31 menggambarkan pengelompokan antara 1 species yang termasuk ke dalam sub
genus Garcinia, 2 membedakan kelompok sub genus Garcinia dengan sub genus Xanthocymus dan 3 inter genus yaitu membedakan genus Garcinia dan
genus Calophyllum. Menurut Jones 1980
genus Garcinia diklasifikasikan menjadi 14 sub genus yaitu Garcinia, Rheediopsis, Teracentrum, Rheedia, Macrostigma,
Tetraphalangium, Tripetalum, Brindonia, Mungotia, Hebradendron, Xanthocymus, Paragarcinia, Discostigma dan Tagmanthera. Berdasarkan
klasifikasi dari Jones 1980, G. subelliptica masuk ke dalam sub genus ke XI yaitu Xanthocymus, sehingga hasil dendrogram tepat membentuk kelompok yang
memisahkan antara kelompok sub genus Garcinia dengan kelompok sub genus Xanthocymus.
Gambar 5. Dendrogram analisis karakter morfologi G. mangostana dan kerabat dekatnya membentuk 4 kelompok pada koefisien
kemiripan 0.67
Berdasarkan pengelompokan tersebut G. mangostana mengelompok dengan G. malaccensis pada koefisien kemiripan 0.88. Hal tersebut sejalan
dengan hipotesa Richards 1990b yang menyatakan tetua G. mangostana adalah G. malaccensis, tetapi pada kelompok A terdapat aksesi lainnya yaitu G. celebica,
A
B C
D
0.67
Koefisen kemiripan
Coefficient 0.45
0.59 0.73
0.86 1.00
hombroniana1 hombroniana2
celebicaTajurAJ celebicaKRB
celebicaAD celebicaTWM17
celebicaTWM18 malaccensis1
malaccensis2 malaccensis3
mangostana1 mangostana2
mangostana3 mangostana7
mangostana10 porectaTajur
forbesii subelliptica
inophylum
32 tampak lebih dekat mengelompok pada koefisien kemiripan sebesar 0.75 Tabel 9
dibandingkan dengan letak kelompok G. hombroniana terhadap G. mangostana. Tabel 9. Koefisien kemiripan G. mangostana dengan kerabat dekatnya
pada penanda morfologi
Aksesi Nilai koefisien
kemiripan
G. malaccensis vs
G. mangostana 0.88
G. celebica vs
G. mangostana 0.75
G. hombroniana vs
G. mangostana 0.72
G. porrecta vs
G. mangostana 0.68
G. forbesii vs
G. mangostana 0.64
G. subelliptica vs
G. mangostana 0.59
C. inophyllum vs
G. mangostana 0.45
Karakter yang menentukan terbentuknya pengelompokan dapat dianalisis pada nilai Analisis Komponen Utama. Analisis Komponen Utama
AKUPrincipal Component Analysis digunakan untuk 1 identifikasi peubah baru yang mendasari data peubah ganda, 2 mengurangi banyaknya dimensi
peubah yang banyak dan berkorelasi menjadi peubah baru yang tidak berkorelasi dengan mempertahankan keragaman pada himpunan data dan 3 menghilangkan
peubah asal yang mempunyai sumbangan informasi yang relatif kecil. Banyaknya komponen utama yang dipilih yaitu apabila persentase keragaman kumulatif
minimum 70 Supranto 2004. Hasil analisis komponen utama pada penanda morfologi dapat dijelaskan oleh 3 komponen utama yang mencakup hanya 72
data dari total keseluruhan data Tabel 10. Tabel 10. Nilai analisis komponen utama pada karakter morfologi
PC1 PC2 PC3
Eigenvalueakar ciri 3.6310
2.3908 1.2541
Proportion 0.360 0.237
0.124 Cumulative 0.36
0.59 0.72
Jumlah karakter 4
2 1
33 Jumlah karakter penentu pembentuk pengelompokan terpilih adalah
selaras dengan nilai akar ciri yaitu 4 karakter pada komponen utamaPC1, 2 karakter pada PC3 dan 1 karakter pada PC3 Tabel 11.
Tabel 11. Karakter morfologi pembentuk komponen utama
Komponen utama
Jumlah karakter
Jenis karakter Nilai
PC1 4
warna aril putih 0.251
ketebalan kulit buah sedang 0.246
ukuran bunga
sedang -0.246
warna mahkota bunga kuning kehijauan -0.240
PC2 2
warna daun muda hijau muda 0.230
posisi buah
dibuku 0.230
PC3 1
bentuk buah lonjong 0240
Karakter pembentuk komponen utama yaitu warna aril putih, ketebalan kulit buah sedang, ukuran buah sedang, warna mahkota bunga kuning kehijauan,
warna daun muda hijau muda, posisi buah di buku dan bentuk buah lonjong. Karakter warna aril putih pada G. mangostana, G. malaccensis dan G. forbesii,
ukuran bunga sedang yaitu G. celebica, G. porrecta dan C. inophyllum, warna mahkota bunga kuning kehijauan pada G. hombroniana, G. celebica dan
G. porrecta, warna daun hijau pada G. subelliptica dan C. inophyllum, posisi buah di bukudisamping seperti G. forbesii dan G. subelliptica, bentuk buah lonjong
pada G. malaccensis dan G. porrecta. Berdasarkan hasil analisis komponen utama terbentuk 6 kelompok yaitu
1 kelompok A meliputi G. hombroniana dan G. celebica, 2 kelompok B meliputi G. malaccensis dan G. mangostana, 3 kelompok C meliputi
G. porrecta, 4 kelompok D meliputi G. forbesii, 5 kelompok E meliputi G. subelliptica dan 6 kelompok F meliputi C. inophyllum Gambar 6.
Pengelompokan tersebut mencerminkan 72 dari keseluruhan data hasil pengamatan, sedangkan pengelompokan berdasarkan 100 data dapat ditunjukan
oleh dendrogram, tetapi jumlah kelompok dendrogram pada koefisien kemiripan 0.86, menghasilkan 6 kelompok yang sama dengan hasil analisis komponen utama
34 yaitu kelompok A meliputi G. hombroniana dan G. celebica, kelompok B
meliputi G. malaccensis dan G. mangostana, kelompok C meliputi G. porrecta, kelompok D meliputi G. forbesii, kelompok E meliputi G. subelliptica dan
kelompok F meliputi C. inophyllum.
Gambar 6. Analisis komponen utama dalam dua dimensi pada karakter morfologi G. mangostana dan kerabatnya dengan
membentuk 6 kelompok yaitu kelompok A meliputi G. hombroniana dan G. celebica, kelompok B meliputi
G. malaccensis dan G. mangostana, kelompok C meliputi G. porrecta, kelompok D meliputi G. forbesii, kelompok E
meliputi G. subelliptica dan kelompok F meliputi C. inophyllum.
Analisis Penanda Molekuler
Primer yang
digunakan untuk
analisis hubungan
kekerabatan G. mangostana adalah sebanyak 12 primer, tetapi primer yang mampu
menunjukan pola polimorfik adalah sebanyak 11 primer yaitu PKBT2, PKBT3, PKBT4, PKBT8, PKBT9, PKBT 11, ISSRED 12, ISSRED 17, ISSRED 18,
ISSRED 20, dan ISSRED 23. Amplifikasi primer terhadap 19 aksesi G. mangostana dan kerabat dekatnya menghasilkan 130 pita yang terdiri dari pola
pita polimorfik sebanyak 129 pita atau sebesar 99.23 dan pita monomorfik sebanyak 1 pita atau sebesar 0.77 Tabel 12. Keberagaman pola pita dari 11
primer menunjukan keberagaman yang tinggi hingga mencapai 99.23 yang terlihat dari nilai pola pita polimorfik yang dihasilkan, sedangkan pola pita
2 1
- 1 - 2
3 2
1 - 1
- 2 - 3
Fir st Co m p o n e n t S
e c
o n
d C
o m
p o
n e
n t
19 18
17
16 15
14 13
12 11
10 9
8 7
6 5
4 3
2 1
E D
F C B
A
35 monomorfik hanya terbentuk 1 pita mencapai 0.77 Tabel 12 yaitu PKBT2
pada ukuran 400 bp. Primer ISSRED12 dengan susunan basa AGAC4 mampu menghasilkan jumlah pita terbanyak yaitu 15 pita polimorfik, sedangkan primer
yang menghasilkan pola pita polimorfik sedikit adalah primer PKBT3 dengan susunan basa AG8T dan ISSRED 20 dengan susunan basa TCC5A, masing-
masing terbentuk 9 pita. Tabel 12. Rekapitulasi jumlah amplifikasi pita DNA G. mangostana dan
kerabat dekatnya pada 11 primer ISSR
No Primer Jumlah pita
Jumlah pita polimorfik
Jumlah pita monorfik
1 PKBT2 13
12 1
2 PKBT3 9 9 0
3 PKBT4 11 11 0
4 PKBT8 10 10 0
5 PKBT9 12 12 0
6 PKBT11 10 10 0
7 ISSRED12 15 15 0
8 ISSRED17 14 14 0
9 ISSRED18 13 13 0
10 ISSRED20 9 9 0
11 ISSRED23 14
14 Total
130 129
99.23 1 0.77
Analisis penanda molekuler DNA diperlukan untuk mengevaluasi menganalisis keragaman genetik dan hubungan kekerabatan antara populasi,
spesies maupun individu yang berbeda, karena marka molekuler lebih menunjukan pola perubahan evolusi jika dibandingkan dengan karakter morfologi
atau fisiologi. Berdasarkan hasil analisis data biner skor pita DNA dengan menggunakan program NTSYS, diperoleh 3 kelompok pada koefisien kemiripan
0.47 yaitu 1 kelompok A meliputi G. hombroniana, G. celebica, G. malaccensis, G. mangostana, G. porrecta, 2 kelompok B meliputi G. forbesii, dan
G. subelliptica, dan 3 kelompok C meliputi C. inophyllum Gambar 7.
36 Matrik korelasi r pada penanda molekuler sebesar 0.98602 artinya
pengelompokan tersebut sangat sesuai menggambarkan pengelompokan 1 species yang termasuk ke dalam sub genus Garcinia, 2 memisahkan kelompok
species yang termasuk ke dalam sub genus Garcinia dengan sub genus Xanthocymus dan 3 memisahkan kelompok genus Garcinia dengan genus
Calophyllum. Kesesuaian pengelompokan dapat diartikan bahwa setiap species tepat mengelompok misalnya G. mangostana tepat mengelompok dengan
G. mangostana, tidak ada yang mengelompok dengan C. inophyllum.
Gambar 7. Dendrogram analisis karakter molekuler DNA pada
G. mangostana dan kerabat dekatnya. Terbentuk 3 kelompok pada nilai koefisien kemiripan 0.47.
Kelompok 1 species yang termasuk ke dalam sub genus Garcinia yaitu G. mangostana, G. malaccensis, G. hombroniana, G. celebica, dan G. porrecta,
2 species yang termasuk ke dalam sub genus Xanthocymus yaitu G. subelliptica dan 3 kelompok out group yaitu genus Calophyllum yaitu C. inophyllum.
Berdasarkan dendrogram apabila dilihat dari nilai koefisien kemiripan 0.40, maka pengelompokan akan terbagi menjadi dua kelompok besar yang memisahkan
antara genus Garcinia dengan genus Calophyllum.
A
B C
0.47
Koefisen kemiripan
Coefficient 0.40
0.55 0.70
