20
dari kelompok ukuran kecil, sedang dan besar masing-masing 10 ekor. Apabila yang tertangkap kurang dari 100 ekor, maka diambil semua dari jumlah yang
tertangkap. Pengukuran parameter lingkungan juga dilakukan sekali setiap bulan selama satu tahun dilakukan setelah pengambilan sampel ikan lais di setiap lokasi
pengambilan sampel ikan lais. Aspek biologi reproduksi yang diteliti pada ikan lais jantan dan betina meliputi perkembangan gonad, ukuran ikan matang gonad, musim
pemijahan, lokasi pemijahan, pola pemijahan, potensi reproduksi dan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi ikan lais. Khusus untuk pemeriksaan
diameter telur dan fekunditas dilakukan terhadap ikan lais betina yang matang gonad.
b. Penelitian Keragaman Genetik
Penelitian keragaman genetik ikan lais dilakukan berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino dari gen sitokrom b DNA mitokondria. Tujuan
penelitian adalah untuk mengkaji keragaman genetik ikan lais di S. Kampar berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino dari gen sitokrom b DNA
mitokondria yang meliputi penanda genetik dan hubungan kekerabatan. Analisis keragaman genetik dilakukan terhadap O. hypophthalmus dari S. Kampar Kanan
Buluh Cina, S. Kampar Kiri Mentulik, S. Kampar Langgam, Segati, Kejuit. Analisis keragaman genetik juga dilakukan terhadap ikan lais lainnya yaitu O.
eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K. apogon yang berasal dari S. Kampar Kanan, S. Kampar Kiri dan S. Kampar Tabel 2.
b.1 Isolasi DNA Total
Otot ikan lais diambil dalam bentuk potongan kecil dan dicacah halus. Sampel otot tersebut dimasukkan ke dalam tabung polietilen, kemudian
ditambahkan dengan larutan digestion buffer sebanyak 500 l komposisi larutan disajikan pada Lampiran 4, selanjutnya sampel dihancurkan sampai halus dengan
pengaduk gelas di dalam tabung polietilen. Setelah sampel cukup halus, ditambahkan lagi larutan digestion buffer 250 l, digoyang sebentar, dan diinkubasi
pada inkubator dengan suhu 55ºC selama semalam, setelah itu disentrifugasi
21
dengan kecepatan 6500 rpm selama beberapa detik, kemudian supernatannya dipindahkan ke tabung polietilen baru Duryadi 1993.
b.2 Purifikasi DNA Total
Sampel yang sudah diinkubasi ditambah fenol sebanyak 500 l, digoyang sampai tercampur rata, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm
selama 3 menit. Supernatan dipindahkan ke tabung polietilen baru, kemudian ditambahkan kloroform iso amil alkohol sebanyak 500 l, digoyang sampai
tercampur rata dan disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 3 menit. Supernatan cairan bagian atas dipindahkan ke tabung polietilen baru dan
ditambahkan etanol absolut dingin sebanyak 2 kali volume sampel, digoyang sebentar, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 5 menit.
Selanjutnya etanol absolut dalam tabung polietilen tersebut dibuang, endapan pelet yang tinggal dalam tabung polietilen ditambahkan dengan etanol 70
sebanyak 500 l, digoyang sebentar dan disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 5 menit, kemudian DNA yang diperoleh dikeringkan di udara terbuka.
Setelah itu DNA ditambahkan dengan larutan TE Tris HCl - EDTA sebanyak 100 l komposisi larutan disajikan pada Lampiran 4, digoyang sebentar, selanjutnya
diinkubasi pada inkubator dengan suhu 37ºC selama 15 menit. Sampel DNA disimpan pada suhu 4ºC Duryadi 1993.
b.3 Elektroforesis Hasil Purifikasi DNA Total
