kompleks dan
spesifik bagi
masing-masing isolat
bakteri. Pada
gambar 5 menunjukkan bahwa isolat JTV 1, JTV 2, JTV 4, JTV 5, JTV 7, JTV 8,
JTV 9, JTV 10, JTV 11, JTV 12, memiliki profil DNA band yang mirip, terlihat pada
bp 1000, 850, 750, 700 dan 650, memiliki lima molekul DNA yang sama, sedangkan
untuk isolat JTV 3 profil DNA band nya mirip dengan profil DNA band JTV 6,
terlihat pada bp 1050, 900, 850, dan 800, memiliki 4 molekul DNA yang sama.
Gambar 5. Hasil Elektroforesis rep-PCR.
Keterangan : M: DNA marker, m: JTV 13 , n: JTV 14, o: JTV 15, p: JTV 16, q:
JTV 17, r: JTV 18, s: JTV 19.
Gambar 4. Hasil Elektroforesis rep-PCR. Keterangan : M: DNA marker, a: JTV 1 ,
b: JTV 2, c: JTV 3, d: JTV 4, e: JTV 5, f: JTV 6, g: JTV 7, h: JTV 8, i: JTV 9, j: JTV
10, k: JTV 11, l: JTV 12.
Hasil amplifikasi DNA dengan Repetitive sequence-based Polymerase Chain Reaction
rep-PCR isolat JTV 13 sampai dengan JTV 19 disajikan pada gambar 6. Pada gambar 6
menunjukkan bahwa isolat JTV 13, JTV 14, JTV 15, JTV 16, JTV 17, dan JTV 18, memiliki profil
DNA band yang mirip, terlihat pada bp 1000, 850, 750, 700 dan 650, memiliki lima molekul
DNA yang sama, sedangkan untuk isolat JTV 19 profil DNA band nya berbeda dengan isolat yang
lainnya, terlihat pada bp 750 dan 600 Hasil
analisis dengan
Rep-PCR, kemudian
dikelompokkan berdasarkan
kesamaan profil
fingerprint DNA.
Pengelompokkan isolat
bakteri berdasarkan hasil amplifikasi DNA rep-
PCR menggunakan program tree view. Repetitive sequence-based Polymerase
Chain Reaction rep-PCR Isolat Vibrio pada udang windu
Hasil Rep-PCR diperoleh 22 isolat vibrio. Hasil amplifikasi DNA dengan
Repetitive sequence-based
Polymerase Chain Reaction rep-PCR isolat JTW1
sampai dengan JTW12 disajikan pada gambar 2. Hasil Rep-PCR menunjukkan
bahwa hasil
amplifikasi DNA
menggunakan rep-PCR
mampu menghasilkan profil
fingerprint yang
kompleks dan spesifik bagi masing-masing isolat bakteri. Pada gambar 2 menunjukkan
bahwa isolat JTW 1, JTW 2, JTW 4, JTW 5, JTW 7, JTW 8, JTW 9, JTW 10, JTW
11, JTW 12, memiliki profil DNA band yang mirip, terlihat pada bp 900, 800, 700,
600 dan 500, memiliki lima berat molekul DNA yang sama, sedangkan untuk isolat
JTW 3 profil DNA band nya mirip dengan profil DNA band JTW 6, terlihat pada bp
1000, 750 dan 650, memiliki 3 berat molekul
DNA yang
sama.
M a b c d e f g h i j k l
1000 900
800 700
600 500
200
Gambar 6. Hasil Elektroforesis rep-PCR.
Keterangan : M: DNA marker, a: JTW 1 , b: JTW 2, c: JTW 3, d: JTW 4, e: JTW 5, f: JTW 6, g: JTW 7, h: JTW 8, i: JTW 9, j: JTW 10, k: JTW 11, l: JTW 12.
Hasil amplifikasi DNA dengan Repetitive sequence-based Polymerase Chain Reaction rep-PCR isolat JTW 13 sampai dengan JTW 22 disajikan pada gambar 3. Pada gambar 3
menunjukkan bahwa isolat JTW 13, JTW 14, JTW 15, JTW 16, JTW 17, JTW 18, JTW 19, JTW 20, JTW 21 dan JTW 22 memiliki profil DNA band yang mirip, terlihat pada bp 1000, 900, 800
dan 700, memiliki empat berat molekul DNA yang sama.
JT W20 JT W19
JT W18 JT W17
JT W16 JT W15
JT W14 JT W13
JT W12 JT W11
JT W10 JT W9
JT W8 JT W7
JT W5 JT W4
JT W1 JT W2
JT W3 JT W6
M m n o p q r s t u v
1000 900
800 700
600
Gambar 7. Hasil Elektroforesis rep-PCR.
Keterangan : M: DNA marker, m: JTW 13 , n: JTW 14, o: JTW 15, p: JTW 16, q: JTW 17, r: JTW 18, s: JTW 19, t: JTW 20, u: JTW 21, v: JTW 22.
Hasil analisis dengan Rep-PCR, kemudian
dikelompokkan berdasarkan
kesamaan profil
fingerprint DNA.
Pengelompokkan isolat
bakteri berdasarkan hasil amplifikasi DNA rep-
PCR menggunakan program tree view. Hasil pengelompokan ke 22 isolat yang
menjadi causative agent vibriosis pada udang windu dapat dilihat pada dendogram
gambar 8.
.
JT V19 JT V5
JT V18 JT V17
JT V16 JT V15
JT V14 JT V13
JT V12 JT V11
JT V10 JT V9
JT V8 JT V7
JT V4 JT V1
JT V2 JT V3
JT V6
Kelompok I
Kelompok II
Kelompok III
Kelompok IV
Kelompok V
Gambar 8. Dendogram hasil pengelompokkan bakteri dengan rep PCR. Berdasarkan dendogram tersebut gambar
8 diperoleh bakteri
yang menjadi
causative agent penyebab vibriosis pada udang
vaname L.vanname
terbagi menjadi 3 kelompok. Kelompok I terdiri
dari isolat JTV 19, kelompok II , terdiri dari JTV 1, JTV 2, JTV 4, JTV 5, JTV 7,
JTV 8, JTV 9, JTV 10, JTV 11, JTV 12, JTV 13, JTV 14, JTV 15, JTV 16, JTV 17,
JTV 18, kelompok III terdiri dari isolat JTV 3 dan JTV 6. Sedangkan pada udang
windu bakteri yang menjadi causative agent penyebab vibriosis pada udang
windu P. Monodon Fab. terbagi menjadi 2 kelompok. Kelompok IV terdiri dari 20
isolat yaitu JTW 1, , JTW 14, JTW 15, JTW 16, JTW 17, JTW 18, JTW 19, JTW
20, JTW 21, JTW 22, sedangkan kelompok V terdiri dari 2 isolat yaitu JTW
3 dan JTW 6. Proses selanjutnya dipilh 5 isolat yang
mewakili masing-masing kelompok untuk dilakukan sekuensing dengan sekuen PCR
16S rDNA. Kelompok I diwakili oleh JTV 19, kelompok II diwakili oleh isolat JTV
5, kelompok III diwakili oleh isolat JTV 3, kelompok IV diwakili JTW 1,
kelompok V diwakili oleh isolat JTW 3
dan JTW6.
Homologi isolate Bakteri dengan bakteri database Gen Bank
No Isolat Hasil Sekuensing
Homologi No Akses
1 JTV 3
Vibrio rotiferianus 95
Gq175915.1 2
JTV 5 Uncultured Bacterium
98 FN823947.1
3 JTV 19
Vibrio sp 100
JN402325.1 4
JTW 1 Uncultured Bacterium
98 FJ7866104.1
5 JTW 3
Vibrio gallicus 100
AJ440009.1 6
JTW 6 Shewanella algae
100 JF431412.1
Dendogram hasil rep-PCR causative agent
vibriosis dari pertambakkan Kendal Pohon Phylogenetic Agensia Penyebab
Vibriosis pada Udang Vannamei dan udang windu dari pertambakkan Desa
Wakak, Kabupaten Kendal.
U nc ult ure d ba c t e rium V ibrio sp
J T V 1 8 J T V 1 7
J T V 1 6 J T V 1 5
J T V 1 4 J T V 1 3
J T V 1 2 J T V 1 1
J T V 1 0 J T V 9
J T V 8 J T V 7
J T V 4 J T V 1
J T V 2 V ibrio ha rve yi
J T V 6
NR 025478.1 Vibrio xuii R 15052 DQ146983.1 Vibrio sp. V322
AB457055.1 Vibrio sp. SB G3 HQ677232.1 Vibrio sp. L-31
AJ440009.1 Vibrio gallicus LMG 21330 HWK 23
HIK 5 JF692695 Uncultured bacterium clone JOAG04C
JF692678.1 Uncultured bacterium clone JOAF04C DQ357813.1 Vibrio sp.
HWK 1 FJ786104.1 Uncultured bacterium clone S0 51
HWK35 JF414773.1 Shewanella algae BPRIST022
JF342358.1 Shewanella algaeS1216 HQ876210.1 Shewanella sp. 8122
HM016087.1 Shewanella algae ATCC 51192 HM016086.1 Shewanella haliotis DW01
HQ694830 Vibrio parahaemolyticus strain BG24 HQ123986.1 Vibrio parahaemolyticus strain SB
Vibrio rotiferianus strain LMG 21460 Vibrio rotiferianus strain F75121
Vibrio harveyi strain B5 Vibrio sp HDC8
Vibrio rotiferianus HIK 3
HIK 69 JN402325.1 Vibrio sp. N3
JN087491.1 Uncultured Vibrio sp. clone Liv16S L267 JN128268.1 Vibrio campbellii HNS034
JN128263.1 Vibrio azureus HNS029 HQ827779.1 Vibrio alginolyticus C100311
FN436276.1 Vibrio alginolyticus strain N26 1 FJ981876.1 Vibrio sp.
FJ906750.1 Vibrio alginolyticus strain HN08801 Salinicoccus sp. 10017 EU432557.1
FN823947.1 Uncultured bacterium clone 104N C2
12 1
7 5
100 63
94 13
4 2
5 99
34 97
45 25
39
23 68
98 37
58 52
9 2
1 3
63 49
6 2
2 4
36
Grafik Data Uji pathogen dari 3 Isolat Vibrio
yang merupakan
Agensia Penyebab Utama Vibriosis pada Udang
windu dan Vannamei
3.2. Pembahasan
