Karakterisik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus (Bloch, 1792)
KARAKTERISIK FENOTIP MORFOMETRIK DAN GENOTIP
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
IKAN BETOK Anabas testudineus (Bloch, 1792)
ULFAH FAYUMI
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Karakterisik Fenotip
Morfometrik dan Genotip RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Ikan
Betok Anabas testudineus (Bloch, 1792)” adalah benar karya saya dengan arahan
dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan dan tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2013
Ulfah Fayumi
NIM C14090021
ABSTRAK
ULFAH FAYUMI. Karakteristik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus (Bloch,
1792). Dibimbing oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan RUDHY
GUSTIANO.
Identifikasi fenotip dan genotip diperlukan untuk memetakan struktur
populasi suatu spesies ikan secara geografis di wilayah perairan. Tujuan penelitian
ini adalah untuk menganalisis keragaman genetik berdasarkan karakteristik
fenotip morfometrik dan genotip RAPD ikan betok populasi Kalimantan, Jawa
dan Sumatera. Karakterisasi fenotip morfometrik ikan betok dilakukan dengan
metode truss morfometrik dan identifikasi genotip RAPD menggunakan tiga
primer RAPD (OPA 07, OPC 02 dan OPC 05). Tingkat polimorfisme dan
heterozigositas ikan betok populasi Kalimantan merupakan yang paling tinggi
yaitu 39,29% dan 0,16. Jarak genetik interpopulasi ikan betok Kalimantan,
Sumatera dan Jawa berkisar antara 0,17 dan 0,39. Populasi Kalimantan
menunjukkan kemiripan truss morfometrik dengan populasi Sumatera sebesar
49,97%, sedangkan dengan populasi Jawa sebesar 24,96%.
Kata kunci: RAPD, morfometrik, ikan betok Anabas, polimorfisme, jarak genetik
ABSTRACT
ULFAH FAYUMI. Morphometric Phenotype Characteristics and RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA) Genotype of Climbing Perch Anabas testudineus
(Bloch 1792). Supervised by DINAR TRI SOELISTYOWATI and RUDHY
GUSTIANO.
The identification of phenotype and genotype is needed for mapping the
population structure geographically of a fish species in the waters territory. The
purpose of this research was to analyze the genetic variability based on the
morphometric phenotype characteristics and RAPD genotypes of climbing perch
fish population of Kalimantan, Java and Sumatera. Characterization of phenotypes
were conducted using a method of morphometric truss and typing of genotype by
using three primers of RAPD (OPA-07, OPA-02, and OPC 05). The
polymorphism level and heterozygosity of climbing perch fish population of
Kalimantan was higher than the population of Java and Sumatera, wich reached
39,29% and 0,16. The genetic distance between climbing perch fish population of
Kalimantan, Java and Sumatera ranged from 0,17 to 0,39. The population of
Kalimantan showed the similarity of morphometric truss with Sumatera
population about 49,97%, while with the population of Java was 24,96%.
Keywords: RAPD, morphometric, climbing perch fish, polymorphism, genetic
distance
KARAKTERISIK FENOTIP MORFOMETRIK DAN GENOTIP
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
IKAN BETOK Anabas testudineus (Bloch, 1792)
ULFAH FAYUMI
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan
pada
Departemen Budidaya Perairan
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
Judul Skripsi : Karakterisik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus
(Bloch, 1792)
Nama
: Ulfah Fayumi
NIM
: C14090021
Program Studi : Teknologi dan Manajemen Budidaya Perairan
Disetujui oleh
Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA
Pembimbing I
Dr Ir Rudhy Gustiano, M Sc
Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir Sukenda, M Sc
Ketua Departemen
Tanggal Lulus:
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat serta
karuniaNya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul
“Karakterisik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus (Bloch, 1792)”.
Terima kasih penulis ucapkan kepada kedua orang tua penulis yaitu Bapak
Ashari dan Ibu Umi Mahmudah, serta Adik Imdadussahidiin Husain Azhar atas
segala doa, kasih sayang, semangat dan dukungan tiada henti. Ucapan terima
kasih penulis sampaikan kepada Dr Ir Dinar Tri Soelistyawati, DEA dan Dr Ir
Rudhy Gustiano, M Sc selaku pembimbing, Dr Ir Nur Bambang Priyo Utomo, M
Si selaku penguji tamu serta Dr Ir Eddy Supriyono, M Sc selaku pembimbing
akademik yang telah memberikan banyak bimbingan dan arahan. Di samping itu,
penulis berterima kasih kepada Kepala Balai Penelitian dan Pengembangan
Budidaya Air Tawar Bogor, Ibu Irin Iriana, Mba Sri Sundari, Mba Fera dan Ibu
Iskandariah yang telah banyak membantu penulis selama penelitian. Penghargaan
penulis sampaikan kepada seluruh dosen beserta staf Departemen Budidaya
Perairan atas bimbingan dan bantuannya. Ungkapan terima kasih juga
disampaikan kepada teman-teman BDP 46, Sakura, Sweethome serta temanteman dari lorong 9 atas persahabatannya.
Semoga skripsi ini dapat memberikan banyak manfaat dan pengetahuan
kepada pembaca.
Bogor, Juli 2013
Ulfah Fayumi
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL ................................................................................................. vi
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ vi
DAFTAR LAMPIRAN ......................................................................................... vi
PENDAHULUAN ................................................................................................ 1
Latar Belakang .................................................................................................. 1
Tujuan Penelitian ............................................................................................... 2
METODE .............................................................................................................. 2
Materi Uji .......................................................................................................... 2
Prosedur Penelitian ............................................................................................ 2
Analisis data ...................................................................................................... 4
HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................................. 5
Hasil................................................................................................................... 5
Pembahasan ....................................................................................................... 9
KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................................. 11
Kesimpulan ........................................................................................................ 11
Saran ................................................................................................................. 11
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 12
LAMPIRAN .......................................................................................................... 14
RIWAYAT HIDUP ............................................................................................... 23
DAFTAR TABEL
1 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik pada ikan betok ............................ 3
2 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan betok ............. 4
3 Rata-rata 21 karakter morfometrik populasi ikan betok Kalimantan,
Sumatera dan Jawa ........................................................................................ 5
4 Jumlah dan ukuran fragmen DNA 3 populasi ikan betok ........................... 8
5 Presentase polimorfisme dan heterozogositas 3 populasi ikan betok ........... 8
6 Uji perbandingan berpasangan Fst dari rata-rata 3 lokus .............................. 9
7 Jarak genetik 3 populasi ikan betok .............................................................. 9
DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6
7
8
Pengukuran karakter truss morfometrik ........................................................ 3
Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik ikan betok .............. 6
Dendogram hubungan intrapopulasi ikan betok ............................................ 6
Dendogram kemiripan ikan betok tiga populasi ............................................ 7
Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPA 07 .................................. 7
Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 02 .................................. 7
Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 05 .................................. 8
Dendogram kekerabatan genetik tiga populasi ikan betok........................... 9
DAFTAR LAMPIRAN
1 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas
testudineus) populasi Jawa .......................................................................... 14
2 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas
testudineus) populasi Sumatera ................................................................... 16
3 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas
testudineus) populasi Kalimantan ............................................................... 18
4 Uji MANOVA21 karakter morfometrik ikan betok Jawa, Kalimantan
dan Sumatera (Levene’s test) ....................................................................... 10
5 Hasil amplifikasi tiga primer (OPA 07, OPC 02, OPC 05)populasi ikan
betok (Jawa, Sumatera dan Kalimantan) ...................................................... 21
6 Gambar aliran sungai di Paparan Sunda ........................................................ 22
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ikan betok merupakan salah satu ikan ekonomis penting yang diminati oleh
masyarakat, terutama di Kalimantan (Yusuf 2010). Ikan betok termasuk jenis ikan
air tawar yang biasa ditemukan di daerah rawa, sawah, sungai kecil, kolam
maupun parit (Thakur 2004). Ikan betok memiliki toleransi yang tinggi terhadap
kondisi lingkungan yang tergolong ekstrim (Alam et al. 2006). Ikan ini mampu
bertahan di lingkungan yang bersifat asam maupun basa (Akbar 2008). Pada
musim kemarau, ikan betok dapat bertahan hidup di rawa yang memiliki sedikit
kandungan air dan kandungan oksigen yang rendah (Pandit dan Ghosh 2007). Hal
ini disebabkan karena ikan betok memiliki alat pernafasan tambahan berupa
labirin (Pellokia 2009).
Ikan betok sangat potensial dikembangkan sebagai bahan pangan bergizi di
wilayah dengan kondisi lingkungan perairan suboptimal atau kurang mendukung
yang disebabkan oleh pencemaran maupun kondisi lingkungan ekstrim melalui
kegiatan budidaya (Akbar 2008). Kemampuan suatu populasi dapat beradaptasi
dengan kondisi lingkungannya berkaitan dengan materi genetik yaitu keragaman
genetik populasi. Variasi genetik di dalam populasi sangat penting untuk
kelangsungan hidup suatu spesies dalam jangka waktu yang panjang serta dapat
menjamin kelenturan (fitness) populasi maupun spesies untuk bertahan terhadap
perubahan lingkungan (Dunham 2004). Semakin tinggi keragaman genetik suatu
populasi, maka kemampuan untuk dapat bertahan hidup dan beradaptasi semakin
tinggi.
Populasi ikan betok banyak tersebar di daerah Kalimantan, Jawa dan
Sumatera (Akbar 2008). Kondisi lingkungan yang berbeda diduga dapat
mempengaruhi keragaman fenotip dan genotip, terkait dengan sistem rekruitmen
induk dan pola breeding, serta kualitas perairan (Kirchoff et al. 1999; Peixoto et
al. 2004). Diperlukan adanya identifikasi fenotip dan genotip untuk memetakan
struktur populasi suatu spesies ikan secara geografis di wilayah perairan.
Perbedaan karakteristik fenotip dan genotip dapat digunakan untuk menentukan
hubungan kekerabatan interpopulasi spesies ikan (Akbar 2008).
Karakterisasi fenotip dapat diketahui salah satunya berdasarkan metode
morfometrik. Morfometrik merupakan ciri yang berkaitan dengan ukuran tubuh
atau bagian tubuh ikan. Pengukuran dengan metode morfometrik dapat dilakukan
dengan menghubungkan titik pada kerangka tubuh ikan (Swain dan Foote 1999).
Karakterisasi fenotip dengan metode morfometrik lebih mudah dilakukan dengan
biaya yang lebih murah. Metode untuk karakterisasi genotip diantaranya adalah
analisa molekuler dengan menggunakan metode Random Amplified Polymorphic
DNA (RAPD). RAPD mampu mendeteksi sekuen nukleotida hanya dengan satu
primer, polimorfisme tinggi serta efektif dapat digunakan tanpa mengetahui latar
belakang genom sebelumnya (Dunham 2004). Informasi mengenai keragaman
genetik ikan betok pada populasi Kalimantan, Jawa dan Sumatera dapat
digunakan sebagai data base dalam pengelolaan populasi dan pemuliaan untuk
meningkatkan produktifitas serta kelestarian ikan betok.
2
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik berdasarkan
karakteristik fenotip morfometrik dan genotip RAPD tiga populasi ikan betok dari
lokasi yang berbeda, yaitu Kalimantan, Jawa dan Sumatera.
METODE
Materi Uji
Hewan uji yang digunakan adalah ikan betok Anabas testudineus koleksi
Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor. Sampel ikan
betok yang digunakan berasal dari tiga lokasi yang berbeda, yaitu Kalimantan
(Kalimantan Tengah), Jawa (Bekasi) dan Sumatera (Jambi). Jumlah sampel yang
digunakan untuk pengukuran karakteristik morfometrik sebanyak 30 ekor,
sedangkan untuk analisis RAPD digunakan sebanyak 10 ekor ikan pada masingmasing populasi.
Prosedur Penelitian
Karakterisasi fenotip morfometrik
Karakterisasi fenotip morfometrik pada ikan betok dilakukan dengan
menggunakan metode truss morfometrik. Metode ini dilakukan dengan mengukur
jarak titik-titik tanda yang dibuat pada kerangka tubuh ikan betok. Titik tanda
dibuat dengan cara ikan diletakkan di atas kertas, kemudian titik tanda pada ikan
ditentukan menggunakan jarum sehingga titik tanda terlihat dengan jelas. Masingmasing jarak antar titik yang terdapat di seluruh badan ikan dihubungkan dengan
menggunakan penggaris. Pemilihan titik truss pada ikan betok diadaptasi dari
pemilihan titik truss ikan nilem oleh Mulyasari (2010), yaitu:
1. Titik di bagian bawah operkulum
2. Titik di ujung mulut
3. Titik di ujung tengkorak
4. Titik di awal sirip punggung
5. Titik di akhir sirip punggung
6. Titik di atas sirip ekor
7. Titik di bawah sirip ekor
8. Titik di akhir sirip anal
9. Titik di awal sirip anal
10. Titik di awal sirip perut
Setelah kesepuluh titik tersebut diperoleh, masing-masing jarak antar titik
diukur dengan menggunakan penggaris. Kemudian, jarak antar titik tersebut
dihubungkan dan diukur dengan penggaris sehingga dari 10 titik dapat
menghasilkan 21 karakter morfometrik (Gambar 1 dan Tabel 1) yaitu:
3
Gambar 1 Titik karakter truss morfometrik.
Tabel 1 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik pada ikan betok
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
Bidang Truss
Kepala
Tengah Tubuh
Tubuh Belakang
Pangkal
Kode
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
Deskripsi Jarak
Awal sirip perut - bawah operkulum
Bawah operkulum - ujung mulut
Ujung mulut - ujung tengkorak
Ujung tengkorak - awal sirip perut
Awal sirip perut - ujung mulut
Ujung tengkorak - bawah operkulum
Awal sirip anal - awal sirip perut
Ujung tengkorak - awal sirip punggung
Awal sirip punggung - awal sirip anal
Awal sirip anal - bagian ujung tengkorak
Awal sirip punggung - akhir sirip perut
Awal sirip anal - akhir sirip anal
Awal sirip punggung - akhir sirip punggung
Akhir sirip punggung - akhir sirip anal
Awal sirip punggung - akhir sirip anal
Akhir sirip punggung - awal sirip anal
Akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip punggung - awal sirip ekor atas
Awal sirip ekor atas - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip punggung - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip anal - awal sirip ekor atas
Karakterisasi genotip
Ekstraksi DNA
Spesimen yang diambil dari sampel ikan berupa sirip dorsal kemudian
dibilas dengan akuades sebanyak dua kali. Sirip dipotong menjadi beberapa
bagian, dikeringkan dengan tisu, dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1.5 ml
kemudian dilisis dengan laturan urea sebanyak 500 µl dan protein kinase 10 µl.
Setelah itu dihomogenkan menggunakan vortex selama satu menit dan diinkubasi
pada suhu 37°C selama 24 jam atau hingga sirip ikan hancur. Kemudian
ditambahkan larutan phenol:chloroform:isoamialkohol dengan perbandingan
25:24:1 sebanyak 1000 µl. Setelah itu dihomogenkan menggunakan vortex selama
satu menit dan disentrifuse dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit.
Supernatan yang terbentuk dipindahkan ke tabung yang baru dan ditambahkan
etanol 90% sebanyak 1000 µl dan Na–asetat sebanyak 10 µl lalu dihomogenkan
4
menggunakan vortex dan di sentrifuse dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10
menit. Supernatan dibuang dan natan dikering anginkan hingga etanol menguap.
DNA dilarutkan dengan menambah bufer Tris-EDTA sebanyak 100 µl .
Amplifikasi DNA dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)
Pertama, dilakukan seleksi primer untuk mendapatkan jenis primer yang
sesuai. Setelah didapatkan primer yang sesuai, amplifikasi DNA dilakukan dengan
metode PCR. Primer yang digunakan adalah OPA 07, OPC 02 dan OPA 05 (Tabel
2).
Tabel 2 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan betok
Sekuen Nukleotida (5’→3’)
GAAACGGGTG
GTGAGGCGTC
GATGACCGCC
Primer
OPA 07
OPA 02
OPA 05
Komposisi bahan yang digunakan adalah 1 µ DNA template, 1 µl primer,
10.5 µl akuades dan 12.5 µl taq polymerase cair. Bahan dihomogenkan dengan
vortex dan di spin down hingga tidak ada gelembung yang terbentuk pada
eppendorf. Bahan kemudian dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan program 1
siklus predenaturasi pada 94°C selama 5 menit, selanjutnya 40 siklus yang
meliputi denaturasi pada 94°C selama 40 detik, annealing (penempelan primer)
pada suhu 35°C selama 1 menit dan elongasi pada pada suhu 72°C selama 2 menit
dan elongasi akhir pada 72°C selama 7 menit dan penstabilan suhu sebesar 4°C
selama 3 menit (Hassanein et al. 2004).
Elekroforesis
Keberhasilan amplifikasi primer RAPD yang digunakan dikonfirmasi
dengan elektoforesis menggunakan gel agarose 2%. Gel agarose dibuat dengan
mencampurkan sebanyak 0.6 gram bubuk agarose dengan 30 ml TBE Buffer.
Larutan tersebut diaduk dan dipanaskan di atas hot plate pada suhu 150°C hingga
larutan berwarna bening. Larutan ditambah 10 µl etidum bromide dan dituang ke
cetakan agar serta dibuat sumur gel menggunakan sisir gel. Gel yang telah
mengeras ditempatkan pada alat elektroforesis dan ditambahkan TBE Buffer
hingga gel terendam. Kemudian, sebanyak 10 µl bahan hasil PCR ditambah
dengan 3 µl loading dye dimasukkan ke sumur gel dan dielektroforesis selama 30
menit. Setelah itu, gel dilihat dengan cahaya ultraviolet untuk dokumentasi
dengan kamera.
Analisis data
Parameter yang dianalisis pada penelitian ini adalah tingkat keragaman
morfometrik dan genotip intrapopulasi dan interpopulasi menggunakan Anova
dan Manova. Data seluruh pengukuran karakteristik morfometrik dikonversi ke
dalam rasio antara setiap pengukuran dibagi dengan panjang standar. Hubungan
kekerabatan genotip interpopulasi yang meliputi meliputi tingkat polimorfisme,
heterozigositas, uji perbandingan berpasangan Fst dan jarak genetik dianalisis
dengan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Average
(UPGMA) dan data biner dinalisis dengan program Tools For Population and
Genetic Analysis (TFPGA) kemudian disajikan dalam bentuk dendrogram.
5
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Karakteristik Morfometrik
Rata-rata 21 karakter morfometrik pada tiga populasi ikan betok disajikan
pada Tabel 3 (Lampiran 1, 2 dan 3). Berdasarkan uji Levene’s test (Lampiran 4),
tiga karakter yang berbeda nyata yaitu karakter A6 (jarak antara ujung tengkorak
dengan bawah operkulum), C1 (Jarak antara awal sirip anal dengan akhir sirip
anal) dan C3 (jarak antara akhir sirip punggung dengan akhir sirip anal) (p≤0.05).
Tabel 3 Rata-rata 21 karakter morfometrik populasi ikan betok Kalimantan,
Sumatera dan Jawa
Karakter
Jawa
Kalimantan
Sumatera
Levene’s test
A1
0.55±0.29
0.79±0.40
0.66±0.39
0.930
A2
1.05±0.66
1.14±0.67
0.92±0.55
0.377
A3
1.00±0.66
1.26±0.76
1.09±0.71
0.343
A4
1.26±0.80
1.59±0.96
1.18±0.74
0.210
A5
1.51±0.99
1.82±1.11
1.51±0.97
0.646
A6
1.11±0.71
1.35±0.81
1.02±0.64
0.010*
B1
0.76±0.42
1.16±0.62
0.88±0.51
0.798
B2
0.43±0.20
0.48±0.23
0.40±0.19
0.287
B3
1.46±0.93
1.96±1.17
1,47±0.91
0.607
B4
1.67±1.08
2.26±1.36
1.68±1.06
0.294
B5
1.21±0.77
1.52±0.90
1.14±0.71
0.105
C1
1.33±0.88
1.76±1.09
1.40±0.89
0.049*
C2
2.16±1.44
2.78±1.71
2.27±1.46
0.179
C3
0.64±0.40
0.79±0.47
0.63±0.37
0.007*
C4
2.37±1.59
3.20±1.98
2.49±1.61
0.828
C5
1.52±0.99
1.95±1.20
1.56±0.98
0.073
D1
0.28±0.11
0.27±0.09
0.24±0.10
0.140
D2
0.30±0.13
0.36±0.13
0.31±0.15
0.071
D3
0.59±0.36
0.74±0.42
0.59±0.35
0.108
D4
0.65±0.41
0.82±0.48
0.67±0.36
0.070
0.65±0.41
: * = berbeda nyata (≤ 0.05)
0.80±0.44
0.66±0.40
0.309
D5
Keterangan
Karakteristik fenotip truss morfometrik berdasarkan koefisien keragaman
berkisar antara 0.03-0.27 (Gambar 2). Karakter D1 (jarak antara akhir sirip anal
dengan awal bawah sirip ekor) memiliki koefisien keragaman yang paling tinggi
dibanding dengan karakter lain, yaitu berkisar antara 0.2-0.27. Sedangkan karakter
C4 (jarak antara awal sirip punggung dengan akhir sirip anal) memiliki koefisien
keragaman paling rendah, yaitu sebesar 0.03.
6
0,3000
0,2500
CV
0,2000
0,1500
JAWA
KALIMANTAN
0,1000
SUMATERA
0,0500
0,0000
A1A2A3A4A5A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5D1D2D3D4D5
Karakter
Gambar 2 Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik tiga populasi
ikan betok (Jawa, Kalimantan dan Sumatera).
Berdasarkan analisis dendrogram kemiripan 21 karakter truss
morfometrik tiga populasi ikan betok (Gambar 3) menunjukkan bahwa terdapat
dua pengelompokan karakter pada tingkat kemiripan lebih dari 90% dan 66%
yang mewakili pemisahan grup 1 (karakter A1, jarak antara awal sirip perut
dengan bawah operkulum) dan grup 2 (karakter D2, jarak antara akhir sirip
punggung dengan awal sirip ekor atas).
Similarit y
66.83
77.89
88.94
100.00
A1 B1 C2 C1 C4 A2 C5 A4 A6 C3 B5 A5 D3 B2 B3 B4 A3 D4 D1 D5 D2
Variables
Gambar 3 Dendrogram hubungan intrapopulasi ikan betok.
Dendrogram hubungan interpopulasi ikan betok menunjukkan bahwa ikan
betok populasi Sumatera dengan Kalimantan memiliki kemiripan sebesar 49.97%
dalam satu cluster dan terpisah dengan populasi Jawa dengan tingkat kemiripan
sebesar 24.96% (Gambar 4)
7
Gambar 4 Dendrogram hubungan kemiripan ikan betok tiga populasi.
Profil RAPD
Amplifikasi DNA ikan betok populasi Kalimantan, Jawa dan Sumatera
dilakukan dengan menggunakan tiga primer. Hasil amplifikasi DNA ikan betok
tiga populasi menggunakan primer OPA 07, OPC 02 dan OPC 05 disajikan pada
Gambar 5, 6 dan 7 yang selengkapnya disajikan pada Lampiran 5.
Gambar 5 Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPA 07.
Gambar 6 Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 02.
8
Gambar 7 Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 05.
Fragmen dan ukuran DNA yang teramplifikasi bervariasi antara 7-15 pada
kisaran 175-1750 bp (Tabel 4). Jumlah fragmen terbanyak terdapat pada ikan
betok populasi Kalimantan yaitu 12-15 fragmen dengan kisaran ukuran fragmen
pada 175-1750 bp. Sedangkan jumlah fragmen populasi Sumatera dan Jawa yaitu
7-12 fragmen pada kisaran 175-1750 untuk populasi Jawa dan kisaran 175-1500
untuk populasi Sumatera.
Tabel 4 Jumlah dan ukuran fragmen DNA tiga populasi ikan betok
Populasi ikan betok
Jawa
Sumatera
Kalimantan
Jumlah Fragmen
7-13
7-12
12-15
Kisaran Ukuran Fragmen (bp)
175-1750
175-1500
175-1750
Keragaman Genetik Intrapopulasi
Presentase polimorfisme ikan betok tertinggi terdapat pada populasi
Kalimantan yaitu sebesar 39.29%. Persentase polimorfisme populasi Jawa dan
Sumatera memiliki nilai yang sama yaitu sebesar 28.58%. Nilai heterozigositas
pada ikan betok tiga populasi berkisar antara 0.09-0.16. Heterozigositas paling
tinggi terdapat pada populasi betok Kalimantan yaitu 0.16. Sedangkan
heterozigositas terendah terdapat pada populasi betok Sumatera yaitu sebesar 0.09
(Tabel 5).
Tabel 5 Persentase polimorfisme dan heterosigositas tiga populasi ikan betok
Populasi ikan betok
Jawa
Sumatera
Kalimantan
Polimorfisme (%)
28.58
28.58
39.29
Heterozigositas
0.09
0.12
0.16
Uji Perbandingan Berpasangan F st
Uji perbandingan Fst menunjukan tingkat akurasi perbedaan ragam
genetik intrapopulasi yang disajikan pada Tabel 6. Uji perbandingan berpasangan
F st menunjukan bahwa terdapat perbedaan genetik secara nyata pada ketiga
populasi ikan betok (p≤0.05).
9
Tabel 6 Uji perbandingan berpasangan Fst dari rata-rata tiga lokus
Jawa
Populasi ikan betok
Jawa
*****
Sumatera
0.0000
Kalimantan
0.0000
Keterangan
: ≤ 0.05 = berbeda nyata
Sumatera
Kalimantan
*****
0.0000
*****
Jarak Genetik
Jarak genetik dapat menggambarkan hubungan kekerabatan antar populasi
ikan betok. Populasi ikan betok Sumatera dengan ikan betok populasi Kalimantan
menunjukkan jarak genetik yang paling jauh (0.39) sedangkan jarak genetik antara
populasi Jawa dan Kalimantan (0.17) lebih dekat daripada populasi Jawa dan
Sumatera sebesar 0.29 (Tabel 7).
Tabel 7 Jarak genetik tiga populasi ikan betok
Populasi ikan betok
Jawa
Sumatera
Kalimantan
Jawa
*****
0.29
0.17
Sumatera
Kalimantan
*****
0.39
*****
Hubungan kekerabatan tiga populasi ikan betok digambarkan dalam
bentuk dendrogram UPGMA. Ikan betok populasi Jawa membentuk satu cluster
dengan ikan betok populasi Kalimantan. Sedangkan ikan betok populasi Sumatera
terpisah dari populasi Kalimantan dan Jawa (Gambar 8)
Gambar 8 Dendrogram kekerabatan genetik tiga populasi ikan betok.
Pembahasan
Fenotip individual di dalam populasi merupakan perpaduan variasi genotip
dengan lingkungannya. Tinggi rendahnya tingkat keragaman fenotip menunjukan
kepekaan dan adaptasi ikan terhadap faktor lingkungan, seperti suhu yang
berkaitan dengan pertumbuhan, laju reproduksi dan mempengaruhi performa
meristik dan morfometrik terutama gambaran ekspresi gen pada awal daur hidup
10
ikan (Swain dan Foote 1999). Variasi fenotip tiga populasi ikan betok ditunjukkan
pada karakter A6, C1 dan C3 dan keragaman tertinggi terdapat pada karakter D4.
Nilai koefisien keragaman dapat dipengaruhi oleh pengaruh lingkungan, termasuk
teknologi budidaya yang diterapkan, proses domestikasi dalam lingkungan
terkotrol yang dapat menurunkan variasi genetik pada generasi berikutnya
(Hayuningtyas et al. 2007). Populasi yang berada di bawah tekanan seleksi dapat
menurunkan jumlah pasangan induk yang terlibat dalam populasi reproduktif
efektif dalam stok yang terbatas, kemungkinan terjadinya penghanyutan gen
(genetic drift) dan mengakibatkan penurunan variasi genetik misalnya pada
kegiatan budidaya tradisional dengan ukuran populasi yang terbatas (Mulyasari
2010).
Isolasi geografi diantara populasi dapat mengakibatkan perbedaan karakter
morfometrik dan karakter genetik baik disebabkan oleh penghanyutan gen
maupun perbedaan kondisi lingkungan (Mejri et al. 2012). Terdapat suatu teori
yang menyatakan bahwa ikan yang berada di sungai Sumatera yang mengalir ke
pantai timur dan ikan yang berada di sungai Kalimantan yang mengalir ke pantai
barat akan memiliki kesamaan. Sebaliknya jika ikan berada di daerah Sungai
Mahakam yang mengalir ke pantai timur dan ikan yang berada di daerah Sungai
Kapuas terdapat perbedaan yang besar (Lampiran 6) (Rahardjo et al. 2011). Hal
ini diduga menjadi penyebab terpisahnya cluster populasi ikan betok Sumatera
dengan ikan betok populasi Kalimantan dan Jawa.
Berdasarkan dendrogram hubungan kekerabatan genetik, populasi Jawa dan
Kalimantan membentuk satu cluster (Gambar 8) sedangkan pada pengukuran
morfometrik populasi Jawa terpisah dari cluster populasi Kalimantan dan
Sumatera (Gambar 4). Hal ini diduga bahwa fenotip morfometrik dipengaruhi
oleh kontribusi faktor lingkungan. Faktor lingkungan yang dapat mempengaruhi
perbedaan karakter morfometrik diantaranya adalah padat tebar, kualitas air, serta
pakan. Padat tebar yang tinggi akan meningkatkan kompetisi ikan untuk
mendapatkan makanan, ruang gerak serta konsumsi oksigen yang mempengaruhi
laju pertumbuhan ikan menjadi terhambat (Mustakim 2008). Kualitas air yang
optimum dapat mendukung pertumbuhan ikan, sebaliknya kualitas air yang
kurang mendukung dapat menghambat pertumbuhan ikan (Amornsakun et al.
2005). Pada penelitian ini rata-rata fenotip morfometrik ikan betok populasi Jawa
lebih rendah daripada populasi Kalimantan dan Sumatera (Tabel 3).
Presentase polimorfisme dan nilai heterozigositas dapat menggambarkan
keragaman genetik intrapopulasi dan interpopulasi. Polimorfisme merupakan
ukuran keragaman genetik berdasarkan proporsi lokus polimorf terhadap total
lokus yang teridentifikasi, sedangkan heterozigositas adalah ukuran keragaman
genetik yang didasarkan pada proporsi jumlah individu heterozigot individu
dalam contoh populasi (Soewardi 2007). Presentase polimorfisme ikan betok
tertinggi terdapat pada populasi Kalimantan yaitu sebesar 39.28%, sedangkan
presentase polimorfisme populasi Jawa dan Sumatera memiliki nilai yang sama
yaitu sebesar 28.58%. Demikian pula heterozigositas paling tinggi terdapat pada
populasi Kalimantan yaitu 0.16 sedangkan heterozigositas populasi Sumatera
lebih rendah daripada populasi Jawa sebesar 0.09 dan 0.12. Variasi alel ditemukan
lebih sedikit pada kondisi lingkungan yang ukuran populasinya terbatas dan relatif
stabil daripada di lingkungan yang luas dan tidak terbatas terkait dengan strategi
11
seleksi lingkungan dan laju mutasi. Selain itu, sistem rekruitmen calon induk ikan
dapat mempengaruhi gene pool dan struktur dari genetika populasi ikan.
Pada populasi yang terbatas dan seleksi terarah tanpa data base yang
akurat dapat meningkatkan terjadinya perkawinan sekerabat atau meningkatkan
nilai inbreeding yang ditandai dengan adanya penurunan nilai heterozigositas dan
variasi alelik. Penurunan heterozigositas suatu populasi dan penurunan variasi gen
dapat mengakibatkan hilangnya alel potensial misalnya terkait dengan pengontrol
pertumbuhan, ketahanan terhadap suatu penyakit serta timbulnya abnormalitas
(Slamat 2009). Berdasarkan hasil pengukuran keragaman antar populasi dengan
menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst dapat terlihat bahwa pada
populasi betok Kalimantan, Sumatera dan Jawa menunjukkan perbedaan yang
nyata (p≤0.05). Perbedaan yang nyata pada ketiga populasi tersebut
mengindikasikan bahwa ketiga populasi berasal dari stok dengan keragaman alelik
terfiksasi yang berbeda antar populasinya.
Jarak genetik dapat menggambarkan keragaman genetik interpopulasi dan
merupakan ukuran variabilitas genetik antar populasi. Jarak genetik pada populasi
Sumatera dan Kalimantan lebih jauh (0.39) dibanding populasi Jawa dan
Kalimantan (0.17). Sedangkan jarak genetik populasi Sumatera dan Jawa sebesar
0.29. Dendrogram jarak genetik menggambarkan bahwa ikan betok populasi Jawa
membentuk satu cluster dengan ikan betok populasi Kalimantan, sedangkan ikan
betok populasi Sumatera terpisah dari populasi Kalimantan dan Jawa. Jarak
genetik dapat menggambarkan ada atau tidaknya pertukaran gen yang berlangsung
ketika terjadi perkawinan. Inbreeding dapat menyebabkan peluang kehilangan alel
tertentu sehingga dapat mengakibatkan perubahan keragaman pada populasi
(Mulyasari 2010).
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Keragaman genetik tiga populasi ikan betok jawa, Kalimantan dan Sumatera
berbeda. Populasi Kalimantan menunjukkan kemiripan truss morfometrik dengan
populasi Sumatera sebesar 49,97%, sedangkan dengan populasi Jawa sebesar
24,96%. Tingkat polimorfisme dan heterozigositas ikan betok populasi
Kalimantan lebih tinggi dari populasi Jawa dan Sumatera yaitu 39.39% dan 0.16.
Jarak genetik populasi Kalimantan dengan Sumatera sebesar 0.39 lebih jauh
dibandingkan dengan populasi Jawa sebesar 0.17.
Saran
Keragaman genetik yang tinggi dapat dijadikan sebagai dasar seleksi untuk
menentukan calon induk potensial dalam kegiatan budidaya. Perlu dilakukan
karakterisasi fenotip dan genotip ikan betok stok dari daerah lainnya untuk
melihat distribusinya lebih luas.
12
DAFTAR PUSTAKA
Akbar H. 2008. Studi karakteristik morfometrik-meristik ikan betok (Anabas
testudineus Bloch) di DAS Mahakam Tengah Propinsi Kalimantan Timur
[skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Alam MA, Rahman L, Khan MMR, Rahman SMZ. 2006. Allozyme marker for
the analysis of genetic variation of cross koi (♀ local x ♂ Thai) Anabas
testudineus with their parents. Mol. Biol. & Biotech. 4: 9-12.
Amornsakun T, Sriwatana W, Promkaew P. 2005. Some aspects in early life stage
of climbing perch, Anabas testudineus larvae. Songklanakarin J. Sci.
Technol. 27(1):403-418.
Dunham RA. 2004. Aquaculture and Fisheries Botechnology: Genetic
Approaches. Cambridge (US): CABI Publishing.
Hassanein HA, Elnady M, Obeida A, Itriby H. 2004. Genetic diversity of nile
tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA
(RAPD). Aquaculture Research: 35:587-593.
Hayuningtyas EP, Listiyowati N, Ariyanto D. 2007. Variasi genetik persilangan 3
strain ikan nila (Oreochromis niloticus) dengan ikan mujair (O.
mossambicus) dengan metode Randomly Amplified Polymorphic DNA
(RAPD). Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur:573-580.
Kirchhoff S, Sevigny JM, Couillard CM. 1999. Genetic and meristic variations in
the mummichog Fundulus heteroclitus, living in polluted and reference
estuaries. Marine Environmental Research. 47: 261-283.
Mejri R, Brutto SL, Hassine N, Arculeo M. Hassine OKB. 2012. Overlapping
patterns of morphometric and genetic differentiation in the Mediterranean
goby Pomatoschistus tortonesei Miller, 1968 (Perciformes, Gobidae) in
Tunisian lagoons. Zoology. 115: 239-244.
Mulyasari. 2010. Karakteristik fenotipe morfomeristik dan keragaman genotip
RAPD (Randomly Amplified Polymorphism DNA) ikan nilem (Osteochilus
hasselti) di Jawa Barat [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Mustakim M. 2008. Kajian kebiasaan makanan dan kaitannya dengan aspek
reproduksi ikan betok (Anabas testudineus Bloch) pada habitat yang
berbeda di lingkungan Danau Melintang Kutai Kartanegara Kalimantan
Timur [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Pandit DN dan Ghosh TK. 2007. Oxygen uptake in relation to group size in the
juvenile of a climbing perch, Anabas testudineus (Bloch). Environmental
Biology. 28(1): 141-143.
Peixoto S, Soares R, Wasielesky, Cavalli RO, Jensen L. 2004. Morphometric
relationship of weight and length of cultured Farfantepenaeus paulensis
during nursery, grow out, and broodstock production phases. Aquaculture.
241: 291-299.doi: 10.1016/j.
Pellokia NAY. 2009. Biologi reproduksi ikan betok (Anabas testudineus Bloch,
1792) di rawa banjiran DAS Mahakam, Kalimantan Timur [skripsi]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Rahardjo MF, Sjafei DS, Affandi R, Sulistiono. 2011. Iktiology. Bandung (ID):
Lubuk Agung.
13
Slamat. 2009. Keanekaragaman genetik ikan betok (Anabas testudineus Bloch)
pada ekosistem perairan rawa di Provinsi Kalimantan Selatan [tesis]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Soewardi K. 2007. Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdaya Perikanan dan
Kelautan. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Swain DP and Foote CJ. 1999. Stocks and chameleons: the use of phenotypic
variation in stock identification. Fisheries Research. 43:113-128.
Thakur, DP. 2004. New fish species studied for aquaculture potential by
aquaculture CRSP researchers. Aquanews. 19(1).
Yusuf NS. 2010. Fluktuasi Asmetrik ikan betok (Anabas testudineus Bloch) di
kawasan Perairan rawa gambut Kalimantan Tengah. Tropical Fisheries.
5(2):519-525.
14
LAMPIRAN
Lampiran 1 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Jawa
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
1
No
6.00
0.16
0.27
0.28
0.34
0.42
0.30
0.23
0.09
0.42
0.47
0.34
0.38
0.61
0.17
0.67
0.43
0.04
0.08
0.16
0.17
0.17
2
5.95
0.17
0.27
0.28
0.40
0.42
0.34
0.22
0.07
0.47
0.50
0.39
0.37
0.64
0.16
0.71
0.42
0.06
0.08
0.16
0.17
0.18
3
5.40
0.15
0.27
0.29
0.35
0.41
0.31
0.22
0.09
0.43
0.47
0.35
0.38
0.60
0.17
0.67
0.42
0.04
0.06
0.17
0.17
0.17
4
7.10
0.14
0.27
0.27
0.35
0.40
0.30
0.24
0.10
0.42
0.49
0.32
0.35
0.61
0.16
0.64
0.42
0.07
0.07
0.16
0.17
0.18
5
5.60
0.13
0.29
0.31
0.34
0.42
0.30
0.26
0.10
0.42
0.47
0.35
0.33
0.57
0.17
0.63
0.39
0.04
0.07
0.15
0.17
0.18
6
6.40
0.17
0.22
0.26
0.37
0.38
0.32
0.21
0.11
0.41
0.48
0.34
0.40
0.65
0.16
0.67
0.48
0.06
0.06
0.16
0.16
0.18
7
6.05
0.17
0.26
0.27
0.37
0.43
0.30
0.26
0.12
0.45
0.50
0.36
0.33
0.52
0.17
0.66
0.38
0.05
0.07
0.16
0.17
0.17
8
7.00
0.12
0.27
0.24
0.36
0.39
0.30
0.23
0.09
0.44
0.49
0.36
0.37
0.58
0.17
0.70
0.44
0.06
0.09
0.16
0.18
0.19
9
5.60
0.13
0.29
0.29
0.38
0.41
0.32
0.25
0.13
0.42
0.50
0.36
0.36
0.57
0.17
0.65
0.40
0.04
0.07
0.16
0.17
0.17
10
6.35
0.13
0.24
0.28
0.32
0.36
0.30
0.28
0.10
0.42
0.47
0.33
0.37
0.58
0.17
0.64
0.41
0.04
0.09
0.16
0.17
0.17
11
5.55
0.14
0.23
0.27
0.30
0.38
0.25
0.21
0.07
0.38
0.41
0.30
0.40
0.60
0.17
0.66
0.43
0.07
0.08
0.16
0.18
0.18
12
4.90
0.18
0.28
0.30
0.38
0.45
0.34
0.21
0.11
0.44
0.50
0.37
0.36
0.57
0.17
0.65
0.40
0.04
0.06
0.16
0.17
0.17
13
5.00
0.18
0.27
0.29
0.39
0.44
0.32
0.22
0.12
0.43
0.50
0.37
0.34
0.58
0.17
0.63
0.41
0.07
0.07
0.16
0.17
0.17
14
7.50
0.17
0.26
0.23
0.35
0.42
0.27
0.21
0.10
0.43
0.49
0.34
0.33
0.59
0.15
0.63
0.40
0.06
0.08
0.15
0.16
0.16
15
7.10
0.14
0.28
0.27
0.38
0.42
0.30
0.24
0.11
0.42
0.49
0.35
0.37
0.60
0.17
0.66
0.42
0.05
0.07
0.15
0.17
0.17
16
5.45
0.15
0.28
0.28
0.35
0.41
0.31
0.21
0.09
0.41
0.47
0.34
0.37
0.61
0.17
0.68
0.40
0.06
0.08
0.17
0.17
0.17
17
6.65
0.15
0.28
0.26
0.34
0.41
0.29
0.21
0.11
0.38
0.45
0.32
0.38
0.59
0.17
0.65
0.41
0.04
0.08
0.16
0.17
0.18
18
5.40
0.17
0.25
0.28
0.35
0.41
0.29
0.22
0.15
0.39
0.48
0.33
0.35
0.56
0.17
0.63
0.40
0.06
0.07
0.17
0.18
0.18
19
4.70
0.13
0.28
0.27
0.34
0.39
0.31
0.18
0.07
0.41
0.44
0.34
0.40
0.63
0.17
0.68
0.46
0.07
0.09
0.15
0.18
0.18
20
4.65
0.15
0.28
0.30
0.35
0.42
0.32
0.23
0.08
0.42
0.46
0.34
0.37
0.60
0.17
0.67
0.41
0.05
0.05
0.16
0.17
0.18
21
5.05
0.13
0.27
0.25
0.33
0.40
0.28
0.23
0.13
0.38
0.46
0.32
0.37
0.59
0.18
0.62
0.43
0.08
0.08
0.16
0.17
0.19
15
Lanjutan lampiran 1 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Jawa
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
22
No
4.80
0.15
0.25
0.30
0.33
0.39
0.28
0.20
0.08
0.40
0.44
0.33
0.39
0.59
0.19
0.66
0.44
0.08
0.07
0.17
0.17
0.21
23
5.40
0.14
0.26
0.27
0.31
0.39
0.26
0.19
0.10
0.37
0.43
0.30
0.39
0.61
0.16
0.65
0.45
0.07
0.07
0.15
0.17
0.17
24
5.35
0.13
0.31
0.29
0.36
0.43
0.30
0.21
0.09
0.43
0.49
0.34
0.34
0.60
0.17
0.65
0.38
0.06
0.07
0.17
0.18
0.18
25
5.40
0.15
0.29
0.29
0.34
0.43
0.30
0.20
0.09
0.40
0.45
0.33
0.38
0.58
0.17
0.65
0.44
0.05
0.07
0.16
0.17
0.18
26
5.25
0.12
0.29
0.24
0.34
0.41
0.30
0.19
0.10
0.40
0.46
0.32
0.38
0.65
0.17
0.68
0.45
0.06
0.06
0.16
0.17
0.18
27
4.90
0.12
0.27
0.24
0.34
0.38
0.30
0.18
0.09
0.39
0.45
0.31
0.38
0.62
0.16
0.67
0.44
0.08
0.09
0.14
0.17
0.18
28
4.85
0.13
0.28
0.27
0.33
0.40
0.30
0.19
0.12
0.37
0.43
0.32
0.37
0.59
0.19
0.63
0.44
0.08
0.07
0.16
0.19
0.20
29
5.10
0.14
0.27
0.26
0.32
0.41
0.28
0.19
0.11
0.36
0.43
0.30
0.38
0.60
0.17
0.66
0.41
0.07
0.08
0.16
0.18
0.16
30
5.05
0.15
0.30
0.30
0.37
0.44
0.33
0.20
0.10
0.44
0.49
0.36
0.35
0.60
0.18
0.67
0.40
0.06
0.07
0.16
0.18
0.18
Rata-rata
5.65
0.15
0.27
0.27
0.35
0.41
0.30
0.22
0.10
0.41
0.47
0.34
0.37
0.60
0.17
0.66
0.42
0.06
0.07
0.16
0.17
0.18
st.dev
0.79
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.03
0.03
0.02
0.02
0.03
0.01
0.02
0.02
0.01
0.01
0.01
0.01
0.01
0.07 0.07 0.07 0.05
= Panjang standar
= Standar deviasi
= koefisien keragaman
0.07
0.11
0.18
0.06
0.05
0.06
0.06
0.04
0.04
0.03
0.06
0.26
0.12
0.04
0.03
0.06
CV
0.14 0.12
Keterangan
: PS
st.dev
CV
16
Lampiran 2 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Sumatera
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
1
9.00
0.18
0.21
0.24
0.32
0.38
0.24
0.23
0.09
0.42
0.47
0.31
0.38
0.64
0.16
0.69
0.43
0.05
0.08
0.15
0.17
0.17
2
7.90
0.18
0.23
0.27
0.33
0.40
0.27
0.23
0.11
0.40
0.47
0.31
0.37
0.61
0.16
0.66
0.41
0.04
0.06
0.15
0.16
0.16
3
6.95
0.16
0.24
0.27
0.33
0.39
0.27
0.25
0.12
0.41
0.47
0.32
0.37
0.59
0.16
0.65
0.41
0.04
0.07
0.15
0.17
0.17
4
6.80
0.15
0.23
0.26
0.30
0.37
0.26
0.26
0.10
0.41
0.46
0.30
0.37
0.62
0.16
0.67
0.41
0.04
0.08
0.15
0.16
0.17
5
6.15
0.17
0.22
0.27
0.32
0.38
0.27
0.27
0.09
0.43
0.48
0.32
0.36
0.60
0.15
0.67
0.39
0.05
0.08
0.15
0.16
0.16
6
7.40
0.16
0.24
0.28
0.29
0.39
0.26
0.24
0.08
0.39
0.44
0.28
0.34
0.60
0.16
0.65
0.39
0.05
0.08
0.15
0.16
0.16
7
8.85
0.18
0.23
0.25
0.30
0.39
0.25
0.22
0.10
0.39
0.45
0.28
0.37
0.62
0.16
0.68
0.40
0.04
0.08
0.15
0.16
0.16
8
7.00
0.16
0.24
0.28
0.32
0.39
0.28
0.25
0.08
0.43
0.47
0.32
0.37
0.62
0.16
0.69
0.41
0.03
0.06
0.15
0.16
0.16
9
7.90
0.14
0.23
0.25
0.30
0.35
0.25
0.27
0.09
0.41
0.46
0.30
0.36
0.61
0.15
0.68
0.39
0.05
0.08
0.14
0.16
0.16
10
7.95
0.12
0.22
0.25
0.28
0.33
0.25
0.30
0.10
0.42
0.48
0.29
0.39
0.64
0.15
0.70
0.43
0.04
0.06
0.14
0.16
0.15
11
7.45
0.15
0.24
0.27
0.30
0.38
0.27
0.25
0.06
0.41
0.44
0.30
0.38
0.63
0.16
0.69
0.43
0.05
0.07
0.15
0.27
0.17
12
6.85
0.17
0.23
0.26
0.32
0.39
0.26
0.27
0.08
0.43
0.47
0.32
0.36
0.61
0.15
0.67
0.40
0.05
0.07
0.15
0.16
0.16
13
7.20
0.15
0.22
0.24
0.28
0.35
0.24
0.22
0.10
0.35
0.42
0.26
0.39
0.62
0.15
0.65
0.44
0.07
0.08
0.14
0.15
0.17
14
6.85
0.17
0.26
0.27
0.31
0.41
0.27
0.26
0.09
0.41
0.47
0.30
0.36
0.61
0.15
0.66
0.40
0.05
0.06
0.15
0.16
0.16
15
7.45
0.15
0.24
0.28
0.30
0.40
0.24
0.22
0.09
0.37
0.42
0.29
0.36
0.60
0.16
0.64
0.41
0.06
0.07
0.16
0.17
0.17
16
6.00
0.17
0.23
0.29
0.30
0.38
0.27
0.27
0.09
0.40
0.46
0.30
0.37
0.58
0.17
0.65
0.40
0.04
0.08
0.15
0.17
0.16
17
6.25
0.18
0.23
0.28
0.30
0.39
0.27
0.22
0.10
0.37
0.43
0.29
0.37
0.58
0.16
0.64
0.41
0.05
0.08
0.16
0.18
0.18
18
5.90
0.19
0.20
0.29
0.30
0.38
0.25
0.24
0.08
0.39
0.44
0.30
0.37
0.60
0.17
0.65
0.41
0.06
0.08
0.17
0.18
0.18
19
6.25
0.15
0.25
0.28
0.32
0.38
0.28
0.22
0.08
0.38
0.44
0.30
0.36
0.59
0.16
0.65
0.40
0.06
0.09
0.15
0.17
0.17
20
6.10
0.18
0.21
0.27
0.30
0.39
0.24
0.25
0.09
0.39
0.45
0.29
0.36
0.60
0.16
0.66
0.38
0.06
0.08
0.14
0.16
0.16
21
5.30
0.19
0.22
0.28
0.32
0.39
0.28
0.23
0.08
0.39
0.44
0.30
0.38
0.59
0.16
0.65
0.41
0.06
0.08
0.15
0.17
0.17
22
4.95
0.20
0.22
0.27
0.32
0.41
0.27
0.22
0.10
0.39
0.44
0.31
0.36
0.59
0.17
0.65
0.40
0.06
0.08
0.16
0.17
0.18
23
5.35
0.19
0.21
0.29
0.33
0.39
0.27
0.23
0.09
0.41
0.47
0.32
0.36
0.59
0.17
0.65
0.39
0.06
0.08
0.15
0.18
0.18
17
Lanjutan lampiran 2 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Sumatera
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
24
6.15
0.15
0.26
0.28
0.29
0.40
0.24
0.25
0.12
0.37
0.45
0.29
0.34
0.57
0.15
0.62
0.38
0.05
0.07
0.16
0.17
0.17
25
6.45
0.16
0.22
0.29
0.30
0.38
0.26
0.21
0.11
0.37
0.43
0.30
0.36
0.59
0.16
0.64
0.40
0.06
0.08
0.16
0.16
0.17
26
4.95
0.16
0.21
0.25
0.28
0.36
0.23
0.21
0.10
0.35
0.43
0.26
0.40
0.62
0.16
0.67
0.44
0.06
0.09
0.15
0.17
0.16
27
6.50
0.15
0.25
0.25
0.30
0.38
0.25
0.20
0.09
0.38
0.43
0.28
0.38
0.62
0.15
0.67
0.42
0.07
0.08
0.15
0.18
0.17
28
4.80
0.19
0.24
0.29
0.32
0.42
0.27
0.22
0.11
0.36
0.44
0.30
0.36
0.58
0.16
0.64
0.42
0.04
0.06
0.16
0.17
0.17
29
5.00
0.18
0.22
0.30
0.31
0.40
0.27
0.22
0.10
0.38
0.45
0.29
0.35
0.58
0.16
0.64
0.39
0.07
0.08
0.15
0.17
0.17
30
5.00
0.15
0.26
0.30
0.29
0.39
0.27
0.20
0.08
0.37
0.40
0.29
0.38
0.60
0.17
0.67
0.41
0.05
0.08
0.15
0.16
0.18
Rata-rata
6.56
0.17
0.23
0.27
0.31
0.39
0.26
0.24
0.09
0.39
0.45
0.30
0.37
0.60
0.16
0.66
0.41
0.05
0.08
0.15
0.17
0.17
st.dev
1.14
0.02
0.02
0.02
0.01
0.02
0.01
0.02
0.01
0.02
0.02
0.02
0.01
0.02
0.01
0.02
0.02
0.01
0.01
0.01
0.02
0.01
0.07 0.06 0.05 0.05
= Panjang standar
= Standar deviasi
= koefisien keragaman
0.05
0.10
0.14
0.06
0.04
0.05
0.04
0.03
0.04
0.03
0.04
0.20
0.12
0.05
0.12
0.04
CV
0.17 0.11
Keterangan
: PS
st.dev
CV
18
Lampiran 3 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Kalimantan
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
1
7.50
0.18
0.21
0.26
0.31
0.39
0.26
0.27
0.08
0.41
0.47
0.31
0.35
0.61
0.15
0.67
0.39
0.05
0.08
0.15
0.17
0.16
2
7.85
0.16
0.22
0.25
0.27
0.38
0.21
0.24
0.09
0.38
0.44
0.27
0.37
0.60
0.17
0.65
0.41
0.06
0.08
0.14
0.17
0.17
3
7.85
0.15
0.23
0.25
0.26
0.36
0.20
0.24
0.09
0.36
0.40
0.26
0.37
0.61
0.17
0.64
0.39
0.06
0.08
0.14
0.17
0.17
4
8.75
0.17
0.22
0.25
0.33
0.38
0.26
0.28
0.10
0.43
0.49
0.32
0.34
0.62
0.16
0.69
0.39
0.05
0.08
0.16
0.17
0.05
5
7.55
0.15
0.26
0.23
0.35
0.40
0.26
0.30
0.13
0.45
0.54
0.39
0.32
0.64
0.17
0.68
0.40
0.05
0.03
0.16
0.17
0.17
6
7.80
0.17
0.24
0.26
0.33
0.40
0.28
0.28
0.09
0.44
0.49
0.31
0.34
0.63
0.15
0.69
0.38
0.04
0.06
0.15
0.15
0.15
7
7.95
0.13
0.26
0.26
0.31
0.38
0.25
0.25
0.09
0.42
0.47
0.30
0.36
0.63
0.15
0.67
0.42
0.06
0.07
0.14
0.16
0.16
8
8.55
0.22
0.19
0.25
0.33
0.38
0.27
0.26
0.10
0.42
0.48
0.32
0.37
0.61
0.16
0.67
0.41
0.05
0.07
0.15
0.16
0.16
9
8.55
0.12
0.25
0.26
0.30
0.36
0.28
0.27
0.06
0.40
0.45
0.30
0.33
0.58
0.15
0.64
0.37
0.04
0.05
0.15
0.15
0.16
10
7.90
0.16
0.25
0.25
0.32
0.41
0.26
0.23
0.09
0.40
0.46
0.30
0.39
0.63
0.15
0.68
0.42
0.04
0.05
0.15
0.16
0.16
11
6.80
0.16
0.24
0.24
0.32
0.40
0.25
0.26
0.13
0.41
0.50
0.31
0.35
0.60
0.16
0.65
0.40
0.04
0.07
0.15
0.16
0.17
12
6.65
0.18
0.24
0.29
0.33
0.41
0.30
0.23
0.14
0.38
0.47
0.33
0.38
0.54
0.15
0.61
0.41
0.03
0.06
0.14
0.16
0.15
13
6.50
0.15
0.25
0.28
0.33
0.38
0.32
0.28
0.11
0.43
0.51
0.32
0.35
0.55
0.15
0.68
0.38
0.04
0.06
0.15
0.16
0.15
14
6.60
0.17
0.24
0.25
0.32
0.38
0.30
0.25
0.12
0.39
0.48
0.32
0.36
0.55
0.15
0.63
0.39
0.03
0.06
0.14
0.16
0.15
15
6.50
0.12
0.27
0.28
0.32
0.37
0.29
0.27
0.11
0.41
0.47
0.32
0.37
0.58
0.15
0.66
0.40
0.04
0.08
0.14
0.16
0.15
16
6.60
0.16
0.22
0.29
0.34
0.37
0.31
0.21
0.09
0.41
0.47
0.32
0.39
0.61
0.17
0.69
0.42
0.06
0.08
0.17
0.18
0.18
17
6.80
0.14
0.26
0.24
0.32
0.39
0.26
0.22
0.10
0.40
0.46
0.29
0.38
0.61
0.17
0.68
0.41
0.05
0.07
0.15
0.18
0.16
18
6.20
0.19
0.24
0.28
0.39
0.43
0.32
0.23
0.10
0.46
0.52
0.37
0.39
0.64
0.17
0.70
0.44
0.03
0.05
0.15
0.16
0.17
19
5.85
0.15
0.21
0.26
0.32
0.36
0.26
0.21
0.11
0.41
0.46
0.31
0.39
0.62
0.17
0.70
0.42
0.06
0.09
0.15
0.18
0.17
20
6.65
0.16
0.26
0.26
0.32
0.40
0.28
0.24
0.08
0.39
0.45
0.30
0.37
0.61
0.17
0.67
0.41
0.06
0.08
0.16
0.17
0.17
21
5.65
0.17
0.25
0.24
0.35
0.40
0.27
0.24
0.12
0.42
0.48
0.33
0.37
0.62
0.17
0.68
0.42
0.04
0.06
0.17
0.17
0.18
22
6.55
0.12
0.26
0.28
0.28
0.38
0.26
0.18
0.08
0.33
0.38
0.27
0.41
0.60
0.16
0.66
0.42
0.06
0.09
0.16
0.18
0.17
23
6.50
0.17
0.22
0.26
0.30
0.37
0.25
0.25
0.09
0.38
0.45
0.28
0.38
0.60
0.16
0.67
0.41
0.05
0.08
0.15
0.17
0.17
19
Lampiran 3 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Kalimantan
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
24
7.05
0.14
0.26
0.26
0.30
0.40
0.24
0.21
0.11
0.38
0.44
0.28
0.38
0.62
0.16
0.65
0.44
0.06
0.06
0.15
0.16
0.16
25
6.85
0.18
0.24
0.28
0.35
0.41
0.30
0.23
0.09
0.43
0.48
0.34
0.39
0.63
0.18
0.70
0.43
0.03
0.05
0.16
0.17
0
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
IKAN BETOK Anabas testudineus (Bloch, 1792)
ULFAH FAYUMI
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Karakterisik Fenotip
Morfometrik dan Genotip RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Ikan
Betok Anabas testudineus (Bloch, 1792)” adalah benar karya saya dengan arahan
dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan dan tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2013
Ulfah Fayumi
NIM C14090021
ABSTRAK
ULFAH FAYUMI. Karakteristik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus (Bloch,
1792). Dibimbing oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan RUDHY
GUSTIANO.
Identifikasi fenotip dan genotip diperlukan untuk memetakan struktur
populasi suatu spesies ikan secara geografis di wilayah perairan. Tujuan penelitian
ini adalah untuk menganalisis keragaman genetik berdasarkan karakteristik
fenotip morfometrik dan genotip RAPD ikan betok populasi Kalimantan, Jawa
dan Sumatera. Karakterisasi fenotip morfometrik ikan betok dilakukan dengan
metode truss morfometrik dan identifikasi genotip RAPD menggunakan tiga
primer RAPD (OPA 07, OPC 02 dan OPC 05). Tingkat polimorfisme dan
heterozigositas ikan betok populasi Kalimantan merupakan yang paling tinggi
yaitu 39,29% dan 0,16. Jarak genetik interpopulasi ikan betok Kalimantan,
Sumatera dan Jawa berkisar antara 0,17 dan 0,39. Populasi Kalimantan
menunjukkan kemiripan truss morfometrik dengan populasi Sumatera sebesar
49,97%, sedangkan dengan populasi Jawa sebesar 24,96%.
Kata kunci: RAPD, morfometrik, ikan betok Anabas, polimorfisme, jarak genetik
ABSTRACT
ULFAH FAYUMI. Morphometric Phenotype Characteristics and RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA) Genotype of Climbing Perch Anabas testudineus
(Bloch 1792). Supervised by DINAR TRI SOELISTYOWATI and RUDHY
GUSTIANO.
The identification of phenotype and genotype is needed for mapping the
population structure geographically of a fish species in the waters territory. The
purpose of this research was to analyze the genetic variability based on the
morphometric phenotype characteristics and RAPD genotypes of climbing perch
fish population of Kalimantan, Java and Sumatera. Characterization of phenotypes
were conducted using a method of morphometric truss and typing of genotype by
using three primers of RAPD (OPA-07, OPA-02, and OPC 05). The
polymorphism level and heterozygosity of climbing perch fish population of
Kalimantan was higher than the population of Java and Sumatera, wich reached
39,29% and 0,16. The genetic distance between climbing perch fish population of
Kalimantan, Java and Sumatera ranged from 0,17 to 0,39. The population of
Kalimantan showed the similarity of morphometric truss with Sumatera
population about 49,97%, while with the population of Java was 24,96%.
Keywords: RAPD, morphometric, climbing perch fish, polymorphism, genetic
distance
KARAKTERISIK FENOTIP MORFOMETRIK DAN GENOTIP
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
IKAN BETOK Anabas testudineus (Bloch, 1792)
ULFAH FAYUMI
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan
pada
Departemen Budidaya Perairan
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
Judul Skripsi : Karakterisik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus
(Bloch, 1792)
Nama
: Ulfah Fayumi
NIM
: C14090021
Program Studi : Teknologi dan Manajemen Budidaya Perairan
Disetujui oleh
Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA
Pembimbing I
Dr Ir Rudhy Gustiano, M Sc
Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir Sukenda, M Sc
Ketua Departemen
Tanggal Lulus:
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat serta
karuniaNya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul
“Karakterisik Fenotip Morfometrik dan Genotip RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA) Ikan Betok Anabas testudineus (Bloch, 1792)”.
Terima kasih penulis ucapkan kepada kedua orang tua penulis yaitu Bapak
Ashari dan Ibu Umi Mahmudah, serta Adik Imdadussahidiin Husain Azhar atas
segala doa, kasih sayang, semangat dan dukungan tiada henti. Ucapan terima
kasih penulis sampaikan kepada Dr Ir Dinar Tri Soelistyawati, DEA dan Dr Ir
Rudhy Gustiano, M Sc selaku pembimbing, Dr Ir Nur Bambang Priyo Utomo, M
Si selaku penguji tamu serta Dr Ir Eddy Supriyono, M Sc selaku pembimbing
akademik yang telah memberikan banyak bimbingan dan arahan. Di samping itu,
penulis berterima kasih kepada Kepala Balai Penelitian dan Pengembangan
Budidaya Air Tawar Bogor, Ibu Irin Iriana, Mba Sri Sundari, Mba Fera dan Ibu
Iskandariah yang telah banyak membantu penulis selama penelitian. Penghargaan
penulis sampaikan kepada seluruh dosen beserta staf Departemen Budidaya
Perairan atas bimbingan dan bantuannya. Ungkapan terima kasih juga
disampaikan kepada teman-teman BDP 46, Sakura, Sweethome serta temanteman dari lorong 9 atas persahabatannya.
Semoga skripsi ini dapat memberikan banyak manfaat dan pengetahuan
kepada pembaca.
Bogor, Juli 2013
Ulfah Fayumi
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL ................................................................................................. vi
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ vi
DAFTAR LAMPIRAN ......................................................................................... vi
PENDAHULUAN ................................................................................................ 1
Latar Belakang .................................................................................................. 1
Tujuan Penelitian ............................................................................................... 2
METODE .............................................................................................................. 2
Materi Uji .......................................................................................................... 2
Prosedur Penelitian ............................................................................................ 2
Analisis data ...................................................................................................... 4
HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................................. 5
Hasil................................................................................................................... 5
Pembahasan ....................................................................................................... 9
KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................................. 11
Kesimpulan ........................................................................................................ 11
Saran ................................................................................................................. 11
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 12
LAMPIRAN .......................................................................................................... 14
RIWAYAT HIDUP ............................................................................................... 23
DAFTAR TABEL
1 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik pada ikan betok ............................ 3
2 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan betok ............. 4
3 Rata-rata 21 karakter morfometrik populasi ikan betok Kalimantan,
Sumatera dan Jawa ........................................................................................ 5
4 Jumlah dan ukuran fragmen DNA 3 populasi ikan betok ........................... 8
5 Presentase polimorfisme dan heterozogositas 3 populasi ikan betok ........... 8
6 Uji perbandingan berpasangan Fst dari rata-rata 3 lokus .............................. 9
7 Jarak genetik 3 populasi ikan betok .............................................................. 9
DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6
7
8
Pengukuran karakter truss morfometrik ........................................................ 3
Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik ikan betok .............. 6
Dendogram hubungan intrapopulasi ikan betok ............................................ 6
Dendogram kemiripan ikan betok tiga populasi ............................................ 7
Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPA 07 .................................. 7
Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 02 .................................. 7
Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 05 .................................. 8
Dendogram kekerabatan genetik tiga populasi ikan betok........................... 9
DAFTAR LAMPIRAN
1 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas
testudineus) populasi Jawa .......................................................................... 14
2 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas
testudineus) populasi Sumatera ................................................................... 16
3 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas
testudineus) populasi Kalimantan ............................................................... 18
4 Uji MANOVA21 karakter morfometrik ikan betok Jawa, Kalimantan
dan Sumatera (Levene’s test) ....................................................................... 10
5 Hasil amplifikasi tiga primer (OPA 07, OPC 02, OPC 05)populasi ikan
betok (Jawa, Sumatera dan Kalimantan) ...................................................... 21
6 Gambar aliran sungai di Paparan Sunda ........................................................ 22
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ikan betok merupakan salah satu ikan ekonomis penting yang diminati oleh
masyarakat, terutama di Kalimantan (Yusuf 2010). Ikan betok termasuk jenis ikan
air tawar yang biasa ditemukan di daerah rawa, sawah, sungai kecil, kolam
maupun parit (Thakur 2004). Ikan betok memiliki toleransi yang tinggi terhadap
kondisi lingkungan yang tergolong ekstrim (Alam et al. 2006). Ikan ini mampu
bertahan di lingkungan yang bersifat asam maupun basa (Akbar 2008). Pada
musim kemarau, ikan betok dapat bertahan hidup di rawa yang memiliki sedikit
kandungan air dan kandungan oksigen yang rendah (Pandit dan Ghosh 2007). Hal
ini disebabkan karena ikan betok memiliki alat pernafasan tambahan berupa
labirin (Pellokia 2009).
Ikan betok sangat potensial dikembangkan sebagai bahan pangan bergizi di
wilayah dengan kondisi lingkungan perairan suboptimal atau kurang mendukung
yang disebabkan oleh pencemaran maupun kondisi lingkungan ekstrim melalui
kegiatan budidaya (Akbar 2008). Kemampuan suatu populasi dapat beradaptasi
dengan kondisi lingkungannya berkaitan dengan materi genetik yaitu keragaman
genetik populasi. Variasi genetik di dalam populasi sangat penting untuk
kelangsungan hidup suatu spesies dalam jangka waktu yang panjang serta dapat
menjamin kelenturan (fitness) populasi maupun spesies untuk bertahan terhadap
perubahan lingkungan (Dunham 2004). Semakin tinggi keragaman genetik suatu
populasi, maka kemampuan untuk dapat bertahan hidup dan beradaptasi semakin
tinggi.
Populasi ikan betok banyak tersebar di daerah Kalimantan, Jawa dan
Sumatera (Akbar 2008). Kondisi lingkungan yang berbeda diduga dapat
mempengaruhi keragaman fenotip dan genotip, terkait dengan sistem rekruitmen
induk dan pola breeding, serta kualitas perairan (Kirchoff et al. 1999; Peixoto et
al. 2004). Diperlukan adanya identifikasi fenotip dan genotip untuk memetakan
struktur populasi suatu spesies ikan secara geografis di wilayah perairan.
Perbedaan karakteristik fenotip dan genotip dapat digunakan untuk menentukan
hubungan kekerabatan interpopulasi spesies ikan (Akbar 2008).
Karakterisasi fenotip dapat diketahui salah satunya berdasarkan metode
morfometrik. Morfometrik merupakan ciri yang berkaitan dengan ukuran tubuh
atau bagian tubuh ikan. Pengukuran dengan metode morfometrik dapat dilakukan
dengan menghubungkan titik pada kerangka tubuh ikan (Swain dan Foote 1999).
Karakterisasi fenotip dengan metode morfometrik lebih mudah dilakukan dengan
biaya yang lebih murah. Metode untuk karakterisasi genotip diantaranya adalah
analisa molekuler dengan menggunakan metode Random Amplified Polymorphic
DNA (RAPD). RAPD mampu mendeteksi sekuen nukleotida hanya dengan satu
primer, polimorfisme tinggi serta efektif dapat digunakan tanpa mengetahui latar
belakang genom sebelumnya (Dunham 2004). Informasi mengenai keragaman
genetik ikan betok pada populasi Kalimantan, Jawa dan Sumatera dapat
digunakan sebagai data base dalam pengelolaan populasi dan pemuliaan untuk
meningkatkan produktifitas serta kelestarian ikan betok.
2
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik berdasarkan
karakteristik fenotip morfometrik dan genotip RAPD tiga populasi ikan betok dari
lokasi yang berbeda, yaitu Kalimantan, Jawa dan Sumatera.
METODE
Materi Uji
Hewan uji yang digunakan adalah ikan betok Anabas testudineus koleksi
Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor. Sampel ikan
betok yang digunakan berasal dari tiga lokasi yang berbeda, yaitu Kalimantan
(Kalimantan Tengah), Jawa (Bekasi) dan Sumatera (Jambi). Jumlah sampel yang
digunakan untuk pengukuran karakteristik morfometrik sebanyak 30 ekor,
sedangkan untuk analisis RAPD digunakan sebanyak 10 ekor ikan pada masingmasing populasi.
Prosedur Penelitian
Karakterisasi fenotip morfometrik
Karakterisasi fenotip morfometrik pada ikan betok dilakukan dengan
menggunakan metode truss morfometrik. Metode ini dilakukan dengan mengukur
jarak titik-titik tanda yang dibuat pada kerangka tubuh ikan betok. Titik tanda
dibuat dengan cara ikan diletakkan di atas kertas, kemudian titik tanda pada ikan
ditentukan menggunakan jarum sehingga titik tanda terlihat dengan jelas. Masingmasing jarak antar titik yang terdapat di seluruh badan ikan dihubungkan dengan
menggunakan penggaris. Pemilihan titik truss pada ikan betok diadaptasi dari
pemilihan titik truss ikan nilem oleh Mulyasari (2010), yaitu:
1. Titik di bagian bawah operkulum
2. Titik di ujung mulut
3. Titik di ujung tengkorak
4. Titik di awal sirip punggung
5. Titik di akhir sirip punggung
6. Titik di atas sirip ekor
7. Titik di bawah sirip ekor
8. Titik di akhir sirip anal
9. Titik di awal sirip anal
10. Titik di awal sirip perut
Setelah kesepuluh titik tersebut diperoleh, masing-masing jarak antar titik
diukur dengan menggunakan penggaris. Kemudian, jarak antar titik tersebut
dihubungkan dan diukur dengan penggaris sehingga dari 10 titik dapat
menghasilkan 21 karakter morfometrik (Gambar 1 dan Tabel 1) yaitu:
3
Gambar 1 Titik karakter truss morfometrik.
Tabel 1 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik pada ikan betok
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
Bidang Truss
Kepala
Tengah Tubuh
Tubuh Belakang
Pangkal
Kode
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
Deskripsi Jarak
Awal sirip perut - bawah operkulum
Bawah operkulum - ujung mulut
Ujung mulut - ujung tengkorak
Ujung tengkorak - awal sirip perut
Awal sirip perut - ujung mulut
Ujung tengkorak - bawah operkulum
Awal sirip anal - awal sirip perut
Ujung tengkorak - awal sirip punggung
Awal sirip punggung - awal sirip anal
Awal sirip anal - bagian ujung tengkorak
Awal sirip punggung - akhir sirip perut
Awal sirip anal - akhir sirip anal
Awal sirip punggung - akhir sirip punggung
Akhir sirip punggung - akhir sirip anal
Awal sirip punggung - akhir sirip anal
Akhir sirip punggung - awal sirip anal
Akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip punggung - awal sirip ekor atas
Awal sirip ekor atas - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip punggung - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip anal - awal sirip ekor atas
Karakterisasi genotip
Ekstraksi DNA
Spesimen yang diambil dari sampel ikan berupa sirip dorsal kemudian
dibilas dengan akuades sebanyak dua kali. Sirip dipotong menjadi beberapa
bagian, dikeringkan dengan tisu, dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1.5 ml
kemudian dilisis dengan laturan urea sebanyak 500 µl dan protein kinase 10 µl.
Setelah itu dihomogenkan menggunakan vortex selama satu menit dan diinkubasi
pada suhu 37°C selama 24 jam atau hingga sirip ikan hancur. Kemudian
ditambahkan larutan phenol:chloroform:isoamialkohol dengan perbandingan
25:24:1 sebanyak 1000 µl. Setelah itu dihomogenkan menggunakan vortex selama
satu menit dan disentrifuse dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit.
Supernatan yang terbentuk dipindahkan ke tabung yang baru dan ditambahkan
etanol 90% sebanyak 1000 µl dan Na–asetat sebanyak 10 µl lalu dihomogenkan
4
menggunakan vortex dan di sentrifuse dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10
menit. Supernatan dibuang dan natan dikering anginkan hingga etanol menguap.
DNA dilarutkan dengan menambah bufer Tris-EDTA sebanyak 100 µl .
Amplifikasi DNA dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)
Pertama, dilakukan seleksi primer untuk mendapatkan jenis primer yang
sesuai. Setelah didapatkan primer yang sesuai, amplifikasi DNA dilakukan dengan
metode PCR. Primer yang digunakan adalah OPA 07, OPC 02 dan OPA 05 (Tabel
2).
Tabel 2 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan betok
Sekuen Nukleotida (5’→3’)
GAAACGGGTG
GTGAGGCGTC
GATGACCGCC
Primer
OPA 07
OPA 02
OPA 05
Komposisi bahan yang digunakan adalah 1 µ DNA template, 1 µl primer,
10.5 µl akuades dan 12.5 µl taq polymerase cair. Bahan dihomogenkan dengan
vortex dan di spin down hingga tidak ada gelembung yang terbentuk pada
eppendorf. Bahan kemudian dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan program 1
siklus predenaturasi pada 94°C selama 5 menit, selanjutnya 40 siklus yang
meliputi denaturasi pada 94°C selama 40 detik, annealing (penempelan primer)
pada suhu 35°C selama 1 menit dan elongasi pada pada suhu 72°C selama 2 menit
dan elongasi akhir pada 72°C selama 7 menit dan penstabilan suhu sebesar 4°C
selama 3 menit (Hassanein et al. 2004).
Elekroforesis
Keberhasilan amplifikasi primer RAPD yang digunakan dikonfirmasi
dengan elektoforesis menggunakan gel agarose 2%. Gel agarose dibuat dengan
mencampurkan sebanyak 0.6 gram bubuk agarose dengan 30 ml TBE Buffer.
Larutan tersebut diaduk dan dipanaskan di atas hot plate pada suhu 150°C hingga
larutan berwarna bening. Larutan ditambah 10 µl etidum bromide dan dituang ke
cetakan agar serta dibuat sumur gel menggunakan sisir gel. Gel yang telah
mengeras ditempatkan pada alat elektroforesis dan ditambahkan TBE Buffer
hingga gel terendam. Kemudian, sebanyak 10 µl bahan hasil PCR ditambah
dengan 3 µl loading dye dimasukkan ke sumur gel dan dielektroforesis selama 30
menit. Setelah itu, gel dilihat dengan cahaya ultraviolet untuk dokumentasi
dengan kamera.
Analisis data
Parameter yang dianalisis pada penelitian ini adalah tingkat keragaman
morfometrik dan genotip intrapopulasi dan interpopulasi menggunakan Anova
dan Manova. Data seluruh pengukuran karakteristik morfometrik dikonversi ke
dalam rasio antara setiap pengukuran dibagi dengan panjang standar. Hubungan
kekerabatan genotip interpopulasi yang meliputi meliputi tingkat polimorfisme,
heterozigositas, uji perbandingan berpasangan Fst dan jarak genetik dianalisis
dengan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Average
(UPGMA) dan data biner dinalisis dengan program Tools For Population and
Genetic Analysis (TFPGA) kemudian disajikan dalam bentuk dendrogram.
5
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Karakteristik Morfometrik
Rata-rata 21 karakter morfometrik pada tiga populasi ikan betok disajikan
pada Tabel 3 (Lampiran 1, 2 dan 3). Berdasarkan uji Levene’s test (Lampiran 4),
tiga karakter yang berbeda nyata yaitu karakter A6 (jarak antara ujung tengkorak
dengan bawah operkulum), C1 (Jarak antara awal sirip anal dengan akhir sirip
anal) dan C3 (jarak antara akhir sirip punggung dengan akhir sirip anal) (p≤0.05).
Tabel 3 Rata-rata 21 karakter morfometrik populasi ikan betok Kalimantan,
Sumatera dan Jawa
Karakter
Jawa
Kalimantan
Sumatera
Levene’s test
A1
0.55±0.29
0.79±0.40
0.66±0.39
0.930
A2
1.05±0.66
1.14±0.67
0.92±0.55
0.377
A3
1.00±0.66
1.26±0.76
1.09±0.71
0.343
A4
1.26±0.80
1.59±0.96
1.18±0.74
0.210
A5
1.51±0.99
1.82±1.11
1.51±0.97
0.646
A6
1.11±0.71
1.35±0.81
1.02±0.64
0.010*
B1
0.76±0.42
1.16±0.62
0.88±0.51
0.798
B2
0.43±0.20
0.48±0.23
0.40±0.19
0.287
B3
1.46±0.93
1.96±1.17
1,47±0.91
0.607
B4
1.67±1.08
2.26±1.36
1.68±1.06
0.294
B5
1.21±0.77
1.52±0.90
1.14±0.71
0.105
C1
1.33±0.88
1.76±1.09
1.40±0.89
0.049*
C2
2.16±1.44
2.78±1.71
2.27±1.46
0.179
C3
0.64±0.40
0.79±0.47
0.63±0.37
0.007*
C4
2.37±1.59
3.20±1.98
2.49±1.61
0.828
C5
1.52±0.99
1.95±1.20
1.56±0.98
0.073
D1
0.28±0.11
0.27±0.09
0.24±0.10
0.140
D2
0.30±0.13
0.36±0.13
0.31±0.15
0.071
D3
0.59±0.36
0.74±0.42
0.59±0.35
0.108
D4
0.65±0.41
0.82±0.48
0.67±0.36
0.070
0.65±0.41
: * = berbeda nyata (≤ 0.05)
0.80±0.44
0.66±0.40
0.309
D5
Keterangan
Karakteristik fenotip truss morfometrik berdasarkan koefisien keragaman
berkisar antara 0.03-0.27 (Gambar 2). Karakter D1 (jarak antara akhir sirip anal
dengan awal bawah sirip ekor) memiliki koefisien keragaman yang paling tinggi
dibanding dengan karakter lain, yaitu berkisar antara 0.2-0.27. Sedangkan karakter
C4 (jarak antara awal sirip punggung dengan akhir sirip anal) memiliki koefisien
keragaman paling rendah, yaitu sebesar 0.03.
6
0,3000
0,2500
CV
0,2000
0,1500
JAWA
KALIMANTAN
0,1000
SUMATERA
0,0500
0,0000
A1A2A3A4A5A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5D1D2D3D4D5
Karakter
Gambar 2 Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik tiga populasi
ikan betok (Jawa, Kalimantan dan Sumatera).
Berdasarkan analisis dendrogram kemiripan 21 karakter truss
morfometrik tiga populasi ikan betok (Gambar 3) menunjukkan bahwa terdapat
dua pengelompokan karakter pada tingkat kemiripan lebih dari 90% dan 66%
yang mewakili pemisahan grup 1 (karakter A1, jarak antara awal sirip perut
dengan bawah operkulum) dan grup 2 (karakter D2, jarak antara akhir sirip
punggung dengan awal sirip ekor atas).
Similarit y
66.83
77.89
88.94
100.00
A1 B1 C2 C1 C4 A2 C5 A4 A6 C3 B5 A5 D3 B2 B3 B4 A3 D4 D1 D5 D2
Variables
Gambar 3 Dendrogram hubungan intrapopulasi ikan betok.
Dendrogram hubungan interpopulasi ikan betok menunjukkan bahwa ikan
betok populasi Sumatera dengan Kalimantan memiliki kemiripan sebesar 49.97%
dalam satu cluster dan terpisah dengan populasi Jawa dengan tingkat kemiripan
sebesar 24.96% (Gambar 4)
7
Gambar 4 Dendrogram hubungan kemiripan ikan betok tiga populasi.
Profil RAPD
Amplifikasi DNA ikan betok populasi Kalimantan, Jawa dan Sumatera
dilakukan dengan menggunakan tiga primer. Hasil amplifikasi DNA ikan betok
tiga populasi menggunakan primer OPA 07, OPC 02 dan OPC 05 disajikan pada
Gambar 5, 6 dan 7 yang selengkapnya disajikan pada Lampiran 5.
Gambar 5 Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPA 07.
Gambar 6 Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 02.
8
Gambar 7 Amplifikasi DNA ikan betok dengan primer OPC 05.
Fragmen dan ukuran DNA yang teramplifikasi bervariasi antara 7-15 pada
kisaran 175-1750 bp (Tabel 4). Jumlah fragmen terbanyak terdapat pada ikan
betok populasi Kalimantan yaitu 12-15 fragmen dengan kisaran ukuran fragmen
pada 175-1750 bp. Sedangkan jumlah fragmen populasi Sumatera dan Jawa yaitu
7-12 fragmen pada kisaran 175-1750 untuk populasi Jawa dan kisaran 175-1500
untuk populasi Sumatera.
Tabel 4 Jumlah dan ukuran fragmen DNA tiga populasi ikan betok
Populasi ikan betok
Jawa
Sumatera
Kalimantan
Jumlah Fragmen
7-13
7-12
12-15
Kisaran Ukuran Fragmen (bp)
175-1750
175-1500
175-1750
Keragaman Genetik Intrapopulasi
Presentase polimorfisme ikan betok tertinggi terdapat pada populasi
Kalimantan yaitu sebesar 39.29%. Persentase polimorfisme populasi Jawa dan
Sumatera memiliki nilai yang sama yaitu sebesar 28.58%. Nilai heterozigositas
pada ikan betok tiga populasi berkisar antara 0.09-0.16. Heterozigositas paling
tinggi terdapat pada populasi betok Kalimantan yaitu 0.16. Sedangkan
heterozigositas terendah terdapat pada populasi betok Sumatera yaitu sebesar 0.09
(Tabel 5).
Tabel 5 Persentase polimorfisme dan heterosigositas tiga populasi ikan betok
Populasi ikan betok
Jawa
Sumatera
Kalimantan
Polimorfisme (%)
28.58
28.58
39.29
Heterozigositas
0.09
0.12
0.16
Uji Perbandingan Berpasangan F st
Uji perbandingan Fst menunjukan tingkat akurasi perbedaan ragam
genetik intrapopulasi yang disajikan pada Tabel 6. Uji perbandingan berpasangan
F st menunjukan bahwa terdapat perbedaan genetik secara nyata pada ketiga
populasi ikan betok (p≤0.05).
9
Tabel 6 Uji perbandingan berpasangan Fst dari rata-rata tiga lokus
Jawa
Populasi ikan betok
Jawa
*****
Sumatera
0.0000
Kalimantan
0.0000
Keterangan
: ≤ 0.05 = berbeda nyata
Sumatera
Kalimantan
*****
0.0000
*****
Jarak Genetik
Jarak genetik dapat menggambarkan hubungan kekerabatan antar populasi
ikan betok. Populasi ikan betok Sumatera dengan ikan betok populasi Kalimantan
menunjukkan jarak genetik yang paling jauh (0.39) sedangkan jarak genetik antara
populasi Jawa dan Kalimantan (0.17) lebih dekat daripada populasi Jawa dan
Sumatera sebesar 0.29 (Tabel 7).
Tabel 7 Jarak genetik tiga populasi ikan betok
Populasi ikan betok
Jawa
Sumatera
Kalimantan
Jawa
*****
0.29
0.17
Sumatera
Kalimantan
*****
0.39
*****
Hubungan kekerabatan tiga populasi ikan betok digambarkan dalam
bentuk dendrogram UPGMA. Ikan betok populasi Jawa membentuk satu cluster
dengan ikan betok populasi Kalimantan. Sedangkan ikan betok populasi Sumatera
terpisah dari populasi Kalimantan dan Jawa (Gambar 8)
Gambar 8 Dendrogram kekerabatan genetik tiga populasi ikan betok.
Pembahasan
Fenotip individual di dalam populasi merupakan perpaduan variasi genotip
dengan lingkungannya. Tinggi rendahnya tingkat keragaman fenotip menunjukan
kepekaan dan adaptasi ikan terhadap faktor lingkungan, seperti suhu yang
berkaitan dengan pertumbuhan, laju reproduksi dan mempengaruhi performa
meristik dan morfometrik terutama gambaran ekspresi gen pada awal daur hidup
10
ikan (Swain dan Foote 1999). Variasi fenotip tiga populasi ikan betok ditunjukkan
pada karakter A6, C1 dan C3 dan keragaman tertinggi terdapat pada karakter D4.
Nilai koefisien keragaman dapat dipengaruhi oleh pengaruh lingkungan, termasuk
teknologi budidaya yang diterapkan, proses domestikasi dalam lingkungan
terkotrol yang dapat menurunkan variasi genetik pada generasi berikutnya
(Hayuningtyas et al. 2007). Populasi yang berada di bawah tekanan seleksi dapat
menurunkan jumlah pasangan induk yang terlibat dalam populasi reproduktif
efektif dalam stok yang terbatas, kemungkinan terjadinya penghanyutan gen
(genetic drift) dan mengakibatkan penurunan variasi genetik misalnya pada
kegiatan budidaya tradisional dengan ukuran populasi yang terbatas (Mulyasari
2010).
Isolasi geografi diantara populasi dapat mengakibatkan perbedaan karakter
morfometrik dan karakter genetik baik disebabkan oleh penghanyutan gen
maupun perbedaan kondisi lingkungan (Mejri et al. 2012). Terdapat suatu teori
yang menyatakan bahwa ikan yang berada di sungai Sumatera yang mengalir ke
pantai timur dan ikan yang berada di sungai Kalimantan yang mengalir ke pantai
barat akan memiliki kesamaan. Sebaliknya jika ikan berada di daerah Sungai
Mahakam yang mengalir ke pantai timur dan ikan yang berada di daerah Sungai
Kapuas terdapat perbedaan yang besar (Lampiran 6) (Rahardjo et al. 2011). Hal
ini diduga menjadi penyebab terpisahnya cluster populasi ikan betok Sumatera
dengan ikan betok populasi Kalimantan dan Jawa.
Berdasarkan dendrogram hubungan kekerabatan genetik, populasi Jawa dan
Kalimantan membentuk satu cluster (Gambar 8) sedangkan pada pengukuran
morfometrik populasi Jawa terpisah dari cluster populasi Kalimantan dan
Sumatera (Gambar 4). Hal ini diduga bahwa fenotip morfometrik dipengaruhi
oleh kontribusi faktor lingkungan. Faktor lingkungan yang dapat mempengaruhi
perbedaan karakter morfometrik diantaranya adalah padat tebar, kualitas air, serta
pakan. Padat tebar yang tinggi akan meningkatkan kompetisi ikan untuk
mendapatkan makanan, ruang gerak serta konsumsi oksigen yang mempengaruhi
laju pertumbuhan ikan menjadi terhambat (Mustakim 2008). Kualitas air yang
optimum dapat mendukung pertumbuhan ikan, sebaliknya kualitas air yang
kurang mendukung dapat menghambat pertumbuhan ikan (Amornsakun et al.
2005). Pada penelitian ini rata-rata fenotip morfometrik ikan betok populasi Jawa
lebih rendah daripada populasi Kalimantan dan Sumatera (Tabel 3).
Presentase polimorfisme dan nilai heterozigositas dapat menggambarkan
keragaman genetik intrapopulasi dan interpopulasi. Polimorfisme merupakan
ukuran keragaman genetik berdasarkan proporsi lokus polimorf terhadap total
lokus yang teridentifikasi, sedangkan heterozigositas adalah ukuran keragaman
genetik yang didasarkan pada proporsi jumlah individu heterozigot individu
dalam contoh populasi (Soewardi 2007). Presentase polimorfisme ikan betok
tertinggi terdapat pada populasi Kalimantan yaitu sebesar 39.28%, sedangkan
presentase polimorfisme populasi Jawa dan Sumatera memiliki nilai yang sama
yaitu sebesar 28.58%. Demikian pula heterozigositas paling tinggi terdapat pada
populasi Kalimantan yaitu 0.16 sedangkan heterozigositas populasi Sumatera
lebih rendah daripada populasi Jawa sebesar 0.09 dan 0.12. Variasi alel ditemukan
lebih sedikit pada kondisi lingkungan yang ukuran populasinya terbatas dan relatif
stabil daripada di lingkungan yang luas dan tidak terbatas terkait dengan strategi
11
seleksi lingkungan dan laju mutasi. Selain itu, sistem rekruitmen calon induk ikan
dapat mempengaruhi gene pool dan struktur dari genetika populasi ikan.
Pada populasi yang terbatas dan seleksi terarah tanpa data base yang
akurat dapat meningkatkan terjadinya perkawinan sekerabat atau meningkatkan
nilai inbreeding yang ditandai dengan adanya penurunan nilai heterozigositas dan
variasi alelik. Penurunan heterozigositas suatu populasi dan penurunan variasi gen
dapat mengakibatkan hilangnya alel potensial misalnya terkait dengan pengontrol
pertumbuhan, ketahanan terhadap suatu penyakit serta timbulnya abnormalitas
(Slamat 2009). Berdasarkan hasil pengukuran keragaman antar populasi dengan
menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst dapat terlihat bahwa pada
populasi betok Kalimantan, Sumatera dan Jawa menunjukkan perbedaan yang
nyata (p≤0.05). Perbedaan yang nyata pada ketiga populasi tersebut
mengindikasikan bahwa ketiga populasi berasal dari stok dengan keragaman alelik
terfiksasi yang berbeda antar populasinya.
Jarak genetik dapat menggambarkan keragaman genetik interpopulasi dan
merupakan ukuran variabilitas genetik antar populasi. Jarak genetik pada populasi
Sumatera dan Kalimantan lebih jauh (0.39) dibanding populasi Jawa dan
Kalimantan (0.17). Sedangkan jarak genetik populasi Sumatera dan Jawa sebesar
0.29. Dendrogram jarak genetik menggambarkan bahwa ikan betok populasi Jawa
membentuk satu cluster dengan ikan betok populasi Kalimantan, sedangkan ikan
betok populasi Sumatera terpisah dari populasi Kalimantan dan Jawa. Jarak
genetik dapat menggambarkan ada atau tidaknya pertukaran gen yang berlangsung
ketika terjadi perkawinan. Inbreeding dapat menyebabkan peluang kehilangan alel
tertentu sehingga dapat mengakibatkan perubahan keragaman pada populasi
(Mulyasari 2010).
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Keragaman genetik tiga populasi ikan betok jawa, Kalimantan dan Sumatera
berbeda. Populasi Kalimantan menunjukkan kemiripan truss morfometrik dengan
populasi Sumatera sebesar 49,97%, sedangkan dengan populasi Jawa sebesar
24,96%. Tingkat polimorfisme dan heterozigositas ikan betok populasi
Kalimantan lebih tinggi dari populasi Jawa dan Sumatera yaitu 39.39% dan 0.16.
Jarak genetik populasi Kalimantan dengan Sumatera sebesar 0.39 lebih jauh
dibandingkan dengan populasi Jawa sebesar 0.17.
Saran
Keragaman genetik yang tinggi dapat dijadikan sebagai dasar seleksi untuk
menentukan calon induk potensial dalam kegiatan budidaya. Perlu dilakukan
karakterisasi fenotip dan genotip ikan betok stok dari daerah lainnya untuk
melihat distribusinya lebih luas.
12
DAFTAR PUSTAKA
Akbar H. 2008. Studi karakteristik morfometrik-meristik ikan betok (Anabas
testudineus Bloch) di DAS Mahakam Tengah Propinsi Kalimantan Timur
[skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Alam MA, Rahman L, Khan MMR, Rahman SMZ. 2006. Allozyme marker for
the analysis of genetic variation of cross koi (♀ local x ♂ Thai) Anabas
testudineus with their parents. Mol. Biol. & Biotech. 4: 9-12.
Amornsakun T, Sriwatana W, Promkaew P. 2005. Some aspects in early life stage
of climbing perch, Anabas testudineus larvae. Songklanakarin J. Sci.
Technol. 27(1):403-418.
Dunham RA. 2004. Aquaculture and Fisheries Botechnology: Genetic
Approaches. Cambridge (US): CABI Publishing.
Hassanein HA, Elnady M, Obeida A, Itriby H. 2004. Genetic diversity of nile
tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA
(RAPD). Aquaculture Research: 35:587-593.
Hayuningtyas EP, Listiyowati N, Ariyanto D. 2007. Variasi genetik persilangan 3
strain ikan nila (Oreochromis niloticus) dengan ikan mujair (O.
mossambicus) dengan metode Randomly Amplified Polymorphic DNA
(RAPD). Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur:573-580.
Kirchhoff S, Sevigny JM, Couillard CM. 1999. Genetic and meristic variations in
the mummichog Fundulus heteroclitus, living in polluted and reference
estuaries. Marine Environmental Research. 47: 261-283.
Mejri R, Brutto SL, Hassine N, Arculeo M. Hassine OKB. 2012. Overlapping
patterns of morphometric and genetic differentiation in the Mediterranean
goby Pomatoschistus tortonesei Miller, 1968 (Perciformes, Gobidae) in
Tunisian lagoons. Zoology. 115: 239-244.
Mulyasari. 2010. Karakteristik fenotipe morfomeristik dan keragaman genotip
RAPD (Randomly Amplified Polymorphism DNA) ikan nilem (Osteochilus
hasselti) di Jawa Barat [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Mustakim M. 2008. Kajian kebiasaan makanan dan kaitannya dengan aspek
reproduksi ikan betok (Anabas testudineus Bloch) pada habitat yang
berbeda di lingkungan Danau Melintang Kutai Kartanegara Kalimantan
Timur [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Pandit DN dan Ghosh TK. 2007. Oxygen uptake in relation to group size in the
juvenile of a climbing perch, Anabas testudineus (Bloch). Environmental
Biology. 28(1): 141-143.
Peixoto S, Soares R, Wasielesky, Cavalli RO, Jensen L. 2004. Morphometric
relationship of weight and length of cultured Farfantepenaeus paulensis
during nursery, grow out, and broodstock production phases. Aquaculture.
241: 291-299.doi: 10.1016/j.
Pellokia NAY. 2009. Biologi reproduksi ikan betok (Anabas testudineus Bloch,
1792) di rawa banjiran DAS Mahakam, Kalimantan Timur [skripsi]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Rahardjo MF, Sjafei DS, Affandi R, Sulistiono. 2011. Iktiology. Bandung (ID):
Lubuk Agung.
13
Slamat. 2009. Keanekaragaman genetik ikan betok (Anabas testudineus Bloch)
pada ekosistem perairan rawa di Provinsi Kalimantan Selatan [tesis]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Soewardi K. 2007. Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdaya Perikanan dan
Kelautan. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Swain DP and Foote CJ. 1999. Stocks and chameleons: the use of phenotypic
variation in stock identification. Fisheries Research. 43:113-128.
Thakur, DP. 2004. New fish species studied for aquaculture potential by
aquaculture CRSP researchers. Aquanews. 19(1).
Yusuf NS. 2010. Fluktuasi Asmetrik ikan betok (Anabas testudineus Bloch) di
kawasan Perairan rawa gambut Kalimantan Tengah. Tropical Fisheries.
5(2):519-525.
14
LAMPIRAN
Lampiran 1 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Jawa
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
1
No
6.00
0.16
0.27
0.28
0.34
0.42
0.30
0.23
0.09
0.42
0.47
0.34
0.38
0.61
0.17
0.67
0.43
0.04
0.08
0.16
0.17
0.17
2
5.95
0.17
0.27
0.28
0.40
0.42
0.34
0.22
0.07
0.47
0.50
0.39
0.37
0.64
0.16
0.71
0.42
0.06
0.08
0.16
0.17
0.18
3
5.40
0.15
0.27
0.29
0.35
0.41
0.31
0.22
0.09
0.43
0.47
0.35
0.38
0.60
0.17
0.67
0.42
0.04
0.06
0.17
0.17
0.17
4
7.10
0.14
0.27
0.27
0.35
0.40
0.30
0.24
0.10
0.42
0.49
0.32
0.35
0.61
0.16
0.64
0.42
0.07
0.07
0.16
0.17
0.18
5
5.60
0.13
0.29
0.31
0.34
0.42
0.30
0.26
0.10
0.42
0.47
0.35
0.33
0.57
0.17
0.63
0.39
0.04
0.07
0.15
0.17
0.18
6
6.40
0.17
0.22
0.26
0.37
0.38
0.32
0.21
0.11
0.41
0.48
0.34
0.40
0.65
0.16
0.67
0.48
0.06
0.06
0.16
0.16
0.18
7
6.05
0.17
0.26
0.27
0.37
0.43
0.30
0.26
0.12
0.45
0.50
0.36
0.33
0.52
0.17
0.66
0.38
0.05
0.07
0.16
0.17
0.17
8
7.00
0.12
0.27
0.24
0.36
0.39
0.30
0.23
0.09
0.44
0.49
0.36
0.37
0.58
0.17
0.70
0.44
0.06
0.09
0.16
0.18
0.19
9
5.60
0.13
0.29
0.29
0.38
0.41
0.32
0.25
0.13
0.42
0.50
0.36
0.36
0.57
0.17
0.65
0.40
0.04
0.07
0.16
0.17
0.17
10
6.35
0.13
0.24
0.28
0.32
0.36
0.30
0.28
0.10
0.42
0.47
0.33
0.37
0.58
0.17
0.64
0.41
0.04
0.09
0.16
0.17
0.17
11
5.55
0.14
0.23
0.27
0.30
0.38
0.25
0.21
0.07
0.38
0.41
0.30
0.40
0.60
0.17
0.66
0.43
0.07
0.08
0.16
0.18
0.18
12
4.90
0.18
0.28
0.30
0.38
0.45
0.34
0.21
0.11
0.44
0.50
0.37
0.36
0.57
0.17
0.65
0.40
0.04
0.06
0.16
0.17
0.17
13
5.00
0.18
0.27
0.29
0.39
0.44
0.32
0.22
0.12
0.43
0.50
0.37
0.34
0.58
0.17
0.63
0.41
0.07
0.07
0.16
0.17
0.17
14
7.50
0.17
0.26
0.23
0.35
0.42
0.27
0.21
0.10
0.43
0.49
0.34
0.33
0.59
0.15
0.63
0.40
0.06
0.08
0.15
0.16
0.16
15
7.10
0.14
0.28
0.27
0.38
0.42
0.30
0.24
0.11
0.42
0.49
0.35
0.37
0.60
0.17
0.66
0.42
0.05
0.07
0.15
0.17
0.17
16
5.45
0.15
0.28
0.28
0.35
0.41
0.31
0.21
0.09
0.41
0.47
0.34
0.37
0.61
0.17
0.68
0.40
0.06
0.08
0.17
0.17
0.17
17
6.65
0.15
0.28
0.26
0.34
0.41
0.29
0.21
0.11
0.38
0.45
0.32
0.38
0.59
0.17
0.65
0.41
0.04
0.08
0.16
0.17
0.18
18
5.40
0.17
0.25
0.28
0.35
0.41
0.29
0.22
0.15
0.39
0.48
0.33
0.35
0.56
0.17
0.63
0.40
0.06
0.07
0.17
0.18
0.18
19
4.70
0.13
0.28
0.27
0.34
0.39
0.31
0.18
0.07
0.41
0.44
0.34
0.40
0.63
0.17
0.68
0.46
0.07
0.09
0.15
0.18
0.18
20
4.65
0.15
0.28
0.30
0.35
0.42
0.32
0.23
0.08
0.42
0.46
0.34
0.37
0.60
0.17
0.67
0.41
0.05
0.05
0.16
0.17
0.18
21
5.05
0.13
0.27
0.25
0.33
0.40
0.28
0.23
0.13
0.38
0.46
0.32
0.37
0.59
0.18
0.62
0.43
0.08
0.08
0.16
0.17
0.19
15
Lanjutan lampiran 1 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Jawa
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
22
No
4.80
0.15
0.25
0.30
0.33
0.39
0.28
0.20
0.08
0.40
0.44
0.33
0.39
0.59
0.19
0.66
0.44
0.08
0.07
0.17
0.17
0.21
23
5.40
0.14
0.26
0.27
0.31
0.39
0.26
0.19
0.10
0.37
0.43
0.30
0.39
0.61
0.16
0.65
0.45
0.07
0.07
0.15
0.17
0.17
24
5.35
0.13
0.31
0.29
0.36
0.43
0.30
0.21
0.09
0.43
0.49
0.34
0.34
0.60
0.17
0.65
0.38
0.06
0.07
0.17
0.18
0.18
25
5.40
0.15
0.29
0.29
0.34
0.43
0.30
0.20
0.09
0.40
0.45
0.33
0.38
0.58
0.17
0.65
0.44
0.05
0.07
0.16
0.17
0.18
26
5.25
0.12
0.29
0.24
0.34
0.41
0.30
0.19
0.10
0.40
0.46
0.32
0.38
0.65
0.17
0.68
0.45
0.06
0.06
0.16
0.17
0.18
27
4.90
0.12
0.27
0.24
0.34
0.38
0.30
0.18
0.09
0.39
0.45
0.31
0.38
0.62
0.16
0.67
0.44
0.08
0.09
0.14
0.17
0.18
28
4.85
0.13
0.28
0.27
0.33
0.40
0.30
0.19
0.12
0.37
0.43
0.32
0.37
0.59
0.19
0.63
0.44
0.08
0.07
0.16
0.19
0.20
29
5.10
0.14
0.27
0.26
0.32
0.41
0.28
0.19
0.11
0.36
0.43
0.30
0.38
0.60
0.17
0.66
0.41
0.07
0.08
0.16
0.18
0.16
30
5.05
0.15
0.30
0.30
0.37
0.44
0.33
0.20
0.10
0.44
0.49
0.36
0.35
0.60
0.18
0.67
0.40
0.06
0.07
0.16
0.18
0.18
Rata-rata
5.65
0.15
0.27
0.27
0.35
0.41
0.30
0.22
0.10
0.41
0.47
0.34
0.37
0.60
0.17
0.66
0.42
0.06
0.07
0.16
0.17
0.18
st.dev
0.79
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.02
0.03
0.03
0.02
0.02
0.03
0.01
0.02
0.02
0.01
0.01
0.01
0.01
0.01
0.07 0.07 0.07 0.05
= Panjang standar
= Standar deviasi
= koefisien keragaman
0.07
0.11
0.18
0.06
0.05
0.06
0.06
0.04
0.04
0.03
0.06
0.26
0.12
0.04
0.03
0.06
CV
0.14 0.12
Keterangan
: PS
st.dev
CV
16
Lampiran 2 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Sumatera
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
1
9.00
0.18
0.21
0.24
0.32
0.38
0.24
0.23
0.09
0.42
0.47
0.31
0.38
0.64
0.16
0.69
0.43
0.05
0.08
0.15
0.17
0.17
2
7.90
0.18
0.23
0.27
0.33
0.40
0.27
0.23
0.11
0.40
0.47
0.31
0.37
0.61
0.16
0.66
0.41
0.04
0.06
0.15
0.16
0.16
3
6.95
0.16
0.24
0.27
0.33
0.39
0.27
0.25
0.12
0.41
0.47
0.32
0.37
0.59
0.16
0.65
0.41
0.04
0.07
0.15
0.17
0.17
4
6.80
0.15
0.23
0.26
0.30
0.37
0.26
0.26
0.10
0.41
0.46
0.30
0.37
0.62
0.16
0.67
0.41
0.04
0.08
0.15
0.16
0.17
5
6.15
0.17
0.22
0.27
0.32
0.38
0.27
0.27
0.09
0.43
0.48
0.32
0.36
0.60
0.15
0.67
0.39
0.05
0.08
0.15
0.16
0.16
6
7.40
0.16
0.24
0.28
0.29
0.39
0.26
0.24
0.08
0.39
0.44
0.28
0.34
0.60
0.16
0.65
0.39
0.05
0.08
0.15
0.16
0.16
7
8.85
0.18
0.23
0.25
0.30
0.39
0.25
0.22
0.10
0.39
0.45
0.28
0.37
0.62
0.16
0.68
0.40
0.04
0.08
0.15
0.16
0.16
8
7.00
0.16
0.24
0.28
0.32
0.39
0.28
0.25
0.08
0.43
0.47
0.32
0.37
0.62
0.16
0.69
0.41
0.03
0.06
0.15
0.16
0.16
9
7.90
0.14
0.23
0.25
0.30
0.35
0.25
0.27
0.09
0.41
0.46
0.30
0.36
0.61
0.15
0.68
0.39
0.05
0.08
0.14
0.16
0.16
10
7.95
0.12
0.22
0.25
0.28
0.33
0.25
0.30
0.10
0.42
0.48
0.29
0.39
0.64
0.15
0.70
0.43
0.04
0.06
0.14
0.16
0.15
11
7.45
0.15
0.24
0.27
0.30
0.38
0.27
0.25
0.06
0.41
0.44
0.30
0.38
0.63
0.16
0.69
0.43
0.05
0.07
0.15
0.27
0.17
12
6.85
0.17
0.23
0.26
0.32
0.39
0.26
0.27
0.08
0.43
0.47
0.32
0.36
0.61
0.15
0.67
0.40
0.05
0.07
0.15
0.16
0.16
13
7.20
0.15
0.22
0.24
0.28
0.35
0.24
0.22
0.10
0.35
0.42
0.26
0.39
0.62
0.15
0.65
0.44
0.07
0.08
0.14
0.15
0.17
14
6.85
0.17
0.26
0.27
0.31
0.41
0.27
0.26
0.09
0.41
0.47
0.30
0.36
0.61
0.15
0.66
0.40
0.05
0.06
0.15
0.16
0.16
15
7.45
0.15
0.24
0.28
0.30
0.40
0.24
0.22
0.09
0.37
0.42
0.29
0.36
0.60
0.16
0.64
0.41
0.06
0.07
0.16
0.17
0.17
16
6.00
0.17
0.23
0.29
0.30
0.38
0.27
0.27
0.09
0.40
0.46
0.30
0.37
0.58
0.17
0.65
0.40
0.04
0.08
0.15
0.17
0.16
17
6.25
0.18
0.23
0.28
0.30
0.39
0.27
0.22
0.10
0.37
0.43
0.29
0.37
0.58
0.16
0.64
0.41
0.05
0.08
0.16
0.18
0.18
18
5.90
0.19
0.20
0.29
0.30
0.38
0.25
0.24
0.08
0.39
0.44
0.30
0.37
0.60
0.17
0.65
0.41
0.06
0.08
0.17
0.18
0.18
19
6.25
0.15
0.25
0.28
0.32
0.38
0.28
0.22
0.08
0.38
0.44
0.30
0.36
0.59
0.16
0.65
0.40
0.06
0.09
0.15
0.17
0.17
20
6.10
0.18
0.21
0.27
0.30
0.39
0.24
0.25
0.09
0.39
0.45
0.29
0.36
0.60
0.16
0.66
0.38
0.06
0.08
0.14
0.16
0.16
21
5.30
0.19
0.22
0.28
0.32
0.39
0.28
0.23
0.08
0.39
0.44
0.30
0.38
0.59
0.16
0.65
0.41
0.06
0.08
0.15
0.17
0.17
22
4.95
0.20
0.22
0.27
0.32
0.41
0.27
0.22
0.10
0.39
0.44
0.31
0.36
0.59
0.17
0.65
0.40
0.06
0.08
0.16
0.17
0.18
23
5.35
0.19
0.21
0.29
0.33
0.39
0.27
0.23
0.09
0.41
0.47
0.32
0.36
0.59
0.17
0.65
0.39
0.06
0.08
0.15
0.18
0.18
17
Lanjutan lampiran 2 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Sumatera
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
24
6.15
0.15
0.26
0.28
0.29
0.40
0.24
0.25
0.12
0.37
0.45
0.29
0.34
0.57
0.15
0.62
0.38
0.05
0.07
0.16
0.17
0.17
25
6.45
0.16
0.22
0.29
0.30
0.38
0.26
0.21
0.11
0.37
0.43
0.30
0.36
0.59
0.16
0.64
0.40
0.06
0.08
0.16
0.16
0.17
26
4.95
0.16
0.21
0.25
0.28
0.36
0.23
0.21
0.10
0.35
0.43
0.26
0.40
0.62
0.16
0.67
0.44
0.06
0.09
0.15
0.17
0.16
27
6.50
0.15
0.25
0.25
0.30
0.38
0.25
0.20
0.09
0.38
0.43
0.28
0.38
0.62
0.15
0.67
0.42
0.07
0.08
0.15
0.18
0.17
28
4.80
0.19
0.24
0.29
0.32
0.42
0.27
0.22
0.11
0.36
0.44
0.30
0.36
0.58
0.16
0.64
0.42
0.04
0.06
0.16
0.17
0.17
29
5.00
0.18
0.22
0.30
0.31
0.40
0.27
0.22
0.10
0.38
0.45
0.29
0.35
0.58
0.16
0.64
0.39
0.07
0.08
0.15
0.17
0.17
30
5.00
0.15
0.26
0.30
0.29
0.39
0.27
0.20
0.08
0.37
0.40
0.29
0.38
0.60
0.17
0.67
0.41
0.05
0.08
0.15
0.16
0.18
Rata-rata
6.56
0.17
0.23
0.27
0.31
0.39
0.26
0.24
0.09
0.39
0.45
0.30
0.37
0.60
0.16
0.66
0.41
0.05
0.08
0.15
0.17
0.17
st.dev
1.14
0.02
0.02
0.02
0.01
0.02
0.01
0.02
0.01
0.02
0.02
0.02
0.01
0.02
0.01
0.02
0.02
0.01
0.01
0.01
0.02
0.01
0.07 0.06 0.05 0.05
= Panjang standar
= Standar deviasi
= koefisien keragaman
0.05
0.10
0.14
0.06
0.04
0.05
0.04
0.03
0.04
0.03
0.04
0.20
0.12
0.05
0.12
0.04
CV
0.17 0.11
Keterangan
: PS
st.dev
CV
18
Lampiran 3 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Kalimantan
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
1
7.50
0.18
0.21
0.26
0.31
0.39
0.26
0.27
0.08
0.41
0.47
0.31
0.35
0.61
0.15
0.67
0.39
0.05
0.08
0.15
0.17
0.16
2
7.85
0.16
0.22
0.25
0.27
0.38
0.21
0.24
0.09
0.38
0.44
0.27
0.37
0.60
0.17
0.65
0.41
0.06
0.08
0.14
0.17
0.17
3
7.85
0.15
0.23
0.25
0.26
0.36
0.20
0.24
0.09
0.36
0.40
0.26
0.37
0.61
0.17
0.64
0.39
0.06
0.08
0.14
0.17
0.17
4
8.75
0.17
0.22
0.25
0.33
0.38
0.26
0.28
0.10
0.43
0.49
0.32
0.34
0.62
0.16
0.69
0.39
0.05
0.08
0.16
0.17
0.05
5
7.55
0.15
0.26
0.23
0.35
0.40
0.26
0.30
0.13
0.45
0.54
0.39
0.32
0.64
0.17
0.68
0.40
0.05
0.03
0.16
0.17
0.17
6
7.80
0.17
0.24
0.26
0.33
0.40
0.28
0.28
0.09
0.44
0.49
0.31
0.34
0.63
0.15
0.69
0.38
0.04
0.06
0.15
0.15
0.15
7
7.95
0.13
0.26
0.26
0.31
0.38
0.25
0.25
0.09
0.42
0.47
0.30
0.36
0.63
0.15
0.67
0.42
0.06
0.07
0.14
0.16
0.16
8
8.55
0.22
0.19
0.25
0.33
0.38
0.27
0.26
0.10
0.42
0.48
0.32
0.37
0.61
0.16
0.67
0.41
0.05
0.07
0.15
0.16
0.16
9
8.55
0.12
0.25
0.26
0.30
0.36
0.28
0.27
0.06
0.40
0.45
0.30
0.33
0.58
0.15
0.64
0.37
0.04
0.05
0.15
0.15
0.16
10
7.90
0.16
0.25
0.25
0.32
0.41
0.26
0.23
0.09
0.40
0.46
0.30
0.39
0.63
0.15
0.68
0.42
0.04
0.05
0.15
0.16
0.16
11
6.80
0.16
0.24
0.24
0.32
0.40
0.25
0.26
0.13
0.41
0.50
0.31
0.35
0.60
0.16
0.65
0.40
0.04
0.07
0.15
0.16
0.17
12
6.65
0.18
0.24
0.29
0.33
0.41
0.30
0.23
0.14
0.38
0.47
0.33
0.38
0.54
0.15
0.61
0.41
0.03
0.06
0.14
0.16
0.15
13
6.50
0.15
0.25
0.28
0.33
0.38
0.32
0.28
0.11
0.43
0.51
0.32
0.35
0.55
0.15
0.68
0.38
0.04
0.06
0.15
0.16
0.15
14
6.60
0.17
0.24
0.25
0.32
0.38
0.30
0.25
0.12
0.39
0.48
0.32
0.36
0.55
0.15
0.63
0.39
0.03
0.06
0.14
0.16
0.15
15
6.50
0.12
0.27
0.28
0.32
0.37
0.29
0.27
0.11
0.41
0.47
0.32
0.37
0.58
0.15
0.66
0.40
0.04
0.08
0.14
0.16
0.15
16
6.60
0.16
0.22
0.29
0.34
0.37
0.31
0.21
0.09
0.41
0.47
0.32
0.39
0.61
0.17
0.69
0.42
0.06
0.08
0.17
0.18
0.18
17
6.80
0.14
0.26
0.24
0.32
0.39
0.26
0.22
0.10
0.40
0.46
0.29
0.38
0.61
0.17
0.68
0.41
0.05
0.07
0.15
0.18
0.16
18
6.20
0.19
0.24
0.28
0.39
0.43
0.32
0.23
0.10
0.46
0.52
0.37
0.39
0.64
0.17
0.70
0.44
0.03
0.05
0.15
0.16
0.17
19
5.85
0.15
0.21
0.26
0.32
0.36
0.26
0.21
0.11
0.41
0.46
0.31
0.39
0.62
0.17
0.70
0.42
0.06
0.09
0.15
0.18
0.17
20
6.65
0.16
0.26
0.26
0.32
0.40
0.28
0.24
0.08
0.39
0.45
0.30
0.37
0.61
0.17
0.67
0.41
0.06
0.08
0.16
0.17
0.17
21
5.65
0.17
0.25
0.24
0.35
0.40
0.27
0.24
0.12
0.42
0.48
0.33
0.37
0.62
0.17
0.68
0.42
0.04
0.06
0.17
0.17
0.18
22
6.55
0.12
0.26
0.28
0.28
0.38
0.26
0.18
0.08
0.33
0.38
0.27
0.41
0.60
0.16
0.66
0.42
0.06
0.09
0.16
0.18
0.17
23
6.50
0.17
0.22
0.26
0.30
0.37
0.25
0.25
0.09
0.38
0.45
0.28
0.38
0.60
0.16
0.67
0.41
0.05
0.08
0.15
0.17
0.17
19
Lampiran 3 Data pengukuran 21 karakter truss morfometrik ikan betok (Anabas testudineus) populasi Kalimantan
NO
PS
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B2
B3
B4
B5
C1
C2
C3
C4
C5
D1
D2
D3
D4
D5
24
7.05
0.14
0.26
0.26
0.30
0.40
0.24
0.21
0.11
0.38
0.44
0.28
0.38
0.62
0.16
0.65
0.44
0.06
0.06
0.15
0.16
0.16
25
6.85
0.18
0.24
0.28
0.35
0.41
0.30
0.23
0.09
0.43
0.48
0.34
0.39
0.63
0.18
0.70
0.43
0.03
0.05
0.16
0.17
0