BAHAN DAN METODE Ikan Uji

  Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (2), 2018, 105-113

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

KARAKTER GENOTIPE TIGA POPULASI IKAN RAINBOW AJAM ARU (

  M elanotaenia

ajamaruensis ) DARI ALAM DAN BUDIDAYA M ENGGUNAKAN RAPD

_#

Erm a Prim anita Hayuningtyas , Shofihar Sinansari, M elt a Rini Fahm i, Eni Kusrini, dan Bastiar Nur

  

Balai Riset Bud idaya Ikan Hias

Jl. Perikan an No. 13, Pancoran Mas, Depo k 16364

(Naskah dit erima: 25 M ei 2018; Revisi final: 17 Juli 2018; Diset ujui publikasi: 18 Juli 2018)

  ABSTRAK

Ikan rainbow Ajamaru ( ) yang dinyatakan punah pada tahun 1996 merupakan

  M elanot aenia ajamarunensis

ikan endemik dari Danau Ajamaru, Papua. Namun ikan ini berhasil ditemukan kembali pada tahun 2007 di

Sungai Kaliwensi, Sorong, Papua. Domestikasi ex-situ ikan rainbow Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset

Budid aya ikan Hias, Dep ok-Jawa Barat. Pen elitian ini bertu juan mengevaluasi perbedaan genotipe ikan

rainbow Ajamaru di alam dan budidaya melalui analisis keragaman genetik untuk melihat adanya perubahan

genetik, migrasi maupun mutasi gen. Metode yang digunakan adalah

  Randomly Amplified Polymorphic DNA

(RAPD) dengan 3 jenis primer (OPA 03, OPB 6, dan OPZ 5). Setiap populasi baik, dari alam (Papua) maupun

budidaya (Depok dan Papua) masing-masing diambil secara acak sebanyak 10 sampel ikan uji. Hasil penelitian

menunjukkan nilai keragaman genetik pada ikan di alam lebih rendah (62,5%) dibanding ikan budidaya di

Papua (70,31%) dan tertinggi pada ikan budidaya di Depok (73,43%). Heterozigositas pada ikan di alam lebih

re ndah (0,172) d ibanding ikan bud idaya di Papua (0,241) dan d i Dep ok (0,270). Jarak ge net ik te rjauh

ditunjukkan antara populasi ikan alam dan populasi ikan budidaya Papua, sedangkan jarak genetik terdekat

antara populasi ikan budidaya di Papua dengan di Depok. Karakter genotipe yang dihasilkan pada tiga

populasi ikan rainbow Ajamaru adalah memiliki corak DNA yang berbeda nyata (P< 0,05). Perbedaan yang

dihasilkan dari karakter genotipe karena respon genotip dari tiap individu dan daya adaptasi ikan berbeda-

beda pada habitat yang berbeda.

  M elanotaenia KATA KUNCI: ikan rainbow; ; genetic; RAPD

ABSTRACT: Genotype characterization of three populations of Ajamaru rainbow fish using RAPD. By: Erma

Primanita Hayuningtyas, Shofihar Sinansari, M elta Rini Fahmi, Eni Kusrini, and Bastiar Nur

Ajamaru rainbow, an endemic fish from Lake Ajamaru, Papua, once declared ext inct in 1996. However, it was

rediscovered in 2007, in Kaliwensi River, Sorong, Papua. Current ly, t he Ajamaru rainbow fish is being domest icat ed ex-

sit u at t he Research Cent er for Ornament al Fish Cult ure, Depok, West Java. The aim of t he research was t o det ermine

t he genot ype charact erist ics of wild and cult ured Ajamaru rainbow including genet ic change, drift , migrat ion, and

mut at ion using genet ic variance analysis. The genet ic analysis applied was Randomly Amplified Polymorphic DNA

(RAPD) using OPA-03, OPB-6, and OPZ-5 primers. Ten samples were used for each populat ion. The results showed t hat

t he t hree populat ions of Ajamaru rainbow fish have significantly different (P< 0.05) of DNA polymorphism. The lowest

value of genet ic variance was found in t he wild fish (62.5%) followed by t he cult ured fish locat ed in Papua (70.31%),

and t he highest was observed in t he cult ured fish locat ed in Depok (73.43%). Heterozygosit y of t he wild fish was lower

(0.172) t han t hat of t he cult ured fish in Papua (0.241) and in Depok (0.270). The high genet ic dist ance was found

bet ween t he wild and cult ured fish from Papua. The closest relat ionship was bet ween t he fish cult ure in Papua and

Depok. The genot ype charact er produced in t he t hree Ajamaru rainbow fish populat ions was have significant ly

different (P< 0.05) of DNA polymorphism. The differences t hat result form genot ype charact ers because of t he

genot ypic response of each individual and t he adapt abilit y of fish vary in different habit at s. _# KEYW ORDS: rainbow fish; M elanotaenia; genetic; RAPD Ko r e sp o n d en si: Balai Rise t Bud id aya Ikan Hias, De p o k.

  Jl. Pe rikan an No . 1 3 , Panco r an Mas, Dep o k 16 3 6 4, In d o n e sia. Te l. + 6 2 2 1 7 5 2 0 4 8 2 er ma_ pr i mani t a@ yahoo.com

  E-m ail: Co p yrig ht @ 20 18, Jurnal Riset Akuakultur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6 534

  Karakter genot ipe t iga populasi ikan rainbow Ajamaru ..... (Erma Primanita Hayuningtyas) PENDAHULUAN

  (TM) dari m a sin g -m as in g p rim e r. Pro gr am PCR t e rd ir i at as denat urasi awal pada suhu 94°C selama dua menit , 35 siklus t erdiri at as denat urasi 94°C selama sat u menit ,

  Amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan M etode RAPD

  Pada t ahap awal, ada 18 jenis primer RAPD yang d iu ji (Ta b e l 1 ). PCR d ila k u k a n m e n g g u n a k a n

  t her mocycler gr adient

  (AB) agar su hu

  annealing

  b isa diat ur sesu ai d engan

  t emperat ure melt ing

  annealing

  gSYNC DNA Ext ract ion Kit Quick Prot ocol

  sesuai TM primer selama sat u menit , dan

  ext ension

  72°C selama dua menit , dan diakhiri dengan sat u siklus ext ension pada 72°C selama t ujuh menit .

  Komposisi pereaksi terdiri atas 12,5 µL Dream Taq M ast er M ix 2x (Thermo Scientific, USA), 1 µL primer

  RAPD, 3 µL DNA, dan ditambah nuclease fr ee wat er sampai total volume 25 µL.

  Elekt roforesis dan Visualisasi

  Pro duk PCR yang dihasilkan selanjut nya masing- masing dimasukkan ke dalam sumur gel (

  well

  (Genaid, Taiwan). Sirip ikan rainbo w Ajamaru sebanyak 10-25 mg dihancurkan, dilakukan t ahapan p e n gh an cu ran , p e m isah a n DNA d ar i k o n t a m in an sepert i pro t ein dan selulo sa, sert a t ahap pencucian at au pemurnian DNA dan pengenceran sesuai dengan yang ada dalam inst ruksi kerja kit .

  Sampel daging atau sirip eko r ikan diekstraksi DNA menggunakan pro sedur

  Ikan rainbo w Ajamaru (

  et al

  M elanot aenia aj amaruensis

  Allen & Cro ss 1980) merupakan salah sat u dari 131 sp esie s ikan rainb o w yang t ersebar di Papu a, New Guinea, dan Aust ralia (Tappin, 2016). Jenis Ikan rain- b o w in i, t e r m as u k s p e s ie s e n d e m ik Pa p u a yan g dinyat akan punah sejak t ahun 1996 berdasarkan st a- t us IUCN perio de 1996-2010. Pada t ahun 2007, ikan ini dit emukan kembali di Sungai Kaliwensi, So ro ng, Papua (Kadarusman et al ., 2010) sehingga merubah st at usn ya me njadi keku rangan dat a (

  dat a deficient

  ) (IUCN, 2017). Pemijahan ikan rainbo w Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset Budidaya Ikan Hias Depok agar ikan rain- bo w Ajamaru bisa dibudidayakan di luar habitat aslinya. Ko le k s i t a h u n 2 0 0 7 t e la h m e n g h a s ilk a n e m p a t generasi, namun pemijahannya masih dilakukan secara massal hasil ko leksi t ahun 2017 t elah menghasilkan d u a g e n e ra s i. Up a ya p e m ijah a n d i lu a r h a b it a t , merupakan pro ses do mest ikasi mengembangbiakan ikan liar pada lingkungan yang t erko nt ro l, baik pakan maupun habit at nya budidaya (Effendi, 2004). Karakt er geno t ipe ikan liar yan g dit angkap di alam berb eda d en gan ikan h asil bu d id aya, se h in gga dib u t u h kan ka rakt e ris asi u n t u k m e lih at var iasi ge n e t ik ya n g d ip e ro le h d ari p o p u la si alam d a n p o p u las i h as il budidaya. Karakt er geno tipe dari suatu populasi secara k u a n t it a t if d ik e n d a lik a n o le h b a n ya k g e n a t a u po ligenik. Variasi genet ik merupakan salah sat u sifat kuant it at if bisa dipengaruhi o leh fakt o r lingkungan. Ik a n lia r d a r i a la m ya n g d id o m e s t ik a s ik a n k e lin gku n gan b u d id aya akan m e n galam i p e ru b ah an genet ik yang t erekspresi melalui sifat kuant it at ifnya (Ambar wat i, 2016).

  Randomly Amplified Polymorphic DNA

  (RAPD) sudah banyak dilakukan pada beberapa generasi ikan hias laut clo wn (Sembiring

  et al

  ., 2010), beberapa po pulasi ikan bero nang (Lant e

  ., 2012), beberapa po pulasi ikan gabus (Kusmini

  Ekst raksi DNA

  et al

  ., 2015), beberapa generasi ikan hias rainbow Kurumo i (Hayuningt yas

  et al

  ., 2016), beb erap a po pulasi ikan t ambakan (Krist ant o et al ., 2017). Analisis RAPD yang dilakukan pada beberapa sp e sie s ikan d it u ju kan u n t u k m e lih at ke ragam an ge n e t ik b aik in t ra-m au p u n in t e r-p o p ulasi m e lalu i tingkat polimo rfismenya. Analisis RAPD yang dilakukan t e r h a d a p t ig a g e n e r a s i ik a n r a in b o w Aja m a r u d ih arapkan dapat m em p ero le h jarak ge ne t ik yan g menghubungkan ket iganya sehingga dapat dilihat

  ge- net ic dr ift

  yan g dih asilkan at au t e rjad i p eru b ah an frekuensi alel. Penelit ian ini bert ujuan melihat variasi genetik ikan rainbow Ajamaru yang dipero leh dari alam dan hasil budidaya.

  BAHAN DAN M ETODE Ikan Uji

  Ikan uji yang digunakan merupakan ikan rainbo w Ajamaru dari alam (RA Papua) dan hasil budidaya di Papua (RB Papua) dan di Depo k (RB Depo k). Ikan rain- bo w Ajamaru alam (RA Papua) adalah ikan liar yang dit angkap dari Sungai Kaliwensi, Kabupat en So ro ang Selat an, Papua Barat t ahun 2017. Ikan rainbo w hasil b u d id aya m e m iliki su m b e r in d u k d ari a lam sam a sepert i hasil ekspedisi ke-2 pada tahun 2017. Terdapat dua populasi budidaya, populasi budidaya yang pertama RB Papua yait u ikan rainbow Ajamaru generasi pert ama yang berhasil dibudidayakan di Polit eknik Kelaut an dan Perikanan So rong, merupakan F-1; keturunan pertama dari alam Sun gai Kaliwensi, So ro ng Selat an, Pap ua Barat. Po pulasi budidaya yang kedua RB Depo k adalah ikan rainbo w Ajamaru generasi pert ama yang berhasil dibudidayakan di BRBIH, Depok, Jawa Barat, merupakan F-2; keturunan dari ikan F-1 hasil budidaya di Politeknik Kelaut an dan Perikanan Sorong, Papua. Setiap populasi masing-masing sebanyak 10 individu diambil sampel jaringan berupa daging at au sirip eko r secara acak.

  ) sebanyak Co p yrig ht @ 20 18, Jurnal Riset Akuakultur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6 534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (2), 2018, 105-113

  6 µL (sudah mengandung dye

  t emperat ure melt ing

  dan konsisten. Tiga primer yang digunakan adalah OPA- 0 3 , OPB-0 6 , OPZ-0 5 . Se la n ju t n ya k e t ig a p rim e r t ersebut digunakan unt uk menganalisis po pulasi ikan rainbo w RA Papua, RB Papua, dan RB Depo k.

  polymorphic

  t ersaji pada Gamb ar 1. Hasil me nu n ju kkan bahwa t erdapat t iga primer yang muncul secara

  HASIL DAN BAHASAN Screening 18 primer RAPD mempero leh hasil sepert i

  Tem per ature melting OPA-0 1 CAGGCCCTTC 1 0-mer 7 0 3 6 .4 OPA-0 3 AGTCAGCCAC 1 0-mer 6 0 3 4 .3 OPA-0 7 GAAACGGGTG 1 0-mer 6 0 3 3 .2 OPA-0 8 GTGACGTAGG 1 0-mer 6 0 3 1 .1 OPA-0 9 GGGTAACGCC 1 0-mer 7 0 3 7 .4 OPA-1 4 TCTGTGCTGG 1 0-mer 6 0 3 4 .3 OPA-1 8 AGGTGACCGT 1 0-mer 6 0 3 6 ,2 OPB-0 1 GTTTCGCTCC 1 0-mer 6 0 3 3 ,4 OPB-0 4 GGACTGGAGT 1 0-mer 6 0 3 2 ,2 OPB-0 6 TGCTCTGCCC 1 0-mer 7 0 3 9 ,8 OPB-0 7 GGTGACGCAG 1 0-mer 7 0 3 8 ,1 OPB-0 8 GTCCACACGG 1 0-mer 7 0 3 7 ,3 OPB-1 0 CTGCTGGGAC 1 0-mer 7 0 3 6 ,2 OPB-1 1 GTAGACCCGT 1 0-mer 6 0 3 2 ,6 OPC-0 5 GATGACCGCC 1 0-mer 7 0 3 7 ,6 OPZ-0 5 GGCTGCGACA 1 0-mer 7 0 4 1 ,2 OPZ-1 0 CAAACGTGGG 1 0-mer 6 0 3 3 ,7 OPZ-1 3 GGGTCTCGGT 1 0-mer 7 0 3 8 ,0

  Nucleotide length G+ C (%) Suhu di dih

  Base pair (5 ’ – 3 ’) Panj ang nukleot i da

  Primer type Urut an basa (5’ – 3’)

  

Table 1. Primer t ype, base pair, nucleot ide lengt h, G+ C %, t emperat ure melt ing used in primer

screening of RAPD Aj amaru rainbow fish Jenis pri m er

  yang digunakan saat seleksi primer RAPD ikan rainbo w Ajamaru

  ) (Mille r, 1997). Tabel 1. Jenis primer, urut an basa, panjang nucleo t ida, % G+ C, dan

  ) pada gel agaro se 1,5% yan g m en gan du n g pe warna ge l 0 ,0 1 % (Pe qGree n). Elekt ro fo resis dilakukan bersama marker 100 bp Plus (Vivant is) pada vo lt ase 100 vo lt selama 60 menit pada m e d ia 1 x TBE (Tr is Bo r at e EDTA) m e n g g u n a ka n Po werPac Basic (Bio -Rad). Selanjut nya visualisasi DNA d ilaku kan me n ggu n akan Ge l d o cu m e nt at io n - UV t ransiluminat o r AlphaImager (Pro t ein Simple).

  Unw eight ed Pair Group Arit hmat ic Average

  ), se h in gg a d ih a silk a n n ilai d e ra ja t po limo rfisme, het ero zigo sitas dan jarak genet ik, sert a p e m b u a t a n d e n d r o g r a m b e r d a s a r k a n UPGMA (

  Tools for Populat ion Ge- net ic Anal yses

  TFPGA (

  soft ware

  AlphaView SA. Selanjutnya setiap kemunculan fragmen diubah ke data biner yaitu angka-1 unt uk fragmen yang muncul, dan angka-2 untuk fragmen yang tidak muncul. Hasil dari dat a biner t ersebut selanjut nya dianalisis menggunakan

  sof t w ar e

  m o le k u l ya n g d ih a silk an . Be r at m o le ku l p ro d u k a m p lifik a s i d ip r e d ik s i d e n ga n b a n t u a n

  scoring kemunculan fragmen DNA tergantung dari berat

  Set elah dipero leh h asil elekt ro fo resis d ilaku kan

  Analisis Dat a

  Se t ia p p r im e r m e m ilik i p r o fil fr a g m e n ya n g be rbe da kare na mem iliki d aerah pen emp elan yang berb eda pad a t iap po pulasi maup un ind ividu. Pada p r im e r O PA-3 p ro fil fr a g m e n ya n g d ih a s ilk a n dit ampilkan pada Gambar 2. Pada po pulasi alam yait u RA Pap u a fr ag m e n ya n g m u n cu l cu k u p b e r b e d a diband in gkan po pu lasi bu didaya RB Papu a dan RB De p o k . Fr a g m e n ya n g m u n c u l p a d a RA Pa p u a berukuran 2.500-700 bp, sement ara pada RB Papua dan RB Depo k adalah ukuran 1.800-300 bp. Terdapat selisih kemunculan fragmen di awal (2.500-1.800 bp) dan di akhir (700-300 bp), sehingga menghasilkan profil yan g b e rb e d a an t a ra ikan rain b o w Ajam ar u yan g d ip e lih ara d i alam d e n gan yan g d ip e lih ara se cara budidaya. Selain perbedaan kemunculan fragmen ada pula fragmen yang muncul secara do minan di ket iga

  Karakter genot ipe t iga populasi ikan rainbow Ajamaru ..... (Erma Primanita Hayuningtyas)

  Gambar 1. Hasil

  screening

  menggunakan 18 jenis primer RAPD (Ket erangan: Pro duk PCR hasil

  screening diberi t anda ko t ak). Figure 1. Screening result using 18 RAPD primers (Not e: The screened PCR product is boxed) .

  po pulasi, yait u pada ukuran 1.300, 1.000, 850, dan 700 bp.

  Pro fil fragm e n h a sil am p lifikasi m e n gg u n akan p r im e r OPB-6 d it a m p ilk an p a d a Gam b ar 3 . Pa d a po p ulasi alam u kuran fragme n yang m uncu l masih b erb e da d ib an din gkan p o p ulasi b ud id aya. Uku ran fragm en RA Papu a 1.90 0-4 00 b p, sed an gkan p ad a po pulasi RB Papua 2.300-400 bp dan RB Depo k 3.000- 400 bp. Ant ara po pulasi budidaya t erdapat perbedaan kemunculan fragmen 3.000 bp muncul pada RB Depo k s e m e n t a ra p a d a p o p u las i la in n ya t id a k m u n cu l, sedangkan ant ara populasi alam dan populasi budidaya t e rd apat selisih kem un culan fragmen pada ukuran besar yaitu 3.000-1.900 bp. Selain perbedaan terdapat juga fragmen yang muncul dominan yait u pada ukuran 950, 800, 750, 600, dan 400 bp.

  Pro fil fragm e n h a sil am p lifikasi m e n gg u n akan primer OPZ-5 ditampilkan pada Gambar 4. Kemunculan fragmen yang dihasilkan dengan menggunakan primer O PZ-5 c e n d e r u n g le b ih ja r a n g d ib a n d in g k a n penggunaan primer lainnya. Fragmen do minan yang muncul dengan menggunakan primer OPZ-5 adalah 1.400, 1.200, 1.000, 900, dan 400 bp. Ukuran yang dihasilkan pada po pulasi alam RA Papua adalah 2.200- 400 bp sedangkan pada po pulasi budidaya RB Papua adalah 2.300-300 bp, dan RB Depo k adalah 2.400-300 bp. Jumlah fragmen yang dihasilkan dan ukuran fragmen yang dihasilkan secara rinci dit ampilkan pada Tabel 2.

  Pada Tabel 2 selain menampilkan ukuran fragmen juga menampilkan jumlah fragmen. Jumlah fragmen dengan rent ang t erluas adalah pada primer OPB-6 (1- 1 3 fr ag m e n ), se d a n g k a n ya n g m e m ilik i re n t an g

  Gambar 2. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru menggunakan primer OPA-03 (Ket erangan: RA Papua= po pulasi alam; RB Papua= po pulasi budidaya di Papua; RB Depo k= po pulasi budidaya di Depo k).

  

Figure 2. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Aj amaru rainbow fish

using primer OPA-03 (Not e: RA Papua= wild populat ion; RB Papua= cult ure in Papua populat ion; RB Depok= cult ure in Depok populat ion).

  RA Papua RB Pap ua RB Dep ok Co p yrig ht @ 20 18, Jurnal Riset Akuakultur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6 534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (2), 2018, 105-113

  t erendah adalah primer OPZ-5 (1-10 fragmen). Dengan dem ikian, variasi ke munculan fragmen yang paling t in ggi a d a p ad a p rim e r OPA-3 , se d an gkan variasi kemunculan fragmen yang paling rendah adalah pada OPZ-5.

  Tabel 3 menampilkan variasi keragaman genet ik b e r d a s a r k a n d e r a ja t p o lim o r fis m e d a n hetero zigo sit as. Berdasarkan hasil keragaman genet ik m e n g g u n a k a n p r o g r a m TFPGA d ip e r o le h n ila i p o lim o r fism e t e r t in g g i a d a la h 7 3 ,4 3 % d a n n ila i hetero zigo sitas sebesar 0,270 pada populasi RB Depok ya n g m e r u p a k a n ik a n r a in b o w Aja m a r u ya n g d ib ud id aya di Dep o k. Po pu lasi d en gan ke ragaman genet ik t erendah adalah RA Papua yang merupakan p o p u la s i ik a n r a in b o w Ajam a r u d a r i ala m yait u p o lim o r fis m e 6 2 ,5 % d a n h e t e r o z igo s it as 0 ,1 7 2 . Sement ara ikan budidaya RB Papua juga memiliki nilai keragaman genetik yang lebih tinggi dibandingkan ikan rainbo w Ajamaru dari alam yait u po limo rfisme 70,31% dan het ero zigo sit as 0,241. Hal ini mengindikasikan b a h w a t id a k t e r ja d i

  i nb r eed i ng

  d a la m p r o s e s d o m e s t ik a s i d a r i ik a n a la m k e ik a n b u d id a ya . Keragaman genet ik yang t inggi t erjadi pada ikan rain- b o w Ajam a ru h a sil b u d id aya d ika re n ak an p ro se s adapt asikan dari alam ke media budidaya yang baru. Gambar 3. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru menggunakan primer OPB-06 (Ket erangan: RA Papua= po pulasi alam; RB Papua= po pulasi budidaya di Papua;

  RB Depo k= po pulasi budidaya di Depo k).

  

Figure 3. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Aj amaru rainbow fish

using primer OPB-06. (Not e: RA Papua= wild populat ion; RB Papua= cult ure in Papua populat ion; RB Depok= cult ure in Depok populat ion).

  RA Papua RB Pap ua RB Dep ok

  Gambar 4. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru menggunakan primer OPZ-05 (Ket erangan: RA Papua= po pulasi alam; RB Papua= po pulasi budidaya di Papua; RB Depo k= po pulasi budidaya di Depo k).

  

Figure 4. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Aj amaru rainbow fish

using primer OPZ-05 (Not e: RA Papua= wild populat ion; RB Papua= cult ure in Papua populat ion; RB Depok= cult ure in Depok populat ion) .

  RA Papua RB Pap ua RB Dep ok

  Karakter genot ipe t iga populasi ikan rainbow Ajamaru ..... (Erma Primanita Hayuningtyas)

  Tabel 2. Jumlah dan ukuran fragmen per primerpada po pulasi ikan rainbo w Ajamaru

  Table 2. Number and lengt h fragment per primer of Aj amaru rainbow fish populat ions Population

  Populasi ( ) Prim er/param et er Ant ar populasi

  Pr imer/par am eter s Between population

  RA Papua RB Papua RB Depok Ju mlah frag men ( Fragment count ) 7 -11 3 -7 5 -1 3 3-1 3 OPA 3 Uku r an fr ag men ( Fragment length ) 70 0 -2,5 00 3 00 -2 ,0 0 0 3 0 0-1 ,8 0 0 3 00 -2 ,5 0 0 Ju mlah frag men ( Fragment count ) 1 -11 4-1 3 1 -1 2 1-1 3

  OPB 6 Uku r an fr ag men ( ) 40 0 -1,9 00 4 00 -2 ,3 0 0 4 0 0-3 ,0 0 0 4 00 -3 ,0 0 0 Fragment length

  Ju mlah frag men ( Fragment count ) 1 -9 1 -9 3 -1 0 1-1 0 OPZ 5 Uku r an fr ag men ( Fragment length ) 40 0 -2,2 00 3 00 -2 ,4 0 0 4 0 0-2 ,4 0 0 3 00 -2 ,4 0 0 To tal ju mlah fr ag men ( Tot al f ragment count ) 1 -11 1-1 3 1 -1 2 1-1 3

  Tabel 3. Jumlah sampel, derajat po limo rfisme, het ero zigo sit as, jumlah lo kus dari t iga po pulasi ikan rain- bo w Ajamaru.

  

Table 3. Number of sample, degree of polymorphism, het erozygosit y, and locus number of t hree populat ions of

Aj amaru’s rainbow fish Population

  Popul asi ( ) Tot al /ant ar generasi Par ameter s

  Param et er ( ) Total/between generation

  RA Papua RB Papua RB Depok Ju mlah samp el (eko r) / Sampel count (ind.)

  10

  30 Po limo rfisme ( Polymorphism ) (%) 6 2 .5 7 0 .31 7 3 .4 3 8 6 .0 6 Heter o zig o sitas ( Heterozygosit y ) 0 .1 7 2 0 .2 41 0 .2 7 0 .2 7 4

Lo ku s ber d asarkan p rimer ( Locus by primer ) OPA 3 OPB 6 OPZ 5 Total lo ku s ( Total locus )

Ju mlah loku s ( ) 2 3 2 3 1 8 6 4

  Locus count

  Hal in i dipe rkuat d en gan hasil keragam an gen et ik t e rlibat d alam m enyumb an gkan t ingkat kebu garan ant ara ikan budidaya yang dipelihara di Papua berbeda su at u p o p u lasi. Hal ini sesu ai d e n gan p ern yat aan

  et al

  n yat a d e ngan yan g d ip e lih ara d i De p o k. Me n uru t Gardner . (1991) bahwa fakto r yang meningkatkan

  et a l

  Ku s m in i . (2 0 1 5 ), n ila i p o lim o r fis m e d a n keragaman genet ik yait u mut asi dan migrasi. Dengan he t e ro zigo sit as m enu nju kkan po t en si ke mam pu an demikian, peningkat an keragaman genetik yang t erjadi adapt asi t erhadap lingkungan, karena semakin t inggi pada po pulasi budidaya baik yang di Papua maupun nilai het ero zigo sit as semakin banyak pula gen yang yang d i De po k akibat ad an ya p erp in dahan t e mp at

  Tabel 4. Hasil uji FST berpasangan t erhadap t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru

  

Table 4. Result of FST comparison pairs t est of t hree populat ions of Aj amaru

rainbow fish RA Papua RB Papua RB D epok

• RA Pap u a _s RB Pap u a ***** 0 .0 0 0 0 _{s s}

• ***** RB Dep o k

  0 .0 0 0 0 0.0 00 5

  Ke terangan: S = Be rbe d a n yat a p ad a taraf alp ha (P< 0,0 5)

  Not e: S = Si gni ficant l y different on t he significance l evel of (P< 0.0 5) Co p yrig ht @ 20 18, Jurnal Riset Akuakultur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6 534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (2), 2018, 105-113

  budidaya yang t adinya t erbat as di sungai yang po la migrasinya rendah (karena hanya sepanjang kurang dari 200 met er) sehingga diduga di alam sudah t erjadi

  et al

  

Table 5. Genet ic dist ance of t hree populat ions of Aj amaru rainbow fish from wild and

cult ure based on Wright ’s (1978) modificat ion of Roger ’s (1972) dist ance RA Papua RB Papua RB D epok

  Tabel 5. Ja rak ge n e t ik t ig a p o p u la si ika n r ain b o w Ajam a ru alam d an b u d ia ya berdasarkan jarak Wright ’s (1978) mo difikasi Ro ger ’s (1972)

  Menurut Tahapari et al . (2017), pada ikan pat in yang d ip e lih a r a p a d a lin g k u n g a n e k o s is t e m b e r b e d a mengakibatkan keragaman pert umbuhan dan tampilan feno t ipe yang ber variasi, hal ini disebabkan respo ns geno t ipe dari t iap ikan yang tidak sama. Daya adaptasi

  . (2012) bahwa po pulasi dengan keragaman genet ik yang t inggi mempunyai p e lu a n g h id u p ya n g t in g g i k a r e n a m e m p u n ya i kemampuan yang lebih baik unt uk beradapt asi dengan lingkungannya.

  et al

  in i b e rp e n gar u h se cara fenot ipe dan genot ipe. Let ak geo grafis yang berjauhan ju ga me njad i salah sat u fakt o r yang me me ngaru hi karena kondisi media pemeliharaan antara sat u tempat dengan t empat lainnyapun bisa berbeda. Hal ini sesuai dengan pendapat Lant e

  adapt abili t y

  Po pulasi ikan rainbo w Ajamaru memiliki keragaman gen e t ik yan g t in ggi dan m em iliki pe rbe d aan yan g n ya t a t e r u t am a an t ar a ikan d i a lam d e n gan ikan budidaya. Hal ini diduga akibat adanya perpindahan t e mp at dan t erd ap at pro se s adap t asi pada ikan di t empat yang baru. Kemampuan ikan dalam beradapt asi yan g d ise b u t

  . (2017), hubungan kekerabat an yang dekat pada d e n d ro gr am m e n u n ju kk an b ah w a ik an b u d id a ya memiliki sumber genet ik dari induk yang sama. Hal ini t erbukt i karena ikan budidaya di Depo k merupakan k e t u r u n a n d a r i ik a n b u d id a ya d i Pa p u a n a m u n pemijahan dilakukan di Depo k.

  Be r d a s a r k a n a n a lis is k la s t e r (UPGMA) ya n g ditampilkan dalam dendrogram pada Gambar 5, terlihat b a h wa p o p u las i ika n r ain b o w Aja m ar u b u d id a ya membent uk sat u klast er t ersendiri, sedangkan ikan r a in b o w Aja m a r u d a r i a la m m e m b e n t u k k la st e r t e r p isa h . Hal in i k are n a ika n b u d id a ya d i De p o k m e ru p aka n an aka n d ari ik an b u d id aya d i Pap u a, sehingga kekerabat annya lebih dekat dibanding ikan yang diambil langsung dari alam. Menurut Krist ant o

  in- br eeding . Se d an g kan ik an yan g d ip e lih ar a s e ca ra

  . Sement ara pada ikan budidaya pemijahan dapat dilakukan t erarah dan bisa diat ur unt uk t idak memijah secara massal.

  inbreeding

  di alam sudah tinggi karena habit at nya yang t erbat as dan sumberdaya genet ik yang tersedia hanya ya n g b e r as al d ar i su n g ai t e rs e b u t . Pe m ija h a n d i a la m p u n m e n ja d i t id a k t e r a r a h s e h in g g a d a p a t meningkat kan po tensi

  inbreeding

  Miller (1997). Tabel 5 menampilkan jarak genet ik antara ikan dari alam (RA Papua) dengan ikan budidaya di Papua (RB Papua) sebesar 0,3665; yang m erupakan hubungan t erjauh. Hubungan kekerabat an t erdekat adalah ant ara ikan rainbo w Ajamaru hasil budidaya di Pa p u a (RA Pap u a) d e n ga n d i De p o k (RB De p o k ). Menurut Asih et al . (2008), hubungan kekerabat an yang jauh bisa disebabkan o leh ko ndisi lingkungan perairan yang berbeda dan po la migrasi yang t erbat as. Pada ikan rainbo w Ajamaru yang dit angkap di alam yait u sepanjang Sungai Kaliwensi yang panjangnya kurang dari 200 met er, ikan rainbo w Ajamaru han ya dapat dipero leh di sungai t ersebut sehingga diduga t ingkat

  dalam

  Jarak genetik yang dihasilkan diperoleh dari analisis dat a TFPGA berdasarkan Wright ’s (1978) mo difikasi dari Ro ger ’s (1972) pada pengo lah dat a TFPGA

  4. Berdasarkan analisis st at ist ik mengunakan AMOVA menunjukkan bahwa ant ara ket iga po pulasi ikan rain- bo w Ajamaru baik dari alam maupun ikan budidaya se ca ra ge n o t ip e b e rb e d a n yat a (P< 0 ,0 5 ). Hal in i menunjukkan bahwa ikan alam yang sudah berhasil dido mest ikasikan dan dibudidayakan di t empat yang b aru d id uga t e rjadi p ro ses eksp re si d ari in t eraksi ant ara geno t ipe d engan lingkungan melalui pro ses ad ap t asi ikan d e n gan k e m am p u an ad a p t asi yan g b e r b e d a m e n g h a s ilk an k e ra g am a n g e n e t ik yan g berbeda pula. Menurut Ambar wat i (2016), lingkungan dapat berpengaruh t erhadap ekspresi sifat kuant it at if dan ada banyak gen yang dapat mengendalikan sifat (gen bekerja sendiri-sendiri at au saling berint eraksi). Selain it u, juga unt uk menget ahui int eraksi ant ar alel yang berada pada lo kus berbeda.

  Hasil uji FST berpasangan dit ampilkan pada Tabel

  budidaya, pemijahannya lebih t erarah.

  RA Pap u a ***** RB Pap u a 0 .3 6 6 5 ***** RB Dep o k 0 .3 4 8 2 0.2 5 81 *****

  Karakter genot ipe t iga populasi ikan rainbow Ajamaru ..... (Erma Primanita Hayuningtyas)

  0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 RB Depok RB Papua RA Pap ua

  

Ke terangan: RA Pap ua= ikan rainbo w Ajamaru F-0 d ari alam; RB Papua= ikan rainbow Ajamaru

bu d id aya d i Pap ua; d an RB Dep o k= ikan rainbo w Ajamaru bud id aya d i Dep o k No te :

  RA Papua= Aj amaru Rainbowfi sh F0 wi l d; RB Papua= Aj amar u r ai nbow fi sh cult ur e i n Papua; and RB Depok= Aj amaru rainbow fish cult ure in Depok)

  Gambar 5. Dendro gram t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru dari alam dan budidaya.

  

Figure 5. Dendrogram of t hree populat ions of Aj amaru Rainbowfish from wild

and cult ure.

  ikan dipengaruhi o leh fakto r genetik, lingkungan, dan respo n geno t ip dari t iap individu dan daya adapt asi in t e raksi an t ar a ge n e t ik d an lin gku n g an . Na m u n ikan berbeda-beda pada habit at yang berbeda. k e m a m p u a n ik a n d a la m b e r a d a p t a s i d a p a t

  UCAPAN TERIM A KASIH

  meningkat kan pro dukt ivit as dari budidaya ikan yang berkelanjut an. Pro dukt ivit as yang berbeda dihasilkan Kegiatan penelitian ini dibiayai DIPA tahun anggaran dari p em eliharaan ikan p ad a lo kasi bu did aya yang

  2017. Ucapan t erima kasih disampaikan kepada t im b e r b e d a a k ib a t a d a n ya k o n d is i g e o g r a fis , ekspedisi Ajamaru tahun 2017 t erdiri atas t iga inst it usi a g ro k lim a t o lo g is , d a n t e k n o lo g i b u d id a ya ya n g yait u Balai Riset Budidaya Ikan Hias (BRBIH), Depo k; digunakan. Perbedaan t ersebut menimbulkan respo ns Se ko lah Tin ggi Perikanan , Jakart a; dan Po lit e kn ik geno t ipe yang berbeda sehingga dapat menghasilkan Kelau t an d an Perikanan So ro n g, Papu a yan g t e lah fe n o t ip e ya n g b e r b e d a ju g a , h a l in ila h ya n g menyediakan ikan uji yang digunakan dalam penelit ian menyebabkan keragaman genet ik yang t inggi pada ini. Terima kasih juga diucapkan kepada Nadia Mega

  et al

  lo kasi budidaya yang berbeda (Ariyant o ., 2011; Ar iyan i s e la ku an alis lab o r at o riu m ge n e t ika d an

  et al et al et al

  Kusmini ., 2015; Lant e ., 2012; Tahapari ., b io t e kn o lo gi BRBIH yan g t e rlib at d alam ke giat an 2017). Pada ikan rainbow Ajamaru yang dipelihara pada penelit ian ini. lingkungan berbeda menghasilkan keragaman genot ipe yan g b e rb e d a kar e n a r e sp o n s ge n o t ip e d a ri t iap

  DAFTAR ACUAN individu dan daya adapt asi ikan berbeda-beda.

  Ambar wat i, E. (2016). Pengant ar genet ika kuant it at if.

  Jogjakart a: Gadjah Mada University Press, 118 hlm.

  KESIM PULAN Ariyan t o , D., Ro b isalmi, A., & Fajar wat i, D. (2011 ).

  Keragaman genet ik ikan rainbo w Ajamaru memiliki

  Oreochromis

  Evaluasi daya t ahan lar va ikan nila ( nilai keragaman yang t inggi pada kisaran 62,5-73,43%,

  nilot icus

  ) pada media bersalinit as. Surabaya, Indo - yang t ert inggi pada ikan b ud id aya di De po k. Nilai nesia: Pro sidin g Seminar Nasio nal Kelaut an VII,

  Het ero zigo sit as pada ikan alam lebih rendah (0,172) hlm. 37-43. dibanding ikan budidaya di Papua (0,241) dan di Depo k Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari. (0,270). Jarak genet ik t erjauh adalah ant ara po pulasi

  (2008). Penent uan genet ik ikan Batak ( Tor soro ) dari ikan alam dan po pulasi ikan budidaya Papua sedangkan Sumat era Ut ara dan Jawa Barat de ngan met o de jarak genet ik t erde kat adalah ant ara po pulasi ikan

  Random Amplified Polymorphism DNA analisis (RAPD).

  budidaya di Papua dengan di Depo k. Karakt er genot ipe

  Jurnal Riset Akuakult ur , 3(1), 91-97.

  yang dihasilkan pada ikan rainbo w Ajamaru dari alam Effendi, I. (2004). Pengant ar Akuakult ur. Jakart a, In- dan budidaya adalah berbeda nyata (P< 0,05). Perbedaan do nesia: Penebar Swadaya, 188 hlm. yan g dih asilkan dari karakt er gen o t ip e in i karen a

  Co p yrig ht @ 20 18, Jurnal Riset Akuakultur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6 534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (2), 2018, 105-113

  Wardana, I K. (2010). Karakt er genet ik induk (F-0) dan t urunannya (F-1) pada ikan hias laut clo wn (

  m o r fo m e t r ik d a n ge no t ipe ikan gabu s (

  Channa st r iat a

  ) dari Jawa Barat , Sumat era Selat an, dan Kalimant an Tengah.

  Jurnal Riset Akuakult ur , 10(4), 501-509.

  Lant e, S., Tenriulo , A., & Palinggi, N.N. (2012). Variasi ge n e t ik ika n b a ro n an g ( Si ganus gut at us ) a sa l perairan Barru, Lampung, dan Soro ng menggunakan pe nand a RAPD (

  Randomly Amplified Polymorfism DNA). Jurnal Riset Akuakult ur, 7(2), 195-204.

  Miller, M.P. (1997). To o ls fo r Po pulat io n Genet ic Analy- ses (TFPGA). Versio n 1.3. USA: No rt hern Arizo na Un ive rsit y. Se m b ir in g , S.B.M., Se t ia w a t i, K.M., Ha r ya n t i, &

  Amphiprion percula

  Ke r a g a m a n fe n o t ip e

  ) menggunakan marker RAPD (

  Random Amplified Polymorfism DNA).

  Jurnal Riset Akuakult ur,

  5(2), 183-190. Tahapari, E., Darmawan, J., & Dewi, R.R.S.P.S. (2017).

  Da ya a d a p t a s i t ig a s p e s ie s ik a n p a t in p a d a lingkungan yang berbeda.

  Jurnal Riset Akuakult ur, 12(3), 253-261.

  Tappin, A.R. (2016). Rainbo wfish: Melano t aenia and Pseudo mugilidae, rainbo wfish species. Aust ralia: Ar t Pu b lic a t io n s . We b s it e : h t t p :// rainbowfishes.angfaqld.org.au/melano.htm diakses

  t r u ss

  Ku s m in i, I.I., Pr ako so , V.A., & Ku sd ia r t i. (2 0 1 5 ).

  Gardner, E.J., Simmo ns, M.J., & Snust ad, P.D. (1991).

  (201 0). Descript io n o f M elanot aenia fasinensis , a new spesies o f rainbo wfish (

  Po pulat io n and evo lut io nar y genet ics in principles o f g e n e t ic. Ne w Yo r k , Ch ich e s t e r Br is b a n e , To ro nt o , Singapo re: Jho n Wiley and So ns Inc., p. 566-580. Hayuningt yas, E.P. & Kadarini, T. (2016). Keragaman ge n o t ip e ikan rain b o w Ku ru m o i ( M elanot aenia

  parva ) hasil do mest ikasi berdasarkan RAPD.

  Jurnal Riset Akuakult ur

  , 11(2), 107-114.

  IUCN. (2 017).

  M elanot aenia aj amaruensis

  : The IUCN Re d Lis t o f Th r e a t e n e d Sp e c ie s . We b s it e : www.iucn redlist .o rg/det ails/1 3055/0. diakses 28 Mei 2018. Kad aru s m an , Su d art o , Par ad is , E., & Po u yau d , L.

  M elanot aeniidae

  , 12(3), 203-211.

  ) fro m We st Papu a, Ind o n esia wit h co m men t s o n The Redisco ver y o f

  M . Aj amaruensis

  and The Endan- gered Stat us o f

  M . parva. Cybium Int ernat ional Jour- nal of Icht hyology

  , 34(2), 207-215. Krist ant o , A.H., Sub agja, J., Cah yant i, W., & Arifin,

  O.Z. (2017). Evaluasi variasi feno t ipe dan geno t ipe ikan t ambakan dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi dengan t russ mo rfo met rik dan Random

  Amplified Polymor phic DNA (RAPD).

  Jur nal Riset Akuakult ur

  23 Maret 2018.