Isolasi bakteri patogen genus Salmonella dilakukan dengan menuang sampel air sebanyak 1 ml
atau menuang 1 gr sedimen atau serasah atau daging biota ke dalam media enrichment, kemudian
diinkubasikan dalam inkubator selama 24 jam pada
suhu 35
o
C. Selanjutnya dari kultur media enrichment, diambil sebanyak 1 ml sampel dan diinokulasikan ke
dalam media selenit, selanjutnya sampel diinkubasikan ke dalam inkubator dengan suhu 35
o
C selama 24 jam. Dengan menggunakan jarum ose, kultur bakteri pada
media selenit diinokulasikan ke media XLD agar, kemudian sampel diinkubasikan ke dalam inkubator
selama 24 jam pada suhu 35
o
C. Bakteri yang tumbuh pada media XLD agar selanjutnya diuji pada media uji
TSI, SIM, LDB, Sulit, dan Urea untuk mendeterminasi jenis bakteri.
4. Isolasi Bakteri Heterotroik
Populasi bakteri heterotroik dianalisis dengan metode pour plate WHO, 1982 dengan pengenceran
hingga 10
-4
menggunakan buffer phosphate yang ditanam ke dalam media marine agar dan media
modiied marine agar sebanyak 1 ml. Masing- masing sampel diulang sebanyak 2 kali, ditanam dengan
metode pour plate dengan menggunakan kurang lebih 20 ml media marine agar AL dan modiied marine
agar AT pada cawan petri steril. Sampel diinkubasikan pada inkubator dengan suhu ruang, selama 7 hari.
Setelah 7 hari, koloni yang tumbuh dihitung dengan jumlah koloni antara 30-300 upk. Metode ini berlaku
untuk sampel air dan sedimen. Jumlah koloni diantara kisaran tersebut kemudian diolah menurut perhitungan
Hadioetomo 1993. Nilai yang diperoleh merupakan jumlah koloni bakteri heterotroik dalam suatu sampel.
5. Menghitung Total Sel
Sampel sedimen sebanyak 0,5 gram dilarutkan dalam air laut steril kemudian dihomogenisasikan
dengan menggunakan vortex. Sebanyak 0,5 ml sampel ditambahkan ke dalam 2,29 ml larutan pewarna
acridine orange sehingga diperoleh pengenceran 10-1 J. Segara Vol. 8 No. 2 Desember 2012: 65-75
dan disimpan pada suhu 4°C Mitra Takahata, 2008. Selanjutnya disiapkan alat saring yang terdiri dari ilter
membran polikarbonat milipore berdiameter 25 mm, berpori-pori 0,2 μm dan dihubungkan pada vacuum
pump EYELA Type A-10005. Sebanyak 1 ml sampel
diambil secara aseptis menggunakan pipet tip mikro steril dan dimasukkan ke dalam alat saring yang telah
disiapkan.
Untuk menentukan jumlah bakteri yang ada di dalam suatu medium dapat digunakan beberapa cara,
salah satunya adalah dengan cara menjumlah bakteri secara keseluruhan total cell counts yaitu menghitung
semua bakteri yang ada di dalam suatu medium biakan,
baik yang hidup maupun yang mati Lay, 1994. Perhitungan total sel total cell count dengan metode
AODC Acridine Orange Direct Count adalah salah satu metode perhitungan bakteri secara langsung
menggunakan cat luorokrom acridine orange 3,6- tetrametyl diaminoacridine dengan teknik mikroskop
epiluoroscence Zimmerman Meyer-Reil, 1974; Hobbie et al.1977. Pada sel bakteri yang teramati
terdapat perbedaan warna yaitu warna hijau merupakan bakteri yang masih hidup dan berwarna orange
merupakan bakteri yang sudah mati. Hal ini disebabkan karena sel bakteri yang hidup mampu mereduksi zat
warna acridine orange secara enzimatik sehingga menjadi berwarna hijau, sedangkan sel-sel mati akan
tampak orange Hadioetomo, 1993.
6. Mengukur Kondisi Lingkungan
