perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
14
gcm
3
, titik didih 285,7°C pada tekanan 760 mmHg serta titik nyala 126,6°C.
O O
O N
O O
H
Gambar 7. Struktur MIRA-3
2. Metode
a. Docking Aplikasi komputasi kimia salah satunya teknik docking yang merupakan
sebuah studi untuk memprediksi struktur 3 dimensi suatu kompleks yang terbentuk antara ligan dengan makromolekul, misalnya protein Choi and Vichy,
2005. Menurut Teodore, dkk 1999 docking mampu memprediksi kompleks ligan-protein dalam waktu yang cepat dan dengan biaya yang relatif murah.
Metode docking dilakukan dengan menempatkan ligan secara sistematis pada sisi aktif makromolekul Morris et al., 2010.
Menurut Kitchen et al., 2004, ada dua masalah umum yang dijumpai dalam docking molekul yaitu, pemilihan fungsi energi yang digunakan selama
proses docking dan pemilihan algoritma yang tepat. Proses docking dipengaruhi oleh afinitas ikatan antara lain dengan reseptor. Afinitas ikatan ini tergantung oleh
degree of freedom DOF dari ligan, untuk satu interaksi molekul dengan molekul
yang lain terdapat enam kemungkinan konfigurasi atau ada enam degree of freedom
sumbangan 3 translasi dan 3 rotasi Teodore et al., 1999. Salah satu software docking adalah autodock. Algoritma yang disediakan dalam proses
docking pada autodock adalah SA Simulated Annealing Monte Carlo, GA Genetic Algoritm, LS Local Search dan LGA Lamarckian Genetic Algoritm
Morris et al., 2010. b. Simulated Annealing SA
Annealing adalah satu teknik yang dikenal dalam bidang metalurgi, digunakan dalam mempelajari proses pembentukan kristal dalam suatu materi.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
15
Agar dapat terbentuk susunan kristal yang sempurna, diperlukan pemanasan sampai suatu tingkat tertentu, kemudian dilanjutkan dengan pendinginan yang
perlahan-lahan dan terkendali dari materi tersebut. Pemanasan materi di awal proses annealing, memberikan kesempatan pada atom-atom dalam materi itu
untuk bergerak secara bebas, mengingat tingkat energi dalam kondisi panas ini cukup tinggi. Proses pendinginan yang perlahan-lahan memungkinkan atom-atom
yang tadinya bergerak bebas itu, pada akhirnya menemukan tempat yang optimum, di mana energi internal yang dibutuhkan atom itu untuk
mempertahankan posisinya adalah minimum Kirkpatrick et al., 1983. Simulated Annealing bekerja dengan aturan:
1. Posisi, orientasi, konformasi ligan mulai berjalan secara acak 2. Selama siklus berlangsung, suhu diturunkan secara konstan:
a. Keadaan ligan mengalami perubahan acak b. Membandingkan energi antara posisi awal sistem dengan akhir sistem.
Perhitungan energi menggunakan algoritma Metropolis et al. 1953:
- B
T
, jika: Lebih rendah, maka langkah diterima
Lebih tinggi, langkah diterima jika -
B
T
Selain itu, langkah ditolak c. Siklus berakhir ketika kita melampaui selain jumlah yang diterima, atau
langkah ditolak
3. Suhu annealing diturunkan, 0,85 g 1, dimana Ti = g Ti-1
