Analisis Keragaman Genetik Beberapa Origin Tanaman Kelapa Sawit (Elaeisguineensis Jacq.) Menggunakan Primer Spesifik Ily-2 dan Primer SSR
50
LAMPIRAN
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stock
Pembuatan Larutan Stok
• Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan
Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades.Aduk campuran
larutan
dengan
menggunakan
stirrer
kemudian
diletakkan
diatas
hotplate.Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai
pH mencapai 7.4.Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.
• EDTA 0.5 M pH 8.0 (100 ml) :Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan
ditambahkan 80 ml aquades.Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirer kemudian diletakkan diatas hotplate.Selanjutnya, ditambahkan HCl
pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.Masukkan ke dalam gelas
ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
Pembuatan Larutan Kerja
• Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga
volume larutan menjadi 100 ml.
• Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
Universitas Sumatera Utara
51
Lampiran 2. Alur Penelitian
STOCK DNA
PROSES PCR-ILY2-SSR
ELEKTOFORESIS
ANALISIS HASIL AMPLIFIKASI
Lampiran 3. Data Skooring
FR1753
ILY
2
FR3300
155
kode
sampel
1324bp
752b
p
472b
p
410b
p
383b
p
248bp
233
bp
213b
p
0
0
1
1
0
0
1
0
0
1
1
0
1
0
0
1
1
0
0
0
1
0
0
1
1
0
0
0
186bp
177b
p
166b
p
I127
bp
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
#
#
#
#
#
#
#
#
#
#
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
0
1
0
0
1
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
0
0
1
0
1
1
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
Bp
1D
2D
3D
4D
5D
6D
7D
8D
9D
10D
11D
12D
Universitas Sumatera Utara
52
0
0
1
0
1
0
0
0
1
0
0
1
0
0
1
1
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
0
1
#
#
#
#
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
1
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
0
1
0
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
1
0
0
0
1
1
0
1
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
1
#
#
#
#
#
#
0
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
1
1
1
0
1
0
0
0
1
0
1
0
0
0
1
1
0
1
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
1
0
0
1
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
0
0
1
0
#
#
#
#
1
1
1
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
13D
14D
20D
22D
24D
26D
27D
29D
2B
3B
4B
5B
8B
10B
11B
12B
13B
14B
20B
22B
24B
26B
27B
29B
Lampiran 4. Data Factorial Coordinates
NO
1
2
3
Axis 1
-0.4823
-0.367
-0.3439
Axis 2
-0.1082
-0.1977
0.2088
Axis 3
0.0246
0.058
0.2768
Axis 4
-0.1387
-0.0814
-0.1685
Axis 5
-0.0082
-0.1875
0.1993
Universitas Sumatera Utara
53
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
Axis
1
2
3
4
5
-0.3855
-0.0896
-0.3706
-0.1244
-0.0516
0.1198
0.0853
0.3058
0.2086
0.069
0.2674
0.2733
-0.1819
-0.1819
-0.1819
0.2674
0.0798
-0.2839
-0.0648
-0.1315
0.1742
-0.0516
0.1001
0.1471
-0.2319
0.1707
0.3101
0.2219
0.3298
0.0491
0.3298
0.0508
-0.0355
Eigenvalue
0.05287
0.03781
0.02261
0.01943
0.01617
-0.2437
0.1126
0.2535
-0.1827
-0.236
0.0826
0.0019
-0.0388
0.0074
-0.4496
0.0888
-0.0897
0.2585
0.2585
0.2585
0.0888
0.1067
-0.0198
0.19
0.3182
-0.2465
-0.236
0.0778
-0.2707
-0.445
0.1069
0.006
0.021
0.0446
0.1499
0.0446
0.1448
-0.0661
-0.0277
0.0388
-0.2416
-0.0641
0.0256
-0.2533
0.0294
-0.0005
-0.304
-0.0836
-0.1895
-0.0404
-0.113
-0.113
-0.113
-0.1895
0.1792
0.0756
0.2811
0.0571
0.0007
0.0256
0.2446
-0.0209
-0.0375
-0.1959
0.1697
0.2261
0.174
-0.1629
0.174
0.0455
0.044
-0.0291
0.217
-0.1315
0.1179
0.1833
0.1995
0.3187
-0.0264
-0.3116
-0.1366
-0.076
0.0922
0.0221
0.0221
0.0221
-0.076
-0.0432
0.02
0.0565
-0.0242
-0.1295
0.1833
0.1972
0.038
0.0266
0.1009
-0.0302
0.0217
-0.1692
0.2024
-0.1692
-0.1328
-0.1679
0.1571
0.0968
0.1043
0.1886
-0.1183
0.0559
-0.0458
-0.0337
0.1148
0.1786
-0.029
0.122
-0.0267
-0.0267
-0.0267
-0.029
0.2609
-0.0962
-0.1163
0.0419
-0.1126
-0.1183
0.0649
0.0109
0.0023
-0.0556
0.0994
0.0888
-0.0271
-0.0886
-0.0271
-0.2883
-0.3249
Inertia%
21.37
15.28
9.14
7.85
6.53
Universitas Sumatera Utara
LAMPIRAN
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stock
Pembuatan Larutan Stok
• Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan
Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades.Aduk campuran
larutan
dengan
menggunakan
stirrer
kemudian
diletakkan
diatas
hotplate.Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai
pH mencapai 7.4.Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.
• EDTA 0.5 M pH 8.0 (100 ml) :Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan
ditambahkan 80 ml aquades.Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirer kemudian diletakkan diatas hotplate.Selanjutnya, ditambahkan HCl
pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.Masukkan ke dalam gelas
ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
Pembuatan Larutan Kerja
• Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga
volume larutan menjadi 100 ml.
• Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
Universitas Sumatera Utara
51
Lampiran 2. Alur Penelitian
STOCK DNA
PROSES PCR-ILY2-SSR
ELEKTOFORESIS
ANALISIS HASIL AMPLIFIKASI
Lampiran 3. Data Skooring
FR1753
ILY
2
FR3300
155
kode
sampel
1324bp
752b
p
472b
p
410b
p
383b
p
248bp
233
bp
213b
p
0
0
1
1
0
0
1
0
0
1
1
0
1
0
0
1
1
0
0
0
1
0
0
1
1
0
0
0
186bp
177b
p
166b
p
I127
bp
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
#
#
#
#
#
#
#
#
#
#
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
0
1
0
0
1
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
0
0
1
0
1
1
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
Bp
1D
2D
3D
4D
5D
6D
7D
8D
9D
10D
11D
12D
Universitas Sumatera Utara
52
0
0
1
0
1
0
0
0
1
0
0
1
0
0
1
1
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
0
1
#
#
#
#
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
1
0
1
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
0
1
0
0
1
1
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
0
1
0
0
1
1
#
#
#
#
#
#
0
1
0
0
0
1
1
0
1
0
0
0
1
0
0
1
0
0
0
1
#
#
#
#
#
#
0
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
1
1
1
0
1
0
0
0
1
0
1
0
0
0
1
1
0
1
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
0
1
0
0
1
0
0
1
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
1
0
0
1
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
0
0
1
0
#
#
#
#
1
1
1
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
13D
14D
20D
22D
24D
26D
27D
29D
2B
3B
4B
5B
8B
10B
11B
12B
13B
14B
20B
22B
24B
26B
27B
29B
Lampiran 4. Data Factorial Coordinates
NO
1
2
3
Axis 1
-0.4823
-0.367
-0.3439
Axis 2
-0.1082
-0.1977
0.2088
Axis 3
0.0246
0.058
0.2768
Axis 4
-0.1387
-0.0814
-0.1685
Axis 5
-0.0082
-0.1875
0.1993
Universitas Sumatera Utara
53
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
Axis
1
2
3
4
5
-0.3855
-0.0896
-0.3706
-0.1244
-0.0516
0.1198
0.0853
0.3058
0.2086
0.069
0.2674
0.2733
-0.1819
-0.1819
-0.1819
0.2674
0.0798
-0.2839
-0.0648
-0.1315
0.1742
-0.0516
0.1001
0.1471
-0.2319
0.1707
0.3101
0.2219
0.3298
0.0491
0.3298
0.0508
-0.0355
Eigenvalue
0.05287
0.03781
0.02261
0.01943
0.01617
-0.2437
0.1126
0.2535
-0.1827
-0.236
0.0826
0.0019
-0.0388
0.0074
-0.4496
0.0888
-0.0897
0.2585
0.2585
0.2585
0.0888
0.1067
-0.0198
0.19
0.3182
-0.2465
-0.236
0.0778
-0.2707
-0.445
0.1069
0.006
0.021
0.0446
0.1499
0.0446
0.1448
-0.0661
-0.0277
0.0388
-0.2416
-0.0641
0.0256
-0.2533
0.0294
-0.0005
-0.304
-0.0836
-0.1895
-0.0404
-0.113
-0.113
-0.113
-0.1895
0.1792
0.0756
0.2811
0.0571
0.0007
0.0256
0.2446
-0.0209
-0.0375
-0.1959
0.1697
0.2261
0.174
-0.1629
0.174
0.0455
0.044
-0.0291
0.217
-0.1315
0.1179
0.1833
0.1995
0.3187
-0.0264
-0.3116
-0.1366
-0.076
0.0922
0.0221
0.0221
0.0221
-0.076
-0.0432
0.02
0.0565
-0.0242
-0.1295
0.1833
0.1972
0.038
0.0266
0.1009
-0.0302
0.0217
-0.1692
0.2024
-0.1692
-0.1328
-0.1679
0.1571
0.0968
0.1043
0.1886
-0.1183
0.0559
-0.0458
-0.0337
0.1148
0.1786
-0.029
0.122
-0.0267
-0.0267
-0.0267
-0.029
0.2609
-0.0962
-0.1163
0.0419
-0.1126
-0.1183
0.0649
0.0109
0.0023
-0.0556
0.0994
0.0888
-0.0271
-0.0886
-0.0271
-0.2883
-0.3249
Inertia%
21.37
15.28
9.14
7.85
6.53
Universitas Sumatera Utara