POLIMORFISME HLA-C RS9264942 PASIEN HIV KO-INFEKSI HEPATITIS C DI SURAKARTA.
POLIMORFISME HLA-C RS9264942 PASIEN HIV
KO-INFEKSI HEPATITIS C DI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
SABRINA DAMARA LUVI
G0013208
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta
2017
PENGESAHAN SKRIPSI
i
ii
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah
diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan saya tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, 11 januari 2017
Sabrina Damara Luvi
NIM. G0013208
iii
ABSTRAK
Sabrina Damara Luvi, G0013208, 2017. Polimorfisme HLA-C Rs9264942
Pasien HIV Ko-infeksi Hepatitis C di Surakarta. Skripsi. Fakultas Kedokteran,
Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Ko-infeksi hepatitis C pada pasien HIV menyebabkan
peningkatan mortalitas dan morbiditas pasien HIV. Suseptibilitas terhadap koinfeksi dapat dipengaruhi oleh variasi genetik. Polimorfisme HLA-C rs9264942
dilaporkan berkaitan dengan progresivitas HIV, namun peran polimorfisme
tersebut terhadap ko-infeksi HIV/HCV belum diketahui. Penelitian ini
memberikan informasi data awal terkait polimorfisme HLA-C rs9264942 dan
hubungannya terhadap status anti-HCV pada pasien HIV positif di Surakarta.
Metode: Delapan puluh lima sampel darah pasien HIV positif di Surakarta
digunakan dalam penelitian ini. Status Polimorfisme HLA-C rs9264942 dapat
dideteksi dari sampel darah dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction
(PCR). Status Polimorfisme dan hubungannya dengan data klinis pasien (jenis
kelamin, umur, dan status anti-HCV) dianalisis secara statistik dengan
penghitungan odds ratio (OR) dan 95% confidence interval (CI).
Hasil: Dari total 85 sampel, 69,4% (59/85) subjek terdeteksi memiliki alel T dan
68,2% (58/85) subjek terdeteksi memiliki alel C. Secara statistik tidak ditemukan
perbedaan yang signifikan pada proporsi polimorfisme HLA-C rs9264942
terhadap status anti-HCV. Status anti-HCV positif jarang ditemukan pada pasien
dengan alel C (OR: 0,65; 95%CI: 0,19-2,12; p= 0,47).
Kesimpulan: Individu pembawa allele C pada polimorfisme HLA-C rs9264942
jarang ditemukan positif terhadap anti-HCV.
Kata Kunci : Polimorfisme, Ko-infeksi, Hepatitis C
iv
ABSTRACT
Sabrina Damara Luvi, G0013208, 2017. HLA-C Rs9264942 Polymorphism in
HIV co-infected Hepatitis C Patient in Surakarta. Mini Thesis. Medical Faculty,
Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: Co-infection of hepatitis C in HIV infected patients results in
increased HIV patients mortalitiy and morbidity. Suceptibility towards coinfection can be affected by genetic variation. Polymorphism of HLA-C
rs9264942 reported having correlation with HIV progression, but its role in HIV/
HCV co-infection is still unknown. This study provides HLA-C rs9264942
polymorphism initial data and its association with anti-HCV status in HIV
positive patients in Surakarta.
Methods: Eighty five HIV positive blood samples were used in this study.
Polymorphism status was determined from blood samples, using Polymerase
Chain Reaction (PCR). Polymorphism status and its association with clinical data
(gender, age, and anti-HCV status) were analyzed statistically trough odds ratio
(OR) and 95% confidence interval (CI) calculation.
Results: in total 85 samples, 69,4% (59/85) subject was detected having allele T
and 68,2% (58/85) subject was detected having allele C. Statistically, there was no
significant difference in the proportion of HLA-C rs9264942 polymorphism,
differed by status anti-HCV (p=0.47). Anti-HCV positive was less frequent found
in patient who carried allele C (OR: 0.65; 95%CI: 0.19-2.12, p=0.47).
Conclusion: In HLA-C rs9264942 polymorphism, allele C carriers were less
frequent found to be positive for anti-HCV.
Keywords : Polymorphism, Co-infection, Hepatitis C
v
PRAKATA
Puji syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas
berkat dan karunia yang telah diberikan, sehingga penulis dapat menyusun dan
menyelesaikan skripsi dengan judul “Polimorfisme HLA-C Rs9264942 Pasien
HIV Ko-infeksi Hepatitis C di Surakarta.”
Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat guna memperoleh gelar sarjana
kedokteran di Jurusan Pendidikan Dokter, Fakultas Kedokteran, Universitas
Sebelas Maret, Surakarta. Hambatan dalam penyusunan skripsi ini dapat teratasi
atas pertolongan Tuhan Yang Maha Esa melalui bimbingan dan dukungan dari
berbagai pihak. Untuk itu, perkenankan penulis mengucapkan terima kasih
kepada:
1. Prof. Dr. Hartono, dr., M.Si selaku Dekan Fakultas Kedokteran
Universitas Sebelas Maret Surakarta.
2. Kusmadewi Eka Dmayanti, dr., M.Gizi selaku Ketua Tim Skripsi FK
UNS.
3. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D selaku Pembimbing Utama yang telah
membantu melaksanakan penelitian skripsi, membimbing, dan memberi
masukan hingga terselesaikannya skripsi ini.
4. Yulia Sari, S.Si, M.Si selaku Pembimbing Pendamping yang telah
berkenan menyediakan waktu untuk membimbing dan memberi masukan
hingga terselesaikannya skripsi ini.
5. Marwoto, dr., Sp.MK., M.Sc selaku Penguji Utama yang telah berkenan
menguji serta memberikan kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini.
6. Kedua orang tua dan kakak tercinta, Ibu Evi Arsiyanti, Bapak Tri Luwarso
Hadi Oetomo, dan Meydi Dima Nadine yang telah memberi dukungan,
doa, dan motivasi dalam penyusunan skripsi ini.
7. Lintang Ayu Novia Anwar, Sonya Elizabeth Sidabutar, Radin Suryo
Pranoto, Naila Maje’dha, Ronadeva Zahra, Victoria Husadani, temanteman KKN Kolbano 2016, dan semua rekan penulis yang selalu
memberikan bantuan dan dukungan dalam penyusunan skripsi ini.
8. Semua pihak yang turut membantu dalam proses penyelesaian skripsi ini,
yang tidak dapat penulis sebutkan satu-persatu.
Penulis menyadari, masih banyak kekurangan dalam penyusunan skripsi ini.
Kritik dan saran sangat penulis harapkan demi perbaikan selanjutnya. Akhir kata,
penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca.
Surakarta, Januari 2017
Sabrina Damara Luvi
vi
DAFTAR ISI
PRAKATA.................................................................................................... vi
DAFTAR ISI................................................................................................. vii
DAFTAR TABEL DAN GAMBAR............................................................. ix
DAFTAR LAMPIRAN................................................................................. x
BAB I PENDAHULUAN.............................................................................
1
A. Latar Belakang Masalah.................................................................... 1
B. Rumusan Masalah.............................................................................
2
C. Tujuan Penelitian..............................................................................
2
D. Manfaat Penelitian............................................................................
2
BAB II LANDASAN TEORI ......................................................................
4
A. Tinjauan Pustaka...............................................................................
4
1. Human Immunodeficiency Virus (HIV)......................................
4
2. Hepatitis C Virus (HCV)............................................................. 5
3. Ko-infeksi HCV pada Pasien HIV..............................................
7
4. Variasi Genetik dan Kerentanan terhadap HIV/HCV.................
8
5. Polimorfisme HLA-C rs9264942................................................ 9
B. Kerangka Pemikiran.......................................................................... 10
BAB III METODE PENELITIAN................................................................ 11
A. Jenis Penelitian............................................................................ 11
B. Lokasi Penelitian......................................................................... 11
C. Subjek Penelitian......................................................................... 11
D. Teknik Sampling.........................................................................
vii
11
E. Desain Penelitian......................................................................... 12
F. Identifikasi Variabel Penelitian................................................... 13
G. Definisi Operasional Variabel Penelitian.................................... 13
H. Alat dan Bahan............................................................................ 15
I. Langkah kerja.............................................................................. 16
1. Isolasi DNA........................................................................... 16
2. Polymerase Chain Reaction (PCR)......................................
18
3. Elektroforesis........................................................................
18
J. Analisis Data...............................................................................
19
BAB IV HASIL PENELITIAN....................................................................
20
A. Karakteristik Subjek Penelitian................................................... 20
B. Ko-infeksi Hepatitis C Pasien HIV.............................................
20
C. Polimorfisme HLA-C rs9264942 Pasien HIV............................
21
D. Ko-infeksi HIV/HCV dan Polimorfisme HLA-C rs9264942....
23
BAB V PEMBAHASAN..............................................................................
25
BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN......................................................
29
DAFTAR PUSTAKA...................................................................................
30
LAMPIRAN.................................................................................................. 35
viii
DAFTAR TABEL DAN GAMBAR
Tabel 4.1.
Distribusi Frekuensi Status Anti-HCV pada Pasien HIV...... 21
Tabel 4.2.
Distribusi Frekuensi Polimorfisme HLA-C rs9264942 pada
Pasien HIV............................................................................. 22
Tabel 4.3.
Distribusi Frekuensi Polimorfisme HLA-C rs9264942
terhadap Status Anti-HCV pada Pasien HIV......................... 24
Gambar 2.1
Skema Kerangka Pemikiran..................................................
10
Gambar 3.1
Skema Desain Penelitian.......................................................
12
ix
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1.
Surat Ijin Penelitian
Lampiran 2.
Ethical Clearance
x
KO-INFEKSI HEPATITIS C DI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
SABRINA DAMARA LUVI
G0013208
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta
2017
PENGESAHAN SKRIPSI
i
ii
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah
diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan saya tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, 11 januari 2017
Sabrina Damara Luvi
NIM. G0013208
iii
ABSTRAK
Sabrina Damara Luvi, G0013208, 2017. Polimorfisme HLA-C Rs9264942
Pasien HIV Ko-infeksi Hepatitis C di Surakarta. Skripsi. Fakultas Kedokteran,
Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Ko-infeksi hepatitis C pada pasien HIV menyebabkan
peningkatan mortalitas dan morbiditas pasien HIV. Suseptibilitas terhadap koinfeksi dapat dipengaruhi oleh variasi genetik. Polimorfisme HLA-C rs9264942
dilaporkan berkaitan dengan progresivitas HIV, namun peran polimorfisme
tersebut terhadap ko-infeksi HIV/HCV belum diketahui. Penelitian ini
memberikan informasi data awal terkait polimorfisme HLA-C rs9264942 dan
hubungannya terhadap status anti-HCV pada pasien HIV positif di Surakarta.
Metode: Delapan puluh lima sampel darah pasien HIV positif di Surakarta
digunakan dalam penelitian ini. Status Polimorfisme HLA-C rs9264942 dapat
dideteksi dari sampel darah dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction
(PCR). Status Polimorfisme dan hubungannya dengan data klinis pasien (jenis
kelamin, umur, dan status anti-HCV) dianalisis secara statistik dengan
penghitungan odds ratio (OR) dan 95% confidence interval (CI).
Hasil: Dari total 85 sampel, 69,4% (59/85) subjek terdeteksi memiliki alel T dan
68,2% (58/85) subjek terdeteksi memiliki alel C. Secara statistik tidak ditemukan
perbedaan yang signifikan pada proporsi polimorfisme HLA-C rs9264942
terhadap status anti-HCV. Status anti-HCV positif jarang ditemukan pada pasien
dengan alel C (OR: 0,65; 95%CI: 0,19-2,12; p= 0,47).
Kesimpulan: Individu pembawa allele C pada polimorfisme HLA-C rs9264942
jarang ditemukan positif terhadap anti-HCV.
Kata Kunci : Polimorfisme, Ko-infeksi, Hepatitis C
iv
ABSTRACT
Sabrina Damara Luvi, G0013208, 2017. HLA-C Rs9264942 Polymorphism in
HIV co-infected Hepatitis C Patient in Surakarta. Mini Thesis. Medical Faculty,
Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: Co-infection of hepatitis C in HIV infected patients results in
increased HIV patients mortalitiy and morbidity. Suceptibility towards coinfection can be affected by genetic variation. Polymorphism of HLA-C
rs9264942 reported having correlation with HIV progression, but its role in HIV/
HCV co-infection is still unknown. This study provides HLA-C rs9264942
polymorphism initial data and its association with anti-HCV status in HIV
positive patients in Surakarta.
Methods: Eighty five HIV positive blood samples were used in this study.
Polymorphism status was determined from blood samples, using Polymerase
Chain Reaction (PCR). Polymorphism status and its association with clinical data
(gender, age, and anti-HCV status) were analyzed statistically trough odds ratio
(OR) and 95% confidence interval (CI) calculation.
Results: in total 85 samples, 69,4% (59/85) subject was detected having allele T
and 68,2% (58/85) subject was detected having allele C. Statistically, there was no
significant difference in the proportion of HLA-C rs9264942 polymorphism,
differed by status anti-HCV (p=0.47). Anti-HCV positive was less frequent found
in patient who carried allele C (OR: 0.65; 95%CI: 0.19-2.12, p=0.47).
Conclusion: In HLA-C rs9264942 polymorphism, allele C carriers were less
frequent found to be positive for anti-HCV.
Keywords : Polymorphism, Co-infection, Hepatitis C
v
PRAKATA
Puji syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas
berkat dan karunia yang telah diberikan, sehingga penulis dapat menyusun dan
menyelesaikan skripsi dengan judul “Polimorfisme HLA-C Rs9264942 Pasien
HIV Ko-infeksi Hepatitis C di Surakarta.”
Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat guna memperoleh gelar sarjana
kedokteran di Jurusan Pendidikan Dokter, Fakultas Kedokteran, Universitas
Sebelas Maret, Surakarta. Hambatan dalam penyusunan skripsi ini dapat teratasi
atas pertolongan Tuhan Yang Maha Esa melalui bimbingan dan dukungan dari
berbagai pihak. Untuk itu, perkenankan penulis mengucapkan terima kasih
kepada:
1. Prof. Dr. Hartono, dr., M.Si selaku Dekan Fakultas Kedokteran
Universitas Sebelas Maret Surakarta.
2. Kusmadewi Eka Dmayanti, dr., M.Gizi selaku Ketua Tim Skripsi FK
UNS.
3. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D selaku Pembimbing Utama yang telah
membantu melaksanakan penelitian skripsi, membimbing, dan memberi
masukan hingga terselesaikannya skripsi ini.
4. Yulia Sari, S.Si, M.Si selaku Pembimbing Pendamping yang telah
berkenan menyediakan waktu untuk membimbing dan memberi masukan
hingga terselesaikannya skripsi ini.
5. Marwoto, dr., Sp.MK., M.Sc selaku Penguji Utama yang telah berkenan
menguji serta memberikan kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini.
6. Kedua orang tua dan kakak tercinta, Ibu Evi Arsiyanti, Bapak Tri Luwarso
Hadi Oetomo, dan Meydi Dima Nadine yang telah memberi dukungan,
doa, dan motivasi dalam penyusunan skripsi ini.
7. Lintang Ayu Novia Anwar, Sonya Elizabeth Sidabutar, Radin Suryo
Pranoto, Naila Maje’dha, Ronadeva Zahra, Victoria Husadani, temanteman KKN Kolbano 2016, dan semua rekan penulis yang selalu
memberikan bantuan dan dukungan dalam penyusunan skripsi ini.
8. Semua pihak yang turut membantu dalam proses penyelesaian skripsi ini,
yang tidak dapat penulis sebutkan satu-persatu.
Penulis menyadari, masih banyak kekurangan dalam penyusunan skripsi ini.
Kritik dan saran sangat penulis harapkan demi perbaikan selanjutnya. Akhir kata,
penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca.
Surakarta, Januari 2017
Sabrina Damara Luvi
vi
DAFTAR ISI
PRAKATA.................................................................................................... vi
DAFTAR ISI................................................................................................. vii
DAFTAR TABEL DAN GAMBAR............................................................. ix
DAFTAR LAMPIRAN................................................................................. x
BAB I PENDAHULUAN.............................................................................
1
A. Latar Belakang Masalah.................................................................... 1
B. Rumusan Masalah.............................................................................
2
C. Tujuan Penelitian..............................................................................
2
D. Manfaat Penelitian............................................................................
2
BAB II LANDASAN TEORI ......................................................................
4
A. Tinjauan Pustaka...............................................................................
4
1. Human Immunodeficiency Virus (HIV)......................................
4
2. Hepatitis C Virus (HCV)............................................................. 5
3. Ko-infeksi HCV pada Pasien HIV..............................................
7
4. Variasi Genetik dan Kerentanan terhadap HIV/HCV.................
8
5. Polimorfisme HLA-C rs9264942................................................ 9
B. Kerangka Pemikiran.......................................................................... 10
BAB III METODE PENELITIAN................................................................ 11
A. Jenis Penelitian............................................................................ 11
B. Lokasi Penelitian......................................................................... 11
C. Subjek Penelitian......................................................................... 11
D. Teknik Sampling.........................................................................
vii
11
E. Desain Penelitian......................................................................... 12
F. Identifikasi Variabel Penelitian................................................... 13
G. Definisi Operasional Variabel Penelitian.................................... 13
H. Alat dan Bahan............................................................................ 15
I. Langkah kerja.............................................................................. 16
1. Isolasi DNA........................................................................... 16
2. Polymerase Chain Reaction (PCR)......................................
18
3. Elektroforesis........................................................................
18
J. Analisis Data...............................................................................
19
BAB IV HASIL PENELITIAN....................................................................
20
A. Karakteristik Subjek Penelitian................................................... 20
B. Ko-infeksi Hepatitis C Pasien HIV.............................................
20
C. Polimorfisme HLA-C rs9264942 Pasien HIV............................
21
D. Ko-infeksi HIV/HCV dan Polimorfisme HLA-C rs9264942....
23
BAB V PEMBAHASAN..............................................................................
25
BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN......................................................
29
DAFTAR PUSTAKA...................................................................................
30
LAMPIRAN.................................................................................................. 35
viii
DAFTAR TABEL DAN GAMBAR
Tabel 4.1.
Distribusi Frekuensi Status Anti-HCV pada Pasien HIV...... 21
Tabel 4.2.
Distribusi Frekuensi Polimorfisme HLA-C rs9264942 pada
Pasien HIV............................................................................. 22
Tabel 4.3.
Distribusi Frekuensi Polimorfisme HLA-C rs9264942
terhadap Status Anti-HCV pada Pasien HIV......................... 24
Gambar 2.1
Skema Kerangka Pemikiran..................................................
10
Gambar 3.1
Skema Desain Penelitian.......................................................
12
ix
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1.
Surat Ijin Penelitian
Lampiran 2.
Ethical Clearance
x