Identifikasi Keragaman Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.) Asal Klon Berdasarkan Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA)
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GENETIK TANAMAN KELAPA SAWIT
(Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON BERDASARKAN MARKA RAPD
(Random Amplified Polimorphism DNA)
SKRIPSI
OLEH :
ANA CHRISTIN SIMBOLON
120301193 / PEMULIAAN TANAMAN
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
2016
Universitas Sumatera Utara
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GENETIK TANAMAN KELAPA SAWIT
(Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON BERDASARKAN MARKA RAPD
(Random Amplified Polimorphism DNA)
SKRIPSI
OLEH :
ANA CHRISTIN SIMBOLON
120301193 / PEMULIAAN TANAMAN
Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat Melaksanakan Penelitian
Untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Pertanian Di Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara, Medan
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
2016
Universitas Sumatera Utara
Judul Penelitian : Identifikasi Keragaman Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit
(Elaeis gineensis Jacq.) Asal Klon Berdasarkan Marka RAPD
(Random Amplified Polimorphism DNA)
Nama
: Ana Christin Simbolon
NIM
: 120301193
Program Studi : Agroekoteknologi
Minat Studi
: Pemuliaan Tanaman
Disetujui Oleh :
Komisi Pembibmbing
Ir. Mbue Kata Bangun, MS
Ketua
Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri M.si
Anggota
Mengetahui
Prof. Dr. Ir. T. Sabrina, M. Sc
Ketua Program Studi Agroekoteknologi
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
ANA CHRISTIN SIMBOLON, 2016 : Identifikasi Keragaman Genetik
Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.)Asal Klon Berdasarkan
Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA), dibimbing oleh M.K
Bangun dan Lollie Agustina P. Putri.Penelitian ini bertujuan untuk melihat
persentase pita polimorfik keragaman genetik pada tanaman kelapa sawit (Elaeis
guineensis jacq.) asal klon berdasarkan marka RAPD(Random Amplified
Polimorphic DNA).Penelitian ini telah dilakukan di Laboratorium Genetika
Molekuler Fakultas Pertanian Universitas Sumatera dan SSPL Bangun Bandar PT.
SOCFINDO, Desa Martebing, Kecamatan Dolok Masihul, Kabupaten Serdang
Bedagai.pada Maret s/d Agustus 2016.Sebanyak 30 sampel daun kelapa sawit asal
klon berasal dari PT. SOCFINDO dan telah diisolasi.Total pola pita yang
dihasilkan dari primer OPD-20, OPD-13, OPH-13, OPN- 03adalah 21 pita dengan
100% pita polimorfik. Ukuran pita yang dihasilkan berkisar 470 – 2609
bp.Koefisien keragaman genetik dan dendogram filogenetik diperoleh
menggunakan software Darwin 5.05 yang hanya dapat memproses 28 aksesiyang
diuji dan sebagian aksesi tidak memenuhi persentase yang distandarkan. Analisis
tersebut menunjukkan bahwa 28 aksesi klon kelapa sawit terbagi dalam tiga
kelompok utama diduga memiliki kekerabatan yang dekat namun pada tiap
subkelompoknya memiliki keragaman yang tinggi.
Kata Kunci : kelapa sawit, klon, keragaman genetik, random amplified
polymorphic DNA.
i
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
ANA CHRISTIN SIMBOLON, 2016: identification of genetic diversity In crops
of palm oil (Elaeis gineensis Jacq.) Clones based on Markers RAPD (Random
Amplified Polimorphism DNA),supervised byM.K Bangun and Lollie Agustina P.
Putri.The aimed of the research was to examine the percentage of polymorphism
bands on genetic diversity in palm oil (Elaeis guineensis jacq.) from clones based
on markers RAPD (Random Amplified DNA Polimorphism).This research has
been conducted in the laboratory of molecular genetics Faculty of Agriculture
University of Sumatra and SSPL Bangun Bandar PT. SOCFINDO, Desa
Martebing, Kecamatan Dolok Masihul, Kabupaten Serdang Bedagai. From March
to August 2016.As many as 30 samples of the original palm leaf clones derived
from PT. SOCFINDO and have been isolated. Ribbon pattern resulting from
primer OPD, OPD-13, OPH, OPN-03 is 21% 100 ribbons with polymorphic
bands. The resulting tape sizes range from 470 – 2609 bp.Coefficients of genetic
diversity and phylogenetic dendogram obtained using software Darwin5.05 which
can only process the 28 accessions tested and most accessions do not meet a
standardised standardised percentages.The analysis showed that 28 accessions
palm oil clones are divided into three main groups have allegedly.
Key words: palm oil, clones, genetic diversity, random amplified polymorphism
DNA.
ii
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Ana Christin Simbolon, lahir pada tanggal 05 Agustus 1994 di Medan,
anak ke-2 dari 3 bersaudara, putrid dari ayahanda Arliman Simbolon dan Ibunda
Rita Minar br Silaen.
Pendidikan formal yang pernah dijalani adalah SD Negeri Bandar Huta
Usang No 030328 lulus pada tahun 2006, SMP Negeri 1 Pegagan Hilir lulus pada
tahun 2006, SMA Negeri 1 Pegagan Hilir lulus pada tahun 2012. Tahun 2012
lulus seleksi penerimaan mahasiswa baru melalui jalur UMB (Ujian masuk
Bersama) pada program studi Agroekoteknologi, Fakultas Pertanian Universitas
Sumatera Utara, Medan.
Selama mengikuti perkuliahan, pernah menjadi asiste di laboratorium
Genetika Molekuler ( 2016-2017 ) serta melaksanakan praktrk kerja lapangan
(PKL) di PT. RAPALA Kabuapaten Langkat pada Juli sampai Agustus 2015.
Penulis akif mengikuti kegiatan organisasi diantaranya sebagai anggota Himpunan
Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK)) dan PS. Transeamus FP USU
(2012 – 2016).
iii
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Esa karena
atas berkat dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan usulan penelitian ini
dengan baik dan tepat pada waktunya.
Adapun judul dari usulan penelitian ini adalah “ Identifikasi Keragaman
Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.)Asal Klon
Berdasarkan Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA)yang
merupakan salah satu syarat untuk melaksanakan penelitian di Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara, Medan.
Pada Kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada
Bapak
Ir.Mbue
Kata
Bangun,
MS
selaku
ketua
pembimbing
dan
Ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri M.si selaku anggota pembimbing yang telah
membimbing dan memberikan berbagai masukan berharga kepada penulis dari
mulai menetapkan judul, melakukan penelitian sampai dengan skripsi ini selesai ,
penulis mengucapkab terima kasih yang sebesar-besarnya kepada orang tua
penulis yang telah membesarkan dan mendidik penulis.
Disamping itu, penulis juga mengucapkan terima kasih kepada para asisten
laboratorium DNA Pusat Seleksi PT. SOCFINDO Bangun Bandar, kak Pipit, Om
Napi, kak fika (Asisten lab Analitik),Abangda Arnen Pasaribu, SP. MP, Laboran
Kultur Jaringan kakak Asni Ashari, SP, Dian Arvita, Rika Hardianti, Muhammad
Luthfi Alexander, Lili Ramadani, Desi Rismayuli, Frynando Purba G, Amnesty
Situmeang, Yeni Rawati Harianja, Mairtati Dewi Butar-butar yang telah
membantu penulis dalam pengerjaan penelitian, dan terima kasih kepada Rido
Mahendra Simbolon, Bunga Tri Florensia Siregar, Ogeg Satriadi Situmorang,
Evrika Sanni Maibang, Fitri TY Silaban, Riska Rina R K, Theresia Grace
Simbolon, Melvawati Siboro, Flora Sinaga, Dina RC Manik , Rina Apulina br
Bukit (Alm) yang telah memberi semangat dan doanya kepada penulis, serta
kepada
teman-teman
Pemuliaan
Tanaman
stambuk
2012,
teman-teman
Agroekoteknologi stambuk 2012, seluruh keluarga besar PS Transeamus FP USU
atas semangat dan doa, serta keluarga Ikatan Mahasiswa Pegagan Hilir (IMPH)
yang tidak bisa disebut satu persatu.
Universitas Sumatera Utara
Penulis menyadari bahwa usulan penelitian ini masih jauh dari
kesempurnaan, oleh karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang
bersifat membangun demi perbaikan usulan penelitian ini di masa yang akan
datang.
Medan, November 2016
Penulis
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
ABSTRAK ........ ........................................................................................... i
ABSTRACK .... ........................................................................................... ii
RIWAYAT HIDUP..................................................................................... iii
KATA PENGANTAR ................................................................................ iv
DAFTAR ISI ............................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ...................................................................................... viii
DAFTAR GAMBAR ................................................................................. ix
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................ x
PENDAHULUAN
Latar Belakang …………………………………………………….. 1
Tujuan Penelitian................................................................................ 5
Kegunaan Penelitian .......................................................................... 5
TINJAUAN PUSTAKA
Botani Tanaman ................................................................................. 6
Syarat Tumbuh .................................................................................. 9
Klon Tanaman Kelapa Sawit ............................................................. 9
Keragaman Genetik .......................................................................... 10
PCR (Polimerase Chain Reaction) .................................................... 11
RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) ............................. 13
BAHAN DAN METODE
Tempat dan Waktu Penelitian ....................................................... .. 15
Bahan dan Alat ................................................................................... 15
Pelaksanaan Penelitian ....................................................................... 16
pengambilan Sampel Daun ......................................................... 16
Isolasi dan Pemurnian DNA ..................................................... 16
Uji Kualitas DNA ........................................................................ 17
Uji Kuantitas DNA ...................................................................... 18
Amplifikasi dan Genotiping ........................................................ 19
Elektroforesis Hasil Amlifikasi .................................................. 20
Analisis Data ...................................................................................... 21
Penentuan Skoring Marka RAPD ............................................... 21
Penentuan Ukuran Pasangan Basa ............................................. 22
Universitas Sumatera Utara
HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi DNA ................................................................................. 25
Uji Kuantitas DNA ...................................................................... 25
Amplifikasi dan Genotyping ....................................................... 29
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan......................................................................................... 36
Saran ................................................................................................... 36
DAFTAR PUSTAKA ……………………………………………………. 37
LAMPIRAN ………………………………………………………………40
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
No.
Hal
1.
Siklus, amplifikasi DNA daun kelapa sawit …………………………… 21
2.
Hasil uji Kuantitas 30 sampel DNA Kelapa sawit …………………….. 26
3.
Persentase pita polimorfis pada empat primer ………………………….. 28
4.
Hasil amplifikasi lima primer yang digunakan …………………………. 29
5.
Faktorial Analisis (PCoA) ………………………………………………. 59
6.
Nilai Factorial coordinates ……………………………………………… 59
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
No.
Hal
1. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPD- 20 .. 30
2. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPD- 13 .. 31
3. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPN- 03 .. 31
4. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPH- 13 .. 32
5. Pohon filogenetik 30 aksesi klon kelapa sawit yang dianalisis berdasarkan
Matrix Dissimilarity Simple Matching…………………………………….. 36
6. Profil radial neighbor-joining 30 aksesi klon kelapa sawit yang dianalisis
berdasarkan Dissimilarity Matrix Simple Matching……………………….. 39
7. Faktorial analisis (Principal Analysis) aksis 1 (horizontal) dan aksis 2
(vertikal) dengan 4 primer marka RAPD ………………………………….. 40
8. Hasil elektroforesis dengan primer OPD-2 ............................................... … 46
9. Hasil elektroforesis dengan primer OPD-13 ............................................. … 46
10. Hasil elektroforesis dengan primer OPN-03 ............................................. … 46
11. Hasil elektroforesis dengan primer OPH-13 ............................................. … 47
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
No.
Hal
1. Pembuatan larutan stok dan buffer ……………………………………….. 41
2. Alur penelitian ……………………………………………………………. 43
3. Proses isolasi DNA ..…………..………………………………………….. 44
4. Proses PCR-RAPD ……………………………………………………….. 45
5. Proses elektroforesis hasil PCR …………………………………………... 46
6. Hasil uji kuantitas 30 sampel tanaman kelapa sawit ……………………... 49
7. Foto pengambilan sampel daun …………………………………………... 56
8. Foto isolasi dan pemurnian DNA ………………………………………… 57
9. Faktorial koordinat ……………………………………………………….. 59
10. Molecular Weight dengan 4 primer ………………………………………. 60
Universitas Sumatera Utara
(Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON BERDASARKAN MARKA RAPD
(Random Amplified Polimorphism DNA)
SKRIPSI
OLEH :
ANA CHRISTIN SIMBOLON
120301193 / PEMULIAAN TANAMAN
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
2016
Universitas Sumatera Utara
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GENETIK TANAMAN KELAPA SAWIT
(Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON BERDASARKAN MARKA RAPD
(Random Amplified Polimorphism DNA)
SKRIPSI
OLEH :
ANA CHRISTIN SIMBOLON
120301193 / PEMULIAAN TANAMAN
Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat Melaksanakan Penelitian
Untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Pertanian Di Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara, Medan
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
2016
Universitas Sumatera Utara
Judul Penelitian : Identifikasi Keragaman Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit
(Elaeis gineensis Jacq.) Asal Klon Berdasarkan Marka RAPD
(Random Amplified Polimorphism DNA)
Nama
: Ana Christin Simbolon
NIM
: 120301193
Program Studi : Agroekoteknologi
Minat Studi
: Pemuliaan Tanaman
Disetujui Oleh :
Komisi Pembibmbing
Ir. Mbue Kata Bangun, MS
Ketua
Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri M.si
Anggota
Mengetahui
Prof. Dr. Ir. T. Sabrina, M. Sc
Ketua Program Studi Agroekoteknologi
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
ANA CHRISTIN SIMBOLON, 2016 : Identifikasi Keragaman Genetik
Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.)Asal Klon Berdasarkan
Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA), dibimbing oleh M.K
Bangun dan Lollie Agustina P. Putri.Penelitian ini bertujuan untuk melihat
persentase pita polimorfik keragaman genetik pada tanaman kelapa sawit (Elaeis
guineensis jacq.) asal klon berdasarkan marka RAPD(Random Amplified
Polimorphic DNA).Penelitian ini telah dilakukan di Laboratorium Genetika
Molekuler Fakultas Pertanian Universitas Sumatera dan SSPL Bangun Bandar PT.
SOCFINDO, Desa Martebing, Kecamatan Dolok Masihul, Kabupaten Serdang
Bedagai.pada Maret s/d Agustus 2016.Sebanyak 30 sampel daun kelapa sawit asal
klon berasal dari PT. SOCFINDO dan telah diisolasi.Total pola pita yang
dihasilkan dari primer OPD-20, OPD-13, OPH-13, OPN- 03adalah 21 pita dengan
100% pita polimorfik. Ukuran pita yang dihasilkan berkisar 470 – 2609
bp.Koefisien keragaman genetik dan dendogram filogenetik diperoleh
menggunakan software Darwin 5.05 yang hanya dapat memproses 28 aksesiyang
diuji dan sebagian aksesi tidak memenuhi persentase yang distandarkan. Analisis
tersebut menunjukkan bahwa 28 aksesi klon kelapa sawit terbagi dalam tiga
kelompok utama diduga memiliki kekerabatan yang dekat namun pada tiap
subkelompoknya memiliki keragaman yang tinggi.
Kata Kunci : kelapa sawit, klon, keragaman genetik, random amplified
polymorphic DNA.
i
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
ANA CHRISTIN SIMBOLON, 2016: identification of genetic diversity In crops
of palm oil (Elaeis gineensis Jacq.) Clones based on Markers RAPD (Random
Amplified Polimorphism DNA),supervised byM.K Bangun and Lollie Agustina P.
Putri.The aimed of the research was to examine the percentage of polymorphism
bands on genetic diversity in palm oil (Elaeis guineensis jacq.) from clones based
on markers RAPD (Random Amplified DNA Polimorphism).This research has
been conducted in the laboratory of molecular genetics Faculty of Agriculture
University of Sumatra and SSPL Bangun Bandar PT. SOCFINDO, Desa
Martebing, Kecamatan Dolok Masihul, Kabupaten Serdang Bedagai. From March
to August 2016.As many as 30 samples of the original palm leaf clones derived
from PT. SOCFINDO and have been isolated. Ribbon pattern resulting from
primer OPD, OPD-13, OPH, OPN-03 is 21% 100 ribbons with polymorphic
bands. The resulting tape sizes range from 470 – 2609 bp.Coefficients of genetic
diversity and phylogenetic dendogram obtained using software Darwin5.05 which
can only process the 28 accessions tested and most accessions do not meet a
standardised standardised percentages.The analysis showed that 28 accessions
palm oil clones are divided into three main groups have allegedly.
Key words: palm oil, clones, genetic diversity, random amplified polymorphism
DNA.
ii
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Ana Christin Simbolon, lahir pada tanggal 05 Agustus 1994 di Medan,
anak ke-2 dari 3 bersaudara, putrid dari ayahanda Arliman Simbolon dan Ibunda
Rita Minar br Silaen.
Pendidikan formal yang pernah dijalani adalah SD Negeri Bandar Huta
Usang No 030328 lulus pada tahun 2006, SMP Negeri 1 Pegagan Hilir lulus pada
tahun 2006, SMA Negeri 1 Pegagan Hilir lulus pada tahun 2012. Tahun 2012
lulus seleksi penerimaan mahasiswa baru melalui jalur UMB (Ujian masuk
Bersama) pada program studi Agroekoteknologi, Fakultas Pertanian Universitas
Sumatera Utara, Medan.
Selama mengikuti perkuliahan, pernah menjadi asiste di laboratorium
Genetika Molekuler ( 2016-2017 ) serta melaksanakan praktrk kerja lapangan
(PKL) di PT. RAPALA Kabuapaten Langkat pada Juli sampai Agustus 2015.
Penulis akif mengikuti kegiatan organisasi diantaranya sebagai anggota Himpunan
Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK)) dan PS. Transeamus FP USU
(2012 – 2016).
iii
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Esa karena
atas berkat dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan usulan penelitian ini
dengan baik dan tepat pada waktunya.
Adapun judul dari usulan penelitian ini adalah “ Identifikasi Keragaman
Genetik Pada Tanaman kelapa Sawit (Elaeis gineensis Jacq.)Asal Klon
Berdasarkan Marka RAPD (Random Amplified Polimorphism DNA)yang
merupakan salah satu syarat untuk melaksanakan penelitian di Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara, Medan.
Pada Kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada
Bapak
Ir.Mbue
Kata
Bangun,
MS
selaku
ketua
pembimbing
dan
Ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri M.si selaku anggota pembimbing yang telah
membimbing dan memberikan berbagai masukan berharga kepada penulis dari
mulai menetapkan judul, melakukan penelitian sampai dengan skripsi ini selesai ,
penulis mengucapkab terima kasih yang sebesar-besarnya kepada orang tua
penulis yang telah membesarkan dan mendidik penulis.
Disamping itu, penulis juga mengucapkan terima kasih kepada para asisten
laboratorium DNA Pusat Seleksi PT. SOCFINDO Bangun Bandar, kak Pipit, Om
Napi, kak fika (Asisten lab Analitik),Abangda Arnen Pasaribu, SP. MP, Laboran
Kultur Jaringan kakak Asni Ashari, SP, Dian Arvita, Rika Hardianti, Muhammad
Luthfi Alexander, Lili Ramadani, Desi Rismayuli, Frynando Purba G, Amnesty
Situmeang, Yeni Rawati Harianja, Mairtati Dewi Butar-butar yang telah
membantu penulis dalam pengerjaan penelitian, dan terima kasih kepada Rido
Mahendra Simbolon, Bunga Tri Florensia Siregar, Ogeg Satriadi Situmorang,
Evrika Sanni Maibang, Fitri TY Silaban, Riska Rina R K, Theresia Grace
Simbolon, Melvawati Siboro, Flora Sinaga, Dina RC Manik , Rina Apulina br
Bukit (Alm) yang telah memberi semangat dan doanya kepada penulis, serta
kepada
teman-teman
Pemuliaan
Tanaman
stambuk
2012,
teman-teman
Agroekoteknologi stambuk 2012, seluruh keluarga besar PS Transeamus FP USU
atas semangat dan doa, serta keluarga Ikatan Mahasiswa Pegagan Hilir (IMPH)
yang tidak bisa disebut satu persatu.
Universitas Sumatera Utara
Penulis menyadari bahwa usulan penelitian ini masih jauh dari
kesempurnaan, oleh karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang
bersifat membangun demi perbaikan usulan penelitian ini di masa yang akan
datang.
Medan, November 2016
Penulis
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
ABSTRAK ........ ........................................................................................... i
ABSTRACK .... ........................................................................................... ii
RIWAYAT HIDUP..................................................................................... iii
KATA PENGANTAR ................................................................................ iv
DAFTAR ISI ............................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ...................................................................................... viii
DAFTAR GAMBAR ................................................................................. ix
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................ x
PENDAHULUAN
Latar Belakang …………………………………………………….. 1
Tujuan Penelitian................................................................................ 5
Kegunaan Penelitian .......................................................................... 5
TINJAUAN PUSTAKA
Botani Tanaman ................................................................................. 6
Syarat Tumbuh .................................................................................. 9
Klon Tanaman Kelapa Sawit ............................................................. 9
Keragaman Genetik .......................................................................... 10
PCR (Polimerase Chain Reaction) .................................................... 11
RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) ............................. 13
BAHAN DAN METODE
Tempat dan Waktu Penelitian ....................................................... .. 15
Bahan dan Alat ................................................................................... 15
Pelaksanaan Penelitian ....................................................................... 16
pengambilan Sampel Daun ......................................................... 16
Isolasi dan Pemurnian DNA ..................................................... 16
Uji Kualitas DNA ........................................................................ 17
Uji Kuantitas DNA ...................................................................... 18
Amplifikasi dan Genotiping ........................................................ 19
Elektroforesis Hasil Amlifikasi .................................................. 20
Analisis Data ...................................................................................... 21
Penentuan Skoring Marka RAPD ............................................... 21
Penentuan Ukuran Pasangan Basa ............................................. 22
Universitas Sumatera Utara
HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi DNA ................................................................................. 25
Uji Kuantitas DNA ...................................................................... 25
Amplifikasi dan Genotyping ....................................................... 29
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan......................................................................................... 36
Saran ................................................................................................... 36
DAFTAR PUSTAKA ……………………………………………………. 37
LAMPIRAN ………………………………………………………………40
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
No.
Hal
1.
Siklus, amplifikasi DNA daun kelapa sawit …………………………… 21
2.
Hasil uji Kuantitas 30 sampel DNA Kelapa sawit …………………….. 26
3.
Persentase pita polimorfis pada empat primer ………………………….. 28
4.
Hasil amplifikasi lima primer yang digunakan …………………………. 29
5.
Faktorial Analisis (PCoA) ………………………………………………. 59
6.
Nilai Factorial coordinates ……………………………………………… 59
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
No.
Hal
1. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPD- 20 .. 30
2. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPD- 13 .. 31
3. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPN- 03 .. 31
4. Elektroforegram amplifikasi DNA Kelapa sawit dengan primer OPH- 13 .. 32
5. Pohon filogenetik 30 aksesi klon kelapa sawit yang dianalisis berdasarkan
Matrix Dissimilarity Simple Matching…………………………………….. 36
6. Profil radial neighbor-joining 30 aksesi klon kelapa sawit yang dianalisis
berdasarkan Dissimilarity Matrix Simple Matching……………………….. 39
7. Faktorial analisis (Principal Analysis) aksis 1 (horizontal) dan aksis 2
(vertikal) dengan 4 primer marka RAPD ………………………………….. 40
8. Hasil elektroforesis dengan primer OPD-2 ............................................... … 46
9. Hasil elektroforesis dengan primer OPD-13 ............................................. … 46
10. Hasil elektroforesis dengan primer OPN-03 ............................................. … 46
11. Hasil elektroforesis dengan primer OPH-13 ............................................. … 47
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
No.
Hal
1. Pembuatan larutan stok dan buffer ……………………………………….. 41
2. Alur penelitian ……………………………………………………………. 43
3. Proses isolasi DNA ..…………..………………………………………….. 44
4. Proses PCR-RAPD ……………………………………………………….. 45
5. Proses elektroforesis hasil PCR …………………………………………... 46
6. Hasil uji kuantitas 30 sampel tanaman kelapa sawit ……………………... 49
7. Foto pengambilan sampel daun …………………………………………... 56
8. Foto isolasi dan pemurnian DNA ………………………………………… 57
9. Faktorial koordinat ……………………………………………………….. 59
10. Molecular Weight dengan 4 primer ………………………………………. 60
Universitas Sumatera Utara