basa terlalu pendek, sehingga tidak ideal dari segi analisis statistika, sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan tersier yang cukup panjang
sehingga menyulitkan analisis. Molekul 16S rRNA memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan
basanya variatif. Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies.
Biasanya jika derajat kesamaan urutan basa gen penyandi 16S rRNA kurang dari 97 dapat dianggap sebagai spesies baru Pangastuti, 2006.
Dari penelitian sebelumnya, telah dilakukan identifikasi fenotipik terhadap isolat 18A yang berasal dari kolon sapi bali positif sebagai BAL dan berpotensi
mempunyai potensi antimikroba terhadap bakteri indikator E. coli dan S. aureus bersama-sama dengan 17 isolat lainnya yang ditunjukkan dengan adanya killing
zone, namun kekuatan potensi antimikroba dari isolat 18A serta analisis genetiknya belum pernah dilakukan. Oleh karena itu untuk mengetahui potensi
antimikroba dan karakteristik genotipik dari BAL isolat 18A, maka penelitian
dengan judul “Analisis Gen 16S rRNA Bakteri Asam Laktat Isolat 18A Hasil Isolasi Kolon Sapi Bali
” menarik untuk dilakukan.
1.2 Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang diatas, dapat dirumuskan permasalahan sebagai berikut:
1. Apakah bakteri asam laktat BAL isolat 18A yang diisolasi dari kolon sapi bali mempunyai potensi antimikroba?
2. Bagaimana sekuen gen 16S rRNA dari BAL isolat 18A hasil isolasi kolon sapi bali?
1.3 Tujuan Penelitian
1. Untuk mengetahui potensi antimikroba bakteri asam laktat BAL isolat 18A hasil isolasi kolon sapi bali.
2. Untuk mengetahui analisis susunan nukleotida dari gen 16S rRNA serta gambaran phylogenetic tree isolat 18A.
1.4 Manfaat Penelitian
1. Diharapkan dapat dijadikan sebagai sumber informasi mengenai potensi antimikroba bakteri asam laktat BAL isolat 18A Hasil isolasi kolon sapi
bali yang dapat dikembangkan menjadi calon probiotik unggul. 2. Dapat diketahui susunan gen 16S rRNA dari isolat 18A yang lebih akurat
secara molekuler
5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Bakteri Asam Laktat
Bakteri asam laktat terdiri dari 13 genera bakteri gram positif meliputi Carnobacterium, Enterococcus, Lactoccoccus, Lactobacillus, Lactosphaera,
Leuconostoc, Oenococcus, Pediococcus, Paralactobacillus, Streptococcus, Tetragenococcus, Weissella
dan Vagococcus
Jay, 2005. Lactobacillus,
Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, dan Streptococcus merupakan genus BAL yang sudah umum diketahui berperan dalam fermentasi susu. Genus
Oenococcus dan Tetragenococcus diketahui berperan dalam fermentasi pangan Widodo, 2003.
Semua BAL umumnya mempunyai kesamaan sifat gram positif non- sporeforming kokus, kokus, batang pendek, katalase negatif yang dapat
memproduksi asam laktat dengan cara memfermentasi karbohidrat. Komposisi basa DNA kurang dari 53mol G+C Todar, 2008. BAL yang menghasilkan dua
molekul asam laktat dari fermentasi glukosa disebut bakteri asam laktat homofermentatif, sedangkan BAL yang menghasilkan satu molekul asam laktat
dan satu molekul etanol serta satu molekul karbon dioksida disebut bakteri asam laktat heterofermentatif Reddy et al., 2008.
Meskipun BAL secara umum bersifat anaerobic, namun berbagai jenis strain reaksinya berbeda terhadap molekul oksigen. Beberapa strain obligat
homofermentatif seperti
Lactobacillus delbrueckii
subs. bulgarius
pertumbuhannya terhambat oleh oksigen yang terdifusi, tetapi pada beberapa
strain bahkan menggunakan molekul oksigen untuk menghasilkan NAD
+
dan mendapatkan ATP dari konversi asetil phosfat ke asetat. Secara umum,
keberadaan oksigen sangat menekan perkembangan BAL selaku bakteri anaerobic yang aerotoleran. Suhu optimum bagi pertumbuhan BAL juga beragam pada
setiap strain. Ada yang bersifat psikotropik mampu tumbuh pada suhu 5
o
C atau dibawahnya seperti genus Leuconostoc dan beberapa spesies Lactobacillus
fakultatif heterofermentatif, khususnya Lactobacillus sake. Beberapa strain BAL yang bersifat thermoduric tahan pada suhu tinggi seperti Enterococcus sp. Dan
Streptococcus thermophiles dapat tumbuh pada suhu hingga 50
o
C Surono, 2003. Pada dasarnya BAL merupakan kelompok organisme dengan kemampuan
metabolik yang beragam. Keragaman ini membuat BAL sangat mudah beradaptasi dengan berbagai kondisi. Lactobacillus acidophilus , L. bulgaricus ,
L. plantarum, L. sisipan, L. pentoaceticus, L brevis dan L. thermophilus adalah contoh penghasil asam laktat bakteri yang terlibat dalam fermentasi makanan.
Asam laktat yang dihasilkan BAL efektif dalam menghambat pertumbuhan bakteri lain yang dapat membusuk atau merusak makanan Battcock and Azam-
Ali, 1998.
2.2 Aktifitas Antibakteri Bakteri Asam Laktat
