Analisis Keragaman Genetik Beberapa Origin Tanaman Kelapa Sawit (Elaeisguineensis Jacq.) Menggunakan Primer Spesifik Ily-2 dan Primer SSR

7

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Asal Usul
Umumnya diketahui bahwa kelapa sawit (E. guineensis) berasal dari
wilayah hutan hujan tropis Afrika Barat. Penyebarannya melalui Bagian Selatan
Kamerun, Pantai Gading, Ghana, Liberia, Nigeria, Sierra Leone, Togo dan ke
wilayah equatorial Angola dan Kongo. Pemrosesan kelapa sawit untuk menjadi
minyak telah dipraktekkan di Afrika selama ribuan tahun, dan menghasilkan
minyak yang berwarna dan dibumbui yang unsur penting dalam banyak masakan
tradisional Afrika Barat. Proses secara tradisional ini sangat sederhana, tetapi
sudah lama dan tidak efisien (Jacquemard et al, 2010).
Kelapa sawit (E. guineensis)termasuk golongan palma yang dapat
menghasilkan minyak. Ada tiga macam tipe/jenis yang sudah dikenal yaitu,
Dura,Tenera dan Pisifera yang masing-masing dibedakan berdasarkan tebal
cangkang dan daging buah (mesokarp) (Jacquemard et al, 2010).
Sumber genetik kelapa sawit yang dikembangkan di Indonesia berasal dari
empat kecambah yang ditanam di Kebun Raya Bogor pada tahun 1848. Pohon
yang tumbuh dari kecambah ini relatif seragam dengan tipe Dura dan
diindikasikan berasal dari satu induk. Program pemuliaan kelapa sawit Indonesia

dikembangkan dari populasi ini dan dikenal sebagai ‘kelapa sawit Deli’. Dura
Deli memiliki beberapa keunggulan: buahnya besar dan mesokarp yang
mengandung minyak tinggi (60%) (Hartley, 1988). Implikasi dari pengembangan
Dura Deli ini menyebabkan keragaman genetik kelapa sawit Indonesia menjadi
relatif sempit (Tinche et al, 2014).

Universitas Sumatera Utara

8

Pada buah kelapa sawit, tipe buah muda yang paling sering ditemui
berwarna ungu gelap hingga hitam pada bagian apex dan kuning kehijauan pada
bagian basal buah sebelum buah masak, disebut dengan Nigrescens. Tipe lain
yang kurang lazim ditemui berwarna hijau sebelum masak dan disebut Virescens.
Tipe ini berubah warna menjadi jingga kemerahan pada saat masak, meskipun
bagian apex dari eksternal buah tetap hijau (Corley dan Tinker, 2003).Warna buah
Virescens ini juga ditemui pada beberapa aksesi di populasi Nigeria.Karakter
Virescens merupakan karakter penting yang dapat digunakan untuk menentukan
waktu panen yang tepat sehingga meminimalkan kehilangan hasil pada saat
panen.Analisis genetik karakter Virescens belumbanyak dilakukan terutama pada

populasi

spesifik

yaitu

populasi

yang

berasal

dari

Nigeria

(Tinche et al, 2014).
Efek dari bahan tanam telah diselidiki di beberapa bidang eksperimen
(Jacquemard et al, 2002). Dalam 3 turunan diuji dengan ditanam di Aek Kwasan
I Project (PT Socfindo), pengujian dura dari LM404D disilangkan, LM404D x

DA10D dan DA115D origin disilangkan oleh teneras dan pisiferas dari LM2T
disilangkan, perbedaan yang signifikan dalam daun seperti mineral nitrogen,
fosfor, kalium dan magnesium terbukti. Dari percobaan ini dan dari percobaan
dilakukan di pembibitanbahan (DA5D x DA3D) II x La Mé, perbedaan yang
signifikan antara individu progenies terdeteksi untuk elemen yang sama
(Jacquemard et al, 2010).

Universitas Sumatera Utara

9

Botani Tanaman
Tanaman Kelapa sawit dapat diklasifikasikan sebagai berikut : Kingdom:
Plantae, Class:Monocotyledonae, Ordo: Cocoineae, Family: Palmae, Genus:
Elaeis, Spesies: Elaeis guineensisJacq. (Steeniset al, 2001).
Tanaman kelapa sawit mempunyai tipe akar serabut, tumbuh kebawah dan
kesamping membentuk akar primer, sekunder, tersier dan kuarter. Akar primer
akan tumbuh kebawah sampai batas permukaan air tanah. Batang tumbuh tegak
lurus keatas dan dibungkus oleh pangkal pelepah daun. Bagian bawah batang
umumnya lebih besar, disebut bonggol batang (Lubis, 2000).

Daun dibentuk di dekat titik tumbuh. Setiap bulan biasanya akan tumbuh
dua lembar daun. Pertumbuhan daun awal dan daun berikutnya akan membentuk
sudut 1350 (Sastrosayono, 2006). Daun-daun tersebut akan membentuk suatu
pelepah yang panjangnya dapat mencapai kurang lebih 7,5-9 m. Daun yang masih
18 muda belum membuka dan tegak berdiri. Pada tanah-tanah yang subur daun
akancepat membuka yang berarti makin efektif menjalankan fungsinya sebagai
pusat

proses

assimilasi,

berlangsungnya

fotosintesa

dan

alat

respirasi

(Mansjur, 1980). Untuk tanaman yang tumbuh normal terdapat 45 sampai 55
pelepah daun.Kedudukan daun pada batang dirumuskan dengan rumus daun
(phylotaxis) 3/8, pada setiap 3 putaran terdapat 8 daun. Letak daun kesembilan
berada di garis lurus dari daun yang pertama (Sastrosayono, 2006).
Susunan bunga terdiri dari karangan bunga yang terdiri dari bunga jantan
dan bunga betina. Namun, ada juga tanaman kelapa sawit yang hanya
memproduksi bunga jantan. Umumnya, bunga jantan dan bunga betina terdapat
dalam dua tandan yang terpisah. Namun, adakalanya bunga jantan dan bunga

Universitas Sumatera Utara

10

betina terdapat dalam tandan yang sama. Bunga jantan selalu masak lebih dahulu
daripada bunga betina. Karena itu penyerbukannya sendiri antara bunga jantan
dan bunga betina dalam satu tandan sangat jarang terjadi (Sastrosayono, 2003).
Padabuah kelapa sawit proses pembentukannya dari proses penyerbukan
hingga buah matang dipengaruhi oleh keadaaan iklim dan faktor-faktor lain yang

mempengaruhi pertumbuhan tanaman, lama proses pemasakan buah di
beberapadaerah kawasan mempunyai perbedaaan, diMalaysia proses pemasakan
buah sekitar 5,5 bulan, di Sumatera Sekitar 5 - 6 bulan, sedangkan di Afrika
sekitar
6 - 9 bulan (Setyamidjaja, 2006).
Keragaman Genetik
Keragaman genetik dalam suatu populasi tanaman sangat penting, agar
seleksi dengan maksud untuk mendapatkan karakter-karakter unggul dapat
dilakukan. Makin tinggi keragaman genetik maka peluang untuk mendapatkan
genotipe unggul semakin besar (Greech dan Reich, 1971), dan menunjukkan
besarnya pengaruh genetik terhadap sifat yang diekspresikan (Knight, 1979). Jika
keragaman genetik suatu tanaman sangat sempit sehingga seleksi sulit dilakukan
maka, salah satu cara untuk meningkatkan keragaman genetik adalah melalui
mutasi. Mutasi adalah terjadinya perubahan materi genetik pada tingkat genom,
kromosom, DNA atau gen sehingga mengakibatkan terjadinya keragaman genetik
(Soeranto, 2003). Dalam bidang pemuliaan tanaman, teknik mutasi dapat
meningkatkan keragaman genetik sehingga memungkinkan pemulia melakukan
seleksi

genotipe

tanaman

sesuai

dengan

tujuan

pemuliaan

yang

dikehendaki(Pandin, 2010).

Universitas Sumatera Utara

11

Penilaian keragaman genetik tanaman secara morfologi dilakukan melalui

uji progeni, uji provenan dan pengujian lainnya dengan mengamati penampilan
fenotipik tanaman. Pengujian ini dilakukan pada lingkungan yang berbeda dengan
fokus utama adalah ciri kualitatif dan kuantitatif yang bernilai ekonomi serta ciri
yang secara biologi penting seperti kemampuan hidup (survive), sifat toleran
terhadap stres lingkungan, sifat produksi dan resistensi terhadap hama dan
penyakit. Sebagian diantara ciri–ciri tersebut bersifat poligenik dan ekspresinya
dipengaruhi oleh lingkungan.Studi secara tradisional dengan metode genetika
kuantitatif, penilaian keragaman dan distribusi keragaman dikelompokkan ke
dalam beberapa kelas pengaruh, seperti pengaruh fenotifik, genotipe, lingkungan
dan interaksi antara lingkungan dan genotipe.Penentuan keragaman genetik
tanaman secara konvensional ini membutuhkan waktu yang lama, relatif mahal,
dipengaruhi oleh lingkungan dan keragaman yang diperoleh terbatas dan tidak
konsisten (Zulfahmi, 2013).
Keragaman genetik yang tinggi merupakan salah satu faktor penting untuk
merakit varietas unggul baru.Peningkatan keragaman genetik dapat dilakukan
dengan memanfaatkan plasma nutfah yang tersedia di alam dan dapat pula dengan
melakukan persilangan. Sifat-sifat tertentu sering tidak ditemukan pada sumber
gen yang ada sehingga teknologi lainnya perlu diterapkan (Hutami et al, 2005).
Guna mendukung upaya pemberdayaan potensi plasma nutfah pada
program seleksi maka mutlak diperlukan kelengkapan informasi yang berkaitan

dengan berbagai karakter morfologi maupun genetiknya.Marka molekuler dapat
memberi gambaran yang akurat tentang perbedaan genetik individu, baik pada
tingkat spesies maupun dengan kerabat jauhnya (Zulhermana, 2009).

Universitas Sumatera Utara

12

Informasi parameter genetik sangat diperlukan untuk kegiatan seleksi dan
penapisan.Kegiatan seleksi membutuhkan karakter yang tepat agar dapat berjalan
efisien.Hasil (produksi minyak) merupakan perhatian yang paling penting dalam
program pemuliaan sawit, tetapi hasil merupakan karakter yang diwariskan secara
kompleks dan melibatkan beberapa komponen terkait.Karakter seleksi ini salah
satunya dapat diketahui berdasarkan pendugaan heritabilitas (Putri et al, 2009).
Selain penentuan metode seleksi, keberhasilan program pemuliaan kelapa
sawit dapat dipercepat dengan pemilihan karakter seleksi yang tepat. Seleksi dapat
dilakukan secara langsung atau tidak langsung. Seleksi langsung hanya efisien
jika karakter yang ingin diperbaiki mempunyai nilai heritabilitas yang tinggi.
Namun jika karakter yang ingin diperbaiki mempunyai nilai heritabilitas yang
rendah maka seleksi tidak langsung menggunakan satu atau beberapa karakter

akan lebih efisien (Putri et al, 2009).
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan
amplifikasiDNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh
Karry

Mullispada

tahun

1985.

Teknik

PCR

dapat

digunakan

untuk

mengamplifikasi segmenDNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa
jam. Dengan diketemukannyateknik PCR di samping juga teknik-teknik lain
seperti sekuensing DNA, telahmerevolusi bidang sains dan teknologi khususnya
di

bidang

diagnosa

penyakitgenetik,

kedokteran

forensik

dan

evolusi

molekular.(Handoyo dan Ari, 2000).
Empat komponen utama pada proses PCR adalah (1) DNA cetakan, yaitu
fragmen DNA yang akan dilipatgandakan, (2) Oligonukleotida primer, yaitu suatu

Universitas Sumatera Utara

13

sekuen oligonukleotida pendek (15 - 25 basa nukleotida) yang digunakan untuk
mengawali sintesis rantai DNA. Primer yang digunakan dalam PCR ada dua yaitu
oligonukleotida yang mempunyai sekuen yang identik dengan salah satu rantai
DNA cetakan pada ujung 5’ - fosfat dan oligonukleotida yang identik dengan
sekuen pada ujung 3’ - OH rantai DNA cetakan yang lain, (3) Deoxynucleotide
triphosphates(dNTP), yang terdiri atas dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan (4) Enzim
DNA polimerase yaitu enzim yang berfungsi sebagai katalis dalam reaksi sintesis
rantai DNA. Komponen lainnya yang juga berperan penting adalah senyawa
buffer (Yuwono dan Tribowo, 2006).
Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi
DNAtemplat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada
templat(annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan
(post-extension). Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang
(siklus),di

mana

pada

setiap

siklus

terjadi

duplikasi

jumlah

DNA

(Handoyo dan Ari, 2011).
PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang
berulang(siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA
untaiganda. Untai ganda DNA templat (unamplified DNA) dipisahkan
dengandenaturasi termal dan kemudian didinginkan hingga mencapai suatu
suhutertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal primers)
padadaerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk
memperpanjangprimer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP,
dGTP dandTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara
20 -40 siklus. Target DNA yang diinginkan (short ”target” product) akan

Universitas Sumatera Utara

14

meningkatsecara eksponensial setelah siklus keempat dan DNA non-target (long
product) akan meningkat secara linier seperti tampak pada bagan di atas
(Newtondan Graham, 1994).

Biosintesis Asam Lemak Pada Kelapa Sawit
Asam lemak bersama-sama dengan gliserol, merupakan penyusun utama
minyaknabati atau lemak dan merupakan bahan baku untuk semua lipida pada
makhluk hidup.Asam ini mudah dijumpai dalam minyak masak (goreng),
margarin, atau lemak hewan danmenentukan nilai gizinya. Secara alami, asam
lemak bisa berbentuk bebas (karena lemakyang terhidrolisis) maupun terikat
sebagai gliserida. Asam lemak merupakan salah satubasic oleochemical
(Jamidi,2008).
Secara alami buah sawit di atas pohon mengandung ALB yang sangat
kecil yaitu 0,1 %, setelah dipotong meningkat 1 % dalam 24 jam. Selanjutnya

Universitas Sumatera Utara

15

sekitar 0,9 % setiap hari, kenaikan ALB ini sulit dihentikan. Apabila buah
mengalami kerusakan mekanis (memar) atau terkontaminasi mikroba maka
ALBnya akan meningkat lebih tinggi lagi asam lemak bebas meningkat dari
3,39% menjadi 4,70% dalam buah sawit yang berada di lapangan selama 4 hari
(Saxena dan Trans, 1981).
Biosintesis minyak pada buah kelapa sawit tidak terlepas dari proses
biosintesis asam lemak pada mesokarpa dan inti biji (kernel). Minyak yang
berasal dari mesokarp dan kernel mempunyai komposisi yang berbeda-beda dan
tergantung

pada

proses

pembentukan

dan

akumulasi

minyak

selama

perkembangan buah kelapa sawit (Basri et al, 2004). Asam oleat merupakan salah
satu komponen utamaasam lemak tidak jenuh tunggal pada minyak sawit yang
baik untuk kesehatan.Asam oleat bersifat stabil dandiketahui mampu mengurangi
resiko serangan penyakit jantung.Selain itu, kandungan asam lemak tidak jenuh
juga penting dalam menunjang industri oleochemical dan nutraceutical
(Sundram et al, 2003; Georgios et al, 2005; Masani dan Parveez 2008). Terdapat
korelasi positif antara tingginya kandungan asamlemak tidak jenuh dengan
tingginyanilai iodine pada minyak sawit, nilai iodine E. oleifera80 sedangkan
E. guineensis50 (Rajanaidu et al, 2000).Nilai Iodine adalah banyaknya
iodine(gram) yang dibutuhkan untuk menetralkan ikatan rangkap yang terdapat
pada 100 gram minyak (Zulkarnain et al, 2011).Kandungan asam oleat dan nilai
iodine yang tinggi akan mempengaruhi tingkat liquiditas minyak kelapa sawit,
sehinggaminyak sawit tidak akan mudah membeku walaupun berada pada suhu
yang rendah. Karakteristik ini penting apabila minyak sawit akan dimanfaatkan
sebagai sumber energi atau biofuel (Choo dan Cheah, 2000).

Universitas Sumatera Utara

16

Minyak yang dihasilkan buah kelapa sawit mengandung asam lemak
jenuhyang terdiri atas asam palmitat (16:0) dan asam stearat (18:0)serta asam
lemak tidak jenuh yang terdiri atas asam oleat (18:1) dan asam linoleat
(18:2).Kandungan asam lemaktidak jenuh dan asam lemak jenuh berbeda antara
minyak sawit yang dihasilkan dari buah E.guineensis danE. oleifera.Minyak sawit
dari
E. guineensis mempunyai kandungan asam lemak tidak jenuh yang berkisar antara
40-60%.Sebaliknya, minyak sawit dari E.oleifera dilaporkan mempunyai
kandungan asam lemah tidak jenuh yang lebih tinggi, yaitu berkisar antara 7080% (Rajanaidu et al, 2000).E. oleiferamemiliki karakter unggul yang dapat
dimanfaatkan untuk perbaikan genetik spesies E. guineensisyang telah
dibudidayakan secara komersial, melalui pemuliaan tanaman guna menghasilkan
varietas E. guineensis baru dengan karakter unggul kandungan asam lemak
tidakjenuh yang tinggi (Subhash dan Farida, 2012).
Proses pembentukan asam lemak tidak jenuh berhubungan dengan aktifitas
enzim Stearoyl ACP (Acyl Carier Protein) Desaturase (SAD)yang merupakan
gen kunci pada pembentukan asam oleat. Mesokarp buah kelapa sawit
mengandung enzim SAD yang aktif dan sebagian besar enzim SAD efektif
membentuk asam oleat (Parveez, 2004). Sejumlah gen kunci yang berperanan
dalam pembentukan asam lemak pada tanaman secara umum, juga mempunyai
fungsi yang sama dalam biosintesis asam lemak pada buah kelapa sawit
(Basri et al, 2004).
Gen SADmerupakan gen penyandi Enzim Stearoyl ACP Desaturase,yang
merupakan lintasan gen awal untuk pembentukan asam lemak tidak jenuh pada

Universitas Sumatera Utara

17

tanaman. Gen SAD menyandi protein yang berfungsi dalam biosintesis asam
lemak tidak jenuh (asam oleat dan asam linoleat). Karakterisasi dan purifikasi gen
penting

tersebut

pada

kelapa

sawit

telah

dilakukan

(Ravigadevi et al, 2000), namun studi yang mempelajari keragaman DNA sekuens
dari gen SAD antar varietas dan spesies kelapa sawit yang mempunyai perbedaan
kandungan dan komposisi asam lemak tidak jenuh belum terdokumentasi dengan
baik. Mesokarp kelapa sawit sangat aktifdan efektif merubah hampir semua
stearoyl ACP menjadi oleoyl-ACP dalam pembentukan asam oleat pada lintasan
bisosintesis asam lemak pada kelapa sawit, sehingga untuk meningkatkan
kandungan asam oleat pada kelapa sawit dibutuhkan peningkatan aktifitas gen
SAD.
MesokarpE.oleiferamengandung komposisi asam lemak tidak jenuh (asam
oleat) lebih tinggi dibandingkan E.guineensis, mempelajari dan membandingkan
aktifitas gen SAD pada kedua spesies ini akan membantu mengetahui kunci utama
yang menyebabkan perbedaan komposisi asam lemak tidakjenuh pada kedua
tanamanini (Siti et al, 2001).
Primer Spesifik
Primer adalah salah satu unsur penting, merupakan deretan protein yang
akan melipatgandakan DNA target. Primerberfungsi sebagai pembatas fragmen
DNA target yang akandiamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi
(-OH) pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA
(Handoyo dan Rudiretna, 2001).
Primer berfungsi sebagai penginisiasi reaksi polimerase DNA secara in
vitro. Tanpa primer reaksi polimerase DNA tidak akan terjadi meskipun enzim

Universitas Sumatera Utara

18

dan komponen lainnya sudah tersedia. Selain itu primer bertanggung jawab untuk
mengenali dan menandai fragmen sampel DNA (Tempalte DNA) yang akan di
amplifikasi (Zein dan Prawiradilag, 2013).
Memilih primer yang sesuai mungkin adalah faktor tunggal yang paling
penting dalam mempengaruhi Polymerase Chain Reaction(PCR). Amplifikasi
spesifik dari target yang diharapkan membutuhkan primer yang tidak cocok
dengan target lainnya pada beberapa orientasi dan dalam jarak tertentu yang
memungkinkan terjadinya proses amplifikasi yang tidak diinginkan. Proses
mendesain primer spesifik biasanya melibatkan dua tahap. Pertama, daerah apit
primer yang diinginkan dapat diciptakan baik secara manual maupun
menggunakan software tool lalu dicari database sekuen nukleotida yang sesuai
dengan menggunakan alat seperti Blast untuk mengamati target-target potensial
(Ye et al, 2012).
Komposisi primer juga merupakan salah satu pertimbangan penting.
Deretan nukleotida yang sama pada setiap primerperlu dihindari karna dapat
menurunkan spesifisitas primerdan memungkinkan terajadinya misprimingdi
tempat lain. Kandungan GC sebaiknya pada rentang 40% -60%. Primerdengan
GC rendah tidak dapat berkompetisi untuk menempel secara efektif pada tempat
tujuan, sedangkan primer dengan komposisi GC terlalu tinggi dapat menyebabkan
hasil menjadi tidak spesifik (Marlna et al, 2015).
Dalam proses PCR terjadi perbanyakan molekul-molekul spesifik DNA
dengan bantuan primer-primer yang berupa oligonukleotida secar in vitro
.Perbedaan profil Fragmen DNA hasil amplifikasi dengan PCR dapat digunakan

Universitas Sumatera Utara

19

sebagai alat untuk mebedakan pada tingkat genus, spesies bahkan genotipe
spesifik dari individu (Edel, 1998).
Primer ILY-2
Kelapa sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati dengan
produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan tanaman penghasil minyak
lainnya. Asam oleat merupakan salahsatu komponen asam lemak tidak jenuh yang
baik untuk kesehatan dan terdapat pada tanaman penghasil minyak nabatidan
mempengaruhi kualitas minyak. Kandungan asam oleat (asam lemak tidak jenuh)
pada kelapa sawit komersil (E.guineensis) lebih rendah dibandingkan minyak
yangdihasilkanE. Oleifera, yang merupakan spesies kelapa sawit yang belum
termanfaatkan secara optimal. Pembentukan asam oleat dipengaruhi oleh gen
kunci Stearoyl ACP Desaturase, diduga perbedaankomposisi asam oleat pada
E. guineensisdan E.oleiferadisebabkan oleh perbedaan basa penyusun gen
Stearoyl ACP Desaturase (Rismayanti, 2014).
Biosintesis

asam

oleat

(asam

lemak

tidak

jenuh)

ditentukan oleh gen Stearoyl ACP Desaturase (SACPD). Pendekatan untuk
memodifikasi
informasi

kandungan

keragaman

minyak

runutan

sawit

nukleotida

dapat
gen

dilakukan
SACPD.

berdasarkan
Isolasi

dan

karakterisasi gen-gen yang berperanan dalam biosintesis asam lemak tidak
jenuh merupakan langkah awal usaha memodifikasi komposisi minyak
kelapa sawit secara bioteknologi (Rismayanti, 2014).
Asam oleat mempunyai berat molekul 282,47 gr/mol dengan rumus kimia
C18H34O2 atau C8H17CH=CH(CH2)7CO2H. Dalam keadaan murni berbentuk
cair. Asam oleat adalah asam lemak ditemukan pada hewan dan minyak nabati

Universitas Sumatera Utara

20

disebut juga asamlemak tidak jenuh karena mempunyai ikatan ganda dalam rantai
atom C nya. Hampir seluruh ikatannya berbentuk simetri dan merupakan isomer
ruang, asam oleat tergolong asam yang berbentuk cis dan trans (Bio Kimia)
(Mulyazmi, 2008).
Kandungan

dan

komposisi

asam

oleat

yang

ada

pada

E.guineensismengindikasikan adanya perbedaan gen penyandi enzim yang
berperanan dalam lintasan biosintesis pada pembentukan asam oleat pada genom
kedua tanaman tersebut. Perbedaan ini dapat diidentifikasi dengan mengevaluasi
keragaman DNA sekuens dari masing-masing gen terkait menggunakan teknologi
molekuler(Rismayanti, 2014).
Simple Sequence Repeat(SSR)
SSR yang juga sering disebut dengan mikrosatelit merupakan alat bantu
yang sangatakurat untuk membedakan genotipe, evaluasi kemurnian benih,
pemetaan, dan seleksi genotip untuk karakter yang diinginkan. SSR tergolong
sebagai penanda molekuler yangsangat efektif, yakni sekuen DNA yang bermotif
pendek dan diulang secara tandem dengan 2 sampai 5 unit basa nukleotida
(dikenal sebagai motif) yang tersebar dan meliputiseluruh genom. Kelebihan
marka ini yaitu bersifat kodominan sehingga tingkat heterozigositasnya tinggi
yang berarti memiliki daya pembeda antar individu sangat tinggi serta dapat
diketahui lokasinya pada DNA sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada
level yang tinggi, mudah dan ekonomis dalampengaplikasiannya karena
menggunakan proses PCR. SSRmemiliki tingkat polimorfisme yang tinggi
stabilsecara somatik. Kelemahan teknik ini adalah marka SSR tidak tersedia pada

Universitas Sumatera Utara

21

semua spesiestanaman, sehingga untuk merancang primer yang baru dibutuhkan
waktu yang lama danbiaya yang cukup mahal (Afifah, 2012).
Marka

SSR

merupakan

salah

satumarka

yang

paling

banyak

digunakanuntuk pemetaan genetik, analisiskeragaman dan studi evolusi.
Keunggulanpenanda SSR dibandingkan dengan markalainnya antara lain bersifat
kodominan,polimorfisme tinggi, lokus tersebar meratadalam genom, dan dalam
jumlah yangsangat banyak dan berbasis PCR sehinggahanya diperlukan DNA
dalam jumlah yangsedikit (Putri, 2010).
Mikrosatelit, atau pengulangan urutan sederhana (Simple Sequence
Repeat) adalah sekuen sederhana yang berulang-ulang yang melimpah dalam
genom suatu spesies. Mikrosatelit memiliki pengulangan sekuen yang berurutan
2sampai 4 motif sekuen nukleotida sebagai sekuen konservatif. Penciriini sangat
berguna sebagai penciri genetik karena bersifat kodominan, sehingga dapat
mendeteksi keragaman alel pada level yang tinggi, mudah dan ekonomis dalam
pengaplikasiannya karena menggunakan proses PCR. Penciri ini muncul sebagai
marka yang sangat variatif dan mudah diulang, menjadikan sangat ideal untuk
pemetaan genom(Sayekti et al, 2015).
Konservasiplasma nutfah, pola sebaran distribusi alel-alel, keberadaan alel
spesidik dandistribusi variasi genetik dapat digunakansebagai kriteria genetik
untuk melindungigenotipe-genotipe yang berbeda dalam genbank dan dapat
digunakan sebagai penegetahuan yang ekstensif tentangmaterial pemuliaan
(Putri, 2010).
SSR dapat digunakan untuk mengkarakterisasi keragaan genetik tanaman
kelapa sawit pada berbagai berbagai daerah di Afrika yang merupakan origin

Universitas Sumatera Utara

22

spesieskelapa sawit. Oleh sebab itu, validasi keturunan hasil persilangan kelapa
sawit,untuk mengetahui kebenaran tetua yang disilangkan dengan marka SSR,
sehingga membantu proses perakitan varietas kelapa sawit unggul (Putri, 2010).
Pemanfaatan marka SSR pada kelapa sawit Origin Origin Avros, Ekona,
La Me, Ghana danNigeria telah dilakukan oleh Putri(2010) yang menunjukkan
bahwa nilaikeragaman molekuler sebesar 31.64%. Hasil penelitian ini
memperlihatkannilai keragaman molekuler yang lebih tinggi.Artinya bahwa
kamampuan

marka

SSR

yang

telah

diuji

memiliki

kemampuan

untukmenunjukkan adanya keragaman molekuler (Putri, 2010).

Universitas Sumatera Utara