Isolasi dan Identifikasi Khamir Selulolitik Dari Tanah Rizosfer Anggrek Puser Bumi (Pecteilis susannae L.) di Hutan Wonosadi Gunung Kidul DIY

ISSN 2302-1616
Vol 4, No. 1, Juni 2016, hal 21-28
Available online http://journal.uin-alauddin.ac.id/index.php/biogenesis

Isolasi dan Identifikasi Khamir Selulolitik Dari Tanah Rizosfer Anggrek Puser
Bumi (Pecteilis susannae L.) di Hutan Wonosadi Gunung Kidul DIY
LADY DIANA1, TITI LASMINI2
1
Stasiun Karantina Pertanian Kelas 1 Entikong
Jl. Lintas Malindo No. 22-23 Entikong, Sanggau, Kalimantan Barat 78557
email: ladydiana3487@yahoo.co.id
2
Akademi Kesehatan John Paul II Pekanbaru
Jl. Permata I No. 32, Labuh Baru Barat, Payung Sekaki, Pekanbaru 28292
email: lasmini.titi@gmail.com
ABSTRACT
P. susannae (L.) Raf. is terrestrial orchid grown on the floor of Wonosadi forest. They belong
to endangered species of orchid. Those orchids have grown well on degraded leaf litter and
surround the grass. So, these plant were interesting to be elucidated especially for their nutrient
availability. The was investigate the possibility of yeast associated with terrestrial orchids and
cooperate in the provision of nutrients. The research objective was to obtain cellulolytic yeast on

soil of root system P. susannae (L.) Raf. The research began with rhizosphere soil sampling on
orchids root system P. susannae (L.) Raf. in two place in Forest Wonosadi. Soil samples were
analyzed in the laboratory of microbiology, including the determination of the population of
cellulolytic yeast and yeast isolated from soil of root system P. susannae (L.). directly from root
system using Carboxy methyl cellulose medium (CMC), incubated for 5 days. Colonies were
counted for the determination of population growth. Yeast colonies were grown separately isolated
as a single culture. Sorting trough growth experiments using a form of cellulose (cellulose
microcrystalline, leaf litter and paper) was different. Isolates were grown on microcrystalline
cellulose selected for further testing based on the ability to use CMC. Activity was determined by
the use of cellulose determine reducing sugar levels (glucose) was released using a
spectrophotometer (OD 540 nm). The results showed that the rhizosphere soil P. susannae (L.) Raf.
containing a yeast population (17x102 CFU and 2.3 x 102 CFU) and was dominated by the four
isolates (K2, K16, A9 and A10) cellulolytic yeasts. The results of the identification of the four
isolated of yeasts like Saccharomyces sp. (K2) and Candida sp. (K16, A9 and A10).
Keywords: Candida sp., cellulose microcrystalline, cellulolytic yeast, Pecteilis susannae L.,
Saccharomyces sp.
INTISARI
Penelitian ini berusaha menyelidiki salah satu kelompok fungi tanah, terutama khamir yang
berasosiasi dengan sistem perakaran anggrek tanah (P. susannae (L.)) yang digunakan sebagai
objek penelitian ini. Anggrek tersebut memiliki bunga yang indah, mempunyai habitat yang spesifik

dan paling banyak terdapat di Hutan Wonosadi. Kespesifikan anggrek tersebut kemungkinan terkait
dengan ketersediaan nutrient khusus yang merupakan kerjasama dengan mikrobia tanah. Mikrobia
khususnya khamir banyak terdapat pada rizosfer tanaman anggrek yang belum diketahui dengan
pasti peranannya. Beberapa jenis khamir tanah bersifat selulolitik yang mempunyai arti penting
dalam pengadaan nutrient tertentu bagi anggrek tersebut. Tujuan penelitian adalah untuk
mendapatkan khamir selulolitik dan menganalisis aktivitas degradasi selulosa oleh khamir tanah
rizosfer anggrek P. susannae (L.) di dua lokasi Hutan Wonosadi. Sampel tanah dianalisis secara
mikrobiologi di Laboratorium. Isolasi khamir selulolitik dilakukan menggunakan media chytophaga
(CMC agar). Isolat khamir diseleksi secara kuantitatif berdasarkan kemampuan tumbuh pada
beberapa bentuk selulosa (Cellulose Microcrystalline, seresah daun dan kertas). Aktivitas degradasi
selulosa oleh isolat terpilih dilakukan dengan menumbuhkan pada media chytophaga liquid. Isolat

LADY DIANA, TITI LASMINI

Biogenesis 22

terpilih diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan karakter fisiologi dan biokimia. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa didapatkan empat khamir selulolitik yaitu isolat K2, K16, A9 dan
A10. Berdasarkan pengamatan morfologi, uji karakter fisiologi dan biokimia yang dilakukan
khamir selulolitik tersebut diduga merupakan anggota dari genus Saccharomyces sp. (isolat K2) dan

Candida sp. (isolat K16, A9 dan A10).
Kata kunci: Candida sp., cellulose microcrystalline, khamir selulolitik, Pecteilis susannae L.,
Saccharomyces sp.
PENDAHULUAN
Khamir adalah fungi uniseluler dan
tersebar luas di berbagai lingkungan, yaitu
akuatik, terrestrial, maupun di atmosfer (Hong
et al., 2002). Khamir mampu berasosiasi
dengan tumbuhan tanpa menyebabkan
kerusakan ataupun penyakit (Abdel-Motaal et
al., 2009). Bentuk asosiasi dengan tumbuhan
berfungsi sebagai agen biokontrol (memiliki
potensi aktivasi antifungi) terhadap fungi
patogen (El-Tarabily et al., 2006). Penelitian
yang dilakukan Kanti (2007) pada tanah
kebun Biologi Wamena mengungkapkan
bahwa jenis khamir anggota genus
Cryptococcus berperan dalam metabolisme
selulosa karena mampu menghasilkan enzim
β-glikosidase yaitu enzim yang mengkatalisis

proses degradasi selulosa. Selulosa dalam
tanah berasal dari perombakan material
tumbuhan dan sebagian kecil berasal dari
perombakan jamur dan bakteri di dalam tanah
(Sukumaran et al., 2005).
Salah satu tumbuhan yang diduga
berasosiasi dengan khamir adalah anggrek
Pecteilis susannae (L.) Raf. Anggrek jenis ini
banyak ditemukan di hutan Wonosadi.
Penelitian tentang mikroorganisme yang
berasosiasi dengan tanaman P. susannae (L.)
Raf. saat ini masih sangat terbatas. Oleh
karena itu maka dilakukan penelitian tentang
khamir
yang
memiliki
kemampuan
mendegradasi selulosa pada daerah rizosfer
tanaman anggrek Pecteilis susannae (L.) Raf.
Hutan Wonosadi yang terletak di Dusun

Duren, Desa Beji, Kecamatan Ngawen,
Kabupaten Gunung Kidul, Daerah Istimewa
Yogyakarta.
METODE
Isolasi khamir. Isolasi khamir dari tanah
rizosfer dilakukan dengan cara mengambil

tanah rizosfer (yang menempel pada akar s/d
jarak 5 mm dari permukaan akar (rizoplan)
kemudian tanah ditimbang 10 gram yang
disuspensikann ke dalam 90 ml akuades steril.
Selanjutnya diinokulasikan secara spread
plate sebanyak 0,1 ml ke permukaan media
YM (Yeast extract – Malt extract) Agar
dengan komposisi (g/l) : 3-yeast extract, 3malt extract, 5-pepton, 10-glukosa, 20-bacto
agar dan 0,1-chloramphenicol dalam 1000 ml
akuades. Diinkubasi pada suhu ruang selama
5 hari. Khamir yang tumbuh pada media
YMA selanjutnya dipurifikasi pada media
YMA yang baru. Pemisahan koloni dilakukan

2 kali, sehingga diperoleh tingkat kemurnian
yang tinggi (Kanti, 2007). Isolat murni yang
telah diperoleh dipindah ke media YMA pada
tabung reaksi.
Seleksi khamir selulolitik. Seleksi
khamir dilakukan dengan menggunakan
media selulosa Carboxy Methyl Cellulose
(CMC) dengan komposisi (g/l) : 1-NH4)2SO4,
1-MgSO4, 1-MnSO4, 1-glukosa, 1-yeast
extract, 1-FeCl3 dan 10-CMC, 20-bacto agar,
dalam 1000 ml akuades. Semua isolat murni
yang didapatkan dari proses purifikasi
ditumbuhkan pada media tersebut, selanjutnya
diinkubasi pada suhu 30oC selama 5 hari.
Untuk mengetahui adanya aktivitas selulase
maka pada akhir inkubasi isolat dalam media
yang mengandungg CMC diberi 0,1%
congored selama 20 menit pada suhu ruang,
kemudian bilas dengan 1 M NaCl selama 15
menit. Indikasi adanya selulolitik organisme

adalah terbentuknya zona bening di sekitar
koloni
yang
tumbuh.
Kemampuan
selulolitiknya dapat ditentukan dengan cara
menghitung rasio antara luas zona bening
yang terbentuk dengan luas koloni. Strain
yang memiliki kapasitas selulolitik kemudian
ditumbuhkan pada medium likuid untuk

Vol 4, Juni 2016

menentukan aktivitas degradasi selulosa.
Aktivitas degradasi selulosa masing-masing
kultur diukur dengan menentukan gula
reduksi (Sumira et al., 2011; Kanti, 2007).
Uji kemampuan tumbuh pada bentuk
selulosa berbeda. Isolat khamir yang telah
terseleksi selanjutnya diuji kemampuannya

mendegradasi selulosa murni dengan cara
menginokulasikan isolat tersebut pada
medium yang mengandung selulosa berbeda
yaitu Cellulose microcrystalline, seresah daun
dan kertas. Komposisi medium tersebut
adalah (g/l): 0,8-KH2PO4, 0,2-KH2PO4, 0,2MgSO4, 0,2-NaCl, 1-NaNO3, 0,01-CaCO3,
10- selulosa, 20-bacteriological agar dalam
1000 ml akuades. Medium disterilisasi pada
suhu 121ºC selama 15 menit. Isolat
diinokulasikan dan dibiarkan selama 4 hari
pada suhu ruang. Untuk mengetahui adanya
aktivitas selulase maka pada akhir inkubasi
isolat dalam selulosa diberi 0,1% congored
selama 20 menit pada suhu ruang, kemudian
dibilas dengan 1 M NaCl selama 15 menit.
Indikasi aktivitas selulolitik organisme adalah
terbentuknya zona bening di sekitar koloni
yang tumbuh. Kemampuan selulolitiknya
dapat ditentukan dengan cara menghitung
rasio antara luas zona bening yang terbentuk

dengan luas koloni.
Uji pertumbuhan dan aktivitas
degradasi selulosa. Pengujian aktivitas
degradasi
selulosa
didasarkan
pada
mendegradasi selulosa oleh strain khamir
menjadi gula reduksi. Untuk menentukan
aktivitas degradasi selulosa terlebih dahulu
dilakukan persiapan kultur pada media cair
CMC dengan cara isolat murni diinokulasikan
sebanyak 1 ose ke dalam 5 ml media CMC
cair dengan komposisi (g/l): 1(NH4)2SO4, 1MgSO4, 1- MnSO4, 1-glukosa, 1-yeast
extract, 1 FeCl3 dan 10-CMC dalam 1000 ml
akuades dan diinkubasi dengan suhu 30ºC
pada rotary shaker dengan kecepatan 100 rpm
selama 3 hari (Kanti, 2007; Samira et al.,
2011). Setelah itu sampel dimasukkan ke
dalam 30 ml media CMC cair sebanyak 510% dan diinkubasi pada suhu 30ºC pada

rotary shaker dengan kecepatan 100 rpm
selama 4 hari. Selanjutnya pengujian aktivitas
degradasi selulosa dilakukan setiap hari

Biogenesis 23

dengan cara sebagai berikut: sebanyak 2 ml
kultur cair diambil dari medium lalu
disentrifugasi pada 6000 rpm, 4ºC selama 15
menit, 1 ml supernatan dari sampel
ditambahkan 1 ml substrat (CMC 1%)
kemudian diinkubasikan pada 37ºC selama 2
jam. Setelah diinkubasi reaksi dihentikan
dengan menambahkan 3 ml reagen DNS,
kemudian dipanaskan pada air mendidih
selama 7 menit lalu didinginkan pada air
mengalir. Densitas optisnya diukur pada 540
nm. Konsentrasi glukosa ditentukan dengan
kalibrasi kurva standar glukosa. Selain itu
dilakukan juga pengukuran terhadap biomassa

khamir dengan cara kultur cair diambil dari
medium penghasil selulase sebanyak 1 ml
kemudian diukur dengan spektrofotometer
pada OD 600 nm (Kanti, 2007).
Identifikasi
khamir.
Identifikasi
berdasarkan morfologi koloni dan morfologi
sel dilakukan pada isolat terpilih yaitu isolat
yang dapat menggunakan CMC pada tahap
isolasi. Pengamatan morfologi meliputi:
morfologi koloni (warna, bentuk koloni, tepi
dan elevasi koloni) dan morfologi sel (bentuk
sel, membentuk pseudo hifa atau true hifa,
reproduksi vegetatif (budding, fission,
konidia) dan reproduksi seksual (bentuk
spora: askospora dan basidiospora).
Identifikasi berdasarkan karakter fisiologi
dan biokimia meliputi uji urease, uji
fermentasi karbon, uji asimilasi karbon, uji
asimilasi nitrogen, uji pertumbuhan pada
temperatur, uji pertumbuhan pada glukosa, uji
pertumbuhan pada 1% (v/v) asam asetat dan
uji produksi asam. Identifikasi isolat khamir
yang berhasil diisolasi dari daerah rizosfer
tanaman anggrek P. susannae (L.) Raf.
diidentifikasi menggunakan buku “Yeast:
Characteristic and Identification“ yang
merupakan kunci identifikasi dari Barnet,
Payne dan Yarrow (2000).
Klasifikasi Fenotipik dengan Metode
Numerical Taxonomy. Metode klasifikasi
numerik bertujuan menggolongkan setiap
strain mikrobia ke dalam kelompok takson
yang homogeny berdasarkan sejumlah besar
data fenotopik kemudian menggunakan hasil
klasifikasi tersebut sebagai dasar untuk
menghasilkan sistem identifikasi yang lebih

LADY DIANA, TITI LASMINI

baik. Langkah kerja klasifikasi adalah sebagai
berikut: koleksi data, pemasukkan unit data
karakter ke dalam matriks nxt, preparasi data
dalam matriks nxt dengan program PFE
(Programmer File Editor), analisis data
dengan MVSP (Multivariate Statistical
Package)
Version
3,1
A
untuk
mengkonstruksi matriks similaritas dan
dendogram.
Algoritma
pengklasteran
(Clustering) menggunakan Average linkage
atau UPGMA (Unweighted Pair Group
Method with Aritmetic Average) dan mengedit
dendogram dengan program Paintshop Pro
(Sembiring, 2002).
HASIL
Isolat Khamir Selulolitik. Dari hasil
isolasi pada medium YMA diperoleh 29 isolat
khamir murni dengan kepadatan populasi
(CFU/gram) pada lokasi I dan II secara

Biogenesis 24

berturut-turut yaitu 17x102 CFU/gram dan
2,3x102
CFU/gram.
Hasil
seleksi
menggunakan medium selulosa mendapatkan
10 isolat khamir. Dari 10 isolat yang
terseleksi, isolat K16 memiliki kemampuan
selulolitik tertinggi dibandingkan dengan
isolat lain, dengan kemampuan degradasi
selulosa 9,640.
Kemampuan tumbuh pada Cellulose
Microcrystaline. Diperoleh 4 isolat khamir
yang tumbuh pada cellulose microcrystalline
yaitu K2, K16, A9 dan A10. Dengan
kemampuan selulolitik masing-masing adalah
1,39, 1,79, 1,42 dan 1,80.
Pertumbuhan dan aktivitas degradasi
selulosa.
Khamir
diketahui
mampu
memetabolisme selulosa sebagai sumber
energi yang digunakan untuk membentuk
komponen sel yang dibutuhkan (Sukumaran
et al., 2005).

Tabel 1. Hasil seleksi kemampuan isolat pendegradasi CMC berdasarkan luas zona jernih yang terbentuk
No.
Kode
Luas koloni
Luas zona jernih
Kemampuan selulolitik
2
2
isolat
(cm )
(cm )
(luas zona jernih : luas koloni)
1.
K2
0,491
0,961
1,955
2.
K5
0,963
1,250
1,298
3.
K9
0,177
0,491
2,813
4.
K16
0,165
1,591
9,640
5.
A1
0,491
0,707
1,440
6.
A3
0,707
1,257
1,778
7.
A6
0,707
1,964
2,778
8.
A8
0,491
0,707
1,440
9.
A9
0,962
2,378
4,843
10.
A10
0,491
4,420
9,002

Gambar 1. Pertumbuhan dan aktivitas degradasi selulosa isolat khamir selulolitik: isolat K2 (a), isolat K16
(b), isolat A9 (c), isolat A10 (d) (♦= aktivitas degradasi selulosa; ■ = pertumbuhan).

Vol 4, Juni 2016

Berdasarkan data yang dijelaskan oleh
Gambar 1. terlihat bahwa aktivitas degradasi
selulosa yang dihasilkan oleh masing-masing
isolat khamir digunakan sebagai sumber
energi dalam metabolisme mereka. Aktivitas
degradasi selulosa isolat khamir selulolitik
dipengaruhi oleh kadar glukosa di dalam
kultur. Ketika sel diinokulasikan ke media
yang mengandung selulosa maka sel akan
terpacu memproduksi enzim yang diperlukan

Biogenesis 25

untuk mendegradasi selulosa menjadi
glukosa.
Karakteristik Khamir. Isolat khamir
yang telah berhasil diisolasi sebagai khamir
selulolitik diidentifikasi berdasarkan karakter
morfologi dan fisiologi dan biokimia.
Berdasarkan karakteristik tersebut (Gambar 2)
maka isolat yang diteliti memiliki kemiripan
dengan anggota dari genus Saccharomyces sp.
(K2) dan Candida sp. (K16, A9 dan A10).

Gambar 2. Karakter yang digunakan dalam identifikasi khamir selulolitik

Analisis Fenotipik dengan Metode
Numerical Taxonomy. Metode klasifikasi
fenotipik dengan metode Numerical taxonomy
bertujuan mengelompokkan mikrobia ke
dalam kelompok takson berdasarkan sejumlah
data fenotipik sebagai dasar untuk
menghasilkan sistem identifikasi yang lebih

baik (Sembiring, 2004). Semua genus dalam
kluster memiliki tingkat similaritas di atas
70% (distance level). Secara keseluruhan
isolat yang ada memiliki similaritas yang
cukup tinggi yaitu di atas 70%. Hal ini
dikarenakan keterbatasan karakteristik yang
digunakan dalam identifikasi isolat tersebut.

LADY DIANA, TITI LASMINI

Biogenesis 26

Gambar 3. Hubungan kemiripan antar isolat khamir selulolitik dibandingkan dengan Candida dan
Saccharomyces (Qureshi et al., 2007; Fonseca et al., 2000; Joseph, 2009; Pfuller et al., 2011)
berdasarkan indeks similaritas menggunakan Simple Matching Coefficient (SSM) dengan
algoritma UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Aritmetic Average).

PEMBAHASAN
Khamir selulolitik adalah khamir yang
memiliki kemampuan mensintesis enzim
selulase yang berguna dalam proses degradasi
bahan-bahan selulosik. Enzim selulase
menghidrolisis selulosa dan menghasilkan
produk primer berupa glukosa, selobiosa dan
oligosakarida. Khamir berasosiasi dengan
tumbuhan dengan cara mengkolonisasi akar
tanaman. Khamir membantu penyediaan
nutrien bagi inang dan inang akan
mengeluarkan eksudat yang berguna bagi
khamir untuk proses metabolismenya (AbdelMotaal et al., 2009). Asosiasi khamir dengan
tumbuhan
dipengaruhi
oleh
kondisi
lingkungan, sehingga dalam satu jenis
tumbuhan yang sama di tempat yang berbeda
belum tentu berasosiais dengan jenis khamir
yang sama.
Di sekitar tempat tumbuh anggrek
Pecteilis susannae (L.) Raf. banyak terdapat
seresah daun, rerumputan yang telah kering
dan ranting-ranting kecil yang gugur. Seresah
daun, rerumputan kering dan ranting-ranting
tersebut secara alami akan hancur karena
proses pelapukan yang dipengaruhi berbagai
faktor lingkungan. Proses pelapukan sisa-sisa
tumbuhan tersebut juga dilakukan oleh
organisme tanah baik hewan kecil seperti
cacing tanah maupun mikrobia yang hidup di
tanah yaitu dari kelompok bakteri, khamir dan

fungi. Kelompok mikrobia tersebut banyak
ditemukan hidup di area rizosfer sistem
perakaran tanaman yang memiliki ketebalan
beberapa mm dari permukaan akar.
Khamir yang berhasil diisolasi sebanyak
29 isolat. Jenis mikroorganisme yang berbeda
dikarenakan perbedaan senyawa eksudat yang
dikeluarkan melalui akar tanaman. Hidup
suatu organisme di daerah rizosfer tergantung
pada
keberlangsungan
nutrisi
yang
dibutuhkannya dari tanaman (Walker et al.,
2003). Populasi khamir yang berhasil
didapatkan berdasarkan jumlah koloni
(CFU/gram) pada lokasi I dan II berturut-turut
yaitu 17x102 CFU/gram dan 2,3 x 102
CFU/gram.
Berdasarkan hasil yang diperoleh
diketahui bahwa 4 isolat bersifat selulolitik
memiliki enzim yang bersifat aktivator dalam
reaksi biokimia dan bersifat spesifik terhadap
substrat sehingga mempermudah pemutusan
suatu rantai tertentu (Syamsudin et al., 2008).
Keempat isolat khamir tersebut memiliki
kemampuan untuk menggunakan selulosa
sebagai
sumber karbon. Kemampuan
selulolitik tertinggi ditunjukkan oleh isolat
A10 dan terendah ditunjukkan oleh isolat K2.
Khamir selulolitik menghasilkan enzim
selulase yang menghidrolisis selulosa dan
menghasilkan produk primer berupa glukosa
(Sukumaran et al., 2005).

Vol 4, Juni 2016

Khamir menghidrolisis selulosa menjadi
glukosa, senyawa yang lebih sederhana agar
dapat dengan mudah diabsorbsi oleh sel
mereka. Glukosa berguna sebagai sumber
energi yang digunakan untuk membentuk
komponen sel yang dibutuhkan oleh khamir
(Sukumaran et al., 2005). Pertumbuhan
biomassa sel khamir pada Gambar 1.
menunjukkan bahwa khamir menggunakan
glukosa yang dihasilkan dari proses hidrolisis
untuk pertumbuhan mereka. Produksi enzim
selulase diinduksi oleh keberadaan substrat
(Chawla et al., 2009). Keberadaan senyawa
organik dan jumlah biomassa khamir sangat
mempengaruhi proses degradasi selulosa
(Gambar 1.)
Kedua faktor tersebut
memegang
peranan
penting
dalam
menentukan aktivitas degradasi selulosa.
Pertumbuhan biomassa sel ditentukan oleh
keberadaan substrat yang mudah terabsorbsi
ke dalam sel.
Isolat khamir selulolitik yang berhasil
diperoleh dari tanah rizosfer anggrek P.
susannae (L.) Raf. masing-masing memiliki
karakteristik yang berbeda, baik karakteristik
morfologi maupun sifat fisiologi dan
biokimianya. Keempat genus yang diduga
sebagai Saccharomyces sp. dan Candida sp.
merupakan genus khamir yang umum
ditemukan di tanah (Kanti, 2007; Kanti dan
Sudiana, 2002). Selain memiliki kemampuan
untuk menghidrolisis selulosa isolat K2
(Saccharomyces sp.) yang diisolasi dari
rizosfer anggrek P. susannae (L.) Raf.
ternyata juga memiliki kemampuan untuk
menghasilkan indole-3-acetic-acid (IAA)
(Lasmini dan Soetarto, 2014).
Metode klasifikasi fenotipik dengan
metode numerical taxonomy bertujuan
mengelompokkan mikrobia ke dalam
kelompok takson berdasarkan sejumlah data
fenotipik sebagai dasar untuk menghasilkan
sistem identifikasi yang lebih baik
(Sembiring, 2004). Similaritas fenotopik yang
ditunjukkan
oleh
Candida
sp.
dan
Saccharomyces
sp.
dapat
dibedakan
karakteristiknya dalam uji fisiologi dan
biokimia yang meliputi reaksi asimilasi,
fermentasi dan pertumbuhan pada temperatur
tertentu. Keduanya berbeda dalam hal

Biogenesis 27

reproduksi seksualnya. Candida sp. tidak
ditemukan memiliki askospora, sementara
Saccharomyces
ditemukan
memiliki
askospora berbentuk spheroidal. Secara
keseluruhan isolat yang ada memiliki
similaritas yang cukup tinggi yaitu di atas
70%. Hal ini dikarenakan keterbatasan
karakteristik
yang
digunakan
dalam
identifikasi isolat tersebut. Klasifikasi dengan
metode numerical taxonomy, suatu spesies
jika terdapat dalam kluster yang sama dengan
tingkat similaritas 70% atau lebih ditentukan
sebagai genus yang sama (Champbell, 1972;
Sneath et al., 1986). Kenampakkan morfologi
suatu isolat khamir dalam satu spesies dapat
berbeda karena perubahan lingkungannya,
namun tidak secara genetik. Dinamika
lingkungan lebih cepat mempengaruhi
perubahan
morfologi
dan
fisiolgi
mikroorganisme
dibandingkan
dengan
perubahan secara genetik. Perubahan secara
genetik terjadi dalam kurun waktu yang
sangat lama dalam satu periode evolusi,
komposisi DNA-nya cenderung stabil.
Komposisi
dalam
sebuah
kluster
tergantung pada kriteria yang digunakan
untuk menentukan genus. Perbedaan yang
muncul pada dendogram mengindikasikan
bahwa harus hati-hati dalam menentukan
interpretasi hubungan antar genus. Proses
identifikasi mikroorganisme menggunakan
kriteria yang saling mendukung satu dengan
yang lainnya sehingga dapat menentukan
isolat yang diidentifikasi dan memiliki
kedudukan kokoh dalam pohon filogenetik.
Jika
dibandingkan
dengan
klasifikasi
tradisional (hanya berdasarkan karakter
tunggal yang dipilih secara subjektif),
klasifikasi fenetik lebih baik karena
didasarkan atas sebanyak-banyaknya karakter
yang diperlakukan setara.
KESIMPULAN
Berdasarkan hasil identifikasi yang telah
dilakukan diperoleh empat isolat khamir
selulolitik. Satu isolat khamir teridentifikasi
sebagai Saccharomyces sp. dan tiga isolat
khamir lainnya teridentifikasi sebagai
Candida sp. Kemampuan mendegradasi
selulosa oleh masing-masing isolat khamir

LADY DIANA, TITI LASMINI

tergantung pada
digunakan.

media selulosa yang

DAFTAR PUSTAKA
Abdel-Motaal FF, El-Zayat SA, Kosaka Y,
El-Sayed MA, Nassar MSM and Ito S.
2009. Four Novel Ustilaginomyceteous
Anamorphic Yeast Species Isolated as
Endophytes from the Medicinal Plant
Hyocyamus muticus. Asian Journal of
Plant Science 8(8) : 526-535.
Adney B and Baker J. 2008. Measurement of
Cellulase
Activities:
Laboratory
Analytical Procedure (LAP). USA: A
National Laboratory of the U.S.
Department of Energy.
Chambell I. 1972. Numerycal Analysis of the
Genera
Saccharomyces
and
Kluyveromyces. Journal of General
Microbiology 73: 279-301.
Fonseca A, Fell JW, Kurtzman CP and
Spencer–Martin I. 2000. Candida
tertarivorans sp. nov., an Anamorphic
Ascomyceteous Yeast with the Capacity
to Degrade L (+)- and Meso-tartaric
Acid. International Journal of Systematic
and Evolutionary Microbiology. 50: 389394.
Josep S. 2009. Process Optimiziation for
Mass Production of Marine Yeast
Candida sp. S 27 and its Nutrional
Charachterization.
Kochi:
Chocin
University of Science and Technology.
Kanti A. 2007. Penapisan Khamir Selulolitik
Cryptococcus sp. yang diisolasi dari
Tanah Kebun Biologi Wamena, Jaya
Wijaya, Propinsi Papua. Bogor: Bidang
Mikrobiologi, Puslit Biologi–LIPI: 2-10.
Kanti A dan Sudiana IM. 2002. Cellulolytic
Yeast Isolated from Soil Gunung
Halimun National Park. Berita Biologi.
vol 6(1): 85-90.
Lasmini T dan Soetarto ES. 2014. Khamir
Penghasil Indole-3-acetid acid dari
Rizosfer Anggrek Tanah Pecteilis
susannae (L.) Rafin. Biogenesis. vol 2(1):
56-62.
Nassar
AH,
El-Tarabily
KA
and
Sivashitamparam K. 2005. Promotion

Biogenesis 28

Growth by an Auxin Producing Isolate of
the Yeast Wiliopsis saturnus Endophytic
in Maize (Zea mays L.) roots. Biol. Fert.
Soil. vol 42: 97-108.
Pfuller R, Graser Y, Erhard M, and Groene
WA. 2011. Novel Flucytosine-Resistant
Yeast Species, Candida pseudoaseri,
Causes Diases in a Cancer Patient,
Journal of Clinical Microbiology. vol.
49(12).
Qureshi SK, Masud T and Sammi S. 2007.
Isolation
and
Taxonomic
Characterization of Yeast Strains on the
Basis of Maltose Utilization Capacity for
Bread Making. International Journal of
Agriculture
&
Biology.
http://www.fspublisher.org.
Samira M, Mohammad R and Gholamreza G.
2011. Carboxymethyl-Cellulase and
Filter-Paperase Activity of New Stains
Isolated from Persian Gulf. Microbiolgy
Journal. vol 1(1): 8-16, 2011.
Sembiring L. 2004. Sistematika Mikrobia
sebagai
Sarana
penyingkap
Keanekaragaman Mikrobia dalam Upaya
Pelestarian dan Pemanfaatan Sumberdaya
Hayati
Mikrobia.
Yogyakarta:
Laboratorium Mikrobiologi Fakultas
Biologi UGM.
Shankar T, Mariappan V and Isaiarasu L.
2011. Screening Cellulolytic Bacteria
from the Mid-Gut of the Popular
Composting
Earthworm
Eudrilus
eugeniae (Kinberg). World Journal of
Zoology. vol 6 (2): 142-148.
Sneath PHA, Mair NS, Sharpe ME & Holt JG
(eds). 1986. Bergey’s Manual of
Systematic Bacteriology. Volume 2.
William & Wilkins. Baltimore.
Sukumaran RK, Singhania R and Pandey A.
2005. Microbial celluloses Production,
application and challenges. Journal of
Scienctific & Industrial Research. vol.
62: 832-844.
Syamsudin, Purwati S dan Taufik A. 2008.
Efektivitas Aplikasi Enzim Dalam Sistem
Lumpur Aktif pada Pengolahan Limbah
Pulp dan Kertas. Berita Selulosa. vol. 43
(2): 83-92.