Latar Belakang Analisis Gen 16S rRNA Bakteri Asam Laktat Isolat 18A Hasil Isolasi Kolon Sapi Bali.

1 BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bakteri asam laktat BAL merupakan kelompok bakteri yang memiliki kemampuan memproduksi asam laktat sebagai produk utama melalui homofermentasi dan heterofermentasi. Proses pengasaman dan enzimatik dalam pertumbuhan BAL mempengaruhi cita rasa, tekstur dan ketahanan pada berbagai makanan fermentasi Klasenhammer et al., 2002. Bakteri asam laktat dapat ditemukan pada asinan buah dan sayur Kusumawaty et al., 2003, minuman buah Plessis et al., 2004, sosis Ammor et al., 2005, cairan rumen sapi bali Suardana et al., 2007, susu Sujaya et al., 2008, gandum, beras, singkong Reddy et al., 2008, dan limbah kedelai Malik et al., 2008. Beberapa jenis BAL menjadi flora normal dalam saluran pencernaan baik pada manusia maupun hewan Surono, 2004. Sapi bali mempunyai daya adaptasi yang tinggi terhadap mutu pakan yang rendah Batan, 2006. Karakteristik ini memungkinkan untuk dapat ditemukan jenis BAL yang spesifik didasarkan atas prinsip bahwa jenis BAL sebagai flora normal di dalam saluran pencernaan yang bergantung dari beberapa faktor yang salah satunya adalah faktor pakan Suardana, 2007. Disamping peran utama BAL dalam fermentasi makanan, ada fungsi lain yang tidak kalah penting bagi kesehatan manusia. Bukti-bukti riset para peneliti dunia menunjukkan bahwa BAL yang dikonsumsi hidup dan tetap hidup di saluran pencernaan memberikan kontribusi positif bagi kesehatan, melalui aktivitas metabolismenya dan dikenal sebagai probiotik. Salah satu persyaratan dalam menseleksi strain probiotik yaitu harus memberikan efek antagonis terhadap bakteri patogen, Selain itu, strain probiotik yang diperoleh harus mempunyai kejelasan taksonominya, mulai dari genus sampai spesies bahkan sampai tingkatan sub spesies Surono, 2004. Identifikasi bakteri asam laktat dapat dilakukan berdasarkan sifat fenotipik dan genotipik. Identifikasi fenotipik didasarkan pada uji morfologi sel, pewarnaan Gram, uji motilasi, uji katalase, uji produksi gas dari glukosa, produksi asam dan uji pertumbuhan pada suhu, pH dan kadar garam yang berbeda Sudiarta, 2011. Metode identifikasi fenotipik ini memiliki kemungkinan bakteri lain yang mempunyai fenotip yang sama teridentifikasi menjadi spesies yang sama, padahal secara genetik belum tentu sama. Sehingga untuk mengidentifikasi bakteri pada tingkat spesies perlu diidentifikasi menggunakan analisis secara molekuler Gonzales et al., 2001. Identifikasi secara genotipik berdasarkan analisis molekuler menggunakan 16S rRNA bakteri dengan metode Polymerase Chain Reactions PCR - sekuensing Sunaryanto, 2012. Teknik ini sedang populer untuk menganalisis suatu bakteri yaitu dengan teknologi analisis sekuen gen. Gen yang sering digunakan adalah gen 16S rRNA Gonzales and Saiz, 2005. RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5S rRNA memiliki urutan basa terlalu pendek, sehingga tidak ideal dari segi analisis statistika, sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan tersier yang cukup panjang sehingga menyulitkan analisis. Molekul 16S rRNA memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif. Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Biasanya jika derajat kesamaan urutan basa gen penyandi 16S rRNA kurang dari 97 dapat dianggap sebagai spesies baru Pangastuti, 2006. Dari penelitian sebelumnya, telah dilakukan identifikasi fenotipik terhadap isolat 18A yang berasal dari kolon sapi bali positif sebagai BAL dan berpotensi mempunyai potensi antimikroba terhadap bakteri indikator E. coli dan S. aureus bersama-sama dengan 17 isolat lainnya yang ditunjukkan dengan adanya killing zone, namun kekuatan potensi antimikroba dari isolat 18A serta analisis genetiknya belum pernah dilakukan. Oleh karena itu untuk mengetahui potensi antimikroba dan karakteristik genotipik dari BAL isolat 18A, maka penelitian dengan judul “Analisis Gen 16S rRNA Bakteri Asam Laktat Isolat 18A Hasil Isolasi Kolon Sapi Bali ” menarik untuk dilakukan.

1.2 Rumusan Masalah