Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan Ruangan Kultur Departemen Biologi FMIPA USU

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU

SKRIPSI

DEVI KURNIA S. IRSAN
100805025

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016

Universitas Sumatera Utara

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN

BIOLOGI FMIPA USU

SKRIPSI

Diajukan untuk melengkapi tugas dan memenuhi syarat mencapai gelar
Sarjana Sains

DEVI KURNIA S. IRSAN
100805025

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016

Universitas Sumatera Utara

PERSETUJUAN


Judul

: Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur
Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan
Ruangan Kultur Departemen Biologi FMIPA
USU

Kategori
Nama
Nomor Induk Mahasiswa
Program Studi
Departemen
Fakultas

:
:
:
:
:
:


Skripsi
Devi Kurnia Safitri Irsan
100805025
Sarjana (S1) Biologi
Biologi
Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Sumatera Utara

Disetujui di
Medan, November 2016
Komisi Pembimbing :
Pembimbing 2

Pembimbing 1

Prof.Dr. Erman Munir M.Sc
NIP: 196511011991031002

Dra. Nunuk Priyani M.Sc

NIP:196404281996032002

Disetujui oleh
Departemen Matematika FMIPA USU
Ketua,

Dr. Nursahara Pasaribu M.Sc
NIP. 196301231990032001

i

Universitas Sumatera Utara

PERNYATAAN

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU


SKRIPSI

Saya mengakui bahwa skripsi ini adalah hasil karya sendiri.Kecuali beberapa
kutipan dan ringkasan yang masing-masing disebutkan sumbernya.

Medan, November 2016

Devi Kurnia S. Irsan
100805025

ii

Universitas Sumatera Utara

PENGHARGAAN

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa dan Maha
Penyayang, dengan limpah karunia-Nya Penulis dapat menyelesaikan penyusunan
skripsi ini dengan judul Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur
Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan Ruangan Kultur Departemen

Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sumatera
Utara.
Terimakasih penulis sampaikan kepada Ibu Dra. Nunuk Priyani M.Sc
selaku Dosen Pembimbing1 dan Bapak Prof. Dr. Erman Munir M.Sc selaku
Dosen Pembimbing 2 yang telah memberikan nasihat dan masukan kepada
penulis dalam penyusunan skripsi ini. Terimakasih kepada Ibu Dr. It Jamilah
M.Sc selaku Dosen Penguji I dan Ibu Dr. Isnaini Nurwahyuni M.Sc selaku Dosen
Penguji II yang telah memberikan kritik dan saran yang membangun dalam
penyusunan skripsi ini. Terimakasih kepada Ibu Dr. Nursahara Pasaribu, M.Sc
selaku Ketua Departemen Biologi FMIPA USU, Bapak Dr. Kerista Sebayang
M.Si selaku Dekan FMIPA USU, Ibu Dr. Dr. Nursahara Pasaribu, M.Sc selaku
Pembantu Dekan I, Bapak Drs. Pengarapen BangunM.Si selaku Pembantu Dekan
II dan Bapak Saharman Gea, S.Si, M.Si, Ph.D.selaku Pembantu Dekan III, Bapak
dan Ibu Dosen Biologi FMIPA USU, kepada Bang Erwin dan Ibu Roslina Ginting
serta seluruh staf pegawai FMIPA USU, terimakasih saya ucapkan atas semua
bantuannya.
Terimakasih tak terhingga kepada orangtuaku tercinta, Bapak Isianto Sam.
dan Ibu Rosanti Andrian Noor Am.Keb yang senantiasa berkorban, mencintai dan
berdoa untukku, juga kepada adik-adikku tersayang, Deva Nugraha Dwi Septian
dan Dita Chania Tri Irsan yang memberikan dukungan penuh. Terimakasih juga

kepada masku Dedek Syahputra Kurniadi S.E yang telah memberikan dukungan
dan doanya kepadaku. Tak lupa kepada Nenek Rosmaniar (almh.), Kakek Samirin
(alm.) Dan Nenek Tukiyah yang selalu mendoakanku sepenuhnya.
Kepada seluruh teman BIOREV 2010 terutama Juwita Sihombing,
Hendika Zupliker Sinaga, Norton A. Pane, Sri Asianna Sinaga, Mei Sianipar, dan
Nurul Fadhillah yang selalu memberikan nasihat, saran dan mendukung saya
menyelesaikan skripsi ini. Kepada adik-adik stambuk 2011 khususnya Violita
Gusvani, Ria Yelvi Ningsih, Chandra Oktavianus Simamora, Imelda Aritonang,
Grace Sonia Tarigan, Grace Lumbantoruan, dan Rasmin. Kepada adik-adik
stambuk 2012 khususnya adik asuhku Wardatur Rahmi dan Yufrina Namira
Rangkuti, Ilham Pangestu, Bobby Hutabarat, Agung Prasetyo, Dian Pratiwi,
adikku stambuk 2013 Vina Rahayu dan Syahreza Pahlevi dan seluruh asisten Lab.
Mikrobiologi yang selalu membantu saya menyelesaikan pekerjaan penelitian ini
selama di laboratorium serta semua pihak yang telah memberikan ilmu,
pengalaman dan membantu penulis yang tidak dapat disebutkan satu persatu.
Penulis menyadari masih banyak kekurangan dalam penyusunan skripsi
ini, untuk itu dengan lapang dada penulis mengharapkan kritik dan saran yang
membangun dari semua pihak demi kesempurnaan skripsi ini. Atas partisipasi dan
dukungannya penulis ucapkan terimakasih.


iii

Universitas Sumatera Utara

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU

ABSTRAK

Penelitian keanekaragaman bakteri dan jamur pengkontaminasikultur dan ruangan
Kultur Jaringan Tumbuhan Departemen Biologi FMIPA USU dan efisiensi
formalin 4% dalam mengurangi jumlah populasi bakteri pengkontaminan telah
dilakukan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genus bakteri dan jamur yang
diisolasi dari udara sama dengan yang diisolasi dari kultur eksplan yang
terkontaminasi.
Bakteri
pengkontaminasi
merupakanBacillussp.,

Staphylococcussp.,
Escherichiasp.,Streptococcussp.,
dan
Pseudomonassp.,sedangkan
jamur
pengkontaminasi
ialahAspergillussp.,
Fusariumsp., Mucorsp., Neurosporasp. dan Penicilliumsp.. Fumigasiruangan
dengan formalin 4% denjgan cara penyemprotan setiap minggu yang dilakukan
selama 6 minggu mampu menurunkan 50% jumlah bakteri pada hari pertama
setelah fumigasi dan hamper 100% jumlah bakteri sebelum difumigasi pada akhir
pengamatan (hari ke5 setelah fumigasi). Hasil ini menunjukkan bahwa perlakuan
fumigasi harus dilakukan secara berkala di Laboratorium Kultur Jaringan
Departemen Biologi FMIPA USU untuk menghindari terjadinya kontaminasi
kultur.

Kata Kunci : keanekargaman bakteri dan jamur pengkontaminan, kultur jaringan,
efisiensi fumigasi, formalin 4%

iv


Universitas Sumatera Utara

ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF BACTERIA AND FUNGI
WHICH CONTAMINATED PLANT TISSUE CULTURES AND THE TISSUE
CULTURE LABORATORY DEPARTMENT BIOLOGY FMIPA USU

ABSTRACT

A study on the diversity of bacteria and fungi which contaminated plant tissue
cultures and the Plant Tisssue Culture Laboratory Department Biology FMIPA
USU and the efficiency of fumigation used formalin 4% for 6 weeks to reduce the
contaminants have been done. The results showed that the genus of bacteria and
fungal contaminants which isolated from the air was as same as isolated from the
plant tissue cultures contaminated.The bacterial contaminants were Bacillussp.,
Staphylococcussp., Escherichiasp., Streptococcussp. and Pseudomonassp.. The
fungal contaminants were Aspergillussp., Fusariumsp., Mucorsp., Neurosporasp.
and Penicilliumsp.. The fumigation in the room with spraying used formalin 4%
could reduce 50% bacteria on the first day after fumigation and nearly 100% as
same as the population bacteria before fumigation at the end of observation (the

5th day after fumigation). The results showed that fumigation should be done
regularly in the Tissue Culture Laboratory Department Biology FMIPA US to
prevent the contamination in the culture.

Keywords : Diversity of bacteria and fungi contaminants, tissue culture, efficiency
of fumigation, formalin 4%

v

Universitas Sumatera Utara

DAFTAR ISI

Halaman
i
ii
iii
iv
v
vi
viii
ix
x

Persetujuan
Pernyataan
Penghargaan
Abstrak
Abstract
Daftar Isi
Daftar Tabel
Daftar Gambar
Daftar Lampiran
BAB 1. Pendahuluan
1.1. Latar Belakang
1.2. Perumusan Masalah
1.3. Tujuan Penelitian
1.4. Hipotesis
1.5. Manfaat Penelitian

1
4
4
4
4

BAB 2. Tinjauan Pustaka
2.1. Mikroorganisme Udara
2.1.1. Mikroorganisme Pengkontaminan Kultur
2.2. Faktor yang mempengaruhi Kultur Jaringan
2.2.1. Eksplan
2.2.2. Media
2.2.3. Zat Pengatur Tumbuh
2.3. Desinfeksi
2.3.1. Desinfeksi Udara
2.3.2. Desinfeksi (Sterilisasi) Bahan Eksplan
2.3.3. Penggunaan Antibiotik

5
6
9
9
10
11
12

BAB 3. Metode Penelitian
3.1. Waktu dan Tempat
18
3.2. Prosedur Penelitian
3.2.1. Isolasi Bakteri dan Jamur PengkontaminanUdara
3.2.2. Isolasi Bakteri dan Jamur PengkontaminanKultur
3.2.3. Karakterisasi Bakteri dengan Pewarnaan Gram
3.2.4. Karakterisasi Bakteri dengan Uji Biokimia Sederhana
3.2.5. Karakterisasi Jamur secara mikroskopis (Block Square)
3.2.6. Karakterisasi Jamur dengan Pewarnaan LPCB
3.2.7. Perhitungan mikroba dengan TPC setelah fumigasi

13
14
16

18
18
18
19
19
20
21
21

vi

Universitas Sumatera Utara

BAB 4. Hasil dan Pembahasan
4.1. Gambaran Umum Lokasi Pengampilan Sampel
4.2. Karakteristik Bakteri Hasil Isolasi Udara
4.3. Karakteristik BakteriHasil Isolasi Kontaminasi Kultur
4.4. Karakterisasi Jamur Hasil Isolasi Udara
4.5. KarakterisasiJamur Hasil Isolasi Kontaminasi Kultur
4.6. Hasil Perhitungan TPC Bakteri setelah fumigasi

27
29
33
36

BAB 5. Kesimpulan dan Saran
5.1. Kesimpulan
5.2. Saran

38

22
22

38

Daftar Pustaka

39

vii

Universitas Sumatera Utara

DAFTAR TABEL

No. Tabel

Judul

Halaman

1.

Karakteristik Morfologi Bakteri yang diisolasi dari
udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
Hasil Uji Biokimia Bakteri yang diisolasi dari udara
di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
Karakteristik Morfologi Bakteri yang diisolasi dari
kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
Hasil Uji Biokimia Bakteri yang diisolasi dari kultur
di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
Karakteristik Morfologi Jamur yang diisolasi dari
udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
Karakteristik Morfologi Jamur yang diisolasi dari
kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU

23

2.
3.
4.
5.
6.

24
27
27
29
33

viii

Universitas Sumatera Utara

DAFTAR GAMBAR

No. Gambar
Judul
1.
Grafik Pertumbuhan Bakteri Selama Fumigasi

Halaman
37

ix

Universitas Sumatera Utara

DAFTAR LAMPIRAN

No. Lampiran
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Judul

Halaman
Bagan Alir Penelitian
42
Denah Lokasi Pengambilan Sampel
45
Tabel Pertumbuhan Bakteri selama Fumigasi
46
Data Faktor Fisik Laboratorium Kultur Jaringan
47
FMIPA USU
Dokumentasi Penelitian
48
Flowchart Bergeys Manual
52

x

Universitas Sumatera Utara