABSTRACT
Fitri Ika Suryani, G.0011096, 2014. APOBEC3B Gene Deletion Status in
Multidrug-Resistant Tuberculosis Patients in Dr. Moewardi General Hospital in
Surakarta. Mini Thesis. Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: Data of APOBEC3B gene deletion status in Indonesia are limited.
Moreover, information about APOBEC3B gene deletion status in MultidrugResistant Tuberculosis (MDR-TB) patients in Dr. Moewardi General Hospital in
Surakarta was unknown. This study was aimed to know the APOBEC3B gene
deletion status in MDR-TB patients in Dr. Moewardi General Hospital in
Surakarta
Methods: Blood samples from 43 MDR-TB patients in Dr. Moewardi General
Hospital in Surakarta were collected, DNA isolation was performed for all
samples, followed by a single Polymerase Chain Reaction (PCR) to detect the
presentation of APOBEC3B gene deletion genotype.
Results: APOBEC3B gene deletion genotype was detected in 81.4% (35/43)
samples.
Conclusion: The APOBEC3B gene deletion genotype was frequently found in
MDR-TB patients Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta.
Keywords: APOBEC3B, Deletion, MDR-TB
v
PRAKATA
Alhamdulillah hirobbil’alamin, puji syukur Penulis haturkan kehadirat
Allah SWT, yang telah memberikan nikmat-Nya, sehingga Penulis dapat
menyelesaikan penelitian skripsi dengan judul “Delesi Gen APOBEC3B Pasien
Multidrug-Resistant Tuberculosis Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta”. Penelitian ini merupakan salah satu persyaratan dalam menyelesaikan
Program Sarjana Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas
Maret Surakarta.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini tidak akan berhasil tanpa adanya
bantuan dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh rasa hormat dan
ucapan terima kasih Penulis berikan kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM selaku Dekan
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret.
2. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. selaku Pembimbing Utama yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini.
3. Hudiyono, Drs., M.S. selaku Pembimbing Pendamping yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini.
4. Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK. selaku Penguji Utama yang telah memberikan
banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini.
5. Yulia Sari, S.Si., M.Si. selaku Penguji Pendamping yang telah memberikan
banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini.
6. Ari Natalia Probandari, dr., MPH., Ph.D. selaku Ketua dan Tim Skripsi
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret (Kusmadewi Eka D, dr., Sri
Enny Narbrietty, S.H., M.H., dan Bp. Sunardi) yang telah membantu
penyusunan skripsi ini.
7. Yang tercinta kedua orang tua, Bapak Harsono dan Ibu Endang Surini yang
senantiasa mendoakan tiada henti dan memberikan support dalam segala hal
sehingga terselesaikannya skripsi ini.
8. Yang tercinta adik Ari Mukti Wibowo yang senantiasa mendoakan tiada henti.
9. Teman-teman Asisten Biomedik 2011 (Ratna, Emi, Hanif, Irvan, dan Caca),
Asisten Biomedik 2012, Mbak Alfin, Mbak Evi, dan Bu Wiwid, atas
semangat yang tak henti-henti dan waktu yang selalu tersedia.
10. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung membantu proses
penelitian tugas karya akhir skripsi ini yang tidak mungkin disebutkan satu persatu.
Penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat. Saran, koreksi, dan
tanggapan dari semua pihak sangat diharapkan.
Surakarta, Desember 2014
Fitri Ika Suryani
vi
DAFTAR ISI
PRAKATA..................................................................................................... vi
DAFTAR ISI.................................................................................................. vii
DAFTAR TABEL.......................................................................................... ix
DAFTAR GAMBAR..................................................................................... x
DAFTAR LAMPIRAN.................................................................................. xi
BAB I PENDAHULUAN............................................................................ 1
A.......................................................................................................Latar
Belakang...................................................................................... 1
B....................................................................................................... Rumus
an Masalah................................................................................... 3
C....................................................................................................... Tujuan
Penelitian..................................................................................... 3
D.......................................................................................................Manfa
at Penelitian................................................................................. 3
BAB II LANDASAN TEORI....................................................................... 4
A.......................................................................................................Tinjau
an Pustaka.................................................................................... 4
B....................................................................................................... Kerang
ka Pemikiran................................................................................ 12
BAB III METODE PENELITIAN................................................................. 13
vii
A.......................................................................................................Jenis
Penelitian..................................................................................... 13
B....................................................................................................... Lokasi
Penelitian..................................................................................... 13
C....................................................................................................... Subjek
Penelitian..................................................................................... 13
D.......................................................................................................Ranca
ngan Penelitian............................................................................ 14
E....................................................................................................... Instru
men Penelitian............................................................................. 14
F........................................................................................................Cara
Kerja............................................................................................ 15
G.......................................................................................................Analisi
s Data........................................................................................... 17
BAB IV Hasil Penelitian.............................................................................. 18
BAB V
PEMBAHASAN............................................................................ 20
BAB VI SIMPULAN DAN SARAN........................................................... 22
A.....................................................................................................Simpul
an............................................................................................... 22
B.....................................................................................................Saran
...................................................................................................22
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................... 23
LAMPIRAN
viii
C.
DAFTAR TABEL
Tabel 3.1. Primer Delesi Gen APOBEC3B.................................................... 17
Tabel 3.2. Kondisi PCR Delesi Gen APOBEC3B......................................... 17
Tabel 4.1. Data Subjek Penelitian.................................................................. 18
Tabel 4.2. Status Delesi Gen APOBEC3B pada pasien MDR-TB Rumah Sakit
Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta.................................... 19
ix
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Kerangka Pemikiran................................................................. 12
Gambar 3.1. Rancangan Penelitian............................................................... 14
x
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Lembar Ethical Clearance
Lampiran 2. Data Subjek Penelitian
xi
TUBERCULOSIS RUMAH SAKIT UMUM DAERAH
DR. MOEWARDI DI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
FITRI IKA SURYANI
G0011096
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta
2014
i
ii
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah
diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan Penulis tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, Desember 2014
Fitri Ika Suryani
NIM. G0011096
iii
iv
ABSTRAK
Fitri Ika Suryani, G.0011096, 2014. Status Delesi Gen APOBEC3B Pasien
Multidrug-Resistant Tuberculosis Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta. Skripsi. Fakultas Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Data status delesi gen APOBEC3B di Indonesia masih minim.
Selain itu, data delesi gen APOBEC3B pada pasien Multidrug-Resistant
Tuberculosis (MDR-TB) Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta
juga belum diketahui. Penelitian ini ditujukan untuk mengetahui status delesi gen
APOBEC3B pasien MDR-TB Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta.
Metode: Sampel darah dikumpulkan dari 43 pasien MDR-TB Rumah Sakit
Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. Sampel darah kemudian digunakan
untuk isolasi DNA. Selanjutnya, dilakukan single Polymerase Chain Reaction
(PCR) untuk mendeteksi adanya delesi genotip gen APOBEC3B.
Hasil: Delesi genotip gen APOBEC3B ditemukan pada 81,4% (35/43) sampel.
Simpulan: Frekuensi delesi genotip gen APOBEC3B lebih banyak ditemukan
pada pasien MDR-TB Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta.
Kata kunci: Delesi, APOBEC3B, MDR-TB
iv
ABSTRACT
Fitri Ika Suryani, G.0011096, 2014. APOBEC3B Gene Deletion Status in
Multidrug-Resistant Tuberculosis Patients in Dr. Moewardi General Hospital in
Surakarta. Mini Thesis. Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: Data of APOBEC3B gene deletion status in Indonesia are limited.
Moreover, information about APOBEC3B gene deletion status in MultidrugResistant Tuberculosis (MDR-TB) patients in Dr. Moewardi General Hospital in
Surakarta was unknown. This study was aimed to know the APOBEC3B gene
deletion status in MDR-TB patients in Dr. Moewardi General Hospital in
Surakarta
Methods: Blood samples from 43 MDR-TB patients in Dr. Moewardi General
Hospital in Surakarta were collected, DNA isolation was performed for all
samples, followed by a single Polymerase Chain Reaction (PCR) to detect the
presentation of APOBEC3B gene deletion genotype.
Results: APOBEC3B gene deletion genotype was detected in 81.4% (35/43)
samples.
Conclusion: The APOBEC3B gene deletion genotype was frequently found in
MDR-TB patients Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta.
Keywords: APOBEC3B, Deletion, MDR-TB
v
PRAKATA
Alhamdulillah hirobbil’alamin, puji syukur Penulis haturkan kehadirat
Allah SWT, yang telah memberikan nikmat-Nya, sehingga Penulis dapat
menyelesaikan penelitian skripsi dengan judul “Delesi Gen APOBEC3B Pasien
Multidrug-Resistant Tuberculosis Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di
Surakarta”. Penelitian ini merupakan salah satu persyaratan dalam menyelesaikan
Program Sarjana Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas
Maret Surakarta.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini tidak akan berhasil tanpa adanya
bantuan dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh rasa hormat dan
ucapan terima kasih Penulis berikan kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM selaku Dekan
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret.
2. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. selaku Pembimbing Utama yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini.
3. Hudiyono, Drs., M.S. selaku Pembimbing Pendamping yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini.
4. Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK. selaku Penguji Utama yang telah memberikan
banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini.
5. Yulia Sari, S.Si., M.Si. selaku Penguji Pendamping yang telah memberikan
banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini.
6. Ari Natalia Probandari, dr., MPH., Ph.D. selaku Ketua dan Tim Skripsi
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret (Kusmadewi Eka D, dr., Sri
Enny Narbrietty, S.H., M.H., dan Bp. Sunardi) yang telah membantu
penyusunan skripsi ini.
7. Yang tercinta kedua orang tua, Bapak Harsono dan Ibu Endang Surini yang
senantiasa mendoakan tiada henti dan memberikan support dalam segala hal
sehingga terselesaikannya skripsi ini.
8. Yang tercinta adik Ari Mukti Wibowo yang senantiasa mendoakan tiada henti.
9. Teman-teman Asisten Biomedik 2011 (Ratna, Emi, Hanif, Irvan, dan Caca),
Asisten Biomedik 2012, Mbak Alfin, Mbak Evi, dan Bu Wiwid, atas
semangat yang tak henti-henti dan waktu yang selalu tersedia.
10. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung membantu proses
penelitian tugas karya akhir skripsi ini yang tidak mungkin disebutkan satu persatu.
Penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat. Saran, koreksi, dan
tanggapan dari semua pihak sangat diharapkan.
Surakarta, Desember 2014
Fitri Ika Suryani
vi
DAFTAR ISI
PRAKATA..................................................................................................... vi
DAFTAR ISI.................................................................................................. vii
DAFTAR TABEL.......................................................................................... ix
DAFTAR GAMBAR..................................................................................... x
DAFTAR LAMPIRAN.................................................................................. xi
BAB I PENDAHULUAN............................................................................ 1
A.......................................................................................................Latar
Belakang...................................................................................... 1
B....................................................................................................... Rumus
an Masalah................................................................................... 3
C....................................................................................................... Tujuan
Penelitian..................................................................................... 3
D.......................................................................................................Manfa
at Penelitian................................................................................. 3
BAB II LANDASAN TEORI....................................................................... 4
A.......................................................................................................Tinjau
an Pustaka.................................................................................... 4
B....................................................................................................... Kerang
ka Pemikiran................................................................................ 12
BAB III METODE PENELITIAN................................................................. 13
vii
A.......................................................................................................Jenis
Penelitian..................................................................................... 13
B....................................................................................................... Lokasi
Penelitian..................................................................................... 13
C....................................................................................................... Subjek
Penelitian..................................................................................... 13
D.......................................................................................................Ranca
ngan Penelitian............................................................................ 14
E....................................................................................................... Instru
men Penelitian............................................................................. 14
F........................................................................................................Cara
Kerja............................................................................................ 15
G.......................................................................................................Analisi
s Data........................................................................................... 17
BAB IV Hasil Penelitian.............................................................................. 18
BAB V
PEMBAHASAN............................................................................ 20
BAB VI SIMPULAN DAN SARAN........................................................... 22
A.....................................................................................................Simpul
an............................................................................................... 22
B.....................................................................................................Saran
...................................................................................................22
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................... 23
LAMPIRAN
viii
C.
DAFTAR TABEL
Tabel 3.1. Primer Delesi Gen APOBEC3B.................................................... 17
Tabel 3.2. Kondisi PCR Delesi Gen APOBEC3B......................................... 17
Tabel 4.1. Data Subjek Penelitian.................................................................. 18
Tabel 4.2. Status Delesi Gen APOBEC3B pada pasien MDR-TB Rumah Sakit
Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta.................................... 19
ix
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Kerangka Pemikiran................................................................. 12
Gambar 3.1. Rancangan Penelitian............................................................... 14
x
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Lembar Ethical Clearance
Lampiran 2. Data Subjek Penelitian
xi