5
3. METODE PENELITIAN
Tahapan Penelitian
Penelitian ini terdiri atas tiga tahap utama yaitu praproses, proses identifikasi protein-protein signifikan dan pengujian jejaring penyangga. Aktifitas
yang dilakukan pada praproses yaitu mengoleksi data kandidat protein-protein signifikan dengan menggunakan basis data OMIM dan data PPI dengan
menggunakan basis data STRING. Pada proses identifikasi aktifitas yang dilakukan adalah mengkonstruksi jejaring protein-protein interaksi jejaring PPI,
menganalisis topologi jejaring PPI untuk memperoleh protein-protein signifikan yang kemudian dipergunaan untuk mengkonstruksi jejaring penyangga dan
mengkonstruksi subnetwork dari jejaring PPI. Terakhir adalah mengkonstruksi jejaring uji untuk menguji kekokohan jejaring penyangga yang terbentuk. Tahapan
penelitian ini digambarkan dalam bagan yang ditampilkan pada Gambar 2.
Pengumpulan Data
Data yang digunakan pada penelitian ini adalah 1 data kandidat protein- protein signifikan yang berasosiasi dengan DM yang diekstraksi dari basis data
OMIM Huang H et al. 2012. Basis data OMIM http: www.omim.org adalah Konstrusi Jejaring
Konstruksi jejaring PPI dan identifikasi
semua jalur terpendek
Konstruksi subnetwork dari
semua jalur terpendek
Konstrusi jejaring uji dan hitung akurasi
jejaring uji terhadap jejaring penyangga
Konstruksi Jejaring
Penyangga Evaluasi analisis
subnetwork
Protein-protein Signifikan Diabetes
P1, P2, ... , Pk Akurasi jarigan uji
terhadap jejaring penyangga
Penyakit Diabetes
Ekstraksi kandidat protein
dari literatur Scanning
interaksi protein Basis data
OMIM
basis data STRING
Gambar 2. Skema tahapan penelitian identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM tipe 2 menggunakan analisis jejaring interaksi antar protein
ensiklopedia gen-gen manusia dan penyakit genetik yang menghubungkan entry gen pada GenBank dan literatur ilmiah pada PubMed. Tipe query adalah
“Gene Map” dengan query key “diabetes mellitus” Gambar 3.
Basis data OMIM mengambalikan sejumlah protein yang kemudian disebut kandidat protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM. Kandidat protein-
protein signifikan yang berasosiasi dengan DM merupakan sejumlah protein- protein yang diduga berkontribusi menyediakan nutrisi Acencio ML, Lemke N.
2009 yang diperlukan untuk menghasilkan insulin dalam jumlah yang cukup bagi tubuh manusia. Kandidat protein-protein signifikan ini saling berinteraksi baik
secara langsung maupun tidak langsung. 2 data protein-protein interaksi PPI, data ini diperoleh dari basis data STRING http:www.string-db.org dengan
melibatkan 2,5 juta protein dari 630 organisme yang berbeda Jensen et al. 2009.
HNF1A Kandidat Protein
Signifikan
Gambar 3. Tampilan depan dari basis data OMIM
Gambar 4. Tampilan depan dari basis data STRING