Latar Belakang KAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rRNA.

1 BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bakteri asam laktat BAL merupakan bakteri Gram positif, tidak berspora, berbentuk basil atau kokus, menghasilkan asam laktat sebagai hasil dari fermentasi karbohidrat, katalase negatif, mikroaerotoleran dan asidotoleran Axelsson, 1998. Secara fisiologis dan aktivitas metabolismenya, bakteri asam laktat yang menghasilkan dua molekul asam laktat dari fermentasi glukosa disebut bakteri asam laktat homofermentative, sedangkan bakteri asam laktat yang menghasilkan satu molekul asam laktat, dan satu molekul etanol serta satu molekul karbon dioksida CO 2 disebut bakteri asam laktat heterofermentative Surono, 2004. Beberapa spesies dari bakteri asam laktat berpotensi dalam memproduksi bakteriosin dan bersifat probiotik Ruzanna, 2011. Bakteriosin memiliki peranan penting dalam menanggulangi terjadinya suatu infeksi, serta memiliki kelebihan daripada senyawa antimikroba yang lain yaitu aman dan mampu mencegah atau menghambat resistensi Marshall dan Arenas, 2003 Sapi bali yang merupakan sapi asli Indonesia, merupakan hasil domestikasi banteng Bos Bibos banteng Batan, 2006. Keunggulan sapi bali yaitu cepat berkembang biakfertilitas tinggi, persentase karkas yang tinggi, mudah beradaptasi dengan lingkungannya, dapat hidup di lahan kritis karena dapat memanfaatkan hijuan yang kurang bergizi, dan mempunyai daya cerna yang baik terhadap pakan Hardjosubroto, 1994. Diketahui bahwa pakan memberikan pengaruh terhadap ekologi dari bakteri asam laktat dalam saluran pencernaan Suardana dan Suarsana, 2007. Saluran pencernaan manusia ataupun hewan memiliki sejumlah besar mikroorganisme, pada usus besar atau colon bisa ditemukan sebanyak 400-500 jenis bakteri yang jumlahnya dapat mencapai triliunan 10 12 -10 14 bakteri. Bakteri asam laktat BAL umumnya ditemukan sekitar 10 4 -10 9 bakteri per gram isi kolon 2 Lambert dan Hull, 1996. Sehingga akan menarik untuk mengidentifikasi BAL pada saluran cerna sapi bali. Upaya identifikasi spesies bakteri asam laktat dapat dilakukan melalui pemeriksaan karakteristik morfologi, metabolit, fenotipik dan genotifik. Metode fenotipik dianggap kurang efisien dan kurang akurat karena mengandalkan ekspresi fenotip di bawah kondisi laboratorium dan dapat menyebabkan kesalahan identifikasi misidentification Chenooll et al., 2003. Metode genotipik yang banyak diaplikasikan dalam studi identifikasi mikrobia adalah menggunakan analisis skuen gen 16S dan 23S rRNA Anindita, 2013. Protein16S rRNA berupa polinukleotida besar 1500-2000 pasang basa dan merupakan bagian dari subunit kecil dari ribosom prokariot. Protein 16S rRNA bersama dengan beberapa protein kecil tergabung dalam subunit kecil ribosom. Analisis terhadap gen penyandi 16S rRNA merupakan metode terpilih untuk identifikasi dan melihat filogenitas bakteri Puspaningrum, 2008. Protein 16S rRNA dapat digunakan sebagai penanda molekuler karena molekul ini bersifat ubikuitus dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme. Molekul ini juga dapat berubah sesuai jarak evolusinya, sehingga dapat digunakan sebagai kronometer evolusi yang baik. Molekul 16S rRNA memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif Stackebrandt dan Goebel, 1995. Penggunaan gen 16S rRNA telah digunakan sebagai parameter sistemik molekuler yang universal, represertatif, dan praktis untuk mengkonstruksi keberadaan filogenentik pada tingkat spesies Woese et al., 1990 dalam Khaeruni, 2005. Identifikasi molekuler dengan 16S rRNA penting untuk dilakukan agar diketahui identitas isolat bakteri asam laktat terpilih hingga tingkat spesies dan menjadi dasar untuk identifikasi karakter khas bakteri lebih lanjut. Isolat bakteri asam laktat BAL 9A merupakan bakteri asam laktat hasil isolasi 20 sampel feses yang berasal dari kolon sapi bali. Isolat BAL 9A terkonfirmasi sebagai BAL didasarkan atas uji penumbuhan pada MRS, uji katalase, pewarnaan Gram dan diketahui memiliki killing zone terhadap pertumbuhan bakteri patogen, merupakan hasil dari penelitian yang di lakukan 3 sebelumnya Lindawati dan Suardana, 2014. Disisi lain, uji antimikroba dari isolat BAL 9A belum di ukur secara pasti disamping analisis untuk menentukan strain isolat BAL secara akurat belum dilakukan sehingga penelitian dengan judul “Kajian Molekuler Bakteri Asam Laktat Isolat 9A Hasil Isolasi dari Kolon Sapi Bali Melalui Analisis Gen 16S rRNA” menarik untuk dilakukan.

1.2 Rumusan Masalah