Analisis Keanekaragaman Genetik Markisa (Passiflora spp.) Di Sumatera Utara Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
Lampiran 1. Koleksi 31 Aksesi Tanaman Markisa di Sumatera Utara No. NO KODE JENIS DESA/KELURAHAN KECAMATAN KABUPATEN LAHAN/KEBUN
17 MUK7 Ungu SEBERAYA TIGA PANAH KARO Menjalar pada tanaman jeruk
30 MUS6 Ungu DESA NEGRI DOLOK SILAU KAHEAN SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman pagar
29 MUS5 Ungu DESA PANRIBUAN DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi
28 MUS4 Ungu DESA TANJUNG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi
27 MUS3 Ungu DESA TAMBAK BAWANG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman jeruk
26 MUS2 Ungu DESA BAWANG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi
25 MUS1 Ungu NAGORI UJUNG BAWANG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi
24 MGK1 Giant TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu
23 MKK1 Kuning TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu
22 MMK1 Merah TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu
21 MFK1 F1 TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu
20 MLK1 Konyal AEK HOTANG MEREK KARO Menjalar pada pacak kayu
19 MUK9 Ungu KUTAMBELIN JUHAR KARO Menjalar pada tanaman pagar
18 MUK8 Ungu LINGGA SIMPANG 4 KARO Menjalar pada batang kayu
16 MUK6 Ungu BUNURAYA TIGA PANAH KARO Menjalar pada tanaman kopi
1 MUH1 Ungu JANJI HUTA NAPA PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada kopi
15 MUK5 Ungu LAUCIMBA KABAN JAHE KARO Menjalar pada tanaman jeruk
14 MUK4 Ungu KABAN KABAN JAHE KARO Menjalar pada tanaman jeruk
13 MUK3 Ungu DOLOK RAKYAT DOLOK RAKYAT KARO Menjalar pada pacak kayu
12 MUK2 Ungu PARTUMBUKEN BARUS JAHE KARO Menjalar pada pacak kayu
11 MUK1 Ungu BARUS JAHE BARUS JAHE KARO Menjalar pada pacak kayu
10 MMT1 Merah PARDOMUAN NAINGGOLAN PAHAE JAE TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar
9 MFT1 F1 ONNANRUNGGU 1 SIPAHUTAR TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar
8 MKT3 Kuning SABUNGAN NI HUTA 2 SIPAHUTAR TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar
7 MKT2 Kuning PARSIBARUNGAN PANGARIBUAN TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar
6 MKT1 Kuning HARIANJA PANGARIBUAN TAPANULI UTARA Menjalar pada kopi
5 MUH4 Ungu PUSUK 2 SIMANINGGIR PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada pohon besar
4 MLH1 Konyal PUSUK BUHIT PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada kopi
3 MUH3 Ungu PUSUK BUHIT PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada batang kayu
2 MUH2 Ungu JANJI HUTA NAPA PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada kopi
31 MW1 Liar - - - -
Lampiran 2. Hasil Pengukuran Kuantitas DNA dengan Menggunakan
Nanophotometer Kode Sampel Kemurnian (A260/280) Konsentrasi (ng/µl)MUH1 1,600 404
MUH2 1,758 455
MUH3 1,554 2552
MLH1 1,879 840
MUH4 1,886 937
MKT1 1,789 783
MKT2 1,643 805
MKT3 1,700 42,5
MFT1
1,890
88 MMT1 1,749 2253 MUK1
1,563 1709 MUK2
1,965 1988 MUK3
1,368 885 MUK4
1,570 800 MUK5
1,840 290 MUK6
1,794 1904 MUK7
1,924 1080 MUK8
1,888 209 MUK9
1,709 3211 MLK1
1,807 2233 MFK1
1,617 3490 MMK1
1,518 295 MKK1
1,422 1362 MGK1
1,882 1222 MUS1
1,578 334
Lampiran 3. Gambar Hasil Amplifikasi DNA Markisa berdasarkan Teknik RAPD
A. Primer OPA 04
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1500 1000
750 500 250
M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 1500 1000 B. Primer OPB 08 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1500 1000
750 500 250
M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 1500 1000
750 500
C. Primer OPB 18 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1500 1000
750 500 250
M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 1500 1000
750 500 250
Lampiran 4. Matriks Kemiripan Genetik Markisa Ungu (Passiflora edulis)
AKSESI MUH1 MUH2 MUH3 MUH4 MUK1 MUK2 MUK3 MUK4 MUK5 MUK6 MUK7 MUK8 MUK9 MUS1 MUS2 MUS3 MUS4 MUS5 MUS6 MW1
MUH10.70
0.96
1.00 MUS4
0.78
0.76
0.76
0.82
0.74
0.76
0.77
0.73
0.61
0.68
0.68
0.70
0.68
0.92
0.96
0.97
1.00 MUS5
0.77
0.74
0.72
0.95
0.68
0.73
0.69
0.74
0.78
0.70
0.72
0.73
0.69
0.69
0.62
0.66
0.69
0.93
0.65
1.00 MUS3
0.76
0.73
0.76
0.80
0.72
0.73
0.74
0.70
0.68
0.58
0.78
0.74
0.77
0.70
0.85
0.97
1.00 MW1
0.84
0.81
0.76
0.85
0.74
0.76
0.72
0.73
0.89
0.69
0.70
0.70
0.70
0.70
0.69
0.68
0.70
0.69
0.66
0.88
0.85
0.76
1.00 MUS6
0.72
0.72
0.62
0.69
0.72
0.72
0.88
0.89
0.91
0.88
0.74
0.69
0.72
0.69
0.76
0.70
0.72
0.73
0.69
0.69
0.62
0.66
0.69
0.74
1.00 MUS2
1.00 MUH2
0.73
0.73
0.70
0.68
0.74
0.88
0.89
0.96
1.00 MUK5
0.76
0.76
0.74
0.93
0.85
0.86
0.85
0.84
1.00 MUK6
0.72
0.69
0.64
0.70
0.76
1.00 MUK4
0.89
0.78
0.72
0.97
1.00 MUH3
0.86
0.86
1.00 MUH4
0.91
0.88
0.80
1.00 MUK1
0.74
0.69
0.76
0.78
1.00 MUK2
0.76
0.73
0.70
0.80
0.96
1.00 MUK3
0.74
0.72
0.69
0.77
0.80
0.70
0.78
0.72
0.82
0.81
0.82
0.81
0.81
0.77
0.84
0.84
1.00 MUS1
0.76
0.76
0.78
0.77
0.72
0.73
0.74
0.73
0.70
0.64
0.68
0.73
0.76
0.76
0.85
0.88
1.00 MUK7
0.73
0.70
0.68
0.72
0.82
0.81
0.82
0.81
0.86
1.00 MUK8
1.00 MUK9
0.76
0.73
0.68
0.74
0.85
0.84
0.85
0.86
0.86
0.88
0.92
1.00
Lampiran 5. Matriks Kemiripan Genetik Markisa (Passiflora sp.)
AKSESI MUH1 MUH2 MUH3 MLH1 MUH4 MKT1 MKT2 MKT3 MFT1 MMT1 MUK1 MUK2 MUK3 MUK4 MUK5 MUK6 MUK7 MUK8 MUK9
MUH10.78
0.73
0.73
0.72
0.70
0.73
0.73
0.76
0.84 MGK1
0.84
0.72
0.74
0.81
0.78
0.80
0.78
0.80
0.68
0.69
0.61
0.68
0.68
0.69
0.73
0.68
0.81
0.74
0.73
0.72
0.76
0.74
0.66
0.73
0.76
0.77
0.81
0.82
0.76
0.78
0.84 MUS1
0.76
0.73
0.74
0.78
0.78
0.80
0.81
0.69
0.68
0.70
0.70
0.74
0.76
0.77
0.78
0.66
0.68
0.59
0.66
0.66
0.69
0.70
0.69
0.69
0.69
0.82 MFK1
0.77
0.77
0.70
0.80
0.74
0.76
0.77
0.74
0.68
0.78
0.68
0.85 MKK1
0.85
0.82
0.78
0.82
0.77
0.78
0.77
0.66
0.80
0.68
0.57
0.64
0.64
0.68
0.66
0.66
0.66
0.66
0.82 MMK1
0.73
0.64
0.78
0.74
0.74
0.73
0.74
0.73
0.65
0.72
0.74
0.78
0.80
0.74
0.72
0.77
0.73 MUS5
0.70
0.68
0.61
0.70
0.73
0.77
0.76
0.74
0.76
0.72
0.74
0.70
0.69
0.66
0.62
0.69
0.69
0.73
0.72
0.70
0.72
0.62
0.62
0.69
0.72
0.76
0.77
0.72
0.72
0.74
0.77 MUS6
0.72
0.69
0.76
0.66
0.68
0.74
0.74 MUS3
0.69
0.66
0.62
0.69
0.69
0.73
0.72
0.70
0.73
0.73
0.65
0.72
0.74
0.78
0.77
0.77
0.74
0.77
0.76 MUS2
0.73
0.76
0.78
0.73
0.58
0.76
0.82
0.78
0.78
0.76
0.78
0.73 MUS4
0.68
0.65
0.68
0.78
0.70
0.74
0.73
0.72
0.73
0.72
0.64
0.70
0.73
0.80
0.77
0.74
1.00 MUH2
0.65
0.76
0.80
0.73
0.73
0.73
0.76
1.00 MUK2
0.77
0.78
0.72
0.66
0.74
0.78
0.74
0.72
0.72
0.74
1.00 MUK1
0.91
0.82
0.86
0.73
0.80
0.85
0.77
0.70
0.74
0.70
0.70
0.70
0.73
1.00 MUK4
0.93
0.89
0.78
0.78
0.65
0.72
0.72
0.76
0.72
0.72
0.72
0.74
1.00 MUK3
0.96
0.89
0.86
0.64
0.85
0.86
1.00 MKT2
0.91
0.84
0.84
0.86
0.89
1.00 MKT1
0.85
0.88
0.81
0.91
1.00 MUH4
0.84
0.84
0.86
1.00 MLH1
0.95
0.95
1.00 MUH3
0.97
0.84
0.81
0.81
0.85
0.84
0.86
1.00 MMT1
0.84
0.91
0.91
0.92
0.82
0.82
0.88
0.88
1.00 MFT1
0.91
0.91
0.81
0.74
0.74
0.77
0.80
1.00 MKT3
0.97
0.70
0.77
0.73
0.85
0.73
0.76
1.00 MUK9
0.92
0.88
0.86
0.86
0.85
0.84
0.73
0.76
0.74
0.64
0.73
0.73
0.74
0.73
0.73
0.73
0.76
1.00 MUK8
0.73
0.74
0.86
0.89
0.68
0.72
0.74
0.76
0.77
0.77
0.77
0.77
1.00 MLK1
0.86
0.73
0.80
0.84
0.86
0.88
0.86
0.88
0.76
0.74
0.66
0.70
0.88
0.81
0.76
0.64
0.69
0.72
1.00 MUK6
0.84
0.85
0.86
0.85
0.78
0.77
0.70
0.66
0.73
0.74
0.73
0.76
0.76
0.76
1.00 MUK5
0.96
0.89
0.88
0.69
0.70
0.82
0.70
0.81
0.82
0.76
0.74
0.66
0.70
0.73
0.72
0.70
0.70
0.73
0.72
1.00 MUK7
0.85
0.80
0.78
0.77
0.76
0.72
0.73
0.62
0.69
0.74
AKSESI MUK9 MLK1 MFK1 MMK1 MKK1 MGK1 MUS1 MUS2 MUS3 MUS4 MUS5 MUS6 MW1
MUH1 MUH2 MUH3 MLH1 MUH4 MKT1 MKT2 MKT3 MFT1 MMT1 MUK1 MUK2 MUK3 MUK4 MUK5 MUK6 MUK7 MUK8 MUK91.00 MLK1
0.82
1.00
0.82
0.84
1.00 MFK1 MMK1
0.85
0.78
0.92
1.00 MKK1
0.84
0.82
0.82
0.85
1.00
0.84
0.77
0.72
0.72
0.76
1.00 MGK1
MUS1
0.76
0.74
0.66
0.64
0.68
0.68
1.00 MUS2
0.74
0.73
0.65
0.62
0.66
0.66
0.93
1.00
0.73
0.72
0.64
0.61
0.65
0.65
0.95
0.96
1.00 MUS3 MUS4
0.73
0.74
0.66
0.64
0.68
0.65
0.92
0.96
0.97
1.00 MUS5
0.77
0.70
0.68
0.65
0.69
0.69
0.88
0.89
0.91
0.88
1.00
0.74
0.68
0.65
0.62
0.66
0.66
0.85
0.89
0.88
0.85
0.97
1.00 MUS6 MW1
0.72
0.70
0.65
0.65
0.66
0.64
0.88
0.86
0.85
0.88
0.84
0.81
1.00
Lampiran 6. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
A. Pembuatan Larutan Stok
- Tris HCL 1 M pH 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g.
Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan sampai homogen, selanjutnya ditambah 4,2 ml HCL pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml. Larutan disterilkan dengan autoklaf.
- EDTA 0,5 M pH 8.0 (100 ml) : Timbang EDTA sebanyak 18,612 g dan NaOH 2.0 g. Masukkan kedalam Erlenmeyer dan ditambah 80 ml aquades.
Selanjutnya, ditambahkan HCL pekat sedikit demi sedikit sampai pH 8, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml. Larutan disterilkan dengan autoklaf.
- NaCl 5 M (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 29,22 g. Masukkan
kedalam Erlenmeyer dan ditambahkan aquades hingga larutan mendekati 100 ml dan diaduk. Kemudian volume ditepatkan dengan dengan aquades hingga 100 ml. Larutan disterilkan dengan autoklaf.
B. Pembuatan Larutan Bufer
- CTAB 2 % (100 ml)
- Buffer TAE 1 X (1000 ml)
Buffer TAE 50 X = 20 ml Aquades = 980 ml
- Kloroform Isoamilalkohol 24:1 (50 ml)
Kloroform = 48 ml Isoamilalkohol = 2 ml
Lampiran 7. Jenis Markisa yang Dikoleksi di Sumatera Utara
a. Markisa Konyal (Passiflora ligularis)
b. Markisa Erbis/Giant (Passiflora quadrangularis)
c. Markisa Merah (Passiflora edulis f. edulis)
d. Markisa Kuning (Passiflora edulis f. flavicarpa)
e. Markisa Ungu (Passiflora edulis)
f. Markisa Liar (Passiflora foetida)