DELESI GEN APOBEC3B PASIEN HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS RSUD DR. MOEWARDI SURAKARTA.
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DELESI GEN APOBEC3B PASIEN HUMAN IMMUNODEFICIENCY
VIRUS RSUD DR. MOEWARDI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
EKKIM AL KINDI
G0010066
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta
2013
commit to user
i
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PENGESAHAN SKRIPSI
Skripsi dengan judul : Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human
Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta
Ekkim Al Kindi, NIM : G0010066, Tahun : 2013
Telah diuji dan sudah disahkan di hadapan Dewan Penguji Skripsi
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret
Pada Hari Kamis, Tanggal 27 Juni 2013
Pembimbing Utama
Nama : Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D.
NIP : 19770907 200212 1 002
………………………………….
Pembimbing Pendamping
………………………………….
Nama : Yulia Sari, S.Si., M.Si.
NIP : 19800715 200812 2 001
Penguji Utama
………………………………….
Nama : Hudiyono, Drs., M.S.
NIP : 19580206 198601 1 001
Penguji Pendamping
………………………………….
Nama : Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK.
NIP : 19590203 198601 1 004
Surakarta, …………………………..
Ketua Tim Skripsi
Dekan FK UNS
Ari Natalia Probandari, dr., MPH., Ph.D. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM
NIP 19751221 200501 2 001
NIP 19510601 197903 1 002
commit to user
ii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah
diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan penulis tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, Juni 2013
Ekkim Al Kindi
NIM. G0010066
commit to user
iii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ABSTRAK
Ekkim Al Kindi, G.0010066, 2013. Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human
Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta. Skripsi. Fakultas
Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Infeksi HIV pada manusia dapat dihambat oleh faktor intrinsik.
Tubuh manusia dapat menghasilkan protein antivirus, yang disandi oleh gen
APOBEC3. APOBEC3B merupakan salah satu jenis protein APOBEC3, yang
tidak dapat didegradasi oleh protein vif HIV, sehingga protein ini berpotensi
sebagai inhibitor penting dalam menghambat replikasi HIV. Namun, gen
APOBEC3B dapat mengalami delesi, sehingga hal ini dapat menghambat fungsi
antivirus dalam menghambat infeksi HIV.
Metode: Sebanyak 51 pasien HIV (+) RSUD Dr. Moewardi Surakarta pada bulan
November 2011 dimasukkan sebagai responden penelitian. Responden diambil
darah dan kemudian diisolasi asam nukleatnya. Kemudian, dilakukan Polymerase
Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan Deletion_F dan Deletion_R
bertujuan untuk mendeteksi adanya delesi pada sekuen gen APOBEC3B. Hasil
PCR dielektroforesis di gel agarose 1% dengan marker Loading Quick
ФX174/HaeIII 72-1353bp. Kemudian gel divisualisasikan dengan menggunakan
Gel Documentation dan diinterpretasi. Data delesi gen APOBEC3B, deskripsi
umum subjek penelitian, hasil deteksi RNA HIV, dan jumlah sel CD4, dianalisis
menggunakan uji Chi Square.
Hasil: Sebanyak 36 responden (36/51, 70,6%) positif mengalami delesi di gen
APOBEC3B, 4 di antaranya terdeteksi RNA HIV (+). Rata-rata jumlah sel CD4
responden yang mengalami delesi gen A3B adalah 426,86 ± 407,4 sel/µl (rata-rata
jumlah sel CD4 ± Standart Deviation [SD]) dan rata-rata jumlah sel CD4
responden yang tidak mengalami delesi adalah 496,93 ± 573,0 sel/µl (p = 0,782).
Tidak terdapat hubungan (p > 0,050) antara delesi gen A3B terhadap jenis
kelamin wanita (p = 0,183) dan jumlah sel CD4 (p = 1,000). Responden dengan
jenis kelamin wanita memiliki kemungkinan lebih besar untuk mengalami delesi
gen A3B (Odds Ratio [OR] = 2,286; 95% Confidence Interval [CI] : 0,669 7,808).
Simpulan: Insidensi delesi gen A3B pasien HIV RSUD Dr. Moewardi lebih
tinggi bila dibandingkan dengan penelitian di Jepang dan India. Tidak terdapat
perbedaan antara rata-rata jumlah sel CD4 pasien yang mengalami delesi dan yang
tidak mengalami delesi. Diperlukan penelitian lebih lanjut mengenai genotipe
delesi gen A3B. Selain itu diperlukan pula pemeriksaan terhadap variasi gen yang
mempengaruhi infektifitas HIV, infeksi oportunistik, dan koinfeksi HIV pada
pasien HIV.
Kata kunci: Delesi, APOBEC3B,commit
HIV to user
iv
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ABSTRACT
Ekkim Al Kindi, G.0010066, 2013. APOBEC3B Gene Deletion in Human
Immunodeficiency Virus Patients of Dr. Moewardi General Hospital Surakarta.
Mini Thesis. Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: HIV infection on human can get inhibition from intrinsic factor.
Human can produce antivirus protein, which encoded by APOBEC3 gene.
APOBEC3B (A3B) is one of APOBEC3 protein, which cannot be degradated by
HIV vif protein. Therefore A3B protein is a potent inhibitor of HIV replication.
But, A3B gene can get a deletion, which can decrease its effect in inhibiting HIV
infection.
Methods: There were 51 HIV (+) patients in Dr. Moewardi General Hospital
Surakarta on November 2011, which were included as our respondences. We take
respondences blood and isolated its DNA. Then, we run PCR with deletion primer
(Deletion_F dan Deletion_R) to detect if there was a deletion in A3B gene
sequence. We run electrophoresis in 1% agarose gel with Loading Quick
ФX174/HaeIII 72-1353bp as a marker. Then, we visualized the gel on Gel
Documentation and interpretated. Datas of A3B gene deletion, respondences
description, HIV RNA detection, and CD4 cell count were analysed with Chi
Square.
Results: About 36 respondences (36/51, 70,6%) were positive for deletion in A3B
gene. Four of them were positive for HIV RNA detection. The average mean of
CD4 cells count in respondences, who were positive for A3B gene deletion, was
426,86 ± 407,4 cells/µl and the other was 496,93 ± 573,0 cells/µl (p = 0,782).
There were no correlation (p > 0,050) between A3B gene deletion with being
female and CD4 cells count. A3B gene deletion was more likely to be found in
female respondences (OR = 2,286; 95% CI : 0,669 - 7,808).
Conclusion: Incidences of A3B gene deletion among HIV patients of Dr.
Moewardi General Hospital was higher than HIV patients in Japan and Indian.
There were no differences between the average mean of CD4 cell counts of A3B
gene deletion-positive respondences and A3B gene deletion-negative
respondences. Test for A3B gene deletion should be done. Research for gene
variation, which correlated with HIV infection, opportunistic infection, and HIV
coinfection should be done for further analyses.
Keywords: Polymorphism, Deletion, APOBEC3B, HIV
commit to user
v
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PRAKATA
Alhamdulillah hirobbil’aalamin, segala puja dan puji penulis haturkan
kehadirat Allah SWT, yang telah memberikan nikmat-Nya kepada penulis,
sehingga dapat menyelesaikan penelitian dengan judul “Delesi Gen APOBEC3B
Pasien Human Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta”.
Penelitian ini merupakan salah satu persyaratan dalam menyelesaikan Program
Sarjana Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret
Surakarta.
Penulis menyadari bahwa penelitian ini tidak akan berhasil tanpa adanya
bantuan dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh rasa hormat dan
ucapan terima kasih yang dalam saya berikan kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM selaku Dekan
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta
2. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. selaku Pembimbing Utama yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini
3. Yulia Sari, S.Si., M.Si. selaku Pembimbing Pendamping yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini
4. Hudiyono, Drs., M.S. selaku Penguji Utama yang telah memberikan banyak
kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini
5. Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK. selaku Penguji Pendamping yang telah
memberikan banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini
6. Ari Natalia Probandari, dr., M.P.H., Ph.D. selaku Ketua Tim Skripsi FK UNS
7. Yang tercinta kedua orang tua, Ayahanda Ir. Soelistio dan Ibunda Eko
Intiningsih, S.E. yang senantiasa mendoakan tiada henti, dan memberikan
support dalam segala hal sehingga terselesaikannya penelitian ini
8. Yang tercinta kedua adik saya, Gesi Al Khowarizmi dan Fopi Salsabila yang
senantiasa mendoakan tiada henti
9. Teman-teman Laboratorium Biomedik FK UNS, Engine Rabindra
Ariapramuda, Asisten Biomedik 2011, Alfin Titian Permata atas semangat
yang tak henti-henti dan waktu yang selalu tersedia
10. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung membantu proses
penelitian tugas karya akhir ini yang tidak mungkin disebutkan satu - persatu.
Penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca. Saran, koreksi,
dan tanggapan dari semua pihak sangat diharapkan.
Surakarta, Desember 2013
Ekkim Al Kindi
commit to user
vi
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR ISI
Prakata ............................................................................................................ vi
Daftar Isi......................................................................................................... vii
Daftar Tabel ................................................................................................... ix
Daftar Gambar ................................................................................................ x
BAB I Pendahuluan ..................................................................................... 1
A. Latar Belakang ............................................................................ 1
B. Perumusan Masalah..................................................................... 3
C. Tujuan Penelitian......................................................................... 3
D. Manfaat Penelitian....................................................................... 3
BAB II Landasan Teori................................................................................. 4
A. Tinjauan Pustaka ......................................................................... 4
B. Kerangka Pemikiran .................................................................... 11
BAB III Metode Penelitian ............................................................................ 12
A. Jenis Penelitian ............................................................................ 12
B. Lokasi Penelitian ......................................................................... 12
C. Subjek Penelitian ......................................................................... 12
D. Rancangan Penelitian ............................................................................... 12
E. Instrumen Penelitian................................................................................. 13
F. Cara Kerja ................................................................................................ 14
G. Analisis Data ............................................................................................ 16
BAB IV Hasil Penelitian .............................................................................. 17
commit to user
vii
perpustakaan.uns.ac.id
BAB V
digilib.uns.ac.id
Pembahasan ................................................................................... 22
A. Data Epidemiologi Pasien HIV RSUD Dr. Moewardi ............. 22
B. Delesi Gen APOBEC3B ........................................................... 23
BAB VI Simpulan dan Saran ....................................................................... 27
A. Simpulan ................................................................................... 27
B. Saran ......................................................................................... 27
Daftar Pustaka
commit to user
viii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR TABEL
Tabel 3.1. Primer Delesi Gen APOBEC3B ................................................... 15
Tabel 3.2. Kondisi PCR Delesi Gen APOBEC3B ........................................ 16
Tabel 4.1. Pengobatan Antiretrovirus dan Hasil Pemeriksaan Deteksi
RNA HIV dan Jumlah Sel CD4 Responden Penelitian ................. 20
Tabel 4.2. Hasil Uji Chi Square Delesi gen APOBEC3B ............................. 21
Tabel 5.1. Polimorfisme yang berpengaruh dalam infeksi HIV .................... 26
commit to user
ix
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Kerangka Pemikiran ................................................................ 11
Gambar 3.1. Rancangan Penelitian............................................................... 12
Gambar 4.1. Hasil Pemeriksaan PCR Delesi Gen APOBEC3B................... 19
Gambar 5.1. Sekuen yang Dideteksi oleh Primer Delesi Gen APOBEC3B 23
commit to user
x
digilib.uns.ac.id
DELESI GEN APOBEC3B PASIEN HUMAN IMMUNODEFICIENCY
VIRUS RSUD DR. MOEWARDI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
EKKIM AL KINDI
G0010066
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta
2013
commit to user
i
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PENGESAHAN SKRIPSI
Skripsi dengan judul : Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human
Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta
Ekkim Al Kindi, NIM : G0010066, Tahun : 2013
Telah diuji dan sudah disahkan di hadapan Dewan Penguji Skripsi
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret
Pada Hari Kamis, Tanggal 27 Juni 2013
Pembimbing Utama
Nama : Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D.
NIP : 19770907 200212 1 002
………………………………….
Pembimbing Pendamping
………………………………….
Nama : Yulia Sari, S.Si., M.Si.
NIP : 19800715 200812 2 001
Penguji Utama
………………………………….
Nama : Hudiyono, Drs., M.S.
NIP : 19580206 198601 1 001
Penguji Pendamping
………………………………….
Nama : Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK.
NIP : 19590203 198601 1 004
Surakarta, …………………………..
Ketua Tim Skripsi
Dekan FK UNS
Ari Natalia Probandari, dr., MPH., Ph.D. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM
NIP 19751221 200501 2 001
NIP 19510601 197903 1 002
commit to user
ii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah
diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan penulis tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, Juni 2013
Ekkim Al Kindi
NIM. G0010066
commit to user
iii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ABSTRAK
Ekkim Al Kindi, G.0010066, 2013. Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human
Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta. Skripsi. Fakultas
Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Infeksi HIV pada manusia dapat dihambat oleh faktor intrinsik.
Tubuh manusia dapat menghasilkan protein antivirus, yang disandi oleh gen
APOBEC3. APOBEC3B merupakan salah satu jenis protein APOBEC3, yang
tidak dapat didegradasi oleh protein vif HIV, sehingga protein ini berpotensi
sebagai inhibitor penting dalam menghambat replikasi HIV. Namun, gen
APOBEC3B dapat mengalami delesi, sehingga hal ini dapat menghambat fungsi
antivirus dalam menghambat infeksi HIV.
Metode: Sebanyak 51 pasien HIV (+) RSUD Dr. Moewardi Surakarta pada bulan
November 2011 dimasukkan sebagai responden penelitian. Responden diambil
darah dan kemudian diisolasi asam nukleatnya. Kemudian, dilakukan Polymerase
Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan Deletion_F dan Deletion_R
bertujuan untuk mendeteksi adanya delesi pada sekuen gen APOBEC3B. Hasil
PCR dielektroforesis di gel agarose 1% dengan marker Loading Quick
ФX174/HaeIII 72-1353bp. Kemudian gel divisualisasikan dengan menggunakan
Gel Documentation dan diinterpretasi. Data delesi gen APOBEC3B, deskripsi
umum subjek penelitian, hasil deteksi RNA HIV, dan jumlah sel CD4, dianalisis
menggunakan uji Chi Square.
Hasil: Sebanyak 36 responden (36/51, 70,6%) positif mengalami delesi di gen
APOBEC3B, 4 di antaranya terdeteksi RNA HIV (+). Rata-rata jumlah sel CD4
responden yang mengalami delesi gen A3B adalah 426,86 ± 407,4 sel/µl (rata-rata
jumlah sel CD4 ± Standart Deviation [SD]) dan rata-rata jumlah sel CD4
responden yang tidak mengalami delesi adalah 496,93 ± 573,0 sel/µl (p = 0,782).
Tidak terdapat hubungan (p > 0,050) antara delesi gen A3B terhadap jenis
kelamin wanita (p = 0,183) dan jumlah sel CD4 (p = 1,000). Responden dengan
jenis kelamin wanita memiliki kemungkinan lebih besar untuk mengalami delesi
gen A3B (Odds Ratio [OR] = 2,286; 95% Confidence Interval [CI] : 0,669 7,808).
Simpulan: Insidensi delesi gen A3B pasien HIV RSUD Dr. Moewardi lebih
tinggi bila dibandingkan dengan penelitian di Jepang dan India. Tidak terdapat
perbedaan antara rata-rata jumlah sel CD4 pasien yang mengalami delesi dan yang
tidak mengalami delesi. Diperlukan penelitian lebih lanjut mengenai genotipe
delesi gen A3B. Selain itu diperlukan pula pemeriksaan terhadap variasi gen yang
mempengaruhi infektifitas HIV, infeksi oportunistik, dan koinfeksi HIV pada
pasien HIV.
Kata kunci: Delesi, APOBEC3B,commit
HIV to user
iv
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ABSTRACT
Ekkim Al Kindi, G.0010066, 2013. APOBEC3B Gene Deletion in Human
Immunodeficiency Virus Patients of Dr. Moewardi General Hospital Surakarta.
Mini Thesis. Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: HIV infection on human can get inhibition from intrinsic factor.
Human can produce antivirus protein, which encoded by APOBEC3 gene.
APOBEC3B (A3B) is one of APOBEC3 protein, which cannot be degradated by
HIV vif protein. Therefore A3B protein is a potent inhibitor of HIV replication.
But, A3B gene can get a deletion, which can decrease its effect in inhibiting HIV
infection.
Methods: There were 51 HIV (+) patients in Dr. Moewardi General Hospital
Surakarta on November 2011, which were included as our respondences. We take
respondences blood and isolated its DNA. Then, we run PCR with deletion primer
(Deletion_F dan Deletion_R) to detect if there was a deletion in A3B gene
sequence. We run electrophoresis in 1% agarose gel with Loading Quick
ФX174/HaeIII 72-1353bp as a marker. Then, we visualized the gel on Gel
Documentation and interpretated. Datas of A3B gene deletion, respondences
description, HIV RNA detection, and CD4 cell count were analysed with Chi
Square.
Results: About 36 respondences (36/51, 70,6%) were positive for deletion in A3B
gene. Four of them were positive for HIV RNA detection. The average mean of
CD4 cells count in respondences, who were positive for A3B gene deletion, was
426,86 ± 407,4 cells/µl and the other was 496,93 ± 573,0 cells/µl (p = 0,782).
There were no correlation (p > 0,050) between A3B gene deletion with being
female and CD4 cells count. A3B gene deletion was more likely to be found in
female respondences (OR = 2,286; 95% CI : 0,669 - 7,808).
Conclusion: Incidences of A3B gene deletion among HIV patients of Dr.
Moewardi General Hospital was higher than HIV patients in Japan and Indian.
There were no differences between the average mean of CD4 cell counts of A3B
gene deletion-positive respondences and A3B gene deletion-negative
respondences. Test for A3B gene deletion should be done. Research for gene
variation, which correlated with HIV infection, opportunistic infection, and HIV
coinfection should be done for further analyses.
Keywords: Polymorphism, Deletion, APOBEC3B, HIV
commit to user
v
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PRAKATA
Alhamdulillah hirobbil’aalamin, segala puja dan puji penulis haturkan
kehadirat Allah SWT, yang telah memberikan nikmat-Nya kepada penulis,
sehingga dapat menyelesaikan penelitian dengan judul “Delesi Gen APOBEC3B
Pasien Human Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta”.
Penelitian ini merupakan salah satu persyaratan dalam menyelesaikan Program
Sarjana Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret
Surakarta.
Penulis menyadari bahwa penelitian ini tidak akan berhasil tanpa adanya
bantuan dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh rasa hormat dan
ucapan terima kasih yang dalam saya berikan kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM selaku Dekan
Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta
2. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. selaku Pembimbing Utama yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini
3. Yulia Sari, S.Si., M.Si. selaku Pembimbing Pendamping yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini
4. Hudiyono, Drs., M.S. selaku Penguji Utama yang telah memberikan banyak
kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini
5. Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK. selaku Penguji Pendamping yang telah
memberikan banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini
6. Ari Natalia Probandari, dr., M.P.H., Ph.D. selaku Ketua Tim Skripsi FK UNS
7. Yang tercinta kedua orang tua, Ayahanda Ir. Soelistio dan Ibunda Eko
Intiningsih, S.E. yang senantiasa mendoakan tiada henti, dan memberikan
support dalam segala hal sehingga terselesaikannya penelitian ini
8. Yang tercinta kedua adik saya, Gesi Al Khowarizmi dan Fopi Salsabila yang
senantiasa mendoakan tiada henti
9. Teman-teman Laboratorium Biomedik FK UNS, Engine Rabindra
Ariapramuda, Asisten Biomedik 2011, Alfin Titian Permata atas semangat
yang tak henti-henti dan waktu yang selalu tersedia
10. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung membantu proses
penelitian tugas karya akhir ini yang tidak mungkin disebutkan satu - persatu.
Penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca. Saran, koreksi,
dan tanggapan dari semua pihak sangat diharapkan.
Surakarta, Desember 2013
Ekkim Al Kindi
commit to user
vi
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR ISI
Prakata ............................................................................................................ vi
Daftar Isi......................................................................................................... vii
Daftar Tabel ................................................................................................... ix
Daftar Gambar ................................................................................................ x
BAB I Pendahuluan ..................................................................................... 1
A. Latar Belakang ............................................................................ 1
B. Perumusan Masalah..................................................................... 3
C. Tujuan Penelitian......................................................................... 3
D. Manfaat Penelitian....................................................................... 3
BAB II Landasan Teori................................................................................. 4
A. Tinjauan Pustaka ......................................................................... 4
B. Kerangka Pemikiran .................................................................... 11
BAB III Metode Penelitian ............................................................................ 12
A. Jenis Penelitian ............................................................................ 12
B. Lokasi Penelitian ......................................................................... 12
C. Subjek Penelitian ......................................................................... 12
D. Rancangan Penelitian ............................................................................... 12
E. Instrumen Penelitian................................................................................. 13
F. Cara Kerja ................................................................................................ 14
G. Analisis Data ............................................................................................ 16
BAB IV Hasil Penelitian .............................................................................. 17
commit to user
vii
perpustakaan.uns.ac.id
BAB V
digilib.uns.ac.id
Pembahasan ................................................................................... 22
A. Data Epidemiologi Pasien HIV RSUD Dr. Moewardi ............. 22
B. Delesi Gen APOBEC3B ........................................................... 23
BAB VI Simpulan dan Saran ....................................................................... 27
A. Simpulan ................................................................................... 27
B. Saran ......................................................................................... 27
Daftar Pustaka
commit to user
viii
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR TABEL
Tabel 3.1. Primer Delesi Gen APOBEC3B ................................................... 15
Tabel 3.2. Kondisi PCR Delesi Gen APOBEC3B ........................................ 16
Tabel 4.1. Pengobatan Antiretrovirus dan Hasil Pemeriksaan Deteksi
RNA HIV dan Jumlah Sel CD4 Responden Penelitian ................. 20
Tabel 4.2. Hasil Uji Chi Square Delesi gen APOBEC3B ............................. 21
Tabel 5.1. Polimorfisme yang berpengaruh dalam infeksi HIV .................... 26
commit to user
ix
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Kerangka Pemikiran ................................................................ 11
Gambar 3.1. Rancangan Penelitian............................................................... 12
Gambar 4.1. Hasil Pemeriksaan PCR Delesi Gen APOBEC3B................... 19
Gambar 5.1. Sekuen yang Dideteksi oleh Primer Delesi Gen APOBEC3B 23
commit to user
x