Analisis keragaman genetik Pyricularia dari Digitaria ciliaris dan
23
Hasil Isolasi Konidium Tunggal dan Identifikasi Cendawan.
Identifikasi hanya dilakukan terhadap beberapa isolat dari rumput D. ciliaris d dan padi
Kencana bali ok. Kultur lainnya tidak diidentifikasi, melainkan diamati morfologinya melalui bentuk konidium. Cendawan memiliki basal konidiofor
membesar Gambar 3a dan konidiofor gelap Gambar 3b, pertumbuhan konidiofor simpodial Gambar 3c, dan satu konidiofor menghasilkan lebih dari
satu konidium dengan letak sendiri-sendiri, konidium tidak tersusun menggerombol Gambar 4.
Konidium piriform sampai obklavate, hialin sampai agak gelap, memiliki dua sekat terdiri atas tiga sel, bagian basal konidium lebih menggelembung dan
terdapat embelan kecil, dan bagian atas konidium agak mengecil dan sekat atasnya sering menggenting Gambar 5. Ukuran konidium-konidium dari bercak
blas daun pada rumput D. ciliaris ialah 19.3-25.9 μm x 8.4-9.6 μm, sedangkan
dari daun padi 15.1-23.7 μm x 8.1-9.6 μm, serta rataan ukuran konidium
Pyricularia asal padi ras fisiologi 173 ialah 36.7
μm x 8.9 μm Pandia 2008. Gambar 3 Konidiofor cendawan blas pada rumput D. ciliaris:
a. basal membesar, b. basal gelap, c. simpodial.
b
20µm
basal konidiofor
a
10 µ
m
c
10 µm
Gambar 4 Susunan konidium pada konidiofor cendawan dari bercak blas pada rumput D. ciliaris.
10 µm
24
Tabung kecambah spora telah tampak pada tiga jam setelah diletakkan pada kaca objek. Pada umumnya, tabung kecambah dapat tumbuh dari sel bagian
ujung, sel bagian basal, ataupun dari keduanya Gambar 6, tidak diketemukan tabung kecambah yang tumbuh dari sel bagian tengah spora. Apresorium dibentuk
pada bagian sel ujung maupun sel basal dari tabung kecambah Gambar 6.
Pada penelitian ini, isolat yang dianalisis adalah Pyricularia yang diperoleh dari bercak blas pada rumput yang tumbuh liar di sekitar pertanaman
padi. Isolat dari padi hanya digunakan sebagai pembanding. Oleh karena itu Gambar 5 Konidium cendawan dari bercak blas pada daun rumput D.
ciliaris : a. sekat, b. embelan pada basal, c. bagian menggenting.
b a
c
10 µm
a b
20 µm
c
Gambar 6 Tabung kecambah dan apresorium cendawan dari bercak blas pada rumput D. ciliaris: a. tabung kecambah pada ujung konidium,
b. tabung kecambah pada basal konidium, c. tabung kecambah pada ujung dan basal konidium, d. apresorium pada tabung kecambah
basal konidium. c
20 µm
d
a
b
25 jumlah isolat dari padi yang dianalisis lebih sedikit dari jumlah isolat dari bercak
blas pada rumput. Sebagai kontrol digunakan Pyricularia dari padi yang telah diketahui tipe ras fisiologinya patotipe, koleksi BB Padi Bogor.
Amplikon Penanda Molekuler . Ukuran amplikon ketiga penanda SCAR
pada 41 Pyricularia dari rumput sama dengan amplikon 22 Pyricularia dari padi. Ukuran amplikon ketiga penanda SCAR tersebut, yaitu Cut1, PWL2, dan Erg2
berturut-turut ± 1700 pb Gambar 7, ± 900 pb Gambar 8, dan ± 1400 pb Gambar 9. Keberadaan amplikon ini sangat bervariasi bergantung asal inang dan
lokasi asal bercak Tabel 1. Ukuran amplikon penanda magB dan magC pada Pyricularia
dari rumput sama seperti amplikon Pyricularia dari padi, yaitu berurut-turut ± 1330 pb Gambar 10a dan 1550 bp Gambar 10b.
Gambar 9 Penanda Erg2 pada Pyricularia dari rumput dan padi: M. DNA standar, 1. cd9.S2, 2. dc2.S3, 3. d2, 4. ei2.S2, k. kontrol negatif,
5. pr3.a.S4, 6. pr2.b.S4, 7. ou3.a.S1, 8. ouir64.S1, 9. ok1, 10. ocr.033; ket. nama isolat mengacu pada Tabel 1.
2000 pb 1650 pb
1000 pb 850 pb
±1400 pb M 1 2 3 4 k 5 6 7 8 9 10
Gambar 7 Penanda Cut1 pada Pyricularia dari rumput dan padi: M. DNA standar, 1. cd9.S2, 2. dc2.S3, 3. d4,
k. kontrol negatif, 4. ei2.S2, 5. pr3.a.S4, 6. ouir64.S1; ket. nama isolat mengacu pada Tabel 1.
M 1 2 3 k 4 5 6 ±
1700 pb 2000 pb
1000 pb
Gambar 8 Penanda PWL2 pada Pyricularia dari rumput dan padi: M. DNA standar, 1. cd9.S2, k. kontrol negatif, 2. dc2.S3,
3. ei2.S2, 4. pr3.a.S4, 5. ou3.a.S1, 6. ouir64.S1; ket. nama isolat mengacu pada Tabel 1.
M 1 k 2 3 4 5 6 ±
900 pb 650 pb
850 pb 1000 pb
26
Keberadaan penanda Cut1, PWL2, dan Erg2 sangat bervariasi. Berdasarkan keragaman tersebut, Pyricularia dari rumput terdiri atas lima
fenotipe SCAR, yaitu A, B, C, D, dan E Tabel 3. Pada satu bercak Pyricularia umumnya ditemukan dua fenotipe SCAR, kecuali Pyricularia dari P. repens
memiliki tiga fenotipe SCAR dan Pyricularia pada D. ciliaris dari rumah kaca PPSHB IPB hanya memiliki satu fenotipe SCAR, yaitu A Tabel 3, sebaliknya,
fenotipe SCAR Pyricularia dari padi lebih homogen. Hampir semua Pyricularia dari padi ber fenotipe SCAR tipe A, kecuali Pyricularia dari padi IR64
berfenotipe berbeda C. Tabel 3 Keragaman penanda SCAR dan mag pada Pyricularia
dari beberapa rumput dan padi
Kode Isolat SCAR
Mag Cut1 PWL2 Erg2 Fenotipe B C
Rumput
cd7.S1 1
1 A
1 1
cd9.S1 1 1
B 1
1 cd13.S1 1
0 1 B 1
1 cd2.S2 1
1 B
1 1
cd3.S2 1 1
B 1
1 cd6. S2
1 1
B 1
1 cd7.S2 1
1 B
1 1
cd9.S2 1 1
1 C
1 1
cd10.S2 1 1 1 C
1 1
dc1.S3 0 1
1 A
1 1
dc2.S3 1 1
1 C
1 1
dc3.S3 0 1
1 A
1 1
Gambar 10 Penanda magB a dan magC b pada Pyricularia dari rumput dan padi: M. DNA standar, 1. cd9.S2, 2. dc2.S3, 3. d2, 4. ei2.S2,
5. pr3.a.S4, 6. pr2.b.S4, 7. ou3.a.S1, 8. ouir64.S1, 9. ok1, 10. ocr.033; k. kontrol negatif ket. nama isolat mengacu pada Tabel 1.
b
k 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M
2000 pb 1650 pb
1000 pb
±1
550 pb
a
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 k ±
1330 bp 2000 bp
1650 bp 1000 bp