Analisis Variasi Morfologi Dan Genetik Undurundur Laut Albunea Symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea Hippoidea) Di Perairan Sumatera Dan Jawa

ANALISIS VARIASI MORFOLOGI DAN GENETIK
UNDUR-UNDUR LAUT Albunea symmysta, Linnaeus 1758
(CRUSTACEA:HIPPOIDEA) DI PERAIRAN SUMATERA DAN JAWA

FEBI AYU PRAMITHASARI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Analisis Variasi
Morfologi dan Genetik Undur-undur Laut, Albunea symmysta, Linnaeus 1758
(Crustacea: Hippoidea) di Perairan Sumatera dan Jawa adalah benar karya saya
dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun
kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip
dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah
disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir
tesis ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Januari 2016

Febi Ayu Pramithasari
NIM C251140236

RINGKASAN
FEBI AYU PRAMITHASARI. Analisis Variasi Morfologi dan Genetik Undurundur Laut Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea) di Perairan
Sumatera dan Jawa. Dibimbing oleh YUSLI WARDIATNO dan NURLISA
ALIAS BUTET.
Albunea symmysta merupakan salah satu jenis undur-undur laut yang
memiliki peranan baik secara ekologi maupun secara ekonomi untuk manusia. A.
symmysta di Indonesia dapat ditemukan dibeberapa wilayah seperti di pesisir
Sumatera dan pesisir Jawa. Kondisi habitat yang berbeda mengharuskan A.
symmysta untuk beradaptasi dengan habitatnya. Tujuan penelitian ini adalah
menganalisis hubungan kekerabatan undur-undur laut (Albunea symmysta)
berdasarkan karakter morfologi dan mengidentifikasi jenis undur-undur laut dari
pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta melalui pendekatan molekuler
dengan marka gen 16s rRNA.

Contoh A. symmysta diambil dari empat wilayah pesisir, yaitu Aceh,
Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta. Karakter morfologi yang dihitung dan diukur
mencakup jumlah spine, panjang karapas (PK), lebar karapas (LK), panjang telson
(PT), lebar telson (LT), panjang ocular peduncle (POP), lebar ocular peduncle
(LOP), panjang merus (PM), panjang carpus (PC), panjang propudus (PP), dan
panjang dactylus (PD). Karakter tersebut diukur dengan kaliper ketelitan 0.01
mm. Bobot tubuh ditimbang dengan timbangan digital ketelitian 0.0001 gr.
Sedangkan untuk keperluan molekuler, jaringan yang digunakan berasal dari otot
kaki. Analisis karakter morofometrik mencakup analisis panjang dan bobot,
analisis hubungan panjang dan lebar telson, studi alometrik karakter lebar karapas,
panjang propudus, serta panjang dactylus terhadap panjang karapas, dan analisis
cluster. Analisis molekuler mencakup analisis situs spesifik, analisis jarak genetik,
dan analisis filogeni.
Jumlah spine menunjukkan biota kajian adalah jenis A. symmysta, serta
menunjukkan adanya perbedaan jumlah spine antara A. symmysta yang berasal
dari Sumatera dan yang berasal dari Jawa. Berdasarkan uji Mann Whitney
terdapat 2 karakter (POP, LOP) yang berbeda antara Cilacap dan Yogyakarta, 3
karakter (LK, POP, LT) berbeda antara Bengkulu dan Yogyakarta, 4 karakter
(LK, LT, M, D) yang berbeda antara Aceh dan Yogyakarta, 5 karakter (LK, POP,
LOP, P, D) yang berbeda antara Bengkulu dan Cilacap, serta 7 karakter berbeda

antara Aceh dan Bengkulu (POP, PT, LT, M, C , P, D) serta Aceh dan Cilacap
(LK, POP, LOP, PT, LT, M, D). Pola pertumbuhan secara keseluruhan
berdasarkan hubungan panjang dan bobot untuk A. symmysta adalah isometrik.
Analisis cluster menunjukkan individu dari Aceh mengelompok dengan
Bengkulu, dan yang berasal dari Cilacap mengelompok dengan Yogyakarta.
Identifikasi secara molekuler memastikan bahwa undur-undur laut dari keempat
wilayah adalah jenis Albunea symmysta. Terdapat 78 situs nukleotida spesifik
yang dapat membedakan A. symmysta dengan jenis Albunea lain. Analisis filogeni
menunjukkan undur-undur laut dari Aceh dan Cilacap memiliki hubungan
kekerabatan yang dekat.
Kata kunci: Albunea symmysta, Hippoidea, Jawa, molekuler, morfologi, Sumatera

SUMMARY
FEBI AYU PRAMITHASARI. Analysis of Morphological Variation and Genetic
Analysis of Sand Crab Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea)
in the Coast of Sumatera and Java Island. Supervised by YUSLI WARDIATNO
and NURLISA ALIAS BUTET.
Albunea symmysta is one of the sand crab playing important roles both
ecologically and economically. In Indonesia, it can be found in some areas of
intertidal such as the west coast of Sumatera (Aceh, Bengkulu) and the south coast

Java (Cilacap, Yogyakarta). Different habitat conditions require A. symmysta to
adapt to habitat. The aim of this study has to analyze the kinship of sand crab
(Albunea symmysta) based on morphological characters and identify the
characteristic of sand crab from the coast of Aceh, Bengkulu, Cilacap, and
Yogyakarta through molecular approaches using 16s rRNA gene markers.
Samples of Albunea symmysta were collected from four sandy beaches in
Sumatera (Aceh and Bengkulu) and Java (Cilacap and Yogyakarta). Collected
crabs were measured to obtain 10 morphometric characters, i.e. carapace length
(CL), carapace width (CW), length and width of ocular peduncle (LOP,WOP),
length and width of telson (LT, WT), and merus length (ML), carpus length (CL),
propodus length (PL), and dactylus length (DL). Measurements were made to the
nearest 0.1 mm using caliper. Total weight (BT) was measured using digital scales
with a precision of 0.0001 grams. Morphometric character analysis includes
relationship analysis of the length and the weight, relationship of length and width
of telson, allometric study character between carapace length, carapace width,
propudus length, dactylus length, and cluster analysis. Tissues from crab legs
were taken out about 30 mg for molecular analysis. Bioinformatic analysis
compases of BLASTn, genetic distance analyses, and phylogeny analysis.
Number of spine showed that the biota was confirmed A. symmysta¸and
also showed a difference between the number of spine A. symmysta from

Sumatera and from Java. Based on the Mann Whitney test there were 2 characters
(POP, LOP) different between Cilacap and Yogyakarta, 3 characters (LK, POP,
LT) different between Bengkulu and Yogyakarta, 4 characters (LK, LT, M, D)
different between Aceh and Yogyakarta, 5 characters (LK, POP, LOP, P, D)
different between Bengkulu and Cilacap, and 7 different characters between Aceh
and Bengkulu (POP, PT, LT, M, C, P, D) as well as Aceh and Cilacap (LK, POP,
LOP, PT, LT, M, D). Overall growth pattern based on the length and weight
relationship for A. symmysta was isometric. Cluster analysis showed Aceh
clustered with individuals from Bengkulu, and from Cilacap clustered in
Yogyakarta. Identification by molecular method ensures that sand crab from four
regions was Albunea symmysta. There are 78 specific nucleotide sites that could
distinguish A. symmysta with other types of Albunea. Phylogeny analysis showed
sand crab from Aceh and Cilacap have a close genetic relationship.

Keywords: Albunea symmysta, Hippoidea, Java, molecular, morphology,
Sumatera

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2016
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan

atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

ANALISIS VARIASI MORFOLOGI DAN GENETIK
UNDUR-UNDUR LAUT Albunea symmysta, Linnaeus 1758
(CRUSTACEA:HIPPOIDEA) DI PERAIRAN SUMATERA DAN JAWA

FEBI AYU PRAMITHASARI

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr Ir Isdrajad Setyobudiandi, MSc

PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas berkat rahmat dan karunia-Nya
sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis yang berjudul “Analisis Variasi
Morfologi dan Genetik Undur-undur Laut, Albunea symmysta, Linnaeus 1758
(Crustacea: Hippoidea) di Perairan Sumatera dan Jawa”. Tesis ini merupakan
hasil penelitian yang dilaksanakan di pesisir Pulau Sumatera (Aceh, Bengkulu)
dan Jawa (Cilacap, Yogyakarta). Terima kasih penulis ucapkan kepada :
1. Institut Pertanian Bogor yang telah memberikan kesempatan studi kepada
penulis
2. Dr Ir Yusli Wardiatno, MSc dan Dr Ir Nurlisa A Butet, MSc selaku dosen
pembimbing yang telah banyak memberikan bimbingan, saran, dan arahan
selama pelaksanaan penelitian dan penyusunan tesis.
3. Dr. Ir. Isdrajad Setyobudiandi, MSc selaku penguji tamu dan Dr Ir Majariana
Krisanti, MSi selaku ketua program studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan

atas saran dan masukan yang berarti.
4. Keluarga penulis, Bapak Dede Rustandi, Ibu Abay Rosmiati, Adik Yoga
Satriabaya, serta keluarga besar penulis yang telah memberikan motivasi moril
serta materil untuk menyelesaikan studi.
5. Rekan-rekan di Laboratorium Biomolekuler Akuatik (Agus Alim Hakim,
Yuyun Qonita, Lusita Meilana, Dewi Fitriawati, Ka Wahyu Muzzamil, Ka Lalu
Panji, Ka Findra, Mbak Lela, Mbak Fajrin, Mbak Yustin, Mbak Lita) atas
bantuan dan masukkannya selama di lapangan dan di laboratorium.
6. Irfanudin Rizaki, Anandinta Permatachani, Werdhiningtyas Angraheni, Inggar
Kusuma, Rivany K. P. Siagian, Rurisca Puspitasari, Siska Agustina atas
semangat dan dukungan moril kepada penulis.
7. Teman-teman Fast track MSP 2014, SDP 2013, serta pihak lain yang telah
membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian.
Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari kesempurnaan. Namun
demikian, penulis berharap agar tesis ini dapat memberikan manfaat bagi ilmu
pengetahuan dan pihak-pihak yang membutuhkan.

Bogor, Januari 2016

Febi Ayu Pramithasari

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

vii

DAFTAR GAMBAR

vii

DAFTAR LAMPIRAN

vii

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
2 METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian

Alat dan Bahan
Pengambilan dan Identifikasi Contoh
Analisis Contoh
Analisis Data Morfologi
Analisis Data Molekuler
3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Kajian Morfologis Undur-Undur Laut
Kajian Molekuler Undur-Undur Laut
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
RIWAYAT HIDUP

1
1
2
2
3

3
3
4
5
7
10
11
11
18
21
21
21
22
26
31

vii

DAFTAR TABEL
1 Jumlah spine total Albunea symmysta
2 Perbandingan rasio karakter morfometrik A. symmysta terhadap panjang
karapas dari pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta
3 Hubungan panjang karapas dan bobot Albunea symmysta yang
diperoleh dari Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta
4 Hasil analisis uji Mann Whitney rasio panjang dan lebar telson Albunea
symmysta jantan dan betina
5 Hubungan lebar karapas, propudus, dan dactylus terhadap panjang
karapas Albunea symmysta
6 Hasil BLAST n pada situs NCBI
7 Karakter pembeda antara Albunea symmysta dan Albunea catherinae
8 Matriks jarak genetik gen 16s rRNA pada Albunea symmysta dengan
Albunea catherinae dan Albunea gibbesii berdasarkan metode pairwise
distance

11
12
13
14
16
18
19

20

DAFTAR GAMBAR
1 Peta lokasi pengambilan contoh Albunea symmysta (Aceh, Bengkulu,
Cilacap, Yogyakarta)
2 Undur-undur laut (Albunea symmysta)
3 (A) pola carapace groove, (B) bentuk ocular peduncle, (C) Albunea
symmysta tampak bawah, (D) bentuk telson betina, dan (E) bentuk
telson jantan Albunea symmysta
4 Karakter morfometrik kepiting pasir (Albunea symmysta)
5 Perbedaan telson Albunea symmysta jantan (a) dan betina (b)
6 Dendogram karakter morfometrik A. symmysta yang berasal dari Aceh,
Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta
7 Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen 16s rRNA pada Albunea
symmysta, A. catherinae, dan A. gibbesii

3
4

5
6
14
17
20

DAFTAR LAMPIRAN
1 Pola carapace groove lengkap pada genus Albunea
2 Contoh hasil uji ANOVA dan uji t dari regresi antara panjang dan bobot
dari A. symmysta
3 Contoh hasil uji Mann Whitney antara panjang dan lebar telson dari
Albunea symmysta
4 Situs nukleotida spesifik gen 16s rRNA Albunea symmysta berdasarkan
sekuen 78 pb yang dibandingkan dengan outgroup

27
28
29
30

1

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Undur-undur laut (sand crab) merupakan salah satu organisme krustasea
akuatik yang menghuni wilayah intertidal (swash zone) hingga subtidal
(Wardiatno et al. 2014). Persebaran undur-undur laut di dunia cukup luas.
Indonesia merupakan salah satu wilayah persebaran undur-undur laut. Terdapat
berbagai jenis undur-undur laut yang dapat ditemukan di wilayah pesisir
Indonesia (Boyko dan Mclaughlin 2010), diantaranya adalah undur-undur laut
dari genus Hippa, Emerita (Wardiatno et al. 2015a), dan Albunea (Mashar et al.
2015). Undur-undur laut ini dapat ditemukan hampir diseluruh wilayah pantai
berpasir Indonesia, terutama untuk jenis Hippa dan Emerita, sedangkan untuk
jenis Albunea, dapat ditemukan dibeberapa pantai berpasir Sumatera dan Jawa
(Mashar et al. 2015).
Secara ekologis undur-undur laut memegang suatu peran penting sebagai
komponen komunitas makrofauna di pantai berpasir wilayah tropis maupun
subtropis (Lastra et al. 2002). Selain itu undur-undur laut juga berperan dalam
produktivitas sekunder biota bentik (Subramoniam dan Gunamalai 2003).
Manfaat secara ekonomi, saat ini undur-undur laut dimanfaatkan masyarakat
untuk berbagai kepentingan, yaitu untuk bahan makanan sehari-hari dalam bentuk
rempeyek atau yutuk goreng, juga sebagai umpan memancing serta pakan hewan.
Astriana (2013) menyatakan bahwa undur-undur laut dapat meningkatkan
kandungan omega-3 pada telur itik dan burung puyuh. Hal ini disebabkan karena
undur-undur merupakan sumber omega 3 dan protein yang baik. Undur-undur laut
diduga memiliki kandungan asam lemak omega 3 sebesar 0.29-0.32% (Nettleton
1995) dan protein kasar sebesar 32.5% (Kardaya et al. 2011). Kondisi tersebut
menyebabkan permintaan terhadap undur-undur laut di wilayah Cilacap dan
Yogyakarta, terus mengalami peningkatan baik dari wilayah sekitar Cilacap dan
Yogyakarta maupun dari luar pulau Jawa.
Namun, hingga saat ini informasi mengenai undur-undur laut jenis Albunea
masih minim, baik informasi biologi, reproduksi, maupun biogeografinya (Boyko
dan Harvey 1999). Undur-undur laut yang telah banyak dikaji baik di dunia
maupun di Indonesia adalah undur-undur laut jenis Emerita dan Hippa, beberapa
diantaranya adalah yang telah dilakukan oleh Wardiatno et al. (2014, 2015a,
2015b); Muzzammil et al. (2015); serta Mashar dan Wardiatno (2013a, 2013b).
Sedangkan kajian mengenai jenis Albuneid yang telah tercatat diantaranya adalah
yang dilakukan oleh Subramoniam (1984); Boyko dan Harvey (1999); Yeung et
al. (2000); Fraaije et al. (2008); Osawa dan Fujita (2010); Kanagalakshmi (2011);
Srinivasan et al. (2012); Corsini-Foka dan Kalogirou (2013); Sarong dan
Wardiatno (2013); Hakim (2014); serta yang terbaru oleh Mashar et al. (2015) dan
Santoso et al. (2015).
Kepastian taksonomi (taxonomy certainty) merupakan suatu langkah awal
yang perlu diperhatikan dalam suatu kegiatan penelitian. Penggunakan karakter
identifikasi berdasarkan karakter morfologi merupakan langkah yang umum
dilakukan dalam proses identifikasi jenis. Seringkali penggunaan karakter
morfologi ini menimbulkan keraguan ataupun kesalahan, sehingga diperlukan

2

pendekatan lain untuk menghilangkan keraguan dalam proses identifikasi tersebut.
Pendekatan secara molekuler merupakan salah satu metode yang dapat digunakan
untuk meminimalisir peluang terjadinya kesalahan identifikasi. Hal ini disebabkan
karena pada kepiting pasir seringkali terjadi fenomena cryptic species yang
seringkali menimbulkan kesalahan identifikasi. Fenomena cryptic species sendiri
terjadi pada saat dua atau lebih spesies yang berbeda, terklasifikasi dalam satu
spesies akibat karakteristik morfologi yang samar hingga sulit untuk dibedakan.
Kelompok gen yang sering digunakan oleh para peneliti adalah gen yang
berasal dari mitokondria. Hal ini disebabkan karena gen-gen yang berasal dari
mitokondria memiliki sifat yang conserve, salah satunya adalah 16s rRNA.
Beberapa peneliti juga telah mengatakan bahwa gen 16s rRNA merupakan
penanda genetik yang baik untuk kajian filogeni spesies-spesies krustasea
(Maggioni et al. 2001). Informasi yang diperoleh berdasarkan kajian terhadap
morfologi dan molekuler ini dapat digunakan sebagai bahan pertimbangan dalam
penentuan pengelolaan sumberdaya A. symmysta di Indonesia.

Perumusan Masalah
Undur-undur laut yang tersebar di wilayah Indonesia jenisnya cukup
beragam, salah satunya adalah jenis Albunea symmysta. Undur-undur laut
merupakan salah satu jenis krustasea yang dimanfaatkan masyarakat di beberapa
wilayah di Indonesia. Selain digunakan sebagai umpan dan pakan itik, undurundur laut juga dimanfaatkan masyarakat untuk dikonsumsi. Hal tersebut
disebabkan karena tingginya kandungan protein pada undur-undur laut.
Berdasarkan informasi dari nelayan, permintaan terhadap undur-undur laut kini
semakin tinggi.
Pantai berpasir di wilayah Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta
merupakan beberapa wilayah persebaran A. symmysta di Indonesia. Kondisi
wilayah persebaran yang berbeda bahkan terpisah oleh badan air yang cukup luas,
menimbulkan peluang adanya perbedaan keragaman morfologi antar wilayah.
Selain itu, terdapat pula peluang adanya konektivitas antar wilayah mengingat
pada fase larva undur-undur laut bersifat planktonik, sehingga dapat tersebar
dengan bantuan arus. Hingga kini kajian mengenai undur-undur laut masih sangat
minim terutama mengenai A. symmysta, sehingga diperlukan suatu kajian baik
berdasarkan pendekatan morfologi maupun molekuler untuk A. symmysta yang
berasal dari wilayah yang berbeda yang dapat dijadikan sebagai data awal dalam
upaya pengelolaan sumberdaya undur-undur laut.

Tujuan Penelitian
Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis hubungan kekerabatan undurundur laut (Albunea symmysta) berdasarkan karakter morfologi dan
mengidentifikasi jenis undur-undur laut yang berasal dari pesisir Aceh, Bengkulu,
Cilacap, dan Yogyakarta melalui pendekatan molekuler dengan menggunakan
marka gen 16s rRNA sebagai informasi dasar dalam penentuan langkah
pengelolaan sumber daya A. symmysta.

3

2 METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Contoh biota Albunea symmysta untuk penelitian ini didapatkan dari
beberapa pantai di wilayah Indonesia, yaitu Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan
Yogyakarta (Gambar 1). Kegiatan analisis molekuler dilakukan di Laboratorium
Biologi Molekuler, Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Pengambilan contoh A.
symmysta akan dilakukan pada bulan Februari-Maret 2015 dan kegiatan yang
berkaitan dengan pengukuran morfologi serta analisis molekuler akan dilakukan
pada bulan Maret-Juni 2015.

Gambar 1 Peta lokasi pengambilan contoh Albunea symmysta (Aceh, Bengkulu,
Cilacap, Yogyakarta)
Alat dan Bahan
Alat yang digunakan dalam penelitian ini meliputi kaliper dengan ketelitian
0,01 mm, timbangan digital dengan ketelitian 0.001 gram, alat bedah, tube 1.5 ml,
vortex, shaker, mikro tip, mikro pipet, pistil, inkubator, sentrifuse, spin column,
mesin elektroforesis, dan mesin ultraviolet. Bahan-bahan yang digunakan adalah
contoh undur-undur laut jenis A. symmysta (Gambar 2) dari beberapa pantai
berpasir di Indonesia, kit Gene Aid, akuades, EtOH absolut, kit PCR (Kapa Extra
Hotstart), agarose 1.2 %, dan buffer TEA.

4

Kingdom

: Animalia

Filum

: Arthropoda

Subfilum

: Crustacea

Class

: Malacostraca

Order

: Decapoda

Infraorder

: Anomura

Superfamily : Hippoidea
Family

: Albuneidae

Subfamily

: Albuneinae

Genera

: Albunea

Species

: Albunea symmysta (Linnaeus 1758)

Gambar 2 Undur-undur laut (Albunea symmysta)
Pengambilan dan Identifikasi Contoh
Metode pengambilan contoh Albunea symmysta yang digunakan dalam
penelitian ini adalah metode purposive sampling yang dilakukan dengan bantuan
alat tangkap sorok dan dioperasikan di swash zone yang merupakan habitat undurundur laut. Alat tangkap sorok ini memiliki bentuk menyerupai huruf “T” dan
terbuat dari bambu. A. symmysta yang diperoleh diawetkan dalam alkohol 96%
untuk kemudian diidentifikasi. Proses identifikasi jenis dilakukan berdasarkan
karakter morfologi dengan mengacu pada karakteristik A. symmysta yang ditulis
oleh Boyko (2002) dan Osawa et al. (2010). Karakter morfologi yang dapat
digunakan dalam identifikasi diantaranya adalah jumlah spine berkisar antara 1117, bentuk rostrum tidak mencapai bagian posterior margin dari ocular plate,
bentuk ocular peduncle, bentuk telson, serta pola dari carapace groove seperti
yang ditunjukkan pada Gambar 3. Carapace groove merupakan garis-garis
melintang pada karapas yang dapat digunakan sebagai penciri spesies. Carapace
groove yang lengkap pada karapas undur-undur laut Albunea terdiri dari CG1
hingga CG 11, serta post-CG 11 (Lampiran 1), namun yang membedakan jenis
Albunea symmysta dengan jenis lain adalah tidak ditemukannya CG 2, CG 10, CG
11, dan post-CG 11.

5

Gambar 3 (A) pola carapace groove, (B) bentuk ocular peduncle, (C) Albunea
symmysta tampak bawah, (D) bentuk telson betina, dan (E) bentuk telson
jantan Albunea symmysta
Analisis Contoh
Analisis Karakter Morfometrik
Osawa et al. (2010) mengilustrasikan karakter-karakter morfologi pada
Albunea yang terdiri dari antennule, antenna, karapas, ocular plate, ocular
peduncle, abdomen, maxiliped III, telson, uropod, serta 3 buah pereopod yang
masing-masing terdiri dari ruas merus, carpus, propudus, dan dactylus. Beberapa
karakter morfometrik yang diukur dalam penelitian ini adalah panjang karapas
(PK), lebar karapas (LK), panjang occular peduncle (POP), lebar occular
peduncle (LOP), panjang antenul (PA), panjang telson (PT), lebar telson (LT),
jumlah spine kanan, jumlah spine kiri, dan panjang merus (PM), carpus (PC),
propudus (PP), dan dactylus (PD) dari pereopod I (Gambar 4). Ukuran karapas
digunakan dalam penelitian ini karena karapas merupakan karakter yang dapat
mencerminkan perjalanan hidup biota. Ocular peduncle, pereopod I, dan telson
merupakan karakter yang dapat digunakan sebagai penciri jenis Albunea. Selain
karakter-karakter tersebut, turut dihitung pula jumlah spine kanan dan kiri, serta
bobot total dari contoh biota.

6

Gambar 4 Karakter morfometrik kepiting pasir (Albunea symmysta)
Analisis Molekuler
Analisis molekuler untuk memfasilitasi identifikasi dan analisis filogeni
spesies telah banyak dilakukan dengan menggunakan berbagai macam marka
genetik, seperti CO1, Cyt-b, D-loop, 16s rRNA, dan lainnya. Marka gen yang
digunakan dalam penelitian ini adalah gen 16s rRNA. Marka gen 16s rRNA
merupakan salah satu gen mitokondria yang memiliki sifat conserve dan stabil.
Marka gen 16s rRNA juga telah banyak diaplikasikan untuk kepastian status
genetik jenis krustasea lain, seperti pada genus Scylla (Imai et al. 2004) dan genus
Brachynotus (Schubart et al. 2001). Analisis molekuler yang dilakukan pada
penelitian ini melalui beberapa tahapan seperti isolasi dan ekstraksi DNA, uji
integritas DNA, amplifikasi, pembacaan produk PCR, sekuensing, dan
bioinformatika. Berikut merupakan prosedur masing-masing tahapan dalam
analisis molekuler pada penelitian ini.
a.

Isolasi dan ekstraksi DNA
Tahapan isolasi dan ekstraksi merupakan tahap awal dalam analisis
molekuler. Contoh jaringan yang diambil pada penelitian ini merupakan jaringan
otot dari bagian kaki A. symmysta. Jaringan otot yang akan digunakan kurang
lebih sebanyak 0.03-0.05 gram. Kemudian dilakukan pencucian dengan
merendam jaringan otot menggunakan aquades untuk kemudian divortex selama 3
menit sebanyak 10 kali. Proses ini dilakukan dengan tujuan untuk menghilangkan
atau membersihkan alkohol dari contoh jaringan otot yang digunakan. Tahapan
selanjutnya adalah ekstraksi DNA yang dilakukan dengan mengikuti prosedur
manual kit komersial Gene Aid. Hasil dari proses ini berupa produk DNA total.
b.

Uji integritas DNA total
DNA yang telah berhasil diisolasi dan diekstrak perlu diuji kualitasnya
untuk mengetahui layak atau tidaknya DNA tersebut digunakan sebagai cetakan
dalam tahap amplifikasi. Metode yang digunakan untuk menguji kualitas DNA
adalah dengan metode elektroforesis. Metode ini menggunakan gel agarosa 1.2%
yang direndam dalam larutan buffer TAE 1x dan diwarnai dengan ethidium

7

bromide (EtBr). DNA yang digunakan adalah sebanyak 2.5 μL dan akan dialiri
listrik selama 30 menit. Selanjutnya untuk melihat kualitas dari DNA tersebut,
maka perlu visualisasi menggunakan mesin UV.
c.

Amplifikasi menggunakan PCR
Metode amplifikasi yang digunakan yaitu metode Polymerase Chain
Reaction (PCR) dengan kit komersial Kapa Extra-Hot Start. Penggunaan sesuai
prosedur manual pabrik. Sedangkan primer yang digunakan adalah primer
universal untuk beberapa biota akuatik yang dirancang oleh Butet (2013,
unpublish data). Tahapan amplifikasi yang digunakan, yaitu 1) predenaturasi pada
suhu 95 oC selama 3 menit, 2) denaturasi pada suhu 95 oC selama 1 menit, 3)
annealing pada suhu 46 oC selama 1 menit, 4) elongasi pada suhu 72 oC selama 1
menit, 5) post physical pada suhu 72 oC selama 5 menit, dan 6) tahap
penyimpanan pada suhu 15oC selama 10 menit. Tahapan 2 hingga 4 dilakukan
sebanyak 35 siklus.
d.

Uji kualitas produk PCR
Produk PCR yang telah diperoleh perlu diuji kembali kualitasnya. Metode
yang digunakan sama dengan pada saat pengujian kualitas DNA yaitu dengan
elektroforesis. Hal yang membedakan tahap ini dengan tahap uji kualitas DNA
adalah waktu yang digunakan yang lebih lama, yaitu 60 menit.
e.

Sekuensing
Sekuensing merupakan tahapan akhir dalam analisis molekuler. Produk
PCR yang berkualitas baik dapat dilanjutkan ke tahap sekuensing. Tahap ini
dilakukan oleh perusahaan jasa sekuensing. Urutan basa nukleotida yang
kemudian diperoleh selanjutnya akan dicocokkan dengan data GeneBank.
f.

Bioinformatika
Data basa-basa nukleotida yang diperoleh dari hasil sekuensing dimasukkan
ke dalam BLASTn, NCBI dengan tujuan untuk memastikan status contoh.
Software MEGA digunakan untuk menganalisis jarak genetik dan mengkonstruksi
pohon filogenetik.
Analisis Data Morfologi

Karakteristik Meristik Albunea symmysta
Karakteristik meristik yang dihitung dalam penelitian ini adalah jumlah
spine kanan dan kiri. Jumlah spine ini dapat digunakan sebagai salah satu karakter
dalam proses identifikasi secara morfologi serta untuk melihat ada atau tidaknya
variasi pada karakter tersebut. Data dianalisis secara deskriptif dalam bentuk
tabel, yang kemudian akan dibandingkan dengan jumlah kisaran spine untuk jenis
A. symmysta yang ditulis oleh Boyko (2002), serta dibandingkan antar lokasi
untuk melihat ada atau tidaknya variasi.

8

Perbandingan Karakter Morfometrik Albunea symmysta
Analisis Mann-Whitney dilakukan dengan tujuan mengetahui karakter
morfometrik dari keempat lokasi yang berbeda secara signifikan. Uji Kruskal
Wallis dilakukan untuk menguji lebih lanjut perbedaan ukuran karakter
morfometrik antara A. symmysta yang berasal dari dua lokasi (Spivak dan
Schubart 2003). Analisis Mann whitney dan Kruskal wallis dilakukan dengan
menggunakan software SPSS. Data morfometrik yang dianalisis sebelumnya
dirasiokan terhadap panjang karapas terlebih dahulu untuk menghindari adanya
bias.
Analisis Hubungan Panjang Karapas dan Bobot
Analisis hubungan panjang-bobot dilakukan untuk mengetahui pola
pertumbuhan dari kepiting pasir A. symmysta. Analisis hubungan panjang bobot
menggunakan rumus sebagai berikut (Effendie 1979):
W=aLb
W adalah bobot (gram), L adalah panjang karapas individu (mm), α dan β
adalah koefisien pertumbuhan bobot. Nilai α dan β diduga dari bentuk linier
persamaan di atas, yaitu:
Log W = log a + b log L
Parameter penduga a dan b diperoleh dengan analisis regresi dengan log W
sebagai y dan log L sebagai x, sehingga diperoleh persamaan regresi:
yi = β0 + β1 xi + εi sebagai model observasi dan yi =b0 +b1 xi
Sebagai model dugaan konstanta b1 dan b0 diduga dengan:
b1 =

-

1
n

n x2
i=1 i

-

n
i=1 xi yi

n
i=1 yi
n x 2
i=1 i

n
i=1 xi
1
n

, dan

b0 = y - b 1 x

Sedangkan a dan b diperoleh melalui hubungan b = b1 dan a = antilog b0.
Hubungan panjang dan bobot dapat dilihat dari nilai konstanta b (sebagai penduga
tingkat kedekatan hubungan kedua parameter) yaitu dengan hipotesis:
1. H0: b = 3, dikatakan memiliki hubungan isometrik (pola pertumbuhan
bobot sebanding pola pertumbuhan panjang)
2. H1: b ≠ 3, dikatakan memiliki hubungan allometrik (pola pertumbuhan
bobot tidak sebanding pola pertumbuhan panjang)
Pola pertumbuhan allometrik ada dua macam yaitu allometrik positif (b>3)
yang mengindikasikan bahwa pertumbuhan bobot lebih dominan dibandingkan
dengan pertumbuhan panjang dan allometrik negatif (b ttabel, maka tolak
hipotesis nol (H0) dengan pola pertumbuhan allometrik dan jika thitung < ttabel, maka
gagal tolak atau terima hipotesis nol (H0) dengan pola pertumbuhan isometrik
(Walpole 1993).
Hubungan Panjang Telson dan Lebar Telson
Analisis yang digunakan untuk melihat hubungan antara panjang dan lebar
telson Albunea symmysta jantan dan betina dapat menggunakan uji Mann
Whitney. Analisis Mann Whitney bertujuan untuk mengetahui perbedaan rasio
panjang dan lebar telson antara individu jantan dan betina. Analisis Mann whitney
dilakukan dengan menggunakan software SPSS. Hipotesis yang digunakan adalah
sebagai berikut.
H0
= rasio jantan sama dengan rasio betina
H1
= rasio jantan < rasio betina
Nilai p-value yang kurang dari 0.05 menunjukkan keputusan Tolak H0, yang
menunjukkan rasio telson jantan kurang dari rasio telson betina. Apabila p-value
bernilai lebih dari 0.05, maka keputusannya adalah Gagal tolak H0, yang
menunjukkan bahwa rasio telson jantan sama dengan rasio telson betina.
Hubungan Allometrik
Hubungan allometrik dilakukan dengan membandingkan tiga variabel
dependent (lebar karapas, panjang propudus, dan panjang dactylus) terhadap
variabel independent (panjang karapas). Regresi sederhana dilakukan untuk
mendapatkan persamaan antara dua karakter. Selanjutnya untuk mengetahui
perbedaan pola pertumbuhan relatif dan perbedaan ukuran dilanjutkan dengan
pengujian nilai slope dan intercept. Pengujian nilai slope dan intercept antara dua
persamaan dilakukan dengan menggunakan analisis covariance (ANCOVA)
dengan software SPSS. Perbedaan nilai slope akan mengindikasikan perbedaan
laju pertumbuhan relatif karakter independent yang diuji antar lokasi. Kemudian
akan dilanjutkan dengan pengujian nilai intercept pada saat interaksi antara
panjang karapas dan lokasi tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan.
Pengujian nilai intercept ini dilakukan dengan melihat pengaruh lokasi terhadap
variabel yang diuji. Jika nilai pengaruh lokasi berbeda signifikan terhadap nol, hal
tersebut mengindikasikan adanya perbedaan ukuran pada variabel yang diujikan
antar lokasi pada ukuran panjang karapas yang sama.
Analisis Cluster
Analisis cluster dilakukan dengan menggunakan data karakter morfologi
Albunea symmysta yang diperoleh dari keempat lokasi dengan menggunakan

10

software MiniTab 16. Konstruksi dendogram yang diperoleh akan menunjukkan
cluster yang terbentuk berdasarkan tingkat kemiripan karakter morfometrik dari
Albunea symmysta.
Analisis Data Molekuler
Penentuan sekuen nukleotida gen 16s rRNA Albunea symmysta
Sekuen nukleotida yang didapat dari hasil sekuensing disejajarkan
menggunakan metoda ClustaW pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).
Sekuen nukleotida gen 16s rRNA Albunea symmysta diedit dan dianalisis dengan
primer forward dan reverse untuk memperoleh sekuen DNA dari gen 16s rRNA
tersebut.
Pensejajaran sekuen nukleotida gen 16s rRNA genus Albunea
Sekuen gen 16s rRNA Albunea symmysta yang diperoleh pada penelitian ini
disejajarkan dengan sekuen gen 16s rRNA spesies lain dalam genus Albunea yang
diperoleh di GenBank. Spesies yang digunakan dan disejajarkan dengan sekuen
gen 16s rRNA Albunea symmysta meliputi A. gibbesii (KF182558.1)dan A.
catherinae (KF182559.1).
Jarak genetik
Jarak genetik antara Albunea symmysta dan dua spesies lain dari genus
Albunea berdasarkan sekuen gen 16s rRNA dihitung dengan metode pairwise
distance yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Hasil
perhitungan jarak genetik tersebut akan disajikan dalam bentuk matriks.
Analisis filogeni
Analisis filogeni dilakukan untuk menganalisis hubungan kekerabatan
berdasarkan sekuen 16s rRNA antara Albunea symmysta pada penelitian ini
dengan A. gibbesii dan A. catherinae dari GenBank. Metode yang digunakan
adalah metode bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ) dengan 1000 kali
pengulangan yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).

11

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Kajian Morfologis Undur-Undur Laut
Karakteristik Meristik Albunea symmysta
Spine merupakan salah satu karakter meristik yang disertakan pada
penelitian ini. Penghitungan jumlah spine dilakukan baik pada bagian kanan
maupun kiri. Hasil penghitungan spine pada keseluruhan contoh biota pada
penelitian disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1Jumlah spine total Albunea symmysta
Total spine
Min
Maks

Kanan
Kiri
Kanan
Kiri

Aceh
11
11
13
13

Lokasi
Bengkulu
Cilacap
11
11
11
11
13
14
13
15

Yogyakarta
11
11
15
14

Jumlah spine pada A. symmysta pada penelitian ini berkisar antara 11-15.
Secara deskriptif terlihat adanya perbedaan jumlah spine antara individu yang
berasal dari Pulau Sumatera dan Pulau Jawa. Individu yang berasal dari Pulau
Sumatera (Aceh dan Bengkulu) memiliki spine yang berkisar antara 11-13.
Sedangkan yang berasal dari Pulau Jawa (Cilacap dan Yogyakarta) memiliki spine
yang berkisar antara 11-15 buah.
Data spine pada Tabel 1 menunjukkan bahwa contoh biota yang digunakan
dalam penelitian ini adalah jenis A. symmysta. Hal ini disebabkan karena masingmasing jenis Albunea memiliki kisaran jumlah spine yang berbeda-beda dan dapat
menjadi salah satu karakter dalam identifikasi. Boyko (2002) menuliskan bahwa
salah satu ciri dari jenis A. symmysta yaitu memiliki masing-masing 11-17 buah
spine pada bagian kanan dan kiri.
.
Perbandingan Karakter Morfometrik Albunea symmysta
Data 9 karakter morfometrik yang diperoleh dirasiokan terhadap panjang
karapas untuk menghilangkan faktor umur biota. Analisis Kruskal Wallis dan
Mann Whitney dilakukan untuk melihat perbedaan ukuran karakter morfometrik
pada Albunea symmysta di keempat lokasi penelitian, mengingat perbedaan lokasi
yang diduga dapat menyebabkan variasi terhadap ukuran morfologi biota.
Analisis Kruskal Wallis data rasio karakter morfometrik terhadap panjang
karapas dari keseluruhan lokasi menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan
(p