Analisis Keragaman Genetik Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium Dc.) Sumatera Utara Menggunakan Marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
59
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok
a. CTAB 5 %
Larutan dibuat dengan melarutkan :
- NaCl : 2.0 g
- CTAB : 5.0 G
- Aquades : 100 ml
b. Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 12.114 g
- HCl p.a. : 4.2 ml
- Aquades : 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia di dalam gelas beaker
yang diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik di atas hot
plate
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
c. Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 6.057 g
- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml
- Pengaturan Ph dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingga Ph 7.4
- Volume ditepatkan hingga 50 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
d. EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml)
Universitas Sumatera Utara
60
Bahan yang digunakan adalah :
- NaEDTA : 18.612 g
- NaOH : 2.0 g
- Aquades : 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampur bahan kimia dalam gelas beaker dan
diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga ph 8.0.
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
e. NaCl 5 M pH 7.7 (l00 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- NaCl : 29.22 g
- Aquades ditambahkan hingga larutan mendekati 100 ml dan diaduk dengan
menggunakan batang pengaduk magnetik hingga larut
- Pengaturan PH dilakukan dengan menambahkan NaOH hingga pH 7.7
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterililasasi dengan autoclave
f. Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- CTAB 2 % : 40 ml CTAB 5 %
- NaCl 1,26 M : 25.1 ml NaCl 5 M
- EDTA 20 mM : 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0
- Tris HCl pH 8.0 100 mM : 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0
- Aquades steril : 20.8 ml
Universitas Sumatera Utara
61
g. Buffer TAE 50 X (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 24.2 ml
- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml
- EDTA 0.5 M PH 8.0 : 10 ml
- Aquades ditambahkan hingga olume larutan 100 ml
h. Buffer TAE 1X (500 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Buffer TAE 50 X : 10 ml
- Aquades : 490 ml
i. Buffer TE (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris HCl 1 M PH 8.0 : 0.5 ml
- EDTA 0.5 M PH 8.0 : 0.1 ml
- Aquades : 49..4 ml
- Dimasukkan ke dalam gelas beaker dan diaduk hingga merata
j. Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Kloroform : 48 ml
- Isoamilalkohol : 2 ml
- Dicampur merata
k. Etanol 70 % (100 ml)
- Etanol : 70 ml
- Aquades : 30 ml
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
70
Lampiran 7. Hasil skoring 3 primer pada 30 sampel aksesi andaliman
Tabel 7. Hasil skoring dengan primer OPH-06
Skoring OPH-06
Aksesi 1
2
3
4
5
6
7
8
D1
0
0
0
0
0
1
1
0
D2
0
0
0
0
0
1
0
1
D3
0
0
0
0
0
1
0
0
D4
0
1
0
0
1
0
0
1
D5
0
0
0
0
0
1
0
0
D6
0
0
0
0
0
0
0
1
D7
0
0
0
0
1
0
0
0
D8
0
0
0
0
0
1
0
0
D9
0
0
0
0
0
0
0
1
D10
0
0
0
1
1
0
0
0
D11
0
0
0
0
0
1
1
1
D12
0
0
1
1
1
0
0
1
K1
0
0
0
0
0
1
0
0
K2
0
0
0
0
0
1
0
0
K3
0
0
0
1
1
0
0
1
S1
0
0
0
1
0
1
0
0
S2
0
1
0
0
0
1
0
1
S3
0
0
0
0
0
1
0
0
S4
1
1
0
1
1
0
1
1
S5
0
0
0
1
1
0
0
1
S6
0
1
0
1
1
0
0
1
S7
0
0
0
1
1
0
0
1
S8
0
0
0
1
1
0
0
0
S9
0
0
0
1
0
1
0
0
D13
0
1
0
0
0
0
0
0
D14
0
1
0
0
0
0
0
0
D15
0
0
1
1
1
0
0
1
D16
1
0
1
1
1
0
0
1
D17
1
1
1
1
1
0
0
1
D18
0
0
1
1
1
0
0
1
9
0
1
0
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
10
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
12
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
13
1
1
1
1
1
0
1
1
0
0
1
0
1
1
0
1
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
14
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
71
Tabel 8. Hasil skoring dengan primer OPN-03
Skoring OPH-06
Aksesi
1
2
3
4
D1
1
1
1
1
D2
1
1
0
1
D3
0
1
0
1
D4
1
1
0
1
D5
1
1
0
1
D6
D7
1
1
1
1
D8
0
1
1
1
D9
1
1
0
1
D10
0
1
1
1
D11
0
1
0
1
D12
1
1
1
1
K1
1
1
0
1
K2
1
1
0
1
K3
0
1
1
1
S1
0
1
1
0
S2
0
1
0
1
S3
1
1
0
1
S4
1
1
0
1
S5
1
1
0
1
S6
0
1
0
1
S7
1
1
0
1
S8
0
1
0
0
S9
0
1
0
0
D13
0
1
0
0
D14
1
1
0
1
D15
1
1
0
1
D16
0
1
0
0
D17
1
1
0
1
D18
1
1
1
1
5
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
0
6
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
1
1
0
0
0
7
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
72
Tabel 9. Hasil skoring dengan primer OPC-12
Skoring OPH-06
Aksesi
1
2
3
4
5
6
D1
0
0
0
0
1
0
D2
0
0
0
0
0
0
D3
1
0
1
0
0
0
D4
0
0
0
0
1
1
D5
0
0
0
0
0
0
D6
D7
0
0
0
0
1
1
D8
0
0
0
0
0
0
D9
0
0
1
1
0
1
D10
1
0
1
0
0
0
D11
0
0
0
0
1
0
D12
0
0
0
1
1
1
K1
1
0
0
1
0
0
K2
0
0
0
1
1
1
K3
0
0
0
0
0
0
S1
1
0
0
1
0
0
S2
0
0
0
0
0
0
S3
1
1
1
0
0
0
S4
1
1
0
1
1
0
S5
0
1
0
1
0
1
S6
0
1
0
1
0
0
S7
0
0
1
1
1
0
S8
1
1
0
1
0
1
S9
0
1
0
1
0
0
D13
0
1
0
0
1
0
D14
0
0
0
1
1
1
D15
0
0
0
1
1
1
D16
0
1
1
1
0
0
D17
0
1
1
1
0
0
D18
0
1
0
1
0
0
7
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
1
0
8
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
0
9
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
10
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
0
11
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
Universitas Sumatera Utara
73
Lampiran 8. Ukuran pola pita 3 primer (base pairs)
Tabel 10. Ukuran pola pita dengan primer OPH-06
Primer OPH-06
Aksesi
1
2
3
D1
1044
927
486
D2
1029
731
173
D3
1338
375
180
D4
2397
1156
892
D5
1007
187
D6
899
D7
1182
863
752
D8
1007
180
D9
856
D10
1375
1173
835
D11
1097
1014
759
D12
1338
1191
985
K1
1051
180
K2
1014
194
62
K3
1338
1173
842
S1
1038
797
518
S2
2387
1088
789
S3
1038
161
S4
2768
2072
1358
S5
1327
1070
700
S6
2000
1344
1130
S7
1427
1232
828
S8
1964
1399
1209
S9
1427
1028
220
D13
2000
1327
1146
D14
2000
1327
1146
D15
2109
1455
1244
D16
2425
2072
1358
D17
2443
2072
1372
D18
2072
1372
1209
4
173
5
759
201
649
465
381
856
201
397
80
132
1163
936
878
707
634
205
700
707
851
1197
1186
843
835
963
6
180
820
828
Universitas Sumatera Utara
74
Tabel 11. Ukuran pola pita dengan primer OPN-03
Primer OPN-03
Aksesi
1
2
3
D1
1682
1374
945
D2
1646
1349
930
D3
1387
961
795
D4
1612
1374
938
D5
1727
1364
930
D6
D7
1579
1337
1055
D8
1337
1055
930
D9
1693
1364
930
D10
1313
1039
900
D11
1279
892
D12
1762
1442
953
K1
1658
1352
907
K2
1693
1316
907
K3
1236
885
664
S1
1236
885
S2
1215
847
88
S3
1642
1304
907
S4
1874
1547
1000
S5
1727
1389
945
S6
1697
1042
S7
1927
1596
1053
S8
1697
S9
1324
817
622
D13
1697
D14
1658
1316
907
D15
1658
1282
877
D16
1697
D17
1802
1531
1000
D18
1838
1563
1180
4
5
780
635
795
790
922
592
636
-
790
636
649
801
649
827
602
622
595
801
1021
Universitas Sumatera Utara
75
Tabel 12. Ukuran pola pita dengan primer OPC-12
Primer OPC-12
Aksesi
1
2
3
D1
1000
535
D2
573
D3
2167
1709
683
D4
1000
801
647
D5
676
D6
D7
1044
821
676
D8
647
245
D9
1465
1121
800
D10
2038
1669
661
D11
1165
647
D12
1465
1157
816
K1
2019
1592
325
K2
1465
1121
808
K3
647
215
S1
2000
1594
393
S2
676
235
S3
2000
1836
1610
S4
1957
626
333
S5
1936
1517
626
S6
1894
1482
647
S7
1711
1127
990
S8
2069
1887
1599
S9
1915
1430
D13
1805
1162
657
D14
1482
1098
824
D15
1500
1145
849
D16
1945
1818
1530
D17
1926
1818
1515
D18
1908
1546
196
4
5
349
235
158
245
-
562
325
126
562
119
723
543
6
-
257
196
227
103
341
79
677
708
409
212
219
416
219
257
424
697
Universitas Sumatera Utara
76
Lampiran 9. Faktorial Koordinat
Tabel 13. Faktorial analisis (PCoA)
Unit
Axis 1
Axis 2
Axis 3
Axis 4
Axis 5
0.3362123519
-0.1305688590
4,39E+12
-8,68E+12
7,29E+12
2
0.1376503239
-0.2476267890
5,44E+12
0.11455087683
-8,15E+12
3
0.3094111475
3,68E+12
0.0499282621
4,84E+12
-0.2767422756
4
1,34E+12
-0.1624651948
7,65E+12
-0.1231940998
0.16071306514
5
0.2928508247
-0.1054665933
0.18412326308
3,52E+12
-6,83E+12
6
-0.390176303
-0.5144853177
-0.3109243722
0.26306133570
-8,42E+12
7
0.1729956058
1,39E+12
-1,83E+12
-0.1497824058
0.26011731622
8
0.3791159890
1,27E+12
-0.2162080816
-5,07E+12
-1,85E+12
9
-0.1745307504
-0.0412006091
4,39E+12
0.27672861312
0.1756200635
10
-8,51E+11
0.17499525077
0.0130353951
-0.1337375851
-0.2053155776
11
0.2274215139
-0.2602977069
-0.1112231568
-2,11E+12
-8,29E+11
12
-0.1881556113
-4,91E+12
0.20925998566
-2,60E+12
0.0530938622
13
0.2052205518
9,10E+12
0.26749800308
0.26062503593
-0.118867272
14
0.2124011668
5,99E+12
1,34E+12
7,24E+12
0.3043983650
15
-0.121951297
-5,95E+12
-0.2821977702
-0.1263379894
-0.008886190
16
0.2012546238
0.31405871883
-0.2833060605
0.22314092044
3,86E+12
17
0.2001142204
-0.1682954850
-0.24927636111
-1,37E+12
-4,42E+10
18
0.2506373298
0.15056332359
-8,02E+12
0.13171574945
-4,59E+12
19
-0.1715223531
-5,95E+12
0.10271401396
-0.1842159893
-0.2179552990
20
-0.2093617015
3,74E+12
0.18754125928
-0.0138428272
-4,75E+12
21
-0.2489936210
0.0121411141
-0.0822318730
-0.1751939599
-7,44E+12
22
-0.1694453088
-6,95E+12
0.13151633729
-6,62E+11
-1,60E+12
23
-4,52E+12
0.3354453626
-0.1380148540
-6,88E+12
0.11688422528
24
-7,31E+12
0.2385018962
0.10668303244
9,43E+12
-0.1851104724
25
2,52E+12
-4,53E+12
-3,09E+12
-0.4361263862
-4,60E+11
26
-2,60E+12
-1,67E+12
0.41735422710
-1,71E+12
0.1015126659
27
-0.2670617508
-3,48E+12
0.16419594473
7,70E+12
0.1989369700
28
-0.3831983699
0.2788171137
-0.2309758512
5,10E+12
2,57E+12
29
-0.2138660232
0.1131548140
-5,18E+12
-6,25E+12
1,42E+12
30
-0.2728099388
9,55E+12
1,98E+12
4,77E+12
-5,62E+12
Tabel 14. Nilai Factorial coordinates
Axis
Eigenvalue
1
0.05046
2
0.03108
3
0.03027
4
0.02231
5
0.01793
Inertia%
19.74
12.16
11.84
8.73
7.01
Universitas Sumatera Utara
77
Lampiran 10. Data .ARB
@DARwin 5.0 – ARB
30
30
57
1
34
0.135853159412245
2
32
0.04179416759316
3
37
0.18044076209408
4
41
0.103910907085965
5
32
0.069316943517951
6
39
0.487550446813494
7
41
0.181803378628321
8
36
0.147607581802304
9
39
0.179116219853173
10
37
0.183195601542284
11
34
0.127304735324597
12
33
0.041392997144877
13
35
0.137232188299194
14
43
0.160170985227662
15
58
0.208754401617218
16
38
0.240719889516776
17
36
0.14651006525652
18
45
0.234583121751093
19
53
0.184660209857784
20
52
0.10917441173434
21
47
0.119815903464756
22
40
0.076524907034596
23
38
0.175946777149891
24
46
0.294320423455378
25
47
0.308755525106673
26
35
0.162767811700806
27
33
0.078607002855123
28
31
0.155391879008313
29
31
0.029793306176872
30
54
0.15399429156064
31
54
0.101897964331616
32
44
0.121268548502836
33
40
0.049093822062394
34
42
0.059672492516435
35
49
0.104074017193083
36
42
0.046074411508333
37
49
0.087917324798259
38
46
0.048724689326577
39
55
0.081153839596115
40
52
0.030983132940927
Universitas Sumatera Utara
78
41
48
0.062400409704204
42
43
0.028702979429972
43
44
0.010186148388343
44
45
0.014504466639912
45
48
0.02799877891438
46
51
0.060999676104283
47
53
0.042701673110506
48
50
0.033874308308847
49
50
0.01891178084266
50
51
0.024861844444029
51
57
0.051828643439484
52
55
0.055245978609983
53
57
0.033176890690831
54
56
0.028485431638959
55
56
56
58
0.028135972582022
57
58
0.001328153921008
1,07E+10
Tree_Parameters
Bootstraps
1000
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
26
54
44
40
42
49
42
49
46
55
52
48
43
44
45
48
51
53
50
50
51
57
55
57
63
68
54
37
37
28
34
24
28
34
29
6
3
3
1
10
28
1
6
0
0
10
10
Universitas Sumatera Utara
79
54
56
57
56
58
58
10
1
0
End_Bootstraps
Colors
30
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
16711935
3315455
3315455
13153535
9869055
13120200
13120200
16711935
13107350
65535
9868950
14474460
16711680
13137920
16762880
16777120
25600
38400
51200
65280
16776960
16766720
16766720
11184640
10380
25800
255
220
3289800
3302655
End_Colors
Settings
0
0
1
1
0
0
0
0
1
0
End_Settings
End_Parameters
Tree construction: UnWeighted Neighbor-Joining
Tree constructed from: new_30andaliman_kodearea_H6_N3_C12.dis
Universitas Sumatera Utara
80
30 selected units on 30
Bootstrap analysis: 1000
Average 'edge' distance between bootstrapped trees: 0.8057
5-percentile: 0.6667
95-percentile: 0.9259
---------------------------Dissimilarity calculated from data file:
new_30andaliman_kodearea_H6_N3_C12.var (type:'single')
User selection Units: 30/30 and Variables: 32/32
Dissimilarity index: Presence / Absence - Dice
Missing data options:
Integer code for missing data = 999
Pairwise variable deletion - Remove variables with missing data for the current
unit pair (70 % of valid data required for each unit pair)
1000 bootstraps
---------------------------Imported Single data...
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok
a. CTAB 5 %
Larutan dibuat dengan melarutkan :
- NaCl : 2.0 g
- CTAB : 5.0 G
- Aquades : 100 ml
b. Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 12.114 g
- HCl p.a. : 4.2 ml
- Aquades : 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia di dalam gelas beaker
yang diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik di atas hot
plate
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
c. Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 6.057 g
- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml
- Pengaturan Ph dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingga Ph 7.4
- Volume ditepatkan hingga 50 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
d. EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml)
Universitas Sumatera Utara
60
Bahan yang digunakan adalah :
- NaEDTA : 18.612 g
- NaOH : 2.0 g
- Aquades : 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampur bahan kimia dalam gelas beaker dan
diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga ph 8.0.
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
e. NaCl 5 M pH 7.7 (l00 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- NaCl : 29.22 g
- Aquades ditambahkan hingga larutan mendekati 100 ml dan diaduk dengan
menggunakan batang pengaduk magnetik hingga larut
- Pengaturan PH dilakukan dengan menambahkan NaOH hingga pH 7.7
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterililasasi dengan autoclave
f. Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- CTAB 2 % : 40 ml CTAB 5 %
- NaCl 1,26 M : 25.1 ml NaCl 5 M
- EDTA 20 mM : 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0
- Tris HCl pH 8.0 100 mM : 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0
- Aquades steril : 20.8 ml
Universitas Sumatera Utara
61
g. Buffer TAE 50 X (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 24.2 ml
- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml
- EDTA 0.5 M PH 8.0 : 10 ml
- Aquades ditambahkan hingga olume larutan 100 ml
h. Buffer TAE 1X (500 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Buffer TAE 50 X : 10 ml
- Aquades : 490 ml
i. Buffer TE (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris HCl 1 M PH 8.0 : 0.5 ml
- EDTA 0.5 M PH 8.0 : 0.1 ml
- Aquades : 49..4 ml
- Dimasukkan ke dalam gelas beaker dan diaduk hingga merata
j. Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Kloroform : 48 ml
- Isoamilalkohol : 2 ml
- Dicampur merata
k. Etanol 70 % (100 ml)
- Etanol : 70 ml
- Aquades : 30 ml
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
Universitas Sumatera Utara
70
Lampiran 7. Hasil skoring 3 primer pada 30 sampel aksesi andaliman
Tabel 7. Hasil skoring dengan primer OPH-06
Skoring OPH-06
Aksesi 1
2
3
4
5
6
7
8
D1
0
0
0
0
0
1
1
0
D2
0
0
0
0
0
1
0
1
D3
0
0
0
0
0
1
0
0
D4
0
1
0
0
1
0
0
1
D5
0
0
0
0
0
1
0
0
D6
0
0
0
0
0
0
0
1
D7
0
0
0
0
1
0
0
0
D8
0
0
0
0
0
1
0
0
D9
0
0
0
0
0
0
0
1
D10
0
0
0
1
1
0
0
0
D11
0
0
0
0
0
1
1
1
D12
0
0
1
1
1
0
0
1
K1
0
0
0
0
0
1
0
0
K2
0
0
0
0
0
1
0
0
K3
0
0
0
1
1
0
0
1
S1
0
0
0
1
0
1
0
0
S2
0
1
0
0
0
1
0
1
S3
0
0
0
0
0
1
0
0
S4
1
1
0
1
1
0
1
1
S5
0
0
0
1
1
0
0
1
S6
0
1
0
1
1
0
0
1
S7
0
0
0
1
1
0
0
1
S8
0
0
0
1
1
0
0
0
S9
0
0
0
1
0
1
0
0
D13
0
1
0
0
0
0
0
0
D14
0
1
0
0
0
0
0
0
D15
0
0
1
1
1
0
0
1
D16
1
0
1
1
1
0
0
1
D17
1
1
1
1
1
0
0
1
D18
0
0
1
1
1
0
0
1
9
0
1
0
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
10
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
12
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
13
1
1
1
1
1
0
1
1
0
0
1
0
1
1
0
1
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
14
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
71
Tabel 8. Hasil skoring dengan primer OPN-03
Skoring OPH-06
Aksesi
1
2
3
4
D1
1
1
1
1
D2
1
1
0
1
D3
0
1
0
1
D4
1
1
0
1
D5
1
1
0
1
D6
D7
1
1
1
1
D8
0
1
1
1
D9
1
1
0
1
D10
0
1
1
1
D11
0
1
0
1
D12
1
1
1
1
K1
1
1
0
1
K2
1
1
0
1
K3
0
1
1
1
S1
0
1
1
0
S2
0
1
0
1
S3
1
1
0
1
S4
1
1
0
1
S5
1
1
0
1
S6
0
1
0
1
S7
1
1
0
1
S8
0
1
0
0
S9
0
1
0
0
D13
0
1
0
0
D14
1
1
0
1
D15
1
1
0
1
D16
0
1
0
0
D17
1
1
0
1
D18
1
1
1
1
5
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
0
6
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
1
1
0
0
0
7
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
72
Tabel 9. Hasil skoring dengan primer OPC-12
Skoring OPH-06
Aksesi
1
2
3
4
5
6
D1
0
0
0
0
1
0
D2
0
0
0
0
0
0
D3
1
0
1
0
0
0
D4
0
0
0
0
1
1
D5
0
0
0
0
0
0
D6
D7
0
0
0
0
1
1
D8
0
0
0
0
0
0
D9
0
0
1
1
0
1
D10
1
0
1
0
0
0
D11
0
0
0
0
1
0
D12
0
0
0
1
1
1
K1
1
0
0
1
0
0
K2
0
0
0
1
1
1
K3
0
0
0
0
0
0
S1
1
0
0
1
0
0
S2
0
0
0
0
0
0
S3
1
1
1
0
0
0
S4
1
1
0
1
1
0
S5
0
1
0
1
0
1
S6
0
1
0
1
0
0
S7
0
0
1
1
1
0
S8
1
1
0
1
0
1
S9
0
1
0
1
0
0
D13
0
1
0
0
1
0
D14
0
0
0
1
1
1
D15
0
0
0
1
1
1
D16
0
1
1
1
0
0
D17
0
1
1
1
0
0
D18
0
1
0
1
0
0
7
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
1
0
8
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
0
9
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
10
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
0
11
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
Universitas Sumatera Utara
73
Lampiran 8. Ukuran pola pita 3 primer (base pairs)
Tabel 10. Ukuran pola pita dengan primer OPH-06
Primer OPH-06
Aksesi
1
2
3
D1
1044
927
486
D2
1029
731
173
D3
1338
375
180
D4
2397
1156
892
D5
1007
187
D6
899
D7
1182
863
752
D8
1007
180
D9
856
D10
1375
1173
835
D11
1097
1014
759
D12
1338
1191
985
K1
1051
180
K2
1014
194
62
K3
1338
1173
842
S1
1038
797
518
S2
2387
1088
789
S3
1038
161
S4
2768
2072
1358
S5
1327
1070
700
S6
2000
1344
1130
S7
1427
1232
828
S8
1964
1399
1209
S9
1427
1028
220
D13
2000
1327
1146
D14
2000
1327
1146
D15
2109
1455
1244
D16
2425
2072
1358
D17
2443
2072
1372
D18
2072
1372
1209
4
173
5
759
201
649
465
381
856
201
397
80
132
1163
936
878
707
634
205
700
707
851
1197
1186
843
835
963
6
180
820
828
Universitas Sumatera Utara
74
Tabel 11. Ukuran pola pita dengan primer OPN-03
Primer OPN-03
Aksesi
1
2
3
D1
1682
1374
945
D2
1646
1349
930
D3
1387
961
795
D4
1612
1374
938
D5
1727
1364
930
D6
D7
1579
1337
1055
D8
1337
1055
930
D9
1693
1364
930
D10
1313
1039
900
D11
1279
892
D12
1762
1442
953
K1
1658
1352
907
K2
1693
1316
907
K3
1236
885
664
S1
1236
885
S2
1215
847
88
S3
1642
1304
907
S4
1874
1547
1000
S5
1727
1389
945
S6
1697
1042
S7
1927
1596
1053
S8
1697
S9
1324
817
622
D13
1697
D14
1658
1316
907
D15
1658
1282
877
D16
1697
D17
1802
1531
1000
D18
1838
1563
1180
4
5
780
635
795
790
922
592
636
-
790
636
649
801
649
827
602
622
595
801
1021
Universitas Sumatera Utara
75
Tabel 12. Ukuran pola pita dengan primer OPC-12
Primer OPC-12
Aksesi
1
2
3
D1
1000
535
D2
573
D3
2167
1709
683
D4
1000
801
647
D5
676
D6
D7
1044
821
676
D8
647
245
D9
1465
1121
800
D10
2038
1669
661
D11
1165
647
D12
1465
1157
816
K1
2019
1592
325
K2
1465
1121
808
K3
647
215
S1
2000
1594
393
S2
676
235
S3
2000
1836
1610
S4
1957
626
333
S5
1936
1517
626
S6
1894
1482
647
S7
1711
1127
990
S8
2069
1887
1599
S9
1915
1430
D13
1805
1162
657
D14
1482
1098
824
D15
1500
1145
849
D16
1945
1818
1530
D17
1926
1818
1515
D18
1908
1546
196
4
5
349
235
158
245
-
562
325
126
562
119
723
543
6
-
257
196
227
103
341
79
677
708
409
212
219
416
219
257
424
697
Universitas Sumatera Utara
76
Lampiran 9. Faktorial Koordinat
Tabel 13. Faktorial analisis (PCoA)
Unit
Axis 1
Axis 2
Axis 3
Axis 4
Axis 5
0.3362123519
-0.1305688590
4,39E+12
-8,68E+12
7,29E+12
2
0.1376503239
-0.2476267890
5,44E+12
0.11455087683
-8,15E+12
3
0.3094111475
3,68E+12
0.0499282621
4,84E+12
-0.2767422756
4
1,34E+12
-0.1624651948
7,65E+12
-0.1231940998
0.16071306514
5
0.2928508247
-0.1054665933
0.18412326308
3,52E+12
-6,83E+12
6
-0.390176303
-0.5144853177
-0.3109243722
0.26306133570
-8,42E+12
7
0.1729956058
1,39E+12
-1,83E+12
-0.1497824058
0.26011731622
8
0.3791159890
1,27E+12
-0.2162080816
-5,07E+12
-1,85E+12
9
-0.1745307504
-0.0412006091
4,39E+12
0.27672861312
0.1756200635
10
-8,51E+11
0.17499525077
0.0130353951
-0.1337375851
-0.2053155776
11
0.2274215139
-0.2602977069
-0.1112231568
-2,11E+12
-8,29E+11
12
-0.1881556113
-4,91E+12
0.20925998566
-2,60E+12
0.0530938622
13
0.2052205518
9,10E+12
0.26749800308
0.26062503593
-0.118867272
14
0.2124011668
5,99E+12
1,34E+12
7,24E+12
0.3043983650
15
-0.121951297
-5,95E+12
-0.2821977702
-0.1263379894
-0.008886190
16
0.2012546238
0.31405871883
-0.2833060605
0.22314092044
3,86E+12
17
0.2001142204
-0.1682954850
-0.24927636111
-1,37E+12
-4,42E+10
18
0.2506373298
0.15056332359
-8,02E+12
0.13171574945
-4,59E+12
19
-0.1715223531
-5,95E+12
0.10271401396
-0.1842159893
-0.2179552990
20
-0.2093617015
3,74E+12
0.18754125928
-0.0138428272
-4,75E+12
21
-0.2489936210
0.0121411141
-0.0822318730
-0.1751939599
-7,44E+12
22
-0.1694453088
-6,95E+12
0.13151633729
-6,62E+11
-1,60E+12
23
-4,52E+12
0.3354453626
-0.1380148540
-6,88E+12
0.11688422528
24
-7,31E+12
0.2385018962
0.10668303244
9,43E+12
-0.1851104724
25
2,52E+12
-4,53E+12
-3,09E+12
-0.4361263862
-4,60E+11
26
-2,60E+12
-1,67E+12
0.41735422710
-1,71E+12
0.1015126659
27
-0.2670617508
-3,48E+12
0.16419594473
7,70E+12
0.1989369700
28
-0.3831983699
0.2788171137
-0.2309758512
5,10E+12
2,57E+12
29
-0.2138660232
0.1131548140
-5,18E+12
-6,25E+12
1,42E+12
30
-0.2728099388
9,55E+12
1,98E+12
4,77E+12
-5,62E+12
Tabel 14. Nilai Factorial coordinates
Axis
Eigenvalue
1
0.05046
2
0.03108
3
0.03027
4
0.02231
5
0.01793
Inertia%
19.74
12.16
11.84
8.73
7.01
Universitas Sumatera Utara
77
Lampiran 10. Data .ARB
@DARwin 5.0 – ARB
30
30
57
1
34
0.135853159412245
2
32
0.04179416759316
3
37
0.18044076209408
4
41
0.103910907085965
5
32
0.069316943517951
6
39
0.487550446813494
7
41
0.181803378628321
8
36
0.147607581802304
9
39
0.179116219853173
10
37
0.183195601542284
11
34
0.127304735324597
12
33
0.041392997144877
13
35
0.137232188299194
14
43
0.160170985227662
15
58
0.208754401617218
16
38
0.240719889516776
17
36
0.14651006525652
18
45
0.234583121751093
19
53
0.184660209857784
20
52
0.10917441173434
21
47
0.119815903464756
22
40
0.076524907034596
23
38
0.175946777149891
24
46
0.294320423455378
25
47
0.308755525106673
26
35
0.162767811700806
27
33
0.078607002855123
28
31
0.155391879008313
29
31
0.029793306176872
30
54
0.15399429156064
31
54
0.101897964331616
32
44
0.121268548502836
33
40
0.049093822062394
34
42
0.059672492516435
35
49
0.104074017193083
36
42
0.046074411508333
37
49
0.087917324798259
38
46
0.048724689326577
39
55
0.081153839596115
40
52
0.030983132940927
Universitas Sumatera Utara
78
41
48
0.062400409704204
42
43
0.028702979429972
43
44
0.010186148388343
44
45
0.014504466639912
45
48
0.02799877891438
46
51
0.060999676104283
47
53
0.042701673110506
48
50
0.033874308308847
49
50
0.01891178084266
50
51
0.024861844444029
51
57
0.051828643439484
52
55
0.055245978609983
53
57
0.033176890690831
54
56
0.028485431638959
55
56
56
58
0.028135972582022
57
58
0.001328153921008
1,07E+10
Tree_Parameters
Bootstraps
1000
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
26
54
44
40
42
49
42
49
46
55
52
48
43
44
45
48
51
53
50
50
51
57
55
57
63
68
54
37
37
28
34
24
28
34
29
6
3
3
1
10
28
1
6
0
0
10
10
Universitas Sumatera Utara
79
54
56
57
56
58
58
10
1
0
End_Bootstraps
Colors
30
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
16711935
3315455
3315455
13153535
9869055
13120200
13120200
16711935
13107350
65535
9868950
14474460
16711680
13137920
16762880
16777120
25600
38400
51200
65280
16776960
16766720
16766720
11184640
10380
25800
255
220
3289800
3302655
End_Colors
Settings
0
0
1
1
0
0
0
0
1
0
End_Settings
End_Parameters
Tree construction: UnWeighted Neighbor-Joining
Tree constructed from: new_30andaliman_kodearea_H6_N3_C12.dis
Universitas Sumatera Utara
80
30 selected units on 30
Bootstrap analysis: 1000
Average 'edge' distance between bootstrapped trees: 0.8057
5-percentile: 0.6667
95-percentile: 0.9259
---------------------------Dissimilarity calculated from data file:
new_30andaliman_kodearea_H6_N3_C12.var (type:'single')
User selection Units: 30/30 and Variables: 32/32
Dissimilarity index: Presence / Absence - Dice
Missing data options:
Integer code for missing data = 999
Pairwise variable deletion - Remove variables with missing data for the current
unit pair (70 % of valid data required for each unit pair)
1000 bootstraps
---------------------------Imported Single data...
Universitas Sumatera Utara