Keanekaragaman Genetik Padi (Oryza sativa L.) Lokal Sumatera Utara dengan Menggunakan Penanda Simple Sequence Repeat (SSR)
LAMPIRAN
Lampiran 1. Data Mentah Scoring Pita Polimorfik Padi Lokal Sumatera Utara
Nama Sampel
RM_580_1
RM_580_2
RM_580_3
RM_131_1
RM_131_2
RM_413_1
RM_413_2
RM_413_3
RM_413_4
RM_20_1
RM_20_2
RM_20_3
RM_20_4
RM_20_5
RM_20_6
RM_20_7
IR64
1
0
1
0
1
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
1
Sigudang Sigambi Siasahan Siorsik Ramos KKB
Talipuyu S_Putih S_Merah Martabe Mandailing
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
1
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
1
1
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
Universitas Sumatera Utara
29
Lampiran 2. Matriks Kemiripan Genetik Berdasarkan Hasil Amplifikasi DNA Menggunakan 4 Penanda SSR
IR64
Sigudang
Sigambi
Siasahan
Siorsik
Ramos
KKB
Talipuyu
S_Putih
S_Merah
Martabe
IR64
1,000
Sigudang
0,7692
1,000
Sigambi
0,7692
0,6777
1,000
Siasahan
0,6154
0,8333
0,8333
1,000
Siorsik
0,6250
0,6777
0,6777
0,8000
1,000
Ramos
0,7692
0,6777
0,8333
0,6777
0,5333
1,000
KKB
0,7692
0,6667
0,8333
0,6667
0,5333
1,000
1,000
Talipuyu
0,6154
0,8333
0,6667
0,8333
0,6667
0,8333
0,8333
1,000
S_Putih
0,5333
0,7143
0,5714
0,7143
0,5882
0,7143
0,7143
0,5871
1,000
S_Merah
0,6250
0,6667
0,5333
0,6667
0,6667
0,6667
0,6667
0,8000
0,9412
1,000
Martabe
0,6667
0,5714
0,5714
0,5714
0,7059
0,5714
0,5714
0,5714
0,6250
0,7059
1,000
Mandailing
0,5333
0,4286
0,4286
0,4286
0,5882
0,5714
0,5714
0,5714
0,6250
0,7059
0,7500
Mandailing
1,000
Universitas Sumatera Utara
30
Lampiran 3. Gambar Benih Padi Lokal Sumatera Utara
a. IR64
b. Sigudang
c. Sigambi
d. Siasahan
e. Siorsik
f. Ramos
Universitas Sumatera Utara
31
g.
Kukubalam
i. Sigambiri Putih
k. Martabe
h. Talipuyu
j. Sigambiri Merah
l. Mandailing
Universitas Sumatera Utara
32
Lampiran 4. Deskripsi Koleksi Padi
a. Sigambiri Putih
Tanaman
golongan indica (cere)
Umur
dataran rendah 110-114 hari, dataran tinggi 159- 163 hari,
bentuk tegak, tinggi ±140 cm, anakan produktif 11-13 batang,
Batang
warna hijau, ketebalan : ±0.8 cm, warna batang tanpa malai
±124 cm
Daun
warna hijau, warna tepi daun hijau tua, permukaan kasar,
panjang ±68 cm, lebar ±1.8 cm, warna lidah coklat susu,
bentuk lidah tumpul, warna telinga hijau kekuningan, posisi
daun bendera agak tegak, leher malai pendek, tipe malai
terbuka dan merunduk, panjang malai 25-26 cm
Bunga
umur 50% berbunga: dataran rendah ±90 hari, dataran tinggi
±124 hari
Gabah
bentuk medium, panjang ±0.76 cm, lebar ±0.32 cm, warna
kuning jerami, kerontokan sedang, bobot 1000 butir gabah
±27 gr
Beras
bentuk medium, panjang beras pecah kulit ±0.7 cm, lebar
beras pecah kulit ±0.3 cm, warna beras pecah kulit
kotor/kecoklatan, panjang beras sosohan ±0.62 cm, lebar
beras sosohan ±0.27, warna beras sosohan putih
Sifat-Sifat
potensi hasil 4.53 t/ha, rata-rata hasil 3.92 t/ha, kadar amilosa
Khusus
26.88%, ketahanan terhadap penyakit blas: ras 033 dan ras
Lainnya
173 tahan (T), ras 073 agak tahan (AT), ketinggian tempat:
adaptif sampai 1300 m d.p.l, toleran suhu rendah, keracunan
alumunium: toleran, tekstur nasi pera, ekspresi atau
kombinasi: genotif, rumpun tanaman termasuk tinggi ± 140
cm, berumur panjang: ±5.5 bulan di dataran tinggi, berumur
sedang: ±114 hari di dataran rendah
Universitas Sumatera Utara
33
Yusuf (2014)
b. Sigambiri Merah
Tanaman
golongan indica (cere)
Umur
umur dataran rendah 114-118 hari, dataran tinggi 161- 163
hari, bentuk tegak, tinggi ±140 cm, anakan produktif 1113 batang, warna kaki hijau
Batang
warna hijau tua, ketebalan ±0.7 cm, warna batang tanpa
malai ±124 cm
Daun
warna hijau, warna tepi daun hijau tua, permukaan kasar,
panjang ±70 cm, lebar ±1.8 cm, warna lidah coklat susu,
bentuk lidah tumpul, warna telinga hijau kekuningan,
posisi daun bendera agak tegak, leher malai pendek, tipe
malai terbuka dan merunduk, panjang malai 25-27 cm
Bunga
umur 50% berbunga: dataran rendah ±90 hari, dataran
tinggi ±123 hari
Gabah
bentuk medium, panjang ±0.77 cm, lebar ±0.34 cm, warna
kuning jerami, kerontokan sedang, bobot 1000 butir gabah
±27 gr
Beras
bentuk medium, panjang beras pecah kulit ±0.6 cm, lebar
beras pecah kulit ±0.25 cm, warna beras pecah kulit merah
Universitas Sumatera Utara
34
tua, panjang beras sosohan ±0.56 cm, lebar beras sosohan
±0.29, warna beras sosohan merah muda
Sifat-Sifat
potensi hasil 4.84 t/ha, rata-rata hasil 4.10 t/ha, kadar
Khusus Lainnya
amilosa 26.74%, ketahanan terhadap penyakit blas: ras 033
tahan (T), ras 073 dan ras 173 agak tahan (AT), ketinggian
tempat: adaptif sampai 1300 m d.p.l, toleran suhu rendah,
keracunan alumunium: toleran, tekstur nasi pera, ekspresi
atau kombinasi: genotif, rumpun tanaman termasuk tinggi
±140 cm, berumur panjang ±5.5 bulan di dataran tinggi,
berumur sedang ±116 hari di dataran rendah
Yusuf (2014)
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 1. Data Mentah Scoring Pita Polimorfik Padi Lokal Sumatera Utara
Nama Sampel
RM_580_1
RM_580_2
RM_580_3
RM_131_1
RM_131_2
RM_413_1
RM_413_2
RM_413_3
RM_413_4
RM_20_1
RM_20_2
RM_20_3
RM_20_4
RM_20_5
RM_20_6
RM_20_7
IR64
1
0
1
0
1
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
1
Sigudang Sigambi Siasahan Siorsik Ramos KKB
Talipuyu S_Putih S_Merah Martabe Mandailing
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
1
0
1
0
0
1
1
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
1
1
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
Universitas Sumatera Utara
29
Lampiran 2. Matriks Kemiripan Genetik Berdasarkan Hasil Amplifikasi DNA Menggunakan 4 Penanda SSR
IR64
Sigudang
Sigambi
Siasahan
Siorsik
Ramos
KKB
Talipuyu
S_Putih
S_Merah
Martabe
IR64
1,000
Sigudang
0,7692
1,000
Sigambi
0,7692
0,6777
1,000
Siasahan
0,6154
0,8333
0,8333
1,000
Siorsik
0,6250
0,6777
0,6777
0,8000
1,000
Ramos
0,7692
0,6777
0,8333
0,6777
0,5333
1,000
KKB
0,7692
0,6667
0,8333
0,6667
0,5333
1,000
1,000
Talipuyu
0,6154
0,8333
0,6667
0,8333
0,6667
0,8333
0,8333
1,000
S_Putih
0,5333
0,7143
0,5714
0,7143
0,5882
0,7143
0,7143
0,5871
1,000
S_Merah
0,6250
0,6667
0,5333
0,6667
0,6667
0,6667
0,6667
0,8000
0,9412
1,000
Martabe
0,6667
0,5714
0,5714
0,5714
0,7059
0,5714
0,5714
0,5714
0,6250
0,7059
1,000
Mandailing
0,5333
0,4286
0,4286
0,4286
0,5882
0,5714
0,5714
0,5714
0,6250
0,7059
0,7500
Mandailing
1,000
Universitas Sumatera Utara
30
Lampiran 3. Gambar Benih Padi Lokal Sumatera Utara
a. IR64
b. Sigudang
c. Sigambi
d. Siasahan
e. Siorsik
f. Ramos
Universitas Sumatera Utara
31
g.
Kukubalam
i. Sigambiri Putih
k. Martabe
h. Talipuyu
j. Sigambiri Merah
l. Mandailing
Universitas Sumatera Utara
32
Lampiran 4. Deskripsi Koleksi Padi
a. Sigambiri Putih
Tanaman
golongan indica (cere)
Umur
dataran rendah 110-114 hari, dataran tinggi 159- 163 hari,
bentuk tegak, tinggi ±140 cm, anakan produktif 11-13 batang,
Batang
warna hijau, ketebalan : ±0.8 cm, warna batang tanpa malai
±124 cm
Daun
warna hijau, warna tepi daun hijau tua, permukaan kasar,
panjang ±68 cm, lebar ±1.8 cm, warna lidah coklat susu,
bentuk lidah tumpul, warna telinga hijau kekuningan, posisi
daun bendera agak tegak, leher malai pendek, tipe malai
terbuka dan merunduk, panjang malai 25-26 cm
Bunga
umur 50% berbunga: dataran rendah ±90 hari, dataran tinggi
±124 hari
Gabah
bentuk medium, panjang ±0.76 cm, lebar ±0.32 cm, warna
kuning jerami, kerontokan sedang, bobot 1000 butir gabah
±27 gr
Beras
bentuk medium, panjang beras pecah kulit ±0.7 cm, lebar
beras pecah kulit ±0.3 cm, warna beras pecah kulit
kotor/kecoklatan, panjang beras sosohan ±0.62 cm, lebar
beras sosohan ±0.27, warna beras sosohan putih
Sifat-Sifat
potensi hasil 4.53 t/ha, rata-rata hasil 3.92 t/ha, kadar amilosa
Khusus
26.88%, ketahanan terhadap penyakit blas: ras 033 dan ras
Lainnya
173 tahan (T), ras 073 agak tahan (AT), ketinggian tempat:
adaptif sampai 1300 m d.p.l, toleran suhu rendah, keracunan
alumunium: toleran, tekstur nasi pera, ekspresi atau
kombinasi: genotif, rumpun tanaman termasuk tinggi ± 140
cm, berumur panjang: ±5.5 bulan di dataran tinggi, berumur
sedang: ±114 hari di dataran rendah
Universitas Sumatera Utara
33
Yusuf (2014)
b. Sigambiri Merah
Tanaman
golongan indica (cere)
Umur
umur dataran rendah 114-118 hari, dataran tinggi 161- 163
hari, bentuk tegak, tinggi ±140 cm, anakan produktif 1113 batang, warna kaki hijau
Batang
warna hijau tua, ketebalan ±0.7 cm, warna batang tanpa
malai ±124 cm
Daun
warna hijau, warna tepi daun hijau tua, permukaan kasar,
panjang ±70 cm, lebar ±1.8 cm, warna lidah coklat susu,
bentuk lidah tumpul, warna telinga hijau kekuningan,
posisi daun bendera agak tegak, leher malai pendek, tipe
malai terbuka dan merunduk, panjang malai 25-27 cm
Bunga
umur 50% berbunga: dataran rendah ±90 hari, dataran
tinggi ±123 hari
Gabah
bentuk medium, panjang ±0.77 cm, lebar ±0.34 cm, warna
kuning jerami, kerontokan sedang, bobot 1000 butir gabah
±27 gr
Beras
bentuk medium, panjang beras pecah kulit ±0.6 cm, lebar
beras pecah kulit ±0.25 cm, warna beras pecah kulit merah
Universitas Sumatera Utara
34
tua, panjang beras sosohan ±0.56 cm, lebar beras sosohan
±0.29, warna beras sosohan merah muda
Sifat-Sifat
potensi hasil 4.84 t/ha, rata-rata hasil 4.10 t/ha, kadar
Khusus Lainnya
amilosa 26.74%, ketahanan terhadap penyakit blas: ras 033
tahan (T), ras 073 dan ras 173 agak tahan (AT), ketinggian
tempat: adaptif sampai 1300 m d.p.l, toleran suhu rendah,
keracunan alumunium: toleran, tekstur nasi pera, ekspresi
atau kombinasi: genotif, rumpun tanaman termasuk tinggi
±140 cm, berumur panjang ±5.5 bulan di dataran tinggi,
berumur sedang ±116 hari di dataran rendah
Yusuf (2014)
Universitas Sumatera Utara