Keanekaragaman Genetik Padi (Oryza sativa L.) Lokal Sumatera Utara dengan Menggunakan Penanda Simple Sequence Repeat (SSR)

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah, B. 2006. Potensi Padi Liar sebagai Sumber Genetik dalam Pemuliaan
Padi. Pemulia Tanaman pada Balai Besar Penelitian Tanaman Padi.
Sukamandi. Jawa Barat
Afifah, E. N. 2012. Penggunaan Penanda Molekuler untuk Mempercepat dan
Mempermudah Perbaikan Kualitas Tanaman Teh (Camellia sinensis (L.) O.
Kuntze). Makalah Seminar. Yogyakarta. Universitas Gadjah Mada.
Azizah, A. 2009. Perbandingan Pola Pita Amplifikasi DNA Daun, Bunga dan Buah
Kelapa Sawit Normal dan Abnormal. [SKRIPSI]. Program Studi Biokimia.
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Isntitut Pertanian Bogor.
Bahagiawati., Septiningsih, E. M., Yunus, M., Prasetiyono, J., Dadang, A dan
Sutrisno. 2005. Aplikasi Teknologi Molekuler untuk Verifikasi Indentitas
Genetik Varietas Sayuran Komersil. J. Hort. 15(3): 153-159.
Bansal, H., Kumar, R., Vivex & Sanjay. 2013. Analysis of in Rice (Oryza sativa
L.) using Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Simple Sequence
Repeats (SSR) Markers. Acedemic Journal. 12(35): 5404-5412.
Borges, A., Rossa, M. S., Recchia, G., Queiroz-Silva, J. R. D., Bressan, E. D. A. B
& Veasey, E. A. 2009. CTAB Methods for DNA Extraction of Sweetpotato
for Microsatellite Analysis. Sci. Agric. (Piracicaba, Braz.). 66(4): 529-534.
Chakravarthi, B. K & Naravaveni, R. 2006. SSR Marker Based DNA

Fingerprinting and Diversity Study in Rice (Oryza satiiiva. L.). African
Journal of Biotechnology. 5(9): 684-688.
Daradjat, A. A., Silitonga, S dan Nafisah. 2015. Ketersediaan Plasma Nutfah untuk
Perbaikan Varietas Padi. Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. 1-10.
Fatchiyah, Estri, L.A., Sri, W., Sri R. 2011. Biologi Molekular Prinsip Dasar
Analisis. Penerbit Erlangga. Jakarta.
Gorantla, M., Babu, P. R., Lachagari, V. B., Feltus, F. A.,Paterson, A. H and Reddy,
A. R. 2005. Functional Genomics of Drought Stress Response in Rice:
Transcript Mapping of Annotated Unigenes of and indica rice (Oryza
sativa L. cv. Nagina 22). Current Science. 89(3): 496-513.

Universitas Sumatera Utara

29

Handayani, T., Sastrosumarjo, S., Sopandie, D., Suharsono dan Setiawan, A. 2012.
Analisis Marka Morfologi dan Molekuler Sifat Ketahanan Kedelai
Terhadap Intensitas Cahaya Rendah. Badan Pengkajian dan Penerapan
Teknologi Bogor.
Haris, T. N. 1994. Development and Germanation Studies of The Sugar Palm

(Arenga pinata Merr) Seed. [DISERTASI]. Malaysia: Universitas Putra
Malaysia.
Indhirawati, R., Purwantoro, A & Basunanda, P. 2015. Karakterisasi Morfologi dan
Molekuler Jagung Berondong Stroberi dan Kuning (Zea mays L. Everta
Group). Vegetalika. 4(1): 102-114.
Irwanto. 2007. Analisis Vegetasi untuk Pengelolaan Kawasan Hutan Lindung Pualu
Marsegu, Kabuoaten Seram Bagian Barat, Provinsi Maluku . [TESIS].
Program Studi Ilmu Kehutanan. Jurusan Ilmu-Ilmu Pertanian Seolah Pasca
Sarjana. UGM. Yogyakarta.
Julisaniah, N. I., Sulistyowati, L & Sugiharto, A. N. 2008. Analisis kekerabatan
Mentimun (Cucumus sativa L.) Menggunakan Metode RAPD-PCR dan
Isozim. Jurnal Biodiversitas. 9(2): 99-102.
Kanawapee, N. Sanitchon, J., Srihaban, P & Theerakulpisut, P. 2011. Genetic
Diversity Analysis of Rice Cultivar (Oryza sativa L.) Differing in Salinity
Tolerance Based on RAP and SSR Markers. Electronic Journal of
Biotechnology. 14: 6-4.
Khush, G. S. 1997. Origin, Dispersal, cultivation and Variation of Rice. Plant
Molecular Biology. 35: 25-34.
Kristamtini., Taryono., Basunanda, P dan Murti, R. H. 2014. Keragaman Genetik
Kultivar Padi beras Hitam Lokal Berdasarkan Penanda Mikrosatelit.

Jurnal AgroBiogen. 10(2): 69-76.
Langga, I. F., Restu, M & Kusv.rinanti, T. 2012. Optimalisasi Suhu dan Lama
Inkubasi dalam ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex cofassus Reines) serta
Analisis Keragaman Genetik dengan Teknik RAPD-PCR. J. Sains &
Teknologi. 12(3): 265-276.
Litt, M and Lutty, J. A. 1989. A Hypervariable Microsatellite Revealed by in vitro
Amplication of a Dinucleotide Repeat within the Cardiac Muscle Actin
Gene. Am. J. Hum. Genet. 44: 397-401.
Matin, S., Ashrafuzzaman, M., Islam, Md. M., Sikar, U & Zobayer, N. 2012.
Molecular Marker Based (SSR) Genetic Diversity Analysis in Deep Water

Universitas Sumatera Utara

30

Ricer Germplasms of Bangladesh. International Journal of Biosciences.
2(10): 64-72.
McCouch, SR., Teytelman, L., Xu, Y., Lobos, KB., Clare, K., Walton, M., Fu, B.,
Maghirang, R., Li, Z., Xing, Y., Zhang, Q., Kono, I., Yano, M., Fjellstrom,
R., DeClerck, G., Schneider, D., Cartinhour, S., Ware, D and Stein, L.

2002. Development and Mapping of 2240 New SSR Markers for Rice
(Oryza sativa L.). DNA Research. 9(6): 199-207.
Meti, N., Smala K. C., Bastia, D. N & Rout G. R. 2013. Genetic Diversity Analysis
in Aromatic Rice Genotypes Using Microsatellite Based Simple Sequence
Repeat (SSR) Marker. Academic Journal. 12(27): 4238-4250.
Miah, G., Rafii, M. Y., Ismail, M. R., Puteh, A. B., Rahim, H. A., Islam Kh. N and
Latif, M. A. 2013. A Review of Microsatelite Markers and Their
Application in Rice Breeding Programs to Improve Blast Disease
Resistance. International Journal of Molecular Science. 14:22499- 22528.
Moeijopawiro, S. 2010. Marka Mikrosatelit sebagai Alternatif Uji BUSS dalam
Perlindungan Varietas Tanaman Padi. Buletin Plasma Nutfah. 16(1).
Morgante, M., Hanafey, H. and Powell, W. 2002. Microsatellites are Preferentially
Associated with Non Repetitive DNA in Plant Genome. Nat. Genet. 30:
194–200.
Mulyani, Y., Purwanto, A & Nurruhwati, I. 2013. Perbandingan beberapa Metode
Isolasi DNA untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas
(Cyprinus caprio L.). Fakults Perikanan dan Ilmu Universitas Padjadjaran
Jatinangor.
Norsalis, E. 2011. Padi Gogo dan Sawah. Publish : 29-10-2011 03:33:43.
Nurmiyati., Sigiyarto & Sajida. 2009. Kimpul (Xanthosoma spp.) Characterization

Based on Morphological Characteristic and Isozymic Analysis.
BioScience. 1(3): 138-145
Padmadi, B. 2009. Identifikasi Sifat Aroma Tanaman Padi Menggunakan Marka
Berbasis Gen Aromati. [SKRIPSI]. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Patti, P. S dan Silahooy. 2013. Analisis Status Nitrogen Tanah dalam Kaitannya
dengan Serapan oleh Tanaman Padi Sawah di Desa Waimital, Kecamatan
Kairatu, Kabupaten Seram Bagian Barat. Agrologia. 2(1): 51-58.

Universitas Sumatera Utara

31

Purwono dan Purnamawati, H. 2007. Budidaya Tanaman Pangan Unggul.
Swadaya. Bogor.
Putri, L. A. P., Mahyuni, K. H., Basyuni, M dan Setyo, I. E. 2013. Analisis Awal:
Pemakaian Marka Molekuler RAPD untuk Pendugaan Keragaman
Genetik Plasma Nutfah Aren Sumatera Utara. Prosiding Seminar Nasional
Agroforestri. Hl, 705-781.
Shakil. S. K., Sultana, S., Hasan, Md. M., Hossain Md. M, Ali, Md. S & Prodhan,
S. H. 2015. SSr Marker Based Genetic Diversity of Modern Rice Varieties

and Coastal Landraces in Bangladesh. Indian Journal of Biotechnology.
14 : 33-41.
Simatupang, Y. R. 2015. Analisis Keanekaragaman Genetik Markisa (Passiflora
spp. ) di Sumatera Utara Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA). [SKRIPSI]. Departemen Biologi Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Sumatera Utara.
Medan.
Singh, A., Saini, R., Singh, J., Arya, M., Ram, M., Pallavi., Mukul & Singh, P. K.
2015. Genetic Diversity Studies in Rice (Oryza sativa L.) using
Microsatellite Markers. International journal of Agriculture, Enviroment
and Biotechnoloy. 8(1): 143-152.
Siregar, H. 1981. Budidaya Tanaman Padi di Indonesia. PT. Sastra Hudaya. Jakarta.
Sitaresmi, T., Wening, R. H., Rakhmi, A. T., Yunani, N dan Susanto, U. 2013.
Pemanfaatan Plasma Nutfah Padi Varietas Lokal dalam Perakitan Varietas
Unggul.
Suryanto, D. 2003. Melihat Kenakekaragaman Organisme Melalui Beberapa
Teknik Genetika Molekular. Universitas Sumatera Utara.
Suryatini, K. Y. 2011. Analisis Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropa curcas
L.) dengan Metode Inter Simple Sequence Repeats (SSR). [TESIS].
Program Studi Bioteknologi Pertanian Universitas Udayanaa.

Susanto, U. Sutrisno dan Aswidinnoor, H. 2015. Pemanfaatan Teknik Markah
Molekuler untuk Perbaikan Varietas Padi. Balai Besar Penelitian
Tanaman Padi. 353-365.

Universitas Sumatera Utara

32

Syafrudin and Santoso, T. J. 2011. Optimasi Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA
yang Efisien dan Efektif pada Kemiri Sunan (Reutalis trisperma (Blanco)
airy Shaw). Jurnal Litri. 17 (1): 11-17.
Tasliah., Mahrup & Prasetiyono, J. 2013. Identifikasi Molekuler Hawar Daun
Bakteri (Xanthomonas Oryzae pv. oryzae) dan Uji Patogenisitasnya pada
Galur-Galur Padi Isogenik. Jurnal AgroBiogen. 9 (2): 49-57.
Utama, M. Z. H. 2015. Budidaya Padi pada Lahan Marjinal. Andi Offset.
Yogyakarta.
Utami, R. G., Carsono, N dan Wicaksana. N. 2015. Evaluasi Karakter Tahan
Wereng Cokelat, Aromatik dan Kegenjahan pada Genotip Padi Hasil
Piramidisasi Menggunakan Marka Molekuler dan Marka Fenotipik, Agric.
Sci. J. 2(1): 1-12.

Wijayanto, T. 2013. Prospek Penerapan Bioteknologi dalam Pemanfaatan dan
Pengembangan Biodeversitas Padi Lokal Sulawesi Tenggara. Jurnal
Agroteknos. 3(1): 41-47.
Wright, J.M dan Bentzen, P. 1994. Microsatellites: Genetic Markers for the Future.
Rev. Fish Biol. Fish. 4: 384–388.
Yusuf, A. 2014. Berita Resmi PVT Pendaftaran Varietas Lokal. No Publikasi :
014/BR/PVL/04/2015.

Universitas Sumatera Utara