Identifikasi Keragaman Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.) Asal Klon Berdasarkan Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA)

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tanaman kelapa sawit (Elais guinensis Jacq.) adalah tanaman berkeping
satu yang termasuk dalam famili Palmae. Nama genus Elais berasal dari bahasa
yunani Elaoin atau minyak sedangkan nama species guinensis berasal dari kata
Guinea, yaitu tempat di mana seorang ahli bernama Jacquin menemukan tanaman
kelapa sawit pertama kali di pantai Guinea. Salah satu dari beberapa tanaman
golongan palm yang dapat menghasilkan minyak adalah kelapa sawit
(Elaisguinensis Jacq). Tanaman Elais guinensis Jacq ini juga dikenal dengan
nama, kelapa sawit (Melayu), kelapa sewu (Jawa) (Darnoko et al., 2000).
Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) merupakan salah satu dari beberapa
tanaman palma penghasil minyak yang memiliki nilai ekonomi tinggi dan
termasuk industri padat karya. Pengusahaan tanaman ini untuk produksi minyak
memiliki beberapa keunggulan, antara lain biaya produksi yang relatif murah,
hasil per hektar tinggi, umur produktif yang panjang, serta pemanfaatannya
beraneka ragam (Lubis 1992).
Tanaman kelapa sawit merupakan salah satu jenis tanaman perkebunan
yang menduduki posisi penting dalam sektor pertanian umumnya, dan sektor
perkebunan khususnya. Hal ini disebabkan karena dari sekian banyak tananam
yang menghasilkan minyak atau lemak, kelapa sawit yang menghasilkan nilai
ekonomi terbesar per hektarnya di dunia (Sunarko, 2009).

Analisis produktivitas dengan melihat faktor-faktor yang mempengaruhi
pertumbuhan kelapa sawit diperlukan dalam upaya peningkatan produktivitas
kelapa sawit (Risza 2009). Analisis faktor yang mempengaruhi produktivitas

Universitas Sumatera Utara

kelapa sawit tidak dapat dilakukan secara mudah mengingat banyak faktor yang
mempengaruhi. Faktor-faktor yang mempengaruhi produktivitas kelapa sawit
yaitu faktor lingkungan, faktor genetik, dan teknik budidaya (Mangunsoekarjo
dan Semangun 2005). Faktor penentu produktivitas kelapa sawit yang akan
menjadi bahan kajian penulis yaitu umur tanaman, tenaga kerja panen, curah
hujan, dan hari hujan.
Kultur jaringan (kuljar) merupakan salah satu metode pemuliaan tanaman
yang digunakan untuk perbanyakan tanaman kelapa sawit. Perbanyakan melalui
kultur jaringan memungkinkan terjadinya variabilitas genetik pada planlet yang
dihasilkan (livy dan Gunawan, 1988). Hutami et al.,(2006) menyatakan bahwa
tanaman yang diperbanyak melalui kultur in-vitro dapat menyebabkan variasi
somaklonal pada setiap planletnya. Keragaman somaklonal berasal dari
keragaman genetik eksplan dankeragaman genetik yang terjadi di dalam kultur invitro.
Keragaman genetik yang terjadi di dalam kultur jaringan antara lain

disebabkan oleh penggandaan jumlah kromosom (fusiendomitosis), perubahan
struktur kromosom (pindah silang), perubahan gen, dan sitoplasma, Untuk
mengetahui apakahterdapat keragaman genetik pada tanaman nilam hasilin-vitro
dengan

tetuanya

dapat

dilakukan

melalui

bantuan

marka

molekuler

(Hutami et al., 2006).

Keanekaragaman genetik dapat terjadi karena adanya perubahan
nukleotida penyusun DNA. Perubahan ini mungkin dapat mempengaruhi fenotipe
suatu organisme yang dapat dilihat secara langsung atau mempengaruhi reaksi
individu terhadap lingkungan tertentu. Secara umum keanekaragaman genetik dari

Universitas Sumatera Utara

suatu populasi dapat terjadi karena adanya mutasi, rekombinasi, atau migrasi gen
dari satu tempat ke tempat lain (Suryanto, 2003).
Beberapa

pendapat

menyatakan

bahwa

mekanisme

munculnya

abnormalitas berbeda-beda untuk setiap genotip dan klon tanaman kelapa sawit.
Pengamatan genotipik pada tingkat DNA tidak dipengaruhi oleh umur tanaman
atau faktor lingkungan sehingga sama pada setiap fase atau tahap pertumbuhan
dan perkembangan tanaman. Analisis pada tingkat DNA dapat digunakan untuk
deteksi sedini mungkin pada fase pembibitan atau bahkan saat perbanyakan dalam
kultur jaringan, khususnya tanaman perkebunan seperti tanaman kelapasawit.
Dengan demikian program pemuliaan tanaman dalam melakukan seleksi akan
dipercepat,

sehingga

dapat

memberi

rekomendasi

lebih

awal

(Yuniastuti et al.,2005).
Informasi keragaman genetik sangat diperlukan untuk mendukung
kegiatan konservasi. Besarnya keragaman genetik mencerminkan sumber genetik
yang diperlukanuntuk adaptasi ekologi dalam jangka waktu pendek dan evolusi
dalam jangka panjang. Penanda molekuler banyak digunakan dalam analisis
keragaman

genetik

tanaman,

salah

satunya

adalah

Random

Amplified

Polymorphism DNA (RAPD). RAPD digunakan untuk mengidentifikasi genotipe
tanaman karena memiliki kelebihan dalam pelaksanaan dananalisis. RAPD
memerlukan ekstraksi DNA, kondisiamplifikasi optimum, dan analisis data yang
kesemuanya dapat dilakukan dalam waktu yang relatif cepat ( Poerba dan
Yuzammi, 2008).
Penanda molekuler banyak digunakan dalam analisis keragaman genetik
tumbuhan, salah satunya adalah random amplified polymorphic DNA (RAPD).

Universitas Sumatera Utara

Teknik ini digunakan untuk mengidentifikasi genotipe tumbuhan, karena memiliki
kelebihan dalam pelaksanaan dan analisisnya. Dibandingkan dengan penanda
DNA yang lain, seperti restriction fragment length polymorphisms (RFLP) dan
simple sequence repeats (SSR), teknik RAPD lebih murah, mudah dilakukan,
cepat memberikan hasil, menghasilkan polimorfisme pita DNA dalam jumlah
banyak, tidak memerlukan pengetahuan tentang latar belakang genom yang
dianalisis dan mudah memperoleh primer acak yang diperlukan untuk

menganalisis genom semua jenis organisme (Tingey et al., 1994). Walaupun
metode in kurang sempurna dan memiliki kelemahan dalam konsistensi produk
amplifikasi (Jones et al., 1997), tetapi kelemahan ini dapat diatasi dengan
mengoptimalkan ekstraksi, dan kondisi PCR serta pemilihan primer yang tepat.
Variabilitas genetik sangat mempengaruhi keberhasilan suatu proses
seleksi dalam program pemuliaan. Perbaikan tanaman pada dasarnya tergantung
dari tersedianya suatu populasi, yang terdiri dari individu-individu yang memiliki
susunan genetis berbeda dan memiliki adaptasi yang luas serta keefektifan seleksi
terhadap populasi tersebut (Ruchjaniningsih et al., 2002).
Keragaman genetik plasma nutfah merupakan salah satu komponen dasar
dalam sistemproduksi pertanian, yang merupakan sumber dari sifat-sifat penting
untuk perbaikan varietas. Untukmengetahui seberapa besar ragam genetik plasma
nutfah yang dimiliki tanaman kelapa sawit asal klon maka perlu dipelajari sifatsifatnya terutama yang dapat membedakan satu dengan lainnya. Sehingga
keragaman plasma nutfah dapat dimanfaatkan. Oleh karena itu penulis tertarik
untuk mengetahui keanekaragaman genetik dari tanaman kelapa sawit asal klon

Universitas Sumatera Utara

dengan menggunakan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD),
sebagai langkah awal dari pemuliaan tanaman.

Plasma nutfah kelapa sawit asal klon yang di tanam di Pusat Seleksi
Bangun Bandar PT. SOCFINDO, Desa Martebing, Kecamatan Dolok Masihul,
Kabupaten Serdang Bedagai, belum pernah diketahui keragaman genetiknya
secara molekuler sehingga basih banyak peluang untuk melakukan penelitian.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk melihat persentase pita polimorfik
keragaman genetik pada tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis jacq.)asal klon
berdasarkan marka RAPD(Random Amplified Polimorpism DNA).
Kegunaan Penulisan
Sebagai salah satu syarat untuk mendapatkan gelar sarjana di Fakultas
Pertanian Universitas sumatera Utara, Medan dan sebagai bahan informasi bagi
pihak yang membutuhkan.

Universitas Sumatera Utara