perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
30
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Parameterisasi MIRA-3
Parameterisasi MIRA-3 dilakukan untuk memperoleh template ligan yang akan digunakan dalam penghitungan minimisasi, equilibrasi, dan simulasi.
Struktur MIRA-3 diperoleh dari hasil optimasi geometri menggunakan program molden
. Muatan diperoleh dengan RESP Restrained ElectroStatic Potensial Cieplak et al., 1995. Potensial elektrostatik ab initio untuk RESP dihitung
dengan GAUSSIAN98 Frisch et al., 1995 pada level teori HF6-31G. Hasil parameterisasi MIRA-3 disajikan pada gambar 10 dan tabel 1.
C
6
O
2
O
3
O
1
N
1
C
1
C
2
C
3
C
4
O
4
O
5
H
4
H
5
H
1
H
2
H
3
Gambar 10. Struktur MIRA-3 Terparameterisasi
Tabel 1. Kode atom, tipe atom, dan muatan
MIRA-3 yang
diperoleh dengan RESP. Kode
atom Tipe
atom Muatan
O2 OH
-0,657 H1
HO 0,476
C6 C
0,904 O3
O -0,619
O1 OS
-0,222 C5
C3 -0,062
H2=H3 H2
0,130 N1
N -0,129
C1=C4 C
0,582 O5=O4
O -0,511
C2 CC
-0,246 H4
HH 0,200
C3 CD
-0,246 H5
HA 0,200
B. Hasil Docking
Hasil docking diperoleh interaksi spesifik ligan MIRA-3 pada mutan p53- Y220C yang ditunjukkan oleh gambar 11, dimana terdapat lima posisi
penempelan MIRA-3 terhadap lekukan mutasi mutan p53-Y220C. Dari kelima
30
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
31
posisi tersebut, terdapat empat ligan yang masuk dalam daerah lekukan mutasi Y220C dan satu ligan yang berada di posisi luar lekukan mutasi.
Gambar 11. Hasil docking MIRA-3 digambarkan dengan stik berwarna hijau dengan mutan p53-Y220C digambarkan dengan surface berwarna
abu-abu. Warna ungu pada mutan p53-Y220C adalah residu sistein yang merupakan gugus aktif pada Y220C.
Lima posisi yang diperoleh dari docking dipilih satu posisi untuk proses simulasi selanjutnya. Posisi yang dipilih adalah klaster 1 ditunjukkan oleh
gambar stik tebal dimana pada tingkat klaster tersebut, memiliki energi ikatan terendah, serta jarak yang relatif dekat dengan permukaan lekukan mutan p53-
Y220C. Data energi hasil docking MIRA-3 dengan mutan p53-Y220C disajikan pada tabel 2.
Tabel 2. Data energi docking MIRA-3 dengan mutan p53-Y220C. Tingkat
klaster Energi ikat
terendah kkalmol Run
Energi ikat rata-rata kkalmol
Jumlah dalam klaster
1 -1,93
5 -1,42
6 2
-1,37 4
-1,37 1
3 -1,16
1 -1,16
1 4
-0,21 10
-0,21 1
5 +0,75
6 +0,75
1 Setelah diperoleh kompleks mutan p53-Y220C dengan MIRA-3 dan hasil
parameterisasi MIRA-3, selanjutnya dilakukan proses minimisasi, equilibrasi dan simulasi.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
32
C. Hasil Simulasi
Kategori