Studi Komperatif Antara Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism Dengan Kultur Jamur Dalam Pemeriksaan Spesies Jamur Pada Penderita Tinea Kruris
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
TESIS
Oleh
CUT PUTRI HAZLIANDA
NIM : 087105006
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK
KONSENTRASI ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2014
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
TESIS
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister
Kedokteran Klinik dalam Program Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin pada
Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara
Oleh
CUT PUTRI HAZLIANDA
NIM : 087105006
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK
KONSENTRASI ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2014
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul Tesis
:
Studi komperatif antara polymerase chain reaction-restriction
fragment length polymorphism dengan kultur jamur dalam
pemeriksaan spesies jamur pada penderita tinea kruris
Nama
:
Cut Putri Hazlianda
Nomor Induk
:
087105006
Program Studi
:
Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi
:
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Menyetujui :
Pembimbing I
Pembimbing II
(dr. Isma Aprita Lubis, SpKK)
(dr. Kamaliah Muis, SpKK)
Ketua Program Studi
Dekan
(Prof. dr. Chairuddin P. Lubis DTM&H, SpA (K))
(Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH)
Tanggal lulus : 25 Juli 2014
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri,
dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
telah penulis nyatakan dengan benar
Nama
NIM
Tanda tangan :
: Cut Putri Hazlianda
: 087105006
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
Cut Putri Hazlianda, Kamaliah Muis, Isma Aprita Lubis
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara
RSUP Haji Adam Malik Medan-Indonesia
Latar belakang:Tinea kruris merupakan dermatofitosis paling sering kedua di
seluruh dunia dan terbanyak di Indonesia. Pemeriksaan laboratorium konvensional
untuk infeksi dermatofita adalah pemeriksaan mikroskop langsung dengan kalium
hidroksida (KOH) 10% dan kultur jamur, namun pemeriksaan ini lambat dan
kurang spesifik, sehingga diperlukan metode diagnostik yang lebih cepat dan
tepat. Telah ditemukan teknologi molekuler seperti polymerase chain reaction
(PCR) yang merupakan tes sangat sensitif dan spesifik, dan dapat digunakan
untuk diagnosis berbagai mikroorganisme termasuk jamur patogen.Polymerase
Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP)
merupakan metode PCR dengan penambahan enzim setelah amplifikasi sehingga
memungkinkan hasil yang lebih spesifik.
Tujuan:Untuk mengetahui apakah pemeriksaan dengan PCR-RFLP mendapatkan
hasil spesies jamur yang sama dengan kultur jamur sebagai baku emas dalam
menegakkan diagnosis tinea kruris.
Metode: Penelitian ini merupakan suatu penelitian deskriptif dengan pendekatan
potong lintang.
Subyek:Tiga puluh satu pasien yang diduga menderita tinea kruris berdasarkan
anamnesis dan pemeriksaan dermatologi.
Hasil:Hasil pemeriksaan spesies jamur yang terbanyak dari kultur jamur maupun
PCR-RFLP adalah T. rubrum. Pemeriksaan dengan PCR-RFLP didapatkan T.
rubrum merupakan spesies jamur terbanyak.Presentase persamaan spesies hasil
pemeriksaan antara PCR-RFLP dengan kultur jamur adalah 50 % dari 12 subyek
yang positif dijumpai jamur baik dari kultur jamur dan PCR-RFLP. Presentase
hasil pemeriksaan dengan kultur jamur dijumpai spesies jamur sedangkan PCRRFLP tidak dijumpai spesies jamur adalah 50% dari 12 subyek yang positif
dijumpai jamur baik dari kultur jamur dan PCR-RFLP.
Kesimpulan: spesies hasil pemeriksaan PCR-RFLP sama dengan kultur jamur.
Kata kunci:tinea kruris, kultur, PCR-RFLP, spesies jamur.
A COMPARATIVE STUDY OF POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISMAND FUNGAL CULTURE FOR THE
EVALUATION OF FUNGAL SPECIES IN PATIENTS WITH TINEA CRURIS
Cut Putri Hazlianda, Kamaliah Muis,Isma Aprita Lubis
Departementof Dermatovenereology
Faculty of Medicine, Universityof Sumatera Utara
Haji Adam Malik Hospital Medan-Indonesia
Background:Tinea cruris is the second most common dermatophytosis in the
world and the most common in Indonesia. The conventional laboratory tests for
dermatophye infection are direct microscopic examination with 10% potassium
hydroxide (KOH) and fungal culture, but these tests are slow and less specific.
Therefore, there is a need of a more rapid and exact diagnostic methods.
Molecular technologies have been found such as polymerase chain reaction (PCR)
which is a very sensitive and specific test and may be used to diagnose various
microorganisms including pathogenic fungi. Polymerase Chain ReactionRestriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) is a PCR method with
the addition of enzyme after amplification, therefore enabling for more specific
results.
Objective: This study aimed to find whether the PCR-RFLP test could yield the
same fungal species result as fungal culture, the gold standard for the diagnosis of
tinea cruris.
Methods: This study is a descriptive one with cross-section design.
Subjects:Thirty-one patients suspected of having tinea cruris from history and
dermatological examination.
Results:The test results of both fungal culture and PCR-RFLP yielded T. rubrum
as the most common species. The PCR-RFLP test yielded T. rubrum as the most
common fungal species. The equation percentage of the test result species
between PCR-RFLP and fungal culture was 50% of 12 subjects whose the test
results were both positive from the fungal culture and PCR-RFLP. The percentage
of the test result with fungal culture the fungal species was found, but in the PCRRFLP test which the fungal species was not found, the percentage was 50% of 12
subjects which the test results were both positive as fungi from the culture and
PCR-RFLP test.
Conclusions: Thespeciesfrom PCR-RFLP examination was the same with the
fungal culture.
Keywords:tinea cruris, culture, PCR-RFLP, fungal species.
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur saya panjatkan kehadirat Allah SWT karena hanya
atas rahmat dan hidayahNya saya dapat menyelesaikan tesis ini yang merupakan
persyaratan untuk memperoleh gelar Magister Kedokteran Klinik konsentrasi
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin.
Dalam menjalani pendidikan magister ini, berbagai pihak telah turut
berperan serta sehingga terlaksana seluruh rangkaian kegiatan pendidikan ini.
Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya sampaikan penghargaan dan terima
kasih yang sebesar-besarnya kepada yang terhormat :
1. dr. Isma Aprita Lubis, Sp.KK, selaku pembimbing utama tesis ini yang
telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh
kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan, koreksi
dan motivasi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr. Kamaliah Muis, SpPKK, selaku pembimbing kedua tesis ini, yang juga
telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh
kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan, koreksi
dan motivasi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. Prof. Dr. dr. Irma D. Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), sebagai Ketua
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan juga sebagai guru besar yang telah
memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan
spesialis dibidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara.
4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K), sebagai Ketua Program Studi
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan sebagai anggota tim penguji yang telah
memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan
spesialis dibidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan yang telah memberikan bimbingan dan
koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
5. Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. DR. Syahril Pasaribu,
SpA(K), DTM&H, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk
dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak pimpin.
6. Bapak Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof. dr.
Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH, yang telah memberikan kesempatan
kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis di
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara.
7. Prof.dr. Mansur A. Nasution, SpKK(K), DR.dr. Imam B. Putra, SpKK dan
dr. Mila Darmi, SpKK sebagai anggota tim penguji, yang telah
memberikan bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
8. Prof. dr. Diana Nasution, SpKK(K), sebagai Ketua Departemen Ilmu
Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara pada saat saya diterima sebagai peserta program pendidikan dokter
spesialis, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk
mengikuti pendidikan spesialis di bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan
Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
9. Guru Besar, Alm. Prof. Dr. dr. Marwali Harahap, SpKK(K) serta seluruh
staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin FK USU,
RSUP. H. Adam Malik Medan dan RSU Dr. Pirngadi Medan yang tidak
dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah membantu dan membimbing
saya selama mengikuti pendidikan ini.
10. Bapak Direktur RSUP. H. Adam Malik Medan dan Direktur RSU Dr.
Pirngadi Medan yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada
saya selama menjalani pendidikan keahlian ini.
11. Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan
Kelamin, baik di RSUP. H. Adam Malik Medan, RSU Dr. Pirngadi
Medan, atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini.
12. Kedua orang tua saya yang tersayang, Prof.dr.H. T.M. Hanafiah, SpOG(K)
dan Hj. Cut Nyak Eliana, yang dengan penuh cinta kasih, keikhlasan, doa,
kesabaran, dan pengorbanan yang luar biasa untuk mengasuh, mendidik,
dan membesarkan saya, dan tidak bosan-bosannya memotivasi saya untuk
terus melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Kiranya hanya
Allah SWT yang dapat membalas segalanya.
13. Anak saya yang tersayang, Aisyah Azzahra, semua jerih payah ini
untukmu anakku sayang.
14. Abang-abang dan adik saya tercinta, Teuku Syahri, ST,MT, Teuku Kemal
Pasha, SE,MBA dan Cut Fitri Julaikha, Psikolog,serta saudara ipar saya
Zairini Apriliana, S.Psi,MM, Febrina Anggita S.Sos dan Eka Gunawan,
BSc. Terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada
saya selama ini.
15. Teman seangkatan saya, dr. Ahmad Fajar, M.Ked(KK), SpKK, dr Rini
ACS, M.Ked(KK), SpKK, dr. Irina Damayanti, dr. Nova Z. Lubis, dr.
Wahyuni W. Suhoyo, terima kasih untuk kerja sama, kebersamaan, waktu
dan kenangan yang tidak akan pernah terlupakan selama menjalani
pendidikan ini.
16. dr. Dina A. Dalimunthe, M.Ked(KK), SpKK, dr. Rudyn R. Panjaitan,
M.Ked(KK), SpKK, dr. Margaret N.O. Sibarani, M.Ked(KK), SpKK, dr.
Olivia Anggrenni, dr. Sufina Nasution, dr. Khairina N., SpKK, dr. Riana
M. Sinaga, SpKK, dr. Herlin Novita Pane, M.Ked(KK), dan dr. Deryne
Anggia, M.Ked(KK), SpKK, yang telah menjadi menjadi teman berbagi
cerita suka dan duka selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian
tesis ini.
17. Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas
Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan
satu persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama
kepada saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini,
saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya.
18. Terima kasih saya ucapkan atas bantuan Laboratorium Terpadu
danLaboratorium Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Universitas
Sumatera Utara.
19. Seluruh keluarga dan handai tolan yang tidak dapat saya sebutkan satu per
satu, baik secara langsung maupun tidak langsung, yang telah banyak
memberikan bantuan, baik moril maupun materil, saya ucapkan terima
kasih yang sebesar-besarnya.
Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan.Oleh
karena itu saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi
kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita
semua
Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, izinkanlah saya untuk
menyampaikan permohonan maaf yang setulus-tulusnya atas segala kesalahan,
kekhilafan dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan
tesis dan selama saya menjalani pendidikan. Semoga segala bantuan, dorongan
dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani pendidikan,
kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT.
Medan, Agustus 2014
Penulis
dr. Cut Putri Hazlianda
DAFTAR ISI
Halaman
ABSTRAK ................................................................................................
i
ABSTRACT ..............................................................................................
ii
KATA PENGANTAR .............................................................................
iii
DAFTAR ISI ............................................................................................ vi
DAFTAR TABEL ................................................................................ ...
viii
DAFTAR GAMBAR ...............................................................................
ix
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................... ......
x
DAFTAR SINGKATAN ........................................................................
xi
BAB I
BAB II
BAB III
PENDAHULUAN .................................................................
1.1 Latar Belakang .............................................................
1.2 Rumusan Masalah ........................................................
1.3 Tujuan Penelitian ..........................................................
1.3.1 Tujuan umum .................................................... ...
1.3.2 Tujuan khusus ......................................................
1.4 Manfaat Penelitian ........................................................
1.4.1 Untuk bidang akademik/ilmiah......................... ...
1.4.2 Untuk pelayanan masyarakat ...............................
1.4.3Untuk pengembangan penelitian ....................... ...
TINJAUAN PUSTAKA .......................................................
2.1 Tinea Kruris ..................................................................
2.1.1 Epidemiologi ............................................................
2.1.2 Etiologi ...............................................................
2.1.3 Patogenesis ..........................................................
2.1.4 Gambaran klinis ..................................................
2.1.5Diagnosis banding ...............................................
2.1.6 Pemeriksaan laboratorium ..................................
2.2 Pemeriksaan Kultur Jamur ............................................
2.3 Pemeriksaan PCR .........................................................
2.4 Kerangka Teori ........................................................
2.5 Kerangka Konsep ..........................................................
METODE PENELITIAN ....................................................
3.1 Desain Penelitian .........................................................
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ......................................
3.2.1 Waktu penelitian ..................................................
3.2.2Tempat penelitian .................................................
3.3 Populasi dan Sampel Penelitian ....................................
3.3.1 Populasi................................................................
3.3.2 Sampel .................................................................
3.4 Besar Sampel ................................................................
3.5 Cara Pengambilan Sampel Penelitian ...........................
3.6 Identifikasi Variabel .....................................................
3.6.1 Variabel bebas .....................................................
1
1
5
5
5
5
6
6
6
6
7
7
7
7
9
12
13
13
14
17
20
21
22
22
22
22
22
22
22
23
23
24
24
24
3.6.2Varibel terikat .......................................................
Kriteria Inklusi dan Eksklusi ........................................
3.7.1 Kriteria inklusi ..................................................
3.7.2 Kriteria eksklusi ................................................
Definisi Operational......................................................
Alat, Bahan dan Cara Kerja ..........................................
3.9.1 Alat dan bahan ..................................................
3.9.2 Cara kerja ..........................................................
Kerangka Operasional ..................................................
Pengolahan dan Analisis Data.......................................
Ethical Clearance .........................................................
24
HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ..................
4.1 Karakteristik Subyek Penelitian ...................................
4.2 Spesies Jamur dari Kultur Jamur dan PCR-RFLP ........
34
3.7
3.8
3.9
3.10
3.11
3.12
BAB 4
BAB 5
24
24
25
25
26
26
27
33
33
33
34
36
KESIMPULAN DAN SARAN ............................................
5.1 Kesimpulan ..................................................................
5.2 Saran ............................................................................
DAFTAR PUSTAKA .............................................................................
43
43
43
45
DAFTAR TABEL
No
Judul
Halaman
4.1 Karakteristik subyek penelitan berdasarkan jenis kelamin...............
34
4.2 Karakteristik subyek penelitian berdasarkan kelompok usia............
35
4.3 Hasil pemeriksaan kerokan kulit dengan kultur jamur dan PCRRFLP.................................................................................................
37
4.4 Distribusi spesies jamur berdasarkan kultur jamur...........................
38
4.5 Distribusi spesies jamur berdasarkan PCR-RFLP............................
38
4.6 Distribusi spesies jamur berdasarkan kultur jamur dan PCR-RFLP.
40
DAFTAR GAMBAR
No
Judul
2.1
2.2
2.3
3.1
Karakteristik dermatofita pada media kultur.....................................
Diagram kerangka teori.....................................................................
Diagram kerangka konsep.................................................................
Diagram kerangka operasional..........................................................
Halaman
15
20
21
33
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran
Judul
1. Naskah Penjelasan kepada Pasien / Orangtua/ Keluarga Pasien
2. Persetujuan Setelah Penjelasan “Informed Consent”
3. Status Sampel Penelitian
4. Persetujuan Komite Etik
5. Data Penelitian
6. Analisis Statistik
7. Foto Hasil Kultur Jamur
8. Daftar Riwayat Hidup
DAFTAR SINGKATAN
CHS-1
dATP
dCTP
dGTP
DNA
dNTPs
dTTP
E. floccosum
H&E
IL
INF
ITS
KOH
MgCl2
M. gypseum
NK
NPV
PAMPs
PAS
PCR
PCR-RFLP
= Chitin Synthase-1
= Deoxyadenin Triphosphates
= Deoxycytein Triphosphates
= Deoxyguanin Triphosphates
= Deoxyribonucleic Acid
= Deoxynucleotide Triphosphates
= Deoxythymin Triphosphates
= Epidermophyton floccosum
= Hematoksilin & Eosin
= Interleukin
= Interferon
= Internal Transcribed Spacer
= Kalium Hidroksida
= Magnesium Klorida
= Microsporum gypseum
= Natural Killer
= Negative Predictive Value
= Pathogen-Associated Mollecular Pattern
= Periodic Acid Schiff
= Polymerase Chain Reaction
= Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment
Length Polymorphism
PPV
= Positive Predictive Value
RFLP
= Restriction Fragment Length Polymorphism
SDA
= Sabouraud’s Dextrose Agar
Tag
= Thermus Aquaticus
TEWL
= Transepidermal Water Loss
T. interdigitale
= Trichophyton interdigitale
TLR
= Toll-like Reseptor
T. mentagrophytes = Trichophyton mentagrophytes
TNF-α
= Tumor Necroting Factors
T. rubrum
= Trichophyton rubrum
T. tonsuran
= Trichophyton tonsuran
T. verrucosum
= Trichophyton verrucosum
T. violaceum
= Trichophyton violaceum
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
TESIS
Oleh
CUT PUTRI HAZLIANDA
NIM : 087105006
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK
KONSENTRASI ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2014
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
TESIS
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister
Kedokteran Klinik dalam Program Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin pada
Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara
Oleh
CUT PUTRI HAZLIANDA
NIM : 087105006
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK
KONSENTRASI ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2014
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul Tesis
:
Studi komperatif antara polymerase chain reaction-restriction
fragment length polymorphism dengan kultur jamur dalam
pemeriksaan spesies jamur pada penderita tinea kruris
Nama
:
Cut Putri Hazlianda
Nomor Induk
:
087105006
Program Studi
:
Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi
:
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Menyetujui :
Pembimbing I
Pembimbing II
(dr. Isma Aprita Lubis, SpKK)
(dr. Kamaliah Muis, SpKK)
Ketua Program Studi
Dekan
(Prof. dr. Chairuddin P. Lubis DTM&H, SpA (K))
(Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH)
Tanggal lulus : 25 Juli 2014
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri,
dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
telah penulis nyatakan dengan benar
Nama
NIM
Tanda tangan :
: Cut Putri Hazlianda
: 087105006
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
Cut Putri Hazlianda, Kamaliah Muis, Isma Aprita Lubis
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara
RSUP Haji Adam Malik Medan-Indonesia
Latar belakang:Tinea kruris merupakan dermatofitosis paling sering kedua di
seluruh dunia dan terbanyak di Indonesia. Pemeriksaan laboratorium konvensional
untuk infeksi dermatofita adalah pemeriksaan mikroskop langsung dengan kalium
hidroksida (KOH) 10% dan kultur jamur, namun pemeriksaan ini lambat dan
kurang spesifik, sehingga diperlukan metode diagnostik yang lebih cepat dan
tepat. Telah ditemukan teknologi molekuler seperti polymerase chain reaction
(PCR) yang merupakan tes sangat sensitif dan spesifik, dan dapat digunakan
untuk diagnosis berbagai mikroorganisme termasuk jamur patogen.Polymerase
Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP)
merupakan metode PCR dengan penambahan enzim setelah amplifikasi sehingga
memungkinkan hasil yang lebih spesifik.
Tujuan:Untuk mengetahui apakah pemeriksaan dengan PCR-RFLP mendapatkan
hasil spesies jamur yang sama dengan kultur jamur sebagai baku emas dalam
menegakkan diagnosis tinea kruris.
Metode: Penelitian ini merupakan suatu penelitian deskriptif dengan pendekatan
potong lintang.
Subyek:Tiga puluh satu pasien yang diduga menderita tinea kruris berdasarkan
anamnesis dan pemeriksaan dermatologi.
Hasil:Hasil pemeriksaan spesies jamur yang terbanyak dari kultur jamur maupun
PCR-RFLP adalah T. rubrum. Pemeriksaan dengan PCR-RFLP didapatkan T.
rubrum merupakan spesies jamur terbanyak.Presentase persamaan spesies hasil
pemeriksaan antara PCR-RFLP dengan kultur jamur adalah 50 % dari 12 subyek
yang positif dijumpai jamur baik dari kultur jamur dan PCR-RFLP. Presentase
hasil pemeriksaan dengan kultur jamur dijumpai spesies jamur sedangkan PCRRFLP tidak dijumpai spesies jamur adalah 50% dari 12 subyek yang positif
dijumpai jamur baik dari kultur jamur dan PCR-RFLP.
Kesimpulan: spesies hasil pemeriksaan PCR-RFLP sama dengan kultur jamur.
Kata kunci:tinea kruris, kultur, PCR-RFLP, spesies jamur.
A COMPARATIVE STUDY OF POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISMAND FUNGAL CULTURE FOR THE
EVALUATION OF FUNGAL SPECIES IN PATIENTS WITH TINEA CRURIS
Cut Putri Hazlianda, Kamaliah Muis,Isma Aprita Lubis
Departementof Dermatovenereology
Faculty of Medicine, Universityof Sumatera Utara
Haji Adam Malik Hospital Medan-Indonesia
Background:Tinea cruris is the second most common dermatophytosis in the
world and the most common in Indonesia. The conventional laboratory tests for
dermatophye infection are direct microscopic examination with 10% potassium
hydroxide (KOH) and fungal culture, but these tests are slow and less specific.
Therefore, there is a need of a more rapid and exact diagnostic methods.
Molecular technologies have been found such as polymerase chain reaction (PCR)
which is a very sensitive and specific test and may be used to diagnose various
microorganisms including pathogenic fungi. Polymerase Chain ReactionRestriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) is a PCR method with
the addition of enzyme after amplification, therefore enabling for more specific
results.
Objective: This study aimed to find whether the PCR-RFLP test could yield the
same fungal species result as fungal culture, the gold standard for the diagnosis of
tinea cruris.
Methods: This study is a descriptive one with cross-section design.
Subjects:Thirty-one patients suspected of having tinea cruris from history and
dermatological examination.
Results:The test results of both fungal culture and PCR-RFLP yielded T. rubrum
as the most common species. The PCR-RFLP test yielded T. rubrum as the most
common fungal species. The equation percentage of the test result species
between PCR-RFLP and fungal culture was 50% of 12 subjects whose the test
results were both positive from the fungal culture and PCR-RFLP. The percentage
of the test result with fungal culture the fungal species was found, but in the PCRRFLP test which the fungal species was not found, the percentage was 50% of 12
subjects which the test results were both positive as fungi from the culture and
PCR-RFLP test.
Conclusions: Thespeciesfrom PCR-RFLP examination was the same with the
fungal culture.
Keywords:tinea cruris, culture, PCR-RFLP, fungal species.
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur saya panjatkan kehadirat Allah SWT karena hanya
atas rahmat dan hidayahNya saya dapat menyelesaikan tesis ini yang merupakan
persyaratan untuk memperoleh gelar Magister Kedokteran Klinik konsentrasi
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin.
Dalam menjalani pendidikan magister ini, berbagai pihak telah turut
berperan serta sehingga terlaksana seluruh rangkaian kegiatan pendidikan ini.
Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya sampaikan penghargaan dan terima
kasih yang sebesar-besarnya kepada yang terhormat :
1. dr. Isma Aprita Lubis, Sp.KK, selaku pembimbing utama tesis ini yang
telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh
kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan, koreksi
dan motivasi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr. Kamaliah Muis, SpPKK, selaku pembimbing kedua tesis ini, yang juga
telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh
kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan, koreksi
dan motivasi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. Prof. Dr. dr. Irma D. Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), sebagai Ketua
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan juga sebagai guru besar yang telah
memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan
spesialis dibidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara.
4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K), sebagai Ketua Program Studi
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan sebagai anggota tim penguji yang telah
memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan
spesialis dibidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan yang telah memberikan bimbingan dan
koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
5. Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. DR. Syahril Pasaribu,
SpA(K), DTM&H, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk
dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak pimpin.
6. Bapak Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof. dr.
Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH, yang telah memberikan kesempatan
kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis di
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara.
7. Prof.dr. Mansur A. Nasution, SpKK(K), DR.dr. Imam B. Putra, SpKK dan
dr. Mila Darmi, SpKK sebagai anggota tim penguji, yang telah
memberikan bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
8. Prof. dr. Diana Nasution, SpKK(K), sebagai Ketua Departemen Ilmu
Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara pada saat saya diterima sebagai peserta program pendidikan dokter
spesialis, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk
mengikuti pendidikan spesialis di bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan
Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
9. Guru Besar, Alm. Prof. Dr. dr. Marwali Harahap, SpKK(K) serta seluruh
staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin FK USU,
RSUP. H. Adam Malik Medan dan RSU Dr. Pirngadi Medan yang tidak
dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah membantu dan membimbing
saya selama mengikuti pendidikan ini.
10. Bapak Direktur RSUP. H. Adam Malik Medan dan Direktur RSU Dr.
Pirngadi Medan yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada
saya selama menjalani pendidikan keahlian ini.
11. Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan
Kelamin, baik di RSUP. H. Adam Malik Medan, RSU Dr. Pirngadi
Medan, atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini.
12. Kedua orang tua saya yang tersayang, Prof.dr.H. T.M. Hanafiah, SpOG(K)
dan Hj. Cut Nyak Eliana, yang dengan penuh cinta kasih, keikhlasan, doa,
kesabaran, dan pengorbanan yang luar biasa untuk mengasuh, mendidik,
dan membesarkan saya, dan tidak bosan-bosannya memotivasi saya untuk
terus melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Kiranya hanya
Allah SWT yang dapat membalas segalanya.
13. Anak saya yang tersayang, Aisyah Azzahra, semua jerih payah ini
untukmu anakku sayang.
14. Abang-abang dan adik saya tercinta, Teuku Syahri, ST,MT, Teuku Kemal
Pasha, SE,MBA dan Cut Fitri Julaikha, Psikolog,serta saudara ipar saya
Zairini Apriliana, S.Psi,MM, Febrina Anggita S.Sos dan Eka Gunawan,
BSc. Terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada
saya selama ini.
15. Teman seangkatan saya, dr. Ahmad Fajar, M.Ked(KK), SpKK, dr Rini
ACS, M.Ked(KK), SpKK, dr. Irina Damayanti, dr. Nova Z. Lubis, dr.
Wahyuni W. Suhoyo, terima kasih untuk kerja sama, kebersamaan, waktu
dan kenangan yang tidak akan pernah terlupakan selama menjalani
pendidikan ini.
16. dr. Dina A. Dalimunthe, M.Ked(KK), SpKK, dr. Rudyn R. Panjaitan,
M.Ked(KK), SpKK, dr. Margaret N.O. Sibarani, M.Ked(KK), SpKK, dr.
Olivia Anggrenni, dr. Sufina Nasution, dr. Khairina N., SpKK, dr. Riana
M. Sinaga, SpKK, dr. Herlin Novita Pane, M.Ked(KK), dan dr. Deryne
Anggia, M.Ked(KK), SpKK, yang telah menjadi menjadi teman berbagi
cerita suka dan duka selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian
tesis ini.
17. Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas
Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan
satu persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama
kepada saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini,
saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya.
18. Terima kasih saya ucapkan atas bantuan Laboratorium Terpadu
danLaboratorium Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Universitas
Sumatera Utara.
19. Seluruh keluarga dan handai tolan yang tidak dapat saya sebutkan satu per
satu, baik secara langsung maupun tidak langsung, yang telah banyak
memberikan bantuan, baik moril maupun materil, saya ucapkan terima
kasih yang sebesar-besarnya.
Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan.Oleh
karena itu saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi
kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita
semua
Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, izinkanlah saya untuk
menyampaikan permohonan maaf yang setulus-tulusnya atas segala kesalahan,
kekhilafan dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan
tesis dan selama saya menjalani pendidikan. Semoga segala bantuan, dorongan
dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani pendidikan,
kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT.
Medan, Agustus 2014
Penulis
dr. Cut Putri Hazlianda
DAFTAR ISI
Halaman
ABSTRAK ................................................................................................
i
ABSTRACT ..............................................................................................
ii
KATA PENGANTAR .............................................................................
iii
DAFTAR ISI ............................................................................................ vi
DAFTAR TABEL ................................................................................ ...
viii
DAFTAR GAMBAR ...............................................................................
ix
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................... ......
x
DAFTAR SINGKATAN ........................................................................
xi
BAB I
BAB II
BAB III
PENDAHULUAN .................................................................
1.1 Latar Belakang .............................................................
1.2 Rumusan Masalah ........................................................
1.3 Tujuan Penelitian ..........................................................
1.3.1 Tujuan umum .................................................... ...
1.3.2 Tujuan khusus ......................................................
1.4 Manfaat Penelitian ........................................................
1.4.1 Untuk bidang akademik/ilmiah......................... ...
1.4.2 Untuk pelayanan masyarakat ...............................
1.4.3Untuk pengembangan penelitian ....................... ...
TINJAUAN PUSTAKA .......................................................
2.1 Tinea Kruris ..................................................................
2.1.1 Epidemiologi ............................................................
2.1.2 Etiologi ...............................................................
2.1.3 Patogenesis ..........................................................
2.1.4 Gambaran klinis ..................................................
2.1.5Diagnosis banding ...............................................
2.1.6 Pemeriksaan laboratorium ..................................
2.2 Pemeriksaan Kultur Jamur ............................................
2.3 Pemeriksaan PCR .........................................................
2.4 Kerangka Teori ........................................................
2.5 Kerangka Konsep ..........................................................
METODE PENELITIAN ....................................................
3.1 Desain Penelitian .........................................................
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ......................................
3.2.1 Waktu penelitian ..................................................
3.2.2Tempat penelitian .................................................
3.3 Populasi dan Sampel Penelitian ....................................
3.3.1 Populasi................................................................
3.3.2 Sampel .................................................................
3.4 Besar Sampel ................................................................
3.5 Cara Pengambilan Sampel Penelitian ...........................
3.6 Identifikasi Variabel .....................................................
3.6.1 Variabel bebas .....................................................
1
1
5
5
5
5
6
6
6
6
7
7
7
7
9
12
13
13
14
17
20
21
22
22
22
22
22
22
22
23
23
24
24
24
3.6.2Varibel terikat .......................................................
Kriteria Inklusi dan Eksklusi ........................................
3.7.1 Kriteria inklusi ..................................................
3.7.2 Kriteria eksklusi ................................................
Definisi Operational......................................................
Alat, Bahan dan Cara Kerja ..........................................
3.9.1 Alat dan bahan ..................................................
3.9.2 Cara kerja ..........................................................
Kerangka Operasional ..................................................
Pengolahan dan Analisis Data.......................................
Ethical Clearance .........................................................
24
HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ..................
4.1 Karakteristik Subyek Penelitian ...................................
4.2 Spesies Jamur dari Kultur Jamur dan PCR-RFLP ........
34
3.7
3.8
3.9
3.10
3.11
3.12
BAB 4
BAB 5
24
24
25
25
26
26
27
33
33
33
34
36
KESIMPULAN DAN SARAN ............................................
5.1 Kesimpulan ..................................................................
5.2 Saran ............................................................................
DAFTAR PUSTAKA .............................................................................
43
43
43
45
DAFTAR TABEL
No
Judul
Halaman
4.1 Karakteristik subyek penelitan berdasarkan jenis kelamin...............
34
4.2 Karakteristik subyek penelitian berdasarkan kelompok usia............
35
4.3 Hasil pemeriksaan kerokan kulit dengan kultur jamur dan PCRRFLP.................................................................................................
37
4.4 Distribusi spesies jamur berdasarkan kultur jamur...........................
38
4.5 Distribusi spesies jamur berdasarkan PCR-RFLP............................
38
4.6 Distribusi spesies jamur berdasarkan kultur jamur dan PCR-RFLP.
40
DAFTAR GAMBAR
No
Judul
2.1
2.2
2.3
3.1
Karakteristik dermatofita pada media kultur.....................................
Diagram kerangka teori.....................................................................
Diagram kerangka konsep.................................................................
Diagram kerangka operasional..........................................................
Halaman
15
20
21
33
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran
Judul
1. Naskah Penjelasan kepada Pasien / Orangtua/ Keluarga Pasien
2. Persetujuan Setelah Penjelasan “Informed Consent”
3. Status Sampel Penelitian
4. Persetujuan Komite Etik
5. Data Penelitian
6. Analisis Statistik
7. Foto Hasil Kultur Jamur
8. Daftar Riwayat Hidup
DAFTAR SINGKATAN
CHS-1
dATP
dCTP
dGTP
DNA
dNTPs
dTTP
E. floccosum
H&E
IL
INF
ITS
KOH
MgCl2
M. gypseum
NK
NPV
PAMPs
PAS
PCR
PCR-RFLP
= Chitin Synthase-1
= Deoxyadenin Triphosphates
= Deoxycytein Triphosphates
= Deoxyguanin Triphosphates
= Deoxyribonucleic Acid
= Deoxynucleotide Triphosphates
= Deoxythymin Triphosphates
= Epidermophyton floccosum
= Hematoksilin & Eosin
= Interleukin
= Interferon
= Internal Transcribed Spacer
= Kalium Hidroksida
= Magnesium Klorida
= Microsporum gypseum
= Natural Killer
= Negative Predictive Value
= Pathogen-Associated Mollecular Pattern
= Periodic Acid Schiff
= Polymerase Chain Reaction
= Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment
Length Polymorphism
PPV
= Positive Predictive Value
RFLP
= Restriction Fragment Length Polymorphism
SDA
= Sabouraud’s Dextrose Agar
Tag
= Thermus Aquaticus
TEWL
= Transepidermal Water Loss
T. interdigitale
= Trichophyton interdigitale
TLR
= Toll-like Reseptor
T. mentagrophytes = Trichophyton mentagrophytes
TNF-α
= Tumor Necroting Factors
T. rubrum
= Trichophyton rubrum
T. tonsuran
= Trichophyton tonsuran
T. verrucosum
= Trichophyton verrucosum
T. violaceum
= Trichophyton violaceum