Aplikasi Real-Time Pcr Untuk Mendeteksi Bakteri Salmonella Sp. Pada Hasil Perikanan

i

APLIKASI REAL-TIME PCR UNTUK MENDETEKSI BAKTERI
Salmonella sp. PADA HASIL PERIKANAN

PIPIT PRATAMA

DEPARTEMEN TEKNOLOGI HASIL PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

ii

iii

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Aplikasi Real-time
PCR untuk Mendeteksi Bakteri Salmonella sp. pada Hasil Perikanan adalah benar

karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam
bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di
bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, Oktober 2015

Pipit Pratama
NIM C34110019

*Pelimpahan hak cipta atas karya tulis dari penelitian kerja sama dengan pihak
luar IPB harus didasarkan pada perjanjian kerja sama yang terkait

iv

ABSTRAK
PIPIT PRATAMA. Aplikasi Real-time PCR untuk Mendeteksi Bakteri
Salmonella sp. pada Hasil Perikanan. Dibimbing oleh NURJANAH dan MALA

NURILMALA.
Salmonella termasuk ke dalam grup bakteri patogen yang menyebabkan
foodborne ilness. Penyakit yang disebabkan oleh Salmonella diantara nya adalah
gastrodermik, demam tipoid dan dapat menyebabkan kematian. Penelitian ini
menggunakan sampel hasil perikanan segar dan olahan yang diperoleh dari pasar
tradisional dan pasar modern di Bogor. Tujuan penelitian ini mengaplikasikan
real- time PCR untuk mendeteksi bakteri Salmonella sp. pada hasil perikanan.
Primer yang digunakan untuk mendeteksi gen target bakteri Salmonella sp..
memiliki panjang amplifikasi 204 bp. Hasil absorbansi dengan rasio 260/280 pada
selang 1,6 dan 2,0. Sampel hasil perikanan yang berasal dari pasar tradisional dan
pasar modern baik segar dan olahan tidak ditemukan produk yang terkontaminasi
bakteri Salmonella, hal ini karena sampel tidak mencapai nilai Threshold Cycle
(Ct), tidak mencapai nilai dari melting curve kontrol positif dan tidak menunjukan
grafik yang sigmoid.
Kata kunci : kontaminasi, produk perikanan, real-time PCR, Salmonella

ABSTRACT
PIPIT PRATAMA. Application Real-Time PCR for Detection of Bacteria
Salmonella sp. on Fisheries Product. Supervised by NURJANAH and MALA
NURILMALA.

Salmonella is classified in to bacteria group causing foodborne illness. In
addition, Salmonella is the bacteria pathogen group causing gastrodermik, tipoid
fever, which can lead to the death. The samples of fishery products were obtained
from traditional and modern markets in Bogor. The purpose of this study was
using real- time PCR to detect the Salmonella sp. on the fishery products. The
primers to detect gene target of Salmonella sp. in fisheries products with 204 bp.
The samples had absorbansi of 260/280 between 1,6 and 2,0. The result showed
fishery products samples did not contain Salmonella. The samples was under
threshold cycle value (Ct), did not reach the value of the melting curve of positive
control.
Keywords: contamination, fisheries products, real-time PCR, Salmonella

v

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2015
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau
menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

vi

vii

APLIKASI REAL-TIME PCR UNTUK MENDETEKSI
BAKTERI Salmonella sp. PADA HASIL PERIKANAN

PIPIT PRATAMA

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan pada
Departemen Teknologi Hasil Perairan

DEPARTEMEN TEKNOLOGI HASIL PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR
2015

viii

x

xi

KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah
memberikan rahmat serta hidayah-Nya sehingga penyusunan skripsi yang
berjudul Aplikasi Real-time PCR untuk Mendeteksi Bakteri Salmonella sp. pada
Hasil Perikanan ini dapat diselesaikan. Skripsi disusun dalam rangka memenuhi
salah satu syarat untuk menyelesaikan studi di Departemen Teknologi Hasil
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua
pihak yang telah membantu dalam penulisan dan penyusunan skripsi ini, terutama
kepada:
1 Prof Dr Ir Nurjanah, MS dan Dr Mala Nurilmala, SPi MSi selaku dosen

pembimbing.
2 Dr Asadatun Abdulah, SPi MSi selaku dosen penguji dan Dr Desniar, SPi MSi
sebagai dosen perwakilan komisi pendidikan THP.
3 Dr Ir Iriani Setyaningsih, MS selaku Ketua Program Studi Teknologi Hasil
Perairan.
4 Prof Dr Ir Joko Santoso, MSi selaku Ketua Departemen Tekhnologi Hasil
Perairan.
5 PT GeneCraft Labs, Ibu Wini Kania, Mas Ismail Fanani, Mba Diana Pasca, dan
Mba Septya serta terima kasih untuk bantuan dan motivasinya sehingga penulis
mampu menyelesaikan skripsi ini dengan baik.
Kritik dan saran yang membangun sangat diharapkan untuk perbaikan di
masa depan. Demikian skripsi ini disusun, semoga bermanfaat.

Bogor, Oktober 2015

Pipit Pratama

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL.............................................................................................
DAFTAR GAMBAR........................................................................................

DAFTAR LAMPIRAN.....................................................................................
PENDAHULUAN............................................................................................
Latar Belakang..............................................................................................
Perumusan Masalah......................................................................................
Ruang Lingkup.............................................................................................
Tujuan Penelitian..........................................................................................
METODE PENELITIAN..................................................................................
Bahan.............................................................................................................
Alat................................................................................................................
Prosedur Penelitian........................................................................................
Koleksi Sampel.............................................................................................
Preparasi Sampel…………………………………………………………...
Isolasi DNA Ikan Segar…………………………………………………….
Isolasi DNA Olahan Ikan…………………………………………………..
Isolasi DNA Isolat Salmonella typhimurium (ATCC 25241)………………
Pengukuran Kualitas dan Kuantitas DNA………………………………….
Penentuan Spesifik Primer Salmonella…………………………………………
Pengujian Salmonella sp. dengan real-time PCR..........................................
HASIL DAN PEMBAHASAN……………………………………………….
Kemurnian DNA Sampel…………………………………………………..

Penentuan Spesifik Primer Salmonella…………………………………………
Pengujian Salmonella sp. dengan real-time PCR..........................................
DAFTAR PUSTAKA........................................................................................
LAMPIRAN ....................................................................................................
RIWAYAT HIDUP............................................................................................

xi
xi
xi
1
1
2
2
2
2
2
3
3
3
3

3
5
5
6
6
6
7
7
9
10
14
17
20

DAFTAR TABEL
1

Hasil pengukuran kualitas DNA hasil perikanan..........................................

9

DAFTAR GAMBAR
1
2
3a
3b

Pengukuran real- time PCR untuk mendeteksi Salmonella pada hasil
perikanan………………………………………………………………...
Kurva amplifikasi real- time PCR............................................................
Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 1-6...........................................
Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 7-12.........................................

5
10
11
11

DAFTAR GAMBAR
3c Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 13-19........................................ 12

3d Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 20-25........................................ 13

DAFTAR LAMPIRAN
1
2
3
4

Sampel hasil perikanan segar dan olahan pasar tradisional.......................
Sampel hasil perikanan segar dan olahan pasar modern............................
Sampel hasil perikanan yang telah dipreprarasi........................................
Penentuan spesifik primer Salmonella sp. menggunakan BLAST............

18
18
18
19

1

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Polymerase chain reation (PCR) merupakan metode pengujian berbasis
biomolekuler berupa reaksi enzimatis untuk melipat gandakan secara eksponensial
suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. Pengembangan metoda PCR yang
dapat mengkuantifikasi salinan produk amplifikasi dikenal dengan real-time PCR
atau qPCR. Real-time PCR adalah PCR kuantitatif dengan mendeteksi
fluorescence reporter yang dihasilkan selama reaksi PCR. Peningkatan signal
fluorescent merupakan indikator amplifikasi produk PCR disetiap siklus real-time
PCR (Dorak 2006).
Real-time PCR dapat diaplikasikan untuk mendeteksi mutasi, menganalisa
ekspresi gen, viral kuantifikasi dan mendeteksi patogen. Aplikasi metode deteksi
mempunyai peran penting dalam mengurangi penyebaran produk terkontaminasi
patogen. Salah satu bakteri pagoten pada produk perikanan adalah Salmonella.
Mendeteksi bakteri Salmonella dapat dilakukan dengan berbagai metode,
diantaranya metode konvensional melalui metode agar. Penentuan ada tidaknya
Salmonella pada sampel membutuhkan waktu 4 hari dan jika positif maka
membutuhkan 3 hari untuk mengetahui jenis bakteri Salmonella. Oleh karena itu
sangat penting dalam menentukan metode yang lebih sensitif dan cepat untuk
mendeteksi Salmonella (Mercanoglu et al. 2009).
Salah satu metode alternatif yang cepat untuk mendeteksi bakteri
Salmonella yaitu menggunakan metode real-time PCR. Pengujian sampel dengan
real-time PCR dapat dilakukan dalam waktu kurang dari 12 jam, serta
menyediakan data kualitatif dan kuantitatif patogen yang ditargetkan dalam
sampel (Ellingson et al. 2003).
Salmonella termasuk salah satu bakteri patogen yang menyebabkan
gastrodermik dan demam tipoid bahkan dapat menyebabkan kematian, sehingga
Salmonella menjadi perhatian kesehatan di seluruh dunia. Salmonella termasuk ke
dalam grup bakteri yang menyebabkan foodborne ilness, menurut perkiraan
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) 48 juta kasus foodborne
illness di Amerika Serikat sebanyak 128.000 kasus memerlukan perawatan di
rumah sakit dan 3.000 diantaranya meninggal dunia (FoodNet 2012) dan pada
produk perikanan Salmonella ditemukan sebanyak 374 kasus dari tahun 19732006 (Iwamoto et al. 2010).
Kasus Salmonella di Eropa terjadi sebanyak 26.247 dengan 1.515
membutuhkan perawatan di rumah sakit dan 24 meninggal dunia (EFSA 2014),
sedangkan pada hasil perikanan Salmonella ditemukan pada berbagai jenis udang,
kerang, dan moluska di Eropa (EFSA 2010). Bakteri Salmonella di negara Cina
dilaporkan sebagai penyebab kasus foodborne terbesar kedua dan ditemukan
mengkontaminasi pada sampel produk perikanan sebesar 20,8% (Yan et al. 2010).
Kasus Salmonella di Indonesia terjadi sebanyak 500 kasus per 100.000 penduduk
dan menyebabkan angka kematian sebanyak 0,6-5% (Aung dan Agus 2008), oleh
karena itu pengembangan metode deteksi bakteri Salmonella pada hasil perikanan
dapat menjadi solusi alternatif dalam pencegahan dan penyebaran kontaminan.

2

Perumusan Masalah
Mendeteksi bakteri Salmonella pada hasil perikanan dapat
dilakukan dengan berbagai metode, diantaranya metode konvensional melalui
metode agar, namun metode konvensional membutuhkan banyak waktu sehingga
dibutuhkan alternatif metode yang lebih sensitif dan cepat untuk mendeteksi
Salmonella pada hasil perikanan, yaitu menggunakan metode Real-time PCR.

Ruang Lingkup
Ruang lingkup penelitian ini yakni meliputi koleksi sampel, preparasi
sampel, isolasi DNA sampel, pengukuran konsentrasi dan kualitas DNA,
penentuan spesifik primer, pengujian kontrol positif dan negatif, deteksi isolat
DNA mengunakan real-time PCR dan penulisan laporan ilmiah.

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengaplikasikan real- time PCR untuk mendeteksi
bakteri Salmonella sp. pada hasil perikanan.

METODE PENELITIAN
Waktu dan tempat
Penelitian dilaksanakan pada bulan Maret sampai Mei 2015. Pengambilan
sampel dilakukan di pasar sekitar Bogor, preparasi sampel dilakukan pada
Laboratorium Mikrobiologi Hasil Perairan, Departemen Teknologi Hasil Perairan,
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Isolasi DNA
sampel, pengukuran konsentrasi dan kualitas DNA, penentuan spesifik primer,
pengujian kontrol positif dan negatif, deteksi isolat DNA mengunakan real-time
PCR, dilakukan di laboratorium PT Gene Craft Labs, Jakarta.

Bahan
Bahan yang digunakan adalah sampel hasil perikanan segar dan olahan,
yang diperoleh dari pasar tradisional dan modern, spesifikasi sampel dapat dilihat
pada Lampiran 1 dan 2. Sampel hasil perikanan segar yang dikumpulkan dari
pasar tradisional antara lain; cumi-cumi bangka, udang vanamei, ikan teri, dan
kembung banjar. Sampel olahan; ikan gabus asin, ikan teri asin, teri asin cue,
udang rebon, ikan pindang bandeng, pindang tongkol, pindang besek dan terasi.
Sampel hasil perikanan segar yang diambil dari pasar modern antara lain; filet
ikan salmon, cumi-cumi bangka, udang vanamei, kembung banjar dan ikan
mujair. Sampel perikanan olahan; teri tawar padang, terasi higenis, crab claw,

3

squid roll, otak-otak, chikuwa, dan salmon ball. Kontrol positif Salmonella
typhimurium (ATCC 25241), kontrol negatif no template control (NTC), alkohol
absolut (96%), kloroform, sepasang primer forward dan reverse. Primer forward
(5` ATC GCT GAC TTA TGC AAT CG 3`), primer reverse (5`CGG GTT GCG
TTA TAG GTC TG 3`) Alvarez et al. (2004), Sybr green (QuantatiTect SYBR
Green PCR kit Qiagen). Bahan-bahan yang digunakan untuk mengisolasi DNA
bakteri dengan menggunkan kit komersial Qiamp DNA minikit, isolasi DNA dari
hasil perikanan olahan menggunakan Dneasy Mericon Foodkit dan untuk
mengisolasi DNA ikan segar menggunakan Dneasy Blood and Tissue kit.

Alat
Alat-alat yang digunakan, pinset, gunting, microsmash (MS-100, Tomy
Tokyo, Japan), vortex (V-1 plus, Biosan, Rīgas pilsēta, Latvia), microsentrifuge
(micro one, Tomy, Tokyo, Japan), classic micro pipet 1000 µL , 200 µL, 100 µL,
20 µL dan 10 µL (Rainin,Oakland, USA), mesin Real-time PCR (Rotor-gene Q,
qiagene, Hilden, German), nanophotometer (implen, p360, Munchen, German),
microsentrifuge (kitman, kitman-T24, Tokyo, Japan), dry block thermostat
(Biosan, TDB100, Rīgas pilsēta, Latvia), drying oven (Yamato SH 62, Tokyo,
Japan) dan disposable powder free gloves.

Prosedur Penelitian
Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap, meliputi koleksi sampel,
preparasi sampel isolasi DNA sampel, pengukuran konsentrasi dan kualitas DNA,
penentuan spesifik primer, pengujian kontrol positif dan negatif, deteksi isolat
DNA mengunakan real-time PCR. Diagram penggunaan real-time PCR untuk
mendeteksi Salmonella pada hasil perikanan dapat dilihat pada Gambar 1.
Koleksi Sampel
Koleksi sampel dilakukan dari berbagai pasar di Bogor, yaitu dari pasar
tradisional dan pasar modern baik sampel segar maupun olahan. Sampel yang
digunakan dapat dilihat pada Tabel 1.
Preparasi Sampel
Sampel yang telah dikumpulkan, lalu dipreparasi menggunakan pisau steril
dan homogenisasi menggunakan mortar steril. Alat yang digunakan terlebih
dahulu dilakukan proses sterilisasi menggunakan oven suhu 121 oC. Sampel yang
sudah dipreparasi lalu ditimbang dan disimpan pada freezer suhu -20oC.
Isolasi DNA ikan segar dengan kit komersial (Dneasy Blood and Tissue kit
cat 69504)
Sampel ikan segar sebanyak 30 mg ditambahkan 200 μL buffer ATL,
digerus dengan microsmash, ditambahkan 20 µL proteinase K dan divortex,
kemudian diinkubasi pada suhu 56oC selama 1 jam, setiap 10 menit divortex.
Buffer AL sebanyak 200 µL dan 200 µL ethanol (96%) ditambahkan dan

4

dicampurkan, divortex dan kemudian dipipet larutannya dan dimasukan pada
QiaAmp Mini Spin Coloumn dalam 2 mL collection tube, disentrifugasi pada 6000
xg (8000 rpm) selama 1 menit, kemudian supernatan nya dibuang.
Buffer AW1 sebanyak 500 µL ditambahkan dan disentrifugasi selama 1
menit pada 6000 xg (8000 rpm), kemudian supernatan nya dibuang. Buffer AW2
sebanyak 500 µL ditambahkan dan disentrifugasi selama 3 menit pada 6000 xg
(8000 rpm), kemudian collection tube nya dibuang.
QiaAmp Mini Spin Column dimasukan ke dalam 2 mL collection tube yang
baru, tanpa penambahan apapun lalu disenrtifugasi selama 1 menit pada 20,000 xg
(14,000 rpm) untuk mengeringkan QiaAmp Mini Spin Coloumn membran dari
ethanol dan dibuang collection tube nya.
Koleksi sampel
Sampel
Preparasi sampel

Preparat
Isolasi DNA sampel
DNA

Pengukuran
konsentrasi dan
kualitas DNA
Menggunakan real- time PCR
untuk mendeteksi bakteri
Salmonella sp. pada hasil
perikanan

Data kemurnian
DNA

Data dari real-time
PCR
Gambar 1. Penggunaan real-time PCR untuk mendeteksi Salmonella pada hasil
perikanan

5

Buffer AE sebanyak 100 µL ditambahkan ke dalam QiaAmp Mini Spin
Coloumn yang baru, kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 7 menit,
disentrifugasi selama 1 menit pada 6000 xg (8000 rpm) untuk proses elusi.
Langkah terakhir DNA hasil elusi dapat langsung digunakan untuk proses PCR
atau disimpan pada suhu -20oC untuk penyimpanan lama.
Isolasi DNA olahan ikan dengan kit komersial (Dneasy Mericon Foodkit (50)
cat 69514 Handbook)
Sampel olahan ikan sebanyak 250 mg disiapkan dalam 1 mL food lysis
buffer, yang digerus menggunakan microsmash, 2,5 µL protenase K ditambahkan,
divortex, kemudian diinkubasi pada suhu 60oC selama 30 menit. Setiap 10 menit
divortex selama masa inkubasi, sampel lalu didinginkan pada suhu ruang selama
beberapa detik.
Sampel selanjutnya dimasukan ke dalam ice block setelah inkubasi.
Sampel disentrifugasi dengan kecepatan 2500 xg selama 5 menit. Supernatan
diambil dan dipindahkan pada tube 2 mL yang baru dan ditambahkan 500 µL
chloroform, selama 15 detik divortex lalu disentrifugasi dalam kecepatan 14.000
xg selama 15 menit. Supernatan diambil dan dihitung volumenya, setelah itu
ditambahkan 1:1 volume buffer PB dan divortex selama 15 detik. Seluruh cairan
tersebut dimasukan ke dalam Qiaquick spin coloumn yang disentrifugasi 17.900
xg selama 1 menit. Cairan yang tertampung pada collection tube dibuang.
Buffer AW2 sebanyak 500 µL ditambahkan dan disentrifuge 17.900 xg
selama 1 menit, kemudian supernatan nya dibuang, setelah itu dimasukan pada
Qiaquick spin column yang baru, lalu disentrifugasi ulang pada 17.900 xg selama
1 menit, disiapkan Qiaquick spin coloumn dan ditambahkan sebanyak 150 µL
buffer EB yang didiamkan selama 1 menit pada suhu ruang lalu disentrifugasi
pada kecepatan 17900 xg selama 1 menit. Langkah terakhir DNA hasil elusi dapat
langsung digunakan untuk proses PCR atau disimpan pada suhu -20oC untuk
penyimpanan lama.
Isolasi DNA bakteri dengan kit komersial (Qiamp DNA minikit 51306)
Sampel isolat bakteri sebanyak 2 ose ditambahkan dengan 500 µL PBS
dan divortex, kemudian disentrifugasi 7500 rpm selama 10 menit. Pellet nya
diambil dan ditambahkan 180 µL ATL dan 20 µL l proteinase K, divortex, lalu
diinkubasi pada suhu 56oC selama 1 jam dan divortex setiap 10 menit, lalu
ditambahkan 200 µL buffer AL.
Ethanol (96%) sebanyak 200 µL ditambahkan pada sampel yang sudah
disiapkan sebelumnya dan dicampurkan dengan cara divortex, kemudian larutan
dipipet dan dimasukan pada QiaAmp Mini Spin Coloumn 2 mL collection tube,
lalu disentrifugasi pada 6000 xg (8000 rpm) selama 1 menit. Supernatan yang
berada di dalam collection tube dibuang dan digunakan kembali collection tube
nya. 500 µL buffer AW1 ditambahkan dan disentrifugasi selama 1 menit pada 6000
xg (8000 rpm) kemudian dibuang supernatan nya di dalam collection tube.
QiaAmp Mini Spin Column 2 mL collection tube yang baru disiapkan, tanpa
penambahan apapun lalu senrtifugasi selama 1 menit pada 20,000 xg (14,000
rpm) untuk mengeringkan QiaAmp Mini Spin Coloumn membran dari ethanol dan
dibuang collection tube nya.

6

QiaAmp Mini Spin Column 2 mL collection tube yang baru disiapkan,
ditambahkan 100 µL buffer EB dipipet dan dimasukan ke dalam QiaAmp Mini
Spin Colmn membran, kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 1 menit,
disentrifugasi selama 1 menit pada 17.900 x g untuk proses elusi. Langkah
terakhir DNA hasil elusi dapat langsung digunakan untuk proses PCR atau
disimpan pada suhu -20oC untuk penyimpanan lama.
Pengukuran kualitas dan kuantitas DNA (NanoPhotometer® P-Class User
Manual)
Hasil isolasi DNA dari sampel diukur konsentrasinya menggunakan
NanoPhotometer. Langkah awal dimulai dengan tombol power ditekan untuk ON,
tampilan control panel akan menyala, kemudian NanoPhotometerTM Pearl
submicroliter cell dimasukan ke dalam cell holder, dimana cell windows
menghadap kearah sinar inframerah. Submicroliter cell diposisikan dalam posisi
yang sama di dalam cell hoder. Pipet dapat digunakan untuk meneteskan sampel
yang akan diukur di tengah jendela cell pengukur, kemudian submicroliter cell
yang telah berisi sampel, ditutup dengan rapat. Pilih NanoVolume atau Cuvette
Aplications lalu pilih folder Nucleic Acid, pilih metode yang akan digunakan,
kemudian tentukan parameter pengukuran untuk Lid factor atau pathlength,
dilution factor, background, units, factor nucleic acids lalu OK ditekan, tombol
Blank untuk referensi pengukuran dan tekan tombol untuk melakukan
pengukuran, kemudian diulangi untuk semua sampel.
Penentuan spesifik primer Salmonella sp.
Penentuan spesifik primer Salmonella sp. diuji menggunakan Basic Local
Alignment Search Tool (BLAST) pada website National Center for Biotechnology
Information (NCBI) dan untuk lebih meyakinkan bahwa primer tersebut spesifik
terhadap Salmonella sp. maka dilakukan pengujian Salmonella typhimurium
(ATCC 25241) sebagai kontrol positif dan NTC sebagai kontrol negatif dengan
menggunakan real-time PCR. Kontrol positif Salmonella typhimurium (ATCC
25241) yang digunakan terlebih dahulu diekstrak DNA nya menggunkan kit
komersial Qiamp DNA minikit 51306.
Pengujian Salmonella sp. dengan real-time PCR (Manual Handbook
Quantifast Sybr Green PCR)
Penggunaan real-time PCR dilakukan dengan membuat master mix
terlebih dahulu kemudian diamplifikasi dan dimasukan kedalam mesin real-time
PCR. Kemudian dihitung komposisi untuk membuat PCR mix sesuai dengan
jumlah sampel yang digunakan dan kontrol positif disiapkan. Quantifast Mix,
primer mix, RNAse Free water dan template DNA dicairkan sebanyak 2x, lalu spin
down selama 15 detik, PCR mix dalam tabung LifeTouch Microcentrifuge steril
1,7 mL disiapkan. Bahan untuk satu kali reaksi yang terdiri dari 12,5 µL Q fast
sbyr green, 2,5 µL primer forwad (10uM), 2,5 µL primer reverse (10 µM), 5,5 µL
RNAse free water dan tempelate DNA 2 µL. PCR mix sesuai jumlah sampel
dicampur kecuali template, kemudian distribusikan ke dalam tabung reaksi 0.2 mL
masing-masing 22,5 μL. Template DNA sebanyak 2 μL ditambahkan ke dalam
tabung PCR yang sudah berisi PCR mix. Masing-masing sampel dimasukan
kedalam setiap well pada plate 96 well reaction. Kemudian well ditutup dengan

7

PCR sealer TM Microseal. Well dimasukkan ke dalam real-time PCR yang telah
diatur dengan protokol. Protokol PCR yang digunakan yaitu PCR initial
activation enzim selama 5 menit dengan pada suhu 95°C, denaturasi 10 detik pada
suhu 95°C, anealing 30 detik pada suhu 54oC, jumlah cycle 35 dan melt on green
60 sampai dengan suhu 95°C, kemudian dilakukan running dengan real-time
PCR.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Kemurnian DNA Sampel
Metode isolasi DNA berperan penting untuk mendapatkan DNA murni.
DNA murni harus bebas dari protein dan oligopeptida. Konsentrasi dan
kemurniaan DNA dapat diketahui dengan mengukurnya pada nano implen
photometer. Isolat DNA dikatakan murni jika rasio antara nilai absorbansi pada
panjang gelombang 260/280 berada pada selang 1,8 hingga 2,0 (Sahiri 2011).
Panjang gelombang rasio 260/280 memberikan indikasi kemurnian dari DNA
(Pestana et al. 2010). Kemurnian DNA berperan dalam sensitifitas dari pengujian
real-time PCR, menurut Dauphin et al. (2009) faktor yang berpengaruh terhadap
sensitifitas dari pengujian real-time PCR, adalah kemurnian DNA dari inhibitor,
rendemen DNA, dan kerusakan DNA.
Hasil dari pengukuran kemurnian DNA sampel dan kontrol positif
menggunakan nano implen photometer pada panjang gelombang 260/280
memiliki nilai absorbansi yang berbeda-beda. Kontrol positif Salmonella
typhimurium (ATCC 25241) yang menggunakan kit komersial Qiamp DNA
minikit untuk mengisolasi DNA memiliki konsentrasi 204 ng/µL dan nilai
absorbansi sebesar 1,9. Sampel segar yang berasal dari pasar tradisional diisolasi
menggunakan kit komersial Dneasy Blood and Tissue kit memiliki konsentrasi
DNA, yaitu cumi-cumi 14,00 ng/µL, kembung banjar 29,00 ng/µL, dan teri segar
9,00 ng/µL serta memiliki nilai absorbansi cumi-cumi 2,33, kembung banjar 2,71,
dan teri segar 2,00.
Sampel olahan yang berasal dari pasar tradisional diisolasi menggunakan
kit komersial Dneasy Mericon Foodkit memiliki konsentrasi DNA, yaitu ikan
gabus asin 12,50 ng/µL, teri asin cue 282 ng/µL, cumi asin 131 ng/µL, selar asin
29 ng/µL, udang rebon 209 ng/µL, terasi tradisional ≤ 10 ng/µL, pindang besek 49
ng/µL, pindang bandeng satu 54 ng/µL, pindang bandeng dua 38 ng/µL, pindang
tongkol 17 ng/µL serta memiliki nilai absorbansi ikan gabus asin 1,66 teri asin cue
1,81, cumi asin 1,82, selar asin 1,87, udang rebon 2,19, terasi tradisional 1,83,
pindang besek 1,84, pindang bandeng satu 1,83, pindang bandeng dua 1,85,
pindang tongkol 1,78.
Sampel segar yang berasal dari pasar modern diisolasi menggunakan kit
komersial Dneasy Blood and Tissue kit memiliki konsentrasi DNA, yaitu cumicumi bangka 127 ng/µL, ikan mujair 22,50 ng/µL, filet ikan salmon 103 ng/µL,
udang vanamei 41,50 ng/µL, dan kembung banjar 20,50 ng/µL serta memiliki
nilai absorbansi cumi-cumi bangka 2,08, ikan mujair 2,04, filet ikan salmon 2,01,

8

udang vanamei 2,02, dan kembung banjar 2,05.
Sampel olahan yang berasal dari pasar modern diisolasi menggunakan kit
komersial Dneasy Mericon Foodkit memiliki konsentrasi DNA, yaitu teri tawar
padang 91,5 ng/µL, terasi higienis ≤ 10 ng/µL, crab claw ≤ 10 ng/µL, otak-otak ≤
10 ng/µL, squid roll ≤ 10 ng/µL, chikuwa ≤ 10 ng/µL, salmon ball ≤ 10 ng/µL
serta memiliki nilai absorbansi teri tawar padang 1,84, terasi higienis 1,70, crab
claw 1,65, otak-otak 1,44, squid roll 1,67, chikuwa 1,75, salmon ball 1,76.
Pengukuran kualitas dan kuantitas dari DNA kontrol positif Salmonella
typhimurium (ATCC 25241) dan sampel segar yang berasal dari pasar tradisional
menurut Sahiri (2011) maka kontrol positif dan teri segar sesuai dengan standar
nilai absorbansi sedangkan sampel kembung banjar dan cumi-cumi tidak sesuai
dengan standar. Sampel olahan yang berasal dari pasar tradisional menurut Sahiri
(2011) maka gabus asin, teri asin cue, cumi asin, selar asin, teri tradisional,
pindang besek, pindang bandeng satu, pindang bandeng dua dan pindang tongkol
sesuai dengan nilai absorbansi sedangkan sampel udang rebon tidak sesuai dengan
standar.
Pengukuran kualitas dan kuantitas dari DNA sampel segar yang berasal
dari pasar modern menurut Sahiri (2011) maka cumi-cumi bangka, ikan mujair,
filet ikan salmon, udang vanamei, dan kembung banjar tidak sesuai dengan
standar nilai absorbansi. Sampel olahan yang berasal dari pasar modern menurut
Sahiri (2011) maka teri tawar padang sesuai dengan nilai absorbansi sedangkan
terasi higienis, crab claw, otak-otak, squid roll, chikuwa dan salmon ball tidak
sesuai dengan standar.
Ketidaksempurnaan saat proses isoasi DNA menyebabkan masih
terkandungnya berbagai jenis pengotor yang mempengaruhi kemurnian DNA hasil
dari isoasi, menurut Bellard et al. (1973) pada rasio A260/280 yang lebih rendah
dari 1,8, mengindikasikan adanya kontaminasi dari protein atau fenol, sedangkan
pada absorbansi 230 nm menunjukan kontaminasi dari ikatan peptida.
Kontaminasi oleh protein dapat berasal dari komponen sel yang tidak lisis selama
proses isolasi atau berasal dari fenol sebagai bahan yang ditambahkan pada proses
isolasi untuk mempresipitasi DNA.
Hasil dari pengukuran konsentrasi DNA sampel dan kontrol positif
menggunakan nano implen photometer pada panjang gelombang 260/280
memiliki nilai konsentrasi DNA yang berbeda-beda. Konsentrasi DNA
menunjukan banyaknya DNA dalam suatu sampel, setiap sampel memiliki
konsentrasi yang berbeda-beda sehingga tidak ada standar dalam penentuan
konsentrasi DNA, menurut CBS fungal biodeversity center (2015) konsentrasi
DNA 10 ng/µL hingga lebih dari 100 ng/µL cukup digunakan untuk proses
pengujian pada PCR dan konsentrasi DNA kurang dari 10 ng/µL seringkali sukses
untuk pengujian pada PCR.
Penelitian ini menggunakan primer berdasarkan Alvarez et al. (2004)
untuk mendeteksi gen target bakteri Salmonella sp. pada 25 produk hasil
perikanan. Primer yang digunakan adalah primer forward (5` ATC GCT GAC
TTA TGC AAT CG 3`), primer reverse (5`CGG GTT GCG TTA TAG GTC TG
3`) dengan panjang amplifikasi 204 pasangan basa. Menurut Pestana et al. (2010),
panjang amplifikasi primer yang baik jika menggunakan real-time PCR dan
pewarna flourescence SYBR® green dalam rentang antara 100-400 pasangan
basa. Primer tersebut, kemudian dianalisis menggunakan Software BLAST.

9

Tabel 1. Hasil pengukuran kualitas DNA hasil perikanan
Sampel *

Pasar tradisional
Segar
Cumi-cumi
Kembung Banjar
Teri Segar
Olahan
Ikan gabus asin
Teri asin cue
Cumi asin
Selar asin
Udang rebon
Terasi (Tradisional)
Pindang besek
Pindang bandeng 1
Pindang bandeng 2
Pindang tongkol
Pasar modern
segar
Cumi-cumi Bangka
Ikan Mujair
Filet Ikan Salmon
Udang Vanamei
Kembung Banjar
olahan
Teri tawar padang
Terasi (higeinis)
Crab Claw
Otak-otak
Squid roll
Chikuwa
Salmon ball
*total sampel 25

Waktu sampling

Konsentrasi
DNA
(ng/µL)

Kemurnian
DNA dari
Protein
A260/A280

Kemurnian DNA
dari pengotor
A260/A230

Senin, 16-3-2015, 06.30 WIB
Senin, 16-3-2015, 06.30 WIB
Senin, 16-3-2015, 06.30 WIB

14,00
29,00
9,00

2,33
2,071
2,00

0,56
0,61
0,33

Sabtu, 14-3-2015, 17.30 WIB
Sabtu, 14-3-2015, 17.30 WIB
Minggu, 15-3-2015, 11.30 WIB
Minggu, 15-3-2015, 11.30 WIB
Minggu, 15-3-2015, 11.30 WIB
Minggu, 15-3-2015, 11.30 WIB
Senin, 16-3-2015, 07.30 WIB
Sabtu, 14-3-2015, 17.00 WIB
Senin, 16-3-2015, 07.30 WIB
Sabtu, 14-3-2015, 17.00 WIB

12,50
282
131
29,00
209
≤ 10
49,00
54,00
38,00
17,00

1,66
1,81
1,82
1,87
2,19
1,83
1,84
1,83
1,85
1,78

0,18
2,16
2,13
1,56
1,52
0,57
1,36
1,71
1,46
0,89

Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB

127
22,50
103
41,50
20,50

2,08
2,04
2,01
2,02
2,05

1,64
0,75
1,62
0,76
0,73

Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB
Jumat, 13-3-2015, 19.00 WIB

91,5
≤ 10
≤ 10
≤ 10
≤ 10
≤ 10
≤ 10

1,84
1,70
1,65
1,44
1,67
1,75
1,76

1,79
0,70
0,35
0,76
1,67
0,45
0,44

Penentuan Spesifik Primer Salmonella sp.
Hasil pengujian BLAST dapat dilihat pada Lampiran 4 dan untuk lebih
meyakinkan bahwa primer tersebut spesifik terhadap Salmonella sp. maka
dilakukan pengujian Salmonella typhimurium (ATCC 25241) sebagai kontrol
positif dan NTC sebagai kontrol negatif dengan menggunakan real-time PCR.
Hasil penentuan spesifik primer dengan menggunakan real-time PCR dapat dilihat
pada kurva amplifikasi dan kurva puncak pelelehan (melting curve) pada Gambar
2.
Kurva amplifikasi terbentuk sejak proses amplifikasi dimulai. Kurva ini
berfungsi untuk menentukan apakah dalam thermal cycler terjadi amplifikasi atau
tidak. Amplifikasi ditetapkan berdasarkan intensitas fluorescent, semakin banyak
produk amplifikasi yang dihasilkan, semakin besar akumulasi fluorescent yang
terbaca. Peningkatan fluorescent tersebut ditandai dengan terbentuknya grafik

10

sigmoid. Grafik sigmoid akan berpotongan dengan baseline threshold yang telah
ditentukan secara otomatis oleh program.

Gambar 2. Kurva amplifikasi real-time PCR, (
kontrol negatif

) kontrol positif dan (

)

Titik perpotongan antara grafik sigmoid dan baseline threshold jika
direfleksikan pada sumbu-x (Cycle) adalah threshold cycle (Ct) bagi sampel yang
diamplifikasi (Pestana et al. 2010).
Pengujian spesifik primer juga dilakukan dengan menganalisis kurva
puncak pelelehan (melt peak curve) dengan melihat titik puncak pelelehan (melt
peak) dan nilai Tm (melting temperature) yang dihasilkan pada kurva tersebut
(Pestana et al. 2010). Kurva puncak pelelehan menunjukkan bahwa kontrol positif
Salmonella typhimurium (ATCC 25241) hanya menghasilkan satu puncak. Hal
tersebut menunjukkan bahwa pada pengujian tersebut tidak terjadi mispriming
yang artinya primer yang digunakan spesifik dan tidak mengamplifikasi gen lain
selain gen target. Nilai Tm yang dihasilkan sebesar 86,60oC. Nilai tersebut dapat
menjadi ciri khusus pada pengujian selanjutnya.

Pengujian Salmonella sp. dengan real-time PCR
Prinsip kerja real-time PCR adalah mendeteksi dan mengkuantifikasi
fluorescence reporter. Sinyal fluorescent akan meningkat seiring dengan
bertambahnya produk PCR yang teramplifikasi dalam reaksi. Sinyal fluorescent
pada setiap siklus, reaksi selama fase eksponensial dapat dipantau secara realtime. Peningkatan produk PCR yang signifikan pada fase eksponensial
berhubungan dengan jumlah inisiasi gen target. Makin tinggi tingkat ekspresi gen
target maka deteksi emisi fluorescent makin terbaca (Dorak 2006).
Hasil pengujian sampel produk perikanan yang menggunakan real-time
PCR (Gambar 3a, 3b, 3c, dan 3d) yang berasal dari pasar tradisional dan modern
baik segar dan olahan tidak menunjukan adanya grafik melting yang sigmoid dan
dari seluruh sampel tidak mencapai nilai threshold cycle (Ct).

11

Gambar 3a. Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 1-6, ( ) kontrol positif
dan ( ) kontrol negatif, ( ) teri padang, ( ) gabus asin, ( ) ikan
asin japu, ( ) pindang bandeng, ( ) pindang tongkol, ( ) teri asin
cue.

Gambar 3b. Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 7-12, ( ) kontrol positif
dan ( ) kontrol negatif, ( ) terasi higienis, ( ) udang rebon, ( )
selar asin, ( ) creb claw, ( ) terasi tradisional, ( ) cumi asin.
Pengujian real-time PCR pada penelitian ini menggunakan analisis dengan
kurva puncak pelelehan (melt peak curve) dengan melihat titik puncak pelelehan
(melt peak) dan nilai Tm (melting temperature), hal ini dikarenakan mengunakan
pewarna DNA sbyr green, menurut quantitect sybr green RT PCR handbook
(2011) prinsip dari sbyr green adalah mengikat setiap DNA utas ganda sehingga
menghasilkan peak yang dibaca sedangkan nilai Tm sangat spesifik dan sebagai
penanda pengujian. Nilai Tm tergantung pada panjang skuen DNA dan GC konten
sehingga sangat penting dalam melakukan pengukuran menggunakan nilai Tm

12

dan peak melting curve.

Gambar 3c. Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 13-19, ( ) kontrol positif
dan ( ) kontrol negatif, ( ) chikuwa, ( ) pindang bandeng 2, ( )
otak-otak, ( ) pindang besek, ( ) salmon ball, ( ) squid roll.
Pembacaan melting curve memperlihatkan jika sampel positif, maka akan
teramplifikasi pada nilai Tm tidak jauh berbeda dengan kontrol positif atau
perbedaan nya 1o- 2oC (Mangold et al. 2005) dari nilai Tm kontrol positif
(86.60oC). Kontrol negatif NTC juga teramplifikasi dan tidak melebihi nilai
threshold cycle (Ct), sehingga hasilnya dari pembacaan real-time PCR tidak
menunjukan adanya sampel terdeteksi.
Pembacaan amplifikasi DNA pada penelitian ini menggunakan real-time
PCR untuk semua sampel disertakan kontrol positif dan negatif yang berfungsi
untuk mengetahui apakah saat mencampurkan mix reagen ke dalam sampel
terdapat kontaminasi atau tidak. Kontrol negatif tidak akan teramplifikasi setelah
pembacaan jika tidak terdapat kontaminasi atau dalam pengerjaan berhasil dan
hasil real-time PCR dianggap layak dan dapat dipercaya (Kartikasari 2008). Pada
penelitian ini telah melalui proses yang benar, dimana hasil kontrol negatif tidak
teramplifikasi sehingga hasil pembacaan real-time PCR dapat dipercaya.
Pada penelitian ini tidak menggunakan metode pre-enrichment untuk
mendeteksi sampel hasil perikanan. Metode deteteksi Salmonella sp. (viable dan
non viable) dengan metode real-time PCR dapat menggunakan pre-enrichment
dan tanpa metode pre-enrichment.
Metode deteteksi Salmonella sp. dengan real-time PCR tanpa
menggunakan metode pre-enrichment diantaranya dilakukan oleh Xiao et al.
(2015), D’Urso et al. (2009), Elizaquivel dan Rosa (2008), Miller et al. (2010),
sedangkan metode deteteksi Salmonella sp. yang menggunakan metode preenrichment diantara nya dilakukan oleh Perelle et al. (2004) dan McGuinness et
al. (2009). Metode deteksi Salmonella sp. menurut Xiao et al. (2015) dilakukan
dengan pengujian sensitifitas dan kuantitas limit dari kontrol positif yang
digunakan dengan menggunakan real-time PCR.

13

Gambar 3d. Kurva amplifikasi real-time PCR sampel 20-25, ( ) kontrol positif
dan ( ) kontrol negatif, ( ) cumi-cumi bangka, ( ) ikan mujair,
( ) cumi-cumi pasar modern, ( ) teri segar, ( ) teri segar 1, ( )
fillet salmon, (
) kembung banjar 2.
Setiap pengujian deteksi Salmonella sp. memiliki batas limit yang
berbeda-beda, pada penelitian Xiao et al. (2015) memiliki limit deteksi sebesar
102 CFU/ml, penelitian Elizaquivel et al. (2012) memiliki limit deteksi sebesar 105
CFU/ml, dan penelitian Elizaquivel dan Rosa (2008) memiliki limit deteksi
sebesar 104 CFU/ml. Pada penelitian ini tidak melakukan analisis sensitifitas dan
penentuan limit dari kontrol positif sehingga diduga bakteri Salmonella pada
sampel tidak terdeteksi karena memiliki batas limit yang rendah dari kontrol
positif yang digunakan.

KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Aplikasi real-time PCR menggunakan metode tanpa pre-enrichment dari
total 25 sampel hasil perikanan yang digunakan adalah negatif.

Saran
Adapun saran berdasarkan penelitian ini adalah membandingkan pengujian
metode deteksi konvensional menggunakan enrichment dan metode real-time
PCR, disarankan melakukan pengujian batas limit sensitifitas dan deteksi dari
kontrol positif yang digunakan, serta untuk penelitian selanjutnya Salmonella
hidup untuk keamanan pangan dilakukan pre-kondisi di sampel sehingga hanya
Salmonella hidup yang terhitung.

14

DAFTAR PUSTAKA
Alvarez J, Mertxe S, Ana BV, Ildefonso P, Ramon C, Aitor R dan Javier G. 2004.
Development of a multiplex PCR technique for detection and
epidemiological typing of Salmonella in human clinical samples. Journal
of Clinical Microbiology 42(4):1734-1738.
Aung Myint dan Agus Supriadi. 2008 Juni. Pentingnya intervensi terpadu dengan
sanitasi total. Mediakom 8(49):17-18.
Bellard MG, Outdet P, Chambon P. 1973. Isolation of high molecular weight DNA
from mammalian cells. Eur J Biochem 36(1):32-38.
[CBS] Fungal Biodeversity Center Institut of Royal Netherands. Quantification of
Nuceic Acid, RNA and Oligonucleotides. www. cbs.knaw.nl [16 Desember
2015]
D’Urso O F, Palmiro P, Santo, Carlo S, Marta, David R. 2009. A filtration-based
real-time PCR method for the quantitative detection of viable Salmonella
enterica and Listeria monocytogenes in food samples. Journal of
Microbiology 26(3): 311-316.
Dauphin LA, Hutchins RJ, Bost LA, Bowen MD. 2009. Evaluation of automated
and manual commercial DNA extraction methods for recovery of Brucella
DNA from suspensions and spiked swabs. J of Clinical Microbiology
47(12): 3920-3926.
Dorak T M. 2006. Real time PCR. Newcastle (GB): Taylor and Francis group.
[EFSA] European Food Safety Authority. 2010. The European Union summary
report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne
outbreaks in the European Union in 2008. EFSA Journal 8(45): 1496.
[EFSA] European Food Safety Authority. 2014. The European Union summary
report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne
outbreaks in 2012. EFSA Journal 2014 12(2): 3547.
Elizaquivel P dan Rosa A. 2008. A multiplex RTi-PCR reaction for simultaneous
detection of Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp. and
Staphylococcus aureus on fresh, minimally processed vegetables. Journal
of Food Microbiology 25(5): 705-713.
Elizaquivel P, Gloria S, Rosa A. 2012. Quantitative detection of viable foodborne
E. Coli O157: H7, Lesteria monocytogenes and Salmonella in fresh-cut
vetetables combining propidium monoazide and real-time PCR. Journal of
Food Control 25(2014): 704-708.
Ellingson JLE, Jennifer LA, Steve AC, Vijay KS. 2003. Twelve hour real-time
PCR technique for the sensitive and specific detection of Salmonella in
raw and ready-to-eat meat products. Journal Molecular and Cellular
Probe 18(1): 51-57.
[FoodNet] Foodborne Diseases Active Surveillance Network. 2012. Trends in
Foodborne Illness in the United States, 2012. www. FoodNet.org [19 April
2014]

15

Iwamoto M, Ayers T, Mahon, dan Swerdlow. 2010. Epidemiology of seafoodassociated infections in the United States. Clinical Microbiology Reviews
23(2): 399–411.
Kartikasari DS. 2008. Perbandingan tingkat sensitivitas dan spesifisitas pada
pemeriksaan Influenza A dengan menggunakan rapid test dan real timereverse transcriptase PCR (rRT-PCR) [tesis]. Semarang (ID): Universitas
Diponegoro.
Mangold AK, Rebecca UM, Evelyn SCK, Lindsey S, Mary AR, Richard BT,
Lance RP dan Karen LK. 2005. Real-Time PCR for detection and
identification of Plasmodium spp. J of Clinical Microbiology 43(5): 2435–
2440.
McGuinness S, McCabe E, O’Regan E, Dolan A. Duffy G, Burgess C. 2009.
Development and validation of a rapid real-time PCR based method for the
specific detection of Salmonella on fresh meat. Journal of Meat Science
8(3): 555-562.
Mercanoglu T, Ben U. Aytac SA. 2009. Rapid detection of Salmonella in milk by
combined immunomagnetic separation-polymerase chain reaction assay.
Journal Dairy Science 92(6): 2382-2388.
Miller DN, Davison dan Doris HD. 2010. Real-time reverse-transcriptase PCR for
Salmonella typhimurium detection from lettuce and tomatoes. Journal of
Food Science and Technology 44(4) 1088-1097.
Nur’utami D A. 2011. Metode analisis isolasi dan identifikasi Salmonella
tyhimurium pada susu dengan metode real-time PCR [skripsi]. Bogor (ID):
Institut Pertanian Bogor.
Perelle S, Dilasser F, Malorny B, Grout J, Hoorfar J, Fach P. 2004. Comparison of
PCR-ELISA and LightCycler real-time PCR assays for detecting
Salmonella spp. in milk and meat samples. Journal of Molecular and
Cellular Probes 18(6): 409-420.
Pestana EA, Belak S, Diallo A, Crowther JR, Viljoen GJ. 2010. Early, Rapid, and
Sensitive Veterinary Molecular Diagnostics Real-Time PCR Application.
Dordrecht (NL): Springer.
[QIAGEN] QuantiTect Sybr Green RT-PCR Handbook. Quantitatif, Real-Time
One-Step RT-PCR using Sbyr Green. www. sabioscience.com [16
Desember 2015]
Sahiri T. 2011. NanoPhotometer® P-Class User Manual P 300 / P 330 / P 360
Version 2.1. Schatzbogen (DE): Implen GmbH
Singh G, Poornima V, Saurabh B, Nirmala R, Nimish S, Peter M, Rishi S. 2013.
Determination of viable Salmonella from potable and source water
through PMA assisted qPCR. Journal of Ecotoxicology and Enviromental
safety 93(1): 121-127.
Xiao L, Zhaohuan Z, Xiaohong S, Yingjie P, Yong Zhao. 2015. Development of a
quantitatif real-time PCR assay for viable Salmonella spp. without
enrichment. Journal of Food Control 57(3): 185-189.
Yan H, Lin L, Jahangir A, Sumio S, Shin-ichi M, Lei S. 2010. Prevalence and

16

antimicrobial resistance of Salmonella in retail foods in northern China.
Journal of food Microbiology 143(3): 230-234.

LAMPIRAN

18

Lampiran 1. Sampel hasil perikanan segar dan olahan pasar tradisional

sampel segar

sampel olahan

Lampiran 2. Sampel hasil perikanan segar dan olahan pasar modern

sampel udang segar

sampel olahan

Lampiran 3. Sampel hasil perikanan yang telah dipreprarasi

25 sampel hasil perikanan

19

Lampiran 4. Penentuan spesifik primer Salmonella sp. menggunakan BLAST

hasil pengujian primer salmonella sp.

20

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Indramayu pada tanggal 10 Maret 1993. Penulis
merupakan anak pertama dari dua bersaudara. Pendidikan formal yang ditempuh
penulis dimulai di SDN Panyindangan Wetan I pada tahun 1999 hingga tahun
2005. Penulis melanjutkan pendidikan pada tahun yang sama di SMPN Unggulan
Sindang hingga tahun 2008. Pendidikan formal selanjutnya ditempuh di SMAN 1
Sindang Indramayu pada tahun 2008 dan lulus pada tahun 2011.
Penulis diterima sebagai mahasiswa di Departemen Teknologi Hasil
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor melalui
jalur SNMPT Undangan pada tahun 2011. Selama perkuliahan, penulis juga aktif
sebagai asisten seperti asisten praktikum pada mata kuliah Penanganan Hasil
Perairan 2013-2014, asisten praktikum mata kuliah Pengetahuan Bahan Baku
Hasil Perairan tahun 2014 dan wakil koordinator asisten praktikum mata kuliah
Penanganan Hasil Perairan 2014-2015.
Selama studi di Institut Pertanian Bogor Penulis aktif dalam kegiatan
kemahasiswaan seperti: menjadi Ketua kelas P09, ketua IPB Political School
(IPS) (2012), Staf kebijakan publik BEM KM IPB (2012), Wakil ketua BEM
FPIK IPB (2013), Badan Harian Pusat Himpunan Mahasiswa Perikanan Indonesia
(HIMAPIKANI), Ketua BEM FPIK IPB (2014) dan pada tahun (2015) aktif di
organisasi kepemudaan ekstra kampus sebagai Ketua Bidang Data dan Media
SDM Asosiasi Pemuda Maritim Indonesia (APMI). Selain itu penulis aktif
mengikuti kegitan sosial seperti KKN Nusantara di Wakatobi (2014), bina desa
sekitar kampus IPB, green belt conversation (2013) dan melakukan pengabdian
penilaian dan pengembangan mutu UMKM perikanan (2014), serta inisiasi
pengembangan koperasi syariah pada Desa Tenjolaya, Bogor. Penulis menerima
beasiswa pendidikan (Bidik Misi) dari Pemerintah Indonesia (2011-2015). Selama
aktif berorganisasi di kampus, organisasi yang penulis pimpin berhasil
mendapatkan penghargaan dari Musium Rekor Muri Indonesia dan penulis pernah
menjadi juara lomba orasi BEM se-jabotabek pada tahun 2012.