υ dalam undirected TINJAUAN PUSTAKA

5

3. METODE PENELITIAN

Tahapan Penelitian Penelitian ini terdiri atas tiga tahap utama yaitu praproses, proses identifikasi protein-protein signifikan dan pengujian jejaring penyangga. Aktifitas yang dilakukan pada praproses yaitu mengoleksi data kandidat protein-protein signifikan dengan menggunakan basis data OMIM dan data PPI dengan menggunakan basis data STRING. Pada proses identifikasi aktifitas yang dilakukan adalah mengkonstruksi jejaring protein-protein interaksi jejaring PPI, menganalisis topologi jejaring PPI untuk memperoleh protein-protein signifikan yang kemudian dipergunaan untuk mengkonstruksi jejaring penyangga dan mengkonstruksi subnetwork dari jejaring PPI. Terakhir adalah mengkonstruksi jejaring uji untuk menguji kekokohan jejaring penyangga yang terbentuk. Tahapan penelitian ini digambarkan dalam bagan yang ditampilkan pada Gambar 2. Pengumpulan Data Data yang digunakan pada penelitian ini adalah 1 data kandidat protein- protein signifikan yang berasosiasi dengan DM yang diekstraksi dari basis data OMIM Huang H et al. 2012. Basis data OMIM http: www.omim.org adalah Konstrusi Jejaring Konstruksi jejaring PPI dan identifikasi semua jalur terpendek Konstruksi subnetwork dari semua jalur terpendek Konstrusi jejaring uji dan hitung akurasi jejaring uji terhadap jejaring penyangga Konstruksi Jejaring Penyangga Evaluasi analisis subnetwork Protein-protein Signifikan Diabetes P1, P2, ... , Pk Akurasi jarigan uji terhadap jejaring penyangga Penyakit Diabetes Ekstraksi kandidat protein dari literatur Scanning interaksi protein Basis data OMIM basis data STRING Gambar 2. Skema tahapan penelitian identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM tipe 2 menggunakan analisis jejaring interaksi antar protein ensiklopedia gen-gen manusia dan penyakit genetik yang menghubungkan entry gen pada GenBank dan literatur ilmiah pada PubMed. Tipe query adalah “Gene Map” dengan query key “diabetes mellitus” Gambar 3. Basis data OMIM mengambalikan sejumlah protein yang kemudian disebut kandidat protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM. Kandidat protein- protein signifikan yang berasosiasi dengan DM merupakan sejumlah protein- protein yang diduga berkontribusi menyediakan nutrisi Acencio ML, Lemke N. 2009 yang diperlukan untuk menghasilkan insulin dalam jumlah yang cukup bagi tubuh manusia. Kandidat protein-protein signifikan ini saling berinteraksi baik secara langsung maupun tidak langsung. 2 data protein-protein interaksi PPI, data ini diperoleh dari basis data STRING http:www.string-db.org dengan melibatkan 2,5 juta protein dari 630 organisme yang berbeda Jensen et al. 2009. HNF1A Kandidat Protein Signifikan Gambar 3. Tampilan depan dari basis data OMIM Gambar 4. Tampilan depan dari basis data STRING