Tabel 1. Jadwal Pelaksanaan Penelitian
Instrumen Pelaksanaan
Instrumen dalam penelitian ini adalah mortar dan pestle, microtube,
micropipette, water bath, centrifuge, coolbox, lemari pendingin 4
o
C dan -20
o
C, electhrophoresis chamber, gel visualizer, Nanoodrop 2000, dan thermal cycler.
Rekapitulasi Rancangan dan Realisasi Biaya Tabel 2. Rancangan biaya selama penelitian
No Pengeluaran
Unit Jumlah
Harga Unit Rp
Total Rp 1
Isolasi DNA sampel
216 15,000
3,240,000 2
Biaya Analisis 2.1 Cek Kualitas : Elektroforesis
paket 15
25,000 375,000
2.2 Cek Kuantitas : Nanodrop paket
216 6,000
1,296,000 2.3
Pengecekan Kualitas dan Kuantitas DNA : PCR
paket 102
5,000 510,000
3 Administrasi
3.1 Proposal dan Compile CD Eks
2 15,000
30,000 3.2 Laporan Kemajuan
Eks 2
10,000 20,000
3.3 Poster dan foto 4R lembar
1 47,000
47,000 3.4 Logbook, buku keuangan, dan ATK
paket 1
25,000 25,000
4.5 Fotocopy dan print paket
1 200,000
200,000 4
Lainnya 4.1 Sarung tangan gloves
kotak 1
60,000 60,000
4.2 Tissue gulung
5 5,000
25,000 4.3 Label
paket 1
3,500 3,500
4.4 Wadah Sampel kotak
1 4,000
4,000 4.5 Transportasi
hari 64
5,000 320,000
4.6 Komunikasi bulan
4 50,000
200,000
Kegiatan Bulan ke
MARET APRIL
MEI JUNI
JULI 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4
Konsultasi dengan dosen pembimbing
Perizinan penggunaan laboratorim Persiapan alat dan bahan
Pelaksanaan penelitian Pengolahan dan interpretasi data
Penulisan draft artikel untuk publikasi
Proses pemasukkan artikel ke salah satu jurnal ilmiah
Monev Pembuatan laporan akhir
4.7 Plastik dan Es Batu paket
1 2,500
2,500 4.8 Pupuk Kandang
Kg 1
5,000 5,000
TOTAL PENGGUNAAN 6,363,000
V. HASIL DAN PEMBAHASAN
DNA tanaman ubi kayu telah diisolasi dari daun muda pada empat 4 genotipe ubi kayu, yaitu Ratim, Jame-jame, Malang-4 dan ubi kayu raksasa dari
Kalimantan Timur. Daun tanaman ubi kayu disimpan dengan tiga 3 cara dan diisolasi menggunakan enam 6 metode. Rasio A
260 280
umum digunakan untuk menentukan kemurnian DNA yang diisolasi, terutama dari kontaminan berupa
protein. Rasio A
260 280
antara 1.8-1.9 menunjukkan kualitas DNA yang baik Sambrook et al., 1989
. Kualitas DNA berdasarkan rasio A
260 280
pada genotipe Ratim dan genotipe Raksaksa dari Kalimantan Timur cukup baik, karena berkisar
antara 1.8-1.9, baik pada DNA yang diisolasi dari sampel segar maupun dari DNA yang diisolasi dari sampel yang disimpan selama satu minggu pada suhu 4
o
C atau -20
o
C Tabel 3. Sebaliknya, nilai rasio A
260 280
pada genotipe Jame-jame dan Malang-4 adalah 1.8 yang menunjukkan bahwa terdapat kontaminan protein
yang cukup tinggi pada DNA yang diisolasi dari kedua genotipe tersebut. Tabel 3. Konsentrasi dan kualitas DNA yang diisolasi dari daun empat genotipe
ubi kayu pada kondisi penyimpanan sampel yang berbeda
Kondisi penyimpanan sampel Konsentrasi DNA
g g bobot basah Rasio A
260
A
280
Rasio A
260
A
230
Genotipe ‘Ratim’
Sampel segar 1,317
1.88 1.23
Disimpan 1 minggu pada 4
o
C 1,339
1.82 1.06
Disimpan 1 minggu pada - 20
o
C 1,822
1.93 1.23
Koefisien keragaman 31.85
1
12.13 9.22
1
Genotipe ‘Jame-jame’
Sampel segar 2,769
1.69 1.06
Disimpan 1 minggu pada 4
o
C 1,559
1.73 0.89
Disimpan 1 minggu pada - 20
o
C 1,828
1.72 0.89
Koefisien keragaman 30.16
1
9.05 8.21
1
Genotipe ‘Malang-4’
Sampel segar 4,167a
1.58b 0.78b
Disimpan 1 minggu pada 4
o
C 2,430b
1.71a 1.03a
Disimpan 1 minggu pada - 20
o
C 1,960b
1.60b 0.87b
Koefisien keragaman 24.32
1
8.35 7.14
1
Genotipe ‘Raksaksa’
Sampel segar 4,256
1.79 1.07
Disimpan 1 minggu pada 4
o
C 4,158
1.90 1.31
Disimpan 1 minggu pada - 20
o
C 6,006
1.80 1.21
Koefisien keragaman 29.30
1
12.91 24.23
1
Keterangan : Angka-angka yang diikuti huruf yang sama pada kolom yang sama di tiap
genotipe menunjukkan tidak berbeda nyata berdasarkan DMRT pada traf =
5.
1
= data ditransformasi menggunakan
Isolasi DNA menggunakan metode CTAB yang dilakukan oleh Sharma et
al. 2008 pada daun tanaman ubi kayu menghasilkan DNA dengan kontaminan
protein yang cukup tinggi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa
kontaminasi protein pada DNA genom dipengaruhi oleh materi yang digunakan. Walaupun berasal dari spesies yang sama, genotipe Jame-jame dan Malang-4
memiliki rasio A
260 280
yang lebih rendah dibandingkan genotipe Ratim dan genotipe Raksaksa dari Kalimantan Timur. Rasio A
260
A
230
menggambarkan taraf kontaminasi DNA oleh kontaminan selain protein, terutama polisakarida
Wilson dan Walker, 2005 . Nilai rasio A
260
A
230
di atas 1.7 menunjukkan bahwa DNA cukup murni dari kontaminan berupa polisakarida. Pada penelitian ini, DNA
yang diisolasi dari empat genotipe ubi kayu menggunakan tiga kondisi simpan yang berbeda memiliki rasio A
260
A
230
1.7. Hal tersebut menunjukkan bahwa kontaminan berupa polisakarida cukup dominan pada daun tanaman ubi kayu.
Metode isolasi DNA berpengaruh nyata terhadap konsentrasi DNA dan kualitas DNA rasio A
260
A
230
pada seluruh genotipe ubi kayu yang diuji Tabel 2. Konsentrasi DNA yang diisolasi menggunakan metode SDS-cepat dan SDS-
cepat-dipanaskan lebih tinggi dibandingkan konsentrasi DNA yang diisolasi menggunakan metode lainnya, baik pada genotipe Ratim, Jame-jame, Malang-4,
maupun genotipe Raksaksa dari Kalimantan Timur. Sebaliknya, konsentrasi DNA yang diisolasi menggunakan metode CTAB-cepat dan CTAB-cepat-
dipanaskan lebih rendah dibandingkan konsentrasi DNA yang diisolasi menggunakan metode lainnya, pada genotipe Jame-jame, Ratim, dan Malang-4.
Sodium dodecyl sulfate SDS merupakan deterjen anionik kuat yang dapat melarutkan protein dan lipid pada membran sel
Tan et al., 2013 . Oleh karena itu
pada metode sederhana sampel daun hanya dipotong kecil-kecil menggunakan gunting, serta tanpa penggerusan seperti metode cepat atau metode cepat-
dipanaskan, SDS diduga mampu melakukan proses lysis penghancuran dinding dan membran sel lebih baik dibandingkan CTAB. Buffer SDS dan CTAB sama
efisiennya dalam mengisolasi DNA keempat genotipe ubi kayu saat digunakan pada metode standar daun digerus hingga halus menggunakan mortar dan pestle.
Metode isolasi DNA tidak berpengaruh nyata terhadap rasio A
260
A
280
pada genotipe Ratim Tabel 4. DNA yang diisolasi dari daun genotipe Ratim menggunakan enam metode isolasi DNA memiliki rasio A
260
A
280
1.8. Kualitas DNA yang cukup baik rasio A
260
A
280
1.8 pada genotipe Jame-jame hanya ditemukan pada DNA yang diisolasi menggunakan buffer CTAB dengan metode
standar atau metode cepat. Rasio A
260
A
280
di atas 1.8 pada genotipe Malang-4 dan genotipe Raksaksa ditemukan pada DNA yang diisolasi menggunakan metode
standar, baik dengan buffer CTAB maupun SDS. Secara umum, rasio A
260
A
280
yang cukup tinggi teramati pada DNA yang diisolasi dengan metode standar, terutama dengan buffer CTAB. Mengingat SDS merupakan deterjen anionik kuat
yang dapat melarutkan protein dan lipid pada membran sel Tan et al., 2013
, singkatnya waktu inkubasi pada metode cepat maupun metode cepat-dipanaskan
diduga menyebabkan SDS mendenaturasi protein secara tidak sempurna sehingga menurunkan nilai rasio A
260
A
280
. Hampir seluruh rasio A
260
A
230
memiliki nilai 1.7, kecuali pada DNA genotipe Ratim dan Jame-jame yang diisolasi menggunakan metode CTAB-
standar. Hal tersebut menunjukkan bahwa, metode isolasi cepat maupun metode isolasi cepat dengan pemanasan dan penggunakan buffer lysis yang terlalu kuat
seperti SDS menyebabkan peningkatan kontaminan terutama polisakarida sehingga menurunkan kualitas DNA. Secara umum, rendahnya kualitas DNA
pada penelitian ini diduga akibat tidak digunakannya polyvinylpyrrolidone PVP
