Rumusan Masalah Pertanyaan Penelitian Batasan Masalah Tujuan Penelitian Manfaat Penelitian

Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR MC1R PADA IKAN GURAME Osphronemus gouramy Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu adanya informasi genetik mengenai urutan basa nitrogen gen ikan gurame pada literatur dan informasi genetik GenBank masih sangat sedikit, sehingga untuk memecahkan salah satu permasalahan serta mengembangkan ilmu dibutuhkan kajian penelitian gen MC1R untuk memperkaya informasi genetika. Informasi kajian gen MC1R dapat dijadikan sebagai awal tinjauan dan penelitian lebih dalam untuk menghadapi permasalahan yang ada pada ikan gurame. Penelitian untuk mendapatkan sequences diperlukan metode isolasi gen yang tepat salah satunya dengan proses amplifikasi DNA menggunakan primer yang tepat sesuai dengan kriteria dan standar pembuatan primer yang baik. Berdasarkan paparan yang sudah dijelaskan bahwa diperlukan penelitian untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen MC1R sel melanosit pada ikan gurame yang belum diketahui sequences DNA nya, dengan menggunakan primer yang dirancang dari sequences ikan Teleostei, sebagai gerbang awal solusi pemecahan salah satu masalah kesehatan ikan gurame yaitu ikan gurame yang telah terinfeksi oleh Aeromonas hydrophila yang merupakan bakteri patogen bagi ikan gurame dan ikan tawar lainnya. Harapan dari penelitian karakterisasi gen MC1R ini ditemukannya primer spesifik yang dapat membantu menganalisis tingkat stress dan kesehatan ikan gurame berdasarkan kualitas warna tubuhnya.

B. Rumusan Masalah

Apakah primer yang dirancang dari sequences ikan infraclassis Teleostei dapat mengamplifikasi gen Melanocortin-1-Receptor MC1R pada DNA genom ikan gurame Osphronemus gouramy?

C. Pertanyaan Penelitian

1 Bagaimana cara mendesain primer degenerate untuk mengamplifikasi gen MC1R? 2 Bagaimana keberhasilan amplifikasi gen MC1R menggunakan primer degenerate? 3 Bagaimana cara mengkarakterisasi gen MC1R? Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR MC1R PADA IKAN GURAME Osphronemus gouramy Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

D. Batasan Masalah

1 Sampel merupakan ikan gurame Osphronemus gouramy varian Angsa Soang yang didapat dari pengelolaan ikan Tasikmalaya dan Sukabumi, Jawa Barat, Indonesia 2 Primer spesifik yang digunakan merupakan hasil sequencing isolasi DNA genom dari gen MC1R. 3 Primer degenerate yang digunakan merupakan hasil alignment dari kumpulan DNA gen MC1R infraclassis Teleostei. 4 Karakterisasi gen yang dilakukan merupakan analisis multiple alignment, BLAST sequence, pohon filogenetik dan struktur protein domain.

E. Tujuan Penelitian

Mengkarakterisasi gen MC1R ikan gurame Osphronemus gouramy

F. Manfaat Penelitian

1 Memberikan informasi mengenai isolasi DNA genom MC1R pada ikan gurame Osphronemus gouramy. 2 Memberikan informasi mengenai uji validasi primer spesifik DNA genom MC1R dan stok sampel cDNA pada ikan gurame Osphronemus gouramy yang telah diinfeksi oleh Aeromonas hydrophila Strain A2. 3 Sebagai ilmu, khususnya dibidang biologi molekuler, mikrobiologi, dan hewan 4 Sebagai kajian pustaka awal bagi peneliti lain untuk mengembangkan penelitian. 20 Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR MC1R PADA IKAN GURAME Osphronemus gouramy Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu BAB III METODE PENELITIAN

A. Jenis Penelitian