Identifikasi Keragaman Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.) Asal Klon Berdasarkan Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA)
LAMPIRAN
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
1. Pembuatan Larutan Stok
a. CTAB 5 %
Larutan dibuat dengan melarutkan :
- NaCl
: 2.0 gr
- CTAB
: 5.0 gr
- Aquades
: 100 ml
b. Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris
: 12.114 gr
- HCl p.a
: 4.2 ml
- Aquades
: 80 ml
- Larytan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia di dalam gelas beker
yang diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik diatas
hotplate
- Volume ditempatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasikan dengan autoclave
c. Tris HCl 1M pH 7.4 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris
: 6.057 gr
- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingaa pH
7.4
- Volume ditepatkan hingga 50 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
d. EDTA 0.5 MpH 8.0 (100ml)
- NaEDTA
: 18.612 gr
- NaOH
: 2.0 gr
- Aquades
: 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia dengan gelas beker dan
diaduk dengan batang pengaduk magnetik
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga pH 8.0
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilkan dengan autoclave
e. NaCl 5 M pH (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
Universitas Sumatera Utara
-
NaCL
: 29.22 gr
Aquades ditambahkan hingga larutan mencapai 100 ml dan diaduk dengan
menggunakan batang pengaduk magnetik hingga larut
Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
Larutan disterilisasi dengan autoclave
2. Pembuatan Larutan Buffer
a. Buffer eKstraksi / CTAB (100ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- CTAB 5 %
: 40 ml
- NaCl 5 M
: 25.1 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 4 ml
- Tris HCl pH 8.0
: 10 ml
- Aquades steril
: 20.8 ml
b. Buffer TAE 50 X (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris
: 10 ml
- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 10 ml
- Aquades ditambahakan hingga volume larutan 100 ml
c. Buffer TAE 1X (500 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Buffer TAE 50 X
: 10 ml
- Aquades
: 490 ml
d. Buffer TE (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris HCl 1 M pH 8.0 : 0.5 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 0.1 ml
- Aquades
: 49.4 ml
- Dimasukkan kedalam gelas beaker dan diaduk hingga merata
e. Klorofom Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Klorofom
: 48 ml
- Isoamilalkohol
: 2 ml
- Semua bahan dicampur merata
f. Etanol 70% (100 ml)
- Etanol
- Aquades
: 70 ml
: 30 ml
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 2. Alur Penelitian
Sampel DNA Kelapa Sawit
Isolasi DNA
Uji Kualitas
Uji Kuantitas
Proses PCR-RAPD
Elektroforesis
Analisis Hasil Amplifikasi PCR
(Williams, 1990)
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 3. Proses Isolasi DNA
Sampel daun Kelapa Sawit ditimbang 0.2 gram dan digerus sambil ditambahkan nitrogen
cair dan PVPP
Sampel dimasukkan ke dalam tabung yang berisi 1 ml buffer ekstraksi dan 10 µl βmercaptoetanol
Tabung di vortex dan diinkubasi dalam waterbath selama 30 menit pada suhu 650C
Supernatan ditambahkan 1 ml KIAA (24:1) dan disentrifuse dengan kecepatan 13.000
rpm selama 10 menit
Supernatan ditambahkan 1 ml KIAA (24:1) dan disentrifus dengan kecepatan 13.000 rpm
selama 10 menit
Supernatan ditambahkan 1 ml isopropanol dan diinkubasi pada suhu 40C selama satu
malam
Tabung disentrifus pada pada kecepatan 13.000 rpm selama 10 menit dan dikeringkan
Pelet dilarutkan dengan buffer TE 100µl
Campuran ditambahkan dengan etanol absolute dingin dan diinkubasi dalam freezer
(-200C) selama 30 menit
Campuran disentrifus dengan kecepatan 13.000 rpm selama 10 menit
Pelet dicuci dengan etanol 70% dan dikeringkan
Pelet dilarutkan dengan 100 µl buffer TE
Stok DNA disimpan dalam freezer (-200C)
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 4. Amplifikasi dan genotyping
Komposisi Master Mix volume 25 µl :
Go Taq PCR 12.5 µl
Nuclease free water 9.5 µl
Primer 1 µl
DNA sampel 2 µl
Running PCR sebanyak 45 siklus :
Denaturasi awal 940C 2 menit
Denaturai 940C 1 menit
Annealing 360C 1 menit
Extension 720C 2 menit
Post extension 720C 10 menit
Kondisi akhir PCR 40C tak terbatas
Proses running dimulai selama kurang lebih 4 jam
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 5. Proses Elektroforesis hasil PCR- RAPD
Agar rose 2.6 gram ditambahkan dengan 130 ml buffer TAE 1 x
Campuran dipanaskan dengan hot plate
Campuran ditambahkan 1.5 µl EtBr
Larutan gel dituang kedalam cetakan yang telah dipasang sisir
Gel yang telah mengeras dipindahkan ke dalam chamber berisi buffer TAE 1 x
Sampel hasil PCR, marker dan loading dye dimasukkan ke dalam sumur gel dengan
perbandingan (8:5:2)
Alat elektroforesis dihubungkan dengan power supply 80 volt
Proses running dimulai selama 65 menit
Universitas Sumatera Utara
Profil Elektroforesis OPD- 20
MA B C D E F G H I J K L M N O
10.000
3000
2500
2000
1500
1000
Gambar 1. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD20, Ket ; M= marker ladder 1kb,kode sampel (A –O).
M PQRSTUVWXYZ A1 A2 A3 A4
10.000
3000
2500
2000
1500
1000
Gambar 2. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD20, Ket ; M= marker ladder 1kb,kode sampel (P–A4).
Profil Elektroforesis OPN-03
MA B C D E F G H I J K L MN O
10000
2000
1500
1000
750
500
Gambar 5. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPN 03,
Ket ; M= markerladder 1kb , kode sampel A –O.
M
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
A1
A2
A3 A4
10000
2000
1500
1000
750
500
Gambar 6. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPN
03, Ket ; M= markerladder 1kb , kode sampelP-A4.
Universitas Sumatera Utara
Profil Elektroforesis OPD-13
MA B C D E F G H I J K L M NO
12000
1000
850
650
500
Gambar 3. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD13, Ket ; M=marker ladder 1kb, Kode sampel A –O.
M PQRSTUVWXYZA1A2A3A4
12000
1000
850
650
500
Gambar 4. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD-13,
Ket ; M=marker ladder 1kb, Kode sampel P–A4
Profil Elektroforesis OPH-13
MA B C D E F G H I J K L M N O
10000
2000
1650
1000
850
650
500
400
Gambar 7. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPH 13, Ket: M=
marker ladder 1kb + invitro, kode sampel A –O.
M
10000
2000
1650
1000
850
650
500
400
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
A1
A2 A3 A4
Gambar 8. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPH
13, Ket: M= marker ladder 1kb + invitro, kode sampel P-A4.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 7. Hasil Uji Kuantitas dengan UV-Spektrofotometer
NO Sampel
Kode
A34260/A280
Konsentrasi (µg/ml )
1.
1/61
A
2,32
80,9
2.
2/92
B
1,61
33,3
3.
3/93
C
1,03
102,7
4.
4/94
D
2,18
61,2
5.
5/95
E
2,11
41,6
6.
6/90
F
0,53
2,2
7.
7/89
G
2,38
12
8.
8/88
H
1,52
43,2
9.
9/83
I
1,76
25,3
10.
10/84
J
1,6
39
11.
11/85
K
2,04
32,3
12.
12/86
L
2,44
15,6
13.
13/87
M
1,64
27,6
14.
14/82
N
2,04
14,8
15.
15/81
O
1,67
9,1
16.
16/76
P
2,13
94
17.
17/77
Q
1,95
114,8
18.
18/78
R
1,74
58,4
19.
19/80
S
1,49
26,1
20.
20/75
T
1,56
72,6
21.
21/74
U
1,94
29,1
22.
22/68
V
1,6
21,3
23.
23/73
W
1,59
29,5
24.
24/72
X
1,82
58,7
25.
25/71
Y
1,82
26,1
26.
26/70
Z
1,85
37,4
27.
27/69
A1
1,54
25,6
28.
28/67
A2
1,96
37,6
29.
29/66
A3
1,85
4,3
30.
30/65
A4
1,78
9,5
Keterangan : A260/A280 = Kemurnian DNA
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8. Foto Pengambilan sampel daun
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 9. Foto isolasi dan pemurnian DNA
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 10. Faktorial Koordinat
Tabel 5. Faktorial Analisis (PCoA)
Tabel 6. Nilai Factorial coordinates
ue
0.10156
0.04535
0.03828
0.02455
0.023
Inertia%
33.53
14.97
12.64
8.11
7.59
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8. Data skoring 30 sampel Tanaman Kelapa Sawit Berdasarkan 4 Primer RAPD
Sampel
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
OPD
13
OPD OPD OPD OPD OPD
13
13
13
20
20
OPD
20
OPD
20
OPD
20
OPN
03
OPN
03
OPN OPN OPN OPH OPH OPH OPH
03
03
03
13
13
13
13
OPH
13
OPH
13
OPH
13
1077
804
725
485
2609
2556
1859
1595
1366
1964
1761
1006
755
523
2075
1713
1305
1016
893
585
470
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
0
1
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
Y
Z
A1
A2
A3
A4
1
0
1
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
1
1
Universitas Sumatera Utara
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
1
1
Lampiran. 12 Molecular weight dengan 4 primer
OPD 13
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
962
970
988
970
970
970
962
953
962
953
942
953
930
754
777
825
777
777
777
754
754
754
777
731
731
N
887
688
488
P
Q
R
S
1315
1290
T
U
V
W
X
Y
1290
1264
1234
847
1000
898
639
477
Z
A1
488
A2
A3
1476
B
C
D
2540
2540
E
F
G
2560
2580
H
2600
I
2600
J
A4
1131
1131
750
750
847
797
OPD 20
A
O
K
2621
L
2621
M
2600
N
O
2560
1698
P
Q
R
S
T
U
2233
1911
1410
1567
1567
1567
V
W
X
Y
Z
A1
1500
1500
1500
951
A3
A2
A4
2233
1464
1464
1464
1464
1349
61
Universitas Sumatera Utara
OPH 13
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
1972
2000
2059
2000
2059
2059
2059
2059
2126
2126
2126
2200
2200
2000
1601
1650
1688
1724
1758
1758
1724
1724
1724
1758
1758
1758
1758
1601
1154
1274
1317
1362
1362
1362
1317
1317
1274
1317
1317
1317
1274
864
997
1000
1053
1053
1084
1025
1025
1053
1053
1053
1025
997
850
877
911
920
911
911
864
546
554
580
588
588
580
554
438
425
530
900
580
580
911
580
580
580
M
419
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
A1
N
A2
O
A3
991
A4
991
991
892
872
650
709
523
547
N
O
OPN 3
A
B
C
1938
1958
D
E
F
G
H
I
J
K
L
2031
2071
2096
2031
2031
2031
2031
2031
2031
2031
2000
1833
1813
1875
1771
1000
1000
806
836
806
806
777
1729
1875
712
P
Q
R
S
1970
836
852
T
U
V
1954
1920
1879
W
1879
852
X
836
Y
1801
Z
M
A1
1801
A2
A3
A4
1735
1429
903
927
697
681
1049
681
665
624
714
976
714
697
599
482
1049
1103
1049
518
509
509
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
1. Pembuatan Larutan Stok
a. CTAB 5 %
Larutan dibuat dengan melarutkan :
- NaCl
: 2.0 gr
- CTAB
: 5.0 gr
- Aquades
: 100 ml
b. Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris
: 12.114 gr
- HCl p.a
: 4.2 ml
- Aquades
: 80 ml
- Larytan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia di dalam gelas beker
yang diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik diatas
hotplate
- Volume ditempatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasikan dengan autoclave
c. Tris HCl 1M pH 7.4 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris
: 6.057 gr
- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingaa pH
7.4
- Volume ditepatkan hingga 50 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
d. EDTA 0.5 MpH 8.0 (100ml)
- NaEDTA
: 18.612 gr
- NaOH
: 2.0 gr
- Aquades
: 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia dengan gelas beker dan
diaduk dengan batang pengaduk magnetik
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga pH 8.0
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilkan dengan autoclave
e. NaCl 5 M pH (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
Universitas Sumatera Utara
-
NaCL
: 29.22 gr
Aquades ditambahkan hingga larutan mencapai 100 ml dan diaduk dengan
menggunakan batang pengaduk magnetik hingga larut
Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
Larutan disterilisasi dengan autoclave
2. Pembuatan Larutan Buffer
a. Buffer eKstraksi / CTAB (100ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- CTAB 5 %
: 40 ml
- NaCl 5 M
: 25.1 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 4 ml
- Tris HCl pH 8.0
: 10 ml
- Aquades steril
: 20.8 ml
b. Buffer TAE 50 X (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris
: 10 ml
- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 10 ml
- Aquades ditambahakan hingga volume larutan 100 ml
c. Buffer TAE 1X (500 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Buffer TAE 50 X
: 10 ml
- Aquades
: 490 ml
d. Buffer TE (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris HCl 1 M pH 8.0 : 0.5 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 0.1 ml
- Aquades
: 49.4 ml
- Dimasukkan kedalam gelas beaker dan diaduk hingga merata
e. Klorofom Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Klorofom
: 48 ml
- Isoamilalkohol
: 2 ml
- Semua bahan dicampur merata
f. Etanol 70% (100 ml)
- Etanol
- Aquades
: 70 ml
: 30 ml
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 2. Alur Penelitian
Sampel DNA Kelapa Sawit
Isolasi DNA
Uji Kualitas
Uji Kuantitas
Proses PCR-RAPD
Elektroforesis
Analisis Hasil Amplifikasi PCR
(Williams, 1990)
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 3. Proses Isolasi DNA
Sampel daun Kelapa Sawit ditimbang 0.2 gram dan digerus sambil ditambahkan nitrogen
cair dan PVPP
Sampel dimasukkan ke dalam tabung yang berisi 1 ml buffer ekstraksi dan 10 µl βmercaptoetanol
Tabung di vortex dan diinkubasi dalam waterbath selama 30 menit pada suhu 650C
Supernatan ditambahkan 1 ml KIAA (24:1) dan disentrifuse dengan kecepatan 13.000
rpm selama 10 menit
Supernatan ditambahkan 1 ml KIAA (24:1) dan disentrifus dengan kecepatan 13.000 rpm
selama 10 menit
Supernatan ditambahkan 1 ml isopropanol dan diinkubasi pada suhu 40C selama satu
malam
Tabung disentrifus pada pada kecepatan 13.000 rpm selama 10 menit dan dikeringkan
Pelet dilarutkan dengan buffer TE 100µl
Campuran ditambahkan dengan etanol absolute dingin dan diinkubasi dalam freezer
(-200C) selama 30 menit
Campuran disentrifus dengan kecepatan 13.000 rpm selama 10 menit
Pelet dicuci dengan etanol 70% dan dikeringkan
Pelet dilarutkan dengan 100 µl buffer TE
Stok DNA disimpan dalam freezer (-200C)
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 4. Amplifikasi dan genotyping
Komposisi Master Mix volume 25 µl :
Go Taq PCR 12.5 µl
Nuclease free water 9.5 µl
Primer 1 µl
DNA sampel 2 µl
Running PCR sebanyak 45 siklus :
Denaturasi awal 940C 2 menit
Denaturai 940C 1 menit
Annealing 360C 1 menit
Extension 720C 2 menit
Post extension 720C 10 menit
Kondisi akhir PCR 40C tak terbatas
Proses running dimulai selama kurang lebih 4 jam
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 5. Proses Elektroforesis hasil PCR- RAPD
Agar rose 2.6 gram ditambahkan dengan 130 ml buffer TAE 1 x
Campuran dipanaskan dengan hot plate
Campuran ditambahkan 1.5 µl EtBr
Larutan gel dituang kedalam cetakan yang telah dipasang sisir
Gel yang telah mengeras dipindahkan ke dalam chamber berisi buffer TAE 1 x
Sampel hasil PCR, marker dan loading dye dimasukkan ke dalam sumur gel dengan
perbandingan (8:5:2)
Alat elektroforesis dihubungkan dengan power supply 80 volt
Proses running dimulai selama 65 menit
Universitas Sumatera Utara
Profil Elektroforesis OPD- 20
MA B C D E F G H I J K L M N O
10.000
3000
2500
2000
1500
1000
Gambar 1. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD20, Ket ; M= marker ladder 1kb,kode sampel (A –O).
M PQRSTUVWXYZ A1 A2 A3 A4
10.000
3000
2500
2000
1500
1000
Gambar 2. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD20, Ket ; M= marker ladder 1kb,kode sampel (P–A4).
Profil Elektroforesis OPN-03
MA B C D E F G H I J K L MN O
10000
2000
1500
1000
750
500
Gambar 5. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPN 03,
Ket ; M= markerladder 1kb , kode sampel A –O.
M
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
A1
A2
A3 A4
10000
2000
1500
1000
750
500
Gambar 6. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPN
03, Ket ; M= markerladder 1kb , kode sampelP-A4.
Universitas Sumatera Utara
Profil Elektroforesis OPD-13
MA B C D E F G H I J K L M NO
12000
1000
850
650
500
Gambar 3. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD13, Ket ; M=marker ladder 1kb, Kode sampel A –O.
M PQRSTUVWXYZA1A2A3A4
12000
1000
850
650
500
Gambar 4. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPD-13,
Ket ; M=marker ladder 1kb, Kode sampel P–A4
Profil Elektroforesis OPH-13
MA B C D E F G H I J K L M N O
10000
2000
1650
1000
850
650
500
400
Gambar 7. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPH 13, Ket: M=
marker ladder 1kb + invitro, kode sampel A –O.
M
10000
2000
1650
1000
850
650
500
400
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
A1
A2 A3 A4
Gambar 8. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit dengan primer OPH
13, Ket: M= marker ladder 1kb + invitro, kode sampel P-A4.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 7. Hasil Uji Kuantitas dengan UV-Spektrofotometer
NO Sampel
Kode
A34260/A280
Konsentrasi (µg/ml )
1.
1/61
A
2,32
80,9
2.
2/92
B
1,61
33,3
3.
3/93
C
1,03
102,7
4.
4/94
D
2,18
61,2
5.
5/95
E
2,11
41,6
6.
6/90
F
0,53
2,2
7.
7/89
G
2,38
12
8.
8/88
H
1,52
43,2
9.
9/83
I
1,76
25,3
10.
10/84
J
1,6
39
11.
11/85
K
2,04
32,3
12.
12/86
L
2,44
15,6
13.
13/87
M
1,64
27,6
14.
14/82
N
2,04
14,8
15.
15/81
O
1,67
9,1
16.
16/76
P
2,13
94
17.
17/77
Q
1,95
114,8
18.
18/78
R
1,74
58,4
19.
19/80
S
1,49
26,1
20.
20/75
T
1,56
72,6
21.
21/74
U
1,94
29,1
22.
22/68
V
1,6
21,3
23.
23/73
W
1,59
29,5
24.
24/72
X
1,82
58,7
25.
25/71
Y
1,82
26,1
26.
26/70
Z
1,85
37,4
27.
27/69
A1
1,54
25,6
28.
28/67
A2
1,96
37,6
29.
29/66
A3
1,85
4,3
30.
30/65
A4
1,78
9,5
Keterangan : A260/A280 = Kemurnian DNA
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8. Foto Pengambilan sampel daun
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 9. Foto isolasi dan pemurnian DNA
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 10. Faktorial Koordinat
Tabel 5. Faktorial Analisis (PCoA)
Tabel 6. Nilai Factorial coordinates
ue
0.10156
0.04535
0.03828
0.02455
0.023
Inertia%
33.53
14.97
12.64
8.11
7.59
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8. Data skoring 30 sampel Tanaman Kelapa Sawit Berdasarkan 4 Primer RAPD
Sampel
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
OPD
13
OPD OPD OPD OPD OPD
13
13
13
20
20
OPD
20
OPD
20
OPD
20
OPN
03
OPN
03
OPN OPN OPN OPH OPH OPH OPH
03
03
03
13
13
13
13
OPH
13
OPH
13
OPH
13
1077
804
725
485
2609
2556
1859
1595
1366
1964
1761
1006
755
523
2075
1713
1305
1016
893
585
470
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
0
1
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
Y
Z
A1
A2
A3
A4
1
0
1
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
1
1
Universitas Sumatera Utara
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
1
1
Lampiran. 12 Molecular weight dengan 4 primer
OPD 13
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
962
970
988
970
970
970
962
953
962
953
942
953
930
754
777
825
777
777
777
754
754
754
777
731
731
N
887
688
488
P
Q
R
S
1315
1290
T
U
V
W
X
Y
1290
1264
1234
847
1000
898
639
477
Z
A1
488
A2
A3
1476
B
C
D
2540
2540
E
F
G
2560
2580
H
2600
I
2600
J
A4
1131
1131
750
750
847
797
OPD 20
A
O
K
2621
L
2621
M
2600
N
O
2560
1698
P
Q
R
S
T
U
2233
1911
1410
1567
1567
1567
V
W
X
Y
Z
A1
1500
1500
1500
951
A3
A2
A4
2233
1464
1464
1464
1464
1349
61
Universitas Sumatera Utara
OPH 13
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
1972
2000
2059
2000
2059
2059
2059
2059
2126
2126
2126
2200
2200
2000
1601
1650
1688
1724
1758
1758
1724
1724
1724
1758
1758
1758
1758
1601
1154
1274
1317
1362
1362
1362
1317
1317
1274
1317
1317
1317
1274
864
997
1000
1053
1053
1084
1025
1025
1053
1053
1053
1025
997
850
877
911
920
911
911
864
546
554
580
588
588
580
554
438
425
530
900
580
580
911
580
580
580
M
419
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
A1
N
A2
O
A3
991
A4
991
991
892
872
650
709
523
547
N
O
OPN 3
A
B
C
1938
1958
D
E
F
G
H
I
J
K
L
2031
2071
2096
2031
2031
2031
2031
2031
2031
2031
2000
1833
1813
1875
1771
1000
1000
806
836
806
806
777
1729
1875
712
P
Q
R
S
1970
836
852
T
U
V
1954
1920
1879
W
1879
852
X
836
Y
1801
Z
M
A1
1801
A2
A3
A4
1735
1429
903
927
697
681
1049
681
665
624
714
976
714
697
599
482
1049
1103
1049
518
509
509
Universitas Sumatera Utara